Majoritatea reptilelor sunt insectivore şi carnivore, şi au un tub digestiv
simplu şi relativ scurt, carnea fiind uşor de digerat. Spre deosebire de mamifere, digestia este mai lentă, acest lucru arătând metabolismul scăzut din timpul inactivităţii și incapacitatea de a sfâşia şi mesteca hrana
Metabolismul lor poichiloterm are cerinţe scăzute în ceea ce priveşte
energia, permiţându-le marilor reptile precum crocodilii, şi marilor constrictori să trăiască dintr-o masă multe luni, digerând lent hrana.
În prezent, ţestoasele formează grupul erbivor predominant de reptile,
însă există şi specii ce au evoluat la o viaţă bazată numai pe plante şi specii ce se hrănesc şi cu plante şi cu animale, precum iguana sau agama Iguana. Agama
Reptilele erbivore întâmpină aceleaşi probleme ale masticaţiei ca şi
mamiferele erbivore, însă lipsa complexului de dinţi a determinat ca multe dintre speciile de reptile să înghită pietricele(aşa-numitele gastrolite) pentru a le ajuta în digestie. Sistemul excretor
Sistemul excretor este reprezentat, ca şi la celelalte vertebrate, prin doi
rinichi şi două uretere, care se deschid direct în cloacă; unele dintre ele, cum sunt şopârlele şi broaştele-ţestoase, au însă şi vezica urinară.