Bio Diver Site

SIE – Sciences et Ingénierie de l’Environnement
Écologie générale:
La biodiversité
Dr. Charlotte Vandenberghe
Laboratoire des systèmes écologiques

EPFL – ENAC – IIE – ECOS
Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 1

Ouvrages recommandés pour la partie « Biodiversité »
(Dr. Charlotte Vandenberghe)
-Ricklefs & Miller (2000); Ecology

-Gaston & Spicer (2004); Biodiversity: An Introduction.
- Groom et al. (2006); Principles of conservation biology

- Primack (2006); Essentials of conservation biology

Chapitre 1:
Le concept biodiversité

L’année internationale de la biodiversité
Europe:
http://www.countdown2010.net
http://www.cbd.int/2010/
- Développer les programmes et stratégies de conservation de la nature

- Exécuter les plans d’actions en collaboration nationales et internationales
- Étudier et montrer l’évolution de la biodiversité
- Informer et sensibiliser la population et les autorités

Enquête
Attitudes des Européens concernant la

biodiversité
(European Commission 2007)
Q1. Are you aware of the term biodiversity?
1. I’ve heard of it and I know what it means 35%

2. I’ve heard of it but I do not know what it means 30%
3. I have never heard of it 35%
http://ec.europa.eu/public_opinion/flash/fl_219_en.pdf

La notion de biodiversité en Europe
Grande variabilité:
Autriche et Allemagne: Cypre and Czech République

> 70% savent définir la Tchèque: seulement 6% savent
biodiversité définir la biodiversité

La notion de biodiversité en Suisse
Sondage de l’office fédéral de l’environnement (OFEV, 2009):
50% des Suisses ne connaît pas la notion de biodiversité!

Définition
Biodiversité = Diversité Biologique

« La variabilité des organismes vivants de toute origine y
compris, entre autres, les écosystèmes terrestres, marins et
autres écosystèmes aquatiques et les complexes
écologiques dont ils font partie; cela comprend la diversité
au sein des espèces et entre espèces ainsi que celle des
écosystèmes »
Art. 2 de la Convention sur la diversité biologique, UN Conference

of Rio, 1992 (www.biodiv.org)

Les niveaux de la biodiversité
La variété de la vie peut s’exprimer de multiple façon
Diversité génétique
Populations Diversité organismique
Individus Domaines
Chromosomes Phyla Diversité écologique
Gènes Familles Biomes
Nucléotides Genera Bio-régoins
Espèces Paysages
Sous-espèces Ecosystème
Populations Habitats
Individus Niches
Populations

Diversité des espèces
le plus souvent traité comme l’élément fondamental de la biodiversité

Diversité des espèces
chaque concept d’espèce a des forces et des faiblesses

Les niveaux de la biodiversité
Structure Composition
Fonction Groom et al. 2006

Trois domaines du vivant
Campbell & Reece, 2004

Nombres d’espèces existantes?
Groupe d’espèces
Estimation du nombre
d’espèces pour les
groupes dont on pense
qu’il y a plus de 100’000
espèces
Millions d’années
Primack, 2006

Chiffres en milliers
(moyenne) 1.8 millions d’espèces décrites

(moyenne) 13.6 millions d’espèces à découvrir

Découvertes d’espèces continuent
-environ 13’000 espèces par année (36/jour)
- il existe des sources d’erreurs
- homonymie (1 nom; ≠ espèces) et synonymie (2 noms; 1 espèce)
- choix non représentatif des groupes (oiseaux, plantes, mammifères
versus invertébrées, fungi, parasites) et des régions (îles, milieux terrestres
versus milieux marins) prospectés
Nombre moyen d’espèces

décrites par année (période
1978-1987)

- Les nouvelles méthodes (moléculaires) contribuent à faire augmenter

le nombre d’espèces
- On estime qu’elles pourraient faire doubler le nombre d’espèces
d’oiseaux existant dans le monde (actuellement 10’000)
Il y a eu 48 nouvelles
espèces d’oiseaux
découvertes et décrites en
Afrique entre 1946 et 1995
(50 ans)

Biodiversité comparée entre mers et terres
- Les océans couvrent 67% et la terre 33% de la surface sur Terre

