NUCLEOTIDI E ACIDI NUCLEICI

I nucleotidi svolgono un numero considerevole di funzioni a supporto del

metabolismo cellulare. Essi rappresentano la forma di energia che viene utilizzata
nelle attività metaboliche; si comportano anche da segnali chimici per alcuni sistemi
cellulari che rispondono a ormoni o ad altri stimoli extracellulari e sono i componenti
strutturali di un certo numero di cofattori enzimatici ed intermedi metabolici. I
nucleotidi sono i costituenti degli acidi nucleici: l’acido deossiribonucleico (DNA) e
l’acido ribonucleico (RNA), i depositari molecolari dell’informazione genetica.
La sequenza amminoacidica di ogni proteina e la sequenza nucleotidica di ogni
molecola di RNA in una cellula sono specificate dalla sequenza nucleotidica del
DNA cellulare. Un segmento di DNA che contiene le informazioni necessarie per la
sintesi di un prodotto biologico funzionale, come una proteina o un RNA, viene detto
gene. Una cellula in genere ha molte migliaia di geni, e le molecole di DNA tendono
ovviamente a essere molto grandi. La conservazione e la trasmissione
dell’informazione genetica sono le sole funzioni note del DNA.
Gli RNA hanno un ampio spettro di funzioni e le cellule ne contengono molti tipi
diversi. Gli RNA ribosomiali (rRNA) sono componenti strutturali dei ribosomi, i
complessi dove ha luogo la sintesi delle proteine. Gli RNA messaggeri (mRNA)
sono intermediari che portano l’informazione da uno o pochi geni al ribosoma, dove
vengono sintetizzate le proteine corrispondenti. Gli RNA di trasferimento (transfer
RNA, tRNA) sono molecole adattatrici che traducono fedelmente le informazioni
presenti in una molecola di mRNA in una specifica sequenza di amminoacidi.
L’idrolisi enzimatica degli acidi nucleici ha permesso di indagae la loro struttura:
essa porta alla formazione di nucleotidi che ne rappresentano quindi l’unità di base. I PA
GE
nucleotidi, sottoposti a successive idrolisi, danno origine ai seguenti composti: \*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
 BASI AZOTATE
La pirimidina è una molecola eterociclica aromatica con due atomi di N in posizione
1 e 3. I composti da essa derivati sono detti pirimidine e tra questi si trovano tre basi
fondamentali per la vita, cioè la citosina (C), presente negli acidi nucleici, la timina
(T), presente solo nel DNA e l’uracile (U), solo nell’RNA.

La purina è una molecola eterociclica aromatica la cui struttura è data dall’unione di

un anello pirimidinico e di un imidazolo. Quando sono presenti specifici sostituenti,
si parla di purine, tra le quali risultano particolarmente importanti per la vita le basi
azotate adenina (A) e guanina (G), mattoni costituenti degli acidi nucleici.

NUCLEOSIDI E NUCLEOTIDI
Dall’unione di una base azotata purinica (adenina e guanina) o pirimidinica (citosina,
timina e uracile) e di uno specifico zucchero pentoso come il D-ribosio o il 2-D-
deossiribosio si ottengono i nucleosidi. Il legame tra la base azotata e lo zucchero è
un legame N-β-glicosidico. Le pirimidine sono legate con l’N-1 e le purine con l’N-9.
PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
Nella figura sottostante sono riportate le basi azotate con i rispettivi nucleosidi e
deossinucleosidi.

Se ai nucleosidi viene addizionato un gruppo fosfato (al C5 dello zucchero) si

ottengono i monomeri costitutivi degli acidi nucleici, i nucleotidi.
I nucleotidi sono gli esteri monofosforici dei nucleosidi, sono composti da:
● una base azotata purinica o pirimidinica;
● uno zucchero pentoso, ribosi nell’RNA e deossiribosio nel DNA;
● un gruppo fosfato che rende le molecole acide nel loro complesso. PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
Nella figura sottostante sono riportati i principali nucleotidi, con i rispettivi nomi e le
rispettive notazioni.

