UNIDAD II- AMINOCIDOS, PROTENAS Y ENZIMAS AMINOCIDOS Los aminocidos son los componentes fundamentales de las protenas, forman

los eslabones de las llamadas cadenas polipeptdicas que constituyen las protenas. Todas las protenas se encuentran formadas por un grupo de 20 aminocidos estndar. Diecinueve de los veinte aminocidos tienen la misma estructura general. Estas molculas contienen un tomo de carbono central (el carbono alfa ) al que estn unidos un grupo amino, un grupo carboxilo, un tomo de hidrgeno y un grupo R (cadena lateral). La excepcin es la Prolina, que difiere de los otros aminocidos estndar en que su grupo amino es secundario, formado por un cierre en anillo entre el grupo R y el nitrgeno amino (ver tabla de aminocidos al final). ESTRUCTURA GENERAL:

tomo de carbono central, tambin llamado carbono

CLASES DE AMINOCIDOS: Los aminocidos se clasifican de acuerdo con su capacidad para interaccionar con el agua. Utilizando este criterio pueden distinguirse cuatro clases: 1) Apolares Neutros, 2) Polares Neutros, 3) cidos, 4) Bsicos. 1) Aminocidos Apolares (hidrfobos) Neutros: Los aminocidos Apolares neutros contienen principalmente grupos R hidrocarbonados. El trmino neutro se utiliza debido a que estos grupos R no llevan cargas positivas o negativas. Estos aminocidos Apolares(es decir, hidrfobos) interaccionan muy poco con el agua, por tal motivo participan de forma importante en el mantenimiento de la estructura tridimensional de las protenas. 2) Aminocidos Polares (hidroflicos) Neutros: Dado que los aminocidos polares poseen grupos funcionales capaces de formar enlaces de hidrgeno, interaccionan fcilmente con el agua (los aminocidos polares se describen como hidrfilos o amantes del agua ).

3) Aminocidos cidos: Los aminocidos cidos poseen a pH fisiolgico cargas negativas en sus cadenas laterales. Slo dos aminocidos estndar poseen cadenas laterales con grupos carboxilo: el cido asprtico y el cido glutmico, las cuales estn cargadas a pH fisiolgico negativamente, por lo que suele llamrseles aspartato y glutamato. 4) Aminocidos Bsicos: Los aminocidos bsicos a pH fisiolgico llevan una carga positiva. Por lo tanto, pueden formar enlaces inicos con otros aminocidos. PROPIEDAD CIDO BASE: A pH de 7, el grupo carboxilo de un aminocido se encuentra en su forma de base conjugada (-COO-) y el grupo amino en su forma de cido conjugado (-NH3+). De este modo puede comportarse como un cido o como una base. El trmino Anftero se utiliza para describir esta propiedad.
Grupo amino: a pH de 7 se encuentra como cido conjugado Grupo carboxilo: a pH de 7 se encuentra como base conjugada

PROTENAS Las protenas pueden estar formadas por 20 aminocidos diferentes. En cada protena los tipos y cantidades precisas de cada aminocido estn ligados en forma covalente en una secuencia lineal especificada por la secuencia del ARN m generado por ale ADN para esa protena. La capacidad de cada tipo de las decenas de miles de protenas diferentes para realizar sus funciones est especificada por su secuencia singular de aminocidos. Durante la sntesis cada molcula polipeptdica se dobla en el espacio tridimensional a medida que sus aminocidos componentes (denominados residuos) interaccionan entre ellos. Las molculas con pesos moleculares entre varios miles y varios millones de dalton (D) se denominan polipptidos. Aquellas con pesos moleculares bajos, que constan de 50 aminocidos se denominan pptidos. El trmino protena describe las molculas con ms de 50 aminocidos. Cada protena consta de una o varias cadenas polipeptdicas. ENLACE PEPTDICO: Como ya se ha dicho, cada protena est formada por bloques de construccin denominados aminocidos unidos por enlaces peptdicos.

