cours 2 : thermodynamique de l’ADN!

1
I - la molécule d’ADN!

2
 1. l’ADN en double hélice!

ADN A ADN B ADN Z !3

 1. l’ADN en double hélice!
géométrie des paires de bases - la nomenclature officielle!

4
 1. l’ADN en double hélice!
1 nm!
interactions d’empilement (stacking)"
(hydrophobicité des bases +…)!

! structure en double hélice !

3.4 nm!

0.34 nm!

rotation 36°" 5
(twist)!
II - la dénaturation de l’ADN!

6
 Dénaturation mécanique de l’ADN!
1. Tordre l’ADN avec des pinces magnétiques!

formation de plectonemes = !
7
 Dénaturation mécanique de l’ADN!
2. Torsion négative et force élevée :!
F!

la torsion exercée sur l’ADN étiré est "

suffisante pour casser les liaisons hydrogène"
et séparer les 2 brins! 8
 Dénaturation mécanique de l’ADN!
3. (Force très élevée) :!

transition à l’ADN «#P#»!

9
 Dénaturation thermique de l’ADN!

énergie d’une liaison hydrogène :"

de l’ordre de 1 kBT!
(= 0.0256 eV = 0.6 kcal/mol)!
10
 courbe de dénaturation!
absorbance UV d’une solution d’ADN !

11
 courbe de dénaturation!
absorbance UV d’une solution d’ADN !

courbe de"
dénaturation!

Tm température de dénaturation"
(melting temperature)!
en moyenne entre"
326 K et 370 K"
("75°C)! 12
 courbe de dénaturation!
la température de dénaturation dépend"
de la concentration en GC (triple liaison)!

(et de la concentration en sel…)!

13
 courbe de dénaturation!
la température de dénaturation dépend"
de la concentration en GC (triple liaison)!
et la dénaturation se fait donc de manière inhomogène,"
«#par sauts#», les régions riches en AT d’abord!

dérivée :!

d
Absorbance Absorbance
dT

14
température T (°C)!
une technique incontournable : la PCR!
polymerase chain reaction"
(réaction en chaîne par polymérase)!
+ ADN-polymérase"
thermostable !

primer = amorce"
se lie par appariement !

30 - 40 cycles ! 230 = 1 milliard de copies !! 15

III - la dénaturation comme transition de phase!

16
 la dénaturation comme transition de phase!
deux mécanismes :!
1. élévation de la température T" 2. application d’un couple #"
$ ouverture des paires" $ ouverture des paires"
de bases" F! de bases"
% déroulement hélice! % déroulement hélice!

le résultat :!
nd
la fraction ! ! =
N
de paires de bases ouvertes
augmente !

17
on remarque l’analogie avec un phénomène mieux connu.. !
 la dénaturation comme transition de phase!
transition de phase liquide-gaz :!
P! & # couple!
V! & ' fraction bps ouvertes!
T! & T température!
dénaturation de l’ADN :!
V!'! P!
#! courbe de" P!
#!
iso-couple
isobare P=P ! coexistence! isotherme T=T11!
2! 2
#=#

)!1)!
(T1(T
!

P#vden
P#=0
v!

T! T! V" "
'
Tden (#2)! TTden"
ev!
18
ev(P2)!
(ADN relaché)!
IV – modéliser la dénaturation de l’ADN!

100-ns molecular dynamics simulations!

19
 a. les modèles statistiques!
modèles type Ising :!
fermé!
ouvert!

-------+++--------------++++------+++++++---!

•  pb ouverte = coût énergétique E : " Z (N ) = # C Nm e "mE / kB T

si m bases ouvertes fonction de partition!

•  boucle de taille i = gain !

entropique S(i) :!
→  compétition entre énergie et désordre!
→  modèles statistiques plus complexes! 20
 b. les modèles dynamiques!
exemple 1 : des pendules couplés - modèle de Yakushevich!

( g

L
équation de sine Gordon!
k
m
" 2# a 2 k " 2# mgL
2
$ 2
= sin(#)
rotation" "x I "t I
des bases!
21
 b. les modèles dynamiques!
exemple 2 : des masses liées - modèle de Peyrard-Bishop (TD)!

2
W ( y n , y n "1) = K ( y n " y n "1)
couplage harmonique…!
[
W ( y n , y n "1) = S( y n " y n "1) 1+ #e ( n n"1 )
2 "b y +y
]
! …ou anharmonique!

!
separation"
y
des bases!

2
(
V ( yn ) = D e "ay n
)
" 1 potentiel de Morse! 22
 b. les modèles dynamiques!
exemple 2 : des masses liées - modèle de Peyrard-Bishop (TD)!

c’est équivalent à :!

y
état ouvert!

y!
23
état lié!
V – simulations de dynamique moléculaire !

24
 simulations de dynamique moléculaire !
pour obtenir la dynamique du système :!

il faut intégrer les équations du mouvement :!

y = (y1,…yN) positions des masses y(t+$t) = y(t) + v(t) $t !
v = (v1,…vN) vitesses associées v(t+$t) = v(t) + (F(t)/m) $t !
(Euler)!