In base ai loro componenti e alla loro struttura i vari nucleotidi vengono rappresentati PA
GE
da codici standard costituiti da alcune lettere scritte in sequenza. La notazione è così \*
ME
descritta: RG
EF
● la lettera “d” è presente sono nei nucleotidi del DNA e sta per “deossi”; queste OR
MA
molecole contengono infatti un deossiribosio invece del semplice ribosio T
30
presente nell’RNA.
 ● Le basi azotate sono siglate nel seguente modo:
- A indica l’adenina;
- G indica la guanina;
- C indica la citosina;
- T indica la timina, presente esclusivamente nel DNA;
- U indica l’uracile, sostituisce la timina nell’RNA.
● Il numero di unità di cui è composta la catena di gruppi fosfato legata al
carbonio 5’ dello zucchero pentoso è espresso dalle seguenti lettere:
- M sta per mono;
- D sta per di;
- T sta per tri.
● La lettera “P” indica soltanto la presenza del gruppo fosfato, così l’adenosina
trifosfato, composta da un’adenina, un ribosio e tre gruppi fosfato, diventa
semplicemente ATP.
● Quando la molecola presenta una struttura ciclica, è possibile individuare una
“c” scritta al termine della sigla o all’inizio (nella sua versione inglese). E’
questo il caso dell’adenosina monofosfato ciclico o AMPc, un importante
metabolita cellulare prodotto per azione enzimatica a partire dall’ATP.

Struttura primaria degli acidi nucleici

Una caratteristica che possiedono i nucleotidi è la capacità di legarsi tra loro per
costituire strutture polimeriche. Per oligonucleotidi si intendono le catene formate da
un numero di nucleotidi limitato a poche unità, mentre per polinucleotidi si
intendono catene con un numero di nucleotidi superiore a 50.
PA
I più importanti polinucleotidi sono gli acidi nucleici DNA (Acido GE
\*
deossiribonucleico) e RNA (Acido ribonucleico). ME
RG
La struttura primaria del DNA è costituita da un filamento polinucleotidico EF
OR
formato dalla concatenazione alternata di molecole di deossiribosio e di H 3PO4; MA
T
dalle catena sporgono le basi proprie di ogni nucleotide. Gli zuccheri e i gruppi 30
fosfato hanno quindi un ruolo strutturale, invece la sequenza delle basi
caratterizza l’acido nucleico proprio come la sequenza degli amminoacidi
caratterizza una proteina. Ogni gruppo fosfato ha un –OH ionizzato a pH
cellulare.
I nucleotidi del DNA e dell’RNA sono uniti tra loro in successione mediante “ponti”
costituiti da gruppi fosforici, in cui il gruppo fosforico in posizione 5’ di un
nucleoside è unito al gruppo ossidrilico 3’ del nucleotide successivo, formando un
legame fosfodiestere.
CONVENZIONE IMPORTANTE:
La sequenza di un singolo filamento di un acido nucleico è sempre scritta

con la sua estremità 5’ a sinistra e con l’estremità 3’ a destra, cioè nella

direzione 5’→3’.

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
La sequenza nucleotidica degli acidi nucleici può essere rappresentata
schematicamente dal segmento di DNA formato da cinque unità nucleotidiche. I
gruppi fosforici sono indicati con P e ogni deossiribosio è indicato da una linea
verticale, con l’atomo di carbonio 1’ in alto e l’atomo di carbonio 5’ in basso. Le PA
GE
linee trasversali che connettono due nucleotidi successivi (che passano attraverso il \*
ME
simbolo P partono dal carbonio 3’ (centro di una linea) del deossiribosio di un RG
EF
nucleotide e arrivano al carbonio 5’ (vertice inferiore della linea successiva). OR
MA
T
30
E’ possibile rappresentare il pentanucleotide sopra citato in modi più semplici, come
pA-C-G-T-AOH, pApCpGpTpA, oppure pACGTA.

