Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
2020
Curs II – Separarea și detecția proteinelor
Tehnologii cheie ce au permis apariția proteomicii
Proteine Peptide
C. Digestia E. Secvențierea
A. Liza și extracția proteinelor peptidelor rezultate
proteinelor din pentru prin spectrometrie de
proba biologică generarea de masă
peptide
B. Fracționarea
proteinelor cel mai D. Fracționarea F. Identificarea
frecvent prin peptidelor prin computerizată a
electroforeză cromatografie lichidă proteinelor existente
(facultativă) în probă
În general, orice metodă de extracție a proteinelor dintr-un matrix biologic cu scopul analizei proteomice
utilizează o soluție tampon de extracție ce conține:
1. Un detergent puternic precum SDS (Sodium dodecyl sulfate), CHAPS (3-([3-cholamidopropyl]dimethylammonio)-
1- propane sulfonate ) sau Tween (denumirea comercială pentru detergenți neionici din clasa polisorbaților –
derivați de la sorbitol esterificați cu acizi grași) cu ce au rolul de a solubiliza proteinele membranare, de a le
extrage din bistratul lipidic și de a le separa de moleculele lipidice;
2. Agenți denaturanți, de obicei în concentrații mari – cel mai frecvent uree sau acizi tari - modifică tăria ionică și pH-
ul soluției și, prin aceasta, elimină interacțiunile dintre proteine și destabilizează structurile secundare și terțiare;
3. Agenți reducători - cel mai frecvent ditiotreitol DTT, mercaptoetanol sau tiouree) - rup legăturile disufidice și
preîntâmpină oxidarea grupelor funcționale
2.A. electroforeza orizontală – pentru suporturi inerte faţă de oxigen (hârtie, plăci de silicagel, amidon, agaroză.
2.B. electroforeza în sistem vertical - suporturi care trebuie ferite de oxigen, precum poliacrilamida. Reprezintă tipul
de electroforeză standard pentru separarea proteinelor în studiile de proteomică.
20.03.2020 Proteomică – Curs II Pagina 7 din 22
I. 2. Fracționarea proteinelor
A.I. Electroforeza proteinelor în condiții denaturante (SDS-PAGE)
Denumirea acestei metode face referire la faptul că moleculele
proteice nu sunt separate în forma lor nativă, ci sunt denaturate sub
SDS - Sodium dodecyl sulfate
acțiunea temperaturii, a detergentului SDS-ului şi agentului reducător
β-mercaptoetanol. Plierea tridimensională a moleculelor proteice înlăturată, proteinele fiind transformate în
catenele liniare de aminoacizi. Suplimentar, SDS-ul se fixează pe catenele polipetidice într-o cantitate
proporțională cu lungimea acestora şi ecranează sarcinile datorate încărcării aminoacizilor. Toate proteinele vor fi,
prin urmare, încărcate negativ, dimensiunea sarcinii fiind direct proporțională cu cantitatea de SDS fixată, adică cu
lungimea catenei. În acest tip de electroforeză separarea se realizează în funcție de un singur parametru şi anume
de lungimea catenelor polipeptice, adică masa moleculară.
Proteinele sunt separate pe geluri pe poliacrilamidă (PAGE-
poliacrilamide gel electrophoresis) folosind un sistem tampon
discontinuu. Discontinuitatea se referă la 4 parametri:
1. porozitatea gelului – gelul în care se realizeză separarea
electroforetică conţine două zone de concentraţii diferite, una în
zona superioară de concentraţie mică (pori de dimensiuni mari, gel
de concentrare) şi una în zona inferioară de concentraţie mare
(pori de dimensiuni mici, gel de separare);
2. pH-ul gelului – gelul de concentrare are pH-ul 6,8 iar cel de
migrare are pH-ul 8,8;
3. tăria ionică a soluţiilor tampon din interiorul gelului – gelul de concentrare conţine 0,125 mol/l TRIS-HCl, iar
gelul de separare 0,375 mol/l TRIS-HCl;
4. natura ionilor din gel şi din tamponul de electrod; gelul conţine ioni Cl- iar tamponul de migrare glicină.