•  il faut donc déterminer F i = -%Vtot/dy i!

•  choisir les conditions initiales!

•  faire évoluer le système jusqu’à avoir de conditions stables"

puis mesurer les quantités physiques d’intérêt : T, P, E, <y>… !

25
 simulations de dynamique moléculaire !
comment prendre en compte la température ?!
solution 1 (simple) : simulation à énergie constante"
! ! ! ! (ensemble microcanonique)
on choisi comme conditions initiales (par exemple)!
y = (0,…0) (position d’équilibre, Epot = 0) 0 énergie pot. initiale = 0!
1 f
v tel que! Ecin = " 2
mv 2 = Etotale = 2 N k BT
2
énergie (cinétique) initiale! énergie prévue à température T!

! ! !f = nombre de degrés de liberté par particule"

! = 1 pour le modèle Peyrard Bishop!
!! !

c’est le théorème d’équipartition de l’énergie :!

f
! e!cin = e pot
! = k! BT pour ƒ degrés de liberté! 26
2
 simulations de dynamique moléculaire !
solution 2 : simulation à température constante T0 (ens. canonique)!
! plusieurs méthodes :!

1. dynamique de Langevin :!

v(t+$t) = v(t) + (F(t)/m) $t - ) v(t) $t + R(t) $t "

viscosité du solvant"

R force stochastique ! <R> = 0 "

simule l’effet des collisions ! CRR(*) = < R(t) R(t+*) > !
! ! ! ! ! = 2 ) kBT0 m +(*) !
k BT
c’est le théorème fluctuation dissipation : !!D =
" 27
 simulations de dynamique moléculaire !
solution 2 : simulation à température constante T0 (ens. canonique)!
! plusieurs méthodes :!

2. thermostat de Berendsen :!

#T0 &
v(t+$t) = v(t) + (F(t)/m) $t - ) v(t) % " 1( $t !
$T '

on rescale les vitesses pour!

dT
obtenir! = 2" (T # T 0!)
dt

28
!
 simulations de dynamique moléculaire !
solution 2 : simulation à température constante T0 (ens. canonique)!
! plusieurs méthodes :!

3. thermostat de Nosé-Hoover : !

on ajoute un degré de liberté s"

s,vs! M
couplé à toutes les particules"
qui agit de thermostat :!

mv(t+$t) = mv(t) + F(t)$t - vs mv(t)$t!

m!
ln s(t+$t) = ln s(t) + vs $t ! y,v!une friction.. !
vs agit comme

Mvs(t+$t) = Mvs(t) + [Ecin - N f kBT/2 ]$t !

29
..positive ou négative selon Ecin-E0cin!
 observons la dénaturation!
T>TD!
simulations" simulations"
à T fixée" à T fixée "
(canonique)! successives"

temps/température !!
avec Tb!
temps !!

T<TD!

blanc=fermé!
noir=ouvert!
T<TD! 30
position 1…n…256! position 1…n…256!
simulations sur un modèle proche de PB!
température réduite!

plateau : l’énergie "

est utilisée pour la«#fusion#»!

simulations à énergie e fixée!

énergie réduite! 31
simulations sur un modèle proche de PB!
température réduite!

états métastables!
?!

simulations"
avec petite "
bulle initiale!
simulations à température fixée!

énergie réduite! 32
 bonus : le modèle PB version hélicoïdale!
les résultats précédents ont été obtenus avec!

,! potentiel"
de Morse!
R! ressorts de "
longueur L!

contraints"
2 degrés de liberté :" entre deux"
plans à "
séparation R, rotation ,!
distance h!
33
 Le TD!
modèle de Peyrard-Bishop (TD) !
2
(
V ( yn ) = D e "ay n
"1 )
y 2
W ( y n , y n "1) = K ( y n " y n "1)

état ouvert!

y!
état lié! 34
 Le TD : fonction python «#ode#»!
def f (t, y, args) :! définition d’une fonction force généralisée [v(t), f(t)/m]!
x0 = y[0]!
/ [v1(0),…vN(0), f1(0)/m,…fN(0)/m]!
x1 = y[1]!
k = args[0]!
m = args[1]!
return [x1, -(k/m)*x0]!
t0 = 0!
y0 = [1., 0.]! conditions initiales [x(0), v(0)] / [x1(0)…xN(0),v1(0)…vN(0)]!
r = ode(f).set_integrator('vode')!
r.set_initial_value(y0, t0).set_f_params([3.0,1.0])! appel à ode : «#r#»!
t1 = 10.! contient la procédure!
temps final et pas de temps!
dt = 0.02!
sol = [y0]! solution cherchée : premier élément [x,v]!
while r.successful () and r.t < t1 :!
boucle d’intégration !
r.integrate (r.t+dt)!
sol.append (r.y)! solution cherchée : [x,v] suivants en append!