Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
FACULTATEA DE BIOLOGIE
MASTER BIOLOGIE MEDICALA, AN 1, Sem 2
2020-2021
1
Cuprins
Abstract...........................................................................................................................................3
1. Introducere.........................................................................................................................4
Abstract
Liniile folosite pentru selecția de bacteriofagi trebuie să fie izolate din cele care circulă în
mod curent în clinici. Prin urmare, laboratoarele care se ocupă de dezvoltarea produșilor
bacteriofagi ar trebui să fie în permanentă interacțiune cu spitale și laboratoare de bacteriologie
de rutină.
Tulpinile selectate în scopul izolării bacteriofagilor terapeutici trebuie evaluate din nou la
un an de la introducerea lor în procesul de preproducție, iar în cazul menținerii principalelor
caracteristici biologice, inclusiv a proprietăților de virulență, validitatea tulpinilor poate fi
prelungită. Tulpinile trebuie menținute în anumite condiții care să asigure faptul că aceastea nu
își pierd virulența și alte caracteristici biologic specifice.
De regulă pentru izolarea și selecția bacteriofagilor noi, ar trebui utilizate cel puțin 10-15
tulpini bacteriene care diferă prin diverse caracteristici.
Cerințe absolut diferite sunt aplicate tulpinilor utilizate direct în procesul de producție al
bacteriofagilor, în special pentru procesul de propagare a bacteriofagilor pe scară largă. Acest tip
de tulpini ar trebui să garanteze siguranța maximă produsului final. Prin urmare, trebuie respectate
cu strictețe următoarele cerințe:
Există o serie de cerințe pentru bacteriofagii terapeutici, dintre care unele dintre acestea
pot fi considerate esențiale, importante sau de dorit. Cu toate acestea, fiecare cerință ar trebui să
fie luată în considerare în lumina obiectivelor aplicării viitorului produs bacteriofag, cum ar fi
necesitatea uzului acestora, locului țintă aspura căruia acționează și durata tratamentului.
Principiile cele mai importante ale alegerii bacteriofagului candidat și designul cocktailului
terapeutic sunt prezentate în Fig. 1.
3.2.1 Gama gazdă a bacteriofagilor și abilitatea de a ucide celulele bacteriene
țintă
În mod ideal, bacteriofagii terapeutici candidați ar trebui să aibă cea mai largă gamă de
gazde în rapot cu speciile / tulpinile bacteriene țintă. Pragurile variabile ale intervalului gazdă
sunt luate în considerare în funcție de structura populației speciilor bacteriene. Cu toate acestea,
pentru majoritatea speciilor de bacterii, pragul gazdă pentru fiecare bacteriofag individual nu
depășește 40–50% din tulpinile clinice deci, prin urmare, un amestec de bacteriofagi diferiți
(cocktail) trebuie asamblat pentru aplicare (Capitolul 2, Subpoziția 3).
Bacteriofagii terapeutici ar trebui să acționeze ca ucigași „activi” față de majoritatea
tulpinilor țintă. Aceștia ar trebui să fie capabil nu doar să se adsorbe pe suprafața celulelor
bacteriene, ci și să depășească (învingă) mecanismele de apărare mediate de bacterii, cum ar fi
modificarea restricțiilor, CRISPR-Cas și infecția avortivă. Bacteriofagii care nu au aceste
abilități de învingere a mecanismelor de aparare a bacteriilor, dar sunt capabili să se adsorbe pe
peretele celulei bacteriene pot ucide bacteriile prin „uciderea din afară”/ “killing from without”
atunci când sunt prezenți în număr mare. Cu toate acestea, pentru ca terapia cu bacteriofagi să
aibă succes, este important ca la locul infecției să aibă loc o creștere a populației de bacteriofagi,
astfel încât numărul acestora să îl depășească pe cel al populației bacteriene. Capacitatea
bacteriofagilor de a se propaga pe tulpinile țintă ar trebui evaluată prin determinarea eficienței
placării (EOP).
Adaptarea bacteriofagilor pe tulpinile bacteriene a fost aplicată pe larg deja, de către d’Herelle în
primele sale experimente terapeutice. Procesul de adaptare a bacteriofagului se bazează pe
coevoluția în tandem a cuplului bacteriofag-bacterie și permite nu numai să extindă gama gazdă a
bacteriofagilor candidați, dar reduce și evoluția rezistenței la tulpinile bacteriene intermitente și
cronice.
