UNIVERSITATEA DE MEDICINĂ ŞI FARMACIE “GRIGORE T.

POPA” IAŞI

DIFERENŢELE DINTRE PARODONTITA AGRESIVĂ TRATATĂ CU SUCCES

ŞI CEA PERSISTENTĂ LA NIVELUL MICROBIOMULUI PARODONTAL

DIFFERENCES IN THE PERIODONTAL MICROBIOME OF SUCCESSFULLY TREATED

AND PERSISTENT AGGRESSIVE PERIODONTITIS

MATERIAL REALIZAT DE

ANTONIȚĂ ȘTEFAN, MD, ANUL III, SERIA B , GRUPA 12

1
Obiective: Scopul principal al acestei investigații a fost analizarea microbiomului parodontal
la pacienții cu parodontită agresivă ce urmează tratament.
Metode: Șaizeci și șase de pacienți cu parodontită agresivă s-au prezentat la aproximativ 7 ani
după finalizarea tratamentului parodontal și le-au fost recoltate probe de placă subgingivală ce au
urmat a fi procesate pentru analize de secvențiere a genei ARNr 16S.
Rezultate: Din 66 de participanți, 52 au prezentat boală parodontală persistentă, în timp ce 13
participanți au fost considerați „ tratați cu succes” (la sondajul parodontal nu au fost depistate
adâncimi> 4 mm) , iar un pacient a fost complet edentat. Genuri asociate cu boala parodontală
persistentă sunt: Actinomyces, Alloprevotella, Capnocytophaga, Filifactor, Fretibacterium,
Fusobacterium, Leptotrichia, Mogibacterium, Saccharibacteria [G-1], Selenomonas și
Treponema. Pacienții „tratați cu succes” au avut proporții mai mari de Haemophilus, Rothia,
Lautropia, Corynebacterium, Streptococcus , dar și de genurile Peptidiphaga.
În general, pacienții cu parodontită agresivă persistentă generalizată au prezentat o diversitate
alfa mai mare comparativ cu parodontita agresivă persistentă localizată. Analizele de diversitate
beta au relevat doar diferențe semnificative între grupurile de parodontită agresivă stabilă și
persistentă (p = .004).
Concluzie: Pacienții cu parodontită agresivă persistentă au prezentat o disbioză a biofilmului
subgingival faţă de cei care au fost tratați cu succes. Rămâne de stabilit dacă astfel de diferențe
predispun la activitatea bolii sau sunt rezultatul unei disbioze asociate cu reapariția bolii în
prezența terapiei parodontale de susținere sau sunt implicaţi si alți factori legați de pacient.

CUVINTE CHEIE
parodontită agresivă, disbioză, microbiom, terapie parodontală de susținere

RELEVANŢĂ CLINICĂ
Raționamentul științific al studiului: nivelul de disbioză asociat cu recidiva agresivă a bolii
parodontitei este în prezent necunoscut.
Constatări de principiu: s-a detectat o diversitate microbiană mai mare în cazurile de parodontită
agresivă activă versus stabilă.
Diferențe crescute atât la nivelul genului cât și la nivelul speciilor au fost detectate, în principal,
între parodontita agresivă persistentă generalizată și cea cu succes tratată.
Implicații practice: creșterea disbiozei, igienei orale și obezitatea trebuie controlată pentru a evita
reaparitia bolii parodontale.

2
INTRODUCERE

Parodontita agresivă a fost introdusă ca entitate de boală prin clasificarea World Workshop din
1999 şi este definită drept o afecțiune specifică caracterizată prin progresia rapidă a bolii la
pacienții sănătoși sistemic, dar cu antecedente familiale de boală parodontală. Printre
caracteristicile secundare, au fost luate în considerare proporții crescute de bacterii, cum ar fi
Aggregatibacter actinomycetemcomitans și Porphyromonas gingivalis, tipic la unele populații.