FORMACIN DEL ENLACE PEPTIDICO: Se da cuando el par de electrones sin compartir del tomo de nitrgeno - amino de un aminocido ataca al carbono -carboxilo de otro aminocido, producindose una unin covalente y eliminndose una molcula de agua. Dado que esta reaccin es una deshidratacin (es decir, se elimina una molcula de agua), los aminocidos unidos se denominan residuos de un aminocido. Cuando dos aminocidos se unen, el producto se llama un dipptido.

Agua

ENLACE PEPTDICO

2 1

DIPPTIDO
Al aadirse aminocidos a la molcula y alargarse la cadena, el prefijo refleja el nmero de residuos. Por ejemplo, un tripptido contiene tres residuos de aminocido, un tetrapptido cuatro, y as sucesivamente. Por convenio, el residuo de aminocido con el grupo amino libre se denomina residuo N-terminal y se escribe a la izquierda. El grupo carboxilo libre en el residuo Cterminal aparece a la derecha. Los pptidos se nombran utilizando su secuencia de aminocidos, empezando por su residuo N-terminal. Por ejemplo, H2N-Tyr-Ala-Cys-Gly-COOH, es un tetrapptido denominado tirosilalanilcisteinilglicina. Se conoce como sntesis de protenas al proceso por el cual se componen nuevas protenas a partir de los veinte aminocidos esenciales. En este proceso, se transcribe el ADN en ARN. La sntesis de protenas se realiza en los ribosomas situados en el citoplasma celular. El complejo ribosomal posee dos sitios de unin o centros; el centro peptidil o centro P, y el centro A. En el 3

alargamiento de la molcula protica el carboxilo terminal (-COOH) del aminocido iniciado se une con el amino terminal (-NH2) del aminocido siguiente mediante enlace peptdico. Esta unin es catalizada por la enzima peptidil transferasa. El ordenamiento de los aminocidos en cada cadena peptdica no es arbitrario sino que obedece a un plan predeterminado en el ADN. Esta molcula define la especificidad de cada protena; es decir, las protenas sintetizadas poseen caractersticas propias, desempeando funciones especficas en el organismo. Cualquier anormalidad gentica, transcripcional o traduccional, inciden directamente en la protena comprometiendo la forma y el funcionamiento de sta. Algunos defectos proteicos son: Supresin de un aminocido, sustitucin de un aminocido por otro e inversin en la posicin de un aminocido. FUNCIONES DE LAS PROTENAS: De todas las molculas que se encuentran en los seres vivos, las protenas son las que tienen funciones ms diversas, algunas de ellas son: -CATLISIS: Las enzimas son protenas que dirigen y aceleran miles de reacciones bioqumicas en procesos como la digestin, la captura de energa y la biosntesis. -ESTRUCTURA: Algunas protenas proporcionan proteccin y sostn. Las protenas estructurales suelen tener propiedades muy especializadas. Por ejemplo, el colgeno (componente principal de los tejidos conjuntivos) y la elastina, una protena semejante a la goma que se encuentra en las fibras elsticas, se encuentra en varios tejidos del organismo (p. ej., los vasos sanguneos y la piel) que pada operar adecuadamente deben ser elsticos. -MOVIMIENTO: las protenas participan en todos los movimientos celulares. Por ejemplo la actina, la tubulina y otras protenas forman el citoesqueleto. Las protenas del citoesqueleto son activas en la divisin celular, la endocitosis, la exocitosis y el movimiento ameboide de los leucocitos. -DEFENSA: Una extensa variedad de protenas son protectoras. Entre los ejemplos que se encuentran en los vertebrados estn la queratina, la protena que se encuentra en las clulas de la piel y que ayuda a proteger al organismo contra los daos mecnicos y qumicos. Las protenas de la coagulacin de la sangre, fibringeno y trombina, impiden la prdida de sangre cuando los vasos sanguneos se lesionan. Las inmunoglobulinas (o anticuerpos) las producen los linfocitos cuando organismos ajenos, como las bacterias, invaden el organismo. -TRANSPORTE: Muchas protenas actan como molculas transportadoras de molculas o iones a travs de las membranas o entre las clulas. La hemoglobina lleva el O2 a los tejidos desde los pulmones, y las lipoprotenas LDL y HDL, transportan los lpidos desde el hgado y el intestino a otros rganos. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS: Las protenas se pueden clasificar de acuerdo a su forma y , en base a su composicin. De acuerdo con su forma:

