Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
1.1Generalitati definitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (-NH2) si gruparea acida (carboxil -COOH) de unde provine si denumirea lor. Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologice sunt importanti aminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbon numit si carbon .
R CH COOH
NH 2
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2; legata la C alfa poarta denumirea de grupare amino .
1. 2 Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimica a unuia din cei 20 aminocizi.
Toti cei 20 aminoacizi prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt
atasate gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de
a 4-a valenta a atomului de carbon) care difera la fiecare dintre ei. Astfel aa pot fi
clasificati dupa structura radicalului R in: aa cu radical alifatic, aa cu grupare OH, aa ce
contin atomul de S, aa cu doua grupari COOH, aa cu doua grupari NH2, aa aroamtici, aa
cu structura particulara.
aa= aminoacid
1.3 Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aa sunt dictate de structura lor chimica. Dintre
proprietatile fizice vom discuta : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile chimice vom
discuta b) ionizarea si c) reactia de condensare care duce la formarea legaturii peptidice.
a) Izomeria sterica.
AA prezinta izomerie sterica numita si stereoizomerie. Aceasta proprietate este
conditionata de existenta unui carbon asimetric. Carbonul asimetric este acel C care are 4
substituenti diferiti. Acestia se aranjeaza in jurul atomului de C astfel incat pot da nastere
la doua conformatii spatiale care sunt imaginea in oglina una fata de cealalta. Cele doua
structuri spatiale numite izomeri optici sau enantiomeri sau stereoizomeri pot avea
conformatia D sau L.
La izomerul D gruparea voluminoasa, NH2, este pozitionata in partea dreapta (atunci cand
gruparea COOH este situata la varful structurii) in timp ce la izomerul L ea este
pozitionata in partea stanga. Tinand cont ca proteinele au o forma spatiala apare evident
ca structura D sau L a unui aminoacid influenteaza aranjamentul tridimensional si
implicit functia acesteia. La mamifere inclusiv om aa proteinogeni apartin seriei L
b) Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom
(neutru d p d v electric) se incarca cu o sarcina pozitiva sau negativa ca urmare a
transferului unei particule purtatoare de sarcina electrica (ion) sau a unui electron.
Toti aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxil si amino care ambele
sunt ionizabile adica in anumite conditii pot exista atat in forma ionica (incarcate cu
sarcina electrica) cat si in forma neutra, moleculara, (fara sarcina electrica).
Gruparea COOH are caracter acid in timp ce gruparea NH2 are caracter bazic.
Prin caracter acid se intelege capacitatea unei substante de a ceda un proton (H+).
Prin caracter bazic se intelege capacitatea unei substante de a accepta un proton.
Fenomenul de ionizare prezent la gruparea COOH apare si atunci cand aceasta este
situata la radical.
Cu alte cuvinte molecula unei baze slabe poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara ci si in forma ionica
Fenomenul de ionizare prezent la gruparea ruparii NH2 apare si atunci cand aceasta
grupare este situata la radical.
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de dipeptid si contine o legatura peptidica.
Adaugarea unui nou aa la un dipeptid duce la formarea unui tripeptid.
Din punct de vedere chimic insa proteinele nu sunt altceva decat lanturi de aminoacizi
legati intre ei prin legatura peptidica si care prezinta diferite aranjamente spatiale mai
simple sau mai complicate. Structura tridimensionala pe care o proteina o adopta,
serveste, de regula, scopului destinat proteinei respective. Cum functiile proteinelor sunt
complexe apare evident ca si structura acestora va fi una complexa.
Studierea arhitecturii proteinelor a relevat existenta a 4 nivele de organizare numite:
structura primara, secundara, tertiara si cuaternara. Aceste 4 tipuri de structuri sunt
generate de tipuri de legaturi chimice diferite care se stabilesc intre grupari functionale
diferite astfel:
structura primara este generata de legatura peptidica ce se formeaza intre
gruparea COOH a unui aa si gruparea NH2 a altui aa.
structura secundara este generata de legaturile de hidrogen ce se stabilesc
intre atomii ce alcatuiesc legatura peptidica (elementele chimice ale
legaturii peptidice)
structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van
der Waals) si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc
intre radicalii apartinand aceluiasi lant polipeptidic.
structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice,
Van der Waals) si (in cazuri particulare) de legaturi puternice (legaturi
disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand la lanturi
polipeptidice diferite.
Structura primara
Structura primara este reprezentata de secventa de aminocizi din lantul proteic.