În special, asocierea dintre A. actinomycetemcomitans și parodontita agresivă a fost mentionaţă

într-un studiu amplu din Statele Unite folosind cultura și imunofluorescența (Zambon,
Christersson, & Slots, 1983) si s-a observat răspunsul la tratament și răspunsul la anticorpi.
Clona JP2 a lui A. actinomycetemcomitans a fost constant asociată cu debutul și progresia
pierderii atașamentului parodontal la copiii și adolescenții din nordul și vestul Africii, precum și
în Statele Unite.

Cu toate acestea, marea majoritate a studiilor comparative sugerează că diferențele microbiene

între parodontita agresivă și cea cronică sunt atât de insesizabile încât nu pot fi considerate
entități diferite ale bolii; aceasta reprezintă o concluzie susținută și de dovezi din alte aspecte de
patogenitate.
Introducerea tehnicilor moleculare a sugerat un rol pentru microorganismele necultivabile
precum Filifactor alocis, Centipeda genus, Mitsuokella sp., Selenomonas genus, Actinobacter
baumannii în patogeneza parodontitei (Goncalves et al., 2012; Schlafer et al., 2010; Schulz et al.,
2019). Cu toate acestea, rolul acestor bacterii parodontopatogene nu a fost încă pe deplin elucidat
și se știe puțin despre potențialul lor de a determina recurența bolii parodontale în timpul terapiei
de întreținere.

Scopul principal al acestei investigații a fost analizarea microbiomului parodontal la pacienții

tratați anterior pentru parodontita agresivă și asocierea acestuia cu un parodontiu sănătos sau cu
boală parodontală. De asemenea, am investigat relația dintre compoziţia microbiomului
parodontitei agresive și asocierea dintre terapia parodontală ,pierderea dinților și factori asociați
pacientului, cum ar fi igiena orală, fumatul și indicele de masă corporală.

MATERIALE ŞI METODE

POPULAŢIA DE PACIENŢI

Proiectul studiului și populația au fost descrise anterior (Dopico, Nibali, & Donos, 2016).
Pe scurt, pacienții văzuți într-o clinică dedicată parodontitei agresive au fost contactați și
solicitați să participe la studiu. Optzeci și doi de pacienți au fost selectaţi din totalul de 330 cu

3
parodontită agresivă și doar 66 au fost de acord să participe, exprimându-şi consimțământul
informat și finalizând vizita de studiu la Eastman Dental Hospital din Londra.

Studiul a fost realizat în conformitate cu principiile prezentate în Declarația de la Helsinki (2008)

privind experimentarea care implică participanți umani. Aprobarea etică pentru desfășurarea
studiului a fost acordată de Comitetul NRES Londra - Queen Square.

Criteriile de incluziune au fost (a) diagnosticul anterior de parodontită și (b) vârsta între 16 și 65
ani la momentul recrutării. Criteriile de excludere erau: (a) cunoscute boli infecțioase precum
tuberculoza, HIV sau hepatita C, (b) comorbiditate , fiind periculos pentru pacient să
călătorească sau să se supună evaluării parodontale și (c) sarcina.Urmând diagnosticul iniţial,
pacienții au primit terapie parodontală activă constând în instrucțiuni de igienă orală, tratament
non-chirurgical, antibiotice adjuvante și / sau tratament chirurgical conform clinicii.
La vizita de studiu, participantii au fost intervievaţi cu privire la istoricul medical şi la consumul
de tutun.
Au fost măsurate înălțimea şi greutatea participanților și calculat indicele de masă corporală.
Pacienții au fost clasificați în ordine: „greutate normală” dacă IMC-ul lor a fost <25 kg / m2,
„supraponderal” dacă IMC-ul lor a fost de 25-29 kg / m2 și „obezi” dacă IMC-ul lor a fost ≥30
kg / m2.
Datele clinice au fost colectate din cele 6 puncte per dinte, incluzând indicele gingival,
mobilitatea dinților, pierderea dinților, implicarea furcației, adâncimea sondajului parodontal,
recesiunea gingivală și sângerarea gingivală.