1. Fibrosas: Como su nombre sugiere, son molculas largas, en forma de varilla que son insolubles en agua y fsicamente correosas. Las protenas fibrosas, como las queratinas de la piel, el pelo y uas, tienen funciones estructurales y protectoras. 2. Globulares: Son molculas esfricas compactas, normalmente hidrosolubles. De forma caracterstica, las protenas globulares tienen funciones dinmicas. Por ejemplo, casi todas las enzimas tienen estructuras globulares. Otros ejemplo son la inmunoglobulinas y las protenas de transporte hemoglobina y albmina (un transportador de cidos grasos en sangre). De acuerdo con su composicin: 1. Simples: Contienen slo aminocidos, como por ejemplo la albmina srica y queratina 2. Conjugada: Consta de una protena simple combinada con un componente no proteico, que se denomina grupo prosttico. Los grupos prostticos desempean un papel importante, a veces crucial, en funcin de las protenas. Las protenas conjugadas se clasifican de acuerdo con la naturaleza de su grupo prosttico. Por ejemplo, las glucoprotenas contienen un componente hidrato de carbono, las liporprotenas contienen molculas de lpidos, y las metaloprotenas contienen iones metlicos. De manera semejante, las fosfoprotenas contienen grupo fosfato y las hemoprotenas poseen grupos hemo. ESTRUCTURA PROTICA: Estructura primaria La estructura primaria es la secuencia de aminocidos de la protena. Nos indica qu aminocidos componen la cadena polipeptdica y el orden en que dichos aminocidos se encuentran. La funcin de una protena depende de su secuencia y de la forma que sta adopte.

Estructura Secundaria. La estructura secundaria es la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio. Los aminocidos, a medida que van siendo enlazados durante la sntesis de protenas y gracias a la capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposicin espacial estable, la estructura secundaria. Existen dos tipos de estructura secundaria: 1.- La (alfa)-hlice : Esta estructura se forma al enrollarse helicoidalmente sobre s misma la estructura primaria. Se debe a la formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le sigue. 2.-La conformacin (beta)- plegada: Al igual que la anterior, se encuentra estabilizada por enlaces de hidrgeno entre los grupos carbonilo y N-H del esqueleto polipeptdico.

- Hlice Estructura terciaria

- Plegada

La estructura terciaria informa sobre la disposicin de la estructura secundaria de un polipptido al plegarse sobre s misma originando una conformacin globular. El plegamiento protico, un proceso en el que una molcula recin sintetizada adquiere una estructura muy organizada, se produce como consecuencia de las interacciones entre las cadenas laterales en su estructura primara tales como: El puente disulfuro entre los radicales de aminocidos que tiene azufre, los puentes de hidrgeno, interacciones electrostticas, las interacciones hidrfobas. En definitiva, es la estructura primaria la que determina cul ser la secundaria y por tanto la terciaria. Esta conformacin globular facilita la solubilidad en agua y as realizar funciones de transporte, enzimticas, hormonales, etc.

Estructura Cuaternaria Esta estructura informa de la unin, mediante enlaces dbiles de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo proteico o unidad molecular funcional. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero. Un ejemplo de esta estructura lo constituye la molcula de hemoglobina, que consta de cuatro cadenas que en conjunto forman una unidad.

