ICBMI: Aminoácidos

17 de Agosto del 2006

ICMBI, clase 1
Aminoácidos
Dr. José Martínez

Proteínas:

*Las proteínas son polímeros lineales constituidos por unidades monoméricas

llamadas aminoácidos.

*Las proteínas son compuestos orgánicos complejos, cuya estructura básica es

una cadena de aminoácidos.

*Las proteínas son biomoléculas formadas básicamente por carbono,

hidrógeno, oxígeno y nitrógeno. Pueden además contener azufre y en algunos
tipos de proteínas fósforo, hierro magnesio y cobre entre otros elementos.

*Hemoglobina Humana: C2818 H4380 N764 O790 S12 Mw: 61987Da

Esta molécula, sólo para que tengan un punto de referencia les recuerdo que
la molécula de agua es H2O, y la glucosa es C6H12O6

Esto se los digo por que si ustedes se fijan bien, la masa de esta molécula es
61987 veces la masa de un hidrógeno, por lo tanto entonces estamos frente a
moléculas un poquito más grandes, más complejas. Y de hecho, si ustedes
siguen buscando en estas cosas van a encontrar, que las proteínas poseen
además de todo lo que dije arriba, grupos funcionales. Las funciones están
directamente relacionadas a la vez con la función que cumple la proteína.

1 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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17 de Agosto del 2006

Aminoácido:

Es una molécula que tiene un grupo amino y un ácido carboxílico. Ahora,

¿Cuántos aminoácidos creen ustedes que podríamos nosotros escribir? Millones
de aminoácidos. Efectivamente, si nosotros tenemos cualquiera molécula que
tenga un grupo amino y un grupo ácido. El grupo amino es que el que esta
constituido por un nitrógeno y dos hidrógenos, y el ácido, desde el punto de
vista orgánico es COOH.

En los sistemas biológicos existen alrededor de 300 aminoácidos, y de hecho

ustedes ven esto que está acá, que se llama ornitina (aminoácido importante
en metabolismo) y la citrulina, efectivamente poseen un ácido y un grupo
amina; por lo que son aminoácidos.

Muchos de estos aminoácidos, cumplen funciones tremendamente

importantes dentro de una célula o un organismo. Encontramos algunos que
son intermediarios metabólicos como la ornitina y citrulina, neurotransmisores
o precursores de neurotransmisores, algunas son hormonas, almacenamiento
de energía y otros son precursores de bases nitrogenadas. Los aminoácidos los
estamos encontrando en todas las funciones de la especie y fíjense que no
están mencionadas la formación de proteínas por que eso lo vamos a ver en
más extenso.

Pero nosotros vamos a estudiar algunos aminoácidos que tienen un grupo

amino y un grupo ácido, pero que tienen la particularidad de que el grupo
amino y el grupo ácido están unidos a un mismo carbono. Si nosotros
aplicamos la nomenclatura de la química orgánica antigua, este carbono (COO-)
es la función más oxidado, es decir NAD. Este carbono (C), que esta ligado a
este carbono (COO-) es el carbono α, y el siguiente el β, el siguiente γ, δ, θ,
etc.

NH3+

CH2 CH2 C COO-

Por lo tanto nosotros vamos a estudiar los aminoácidos que son α amino, es
decir que tienen el grupo amino en el carbono α, y son los que va a formar los
α aminoácidos.

En los aminoácidos, además del grupo ácido y el amino, vamos a encontrar un

grupo de diferente naturaleza, y a ese le vamos a llamar radical o grupo R.

¿Qué pueden decir ustedes de este carbono (C)?

-Momento dipolar distinto de cero.
-Es quiral.

2 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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-Ópticamente activo, presenta actividad óptica rotatoria: que puede rotar el

plano de rotación de una luz polarizada.
Luz polarizada: la luz esta compuesta por un sin numero de vectores que
oscilan en una dirección. La luz blanca es un vector que va girando en
varias direcciones. La luz polarizada va a escoger aquella luz que va en
una dirección. Si yo tomo esta luz y la hago pasar por una solución, esta
luz va a tener un efecto o no, y eso va a depender de si las moléculas
son ópticamente activas. Si esto es así, el plano de oscilación gira.
Pueden girar a la derecha o hacia la izquierda. Esto sucede con algunos
azúcares y estos aminoácidos que se llaman α aminoácidos. El ojo
humano no es capaz de percibir estos cambios, pero para ello se utiliza
un prisma y buscar el ángulo en el cual se obtura totalmente a la luz, y
el cambio antes y después de entrar al prisma te da el ángulo.

