Artículo Original
Función e Importancia de la Bioinformática en el Desarrollo
de las Ciencias, Especialmente en Biotecnología y Medicina
Molecular
FUNCTION AND IMPORTANCE OF BIOINFORMATICS IN THE DEVELOPMENT OF SCIENCES, SPECIALLY IN
BIOTECHNOLOGY AND MOLECULAR MEDICINE
Jorge Martínez Hormazábal
Licenciado en Ingeniería en Biotecnología Molecular. Bachiller en Ciencias Naturales y Exactas.
Tesista de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile. Profesor Ayudante de la Universidad Mayor.
RESUMEN
Estamos en el término de la era tecnológica de la Informática, al
comienzo, tal vez, de nuevas eras como la Biotecnología, la
Medicina Molecular y la Nanotecnología; eso conlleva a que la
Informática como tal se ha fusionado con la Genética y Biología
Molecular, generando la Bioinformática y, con la Medicina,
generando la Informática Médica.
La secuenciación de genomas lleva la necesidad de obtener conclu-
siones de la lectura de esos millones de pares de bases, saber qué
codifican, cómo se relacionan y regulan la expresión de los distin-
tos productos génicos, además de encontrar la función de proteínas
desconocidas por homología a proteínas con función conocida y de
generar modelos que permitan estudiar mutaciones puntuales. La
rapidez y eficacia de esas conclusiones se ha generado gracias al
desarrollo de la Bioinformática.
Este artículo tiene por objetivo entregar una descripción básica de
la Bioinformática, su relación con la Informática Médica, sus prin-
cipales herramientas, bases de datos y funciones en la Medicina
Molecular y Biotecnología.
(Martinez J. 2006. Función e Importancia de la Bioinformática en el
Desarrollo de las Ciencias, Especialmente en Biotecnología y
Medicina Molecular. Cienc Trab, Oct-Dic.;8 (22):159-163).
Descriptores: BIOLOGÍA COMPUTACIONAL, BIOTECNOLOGÍA,
PROTEÓMICA, GENÓMICA, TÉCNICAS DE DIAGNÓSTICO MOLE-
CULAR, INFORMÁTICA MÉDICA.
INTRODUCCIÓN
Estamos en la era post-genoma humano, la era de las ómicas: la
Genómica, la Proteómica, la Metabolómica y la Citómica, que
conllevan una gran cantidad de datos a analizar. La secuencia-
ción masiva de genomas, la determinación de estructuras de
proteínas, el seguimiento, la expresión de miles de genes simul-
táneos, la determinación de interacciones entre proteínas y el
estudio sistemático de las modificaciones pos-traduccionales de
Correspondencia / Correspondence:
Jorge Martínez Hormazábal
Las Palmeras 3425
Ñuñoa, Santiago
Tel: 08-26918005
e-mail: jorgemartinezh@gmail.com
Recibido: 16 de octubre de 2006 / Aceptado: 09 de noviembre de 2006
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ABSTRACT
We are at the end of the technological era of informatics, at the
beginning, perhaps, of new eras such as biotechnology, molecular
medicine and nanotechnology. That implies that informatics as such
has merged with genetics and molecular biology generating
bioinformatics and medicine generating medical informatics.
Genome sequencing implies the need of obtaining conclusions of the
reading of those millions of base pairs, knowing what they codify, how
they relate and regulate the expression of the various genetic products,
as well as finding the function of unknown proteins by homology to
known function proteins and of generating models that allow the study
of specific mutations. The speed and efficacy of such conclusions have
been possible thanks to the development of bioinformatics.
This article has the objective of providing a basic description of
bioinformatics, its relationship with medical informatics, its main tools,
data bases and functions in molecular medicine and biotechnology.
Descriptors: COMPUTATIONAL BIOLOGY; BIOTECHNOLOGY, PRO-
TEOMICS, GENOMICS; MOLECULAR DIAGNOSTIC TECHNIQUES;
MEDICAL INFORMATICS.
proteínas separadas en geles 2-D y caracterizadas por espectro-
metría de masas llevan a generar insospechados datos, de los que
se conocen propiedades globales, pero no en detalle (Bensmail y
Haoudi 2003).
La aplicación de las nuevas técnicas en Proteómica y Genómica
Funcional ha cambiado el escenario: de conocer una función,
buscar el gen responsable y estudiar la proteína individual a
tener una gran cantidad de genes a los cuales hay que buscar su
función y la necesidad de estudiar las relaciones entre muchas
proteínas (Dopazo et al. 2001).