HEMOGLOBINA

ENZIMAS Las enzimas son polmeros biolgicos que catalizan las reacciones qumicas que hacen la vida como la conocemos posible. La presencia y el mantenimiento de un completo y equilibrado conjunto de enzimas son esenciales para la distribucin de nutrientes, suministrar generadores de energa y bloques qumicos para la construccin de protenas, ADN, las membranas, clulas y tejidos, y el aprovechamiento de energa para la motilidad celular y contraccin muscular. Las enzimas suelen ser protenas, aunque algunos cidos nucleicos (ribozimas) tambin pueden catalizar reacciones qumicas. Las deficiencias en la cantidad o la actividad cataltica de las enzimas clave puede ser resultado de defectos genticos, deficiencias nutricionales, o toxinas. Enzimas defectuosas pueden ser producto de mutaciones genticas o infeccin por virus o bacterias patgenos (por ejemplo, Vibrio cholerae). Mdicos cientficos restablecen los desequilibrios en la actividad enzimtica mediante el uso farmacolgico agentes para inhibir enzimas especficas y se est investigando la terapia gnica como un medio para remediar el dficit en nivel de una enzima o su funcin. DEFINICIONES: Las enzimas pueden definirse como una protena que promueve o activa un proceso qumico sin alterarse o destruirse (catlisis). Tambin podemos decir que son catalizadores protenicos que facilitan las transformaciones qumicas de varias substancias. La substancia sobre la cual acta la enzima se llama sustrato. La sustancia o las sustancias producidas por accin enzimtica son los productos de la reaccin. Al igual que otras protenas, las enzimas se ven afectadas por los cambios de temperatura. A temperaturas superiores a 50C la mayora de las enzimas empiezan a desnaturalizarse y pierden capacidad cataltica. Algunas enzimas son termoestables, esto es, no se desnaturalizan al ser calentadas. Se suele tratar de protenas pequeas con alguna estructura terciaria compleja. El pH tambin afecta a las enzimas, tanto mediante efectos directos sobre la estructura de la protena enzimtica como por cambios del estado de ionizacin de los aminocidos cargados prximos al centro activo. La sensibilidad a los cambios de pH no es igual para todas las enzimas. Generalmente la velocidad de una reaccin es proporcional a la cantidad de enzima presente, y esta relacin suele ser lineal. MECANISMO DE ACCIN ENZIMTICA Las enzimas actan como catalizadores, disminuyendo la energa libre de activacin de las reacciones qumicas, y las aceleran al proporcionar una va de reaccin en la que el estado de transicin tiene una baja energa libre y por lo tanto son ms rpidamente formados que en una reaccin no catalizada. El primer paso en la catlisis es la formacin de un complejo enzimasustrato. Los sustratos estn vinculados a las enzimas a travs del llamado sitio activo, que son hendiduras libres de agua. La especificidad de la enzima- sustrato ocurre por interacciones que son principalmente de puentes de hidrgeno, que se da de manera direccional; y la forma del sitio activo, que rechaza molculas que no tienen una forma bastante complementaria. El reconocimiento de los sustratos por las enzimas est acompaado de cambios conformacionales en los sitios activos, y tales cambios facilitarn la formacin del estado de transicin.

SITIO ACTIVO: La formacin del complejo Enzima-Sustrato se producen en un lugar especfico en la superficie de la molcula enzimtica. Esta seccin de la enzima donde se produce la unin del sustrato y la transformacin del sustrato y el producto es llamado centro o sitio activo. Muchos intentos se han hecho para implicar a las cadenas laterales o grupos R de aminocidos especficos como parte del sitio activo de diversas enzimas. Algunos de los grupos R de aminocidos que se han ubicado en el sitio activo de las enzimas son grupo el hidroxilo de la serina, grupo sulfhidrilo de la cistena, el grupo imidazol de grupo carboxilo de histidina y cido asprtico. Dos teoras se han propuesto para explicar el mecanismo de accin de la enzima. MODELO LLAVE-CERRADURA De acuerdo con esta teora propuesta por Emil Fischer durante la dcada de 1890, el sitio activo posee una conformacin nica, que es complementaria de la estructura de el sustrato permitiendo as que las dos molculas que encajan en la misma forma como una llave encaja en una cerradura. Una caracterstica lamentable de este modelo es que implica rigidez del sitio cataltico. Sustrato