Que esta molécula sea ópticamente activa, nos va a generar además dos
isómeros que se llaman enantiómeros. Uno que corresponde al D y otro al L.
Esta nomenclatura no tiene nada que ver con las propiedades ópticas
rotatorias Esta nomenclatura D y L se basa en una comparación con
molécula gliceraldehído. Si la molécula es un isómero del D gliceraldehído
tenemos a un D α aminoácido; y si es un isómero del L gliceraldehído estamos
frente a un L α aminoácido. En la siguiente tabla tenemos sólo L aminoácidos, y
la actividad rotatoria varía entre dextro (derecha) y levo (izquierda).

Entonces como estamos hablando de configuración, la que implica la manera

en la cual están unidos los átomos al carbono central, a simple vista parece ser
bastante difícil hacerlo. Pero hay una manera bastante simple que inventaron
los gringos para identificar los L aminoácidos: si yo miro desde el hidrógeno
hasta el carbono α, y sigo en el sentido de los punteros del reloj, y voy desde el
carboxilo, grupo R y amino, formo la palabra CORN, que en inglés significa
maíz, y eso significa que esto es un L aminoácido.

CO

N R’

Decíamos que los aminoácidos que vamos a estudiar son los α aminoácidos, y
en más específico los L α aminoácidos. Cada vez que hablemos de aminoácidos
de ahora en adelante nos referiremos a L α aminoácido. Esto no quiere decir
que los R α aminoácido no sean importantes, por ejemplo tenemos que en la
pared celular de las bacteria encontramos los D alanina y D glutámico (¿?),
pero atención que estos no están formando parte de proteínas. También
tenemos la valinomicina, es un péptido cíclico que actúa como canal iónico.

3 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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También hay algunos péptidos con actividad opiácea que se presentan en

algunos reptiles. Pero en las proteínas, nosotros no encontramos D
aminoácidos; los aminoácidos genéticamente creados (los que dan lugar a
proteínas), son todos L α aminoácido. Ahora bien, estos aminoácidos, además
de tener un grupo amino y un grupo ácido, en la cadena lateral pueden tener
por ejemplo grupos aromáticos, y por eso se dice que estos aminoácidos son
aromáticos, se relaciona las características de los aminoácidos según su grupo
funcional. Son 45 aminoácidos aromáticos.

Aminoácidos naturales aromáticos:

Fenilalanina FEN F
Tirosina TIR Y
Triptofano TRG W

Algunas cadenas laterales tienen características polares, estas características

polares les permiten establecer interacciones con el agua.

Aminoácidos naturales polares:

Asparragina ASN N
Cisteína CIS C
Serina SER S
Glutamina GLN Q
Metionina MET M
Treonina THR T

También tenemos aminoácidos ácidos, que son los que tienen un grupo
carboxilo más.

Aminoácidos naturales ácidos:

Aspártico ASP D
Glutámico GLU E

También tenemos aminoácidos básicos que poseen un grupo amino extra.

Aminoácidos naturales básicos:

HistidinaA HIS H
B
Arginina ARG R
C
Lisina LIS K

A
Posee un anillo que se llama Imidasol, que le otorga carácter básico. Este se encuentra
en la cadena lateral.
B
Tiene un grupo llamado Guanidimo.
C
Es polar y apolar a la vez

4 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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El nitrógeno cuando esta escrito así: NH3+ es por que esta protonado. El
nitrógeno es feliz con dos hidrógenos, pero cuando él comparte sus electrones
libres con un protón, es cuando queda con carga positiva por que actúa como
base, captó protones.

También existen aminoácidos alifáticos o apolares.

