Transcripcin del DNA: Esto tiene que ver con la sntesis del RNA (en especial del RNA

mensajero [mRNA 12%], habiendo tambin RNA de transferencia [tRNA], RNA ribosomal [rRNA], y RNA nuclear pequeo [snRNA]). Ya sabemos que existe el Dogma Central (flujo de informacin), que tiene el DNA con toda la informacin que la clula requiere (funciones celulares, mantencin de especie) almacenada. El DNA se transcribe a RNA, el cual se traduce en la formacin de protenas. Bases moleculares de la transcripcin: El DNA sirve de molde para la transcripcin. Las hebras se separan, quedando una hebra molde (a partir de la cual se crea el RNA) y una hebra codificante (con una secuencia equivalente a la del RNA formado por la hebra molde). La sntesis de RNA ocurre de 5 a 3, siendo catalizada por la RNA polimerasa. Ahora los nucletidos son ribonucletidos (no desoxirribonucletidos, como en el DNA). La reaccin est descrita a la derecha. Con la transformacin de pirofosfato (PPi) a dos fosfatos inorgnicos (2Pi) se produce energa para la formacin del RNA. El RNA tiene en su extremo 5 a los tres fosfatos, y en el extremo 3 un grupo OH, al igual que el DNA. La hebra molde de DNA, para la sntesis de RNA, debe ir en la direccin 3 5. La enzima RNA polimerasa cataliza la sntesis de RNA. Esta enzima tiene un sitio cataltico para permitir la sntesis de RNA, un tnel (embudo) por donde entran los nucletidos uno a uno (ribonucletidos y desoxirribonucletidos, la enzima reconoce los que necesita y los usa, descartando el resto). Un gen es una unidad transcripcional. Hay un punto de inicio de la transcripcin de un gen, al cual llamamos +1. Lo que est hacia el lado negativo se llama ro arriba y hacia el lado positivo es ro abajo (hacia donde se mueve la RNA polimerasa es ro abajo). El lugar donde empieza la sntesis de RNA se llama promotor (5), y el lugar donde termina es el terminador (3). Transcripcin en bacterias: La RNA polimerasa bacteriana tiene 5 subunidades: dos , dos (una y una ) y una . La subunidad sigma puede estar o no unida a la enzima. Si est se llama holoenzima, y si no est es simplemente la enzima core. La diferencia entre ambas, es que la enzima core no identifica el promotor, por lo que puede catalizar a partir de un lugar que no es el +1. La holoenzima siempre parte en el promotor (sitio correcto en el DNA para sintetizar el mRNA). Hay muchas subunidades (se adaptan a cambios ambientales) que responden a distintos estmulos para unirse a la RNA polimerasa. La transcripcin del DNA se realiza en tres etapas:

