ACIDOS NUCLEICOS nucleotidos PROTEINAS aminocidos POLISACARIDOS monosacridos

ESTRUCTURA DE PROTENAS: POLMEROS DE AMINOCIDOS

NIVELES ESTRUCTURALES

PRIMARIA

SECUNDARIA

TERCIARIA

Formas de representacin de protenas

CUATERNARIA

Aminocidos proteicos

-amino -carboxilo

PROPIEDADES DE LOS AMINOCIDOS Esteroisomera Propiedades cido-base Propiedades espectroscpicas

ESTEROISOMERA DE LOS AMINOCIDOS

L-ISOMERO Protenas: L-aminocidos

D-ISOMERO

Excepciones: pptidos de paredes bacterianas (D-Ala y D-Glu)

CARCTER ACIDO-BASE DE LOS AMINOCIDOS

pK cido pK bsico

pH cido

pH neutro

pH bsico

TITULACIN DE AMINOCIDOS
Grupo/aminocido
Carboxilo terminal Aspartico y Glutmico Histidina Amino terminal Cisteina Tirosina Lisina Arginina
N H3
+

cido
O C OH O C OH
C H2 HN
+

base + H+
O C O O C O
+

pK Tpico
3.1 4.4
N + H
+

C H2 HN
N H2 +
+

NH

6.5 8.0 8.5

N H3

SH

OH
+

10.0 10.0

N H2 +

N H2 N C H N H2

NH N C H N H2
+

12.5

DEPENDENCIA DEL ESTADO IONICO DE AMINOCIDO/PEPTIDO CON EL pH Aminocido neutro Pptido

Capacidad tampn

AMINOACIDOS AROMATICOS: PROPIEDADES ESPECTROSCOPICAS

Absorcin de los aminocidos aromticos

Abs = x c x l

280 nm

Anillo indol

Espectro de absorcin

Formacin del enlace peptdico

EL ENLACE enlace peptdico Formacin del PEPTIDICO

NATURALEZA QUMICA DEL ENLACE PEPTDICO

R1 H3N
+

CH

C O

H R2 + H N CH H

C O

Gformacin
+10 kJ/mol

H2O
R1
+

H2O
H C N R2

Enlace metaestable Hbrido de resonancia

O

H3 N

CH

CH

C O

C 1.0 1.45 N
1.32

1.51

C
1.24

CARACTERSTICAS ESTRUCTURALES DEL ENLACE PEPTDICO

C
Grupo R

El enlace peptdico forma una estructura plana

Grupo R

C
enlace rgido

ngulos de conformacin

C
N

Configuracin trans

Conformacin de protenas: Planaridad del enlace peptdico

Nomenclatura de los ngulos alrededor del carbono

Estructuras Ordenadas/repetitivas

Estructura tridimensional de protenas: niveles estructurales

PRIMARIA

Asociacin covalente lineal de aminocidos: cadena polipeptdica que se pliega sobre s misma. Puede contener grupos no peptdicos: Heteroprotenas

SECUNDARIA

TERCIARIA

CUATERNARIA

ESTRUCTURA PRIMARIA
1 MSVENVLSLIQENEVKFVDLRFTDTKGKEQHISIPSHQIDADFFEDGKMFDGSSVAGWKG 61 INESDMVMMPDASSAVLDPFTEEATLNIRCDILEPATMQGYDRDPRSIAKRAEEYMRSTG 121 LADTVLVGPEPEFFLFDDVKFATDMSGSFFKIDDVEAAWNTGSDYENGNKGHRPGVKGGY 181 FPVAPVDSSQDLRSAMCLVMEEMGLVVEAHHHEVATAGQNEIATRFNTLTTKADEIQIYK 241 YVVHNVAHAFGKTATFMPKPLVGDNGSGMHVHQSLAKDGVNLFAGDKYGGLSEMALYYIG 301 GIIKHARALNALTNPSTNSYKRLVPHYEAPVMLAYSARNRSASIRIPVVPSPKARRIEVR 361 FPDPAANPYLAFAAMLMAGLDGIKNKIHPGEAMDKDLYDLPAEEAAEIPKVAESLKQALE 421 YLDNDREFLTAGGVFSDDFIDSYIELKTKEVERVNVAVHPLEFELYYSV

PLEGAMIENTO DE PROTENAS

Estructura secundaria

ESTRUCTURA SECUNDARIA

Estructura Ordenada
Ncleo estructural Rigidez Repeticin valores y

Estructura No Ordenada
Zonas expuestas Flexibilidad Variacin valores y

Representacin de Ramachandran

Lminas

Hlice Estructuras favorecidas Estructuras desfavorecidas

Elementos de estructura secundaria

Hlice

Lmina

Giro

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE PROTENAS:

Hlice

Linus Pauling

Eje

PROTENAS RICAS EN HLICE : queratina

Tropomiosina Mioglobina Ferritina

Seccin y organizacin molecular de un pelo

Estructura del colgeno

Aminocidos ms abundantes: Gly, Pro, OH-Pro, OH-Lys Tripptido repetido: Gly-X-Y Tres cadenas polipeptdicas Asociacin longitudinal y lateral Enlaces por puentes de hidrgeno

OTRAS ESTRUCTURAS HELICOIDALES

310

Hlice

Cinta

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE PROTENAS:

N C C N

Lminas
Paralela

C N

Antiparalela
C

Arquitectura de las lminas : vista superior y vista lateral

N C

N C N C C N

N C

Asociacin de lminas y protenas ricas en lmina

Estructura de los Giros

peptido C R C O H N

C C O peptido

Localizacin de los giros en la estructura de protenas

Tipo I

Tipo II

peptido O H C peptido H C R C N O

TENDENCIA DE LOS AMINOCIDOS ELEMENTOS ESTRUCTURA SECUNDARIA ORDENADA

Plegamiento tridimensional de protenas: ESTRUCTURA TERCIARIA

combinacin de estructuras secundarias y regiones sin ordenamiento peridico

Una nica cadena polipeptdica

Ole e 6 Alergeno del Polen de olivo

Asociaciones de elementos de estructura secundaria

Estructura aperidica y estructura al azar

Estructura 3D del alergeno del polen de olivo Ole e 9: Dominio ligante de carbohidratos M. Bruix y col.