STRUTTURA DEL DNA

Negli acidi nucleici vi sono 3 livelli di complessità molecolare, sotto qualche aspetto
paragonabili a quelli di polipeptidi e proteine.
Struttura primaria: lo scheletro covalente
Gli acidi deossiribonucleici consistono di uno scheletro di unità alternate di
deossiribosio e di fosfato in cui l’ossidrile in 3’ di un deossiribosio è unito da un
legame fosfodiestereo all’idrossile in 5’ di un’altra unità di deossiribosio. Questo
scheletro pentoso-fosfodiestereo è costante lungo tutta la molecola di DNA. Una base
azotata eterociclica aromatica (adenina, guanina, citosina, timina) è legata a ciascuna
unità di deossiribosio mediante un legame β-N-glicosidico. La struttura primaria del
DNA rappresenta l’ordine con cui si susseguono le basi eterocicliche lungo le
scheletro pentoso-fosfodiestereo. La sequenza, come già sottolineato, viene letta
dall’estremità 5’ verso l’estremità 3’.

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
Struttura secondaria: la doppia elica
Le successive e più complesse organizzazioni del DNA sono ancora in studio; si sa
che raramente in natura il DNA si trova sottoforma di filamento semplice.
Nel 1953, il biologo americano James D. Watson e il fisico britannico Francis H.C PA
GE
Crick proposero un modello a doppia elica per descrivere ed interpretare la struttura \*
ME
secondaria del DNA. RG
EF
Per un certo periodo si era ritenuto che le quattro basi principali si trovassero negli OR
MA
stessi rapporti e che forse si ripetessero in un ordine regolare lungo lo scheletro T
pentoso-fosfodiestereo del DNA per tutte le specie. Invece, determinazioni più
30
accurate della composizioni in basi effettuate da Erwin Chargaff rivelarono che le
basi non si trovano negli stessi rapporti.

Sulla base di questi e di altri dati correlati, i ricercatori giunsero alle seguenti
conclusioni:
● La composizione percentuale in moli delle basi del DNA in ogni organismo è
la stessa in tutte le sue cellule ed è caratteristica per ciascun organismo.
● Le percentuali in moli di adenina (una base purinica) e di timina (una base
pirimidinica) sono uguali. Lo stesso accade per la guanina (una base purinica)
e la citosina (una base pirimidinica).
● Le percentuali in moli delle basi puriniche (A+G) e delle basi pirimidiniche
(C+T) sono uguali.
Un’ulteriore informazione circa la struttura del DNA si ebbe quando furono
analizzate le fotografie della diffrazione dei raggi X. Queste figure di diffrazione
rivelarono che, anche se la composizione in basi del DNA isolato da organismi
differenti variava, le molecole risultavano notevolmente uniformi per quanto lo
spessore. Risultavano lunghe e abbastanza rettilinee, con un diametro esterno di
circa 20 Å. Inoltre, le caratteristiche delle figure critallografiche si ripetevano
PA
ogni 34 Å. GE
\*
Per interpretare questi risultati Watson – Crick proposero il modello a doppia elica ME
RG
complementare costituita di due filamenti polinucleotidici antiparalleli con EF
OR
avvolgimento destrorso attorno allo stesso asse. MA
T
Per spiegare i rapporti osservati tra le basi e lo spessore uniforme del DNA, Watson e 30
Crick postularono che le basi puriniche e pirimidiniche si proiettassero verso l’asse
dell’elica e che fossero sempre appaiate in maniera molto specifica. Secondo modelli
in scale, le dimensioni della coppia di basi adenina-timina sono quasi identiche a
quelle della coppia guanina-citosina, e la larghezza di ciascuna di queste coppie si
adatta perfettamente allo spazio esistente al centro del filamento di DNA. Così, se la
base purinica di un filamento è l’adenina, allora la sua base complementare sul
filamento antiparallelo deve essere la timina. Similmente, se la purina di un filamento
è la guanina, la sua base complementare sul filamento antiparallelo deve essere la
citosina. Una caratteristica significativa del modello di Watson e Crick è quella che
nessun altro appaiamento delle basi si adatta in maniera giusta allo spazio presente al
centro della molecola di DNA. Una coppia di basi pirimidiniche è troppo piccola per
lo spazio osservato, mentre una coppia di purine è troppo grande. Così, secondo il
modello di Watson e Crick, le unità ripetitive in una molecola di DNA a doppio
filamento non sono le singole basi di dimensioni differenti, ma piuttosto le coppie di
basi che hanno, viceversa, quasi le stesse dimensioni.
Tutto questo autorizzò l’ipotesi che i filamenti fossero accoppiati mediante ponti a
idrogeno fra le coppie di basi AT e GC.
Per capire meglio le interazioni che permettono ai due filamenti singoli di rimanere
saldamente uniti in una doppia elica molto stabile, che ricorda sotto molto aspetti una
cerniera lampo. Ogni base azotata presente su di un filamento stabilisce dei legami a
idrogeno caratteristici con una base azotata dal filamento opposto, dando origine a un
appaiamento complementare che permette l’unione dei due filamenti. Si ricorda che i
legami a H sono legami piuttosto deboli che possono essere scissi e ricostituiti con
facilità, da fattori biochimici, come alcuni enzimi, o più semplicemente da un
aumento della temperatura. Questo diventa molto rilevante quando il DNA deve
PA
essere aperto, proprio come una cerniera, per consentire la lettura ai fini della GE
\*
duplicazione del patrimonio genetico o per una trascrizione mirata alla produzione di ME
RG
proteine. Tornando ai rapporti tra le basi, va sottolineato che le basi puriniche, EF
OR
costituite da un doppio anello, sono più voluminose delle basi pirimidiniche, che MA
T
mostrano un anello singolo. Per mantenere una distanza omogenea tra i due scheletri 30
zucchero-fosfato ed evitare sconvenienti tensioni molecolari, quindi, l’appaiamento
complementare vede sempre le basi puriniche legate alle basi pirimidiniche, dando
luogo alle caratteristiche paia di basi (base pair) AT e GC. Le due paia di basi,
tuttavia, mostrano un diverso numero di legami a H: 2 in AT e 3 in CG. Ne consegue
che i tratti di DNA con una maggioranza di AT sono meno stabili a causa del minor
numero dei legami a H che tengono unita la cerniera molecolare, mentre in quelli con
una maggioranza di GC, l’unione dei due filamenti è sensibilmente più stabile.

