BIOCHIMIE.

Note de curs

Curs 13.
Acizi nucleici

Acizii nucleici sunt polimeri substituiți ai ribozei/deoxiribozei care conțin informațiile

genetice. Structura fiecărei proteine și prin urmare a fiecărei biomolecule și componentă celulară
este un produs al informației programate în secvența de nucleotidă a acizilor nucleici ai unei
celule. Abilitatea de a depozita și de a transmite informația genetică de la o generație la alta este
o condiție fundamentală a vieții.

O cantitate infimă de ADN determină caracteristicile fizice ale speciei pe deplin dezvoltate.
Fiecare celulă prezintă un set complet de instrucțiuni genetice care determină tipul de celulă,
funcțiile pe care le va îndeplini, atunci când va crește și se va divide și cum vor fi sintetizate toate
structurile de proteine, enzime, grăsimi, carbohidrați și alte substanțe de care organismul are nevoie
pentru a supraviețui.
Cele două clase majore de acizi nucleici sunt acizii deoxiribonucleici (ADN) și ribonucleici
(ARN), care au funcția de a depozita și transfera informația genetică. Ele sunt componente majore
în toate celulele, reprezentând 5-15% din masa uscată a acestora. Acizii nucleici se găsesc și în
virusuri, complexe infecțioase proteină-acid nucleic, capabile să se autoreplice în celula gazdă.
Deși denumirea acizilor nucleici vine din faptul că ADN a fost izolat prima dată
din nucleii celulari (Friedrich Miescher, 1869), ei se găsesc și în alte compartimente ale celulei.

Nucleotidele și acizii nucleici conțin baze azotate și pentoze caracteristice ADN-ul și ARN-ul
conțin fiecare patru monomeri, numite nucleotide, care diferă prin structura bazelor legate de
unitățile de riboză. Acest structuri simple codifică informații complexe în aceeași manieră în care
biții folosiți de către un computer codifică programe complexe. Fiecare nucleotidă (monomer)
este legată într-o singură catenă de acizi nucleici iar în final, asocierea perechilor de baze
conectează două monocatene într-un helix dublu de ADN nuclear. ”Coloana vertebrală” a unui
acid nucleic este un polimer al ciclurilor ribofuranozice (carbohidrat cu cinci atomi) legate prin
grupări esterice de tip fosfat.
1|
BIOCHIMIE. Note de curs

Așa cum amino acizii sunt elemente constitutive sau unitățile monomere ale polipeptidelor,
nucleotidele sunt unitățile monomere ale acizilor nucleici. Dacă un anumit tip de molecule proteice
se deosebește de altul prin natura catenelor laterale R ai aminoacizilor monomeri, fiecare tip de
acid nucleic se caracterizează prin secvența bazelor azotate ale nucleotidelor sale monomere.
Nucleotidele au trei componente caracteristice: (1) o bază azotată, (2) o pentoză și (3) o grupare
fosfat. Molecula fără grupare fosfat se numește nucleozidă.

Bazele azotate sunt derivați a doi compuși de bază, pirimidina și purina. Bazele nucleotidelor
sunt compuși heterociclici. Atomii de carbon și de azot din structurile de bază sunt numerotați
prin convenție pentru a facilita denumirea și identificarea compușilor derivați. Atât ADN cât și
ARN conțin două baze purinice, adenina (A) și guanina (G) și două baze pirimidinice. Atât în
ADN cât și în ARN una dintre pirimidine este citozina (C) însă a doua pirimidină nu este aceeași
în ambele: timina (T) în ADN și uracil (U) în ARN. Foarte rar timina se poate găsi în ARN sau
uracilul în ADN.

Acizii nucleici prezintă două tipuri de pentoze. Unitățile repetitive deoxiribonucleotide din
ADN conțin 2'-deoxi-D-riboza, iar unitățile ribonucleotidice din ARN conțin D-riboza. În
nucleotide, ambele tipuri de pentoze se găsesc sub forma β-furanozică (ciclu cu cinci membri).

La pentozele nucleotidelor, spre deosebire de pentozele de la carbohidrați, numerele atomilor

de carbon sunt atribuite cu (') pentru a le distinge de numerotarea atomilor bazelor azotate.
Baza unei nucleotide este legată covalent (la N-1 al pirimidinei și N-9 al purinei) printr-o
legătură
N-β-glicozilică la carbonul 1' al pentozei, iar gruparea fosfat este esterificată la carbonul 5'.
Legătura N-β-glicozidică este formată prin îndepărtarea apei (o grupare hidroxil de la pentoză
și hidrogenul de la baza azotată) similar cu formarea legăturii O-glicozidice. Denumirile
nucleozidelor derivate de la purină se termină cu -ozină (guanozină, adenozină) în timp ce
denumirile nucleozidele derivate de la pirimidină se termină cu -idină (citidină, uridină,
timidină). Denumirile uzuale ale nucleotidelor monofosfat se termină cu -ilat: adenilat (AMP),
guanilat (GMP), uridilat (UMP), timidilat (TMP) și citidilat (CMP).