Diversas formas de representacin de protenas

Plegamiento de la cadena de aminocidos

Asociacin de diferentes estructuras secundarias: Ejemplos en protenas concretas

Angiogenina

Quimotripsina

Mioglobina

Triosafosfato isomerasa

Existencia de DOMINIOS en la estructura terciaria de protenas

Dominios de Ole e 9
1,3--glucanasa

NtD
Dominio quinasa Dominio fosfatasa

CtD

Dominio Cataltico

Dominio de unin al ligando

Ejemplos de estructuras terciarias de protenas

Tipos de fuerzas que estabilizan la estructura terciaria

Puente salino Interacciones hidrofbicas

Puente disulfuro

Puente de hidrgeno

Tipos de enlaces que estabilizan la estructura terciaria

ALGUNOS ENLACES QUE ESTABILIZAN LA ESTRUCTURA 3

Interacciones de Van der Waals Enlace por puente de hidrgeno
Donador de H Aceptor de H

Aminocidos Alifticos, etc

Enlace covalente

Aminocidos: Arg, His, Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr, Lys, Glu, Asp, etc

Tipos de puentes disulfuro

INSULINA: hormona polipeptdica

Intracatenario

Intercatenarios

CONFORMACIN NATIVA DE UNA PROTENA

Estructura primaria

Conformacin nativa Ms estable termodinmicamente Permite desempear funcin

Intermedios de plegamiento
INESTABLES NO FUNCIONALES

Desnaturalizacin de protenas
Ribonucleasa nativa
72 65 58 110 95 40 95 SH 84 26 26
SH

Adicin de Urea 8 M y Mercaptoetanol

58
SH

40

SH

SH

65
SH 72

84

SH

110
SH

Eliminacin de la Urea y el Mercaptoetanol

Ribonucleasa desnaturalizada (inactiva)

Disposicin de los aminocidos en la estructura 3D de una protena

Residuos hidrofbicos

Residuos cargados

Los residuos localizados en posiciones externas ofrecen mayor variabilidad que los que ocupan situaciones internas

Estructura cuaternaria de protenas

Protena Cro:

Protena CD4:
HOMODMERO (a2)

HOMOTETRMERO (a4)

Protena G:

HETERODMERO

()

Hemoglobina:

HETEROTETRMERO

(22)

Estructura cuaternaria de protenas

Fibringeno

Canal de potasio

Flexibilidad de las protenas

Adaptacin a un cofactor

Adaptacin a un ligando

Adaptacin a un sustrato

Asociacin de protenas a grandes estructuras: cidos nucleicos (virus, biosntesis de protenas), lpidos (membranas)

Cmo se pliegan las protenas?

Protena G

Protena A

Energtica del plegamiento de una protena

Diagrama energa-entropa para el plegamiento proteico

Mecanismo de plegamiento de una protena

Bsqueda aleatoria estricta Paradoja de Levinthal

vs

Bsqueda Cooperativa Estabilizacin estados intermedios

100

% conformacin nativa

80

60

Entropa conformacional Puentes de hidrgeno con el agua G= -190 kcal/mol

Colapso hidrofbico Puentes de hidrgeno intramoleculares Interacciones de Van der Waals G= -200 kcal/mol

40

20

0 [Agente desnaturalizante]

GDP =-10 Kcal/mol

Cooperatividad en el plegamiento

Formacin pequeos elementos estructura 2

Estabilizacin mediante interacciones hidrofbicas

Nucleacin alrededor de los dominios

Evolucin hasta conformacin nativa

PROTENAS QUE FACILITAN EL PLEGAMIENTO

Conversiones entre diferentes configuraciones Protena Disulfuro Isomerasa
1 3 4 Plegamiento incorrecto 1 3 2 2

PDI

-SH

PDI

-S-S 1 SH

PDI

-SH 1 3

S-S-

PDI
2

4 Plegamiento correcto

SH 4

PROTENAS QUE FACILITAN EL PLEGAMIENTO

Conversiones entre diferentes configuraciones

Pptido prolil cis-trans isomerasa (PPI)

peptido C R C O H N

C C O peptido

peptido O H C peptido H C R C N O

PROTENAS QUE FACILITAN EL PLEGAMIENTO

Favorecen plegamiento correcto

CHAPERONAS
Chaperonas (Hsp70)
NH2 NH2 NH2 NH2 NH2

NH2 COOH

COOH Chaperonas citoslicas

5 Impiden plegamientos prematuros

Chaperonas mitocondriales

PROTENAS QUE FACILITAN EL PLEGAMIENTO

Favorecen plegamiento correcto GroES

CHAPERONINAS

GroEL

La hidrlisis de ATP reduce la cavidad de GroEL favoreciendo el plegamiento

Posible mecanismo de actuacin de GroEL-GroES

Pptido desplegado GroES 7 ATP + GroES GroEL 7 Pi 7 ATP + GroES

ATP

ATP

ATP

ATP
7ADP + GroES

ADP

ADP