Prin secventa se intelege felul si ordinea aminoacizilor in lant. Structura primara este
realizata de legatura peptidica ce se formeaza intre gruparea COOH a unui aa si
gruparea NH2 a urmatorului aa. Fiecare aminoacid din lantul polipetidic mai poarta
denumirea si de reziduu sau rest. Inlocuirea accidentala (genetic sau ca urmare a unei
mutatii) a unui singur aminoacid in structura primara poate altera functia proteinei (vezi
anemia cu celule in forma de secera sau siclemia)
Caracteristicile legaturii peptidice:
- Caracter partial de dubla legatura (structura de rezonanta) ceea ce face ca atomii
ce participa la legatura sa fie situati (imobilizati) in acelasi plan
- Libera rotatie in jurul legaturii C-N este impiedicata.
- Rotatia este permisa in jurul C
- Legatura este polarizata ceea ce permite aparitia legaturilor de hidrogen.
- In legaturi de hidrogen pot fi implicati atomii O si H ai legaturii peptidice, astfel
ca fiecare legatura peptidica poate fi angajata in maxim doua legaturi de hidrogen
- Atomii O si H sunt pozitionati in configuratie trans fata de leg C-N (de o parte si
de alta a acesteia)
- O si H apartinand legaturii peptidice nu accepta si nu cedeaza proton, nu sunt
implicati in activitatea de tamponare
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
doua notiuni au urmatoarea semnificatie:
- in afirmatia de mai sus notiunea de polaritate (poate induce confuzie) se refera la
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune “A”are directia COOH ->NH2 in timp ce o portiune “B” are directia
NH2-> COOH fata de “A” ). Deci notiunea de polaritate poate fi folosita in cele
doua sensuri diferite
- Notiunea de sens se refera la faptul ca directia corecta de citire a unui lant
polipeptidic este de la gruparea NH2 catre gruparea COOH.
Exemplu de citire:
Gly-Ala-Pro este diferit de Pro -Ala-Gly
Structura secundara
Structura secundara este generata de legaturile de hidrogen in care sunt implicati atomul
de O si H ce apartin diferitelor legaturi peptidice.
Din cauza polarizarii legaturii primare, pot apare legaturi de hidrogen care fac ca lantul
polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze forma liniara care ar
rezulta din insiruirea aminoacizilor unul dupa celalalt. Rotirea, indoirea, curbarea lantului
polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt determinate de secventa de aminoacizi, de
posibilitatea de rotatie la nivelul C si de prezenta interactiunilor chimice (leg de H)
Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura a)-helix si b)structura -
pliat
a) Structura -helix
Apare prin rasucirea lantului polipeptidice in jurul unui cilindru imaginar, rezultand o
structura asemanatoare cu un arc in spirala sau cu o elice ce are urmatoarele caracteristici:
- pasul elicei (distanta dintre doua puncte situate in planuri diferite dar echivalente
pe verticala,) este de 5.2 A si cuprinde 3, 6 aa
- sensul rasucirii elicei este de regula spre dreapta
- conformatia elicei este stabilizata de legaturile de H ce se stabilesc intre O-ul
carbonilic apartinand unui aa si H-ul de la gruparea NH apartinand celui de al
patrulea aa situat pe directia de inaintare a lantului polipeptidic. Aceasta arata ca
structura -helix apare intre aa vecini in lantul polipeptidic
- legaturile de hidrogen sunt paralele cu axul cilindrului imaginar
- radicalii sunt proiectati in afara cilindrului (asemanator unor tepi de cactus)
c.
b.
c.
Strutura beta–turn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Structurile beta-turns sunt localizate de regula la suprafata proteinelor unde elementele
legaturilor peptidice ale rezidiilor centrale (din mijloc) pot forma legaturi de hidrogen cu
apa.
Structura -helix si -pliat sunt intilnite in specificial in proteinelor globulare, solubile.
Structura tertiara
Structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand
aceluiasi lant polipeptidic.
Functie de secventa de aa din structura primara un lant polipeptidic poate adopta pe
anumite portiuni structura -helix, pe alte portiuni -pliat sau zone cu arhitectura
neregulata fata de cele anterioare. Aceasta face ca portiuni situate la distanta intr-un lant
polipeptidic sa ajunga in imediata vecinatate. In consecinta radicalii diferitelor rezidii
ajunsi astfel in apropiere pot interactiona stabilind legaturi intre ei, functie de structura
lor. Rezultanta tuturor acestor interactii genereaza o anumita impachetare a lantului
polipeptidic. Cu alte cuvinte impachetarea unui lant polipeptidic depinde de structura
primara si secundara si de interactiile dintre radicalii apartinand lantului respectiv.