Iniciacin: Comienza con el promotor. Siempre una purina es el primer nucletido de la secuencia (adenina [+] o guanina). Hay una secuencia de bases ms o menos en el -10 (secuencia consenso TATAAT) y otra en el -35 (secuencia consenso TTGACA). La secuencia TATAAT se conoce como caja pribnow en bacterias y caja TATA en eucariontes. El promotor est ro arriba del inicio de la transcripcin. La subunidad tiene en su extremo carboxilo un reconocimiento de la secuencia -35, y en su extremo amino un reconocedor de la caja TATA. Segn la distancia entre los dos sectores, la RNA polimerasa se unir de manera afn o no afn al gen. Cuando la distancia es correcta, hay una gran afinidad por la unin, lo que hace que la eficiencia de transcripcin sea ptima. Una vez que se ha constituido el complejo cerrado (unin de RNA polimerasa al DNA), se constituye el complejo abierto, donde se denatura el DNA por accin de la RNA polimerasa. Cuando se produce este fenmeno comienza a sintetizarse el RNA. Una vez que se han sintetizado entre 7 y 10 nucletidos se libera la subunidad , terminando la iniciacin de la transcripcin. Elongacin: Comienza con la disociacin de la subunidad de la RNA polimerasa. A medida que transcurre la transcripcin, la cadena de RNA formada por la RNA polimerasa choca con una muralla en la enzima, y se separa de la hebra molde de DNA para salir por el sitio de salida de RNA de la RNA polimerasa. El DNA es lo que se mueve cuando entra a la RNA polimerasa, pues esta enzima est anclada al citoesqueleto nuclear. Si el RNA queda mal transcrito, NO se puede reparar. Con esto se sintetizan protenas errneas. Terminacin: Depende en algunos casos de la protena Rho. Es un hexmero con seis subunidades idnticas. Existe tambin un mecanismo que es Rho independiente. El RNA es una monohebra que se puede plegar. Esto es el plegamiento intracatenario, y antiparalelo. Para ello se unen los repetidos invertidos. Las estructuras que se generan son las llamadas horquillas. De este modo la hebra de RNA no es una estructura lineal, sino que se pliega para formar las horquillas. Luego de la formacin de una horquilla podra haber un sector con muchas adeninas, desde donde se transcribirn uracilos. Esta unin es ms dbil que la unin de guaninas con citocinas, lo cual determina que la cadena de RNA se separe de la hebra de DNA. As ocurre la terminacin Rho independiente. Las horquillas formadas son los terminadores de la transcripcin.

El mecanismo Rho dependiente se produce por el enrollamiento de la cadena de RNA a la protena Rho. Esto permite que Rho hidrolice ATP en ADP. Con esta energa, la protena Rho es capaz de separar la cadena de RNA formada de la hebra molde de DNA.

Regulacin de la expresin gnica: Significa determinar la cantidad de RNA que se sintetiza. Esto se determina segn algunos mecanismos. La expresin constitutiva (genes housekeeping) depende de la arquitectura del promotor (dbil o fuerte), segn sea como el consenso o diferente del consenso. El tiempo de vida media de una clula es el tiempo que se demora en cambiar la mitad de un componente (por ejemplo, protenas). La clula invierte energa para sintetizar molculas. Las molculas pequeas en general tienen una vida media corta (rpida renovacin, promotor cercano al consenso fuerte), mientras que las grandes tienen una vida media larga (renovacin lenta, promotor lejos del consenso dbil). La expresin regulada, con productos gnicos con niveles que varan en respuesta a una seal, son de represin e induccin. Esto es mediado por interacciones protena-DNA especficas. Un factor transcripcional es una molcula que interacta con el DNA para inducir activacin o represin. Un activador puede unirse a la RNA polimerasa de manera directa o indirecta (a travs de otras protenas [subunidad por ejemplo]). Un represor puede bloquear la unin de la RNA polimerasa al DNA, haciendo una especie de efecto pantalla en el promotor. Un represor tambin puede anular el efecto de un activador (indirecto sobre la enzima), anulando la funcin del activador por cambiar la afinidad que las protenas tienen para los sitios de reconocimiento. La seleccin de genes a ser transcritos y la eficiencia del proceso de transcripcin son afectadas por la regulacin de la expresin gnica. Un ejemplo de la represin est representado por el opern lac. Este se compone de tres genes: lacZ, lacY y lacA. stos transcriben para la produccin de beta galactosidasa, permeasa y transacetilasa. Se transcribe un solo RNA mensajero para los tres productos, determinando un RNA policistrnico (codifica para ms de un gen). En ausencia de lactosa, el lacI sintetiza un represor que impide que se expresen los genes del opern lac, unindose a una regin del promotor para que no se pueda unir la RNA polimerasa. Esto ocurre porque si no hay lactosa no hay necesidad de sintetizar beta galactosidasa. Cuando hay lactosa, sta inhibe el represor que genera el lacI, por lo que este represor no se puede unir al DNA para bloquear la zona de unin de la RNA polimerasa, permitiendo la expresin de beta galactosidasa, permeasa y transacetilasa. La lactosa induce los genes del opern lac.