DIAGNOSTIC CLINIC
La vizita de studiu, ar putea fi atribuite următoarele diagnostice:
 parodintita agresivă persistentă: în caz de PPD (adâncimea pungii parodontale)
interproximal și CAL (nivelul de ataşament clinic) ≥5 mm pe cel puțin doi dinți
permanenți. Subdivizat fie în parodontită agresivă localizată (cel puțin un prim molar sau
incisiv afectat și nu mai mult de trei dinți, în afară de primii molari sau de incisivi), sau
parodontita agresivă generalizată (care afectează cel puțin trei dinți permanenți, alții decât
primii molari și de incisivi).
 parodontita agresivă tratată cu succes: fără dinți cu PPD ≥5 mm.

PRELEVAREA PROBELOR SUBGINGIVALE

Pentru fiecare pacient, au fost prelevate probe din fiecare cadran , de pe suprafețele disto-bucale
ale tuturor primilor molari. În cazul absenței oricăruia dintre acești dinți, s-au ales dinții vecini.
Porțiunea supragingivală a suprafeței rădăcinii a fost curățată cu atenție cu ajutorul unei chiurete.
Cu zona izolată de salivă (spray cu aer delicat sau rulouri de bumbac), o chiuretă sterilă a fost
introdusă în partea de jos a pungii. După o singură intervenţie, fiecare probă microbiologică a
fost extrasă și apoi plasată imediat în 1 ml de fluid de transport și stocat la -80 ° C pentru
secvențierea viitoarei analize a genei ARNr 16S.

4
ANALIZA MICROBIOLOGICĂ
Probele au fost prelucrate pentru extragerea ADN-ului , iar pentru secvențierea analizei s-a
folosit platforma Illumina (MiSeq Desktop Sequencer; Kit reactivi v2; Illumina Inc., San Diego,
CA, SUA). Amestecurile de PCR au fost preparate așa cum s-a descris. Produsele din PCR au
fost apoi cuantificate, purificate și combinate în raporturi echimolare, pentru a crea o bibliotecă
de ADN pentru secvenţierea ARNr 16S s. Fragmentele genei 16S rARN au fost secvențiate de
NGS (MiSeq Desktop Sequencer; Reagent Kit v2; Illumina Inc., San Diego, CA, SUA). ADN-ul
a fost extras , apoi au urmat reacții PCR individuale pentru fiecare probă pentru a amplifica
regiunea hiper-variabilă V5-V7 cu cod de bare pentru primerii 785F (F 5'-
GGATTAGATACCCBRGTAGTC-3 ') și 1175R (R5′-ACGTCRTCCCCDCCTTCCTC-3 ′).

ANALIZA STATISTICĂ ŞI BIOINFORMATICĂ

A fost ales pentru studiu un eşantion de persoane care au putut participa la o reevaluare. Datele
clinice de la toți pacienții care au luat parte la studiu au fost introduse într-o bază de date și
analizate de un pachet statistic (IBM SPSS [25.0]).
Pacientul a fost unitatea de analiză. Pacienții au fost grupați în funcţie de activitatea bolii
(diagnostic de „parodontită agresivă generalizată”, „parodontită agresivă localizată” sau
„parodontită agresivă tratată cu succes”). Alte analize exploratorii au fost efectuate prin gruparea
pacienților după pierderea dinților în timpul acestei perioade („cel puțin un dinte pierdut” vs.
„niciunul”), în funcţie de consumul de nicotină(fumător sau nu), de IMC („greutate normală” vs.
„supraponderalitate sau obezitate”) și de periajul interdentar („zilnic” sau „nu”).

