Le logiciel RasTop permet de visualiser les atomes, mais aussi les groupements moléculaires qui constituent une molécule. Il montre leur disposition dans l'espace et ainsi la forme de la molécule en trois dimensions.
Problème : Comment est composée la molécule d'ADN?
Lire la fiche méthode d'utilisation du logiciel pour chaque étape.
Consignes Critère de réussite Note
I. Visualiser le molécule d'ADN 1- Lancer le logiciel RASTOP à partir de l’icône située dans espace commun /SVT. 2- Fichier; ouvrir; data; molécules; adn et faire un affichage « plein écran ». 3- Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour faire tourner la molécule, Utilisation correcte des zoomer, et modifier le mode d’affichage en utilisant les icones. /3 fonctionnalités du logiciel. 4- Réaliser une coloration par chaine des atomes afin d’afficher les parties principales de la molécule, à partir du menu déroulant « atomes ». 5- Réaliser un affichage de la molécule en rubans en choisissant « squelette carboné » puis « afficher seul » à partir du menu déroulant « rubans ». Appeler le professeur pour vérification II. Les nucléotides
1- Rédiger une description générale et réaliser un schéma de la
molécule d’ADN. Description exacte de la /4 2 - Ouvrir à nouveau le fichier adn (sans fermer la fenêtre structure générale de la précédente). molécule 3 - Afficher une représentation de la molécule en « batonnets » puis Colorer les nucléotides A en jaune, T en rouge, C en bleu et G en vert. Pour cela, choisir chaque nucléotide par le menu « élément » Colorations exactes /2 puis le sélectionner avec l’icône « nouvelle sélection » et le colorer avec la palette de couleurs. 4 - Sélectionner toute la molécule (par le menu éditer ou l’icône) puis afficher les étiquettes des atomes par résidu, par le menu « atomes ». Appeler le professeur pour vérification III. La disposition des nucléotides
1 - Préciser la disposition des nucléotides sur les 2 brins. /2
2 - Calculer le nombre de chaque nucléotide et présenter le résultat Nombre de nucléotides /1 dans un tableau. 2 - Déterminer l’ordre d’enchainement des nucléotides sur chaque brin. Ordre trouvé correspondant /2 3 - Vérifier la réponse en choisissant « molécule » , « séquence » à l’ordre donné 4 - Compléter le schéma de l’ADN. 5 - Ouvrir à nouveau le fichier adn (sans fermer la fenêtre précédente). Réaliser un schéma bilan de /3 6 - Afficher les liaisons hydrogènes et choisir un mode d’affichage qui la molécule D'ADN permet au mieux de visualiser leur rôle dans la molécule. (zoomer si nécessaire). Expliquer ce rôle. Liaisons hydrogènes /1 7 - Afficher les fenêtres en mosaïque verticale. visibles à l’écran 8 - Ecrire un bilan sur la structure de la molécule d’ADN Bilan incluant les termes /2 de brins, nucléotides