+
Complejo enzima -sustrato

Enzima

MODELO DE AJUSTE INDUCIDO DE DANIEL KOSHLAND Sustrato Koshland haba abogado por una teora para dar cuenta de la especificidad de las enzimas. l postula que lo grupos funcionales esenciales en el sitio activo de la enzima libre no estn en sus posiciones ptimas para la promocin de la catlisis. Lo que ocurre es que la molcula de sustrato est obligada por los grupos de la enzima catalizadora a asumir una posicin geomtrica Complejo enzima -sustrato favorable para formar el estado de transicin. La molcula enzimtica es inestable en esta conformacin Enzima activa y tiende a volver a su libre forma en la ausencia de sustrato. En el modelo de ajuste inducido, el sustrato induce un cambio conformacional en la enzima que alinea los residuos de aminocidos u otros grupos para la unin del sustrato.

CLASIFICACIN DE LAS ENZIMAS La clasificacin de las enzimas se lleva a cabo atendiendo su accin cataltica especfica. El sufijo asa indica que la sustancia es una enzima; la parte inicial de la palabra corresponde al substrato o al tipo de reaccin. Se distinguen as seis grandes grupos o clases: Clase 1. xidorreductasas. Catalizan reacciones de oxidorreduccin, es decir transferencia de hidrgeno o electrones de un sustrato a otro. Clase 2. Transferasas. Catalizan la transferencia de un grupo qumico (distinto del hidrgeno) de una molcula a otra.

Clase 3. Hidrolasas. Catalizan reacciones de hidrlisis, es decir, de desdoblamiento de compuestos, aadiendo a nivel de varios enlaces los elementos que forman el agua. Clase 4. Liasas. Catalizan reacciones en las que se eliminan grupo (H2O, CO2, NH3) para formar un doble enlace. Clase 5. Isomerasas. Catalizan la interconversin de Ismeros (molculas de igual frmula molecular pero distinta disposicin de tomos), es decir intervienen en arreglos intramoleculares en los cuales no cambia la frmula emprica (nmero de tomos de cada tipo). Clase 6. Ligasas. Catalizan la unin de dos molculas de sustrato.

MECANISMOS PARA FACILITAR CATLISIS EMPLEADOS POR LAS ENZIMAS Para que una enzima catalice una reaccin, es imprescindible que ocurran las etapas siguientes: 1.- Un reactivo (el sustrato) debe unirse a la enzima 2.- La reaccin qumica debe tener lugar 3.- El (los) productos(s) de reaccin debe (n) separase de la enzima para que ms sustrato pueda unirse a ella y el proceso pueda repetirse. Sin embargo, se ha determinado en recientes investigaciones que existen cuatro mecanismos generales que incrementan la capacidad de las enzimas para lograr la una mejora dramtica de las velocidades de catlisis en las reacciones qumicas. Catlisis por proximidad: Para que las molculas reaccionen, se debe haber una estrecha distancia el uno del otro y cuanto mayor sea su concentracin, mayor ser la frecuencia con la que se encontrarn unas con otras, y mayor ser la velocidad de su reaccin. Cuando una enzima se une a una molcula de sustrato en su activo sitio, se crea una regin de alta concentracin de sustrato local. Este entorno tambin orienta las molculas de sustrato espacialmente en una posicin ideal para ellas poder interactuar, lo que resulta en mejoras de la tasa de reaccin al menos mil veces. Catlisis cido-base : Puede ser especfica o general. Por "especfica" nos referimos slo protones (H3O +) o iones OH-. En especfico en la Catlisis cido o base especfica, la velocidad de reaccin es sensible a los cambios en la concentracin de protones, pero protones independientes de las concentraciones de otros cidos ( donantes) o bases (aceptores de protones) presentes en la solucin o en el sitio activo. Catlisis por tensin: Las enzimas que catalizan reacciones lticas que implican romper un enlace covalente suelen estrechar a sus sustratos en una conformacin ligeramente desfavorable para los enlaces que experimentarn ruptura. La tensin resultante estira o distorsiona los enlaces en la molcula, debilitndolos y hacindolos ms vulnerables a la ruptura. Catlisis covalente: El proceso de catlisis covalente implica la formacin de un enlace covalente entre la enzima y uno o ms sustratos. La Catlisis covalente introduce un nuevo camino de reaccin que es energticamente ms favorable y por lo tanto ms rpido. La modificacin qumica de la enzima es, sin embargo, transitoria. Al trmino de la reaccin, la enzima retorna a su estado original sin modificar. 10