Bacteriofagii terapeutici ar trebui să aibă, de asemenea, rate mari de eliminare a tulpinilor
țintă. Se consideră că bacteriofagii cu o rată mare de adsorbție, o perioadă latentă scurtă și o
dimensiune mare a exploziei sunt candidați buni pentru a fi aplicați în tratamentul terapeutic.
Parametrii fiziologici de mai sus pot fi definiți prin testul „one-step growth” descris de Adams.
Bacteriofagii terapeutici ar trebui să își mențină capacitatea de ucidere pe parcursul unei
perioade de timp cât mai mare. Cu toate acestea, apariția mutanților rezistenți la bacteriofagi este
inevitabilă și, prin urmare, un alt criteriu de luat în considerare este frecvența scăzută a apariției
mutanților bacterieni rezistenți. De regulă, frecvența apariției mutanților la tulpinile sensibile la
bacteriofagi ar trebui să se încadreze în pragul de 10 -7 – 10-8 mutanți pe generație. Frecvența
apariției mutanților poate fi determinată direct prin metoda clasică descrisă de Adams.
Capacitatea de a depăși creșterea mutanților rezistenți poate fi verificată prin cultivarea
bacteriilor și bacteriofagilor din bulion.
Pentru a preveni orice tip de schimb genetic orizontal, bacteriofagii terapeutici ar trebui
să fie puternic litici, adică așa numiți bacteriofagi virulenți și netransductori. Genomurile lor nu
ar trebui să codifice pentru genele ce determină intrarea în ciclul lizogen, cum ar fi integrazele,
transpozazele sau represorii.
Capacitatea de transducție generalizată în bacteriofagii litici depinde de organizarea
ambalajului ADN și poate fi testată prin metode bazate pe PCR sau testul clasic de transducție.
Bacteriofagii terapeutici nu trebuie să conțină alți determinați genetici potențial
dăunători, cum ar fi cei care codifică pentru diverși factori de virulență (de exemplu: toxine) și
rezistența la antibiotice. Secvențierea genomului bacteriofagilor candidați este considerată o
strategie esențială pentru evaluarea siguranței acesteia. Este foarte recomandat ca fiecare
bacteriofag folosit în scopuri terapeutice să aibă un pedigree/istoric clar identificat pentru a-și
confirma originea evoluată în mod natural. Morfologia bine definită și clasificarea
bacteriofagilor terapeutici includ, de asemenea, verificare identității lor.
3.2.3 Cerințe de stabilitate
Bacteriofagii terapeutici individuali corect selectați cu spectru larg pot fi aplicați ca monofagi
terapeutici. Bacteriofagii asemănători lui K-like, activi împotriva Staphylococcus aureus și
Staphilococcus epidermidis, sunt buni candidați pentru astfel de produse terapeutice. Gama
gazdă a acestor bacteriofagi, de regulă, acoperă peste 90% din S. aureus și aproximativ 80% din
izolatele clinice S. epidermidis. Preparatele realizate cu bacteriofagi asemănători lui K-like s-au
dovedit extrem de eficiente împotriva diverselor tipuri de infecții.
Cu toate acestea, pentru majoritatea speciilor de bacterii este necesară aplicarea așa numitelor
cocktail-uri cu bacteriofagi cuprinzând mai mulți bacteriofagi pentru a obține o gamă gazdă mai
largă a produsului final. Eficiența cocktailului final este considerată suficientă dacă sunt lizate
cel puțin 70-80% din tulpinile clinice vizate. Gama acestui prag de activitate depinde în special
de speciile bacteriene. Aceasta este o consecință a structurii specifice a populației unei specii
bacteriene care poate fi foarte clonală, panmictică – prezintă capacitatea de împerechere aleatorie
în populație, dar chiar și epidermică. Un panou al tulpinilor de control clinic pentru cocktail-urile
gata de utilizare ar trebui să conțină cel puțin 50 de tulpini clinice utilizate ale speciilor țintă.