El análisis de estos datos entrega las enormes posibilidades en
áreas como la Medicina, la Biología y la Biotecnología, desde los
estudios evolutivos hasta la producción de nuevas medicinas
capaces de interrumpir selectivamente puntos específicos en
redes de interacción entre proteínas, por lo cual, la
Bioinformática es crucial para lograr estos objetivos.
Utilizamos el término Bioinformática sin saber los distintos signi-
ficados que tiene según el especialista al que se pregunta; gene-
ralmente, cuando hablamos de Bioinformática nos referimos a un
amplio abanico de actividades que van desde el simple uso de
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programas informáticos de análisis de secuencias a la biología in
sílico, pasando por el desarrollo de algoritmos (Dopazo et al.
2001).
Este artículo tiene por objetivo entregar una descripción básica
de la Bioinformática, su relación con la Informática Médica, sus
principales herramientas, bases de datos y funciones en la
Medicina Molecular y Biotecnología.
UNA DEFINICIÓN DE BIOINFORMÁTICA
Antes de hacer una definición clara, es necesario analizar las rela-
ciones entre la Biología y Computación, pues cada una de éstas
tiene objetivos y metodologías claras.
La Biología computacional es la aplicada a solución de problemas
biológicos no moleculares mediante modelización y simulación;
ejemplo es el estudio de ecosistemas en Ecología.
La Biocomputación es el desarrollo de sistemas computaciones
basados en modelos y materiales biológicos; ejemplo son los
biochips, los biosensores y el cálculo de problemas utilizando los
procesos biológicos del ADN (DNA Computing).
La Bioinformática, llamada también Biología Molecular
Computacional, corresponde como tal a una disciplina científica
que utiliza tecnología de la información para organizar, analizar y
distribuir información de Biomoléculas con la finalidad de
responder preguntas complejas (Altschul et al. 1994).
La Bioinformática abarca el uso de técnicas y herramientas utili-
zadas en tres disciplinas separadas; la Biología Molecular (donde se
originan los datos a analizar), la Computación (que proporciona el
hardware, las vías de comunicación de los resultados entre investi-
gadores) y el análisis de datos mediante algoritmos (que entrega los
programas y resultados a analizar) (Richon 2004).
Según la definición del Centro Nacional para la Información
Biotecnológica —National Center for Biotechnology Information—
(NCBI por sus siglas en inglés, 2001): "Bioinformática es un campo
de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como:
biología, computación y tecnología de la información. El fin último
de este campo es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas bioló-
gicas así como crear perspectivas globales a partir de las cuales se
puedan discernir principios unificadores en biología. Al comienzo
de la revolución genómica, el concepto de bioinformática se refería
sólo a la creación y mantenimiento de base de datos donde se alma-
cena información biológica, tales como secuencias de nucleótidos y
aminoácidos. El desarrollo de este tipo de base de datos no sola-
mente significaba el diseño de la misma sino también el desarrollo
de interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder
a los datos existentes y suministrar o revisar datos.
Luego toda esa información debía ser combinada para formar una
idea lógica de las actividades celulares normales, de tal manera que
los investigadores pudieran estudiar cómo estas actividades se
veían alteradas en estados de una enfermedad. De allí viene el
surgimiento del campo de la bioinformática y ahora el campo más
popular es el análisis e interpretación de varios tipos de datos,
incluyendo secuencias de nucleótidos y aminoácidos, dominios de
proteínas y estructura de proteínas.
El proceso de analizar e interpretar datos biológicos es conocido
como biocomputación. Dentro de la bioinformática y la biocompu-
tación existen otras sub-disciplinas importantes:
El desarrollo e implementación de herramientas que permitan el
acceso, uso y manejo de varios tipos de información.
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El desarrollo de nuevos algoritmos (fórmulas matemáticas) y
estadísticos con los cuales se pueda relacionar partes de un
conjunto enorme de datos, como por ejemplo métodos para loca-
lizar un gen dentro de una secuencia, predecir estructura o
función de proteínas y poder agrupar secuencias de proteínas en
familias relacionadas.