Aminoácidos naturales alifáticos:

Alanina ALA A
Valina VAL V
Leucina LEU L
Isoleucina ILE I

Links:
Principios de estructura de proteínas:
http://www.cfrd.cl/~proteinas
USER: proteinas
PASS: rasmolpro

Apuntes de proteínas:
http://www.udec.cl/~jmartine/curso.html

Los aminoácidos que forman parte de las proteínas son 20, y los dos que faltan
son los aminoácidos conformacionalmente importantes y son especiales. Uno
de ellos es la Glicina, que es aquiral, es decir esta en la forma meso. Este
aminoácido no tiene actividad óptica rotatoria, por lo que no tiene
nomenclatura L/D. Al tener como grupo R’ un hidrógeno le da una libertad
especial. El otro aminoácido es la Prolina, en este la cadena lateral esta unida
al amino, y esto hace que sea bastante más rígido. La Prolina no es un amino
ácido, por que no tiene un grupo amino (NH2), si no que un grupo imino (NH),
por lo que es un iminoácido. Por esta razón estos dos aminoácidos son
especiales, por que la Glicina no es L, y la Prolina no es aminoácido.

En la cisteína, el grupo SH es importante por que tiende a oxidar, entonces

tenemos dos posibilidades: la primera es que la célula se esfuerce por
mantener el grupo SH, y la otra posibilidad es que de alguna manera lo oxide
de forma controlada poniéndole otro grupo SH, lo que va formar un enlace
covalente entre dos cisteínas por el grupo SH, que es lo que se conoce como
puente disulfuro. De esta manera la cistina corresponde a dos cisteínas.

5 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Aparte de esta clasificación, tenemos otras más y se sobreponen unas sobre

otras. Los aminoácidos también se clasifican si son grandes, chicos, cargados
(positivo o negativo), hidrofóbicos, etc.

Ejemplos de aplicación: Si cambio la alanina por un residuo aromático ustedes

recuerdan que los aromáticos son grandes, deben saber que estoy cambiando
pequeño por algo grande. Si cambio la asparragina por la leucina deben saber
que estoy cambiando un aminoácidos polar por uno apolar.

Estos veinte aminoácidos no solo forman parte de las proteínas, si no que

también están presentes en otras funciones del metabolismo. Por ejemplo si
uno decarboxila la histimina vamos a tener la histamina la que guarda relación
con los fenómenos de alergia. Algunos aminoácidos pueden ser transformados
al modificar su cadena lateral; esta modificación química le da características
especiales a estos aminoácidos; lo que no significa que sean nuevos, si no que
los mismos pero modificados.

Pero los aminoácidos son más de lo que habíamos visto, por que resulta que el
grupo amino no lo vamos a encontrar como tal, ni tampoco el grupo carboxilo.
Para este caso consideramos que el grupo amino va a ser básico, y el grupo
carboxílico ácido. Y además veíamos que las cadenas laterales de los
aminoácidos, en algunos de ellos había un grupo carboxilo, y como buen grupo
carboxilo va a sufrir disociación. Todos los grupos que estamos viendo ahora
son ácidos y bases débiles, es decir que se protonan o deprotonan
parcialmente dependiendo de las concentraciones y el pH. Y entonces nosotros
podemos encontrarnos que la cadena lateral de la histimina puede estar en
varias formas. Lo mismo podemos encontrar en la tirosina. Y cada una de estas
disociaciones ocurren con cierta regularidad y hay una relación entre las
concentraciones de la forma protonada y desprotonada; y estas
concentraciones están dadas por el equilibrio que sucede en esta
deprotonación, y una medida de este equilibrio es lo que se llama la constante
de disociación como ácido, todo escrito como ácido. Para poder ordenar esto
uno utiliza el pKa, y este pKa es la fuerza con la cual el ácido retiene el protón,
mientras más alto sea el valor significa que lo retiene con más fuerza. Por
ejemplo, si el pKa es 12, quiere decir que se necesita un pH de 12 para que se
libere el protón. Los aminoácidos además de tenere el grupo carboxilo, tiene el
grupo ámino, y además de eso hay aminoácidos que en sus cadenas laterales
tienen grupos disociables.

Titulación:

6 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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Nosotros podemos encontrar a los aminoácidos en tres estados: en una forma

catiónica, neutra y anionica; y eso va a depender de la presencia o no de los
protones. Para determinar esto utilizamos la ecuación de tampones (Henderson
Haselbach):

En esta ecuación si nosotros suponemos que tenemos el 100% de base

(molécula deprotonada) eso va a ser cuando el pH sea igual al pKa + 2; y si
nosotros tenemos el 100% de ácido (molécula protonada) es cuando el pH sea
igual al pKa – 2. Nosotros podemos pasar de la molécula totalmente protonada
a la totalmente deprotonada por 4 pH de diferencia.