Per spiegare la periodicità osservata dai dati ottenuti ai raggi X, Watson e Crick
postularono che le coppie di basi fossero impilate una sopra l’altra con una distanza
di 3,4 Å tra di esse e con 10 coppie ogni giro dell’elica, che, perciò, si completava
dopo 34 Å. Nella figura sottostante è riportato un modello a nastro di un B-DNA a
doppia elica, la forma predominante in soluzione acquosa diluita e quella che viene
considerata essere la più comune in natura. PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
Nella doppia elica, le basi di ciascuna coppia non sono dirette perfettamente l’una
verso l’altra attraverso il diametro dell’elica, ma piuttosto sono leggermente spostate.
Questo spostamento e l’orientazione relativa dei legami glicosidici che uniscono
ciascuna base allo scheletro zucchero-fosfato portano alla formazione di due solchi di
grandezza diversa, un solco maggiore ed uno minore. Ciascun solco corre lungo la
lunghezza della colonna cilindrica della doppia elica. Il solco maggiore è largo
approssimativamente 22 Å; mentre quello minore e circa 12 Å.

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
Per completare la trattazione sulla molecola dell’ereditarietà, bisogna presentare le
strutture alternative del DNA, poichè nei viventi, la macromolecola non si presenta
sempre nella stessa configurazion e a doppia elica, detta conformazione B. Si
conoscono tre conformazioni alternative, identiche dal punto di vista chimico, ma
differenti nella geometria e nelle dimensioni.
A-DNA: è la forma favorita in un mezzo relativamente povero di acqua. L’elica è più
ampia, e il numero di basi per giro è 11. Il piano delle coppie di basi del A-DNA è
inclinato di circa 20° rispetto all’asse dell’elica.
B-DNA: è la doppia elica destrorsa più frequente nelle condizioni standard delle
cellule e quella più conosciuta. Come descritto in precedenza, ha un diametro di 20 Å
e un passo di 34 Å, il solco maggiore più largo e quello minore più stretto. In vitro si
può ottenere in condizioni di completa idratazione.
Z-DNA: tale forma è radicalmente diversa dalla forma B. La rotazione dell’elica è in
senso sinistrorso, vi sono 12 coppie di basi per giro e la struttura appare più sottile e
allungata (18 Å di diametro e passo di 46 Å). Lo scheletro covalente assume un
andamento a zig-zag. Il solco maggiore è appena visibile nel Z-DNA, mentre il solco
minore è stretto e profondo. Tale disposizione è riscontrabile dove la molecola
presenta sequenze con modificazioni chimiche come la metilazione e nei tratti ad alta
percentuale di basi G e C. In realtà questa struttura è stata scoperta in vitro in
condizioni insolite di alta salinità, si ritiene quindi improbabile che si formi in vivo.