No debemos confundirla con la Informática Médica y la
Telemedicina, que son los nexos entre la Informática y las
Ciencias de la Salud, aunque el desarrollo de Medicina Molecular,
con un gran avance en Genética Molecular y Genómica conlleva
un gran desarrollo de la Bioinformática.
HERRAMIENTAS QUE ENTREGA
LA BIOINFORMÁTICA
Las herramientas Bioinformáticas han nacido de la necesidad de
trabajar específicamente con una gran cantidad de secuencias de
DNA y Proteínas que se encuentran almacenadas en bases de
datos (Coulson 1994); esta información se puede utilizar para
buscar las propiedades de una secuencia, comparándola con
secuencias semejantes con propiedades conocidas o a través de
reglas para predecir propiedades de secuencias nuevas (Altschul
et al. 1997; Thompson et al. 1994).
Entre las herramientas bioinformáticas más comunes para la
obtención de información, tenemos (Dopazo 2001):
• La obtención de secuencias de DNA o proteínas similares a la
secuencia problema.
• obtención de secuencias con palabras clave o información
La
similar a la secuencia problema.
• La búsqueda de motivos funcionales o estructurales en la
secuencia problema y obtención de secuencias que contienen
los mismos motivos.
• El alineamiento múltiple de la secuencia problema con otras
similares, y definición de regiones conservadas y variables.
• Ensamblaje de fragmentos de DNA y creación de mapas genó-
micos.
• Predicción de estructura y dinámica de macromoléculas.
• La reconstrucción de la filogenia a partir del alineamiento.
• La construcción de un motivo característico del alineamiento
y el uso de éste para encontrar nuevas secuencias con motivos
comunes con el alineamiento previamente realizado.
• Estudio de todos los genes y proteínas de un organismo:
“Genómica y proteómica funcional”.
• La generación de partidores para diseñar PCR.
Bases de datos de la Bioinformática y su papel central
Los organismos vivos se encuentran formados por células y éstas
contienen ADN como material genético; la secuenciación de las
bases del ADN de los cromosomas de un organismo corresponde
al genoma de éste. Actualmente la velocidad de secuenciación de
genomas ha sido rápido, desde 1995, generando una colección de
genomas simples de bacterias, menores y más fáciles de secuen-
ciar, hasta genomas de organismos superiores.
Bases de datos de secuencias de nucleótidos
Para acceder a las bases de datos de nucleótidos, podemos usar
las siguientes bases de datos:
GenBank at the NCBI (Bethesda, Maryland,USA).
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- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez También existen bases de datos de estructuras en 3 D cristali-

The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Nucleotide zadas; éstas contienen archivos que pueden visualizarse con un
Sequence Database at the European Bioinformatics Institute (EBI) programa de estructuras. Las bases de datos que nos entregan
in Hinxton, near Cambridge, UK estructuras son:
- http://www.ebi.ac.uk Protein Data Bank (PDB)
The DNA Database of Japan (DDBJ) at the National Institute of - http://www.rcsb.org/pdb
Genetics in Mishima, Japan. The Molecular Modeling Database (MMDB)
- http://www.ddbj.nig.ac.jp. - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure
The Fold classification based on Structure-Structure alignment of
Estas grandes bases de datos forman el International Nucleotide Proteins database (FSSP)
Sequence Database, http://www.insdc.org/ la cual combina cola- - http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp
borativamente los datos de estas tres grandes bases de datos de The Structural Classification Of Proteins (SCOP)
secuencias de nucleótidos. - http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
The CATH database
Bases de datos de proteínas - http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new
Las proteínas generan más de un problema en el momento de
almacenarlas en bases de datos; existen bases de datos generados
a partir de la traducción de los genomas, los que tienen el INTERACCIONES ENTRE PROTEÍNAS
problema de ser redundantes. Para aquello se requieren bases de
datos no redundantes, entre las cuales tenemos: La tecnología del sistema de dos híbridos en levadura permite
detectar proteínas que potencialmente interaccionan. Este tipo de
The NCBI protein database (Entrez Proteins) análisis ha comenzado a realizarse para varios genomas, particu-
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez) larmente el de Helicobacter pylori, que puede convertirse en el
SWISS-PROT primer genoma para el que se llegue a conocer un conjunto sufi-
- http://www.expasy.org/sprot cientemente representativo de la red completa de interacciones
TrEMBL (Translated EMBL) entre proteínas.