REZULTATE
Caracteristicile demografice ale celor 66 de pacienți incluși în studiu au fost raportate anterior.
49 de pacienți au fost diagnosticați cu parodontită agresivă generalizată,iar 17 pacienti cu
parodintită agresivă localizată la prima examinare. Pe baza clasificării actuale, 42 de pacienți au
fost diagnosticați cu stadiul III generalizat- gradul C, 7 pacienți cu stadiul IV-gradul C și 17 tipar
molar-incisiv stadiul III-gradul C la prima examinare. La vizita de studiu, doi pacienți au declarat
că suferă de diabet zaharat, cinci pacienţi boli cardiovasculare și doi au raportat artrită
reumatoidă - toate acestea erau diagnostice noi aparute în perioada de urmărire. Majoritatea
pacienților (58%) au fost Caucazieni. La vizita de studiu, un total de 8 participanți (12%) erau
fumători actuali. O mare parte din participanți a fost supraponderală (n = 20, 31%) sau obeză (n
= 18, 28%). Douăzeci și patru la sută dintre pacienți au suferit ceea ce am defini ca întreținere
„optimă” în timpul urmăririi studiului. Jumătate dintre pacienți (n = 33) au pierdut cel puțin un
dinte în timpul perioadei de urmărire. Treisprezece participanți (20%) au fost diagnosticați ca
„tratați cu succes”, 52 (79%) au fost diagnosticați ca având parodontita agresivă persistentă, în
timp ce unul a fost edentat. Media tuturor adâncimilor sondajului parodontal a fost de 4,06 mm

5
(SD ± 0,86 mm) și media în cea mai adâncă pungă eșantionată per pacient a fost de 5,26 mm (SD
± 1,75 mm).

CARACTERIZAREA COMUNITĂŢII
În general, probele de parodontită agresivă generalizată au evidențiat agenţi microbieni mai
importanţi în comparație cu celelalte două grupuri. Numărul mediu de microorganisme din
grupul parodontitei agresive generalizate a fost de 205 ± 101, în parodontita agresivă localizată
de 141 ± 58, iar în grupul tratat cu succes a fost de 94 ± 41.

ANALIZA NIVELULUI DE PHYLUM

Probele luate de la pacienții cu „parodontita agresivă persistentă” (localizată și generalizată) au
avut concentraţii relativ mai mari de Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria,
Spirochaetes, Fusobacteria, Synergistetes si Saccharibacteria comparate cu pacienții cu
parodontită stabilă. Cu toate acestea, o varietate de bacterii Gram-negative, cum ar fi
Bacteroidetes și Fusobacteria, apar în proporții mai mari în „parodontita agresivă persistentă ”.
Grupul obez a prezentat creșteri ale Fusobacteriei și Spirochetelor în comparație cu grupul de
greutate normală.

ANALIZA NIVELULUI GENULUI ŞI SPECIEI

Două solduri, y0 și y2, cu cea mai mare acoperire a taxonomiei arborelui, au arătat diferențe
semnificative între parodontita agresivă generalizată și parodontita tratată cu succes. La nivel de
gen, pacienții cu parodontită agresivă generalizată au avut cantităti mai mari de bacterii
Gram-negative anaerobe și de Actinomyces, Alloprevotella, Capnocytophaga, Filifactor,
Fretibacterium, Fusobacterium, Leptotrichia, Mogibacterium, Saccharibacteria [G- 1], genurile
Selenomonas, Porphyromonas și Treponema , iar pacienții cu parodontită agresivă localizată au
prezentat cantitati mai mari de Rothia, Neisseria, Dialister și Saccharibacteria (TM7) [G-5].
În „parodontita trată cu succes ”, au existat proporții mai mari de Haemophilus, Rothia și
Lautropia și a Corynebacterium, Streptococcus și genurile Peptidiphaga .La nivelul speciilor,
parodontita persistentă a fost asociată cu bacterii parodontale inclusiv Capnocytophaga
granulosa [HMT 325], Actinomyces oris [HMT 893], Solobacterium moorei [HMT 678],
Actinomyces naeslundii [HMT 176], Actinomyces odontolyticus [HMT 701], Fusobacterium
nucleatum, F. alocis [HMT 539], Treponema socranskii [HMT 769], Treponema denticola
[HMT 584], Leptotrichia wadei [HMT 222], Treponema sp. [HMT 237] și Selenomonas
sputigena [HMT 151] .