Oltre ad essere una molecola complessa e affascinante, il DNA presenta anche dei
numeri da record per il mondo microscopico, a cui a volte risulta difficile credere.
Uno di questi valori è la sua lunghezza, in ogni singola cellula infatti il DNA è
PA
complessivamente lungo circa 2 metri! In realtà, questa misura è la somma in diversi GE
\*
tratti, poichè il DNA è suddiviso in lunghi frammenti corrispondenti ai 23 ME
RG
cromosomi, che restano comunque incredibilmente estesi (diversi centimetri) per una EF
OR
molecola della sezione di pochi atomi. Un altro valore incredibile è la quantità di MA
T
nucleotidi contenuta in quei 2 metri, pari a circa 3,2 miliardi. Secondo alcune stime, 30
inoltre, se potessimo mettere in fila tutto il DNA presente nel corpo di un solo essere
umano, raggiungeremmo l’incredibile distanza di 20 milioni di km.

Struttura terziaria: DNA superavvolto

La lunghezza di una molecola di DNA è considerevolmente maggiore del suo
diametro e al molecola estesa risulta essere abbastanza flessibile. Si dice che una
molecola di DNA è rilassata se non ha avvolgimenti oltre quelli imposti dalla sua
struttura secondaria. Inoltre, si ammette che il DNA rilassato non abbia una struttura
terziaria chiaramente definita. Si considerano due tipi di struttura terziaria: un tipo
indotto dalle perturbazioni presenti nel DNA circolare e un secondo tipo causato dalla
coordinazione del DNA con le proteine nucleari, chiamate istoni. La struttura
terziaria, qualunque sia il tipo, è considerata un superavvolgimento.

Superavvolgimento nel DNA circolare

Il DNA circolare, è un tipo di DNA a doppia elica con le due estremità di ciascun
filamento unite tramite legami fosfodiesterei (figura a)). Questo tipo di DNA, il più
importante tra i DNA batterici e virali, è anche definio come circolare duplex
(perchè è a doppia elica). Un filamento di DNA circolare può essere aperto,
parzialmente srotolato e poi richiuso. La sezione svolta introduce una tensione nella
molecola e causa della zona non elicoidale che è meno stabile delle sezioni elicoidali
che hanno le basi appaiate mediante legami idrogeno. La tensione può essere
localizzata nella parte non elicoidale. Alternativamente, essa può essere estesa
uniformemente su tutto il DNA circolare con l’introduzione di torsioni
superelicoidali, una torsione per ogni giro srotolato dell’elica. Il DNA circolare,
PA
mostrato nella figura sottostante b), è stato srotolato per quattro giri completi GE
\*
dell’elica. La tensione causata da questo srotolamento è estesa a tutta la molecola ME
RG
uniformemente con l’introduzione di quattro torsioni superelicoidali (figura c)). EF
OR
L’interconversione del DNA rilassato e superavvolto è catalizzata da gruppi di enzimi MA
T
chiamati topoisomerasi e girasi. 30
Superavvolgimento del DNA lineare
Il superavvolgimento del DNA lineare nelle piante e negli animali prende un’altra
forma ed è dovuto alla interazione tra molecole di DNA cariche negativamente e un
gruppo di proteine cariche positivamente, chiamate istoni. Tali proteine sono
particolarmente ricche di lisina e arginina e, perciò, al pH della maggioranza dei
fluidi del corpo, hanno molti siti carichi positivamente per tutta la loro lunghezza. Il
complesso tra il DNA carico negativamente e gli istoni carichi positivamente è
chiamato cromatina. Gli istoni si associano per formare particelle interne attorno alle
quali il DNA a doppio filamento poi si arrotola. Un ulteriore avvolgimento del DNA
produce la cromatina trovata nei nuclei delle cellule.