- Les océans contiennent 90% des classes d’organismes connues, mais
85% des espèces décrites sont terrestres
4 explications:
1. La vie étant apparue en mer, les phylums s’y sont davantage
diversifiés et certains n’ont pas réussi leur sortie de l’eau
2. La plus grande hétérogénéité terrestre a permis plus de
spéciation, particulièrement en rapport avec la dérive des
continents
3. L’herbivorie terrestre est plus spécialisée, avec davantage de
relations plantes-herbivores, ce qui est favorable à la spéciation
4. Les animaux marins sont globalement de plus petite taille, ce
qui leur permet mieux de garder la continuité sur de grands
territoires (plus d’individus et plus grande capacité de dispersion),
ce qui limite la spéciation allopatrique

Environnements peu explorés
• La canopée des forets tropicales, « the last biotic

frontier »
• Les sols, « the poor man’s tropical forest »
• Les récifs coralliens, « the marine equivalent of tropical

forests »
• Les zones marines abyssales, « one of the greatest

imponderables »

Enquête
Q9. Where would you get information about biodiversity?
- Television news and documentaries

- Radio
- Newspapers and magazines
- Internet
- School/University
- Family/Friends
- Events (conferences, exhibitions, festivals)
- Publications/Books/Brochures
- Other
- No answer

Primary sources of information
Q9. Where would you get information about biodiversity?
Television news and documentaries

Internet
Newspapers and magazines
Publications/Books/Brochures
Radio
School/University
Family/Friends
Events (Conferences, exhibitions)
Other
No answer

Chapitre 2:
La mesure de la biodiversité

Malgré la complexité du concept de biodiversité, des

méthodes de mesures opérationnelles sont nécessaires
dans une perspective heuristique et de gestion
La variété de la vie peut être exprimé de multiple façon, il

n’existe pas qu’une mesure universelle
Les mesures se basent souvent sur deux composantes:

– - le nombre d’entités
– - le degré de différence entre ces entités

- Les entités peuvent être des espèces, mais aussi d’autres éléments
organismiques, génétiques ou écologiques
- La dissimilarité entre entités peut se mesurer à l’aide de différents

critères:
• abondance (nombre, surface)
• biomasse
• morphologie (traits biologiques)
• physiologie (écophysiologie)
• biochimie
• génétique (séquençage du génome, diverses analyses d’ADN,
alloenzymes, caryotypes)
• répartition spatiale (biogéographie)
• histoire de vie (phylogénie)
• rôle écologique (traits fonctionnels)

A ou B plus diversifié?

Il n’y a pas de mesure universelle
« Bien que la diversité soit un thème central de l’écologie, il règne un

désaccord considérable en ce qui a trait à la manière de la mesurer »
(Magurran, 1988)
– Les mesures explorent certaines facettes de la biodiversité,

répondent à certaines questions, avec un certain point de vue
– Le choix d’une mesure n’est pas neutre, puisqu’il va influencer le
type de réponses possibles et donc le type de décision, quand
l’objectif est celui de la gestion

Les mesures les plus utilisées
La richesse spécifique
Diversité spécifique H
(Shannon-Weaner)
Concentration-uniformité
(Simpson)
Régularité

Dans la pratique, la richesse en espèces est la méthode de

mesure la plus courante
• Elle a des applications pratiques (gestion), et est

facilement utilisable, avec des résultats reproductibles
• D’importantes quantités d’informations existent déjà

(littérature, collections, inventaires)
• Elle a un large champ d’application et son acceptation

est généralisée (législation, politique, usage populaire)

Corrélation avec d’autres dimensions et variations de la biodiversité
Mollusques
benthiques du Champigons
Pacifique est, à macromycètes
différentes de certaines
latitudes zones en UK
Plantes
Abeille dans un herbacées de
maillage de Patagonie
611’000 Km2

Une mesure simple: le nombre d’espèces
• Les expressions les plus courantes sont du type
Diversité = n
ou encore D = n-1 / ln N
n = nombre d’espèces
N = nombre total d'individus de la collection
• Ces mesures sont les plus sensibles à la présence

d'espèces rares

La diversité spécifique (Shannon-Weaner)
• Combine le nombre d’espèces et la distribution d’abondances

• Formule de l’entropie (avec l’emploi du log2)
pi = proportion de la i-ème espèce sur n espèces,

mesurée par sa "fréquence" relative
= Ni/N où Ni représente le nombre d'individus
représentant l'espèce i et N est le nombre total
d'individus de la collection
• H=0 (valeur minimale) quand l'échantillon ne contient qu'une seule espèce
• H augmente à mesure que s'accroît le nombre d'espèces
• Pour un nombre donné d'espèces, H est maximum quand toutes les espèces sont
également représentées dans l'échantillon (on a alors H = log n). Par contre, plus forte est
la structure de dominance, moins l'échantillon est diversifié