Transcripcin en eucariontes: El RNA se transcribe a partir del DNA y luego se procesa para producir RNA maduro. El mRNA maduro sale al citosol a travs de poros nucleares, y es usado como sustrato para la sntesis de las protenas. Todo lo que tiene que ver con la sntesis del mRNA ocurre dentro del ncleo. Todos los genes eucariontes son individuales, teniendo una organizacin monocistrnica. Esto hace que no haya operones.

Hay tres RNA polimerasas con especificidades distintas. La RNA polimerasa I se encuentra en el nuclolo, y tiene como funcin sintetizar exclusivamente el rRNA. La RNA polimerasa II est en el nucleoplasma y tiene por funcin sintetizar exclusivamente mRNA. La RNA polimerasa III est en el nucleoplasma y tiene por funcin la sntesis exclusiva de tRNA, rRNA 5s y snRNA. Nos centraremos en la RNA polimerasa II pues es la que sintetiza mRNA. La RNA polimerasa II tiene 10 a 12 subunidades, siendo un heptapptido (siete aminocidos que se repiten varias veces, especie-especfico; 36 en el humano, 42 en la levadura, etc.) en CTD (dominio carboxilo terminal, subunidad de 200 Kd), y que es fosforilable. Las dos subunidades grandes que tiene, se asemejan a las subunidades de la RNA polimerasa bacterial. Esta enzima por si sola no puede transcribir. A diferencia de las bacterias, en las que exista un promotor conservado para cada subunidad sigma, en las clulas eucariontes hay promotores diversos, que varan en nmero, naturaleza y localizacin. En cada elemento de promotor se une una protena llamada factor de transcripcin. La caja TATA est ubicada aproximadamente en el -30, estando el promotor proximal en el -200 (lugares donde se empiezan a unir factores de transcripcin).

Hay muchos tipos de factores de transcripcin. Los basales o generales son los encargados de identificar la regin del promotor. Los transactivadores proximales o distales permiten que se facilite la entrada de otras molculas, unindose al DNA en elementos del promotor. Los coactivadores comunican al transactivador con la RNA polimerasa II, sin unirse al DNA. El DNA est estructurado en nucleosomas, por lo que para poder diponer del DNA hay actividades que permiten que las hebras se suelten o aflojen del nucleosoma para la transcripcin. Un mecanismo es la acetilacin de histonas ricas en lisina, para una menor unin del DNA a la protena nucleosomal. Modificaciones post-transcripcionales: procesamiento transcrito primario: Son de tres tipos: capping, poliadenilacin y splicing. Capping: Proceso en el cual se introduce una molcula (Cap) en forma inversa al extremo 5, para que la molcula de RNA quede 3 3.

Poliadenilacin: Es la seal de trmino que indica a la RNA polimerasa que active un factor basal para que se produzca una actividad endonucleoltica, que rompa el RNA que se est sintetizando. Se agrega una cola de polinucletidos (poli a) (adeninas) que determina una seal de trmino. Splicing: El DNA tiene exones (que codifican) e intrones (que no codifican). Cuando se transcribe el RNA, el transcrito primario contiene la informacin de los exones y los intrones. Para deshacerse de la informacin de los intrones ocurre el splicing. El mecanismo de splicing reconoce el inicio (adenina 3) y el trmino (guanina 5) de los intrones, aproximando lo exones para que se unan una adenina con un guanina por un lazo, interaccionando, empalmndose los dos exones y eliminando el intrn. Los spliceosomas son complejos especializados de RNA-protena: los snRNP. Cada uno tiene un tipo de snRNA.

Procesamiento alternativo: Hay varias seales de poliadenilacin y varias seales de splicing. Un gen crea ms de una protena diferente. Esto explica que 150.000 protenas sean codificadas por slo 30.000 genes en el ser humano. Una manera de splicing alternativo es la eliminacin de algn o algunos exones junto con los intrones del transcrito primario (RNA). Un mismo gen produce la calcitonina (tiroides) y un neurotransmisor (cerebro), dependiendo de los exones que son sacados luego del splicing de un mRNA.