ANALIZA FACTORILOR ASOCIAŢI

FUMATUL
Proporții mai mari de Corynebacterium, Gemella și Bacteroidales Genurile [G-2] au fost
observate în grupul de nefumători, în timp ce grupul de fumători a prezentat genuri mai mari
Actinomyces, Prevotella, Porphyromonas, Neisseria, Clostridiales și Fretibacterium.

6
Cu toate acestea, nu au existat modificări semnificative din punct de vedere statistic în
diversitatea alfa la fumători față de nefumători.

EDENTAŢIA
Nu s-au observat diferențe semnificative în diversitatea alfa comparând pacienții care au pierdut
dinți în timpul studiului fata de pacienții care nu au pierdut dinți.

GREUTATE CORPORALĂ
Diferența semnificativ statistică în diversitatea alfa a fost observată comparând pacienții în
funcție de IMC (supraponderal / obez vs. normal). Pacienții supraponderali / obezi au avut
proporții mai mari de Actinomyces, Streptococcus, Selenomonas, Treponema, Leptotrichia,
Veillonella, Capnocytophaga, Actinomycetaceae și Clostridiales.

IGIENA INTERDENTARĂ
Diferența semnificativ statistică în diversitatea alfa a fost observată între pacienții care utilizează
periaj interdentar zilnic în comparație cu periajul interdentar realizat neregulat. Pacienții care
utilizează periajul interdentar zilnic au avut proporții mai mari de Actinomyces, Streptococ,
Corynebacterium, Rothia, Peptidiphaga și Veillonella .

DISCUŢII
Acest studiu a explorat microbiomul subgingival al pacienților afectați de parodontita agresivă,
după o medie de 7 ani de la finalizarea tratamentului parodontal. Este important de subliniat
faptul că majoritatea pacienților nu au primit ceea ce am defini ca „tratament parodontal
satisfăcător” și 80% dintre aceștia încă aveau semne de boală parodontală persistentă. Mai mult,
50% dintre pacienți au pierdut cel puțin un dinte în timpul perioadei de tratament, cu o pierdere
medie a dinților de 0,27 dinți / pacient / an. Anterior am demonstrat că, după ce au primit
tratament chirurgical, performanța de curățare interproximală și pungi parodontale mai puțin
adânci decat la începutul tratamentului parodontal s-au dovedit a fi asociate cu rate anuale mai
mici de pierdere a dinților. Diabetul zaharat, obezitatea și fumatulul au fost, de asemenea,
raportate ca factori de risc care influențează reapariția numărului de pungi parodontale profunde,
dar și a pierderii dinților.

Acest studiu arată, pentru prima dată, diferențe clare în microbiota subgingivală între pacienții
cu parodontită agresivă persistentă generalizată și pacienții considerați „tratați cu succes”.
Genurile persistente asociate cu parodontita agresivă generalizată au inclus Actinomyces,
Alloprevotella, Capnocytophaga, Filifactor, Fretibacterium, Fusobacterium, Leptotrichia,
Mogibacterium, Saccharibacteria [G-1], Selenomonas și Treponema, în timp ce în cazul
pacientilor „tratați cu succes” genurile includ Haemophilus, Rothia și Lautropia.
La nivel de specie bacteriană, parodontita agresivă persistentă s-a asociat cu unele bacterii
parodontopatogene recunoscute precum Fusobacterium nucleatum, F. alocis și Treponema
denticola, A. graevenitzii, C. sputigena, Rothia mucilaginosa, H. parainfluenzae și L. mirabilis.
7
Interesant este că două dintre aceste bacterii (H. parainfluenzae și L. mirabilis) au fost,
de asemenea, cele mai abundente la copiii sănătoși în comparație cu parodontita agresivă
(Shaddox și colab., 2012), în timp ce C. sputigena a fost asociată anterior cu un răspuns bun la
tratamentul parodontal (Colombo și colab., 2012). Lautropia mirabilis a fost, de asemenea,
găsită în concentratii ridicate la subiecți sănătoși în comparație cu pacienţii cu parodontita
cronică din Japonia (Ikeda și colab., 2019).