Concentration-uniformité (Simpson)
• Indice basé sur la probabilité que deux individus d'un

peuplement qui interagissent, appartiennent à la même
espèce. Cet indice mesure ainsi la dominance d'une ou
plusieurs espèces sur les autres
Diversité = 1- concentration
• Cette mesure de la diversité est plus sensible que la

diversité H aux variations d'abondances des quelques
espèces les plus importantes

Régularité
• Constitue en quelque sorte une mesure relative de la

diversité de l'échantillon, variant entre zéro et un
• Il existe différentes mesures de régularité. La plus
simple consiste à comparer la diversité mesurée dans la
population, à la valeur maximale que pourrait prendre la
diversité avec n espèces
• Dans le cas de la diversité de Shannon, on obtient la
diversité H relative:
• Permet de mieux exprimer la composante "distribution

d’abondance »

Exemple 1

Exemple 2
Observation N0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Abondance des
descripteurs 1 0 0 9 0 0 0 0 90 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 10 0
1 0 0 9 0 0 0 0 0 0
1 1 0 9 9 0 9 90 0 90
1 1 0 9 9 0 1 10 0 1
1 1 0 9 9 0 1 10 0 1
1 1 0 9 9 0 1 10 0 1
1 1 0 9 9 0 1 10 0 1
1 1 0 9 9 0 1 10 0 1
1 1 1 9 9 9 1 10 0 1
Richesse spécifique 15 7 1 15 7 1 7 7 7 7
Diversité H (base 2) 3.91 2.81 0 3.91 2.81 0 2 2 2 0.5
Concentration 0.07 0.14 1 0.07 0.14 1 0.39 0.39 0.39 0,88
Régularité 1 1 _ 1 1 _ 0,71 0,71 0,71 0,18
N1=expH 49.73 16.6 1 49.74 16.57 1 7.43 7.43 7.43 1.65
N2=1/concentration) 15 7 1 15 7 1 2.59 2.59 2.59 1.14
N2/N0 1 1 1 1 1 1 0.37 0.37 0.37 0.16

Chapitre 3:
Diversité des espèces au cours

des temps géologiques

Enquête
Q2. What does « loss of biodiversity » mean to you?

Q2. What does « loss of biodiversity » mean to you?
Certain animals and plants are disappearing/will disappear

Species
Certain animals and plants are/will become endangered
Decline in natural habitats/less variety – in general
Habitat
Loss of natural heritage such as nature endemic species/natural landscapes
Forests will disappear
Causes Climate change

Problems with clean air and water/CO2 emissions
Problems with economy/Loss of material wealth
Consequences
Loss of potential for producing medicines, food and fuel
Don’t care about the issue
Problems in my garden
Less opportunities for tourism
Others
Do not know

Definition of biodiversity loss
« the long-term or permanent qualitative or quantitative reduction in
components of biodiversity and their potential to provide goods and
services, to be measured at global, regional and national levels »
Concept multidimensional:
- 60% of ecosystem services have been degraded worldwide (MEA)

- 40 to 80% of European habitats of interest are in decline (BAP)
- 15% of Europe’s mammal species are threathened (IUCN Red Lists)
- 50% of plant species in Europe are at risk (ALARM)
La planète sous pression de l’activité humaine!
- Certains estiment q’une extinction majeure est en cours

- Les espèces vivantes disparaissent à une vitesse 100 fois plus que normal

Diversité à travers les temps géologiques
Nombre d’espèces sur Terre n’a pas été constant depuis le début de la vie
cellulaire (approx. 3200 MYR ago)

Continental organisms
All organisms
Marine organisms
Dynamique temporelle du nombre de
familles découvertes dans les dépôts
fossiles; A: tous les organismes; b:
continental; c: marin (curve max. et
min.)

All genera
"Well-defined" genera
Trend line
Thousands of genera
"Big Five" mass extinctions
Other mass extinctions
Million years ago
Fossil record en.wikipedia.org

Why has there been an overall increase of speciation and biodiversity ?