TIPI DI RNA
Gli acidi ribonucleici (RNA) sono simili agli acidi deossiribonucleici (DNA) in
quanto anch’essi sono formati da lunghe catene non ramificate di nucleotidi uniti da
gruppi fosfodiesterei tra l’ossidrile in 3’ di un pentoso e quello in 5’ del successivo.
Vi sono, comunque, tre differenze principali nella struttura tra l’RNA ed il DNA:
PA
● L’unità di pentoso dell’RNA è il β-D-ribosio invece che il β-2-deossi-D- GE
\*
ribosio. ME
RG
● Le basi pirimidiniche dell’RNA sono l’uracile e la citosina invece che la timina EF
OR
e la citosina. MA
T
● L’RNA è a singolo filamento anzichè a doppio filamento. 30
L’RNA viene sintetizzato da enzimi complessi e specifici come la RNA polimerasi a
partire da un filamento stampo di DNA. Questo processo, che prende il nome di
trascrizione del DNA, dà origine a diversi tipologie funzionali di RNA.

mRNA o RNA messaggero

Questo tipo di RNA contiene l’informazione genetica per la sintesi delle proteine a
livello dei ribosomi. Come tutti gli RNA viene sintetizzato nel nucleo per poi migrare
in sede extranucleare per legarsi ai ribosomi, collocati sul reticolo endoplasmatico
rugoso o liberi nel citoplasma
L’RNA messaggero è la molecola deputata alla trasmissione dell’informazione
genetica dal DNA alle proteine. Poichè viene sintetizzato a partire dal DNA con
componenti simili (nucleotidi), questo processo prende il nome di trascrizione, come
se si copiasse una stessa frase da un foglio ad un altro, nello stesso linguaggio.
Quando l’mRNA raggiunge i ribosomi, invece, il suo messaggio viene trasformato in
proteine, costituite da amminoacidi e non più da nucleotidi; si parla quindi di
traduzione, analogamente a quando si traduce una frase da una lingua ad un’altra.
Nei procarioti, che sono privi di nucleo, l’mRNA viene trascritto direttamente nel
citoplasma e può quindi essere tradotto immediatamente. In altre parole, i ribosomi
batterici cominciano la traduzione nell’mRNA prima ancora che la RNA polimerasi
abbia finito di produrlo dando origine a un vero e proprio accoppiamento
trascrizione-traduzione. Negli eucarioti, invece, una volta maturo, l’mRNA si dirige
verso un poro nucleare per fuoriuscire dal nucleo e accedere al citoplasma. Il
complesso del poro nucleare (NCP, nuclear pore complex) è una struttura enorme,
circa 30 volte più grande di un ribosoma, e permette un passaggio selettivo delle
PA
molecole attraverso la doppia membrana nucleare, probabilmente veicolato da GE
\*
speciali proteine carrier in grado di avviare e condurre il trasferimento. Una volta ME
RG
fuori dal nucleo, l’mRNA prende contatto con i ribosomi per dare il via alla EF
OR
traduzione. MA
T
30
Il messaggio portato dall’mRNA corrisponde all’informazione genetica presente sul
gene trascritto e il linguaggio sfruttato è quello della sequenza di basi azotate. Il
codice genetico, però, prevede che queste basi abbiano significato se lette 3 alla volta,
individuando, quindi, delle triplette di basi sul DNA che corrispondono ad analoghe
suddivisioni sull’mRNA, dette codoni. Salvo qualche eccezione per alcuni batteri e
per i mitocondri, il codice genetico attraverso cui la cellula traduce una sequenza di
codoni in una sequenza di amminoacidi, è comune per tutti gli esseri viventi, viene
perciò detto codice genetico standard o universale. Si fa notare che se fossero
utilizzati singolarmente, i quattro nucleotidi potrebbero codificare soltanto 16 (42).
Per questo motivo la natura è ricorsa alle triplette che consentono la codifica di ben
64 amminoacidi diversi (43). Poichè tuttavia esistono 64 diverse triplette e solo 20
amminoacidi, il codice genetico è detto degenerato, risulta cioè ridondante,
corrispondendo più triplette allo stesso amminoacido. Si ricorda che le regioni
codificanti cominciano sempre con il codone di inizio (AUG, una metionina) e
terminano con tre possibili codoni di stop (UGA, UAG o UAA, che non
corrispondono ad alcun amminoacido). La catena dell’mRNA, in genere, è singola ed
assume una conformazione elicoidale destrorsa (antioraria), per la presenza di
interazioni prodotte dall’impilamento delle basi azotate. Per la presenza di sequenze
complementari intramolecolari, può formare doppie eliche in tratti limitati di catena.

