Cea mai mare parte a lucrărilor sale a rămas în manuscris, astfel
importanta sa lucrare, Tratat despre funcții, a fost tipărită abia după 100 de ani(în 1930). În aceasta, Bolzano a dat primul exemplu de funcție continuă care nu este derivabilă în niciun punct. De asemenea, acesta a avut contribuții la fondarea analizei matematice moderne: a introdus o serie de noțiuni și teoreme ale analizei matematice chiar înaintea lui A. L. Cauchy, K. Weierstrass și G. Cantor (teorema Bolzano-Weierstrass). Bernhard Bolzano este primul care a considerat mulțimi arbitrare, echivalența acestora etc., în lucrarea Paradoxien des Unendlichen(publicată postum, 1851). În 1817, a demonstrat cu ajutorul teoremei lui Cauchy, că o funcție continuă nu își poate schimba semnul fără a se anula. Bolzano a construit o funcție a cărei reprezentare are aspectul unei linii zimțate, de forma unei sârme ghimpate. Bolzano a fost unul dintre inițiatorii logicii matematice și a metodei axiomatice, care are rol important în matematica modernă.