3 hypothetical explanations:
• Geographical isolation causing the range of many taxa to separate and
undergo evolutionary radiation (i.e. endemism, vicariance and
provincialization)
– The land masses separation (continental drift) across Earth, which
has allowed differentiation of species assemblages on the different
continents and oceanic basins
– Mountain building
– Climate change, which contributed to the isolation of population
during ice periods or see level rises
• An increasing efficiency of occupation of the available ecological niches
and more complexe interactions among organisms
• Mass extinction which favoured the setting of new life-forms and body-
plans on the inherited biologically depauperate Earth

Diversifications
Evolution temporelle de la
diversité des plantes terrestres
vasculaires fossiles
I: Ptéridophytes
II: Gymnospermes
III: Angiospermes

Diversifications
L’origine des espèces et la spéciation par mutation
Le processus de formation de nouvelles espèces est bien documenté sur
l’archipel des Galapagos, devenu « laboratoire de l’évolution » avec les
travaux de Charles Darwin (1858) sur les pinsons.
Des îles volcaniques océaniques

jeunes qui n’ont jamais été en
contact avec le continent, et au
sein desquelles se sont passés
des évolutions par isolation sur
chacune d’entre elles

Spéciation: les pinsons de Darwin
La petitesse des îles et leur

isolement par rapport au
continent ont été favorables au
succès de nouveaux génotypes
dans une unique lignée
constituée par les immigrants
Ce processus a été accentué

par l’arrivée dans des
environnements différents
(climat très contrasté, peu de
compétiteurs et de
prédateurs, peu de nourriture
végétale) qui a opéré la
sélection naturelle des
populations les mieux
adaptées

Diversifications
La surface minimale des habitats pour permettre la spéciation n’est plus
guère atteinte dans notre environnement
Les surfaces
minimales requises
pour avoir de la
spéciation dans
différents groupes
Surfaces de
quelques parcs
nationaux
Primack, 2002

Extinctions
L’extinction est un phénomène naturel!
On estime que 99.9% des organismes qui ont vécu sur la

planète terre ont disparu à ce jour
Les types d’extinctions:

- Extinctions de fond (turnover des espèces lié aux
changements naturels de l’environnement)
- Extinctions de masse (décimation en grand nombre
d’espèces, suite à une catastrophe naturelle)
- Extinctions anthropogéniques (disparition des espèces
suite aux activités de l’homme, et donc extinction
potentiellement contrôlable)

Extinctions
Les causes sont multiples et varient selon les espèces:

• Des événements catastrophiques (feux, éruptions volcaniques,
crues, etc.), s’ils interviennent dans une zone refuge d’une
espèce déjà menacée
• Les changements climatiques, dont le lien avec les activités de
l’homme ne font plus de doute, et qui ont pour conséquence de
modifier l’environnement physique des organismes,
éventuellement au-delà de leur tolérance
• La pression exercée par des espèces introduites
• Des pressions anthropiques comme la chasse, la pêche,
l’altération, la fragmentation voire la disparition des habitats

La durée de vie
La plupart des taxons ont une durée de vie courte, peu durent
longtemps (durée de vie moyenne: 5-10 millions d’année)
Durée de vie de 17’500 genre

d’animaux marins (vertébrés,
invertébrés et microfossiles)

La durée de vie
- La durée de vie des groupes d’organismes varie

- Le milieu marin se porte mieux
Durée de vie
estimée de
groupes
fossiles marins
et terrestre

Intensité des extinctions
• Elle a fortement varié au cours du temps
• L’intensité n’a été forte que durant peu de périodes: les extinctions de masse
• extinctions de masse ne représentent que 4% des extinction au cours du

temps
Proportion de tranches de 1 millions

d’années durant les 600 derniers
millions d’années avec différentes
intensités (% d’espèces) d’extinction.
Biodiversité
Ecologie générale– C. Vandenberghe
- Biodiversité
Biodiversit - 2010
é - A.Buttler 53
Extinctions de masse
Les 5 crises majeures
-Fin de l’Ordovicien (440 Myr):