Într-o celulă tipică, ADN-ul se găsește în principal în nucleu, unde conține codul genetic.
Moleculele ADN-ului au dimensiuni foarte mari, cu greutăți moleculare de până la 50 miliarde.
Când celula se divide, ADN-ul se replică, pentru a forma două copii identice. ADN-ul este relativ
stabil, oferind un mediu de transmitere a informațiilor genetice de la o generație la alta.

2|
BIOCHIMIE. Note de curs

Moleculele de ARN sunt de obicei mult mai scurte decât moleculele de ADN și variază foarte
mult în mărime, structura și durata de viață. Totodată sunt mai ușor de hidrolizat și descompus.
Datorită împiedicării sterice a grupării –OH din poziția 2ˈ din fragmentele de riboză, ARN-urile nu
formează spirale duble extinse, fiind în general monocatenare și mai puțin regulate decât ADN. Cu
toate că moleculele de ADN au miliarde de perechi de baze, moleculele de ARN rareori au mai
mult de 10.000 de nucleotide, iar perechile de baze se întind de obicei doar pe câteva reziduuri. Din
acest motiv, substructurile au forma unui deget sau frunză de trifoi în
reprezentări bidimensionale.
Spre deosebire de ADN, ARN-ul are un spectru mai larg de funcții, în celule găsindu-se câteva
clase:

▪ ARN-urile ribozomiale (ARNr) sunt componente structurale și funcționale ale

ribozomilor, complecși care au rol în biosinteza proteinelor.

▪ ARN-urile mesageri (ARNm) sunt intermediari care transmit informația genetică de la

nucleul celular la citoplasmă. Lungimile ARNm variază foarte mult, durata de viață
fiind de obicei scurtă, deoarece sunt repartizate rapid după translație.

▪ ARN-urile de transfer (ARNt) sunt molecule care interpretează cu fidelitate informația

în ARNm, funcționând în timpul translației ca elemente de legătură între acizi nucleici
și proteine. Sunt molecule mici, formate din 70-90 nucleotide care ”recunosc” codonii
ARNm specifici cu anticodonii lor prin asocierea bazelor.
 ARN servește așadar drept copie a ADN-ului nuclear, fiind mai întâi decodat. ADN-ul nuclear
direcționează sinteza mesagerului ARN, care părăsește nucleul pentru a servi drept șablon pentru
construcția moleculelor de proteine în ribozomi. După ce și-a îndeplinit scopul, ARN-ul mesager
este lipit enzimatic de componentele sale, care devin disponibile pentru asamblare în noi molecule
de ARN, pentru a coordona alte sinteze. Majoritatea celulelor conțin de două ori mai mult ARN
decât ADN.

Legăturile fosfodiesterice leagă succesiv nucleotidele în acizi nucleici

Nucleotidele succesive din ADN și ARN sunt legate covalent prin intermediul ”punților fosforice”,
în care gruparea 5'-fosfat a unei unități de nucleotidă este conectată la gruparea
hidroxilică 3' de la următoarea nucleotidă, creînd o legătură fosfodiesterică.

3 | BIOCHIMIE. Note de curs

Prin urmare, catenele covalente ale acizilor nucleici constau din resturi alternative de grupări fosfat
și pentoze, iar bazele azotate constituie grupările laterale conectate la catenă la intervale regulate.
Catenele atât pentru ADN cât și pentru ARN sunt hidrofile. Grupările hidroxilice ale resturilor de
glucid formează legături de hidrogen cu apa. Toate legăturile fosfodiesterice au aceeași orientare
de-a lungul catenei, dând fiecărei secvențe liniare de acid nucleic o polaritate
specifică și distinctă finală la 5' și 3'.
Prin convenție, structura unui singur lanț de acid nucleic este scris întotdeauna cu capătul 5' la
stânga și capătul 3' la dreapta, respectiv în direcția 5'→3'. Poziția reziduului de fosfat este indicat
uneori printr-un „p”.Reprezentările mai simple ale unei pentadeoxiribonucleotide sunt de tipul
pA C-G-T-AOH, pApCpGpTpA și pACGTA.