CINTICA ENZIMTICA La cintica enzimtica es la ciencia que estudia las velocidades de reaccin y la afinidad de las enzimas por los sustratos y los inhibidores. Cuando utilizamos el trmino velocidad de una reaccin enzimtica estamos haciendo referencia a una velocidad terica que solo alcanza los instantes iniciales de la reaccin, cuando la cantidad de producto es aun despreciable. Esta velocidad se denomina velocidad inicial y se suele representar como Vi. Un sustrato (S) se une a una enzima (E), formando un complejo enzimtico (SE). Este sustrato se modifica por la presencia de la enzima transformndose en producto (P) con la consecuente liberacin de la enzima:

Si hay mucho sustrato, las molculas de enzima que quedan libres se volveran a unir al sustrato restante. En una reaccin enzimtica, la velocidad de sta aumentar cuanto mayor nmero de complejos ES se estn formando. Este hecho de saturacin de la enzima (E) fue lo que indujo a Michaelis y Meten para enunciar su ecuacin. Cuando el sustrato (S) es poco, la velocidad es proporcional a ste. A medida que aumenta S, la velocidad sigue aumentando, hasta llegar a un momento en que la velocidad se hace estable; a este punto se le llama velocidad mxima de una enzima. Y la definimos as: concentracin mnima de un sustrato a la cual la enzima alcanza su mxima velocidad. Km (constante de Michaelis-Menten): Concentracin de sustrato a la cual la enzima alcanza la mitad de la velocidad mxima. Ecuacin de Michaelis-Menten: La velocidad de una reaccin qumica es igual a la velocidad mxima de una enzima multiplicada por el sustrato y dividido por Km ms la concentracin de sustrato.

INHIBICIN ENZIMTICA: Cualquier sustancia que limita la actividad de una enzima es un inhibidor. En vista de la naturaleza proteica de las enzimas, cualquier sustancia que desnaturalice a las protenas se transforma automticamente en un inhibidor. Un impedimento o una transformacin de grupos estratgicos sobre las enzimas, grupos protticos, coenzimas o iones activadores tambin inhibirn la actividad enzimtica. Se describen tres clases de inhibidores enzimticos: competitivos, acompetitivos y no competitivos.

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INHIBIDORES COMPETITIVOS: Aun cuando las enzimas suelen ser muy especficas respecto a unin con los sustratos, en ciertos casos la enzima se une con otro sustrato (inhibidor) de forma reversible, cuyas estructura, tamao y relaciones de grupos funcionales son idnticos a la del sustrato original. Cuando la enzima engaada se combina con un sustrato de este tipo, el fenmeno inicial se retrasa o cesa completamente porque la enzima no puede actuar sobre el falso sustrato como sobre el propio.

INHIBIDORES NO COMPETITIVOS: En algunas reacciones catalizadas por enzimas el inhibidor puede unirse tanto a la enzima como al complejo enzima-sustrato. En estas circunstancias, el inhibidor se une a un lugar diferente del sitio activo. La unin del inhibidor ocasiona la modificacin de la conformacin de la enzima que impide la formacin del producto. Este tipo de inhibicin es irreversible aun cuando se aumente la concentracin de sutrato.

INHIBIDORES ACOMPETITIVOS: Es una forma de inhibicin no competitiva pero reversible. En sta, el inhibidor se puede combinar con la enzima o con el complejo enzima-sustrato ya formado y la reaccin puede retrasarse pero no impedirse. Se presenta sobre todo cuando hay ms de un sustrato en la reaccin.

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