-Env. 50% des espèces animales disparurent connues
-Début de conditions glaciales (suite à la migration d’une grande surface de continent près du pôle
sud) après la période chaude de l’Ordovicien, abaissement du niveau des mers causant des
extinction de faune marine profonde (après la déglaciation, le niveau de la mer est remonté, les
teneure d’oxygène de l’eau ont diminué et il y a eu des pertes de groupes d’eau peu profonde).
-Fin Dévoninen (360 Myr):
-Environ 75% des espèces animales et végétales connues disparurent
-Plusieurs explications: impact extraterrestre, changement du niveau de la mer, extension des eaux
anoxiques, changements climatique, refroidissement. Question non résolue, peut-être une
combinaison de facteurs
-Fin Permien (250 Myr):
-La plus grande des 5 extinctions de masse
-Perte de 80% des espèces vivantes, marines (95%) et terrestres (70%), disparition des forêt de
fougères arborescentes
-Raisons peu claires, évidence d’une relation avec de faibles teneurs en oxygène dans les océans,
une augmentation de leur niveau et des changements climatiques (chute d’un astéroïde?)
-Fin Trias (210 Myr):
-Environ 65% de perte d’espèces
-Raisons peu claires: impact extraterrestre, anoxie marine, gaz volcaniques avec pluies acides
-Fin Crétacé (65 Myr):
-Connue pour la disparition des dinosaures, ptérosaures et reptiles marins, perte de 50% de la faune
-Explication par un impact extraterrestre qui aurait provoqué, par un effet de voile atmosphérique
diminuant le réchauffement solaire, un refroidissement généralisé du climat

Extinctions de masse
5 crises
biologiques
majeures de
l’histoire de la
Terre
Barbault, 1997

Extinctions
Le nombre de extinctions
globales des espèces animales
depuis 1600
- Plus de 1000 extinctions notifiées de plantes et animaux depuis 1600 et la moitié

des extinction modernes sont intervenues au 20ème siècle
- L’augmentation du 19ème siècle coïncide avec la colonisation des européens
- Le déclin dès 1950 reflète à la fois les mesures de conservation, mais aussi
(surtout) le changement de critère, plus strictes, pour désigner un organisme éteint
(selon IUCN)
-Ces chiffres sont biaisés tout comme les inventaires de diversité (dia 17)

La sixième extinction de masse?!
La seule liée à l’homme (Homo sapiens)?
L’extinction et l’apparition d’espèces font

partie du cycle de la vie
mais
actuellement la disparition des espèces
se déroule à une cadence 100 à 1000 fois
plus rapide que le rythme naturel.

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Dr. Charlotte Vandenberghe

Laboratoire des systèmes écologiques

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 1

-Ricklefs & Miller (2000); Ecology

- Groom et al. (2006); Principles of conservation biology

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 2

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 3

- Développer les programmes et stratégies de conservation de la nature

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 4

Attitudes des Européens concernant la

Q1. Are you aware of the term biodiversity?

1. I’ve heard of it and I know what it means 35%

3. I have never heard of it 35%

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Autriche et Allemagne: Cypre and Czech République

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Sondage de l’office fédéral de l’environnement (OFEV, 2009):

50% des Suisses ne connaît pas la notion de biodiversité!

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 7

Biodiversité = Diversité Biologique

Art. 2 de la Convention sur la diversité biologique, UN Conference

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 9

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 10

le plus souvent traité comme l’élément fondamental de la biodiversité

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 11

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 12

Fonction Groom et al. 2006

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 13

Campbell & Reece, 2004

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 15

(moyenne) 1.8 millions d’espèces décrites

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 16

Nombre moyen d’espèces

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 17

- Les nouvelles méthodes (moléculaires) contribuent à faire augmenter

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 18

- Les océans couvrent 67% et la terre 33% de la surface sur Terre

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 19

• La canopée des forets tropicales, « the last biotic

• Les sols, « the poor man’s tropical forest »

• Les récifs coralliens, « the marine equivalent of tropical

• Les zones marines abyssales, « one of the greatest

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 20

Q9. Where would you get information about biodiversity?

- Television news and documentaries

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 21

Q9. Where would you get information about biodiversity?

Television news and documentaries

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 22

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 23

Malgré la complexité du concept de biodiversité, des

La variété de la vie peut être exprimé de multiple façon, il

Les mesures se basent souvent sur deux composantes:

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 24

- La dissimilarité entre entités peut se mesurer à l’aide de différents

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 25

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 26

« Bien que la diversité soit un thème central de l’écologie, il règne un

– Les mesures explorent certaines facettes de la biodiversité,

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 27

Biodiversité – C. Vandenberghe - 2010 28

Dans la pratique, la richesse en espèces est la méthode de

• Elle a des applications pratiques (gestion), et est