Un acid nucleic scurt este o nucleotidă. Termenul ”scurt” este arbitrar, polimerii conținând 50 sau
mai puține nucleotide fiind numiți în general oligonucleotide. Acizii nucleici mai lungi sunt
numiți polinucleotide.
Proprietățile bazelor azotate nucleotidice afectează structura tridimensională a acizilor
nucleici
Bazele pirimidinice și purinice libere sunt compuși cu caracter bazic slab. Ele afectează structura
și funcția acizilor nucleici. Bazele purinice și pirimidinice din ADN și ARN sunt molecule cu
conjugare crescută, proprietate cu consecințe importante asupra structurii și distribuției electronice
în acizii nucleici. Rezonanța în atomii din ciclu oferă majorității legăturilor caracter parțial de
legătură dublă.
Bazele purinice și pirimidinice sunt hidrofobe și relativ insolubile în apă la pH-ul neutru al celulei.
În condiții acide sau bazice, acestea capătă sarcini electrice iar solubilitatea în apă crește.
Interacțiile hidrofobe în care două sau mai multe baze sunt poziționate cu planurile ciclurilor
paralele constituie unul din cele două moduri de interacție dintre bazele acizilor nucleici.
Așezarea implică combinarea interacțiilor de tip van der Waals și dipol-dipol dintre baze. Aceasta
ajută la minimizarea contactului dintre baze și apă, interacțiile fiind foarte importante în stabilizarea
structurii tridimensionale ale acizilor nucleici.

Cele mai importante grupări funcționale ale pirimidinelor și purinelor sunt grupările carbonil și
grupările amino endo și exociclice. Legăturile de hidrogen implicând grupările amino și carbonil
reprezintă a doua modalitate de interacțiune dintre baze ce permite asocierea complementară
dintre

BIOCHIMIE. Note de curs

două (ocazional trei sau patru) lanțuri de acizi nucleici. Cele mai importante tipare de legături de
hidrogen sunt acelea definite de către James D. Watson şi Francis Crick în 1953, în care A se
leagă specific de T (sau U) iar G se leagă de C.
Între G și C se formează trei legături de hidrogen, simbolizate G≡C iar între A și T se formează
numai două, simbolizate A=T. Acesta constituie motivul pentru care separarea perechilor de ADN
este cu atât mai dificilă cu cât raportul între G≡C și A=T este mai mare. Perechile specifice de baze
permit duplicarea informației genetice. Astfel, fiecare bază de pe o catenă este asociată prin legături
H cu o bază complementară de pe cealaltă catenă. Adenina este complementară
timinei și
guanina este complementară citozinei. Complementaritatea dintre A și T respectiv G și C se poate
înțelege luând în considerare legăturile de H posibile dintre baze. Grupările donoare potențiale sunt
grupările amino (Adenina, Citozina, Guanina) și grupările NH din ciclu. Grupările acceptoare
posibile sunt atomii de oxigen carbonilic (Timina, Citozina, Guanina) și atomii de azot din ciclu.
Două legături de hidrogen liniare (prin urmare foarte stabile) se pot forma doar în
perechile A – T respectiv trei legături în perechile G – C.

De ce A face pereche cu T? De ce G se asociază cu C? În primul rând, lățimea moleculei alcătuite

din două catene este relativ constantă, deci o purină trebuie să se asociaze cu o pirimidină. Dacă
s-ar asocia două molecule mari de purine, catenele ar fi prea bombate; dacă s-ar asocia două
molecule mici de pirimidine, catenele ar trebui să se atragă una cu cealaltă pentru a aduce cele
două pirimidine suficient de aproape pentru a forma legături de hidrogen. Dar ce face ca A să se
asocieze cu T mai degrabă decât cu C (cealaltă pirimidină)? Împerecherea bazelor este dictată
de modul de formare a legăturii de hidrogen. Deoarece bazele se găsesc sub forma cetonică și nu
enolică, adenina formează două legături de hidrogen cu timina (cu citozina ar forma o singură
legătură de hidrogen). Guanina formează trei legături de hidrogen cu citozină (cu timina ar forma
o singură legătură de hidrogen.)
Structura acizilor nucleici
Ca și în cazul structurii proteinelor, structura acizilor nucleici se clasifică în trei niveluri ierarhice
complexe (primară, secundară, terțiară). Structura primară a acizilor nucleici constă în structura
covalentă și secvența de nucleotidă. Orice structură regulată, stabilă a nucleotidelor dintr-un acid
nucleic se referă la structura secundară. Împachetarea complexă a cromozomilor mari din
nucleozide este considerată în general structură terțiară.