rRNA o RNA ribosomiale

L’rRNA possiede una insostituibile funzione strutturale nella composizione dei
ribosomi, dei quali costituisce una porzione abbondante.

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
 tRNA o RNA transfer
L’tRNA è un tipo di RNA che a livello ribosomiale svolge un ruolo centrale nella
traduzione dell’mRNA in proteina. Ogni molecola è in grado di legare un
amminoacido diverso in funzione della sequenza di basi riconosciuta, consentendo
quindi la codifica del codice genetico e la formazione delle proteine. Ogni tRNA
possiede due funzioni: legare chimicamente un particolare amminoacido e appaiarsi
in modo complementare a un codone dell’mRNA. Questo permetterà che
l’amminoacido venga addizionato alla catena polipeptidica in allungamento. Ogni
amminoacido, infatti, è legato a uno specifico tipo di tRNA, differente dagli altri per
una caratteristica sequenza di tre basi azotate, complementare ai codoni dell’mRNA e
detta perciò anticodone. Essendo queste sequenze complementari, le basi di cui è
fatto un anticodone non sono quelle del codone corrispondente, ma sono quelle
ingrado di appaiarsi con esso. Si avrà così che la lisina possiede un codone AAA,
mentre l’anticodone corrispondente sarà UUU. Il codice genetico è degenerato, e
cioè che più codoni possono codificare un singolo amminoacido. Questo implica che
diversi tRNA, con anticodoni differenti, possono trasportare lo stesso amminoacido PA
come nel caso dei tRNA per l’alanina che è codificata dai quattro anticodoni a inizio GE
\*
GC. ME
RG
Il tRNA è una molecola piuttosto piccola (meno di 100 nucleotidi) con una EF
OR
caratteristica struttura secondaria, detta struttura a trifoglio, ripiegata in una MA
T
30
struttura terziaria a forma di L. E’ questa configurazione che gli permette di entrare
nei siti attivi dei ribosomi e prendere parte alla traduzione delle proteine.

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
 ALTRE FUNZIONI DEI NUCLEOTIDI
Oltre ai ruoli come unità strutturali degli acidi nucleici, i nucleotidi svolgono altri
ruoli nella cellula, come trasportatori di energia, componenti di cofattori enzimatici e
messaggeri chimici.

ATP e altri ribonuclosidi trifosfati

Al gruppo fosforico legato covalentemente all’ossidrile in posizione 5’ di un
ribonucleotide può legarsi un altro fosfato, oppure altri due gruppi fosforici. I derivati
fosforilati de nucleosidi possono dunque essere nucleosidi mono-, di- e trifosfato.