Fumatul a fost asociat cu boala parodontală, indiferent de fenotipurile parodontale, posibil prin
alterări în funcție de agenții patogeni parodontali (Hanioka și colab., 2019). Deși nu există
diferențe semnificative din punct de vedere statistic, în diversitatea alfa au fost detectate în
prezentul studiu faptul ca nefumătorii au avut o proporție globală mai mare a bacteriilor
Gram-pozitive precum Corynebacterium și Gemella , în timp ce fumătorii au avut tendința către
o proporție mai mare de genuri Gram-negative precum Prevotella, Porphyromonas, Neisseria și
Fretibacterium. O altă constatare interesantă în studiul actual este că prezența Synergistetes
phylum (constând din anaerobi Gram negativi) a fost în concentraţie ridicată în grupul de
fumători comparativ cu nefumătorii.

Este foarte important de retinut faput că periajul interdentar zilnic a fost asociat cu o microbiotă
subgingivală „mai sănătoasă”, caracterizată prin diversitate redusă și cuprinzând proporții mai
mari de Actinomyces, Streptococcus, Corynebacterium, Rothia, Peptidiphaga și Veillonella.
Acest lucru nu este surprinzător, datorită importanței de igienă orală în menținerea unei
microbiote sănătoase (Zhangși colab., 2019).
Interesant este că o proporție mare de pacienți incluşi în acest studiu a fost supraponderală sau
obezi.
În general, acest studiu sugerează că disbioza subgingivală este asociată cu progresia
parodontitei și că factori precum igiena orală necorespunzătoare și obezitatea pot avea un impact
negativ asupra compoziției microbiotei subgingivale.

8
BIBLIOGRAFIE
Abusleme, L., Dupuy, A. K., Dutzan, N., Silva, N., Burleson, J. A., Strausbaugh, L. D., … Diaz,
P. I. (2013). The subgingival microbiome in health and periodontitis and its relationship with
community biomass and inflammation. ISME Journal, 7, 1016–1025. https://doi.
org/10.1038/ismej.2012.174
Aitchison, J., Barceló-Vidal, C., Martín-Fernández, J. A., & Pawlowsky- Glahn, V. (2000).
Logratio analysis and compositional distance.
Mathematical Geology, 32, 271–275.
Albandar, J. M., DeNardin, A. M., Adesanya, M. R., Diehl, S. R., & Winn, D. M. (2001).
Associations between serum antibody levels to periodontal pathogens and early-onset
periodontitis. Journal of Periodontology, 72, 1463–1469. https://doi.org/10.1902/
jop.2001.72.11.1463
Belstrøm, D., Grande, M., Sembler-Møller, M., Kirkby, N., Cotton, S., Paster, B., & Holmstrup,
P. (2018). Influence of periodontal treatment on subgingival and salivary microbiotas. Journal
of Periodontology, 89, 531–539. https://doi.org/10.1002/ JPER.17-0377
Bizzarro, S., Laine, M. L., Buijs, M. J., Brandt, B. W., Crielaard, W., Loos, B. G., & Zaura, E.
(2016). Microbial profiles at baseline and not the use of antibiotics determine the clinical
outcome of the treatment of chronic periodontitis. Scientific Reports, 1(6), 20205. https://doi.
org/10.1038/srep2 0205
Bokulich, N. A., Kaehler, B. D., Rideout, J. R., Dillon, M., Bolyen, E., Knight, R., … Gregory
Caporaso, J. (2018). Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences
with QIIME 2’s q2-feature- classifier plugin. Microbiome, 6, 90. https://doi.org/10.1186/
s40168-018-0470-z
Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N. A., Abnet, C. C., Al-Ghalith, G. A., …
Caporaso, J. G. (2019). Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data
science using QIIME 2. Nature Biotechnology, 37, 852–857. https://doi.org/10.1038/
s41587-019-0209-9
Brinig, M. M., Lepp, P. W., Ouverney, C. C., Armitage, G. C., & Relman,
D. A. (2003). Prevalence of bacteria of division TM7 in human subgingival plaque and their
association with disease. Applied Environmental Microbiology, 69, 1687–1694.
https://doi.org/10.1128/ AEM.69.3.1687-1694.2003
Callahan, B. J., McMurdie, P. J., & Holmes, S. P. (2017). Exact sequence variants should replace
operational taxonomic units in marker-gene data analysis. ISME Journal, 11, 2639–2643.
https://doi.org/10.1038/ ismej.2017.119
Callahan, B. J., McMurdie, P. J., Rosen, M. J., Han, A. W., Johnson, A. J. A., & Holmes, S. P.
(2016). DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature
Methods, 13, 581–583. https://doi.org/10.1038/nmeth.3869Camelo-Castillo, A. J., Mira, A., Pico,
A., Nibali, L., Henderson, B., Donos, N., & Tomás, I. (2015). Subgingival microbiota in health
compared to periodontitis and the influence of smoking. Frontiers in Microbiology,