5|
BIOCHIMIE. Note de curs

ADN este un helix dublu

ADN-ul a fost izolat pentru prima dată în 1869 din nucleele celulelor albe din sânge. Pentru că a
fost găsit în nucleu și avea caracter acid, s-a numit acid nucleic. În cele din urmă, oamenii de știință
au descoperit că nucleele din toate celulele conțin ADN. Faptul că ADN-ul este purtătorul
informațiilor genetice nu a fost cunoscut decât în 1944, când s-a constatat că ADN-ul putea fi
transferat de la o specie la alta, împreună cu trăsături moștenite. În 1953, James Watson și Francis
Crick au descris structura tridimensională de ADN. Acesta constă din două catene elicoidale de
ADN în jurul aceleiași axe ce formează un helix dublu cu rotire spre dreapta. Pe toată lungimea
moleculei de ADN, există două depresiuni – menționate ca „cavitate minor” și „cavitate majoră”-
care se află între cele două catene.
Catenele hidrofilice polare ale grupărilor deoxiriboză și fosfat alternative se găsesc în afara
helixului dublu, în contact cu mediul apos. Bazele purinice și pirimidinice ale ambelor catene sunt
suprapuse în interiorul helixului dublu, având structurile hidrofobe aproape plane, foarte apropiate
una de cealaltă și perpendiculare la axa lungă. Fiecare bază nucleotidică de pe un nivel
al catenei este asociată în același plan cu baza de pe nivelul următor.

Codarea informației genetice

În toate celulele vii, ADN-ul servește la stocarea informației genetice. Dacă ADN-ul conține
informații ereditare, trebuie să existe o metodă de decodare a informațiilor respective. Decodarea
are loc în două etape.
1. Secvența bazelor din ADN oferă un plan pentru sinteza ARN; sinteza de ARN dintr-un
plan ADN se numește transcripție.

2. Secvența bazelor din ARN determină secvența aminoacizilor dintr-o proteină; sinteza unei
proteine dintr-un plan de ARN se numește translație.

Biosinteza ADN-ului este denumită replicare. Informațiile genetice ale unei celule umane sunt
conținute în 23 de perechi de cromozomi. Fiecare cromozom este compus din mii de gene
(segmente de ADN). ADN-ul total dintr-o celulă umană: genomul uman - conține 3,1 miliarde
de perechi de baze. O parte din entuziasmul creat de structura propusă de Watson și Crick pentru
ADN a fost datorat deducerii modului în care ADN-ul transmite informațiile genetice. Deoarece
cele două catene nucleotidice sunt complementare, ambele poartă aceleași informații genetice.
Astfel, atunci când organismele se reproduc, moleculele de ADN pot fi copiate folosind aceeași

6|
BIOCHIMIE. Note de curs

asociere de baze, principiu fundamental pentru structura lor - adică, fiecare catenă poate servi drept
șablon pentru sinteza de noi componente complementare. În noul ADN (fiică) moleculele sunt
identice cu molecula originală (părinte), deci conțin toată informația genetica originală. Sinteza
copiilor identice ale ADN-ului se numește replicare.

Astfel, segmentele specifice de ADN („Gene”) sunt transcrise după cum este necesar în ARN-uri,
care îndeplinesc funcții structurale sau catalitice, respectiv oferă baza pentru sinteza proteinelor
(codurile ADN pentru structura primară a proteinelor). „Limbajul” folosit în acest proces are patru
litere (A, G, C și T). Toate cuvintele („codoni”) conțin trei litere („Triplete”), și fiecare triplet
reprezintă unul dintre cei 20 de aminoacizi proteinogenici.
Cele două catene de ADN nu sunt echivalente din punct de vedere funcțional. Catena șablon (-)
sau „catenă codogenică”, este cea citită în timpul sintezei ARN-ului (transcriere). Secvența sa
este complementară ARN-ului format.Catena sens (+) sau „catena de codare” are aceeași
secvență ca ARN-ul, cu deosebirea că T este schimbat cu U. Prin convenție, secvențele genetice
sunt exprimate prin citirea catenei sens în direcția 5' → 3'. În acest caz secvența proteică se
obține direct în direcția de citire normală pentru proteine - respectiv, de la capătul N terminal la
capătul C terminal. Toate reacțiile implicate în sinteza acizilor nucleici sunt catalizate de enzime.
Sinteza ADN-ului are loc într-o regiune a moleculei în care catenele nucleotidice încep să se
separe. Deoarece un acid nucleic poate fi sintetizat numai în direcția 5' → 3', doar catena fiică
din stânga este sintetizată continuu într-o singură componentă (deoarece este sintetizată în
direcția 5' → 3').