Intre radicali se pot stabili urmatoarele interactiuni:
- legaturi hidrofobe care apar intre radicalii nepolari. Acestia tind sa se asocieze
unii cu altii astfel incat sa excluda moleculele polare cum ar fi apa sau alti radicali
polari
- legaturi de hidrogen ce pot apare intre atomii de O sau N (la electronii
neparticipanti) si atomi de hidrogen apartinand unor grupari polare (OH
apartinand Ser). Radicalii polari si cei cu sarcina electrica sunt ambii hidrofili.
Acestia tind sa interactioneze intre ei si sa expulzeze in afara radicalii nepolari.
- legaturi ionice sunt generate de ionizarea radicalilor la pH fiziologic. Amintim ca
la pH fiziologic radicalul acizilor Asp si Glu prezinta sarcina negativa (COO - ), iar
radicalul aa Lys si Arg prezinta sarcina pozitiva (NH3 +). O grupare carboxil
ionica situata de pe un radical poate fi atrasa de ionul NH3 + de pe alt radical
rezultand o legatura ionica.
- Legaturile disulfidice ce apar intre doua resturi de cisteina stabilizeaza
impachetarea datorita tariei lor si limiteaza tendintele de depliere
Structura cuaternara
Structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si doar uneori de legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii
apartinand la lanturi polipeptidice diferite.
Unele proteine sunt alcatuite dintr-un singur lant polipeptidic; se spune despre acestea ca
au structura tertiara.
Majoritatea proteinelor sunt alcatuite din mai multe lanturi polipeptidice si se spune ca au
structura cuaternara. Lanţurile individuale se numesc protomeri sau subunităţi, fiecare
având structură primară, secundară şi terţiară proprie. Acestea sunt tinute impreuna de
interactiunile ce se stabilesc intre resturile de aminoacizi de pe segmente apartinand
diferitelor lanturi si care ajung unele in vecinatatea celorlalte. Fortele ce actioneaza
pentru asamblarea protomerilor sunt acelelasi care actioneaza in cadrul structurii terţiare,
cu deosebirea, că în acest caz, legăturile se stabilesc între protomeri sau subunitati .
Solubilitatea proteinelor
Proteinele pot fi clasificate dupa diferite criterii: solubilitate, omogenitate, localizarea
celulara etc.
O prima clasificare generala grupeaza proteinele in: a) fibrilare (insolubile) si b)
globulare (solubile)
Structura fiecarui lant este asemanatoare cu str. -helix numai ca elicea este mai
deschisa, mai relaxata cu rasucire spre stanga. In plus secventa fiecarui lant este una
specifica deoarece contine intr-o proportie semnificativa doi aminoacizi: glicina si
prolina.
Prezenta glicinei aminoacid mic ca dimensiuni permite apropierea maxima intre cele trei
lanturi fapt care confera rezistenta considerabila acestuia.
Prolina permite formarea unui numar mare de legaturi de hidrogen pe intreaga lungime a
lantului datorita formei ei hidroxilate de hidroxiprolina. Hidroxilarea prolinei( atasarea
unei grupari hidroxil) are loc in prezenta vitaminei C. Lipsa acesteia din alimentatie duce
la aparitia scorbutului boala caracterizata de prezenta unui unui colagen friabil.
In mediul biologic este intilnita si o solubilitate in mediu lipofil (hidrofob), cum este
membrana celulara, asa numita lipo-solubilitate. La proteinele liposolubile pozitionarea
radicalilor apartinind lantului polipeptidic este urmatoarea:
- radicalii nepolari sunt distribuiti la suprafata proteinei pentru a interactiona cu
membrana nepolara,
- in timp ce resturile polare hidrofile sunt localizate in interiorul proteinei.
Se genereaza astfel structuri membranare sau transmembranare care pot permite circulatia
compusilor polari in cazul asa numitelor canalele ionice (desen) sau situsuri de legare
specifice cum este cazul unor receptori celulari.
Un model de proteina transmembranara este receptorul beta-adrenergic care fixeaza
adrenalina. Adrenalina este un hormon hidrosolubil secretat de zona medulara a glandei
suprarenale. Atunci cand adrenalina se fixeaza pe receptorul -adrenergic prezent in
muschi, ficat sau tesutul adipos declanseaza la acest nivel un raspuns celular care
modifica statusul energetic al organismului (mobilizeaza rezervele energetice)
pregatindu-l sa faca fata unui stress acut (fight or flight).