- http://www.expasy.org/sprot). Estos datos constituyen la base del posible desarrollo de nuevos
PIR (Protein Information Resource) medicamentos que tengan como objetivo interrumpir interac-
- http://pir.georgetown.edu ciones específicas en lugar de, como hacen los medicamentos
actuales, anular completamente todas las funciones de una o
Para evitar problemas de análisis se ha generado una clasifica- varias proteínas.
ción de familias que agrupan proteínas con características de Los métodos experimentales se apoyan de métodos bioinformá-
dominio, motivos, dominio y motivos (Hofmann et al. 1999). ticos para la predicción de interacciones entre proteínas. El
conjunto completo de interacciones detectadas experimental-
Bases de datos de motivos mente o predichas requiere del desarrollo de bases de datos y
PROSITE sistemas capaces de mantener y manipular esta información,
-http://www.expasy.org/prosite, detrás de la cual está el problema fundamental del funciona-
The BLOCKS database miento de los complejos sistemas de interacciones en rutas meta-
- http://www.blocks.fhcrc.org bólicas y caminos de señalización (Friddle et al. 2000).
The PRINTS database Entre las bases de datos de interacción entre proteínas se encuen-
- http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS tran:
http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
Bases de datos de dominios http://www.genebio.com/Melanie.html
Pfam http://pim.hybrigenics.com/pimriderlobby/current/PimRider
- http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam LobbyHiv.htm
Simple Modular Architecture Research Tool http://www.cellzome.com/
- http://smart.embl-heidelberg.de
The ProDom database Bases de datos por organismo
- http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html También existen bases de datos especificas a la secuenciación del
Clusters of Orthologous Groups of proteins (COG) database, genoma de organismos, entre ellos tenemos:
maintained at the NCBI E Coli
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG - http://www.genome.wisc.edu y http://ecoli.aist-nara.ac.jp
Candida albicans
Bases de datos conjuntas de motivos y dominios - http://sequence-www.stanford.edu/group/candida
Integrated Resource of Protein Families, Domains and Dictyostelium discoideum
SitesInterPro, - http://www.uni-koeln.de/dictyostelium
- http://www.ebi.ac.uk/interpro Entamoeba histolytica
The NCBI's Conserved Domain Database and Search Service - http://homepages.lshtm.ac.uk/entamoeba/
(CDD) Giardia lamblia
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml - http://www.mbl.edu/Giardia

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Artículo Original | Martínez Jorge

Leishmania major APLICACIONES EN MEDICINA MOLECULAR Y

- http://www.mbl.edu/Giardia
Neurospora crassa
- http://mips.gsf.de/proj/neurospora/
Plasmodium falciparum
- http://www.plasmodb.org
Pneumocystis carinii
- http://biology.uky.edu/Pc
Caenorhabditis elegans
- http://www.wormbase.org
Drosophila melanogaster
- http://flybase.bio.indiana.edu/
Homo Sapiens
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim
ANÁLISIS DE PATRONES DE EXPRESIÓN GÉNICA
El desarrollo de la tecnología conocida de los Microarrays, mediante
la cual se pueden unir a pequeñas piezas de soportes sólidos decenas
de miles de sondas capaces de detectar específicamente la expresión
de un determinado gen en cada una de ellas, ha permitido comparar
los niveles de expresión génica entre células normales y células
tumorales (Uwe et al. 2000). Una de sus potenciales aplicaciones es
la posibilidad de detectar rápidamente patologías por medio del
análisis de las características genotípicas de distintos individuos,
además de detectar, por ejemplo, qué tipo de medicina puede ser más
útil para el perfil de expresión de un individuo concreto (Berns 2000).
Las aproximaciones experimentales basadas en Microarrays se ha
extendido enormemente debido a su aparente simplicidad técnica
unida a una enorme potencia para explorar sistemas complejos. Es
importante darse cuenta de que buena parte de los problemas
asociados a su aplicación son computacionales, tanto en lo referido
a la manipulación y almacenamiento de la compleja información
experimental generada como, y más importante, para la interpreta-
ción de los resultados. Este tipo de interpretación puede referirse a
problemas como la detección de genes con patrones de expresión
similares y de las posibles características funcionales que explican
esta similitud en sus patrones de expresión.