9
6. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00119 Camelo-Castillo, A., Novoa, L., Balsa-Castro, C.,
Blanco, J., Mira, A., & Tomás, I. (2015). Relationship between periodontitis-associated
subgingival microbiota and clinical inflammation by 16S pyrosequencing.
Journal of Clinical Periodontology, 42, 1074–1082. https://doi. org/10.1111/jcpe.12470
Caporaso, J. G., Kuczynski, J., Stombaugh, J., Bittinger, K., Bushman, F. D., Costello, E. K., …
Knight, R. (2010). QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.
Nature Methods, 7, 335–336. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 Colombo, A. P. V., Bennet, S.,
Cotton, S. L., Goodson, J. M., Kent, R., Haffajee, A. D., … Paster, B. J. (2012). Impact of
periodontal therapy on the subgingival microbiota of severe periodontitis: Comparison
between good responders and individuals with refractory periodontitis using the human oral
microbe identification microarray.
Journal of Periodontology, 83, 1279–1287. https://doi.org/10.1902/ jop.2012.110566
Core Team, R. (2018). R: A language and environment for statistical computing.
Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. Cui, X., Liu, J., Xiao, W., Chu, Y. I.,
& Ouyang, X. (2019). Subgingival microbiome in Chinese patients with generalized aggressive
periodontitis compared to healthy controls. Archives of Oral Biology, 101, 92–99.
https://doi.org/10.1016/j.archo ralbio.2019.02.012
Dabdoub, S. M., Tsigarida, A. A., & Kumar, P. S. (2013). Patient-specific analysis of periodontal
and peri-implant microbiomes. Journal of Dental Research, 92, 168S–S175.
https://doi.org/10.1177/00220 34513 504950 Dopico, J., Nibali, L., & Donos, N. (2016). Disease
progression in aggressive periodontitis patients. A retrospective study. Journal
of Clinical Periodontology, 43, 531–537. https://doi.org/10.1111/ jcpe.12533
Ebersole, J. L., & Cappelli, D. (1994). Gingival crevicular fluid antibody to
Actinobacillus actinomycetemcomitans in periodontal disease. Oral Microbiology and
Immunology, 9, 335–344.
Fak, F. (2016) The gut microbiota: a predisposing factor in obesity, diabetes
and atherosclerosis. In L. Nibali & B. Henderson (Eds.), The human microbiota and chronic
disease: Dysbiosis as a cause of human pathology. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons Inc.
Fernandes, A. D., Macklaim, J. M., Linn, T. G., Reid, G., & Gloor, G. B. (2013). ANOVA-Like
differential expression (ALDEx) analysis for mixed population RNA-Seq. PLoS One, 8(7).
https://doi.org/10.1371/ journ al.pone.0067019 Fernandes, A. D., Reid, J. N. S., Macklaim, J. M.,
McMurrough, T. A., Edgell, D. R., & Gloor, G. B. (2014). Unifying the analysis of
high-throughput sequencing datasets: Characterizing RNA-seq, 16S rRNA gene sequencing and
selective growth experiments by compositional data analysis. Microbiome, 2(1), 15–https://doi.
org/10.1186/2049-2618-2-15 Fine, D. H., Markowitz, K., Furgang, D., Fairlie, K., Ferrandiz, J.,
Nasri, C., … Gunsolley, J. (2007). Aggregatibacter actinomycetemcomitans
and its relationship to initiation of localized aggressive periodontitis: Longitudinal cohort study
of initially healthy adolescents. Journal of Clinical Microbiology, 45, 3859–3869.
https://doi.org/10.1128/ JCM.00653-07