Celălaltă catenă fiică trebuie să crească în direcția 3' → 5', deci este sintetizată discontinuu în
bucăți mici (fiecare componentă este sintetizată în direcția 5' → 3', iar fragmentele sunt unite între
ele de o enzimă numită ligază ADN). Fiecare dintre cele două molecule noi de ADN numite
molecule fiice - conține o catenă părinte originală, plus o catenă nouă sintetizată. Acest proces se
numește replicare semiconservatoare.

Biosinteza de ARN este numită transcripție. Transcripția începe atunci când ADN-ul se leagă la
un anumit site - numit site promotor - pentru a forma două catene simple. Pentru ca ARN-ul să fie
sintetizat în direcția 5' → 3', catena șablon este citită în direcția 3' →5'. Bazele din șablon specifică
bazele care trebuie încorporate în ARN, urmând același principiu de asociere a bazelor utilizat în
replicarea de ADN. De exemplu, fiecare guanină din șablon specifică încorporarea a unei citozine
în ARN și fiecare adenină din catena șablon specifică încorporarea de uracil în ARN. (în ARN se
 7|
BIOCHIMIE. Note de curs

folosește uracil în loc de timină.) Deoarece atât ARN cât și catena din ADN sunt complementare
cu catena șablon, ARN-ul și catena care indică sensul ADN-ului au aceeași secvență de bază, cu
excepția faptului că ARN-ul are un uracil oriunde catena din ADN are o timină. La fel cum există
site-uri promotor în ADN care semnalizează de unde să înceapă sinteza ARN, există site-uri care
indică faptul că nu ar mai trebui adăugate baze la lanțul de ARN în creștere.

Biosinteza proteinelor este numită translație. O proteină este biosintetizată de la capătul său N
terminal până la capătul său C-terminal printr-un proces care citește baze de-a lungul catenei de
mARN în direcția 5' → 3'. Aminoacidul care urmează să fie încorporat într-o proteină este
specificată printr-o secvență cu trei baze numită codon. Bazele sunt citite consecutiv, nefiind
niciodată sărite. De exemplu, codonul AGC de pe ARNm codifică aminoacidul serina, în timp ce
CAG codifică glutamina.

Deoarece există patru baze și codonii sunt triplete, sunt posibili 43 (sau 64) codoni diferiți. Acest
lucru este mult mai mult decât este necesar pentru a specifica cei 20 de aminoacizi diferiți, deci toți
aminoacizii - cu excepția metioninei și triptofanului - au mai mult de un codon. Prin urmare, nu
este surprinzător că metionina și triptofanul sunt cei mai puțin abundenți aminoacizi din proteine.
De fapt, 61 dintre codoni specifică aminoacizii și trei codoni sunt codoni stop, care îi spun celulei
când să oprească sinteza proteinelor.

Funcții nucleotide și nucleozide

Adenozin monofosfatul (AMP) sub formă ciclică (grupările OH din pozițiile 3 ′și 5 ′din riboză
sunt esterificate cu aceeași grupa fosfat) este implicat în transmiterea și amplificarea semnalelor
chimice ale unor hormoni. Înlocuirea grupării NH2de la carbonul 6 din AMP cu o grupare OH
conduce la adenozin diaminaza, cu rol în metabolismul purinei. Deficitul genetic de enzima
provoacă sindromul „bebeluș într-un balon.

Nicotinamida adenin dinucleotidă (NAD) este unul dintre principalii reactivi de oxidare-reducere
în sistemele biologice. NAD are în structură două molecule de D-riboză (o dinucleotidă) legate prin
grupări fosfat la atomii de carbon din poziția 5 ′. Agliconul dintr-o riboză este nicotinamidă, iar din
cealaltă este adenina. Un deficit alimentar de acid nicotinic (niacina) duce la boala numită pelagra,
cauzată de incapacitatea de a sintetiza suficientă NAD. Adenozina poate acționa și ca

8|
BIOCHIMIE. Note de curs

neurotransmițător care induce somnul. Cofeina blochează adenozina receptor, rezultând starea de
veghe sau insomnie.

Când glucoza este oxidată în celule, energia eliberată este utilizată pentru sintetiza de trifosfat de
adenozină (ATP). La fel ca în majoritatea anhidridelor, hidroliza ATP este extrem de exotermă.
Produsele de hidroliză sunt adenozin difosfatul (ADP) și fosfatul anorganic. Prin hidroliza de ATP
se eliberează 31 kJ (7,3 kcal) energie pe care celulele musculare o folosesc pentru a se
contracta iar toate celulele o folosesc în procesele biochimice.
9|