BIOTECNOLOGÍA
La secuenciación del Genoma Humano entregó una fuente de datos
sobre las relaciones de genes humanos y algunas enfermedades, a
través de conocer causas moleculares de éstas y descubrir cómo las
diferencias Genéticas entre las personas causan o contribuyen a la
expresión de enfermedades. La Medicina Molecular es la unión
entre la Medicina y la Genómica. Dentro de ésta nace la Medicina
Genómica, definida como el análisis Genotípico de un individuo
para cambiar su medio ambiente, prevenir y tratar enfermedades
detectadas en el análisis; la Medicina Individual, que consiste en la
aplicación de la Genómica para identificar la predisposición indi-
vidual para desarrollar una enfermedad y para diseñar terapias
adaptadas a los perfiles genéticos de los pacientes y que, por tanto,
podrían prescribirse con seguridad y eficiencia (Uwe et al. 2000).
En conjunto, constituyen tres áreas de desarrollo para el futuro. La
primera busca, en mayor medida, el conocimiento de la enfer-
medad; la segunda, determinar la existencia de defectos genéticos
y su efecto en la salud del individuo, a partir de la relación con un
entorno particular; y, la última, reconocer las diferencias genéticas
entre las personas, para tratarlas acordes a éstas.
La Medicina Molecular y la Biotecnología son áreas de desarrollo
e innovación tecnológica. El progreso de ambas se encuentra estre-
chamente relacionado a través de la investigación Genómica,
Posgenómica (Proteómica y Metabolómica) y la Bioinformática.
La identificación de las causas moleculares de las enfermedades
junto con el desarrollo de la industria Biotecnológica y
Farmacéutica permitirán el desarrollo de mejores métodos de diag-
nóstico, la identificación de dianas terapéuticas y el desarrollo de
fármacos personalizados, así como una mejor medicina preventiva
(Iliopoulos et al. 2000).
Figura 1.
Relación entre la Informática, las Ciencias de la Salud, la Biología
Molecular, la Genética y la Biotecnología.

PRINCIPALES PÁGINAS SOBRE MICROARRAYS

Herramientas para el análisis de Microarrays
http://bioinfo.cnio.es/cgi-bin/tools/clustering/sotarray
http://www.microarrays.org/
http://ep.ebi.ac.uk/
http://www.applied-maths.com/ge/ge.htm
http://www.tigr.org/softlab/
http://www.partek.com/
http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15K/HTML/
http://discover.nci.nih.gov/nature2000/
http://www.rii.com/
http://genome-www4.stanford.edu/MicroArray/SMD/ restech.html Las Áreas de la Salud, la Biología Molecular, la Genética y la
http://www.pdg.cnb.uam.es/geisha/ Informática han comenzado a acercarse haciendo su relación más
estrecha, para responder a las demandas que surgirán de la
Principales páginas de expresión Medicina Molecular. Parece apropiado pensar que, para
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ comprender las causas de las enfermedades y avanzar en el diag-
http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ nóstico, terapias seguras e individualizadas, será necesario unir la
http://beamish.lbl.gov/ Bioinformática, la Informática Médica y el medio ambiente.

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CONCLUSIONES
La comunicación sin hilos, la Internet de alta velocidad, el desa-
rrollo de computadores con procesadores cada vez más rápidos y
económicos (véase la ley de Moore), la aparición de nuevas inter-
fases multimedia (que permitirán, vía resultados de microarrays y
geles 2-D para diagnosticar certeramente muchos tipos de enferme-
dades, seguir la eficacia de su tratamiento); la investigación de
propiedades de nuevas proteínas, la remodelación de éstas mediante
programas que simulan su actividad y el estudio de las vías meta-
bólicas con las relaciones entre proteínas, proponen un presente y
futuro totalmente revolucionario.
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Las herramientas de la Bioinformática han cambiado muchos
ámbitos del estudio de las Ciencias. Actualmente todos los
equipos de Biología Molecular y Medicina traen software más
especializados y el rol del científico, más que hacer el experi-
mento, va en interpretar y manejar correctamente los datos; por
lo cual es imprescindible que todo profesional de estas áreas
desarrolle conocimientos en su uso y aplicación, además que se
formen profesionales específicos en esta área que solucionen las
incógnitas que vayan apareciendo, pues cada vez más aumen-
tarán las bases de datos y cada vez más tendremos nuevas
preguntas: esto es el comienzo.
Hofmann K, Bucher P, Falquet L, Bairoch A. 1999. The PROSITE database, its status
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