10
Goncalves, L. F., Fermiano, D., Feres, M., Figueiredo, L. C., Teles, F. R., Mayer, M. P., &
Faveri, M. (2012). Levels of Selenomonas species in generalized aggressive periodontitis.
Journal of Periodontal Research, 47, 711–718.
Griffiths, R. I., Whiteley, A. S., O’Donnell, A. G., & Bailey, M. J. (2000).
Rapid method for coextraction of DNA and RNA from natural environments for analysis of
ribosomal DNA- and rRNA-based microbial community composition. Applied Environmental
Microbiology, 66, 5488–5491. https://doi.org/10.1128/AEM.66.12.5488-5491.2000
Guerrero, A., Griffiths, G. S., Nibali, L., Suvan, J., Moles, D. R., Laurell, L., & Tonetti, M. S.
(2005). Adjunctive benefits of systemic amoxicillin and metronidazole in non-surgical treatment
of generalized aggressive periodontitis: A randomized placebo-controlled clinicaltrial. Journal of
Clinical Periodontology, 32, 1096–1107. https://doi. org/10.1111/j.1600-051X.2005.00814.x
Hagenfeld, D., Koch, R., Jünemann, S., Prior, K., Harks, I., Eickholz, P., … Harmsen, D. (2018).
Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal
therapy? A 16S rDNA microbial community analysis. PLoS One, 13(4), e0195534.
https://doi.org/10.1371/journ al.pone.0195534 Hajishengallis, G., & Lamont, R. J. (2014).
Breaking bad: Manipulation of the host response by Porphyromonas gingivalis. European
Journal of Immunology, 44, 328–338.
Hamp, S. E., Nyman, S., & Lindhe, J. (1975). Periodontal treatment of multi rooted teeth.
Journal of Clinical Periodontology, 2, 126–135. Han, J., Wang, P., & Ge, S. (2017). The
microbial community shifts of subgingival plaque in patients with generalized aggressive
periodontitis following non-surgical periodontal therapy: A pilot study. Oncotarget
8, 10609–10619. Hanioka, T., Morita, M., Yamamoto, T., Inagaki, K., Wang, P. L., Ito, H.,
… Ogawa, H. (2019). Smoking and periodontal microorganisms. Japanese Dental Science
Review, 55, 88–94.
Haubek, D., Ennibi, O. K., Poulsen, K., Vaeth, M., Poulsen, S., & Kilian, M. (2008). Risk of
aggressive periodontitis in adolescent carriers of the JP2 clone of Aggregatibacter
(Actinobacillus) actinomycetemcomitans in Morocco: A prospective longitudinal cohort study.
Lancet, 371, 237–242. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(08)60135-X

11