Rolul ecologic al protozoarelor în biosferă este foarte important. Ele ocupă
un loc esențial în lanțurile trofice. Pe de altă parte, între acestea și celelalte organisme există relații ecologice de tip benefic ca simbioza, comensalismul sau relații de tip antagonic ca parazitismul, prădătorismul (ciliatele consumă bacterii și alte protozoare), hiperparazitismul (ciuperca Sphaerita parazitează ciliatul Opalina care trăiește în corpul batracianului Rana). Formele libere de protozoare constituie marea majoritate, dintre acestea cele mai numeroase fiind marine (Radiolarii, Foraminiferele, Dinoflagelatele). Unele grupe sunt tipice de ape dulci (Heliozoare, Amibe, Euglene, Ciliate). Multe specii trăiesc în sol (edafice) la nivelul peliculei de apă interstițială dintre particule. Unele protozoare suportă condiții extreme de viață, ele rezistând în ape termale 0 (58 C), altele „specializate” la temperaturi de CC. Protozoare autotrofe ca Euglena sunt producători primari. Toate speciile heterotrofe sunt consumatori primari care se hrănesc cu alge. Alte specii sunt prădătoare, de exemplu: numeroase ciliate, flagelate și rizopode care se hrănesc fie cu protozoare, fie cu larve de metazoare. În natură, biomasa protozoarelor este adesea subevaluată. Astfel, papirusul și multe plante acvatice din Africa-Centrală sunt acoperite literalmente de milioane de ciliate. Pe de altă parte, exploziile („boom”-urile) de protozoare acvatice sunt bine cunoscute. Astfel, la ciliate pot exista mai mult de 250.000 celule/ml (adică 0,35 g/l). Densitatea protozoarelor din sol poate ajunge până la 70.000 indivizi/gr, ciliatele putând reprezenta ele însele aproape jumătate din cantitatea estimată de 1-10 kg/ha. Această biomasă poate părea scăzută în raport cu alți taxoni (Anelide) dar unele dintre ele fac subiectul unei rate de multiplicare odată la 3 zile (Amibele). Aceasta arată importanța protozoarelor în „economia solului".