Les protides

Protides constitués d’azote (principal constituant de la matière vivante.)

I-Les acides aminés

1-définition et structure

Comporte -une f° acide carboxylique (COOH)

-une f° amine IR (NH2)

Le critère de classification est la nature du radical et son degré de

polarité

-aa polaire (chaine hydrocarbonée ou cyclique)

-aa polaire non chargé (R=f° OH ou SH)

-aa a R polaire chargé (R=f° COOH, NH2)

2-Organisation et fonction

2 sources possibles -alimentaire (exogène)

-synthèse ds l’org (endogène)

On distingue : -aa indispensables, organisme incapable de les

synthétiser

-aa non essentiels, org possède enzymes pour leur

synthèse

F° : -élément constitutif des prot

-fabrication d’énergie en cas de jeûne

-source d’amine biogène (adrénaline, noradrénaline)

• Propriétés physiques des aa

- Polarité, influencée par 3 critères : -pH

-concentration ionique
 -nature du radical

- Pouvoir rotatoire : capacité à dévier le plan de la lumière

polarisée, obligat° de présence de carbone asymétrique (forme L et D
des aa = énantiomère)

- Absorption dans l’ultraviolet : aa aromatique (280nm)

• Propriétés chimiques

- Ionisat° : tjs 2 f° ionisables (NH2 et COOH), ce sont des

ampholytes.

- pKa : cste qui caractérise tous les aa

pH=pKa + log ([A-]/[AH])

Acide fort = pKa faible

- applicat° pratique : 2 techniques de séparat° : -

électrophorèse d’aa (plus un aa est chargé, plus il migre loin et
plus il est loin de son pHi), séparation de molécules chargées par
un champ électrique, en fonction de la taille, charge, pH du
tampon.

-chromatographie
échangeuse d’ions

• Décarboxilation

Perte de la fonction COOH

Exemples : -cadavérine (lysine)

-putricine (ornithine)

• Désamination

Perte de la fonction NH2

NH3 toxique
déplacé par un
transporteur (α KG)
réaction de
transamination
 • Transamination

catalisée par enzyme (transaminase)

exemples : ALAT et AZAT

les enzymes augmentent dans le sang si pathologie cardiaque ou

hépatique

• Décar+désa simultanée

aa—(oxydant)aldéhyde

• Amidification

Interaction entre f° COOH et NH2

• Propriétés des chaînes latérales

Substitution du noyau aromatique, réaction colorée spécifique

• Méthode d’étude des aa

-Séparation par chromatographie échangeuse d’ions, ou chroma en

phases inverses

-Dosage par formol-titration, spectro d’absorption, d’émission à 280nm.

II-Les peptides

• Déf°, propriétés, struct et nomenclature

α : Déf° et propriétés

Enchaînement d’aa (2à100) reliés par des liaisons peptidiques

OH OH O O
H2N CH C
+ H2N CH H2N CH C NH CH C OH + H2O
O O R
R R R

Propriétés : - 4atomes C, O, N, H coplanaires

- électrons de cette liaison partiellement délocalisés double

liaison partielle.

- struct rigide

- double liaisons partielle en transe (pour le moins

d’encombrement stérique (=dans l’espace))
 β : Nomenclature

Pour écrire un peptide, on écrit d’abord l’aa N-terminal, puis tous les
peptides sauf celui du C-terminal en les terminant par « YL »Glycyl-
aspartyl-glutamique

Þ : Propriétés

- Physiques : ¤ pouvoir rotatoire comme les aa, grâce à leur

carbone
asymétrique

¤ absorpt° dans l’UV

¤ ampholyte grâce à NH2 et COOH

- Chimiques : ¤ ionisat°

• Ex de peptides

- Insuline est autres peptides hormonaux

De nature peptidique, synthèse dans les cell β des îlots de

Langerhans (f° endocrine = synthèse d’hormone envoyée dans le
sang)libéré par stimulus (hyperglycémie) par exocytose,
synthèse faite sous forme
inactive (pro-insuline), devient
active qd retrait du peptide C

- Glucagon, synthèse dans les cell α des îlots de Langerhans

(endocrine) libéré quand hypoglycémie.
 - Glutathion (tripeptide) = gamma Glutamyl-cystyl-glycine

Antioxydant

• Peptide, ATB et toxine

- ATB : cyclopeptide (peptide à forme cyclique)ex : Bacitracine

- Toxine : ex : ¤ phalloïdine (amanite phalloïde)

¤ acide polyglutamique (Bacillus)

• Zymogène et peptide inhibiteur

Zymogène : enzym sous forme inactive (enzyme + peptide

inhibiteur)activat° par départ du peptide grâce à protéase.

III-Les protéines

- + de 100 aa

- Enchaînement des aa détermine sa structure 3D (rôle et f°)

- Stabilisées par liaisons faibles et fortes

- Existence de 3 voire 4 degrés d’organisation : struct IR, IIR, IIIR et

IVR

• Struct IR : enchaînement linéaire d’aa reliés par liaison peptidique

Possibilité d’étude à l’aide d’exopeptidase (coupe au N-Terminal ou

C-terminal) ou d’endopeptidase (coupe dans la prot).

