Docking

Qumica Computacional Rony J. Letona

Docking:
(Ingls) Llevar un barco o bote a un muelle o puerto.

Por qu se llama as?

Llevar algo que flota por all a un lugar donde se va a enganchar.
Adjuntar, unir o conectar una pieza a otra.

Hacer que algo encaje en otro algo.

Y eso del docking , cmo se hace y para qu sirve?

Recuerdan sus das de nios?

Docking en Qumica Computacional

Obtencin de dos estructuras en 3D Hallar el mejor sitio en que pueden ligarse Hallar la mejor manera de ligarlos Dos clases de Docking

Por conveniencia, algunos trminos

Ligando: Estructura (generalmente pequea) que se liga al sitio activo. Receptor: Estructura (usualmente una protena) que contiene el sitio activo. Tambin llamada macromolcula.

Sitio activo: Arreglo de aminoacidos en el receptor que interactan fsicamente con el ligando (usualmente a 6 Angstroms).

El Problema
Representar

Evaluar

Buscar (Sampling)

Representacin
Cualquier software que muestre 3D? La compu, cmo lo ve?

Programas para Docking

Evaluacin
Vibracin Elctrica Puentes de H Solvatacin Torsin

Bsqueda (Sampling)
Algoritmo de bsqueda global Algoritmo de bsqueda local Algoritmo hbrido

Dinmica Molecular

AutoDock
Gratis

Tutoriales

GUI (ADT)

AutoDock
Preparacin Macromolcula Preparacin Ligando Preparacin Grid Preparacin Docking Corrida Anlisis

Probemos :o)

Bibliografa y Artculos Incluidos

AutoDock. (n.d.). AutoDock. Recuperada Junio 13, 2011, de http://autodock.scripps.edu/ Babu, N., Satheesh, P., Grandhi, D., & Rao, A. (2010). Comparative Study of LIGAND Docking. International Journal of Computer Applications, 6(1), 36-39. Duan, L., Yang, J., & Slaughter, M. (2009). Caffeine inhibition of ionotropic glycine receptors. The Journal of Physiology, 587(16), 4063-4075. Eubanks, L., Rogers, C., Beuscher, A., Koob, G., Olson, A., Dickerson, T., et al. (2008). A Molecular Link Between the Active Component of Marijuana and Alzheimer's Disease Pathology. Molecular pharmaceutics, 3(6), 773-777. Huey, R., & Morris, G. (2008). Using AutoDock 4 with AutoDockTools: A Tutorial. La Jolla, California: The Scripps Research Institute. Morris, G., Goodsell, D., Halliday, R., Huey, R., Hart, W., Belew, R., et al. (1998). Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and an Empirical Binding Free Energy Function. Journal of Computational Chemistry, 19(14), 1639-1662. Pyun, B., Choi, S., Kwon, Y., Lee, Y., Kim, T., Min, J., et al. (2008). Capsiate, a Nonpungent Capsaicin-Like Compound, Inhibits Angiogenesis and Vascular Permeability via a Direct Inhibition of Src Kinase Activity. CANCER RESEARCH, 68(1), 227-235. Sun, H., Yazal, J., Lockridge, O., Schopfer, L., Brimijoin, S., & Pang, Y. (2001). Predicted Michaelis-Menten Complexes of Cocaine-Butyrylcholinesterase. The Journal Of Biological Chemistry, 276(12), 9330-9336. Teodoro, M., Phillips, G., & Kavraki, L. (2001). Molecular Docking: A Problem With Thousands Of Degrees Of Freedom. IEEE International Conference on Robotics and Automation, 1, 960 - 965.