A partire dal ribosio, i tre gruppi fosforici vengono rispettivamente indicati con le
lettere greche α, β e γ. L’adenosina 5’-trifosfato (ATP) è il nucleotide più usato nei
trasferimenti energetici, ma alcune reazioni sfruttano invece l’UTP, il GTP e il CTP.
I nucleosidi trifosfato servono anche come precursonri attivati per la sintesi del DNA
e dell’RNA. PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
30
L’energia che si libera dall’idrolisi dei nucleosidi trifosfato dipende dalla
struttura del gruppo trifosforico. Il legame tra il ribosio e il fosfato in posizione
α è di natura esterea, mentre i legami α,β e β,γ sono invece fosfoanidridici.
Durante la demolizione della sostanza organica, le cellule eterotrofe liberano una
notevole quantità di energia, che viene impiegata nella produzione di ATP a partire
da ADP e Pi. L’ATP rappresenta il “combustibile” intracellulare per eccellenza o
meglio costituisce la “moneta corrente energetica” ed il collegamento chimico tra il
catabolismo e l’anabolismo.
Dall’idrolisi del legame estereo dell’ATP si liberano 14 kJ/mol, mentre l’idrolisi di
uno dei due legami fosfoanidridici libera 30,5 kJ/mol che corrisponde a 7,3 kcal/mol.
Tale energia può essere utilizzata in diversi processi endoergonici, come la sintesi
delle macromolecole, il trasporto attivo ed il movimento. Dalle reazioni di idrolisi
dell’ATP si ottengono ADP + Pi oppure AMP + PPi.
PA
La scissione del legame fosfoanidridico del gruppo fosforico terminale dell’ATP GE
\*
determina l’allontanamento di un gruppo fosforico carico negativamente riducendo le ME
RG
repulsioni elettrostatiche; il gruppo Pi (HPO42-) rilasciato dalla reazione viene EF
OR
stabilizzato dalla formazione di alcune forme di risonanza non possibili nel gruppo MA
T
inserito nella molecola dell’ATP. 30
L’idrolisi dell’ATP è fortemente esoergonica, l’ATP è particolarmente stabile sia per
l’alta energia di attivazione, sia per la presenza di ioni Mg2+ che, legandosi all’ATP e
all’ADP, ne neutralizzano le cariche negative.

I nucleotidi come cofattori PA

GE
Molti nucleotidi sono componenti costituitive di biomolecole che partecipano \*
ME
all’attività enzimatica. Tra questi si ricorda il NAD+ e NADP+, il FAD e il FMN. RG
EF
NAD+ e NADP+ sono cofattori di numerosi enzimi (almeno 200) deputati al trasporto OR
MA
di elettroni (e-) e di protoni (H+); in pratica acquistano protoni ed elettroni da molti T
substrati organici e li cedono ad altri coenzimi. Per questo motivo gli enzimi con
30
queste caratteristiche sono deidrogenasi, quindi appartengono alla classe delle
ossidoreduttasi.

Il coenzima nicotinammide adenin dinucleotide (NAD+) è formato da un’unità di

ADP, unito tramite un legame estereo fosforico al –CH 2OH terminale di un β-D-
ribofuranosio che è a sua volta legato all’anello piridinico della nicotinammide
tramite un legame β-N-glicosidico.

Quando il NAD+ funge da agente ossidante, è ridotto a NADH che, a sua volta, è un
agente riducente e viene ossidato a NAD+. In queste formule di struttura abbreviate,
l’unità strutturale della molecola corrispondente all’adenin dinucleotide è
rappresentata dal simbolo Ad:

PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
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Sia il NAD+ sia il NADP+ in forma ossidata prelevano dai substrati un protone e due
elettroni (ioni idruro ‫׀‬H-) e lasciano in soluzione acquosa un secondo protone; si
trasformano pertanto nelle forme ridotte (NADH + H+ e NADP + H+).
Le due semireazioni che sintetizzano tutto questo, sono le seguenti:
NAD+ + 2 e- + 2 H+ → NADH + H+

NADP+ + 2 e- + 2 H+ → NADPH + H+
Anche il FAD e l’FMN sono importanti coenzimi costitutivi di ossidoreduttasi,
quindi partecipano al flusso degli elettroni e dei protoni dai substrati ai sistemi
enzimatici dotati di un potenziale di riduzione standard più elevato.

Il coenzima flavin adenin dinucleotide (FAD) è costituito dalla flavina legata al

monosaccaride a cinque atomi di carbonio ribitelo che, a sua volta, è legato al fosfato
terminale dell’ADP.

PA
GE
\*
ME
RG
La reazione di riduzione del FAD e del FMN è la seguente: EF
OR
MA
T
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PA
GE
\*
ME
RG
EF
OR
MA
T
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