• Struct IIR : premier degré de repliement de la chaîne peptidique,

stabilisée par des liaisons H entre C=O et H-N.

Deux types de structures IIR

- Hélice alpha : chaîne protéique enroulée sur elle-

même, stab par liaison H intracaténaire. Pas de
 l’hélice (nb d’aa/tour) = 3,6.Hélice droite et part à droite dans le
sens peptidique. Radicaux à l’extérieur.

- Feuillet β : accordéon stab par liaison

intra et intercaténaire, rigidité due aux 6
atomes coplanaires. Peut être // ou anti//

Les radicaux sont à l’extérieur du feuillet.

- Superstructure secondaire :

Association
de plusieurs
struct IIR.

• Structure IIIR : 2nd degré de repliement de la prot, lui apport sa struct

3D + rôle. Stab par liaisons fortes (ponts S-S et liaison peptidiques et
liaison faibles).

- Pont S-S : formé entre deux cystéines.

- Faible : hydrogène, hydrophobe, ionique, Van der Waals,

coordinance métallique
• Conséquence de la struct IIIR : 2 principales catégories : prot
globulaires (sphériques) possédant un core et des domaines
structuraux (=un type de struct à un mm endroit)

Et ont ttes des sites actifs. Prot fibrillaire (fibre)

• Struct IVR : association de plusieurs sous-u protéiques en struct IIIR.

Stab par liaison faibles ou S-S. Il y a des holopolymères (4mm ss-u)
ou des hétéropolymères (4ss-u différentes)

• Dénaturation des prot : Perte de toutes les struct sauf IR (conservat°

des liaisons peptidiques). Elle peut être réversible ou irréversible.

• Modification des propriétés protéiques :

- Solubilité : perte de la solubilité (format° d’agrégats) qui

précipitent.

- Perte propriété bio : perte struct IIIR ou IVR ne peut reconnaître
le substrat.

- Varation des paramètres moléculaires : changement de

conformation et séparation des ss-u.

• Les agents dénaturats :

- Agents physiques : -T° perte des liaison H

-pH changement de charges

-UV et ultrasonsstérilisat° des aliments

-modification de la P° osmotiquedilut° ou
augmentat° [cell]

- Agents chimiques : -Faiblement dénaturant : Urée (NH2)2-C=O

les prot récupèrent leur conformat°

initiale

-Fortement dénaturant solubilisant : dénaturat°

de la prot mais reste soluble

-Fortement dénaturant précipitant : dénaturat° et

précipitat° ex : TCA
 les prot ne récupèrent pas leur
conformation

• Propriétés des prot :

- Force ionique : force ionique faible solubilité faible

trop de liaisons précipitation

- pH : pH < pHi prot chargée +

pH > pHi prot chargée –

pH = pHi charge = 0 (solubilité minimum)

- solvant organique : précipitation (sauf 0<T°<4°C)

- température : augmentation solubilité avec augmentation de la

T°, jusqu’à température critique (dénaturation & précipitation)

• Propriétés électriques : Prot change de charge en f° du pH de la

solution tampon

• Viscosité : + une solut° est concentrée, + elle est visqueuse.

• Propriétés optiques : Pouvoir rotatoire (déviation du plan de la

lumière polarisée par carbone asymétrique)

Absorption dans l’UV (aa aromatique +

liaison peptidique)

Diffusion et réfract° de la lumière

• Masse moléculaire : électrophorèse au SDS (Sodium Dodécyl Sulfate)

 charge tous les aa négativement

Chromatographie d’exclusion : passage dans

des billes de gel. petites = lentes ||| grosses = rapides

• Propriétés osmotiques : (pouvoir d’attirer l’eau = pouvoir oncotique)

• Propriétés chimiques : dues à la liaison peptidique  hydrolyse de la

liaison

- Enzymatique : par peptidase (endo et exo)

- Chimique : par hydrapeptidase (idem mais molécule chimique)

• Propriétés bio :
 Type de prot Enzyme Ac/Ag Récepteur
memb
Activité Catalyseur RI Régul acti cell
Ligand Substrat Ag/Ac Hormone
Nature et Transformat° du Destruct° par Recyclage ou
devenir du substrat en les cell de destruction
complexe prot- produit l’immunité
ligand
• Dosage des protéines : Méthode colorimétrique (Biuret)

Méthode immunologique (fusée)

Méthode de néphélimétrie (méthode sandwitch)

• Principales protéines, répartition et rôles :

- Holoprotéine fibrillaire : que aa et struct IIIR = filament

- Holoprotéine globulaire : que des aa et struct IIIR = sphère

- Hétéroprotéine (faite d’une partie protéique et prosthétique) :

¤ lipide + prot = lipoprot

¤ glucide + prot = glycoprot

¤ chromophore + prot = chromoprot

¤ acide nucléique + prot = nucléoprot