Este important să înțelegem că acele cocktail-urile de bacteriofagi nu ar trebui să fie
amestecuri aleatorii de diferiți bacteriofagi, deoarece o serie de studii bine documentate arată că
bacteriofagii în combinație pot interfera între ei la coinfecție. Interferența poate avea efecte
sinergice și antagonice. Prin urmare, compatibilitatea bacteriofagilor din amestecuri trebuie
definită prin provocarea acestora împotriva tulpinilor de preproducție din culturile de bulion, prin
metoda Appelmans. Rezultatele pot fi monitorizate prin măsurarea densității optice - OD600.
Dacă bacteriofagii colectivi candidați demonstrează o eficiență mai mare în comparație cu
bacteriofagii individuali, interferența pozitivă dintre bacteriofagii din același cocktail este
garantată.
Un alt factor cheie de care trebuie să țineți cont în timpul proiectării cocktailului ar trebui să
fie alegerea bacteriofagilor cu diferite situsuri de recunoaștere a receptorilor peretelui celular.
Aplicarea bacteriofagilor individuali cu mai multe situsuri de recunoaștere este considerată, de
asemenea preferabilă, ca de exemplu bacteriofagii T sunt chiar un bun exemplu de bacteriofagi
cu receptor dublu. Prin urmare, este foarte important ca cocktail-urile de bacteriofagi să fie
prezentate ca și combinații de bacteriofagi care determină diverse tipuri de mecanisme de
rezistență la mutanții bacterieni.
Pyobacteriofagii vizează diverse tipuri de infecții localizate în diferite părți ale corpului
uman (tract respirator, infecții urologice, răni purulente, răni infectate, etc.), în timp ce
Intestinbacteriofagul este aplicat pe scară largă în cazul infecțiilor intestinale (dizenterie,
salmoneloză, disbioză, etc.). În timp ce proiectăm astfel de cocktail-uri, în primul rând
compoziția microbiană a situsului de infecție trebuie bine definită prin sondaje epidemiologice
(date de incidență și prevalență), în același timp trebuie luată în considerare și frecvența apariției
simultane a diferitelor specii bacteriene în timpul diferitelor infecții la situsul acesteia. De
asemenea, trebuie luată în considerare activitatea antagonică și sinergică între diferite specii
bacteriene. De exemplu, în timpul studiilor cu bacteriofag timpuriu s-a definit că aplicarea
bacteriofagilor împotriva tulpinilor de Clostridium perfringens, cu scopuri atât profilactice, cât și
terapeutice împotriva cangrenei gazoase, ar trebui combinată cu bacteriofagi activi împotriva
stafiloccilor și streptococilor, dar nu împotriva tulpinilor Escherichia coli. Observația s-a bazat
pe faptul că stafilococii și streptococii creează condiții favorabile pentru bacteriile anaerobe, în
timp ce E. coli poartă un antagonism natural împotriva lor.
4. MODIFICAREA METODEI APPELMANS PENTRU ADAPTAREA
BACTERIOFAGILOR ÎMPOTRIVA TULPINILOR BACTERIENE ȘI
EVALUAREA ACTIVITĂȚII COMPLEMENTARE A BACTERIOFAGULUI IN
COCKTAILUL TERAPEUTIC
4.1 Materiale
1. Spectofotometrul OD600;
2. Centrifugă (viteza disponibilă de 6000 g);
3. Tuburi sterile de centrifugă adecvate;
4. Tuburi de cultură de 15ml, rezistente la cloroform;
5. Pipete pentu volume de 5ml;
6. Micropipete variabile pentru volume de 1000 și 200 μL;
7. Vârfuri sterile pentru micropipete;
8. Seringi de 5 ml și ace;
9. Filtre de seringă de 0,45 sau 0,22 μm ;
10. Mediu de bulion specific pentru creșterea speciilor/tulpinilor bacteriene (inclusiv
suplimente);
11. Cloroform;
12. Bacteriofagi individuali sau amestec de suspensii de bacteriofag candidat care trebuie testate;
13. Cultura de bulion de preproducție bacteriană în faza de creștere a jurnalului, la o concentrație
minima de 108 CFU/m.
Bibliografie
1. Azerdo J., Sillankorva S., 2018 Terapia cu bacteriofagi. Din laborator la practica
clinică, Editura Humana Press, Braga, Portugalia, pag. 99