Receptorul -adrenergic este alcatuit dintr-un singur lant polipeptidic care traverseaza de
7 ori membrana celulara generand o structura serpuita motiv pentru care acest receptor se
mai numeste si receptor serpentina. Cele 7 portiuni situate in membrana au o structura -
helix si contin aa cu radicali nepolari care formeaza legaturi nepolare cu stratul dublu
lipidic al membranei celulare. Acestea sunt sunt legate intre ele de portiuni ce contin aa
cu radical polar care se situeaza de o parte si de alta a membranei in spatiul extra
respectiv intra celular.
Mioglobina este o heteroproteina monomerica (cu structura tertiara) alcatuita din hem si
un lant polipeptidic numit globina. Ea este prezenta in muschiul cardiac si scheletic si are
rol in stocarea si transportul oxigenului la acest nivel.
Structura hem
Hemoglobina
Hemoglobina este prezenta in hematii (celulele rosii din sange) si are rol in transportul
oxigenului de la plamani catre tesuturi.
Hemoglobina este alcatuita din 4 lanturi polipeptidice doua de tip alfa si doua de tip
beta tinute impreuna de legaturi slabe necovalente. Fiecare lant are o structura cu
portiuni elicoidale ce formeaza un buzunar si o grupare hem situata in acesta asemanator
mioglobinei.
Un lant de tip si unul de tip sunt strans unite prin legaturi hidrofobe (semnificative
ca numar si deci puternice datorita numarului mare si nu datorita tariei legaturii
individuale) ce se stabilesc intre ele. Rezulta astfel doi dimeri ()1 si ()2. Cei doi
dimeri sunt tinuti impreuna prin legaturi slabe polare. Legaturile slabe polare dintre cei
doi dimeri permit deplasarea usoara a acestora unul fata de altul astfel incat ei pot ocupa
doua pozitii relativ diferite in starea oxigenata fata de starea deoxigenata:
- in starea deoxigenata cei doi dimeri sunt tinuti relativ apropiati unul de celalalt de
legaturi polare ce impiedica miscarea lor unul fata de celalat. In aceasta aranjare
se realizeaza numarul maxim de legaturi polare posibile, rezultand o structuta
compacta numita T (tight, tense) care are afinitate scazuta pentru oxigen.
- in starea oxigenata, fixarea oxigenului forteaza si prin urmare a rupe o parte din
aceste legaturi polare. Se formeaza astfel o structura afinata numita R (relaxed)
care are deci o afinitate marita pentru oxigen favorizand fixarea urmatoarelor
molecula a acestuia.
Cu alte cuvinte prin favorizarea unor structuri mobile este posibila fixarea reversibila a
oxigenului.
In concluzie hemoglobina leaga reversibil 4 molecule de O2.
Citocromii
Citocromii sunt hemoproteine ce au ca grupare prostetica hemul. Acestia pot avea
structura monomerica sau pot intra ca subunitati in structuri cuaternare complexe.
Citocromii au rol in transportul electronilor functionand dupa principiul:
Acest comportament este posibil datorita faptului ca legarea hemului de partea proteica se
face diferit de fata de mioglobina si hemoglobina nu la nivelul fierului din hem ci la
nivelul radicalilor hemului.
Proteine fibrilare
Vezi structura colagenului
Colagenul este proteina cea mai abundenta in organism [Pamela]. Molecula de colagen
este o molecula cu o forma lunga rigida alcatuita din trei lanturi polipeptidice infasurate
unul in jurul celuilalt intr-o structura asemanatoare unei franghii.
Aceasta molecula se asociaza diferit cu altele asememea ei in diferite tesuturi functie de
rolul structural pe care acestea il au.
In matrixul extracelular sau in umoarea vitroasa a ochiului aceste molecula formeaza un
colagen asemanator unui gel cu rol in sustinere.
In tendoane aceste molecule formeeaza pachete stranse de fibrile paralele care confera
rezistenta .
In oase aceste molecule se aranjeaza in fibre ce formeaza unghiuri intre ele astfel incat
rezistenta mecanica sa se paota manifesta in toate directiile .
Formula structurala
Numele uzual Numele ştiinţific
R CH COOH
NH2
I. Radical alifatic (acizi monoaminomonocarboxilici)
H CH COOH
Glicina (Glicocol) Acid aminoacetic
Gly (G) NH2
CH3 CH COOH
Alanina Acid -amino-propionic
Ala (A) NH2
CH3 CH CH COOH
Valina Acid -amino-izovalerianic
Val (V) CH3 NH 2