20.03.2020 Proteomică – Curs II Pagina 8 din 22
I. 2. Fracționarea proteinelor
Separare proteinelor în sistemul discontinuu are loc în două etape,
corespunzătoare celor două geluri:
1. Etapa de concentrare a fracţiilor proteice. Probele reprezentate
de soluţia proteică sunt plasate în gelul de concentrare, al cărui pH este Reducere
de 6,8. La această valoare a pH-ului, glicina (punctul izoelectric, pI=6,7) Denaturare
este practic lipsită de sarcină electrică, iar Cl este încărcat negativ. La
aplicarea curentului electric, glicina va avea o mobilitate redusă
(datorită lipsei sarcinii), iar clorul va avea mobilitate maximă. Cele două
molecule realizează două fronturi, unul puternic încărcat negativ și
foarte mobil, și unul neutru cu mobilitate redusă. Proteinele au grade
diferite de încărcare datorită interacțiunii cu gelul de poliacliamidă și
vor avea mobilităţi intermediare, plasându-se între frontul glicinei şi cel
al clorului, realizând legătura între aceste două fronturi şi formând aşa- Legarea
numitul „tren de ioni”. Când acest tren al ionilor ajunge în zona de SDS
contact dintre gelul de concentrare şi cel de migrare, rezistenţa
datorată porilor mici ai gelului de migrare creşte, ceea ce duce la Încărcare în
concentrarea proteinelor sub forma unei singure benzi foarte fine. gel
2. Etapa de separare a fracţiilor proteice. În gelul de separare, la pH
8,8, glicina este încărcată negativ şi, datorită masei moleculare mici,
continuă să migreze împreună cu frontul clorului cu o viteză relativ
mare, depăşind frontul proteic întârziat la intrarea în acest gel.
Proteinele se desprind din trenul ionilor şi se separă în funcție de
sarcina electrică = masa moleculară.
Proteomică – Curs II
Timp Pagina 9 din 22
20.03.2020
I. 2. Fracționarea proteinelor
A.II. Izoelectrofocusarea
O bună parte a aminoacizilor proteinogeni conțin grupe
funcționale care, în anumite condiții pot ioniza, și deci care pot
genera sarcini electrice (COOH în COO-, -NH3 în –NH4+). De
asemenea, MPT-urile pot introduce grupe funcționale ionizabile
pe suprafața moleculelor proteice (PO4-) și astfel genera sarcini.
Ionizarea acestor grupe este influențată de pH-ul soluției, în
sensul în care la valori de pH mici, majoritatea grupelor
funcționale ce pot accepta H+ îi vor accepta și vor deveni neutre
sau pozitive. La valori mari de pH, majoritatea grupelor
funcționale ce pot ceda H+ îi vor ceda și vor deveni neutre sau
negative. Fiecare grupă funcțională se caracterizează astfel
printr-o valoare specifică de pH ionizează, valoare de pH care se notează pKA. Grupele funcționale ionizabile din
structura aminoacizilor se influențează reciproc, ceea ce face ca fiecare aminoacid să fie caracterizat printr-o valoare
unică de pH la care nici una dintre grupele funcționale nu sunt încărcate electric, aminoacidul fiind lipsit de sarcină
– punct izoelectric, pI.
Același lucru este valabil și pentru proteine. În cazul rol, grupele funcționale de ale aminoacizilor de la suprafața
moleculelor proteice pot ioniza și deci genera sarcini. Interacțiunea dintre grupele funcționale ionizabile de la
suprafața moleculei proteice face ca fiecare proteină să fie caracterizată de un pI unic. Funcție de valoarea acestuia,
proteinele se pot împărți în:
A. proteine acide, pI < 7,
B. Proteine bazice, pI>7.
20.03.2020 Proteomică – Curs II Pagina 10 din 22
I. 2. Fracționarea proteinelor
Indiferent de tipul lor, proteinele vor fi deci încărcate pozitiv la valori de pH mai
mici decât pI, încărcate negativ la valori de pH mai mari decât pI și neutre la pI. Pe
această variabilitate a sarcinii proteinelor funcție de pH la care sunt expuse se bazează
metoda de fracționare numită - izoelectrofocusare.
7. aparat de înregistrare (recorder (R)) – are rolul de a prelua şi prezenta grafic valorile înregistrate de
către detector; informațiile sunt prezentate sub forma unui grafic numit cromatogramă, pe abscisă (axa
Ox) fiind reprezentat timpul (sau volumul), iar pe ordonată (axa Oy) extincţia fazei mobile; în cazul
sistemelor moderne de cromatografie, sistemul de înregistrare este înlocuit de software-ul de control al
întregului sistem cromatografic; acesta permite nu doar monitorizarea, ci şi ajustarea în timp real a
parametrilor separării.