Daniel Guariz Pinheiro, PhD.

1 aula - Alinhamento de sequncias de cDNA em genoma referncia

O desenvolvimento das tecnologias de sequenciamento de DNA [1] tem contribudo para um crescimento considervel do nmero de dados biolgicos. As anlises desses dados podem fornecer informaes relevantes para aumentar a compreenso dos diversos sistemas biolgicos de interesse. No mbito da genmica funcional, uma anlise sistmica dos fragmentos de sequncias obtidas de transcritos gnicos permite ter uma viso ampla dos mecanismos de regulao dos genes ativos em determinado conjunto de clulas. Uma etapa crucial nessas anlises o alinhamento das sequncias obtidas em relao sequncia do genoma referncia, obtendo, dessa forma, um mapa gentico. Com essa finalidade, uma srie de algoritmos e sistemas computacionais foi desenvolvida [2], considerando as caractersticas intrnsecas dos dados produzidos com as recentes tecnologias de sequenciamento. Nessa aula sero apresentados os conceitos bsicos envolvidos no alinhamento de sequncias, alm de uma introduo aos principais algoritmos e programas desenvolvidos. Na aula prtica sero oferecidas as condies necessrias para a aplicao dos programas em um conjunto de dados, proporcionando ao aluno reconhecer os parmetros e analisar os resultados obtidos.

[1] Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2008;9:387-402. Review. PubMed PMID: 18576944. [2] Li H, Homer N. A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing. Brief Bioinform. 2010 Sep;11(5):473-83. Epub 2010 May 11. Review. PubMed PMID: 20460430; PubMed Central PMCID: PMC2943993.

2 aula - Montagem de transcriptomas

A alta capacidade de obteno de dados de sequncias genticas com a nova gerao de sequenciadores de DNA [1] e a reduo nos custos envolvidos estimularam as pesquisas genmicas. Esses equipamentos geram tipicamente sequncias curtas com alta capacidade de cobertura e diferentes perfis de erros, quando comparados com os dados gerados por meio da tecnologia de Sanger. A estratgia usual de sequenciamento, conhecida como shotgun, gera uma enorme quantidade de fragmentos de regies aleatrias das molculas de DNA ou cDNA. Para a explorao da informao contida nesses dados, as sequncias dos fragmentos gerados, que se sobrepem, necessitam ser agrupadas e integradas para identificar a sequncia da molcula de onde eles foram obtidos. Quando no h uma referncia genmica, para guiar esse processo de agrupamento e montagem da sequncia original, necessria a utilizao de algoritmos de montagem de novo. Novos algoritmos e sistemas para a montagem de novo [2], de genomas e transcriptomas, foram desenvolvidos levando em considerao as caractersticas intrnsecas dos dados gerados pela nova gerao de sequenciadores. Nessa aula sero apresentadas as principais abordagens e os programas desenvolvidos que permitem realizar a montagem de novo de transcriptomas. Na aula prtica sero oferecidas as condies necessrias para a aplicao dos programas em um conjunto de dados, proporcionando ao aluno reconhecer os parmetros e analisar os resultados obtidos.

[1] Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2008;9:387-402. Review. PubMed PMID: 18576944. [2] Miller JR, Koren S, Sutton G. Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Genomics. 2010 Jun;95(6):315-27. Epub 2010 Mar 6. Review. PubMed PMID: 20211242; PubMed Central PMCID: PMC2874646.