El ácido acético tiene un pKa de

4,74, por lo tanto si nosotros
comenzamos a agregarle
hidrógeno le estamos
neutralizando el protón. Cuando no
le agregamos hidrógeno, vamos a
suponer que estamos a este valor
de pH (2,74), significa que
tenemos el 100% de nuestro acido
acético protonado, y empiezo a
agregarle hidrógeno, va a ir
entregando su protón hasta un
punto en que ha entregado la
mitad de sus protones, es el punto
de equivalencia (PI), en este punto
tenemos un 50% protonado y un
50% deprotonado. Y si sigo
agregando protones voy a llegar a
6,74, en el cual todo el ácido acético esta deprotonado.

7 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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En el caso de la glicina yo
puedo titular el grupo
carboxílico y el grupo amino. Y
el primero que debo titular es
al grupo carboxilo, por que
tiene un pKa más bajo (es más
fácil quitarle los protones), y
después al amino. Si hay más
grupos que se pueden
deprotonar, se titulan en orden
creciente de pKa. También
existe la posibilidad de titular
con la molécula totalmente
deprotonada, y comenzar a
descender agregando OH.

La histidina tiene tres grupos disociables, el carboxilo, el amino y el imidasol, y

además se que el imidasol tiene un valor de 6,0. Y vamos deprotonando desde
el que tiene pKa más bajo hasta el que tiene pKa más alto.

El ácido aspártico tiene dos grupos COOH, uno α y uno β. El primero tiene un
pKa de 2,0 y el segundo de 3,6. El COOHα esta totalmente protonado a un pH
de 0,0 y desprotonado a un pH de 4,0; el COOHβ esta totalmente protonado a
un pH de 1,3 y esta totalmente desprotonado a un pH 5,6. ¿Por qué el pH de
deprotonación de COOHα difiere del pH de protonación de COOHβ; siendo que
son el mismo compuesto? Esto pasa porque ambas reacciones están
ocurriendo al mismo tiempo, pero en que punto tenemos el equilibrio, nosotros
debemos calcular el promedio de esos pH, este punto se llama el punto
isoeléctrico. El punto isoeléctrico es el pH cuando una molécula se encuentra
eléctricamente neutra, es decir, que sus cargas positivas y negativas estén
balanceadas, no significa que la molécula no presenta carga, si no que está
balanceada.

8 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy

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En este punto la molécula alcanza su mínima solubilidad, no significa que

precipite (esto ocurre sólo cuando hay una gran concentración).

pKa+ es el grupo cuya deprotonación lleva de la carga positiva a la carga cero.

pKa- es el grupo cuya deprotonación lleva de la carga neta cero a negativo.

En este caso el pI de los COOH es 2,8 de pH.

Ahora bién, si: pH>pI la molécula presenta carga neta negativa .

pH<pI la molécula presenta carga neta positiva.
pH=pI la molécula presenta carga neta neutra.

Los aminoácidos ácidos, cuando se deprotonan, pasan a de la carga neutra a

tener carga neta negativa.
Los aminoácidos básicos, cuando se deprotonan pasan de la carga positiva y
quedan neutros.

Caso clínico: Ustedes deben curar a un paciente con cierto aminoácido, pero no
lo tienen puro, ya que esta en una plantita que tiene el aminoácido, pero junto
con otro. Usted le da la mezcla de aminoácidos al paciente pero no le da
resultados. Entonces deben separar ambos aminoácidos, el alcalde del pueblo
le ofrece su resina para separar los aminoácidos; y ustedes se acaban de dar
cuenta que son capaces de tener el poder en sus manos.
¿Cómo separarían los aminoácidos?
Con el pH pueden cambiar las cargas de los aminoácidos, dejando a uno
positivo y a otro negativo, y con la resina del alcalde filtran la mezcla y uno de
los aminoácidos va a pasar. Como la resina es negativa va a atrapar al
aminoácido cargado positivo, mientras que el otro pasa de largo. Pero ustedes
necesitan el aminoácido que quedó en la resina, ahora ¿Cómo la sacan de la
resina? Cambiando nuevamente el pH para que el aminoácido quede cargado
negativo y se libere de la resina.

9 Redacción: Álvaro Riquelme Godoy