Bacterio

Universit Paris-VI
Bactriologie
DCEM1 2002 - 2003
Service de Bactriologie
Mise jour : 24 mars 2003
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Bactriologie - Service de Bactriologie
2002 - 2003
Table des matires
Table des matires

3 9 9 9 10 11 12 12 13 16 19 19 19 22 22 23 24 25 26 27 29 29 29 29 29 29 30 31 31 31 31 32 34 35
Table des matires Chapitre 1 :

1.1 1.2 1.2.1 1.2.2 1.2.3 1.2.4 1.2.5 1.2.6
Anatomie fonctionnelle des bactries
La dcouverte du monde bactrien L'anatomie des bactries L'appareil nuclaire des bactries L'ADN extra-chromosomique Le cytoplasme bactrien La membrane cytoplasmique La paroi bactrienne Structures inconstantes
Chapitre 2 :
2.1 2.1.1 2.1.2 2.2 2.2.1 2.2.2 2.2.3 2.2.4 2.2.5
Gntique bactrienne
Variations gntiques par mutation Caractres de la mutation bactrienne La mutation lchelon molculaire Les variations gntiques par transfert de matriel gntique La transformation La conjugaison Les plasmides La transposition - Les transposons La transduction
Chapitre 3 :
3.1 3.2 3.3 3.4 3.4.1 3.4.2 3.5 3.5.1 3.5.2 3.5.3 3.5.4 3.6 3.7
Staphylocoques
Dfinition Historique Habitat Pouvoir pathogne Caractres gnraux Infections staphylococciques Etude bactriologique Microscope Culture Caractres biochimiques Facteurs de virulence de physiopathologie Diagnostic bactriologique Les bases du traitement
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Table des matires 35 35 37 37 37 37 38 39 40 41 42 42 42 42 42 43 44 45 45 47 47 47 47 48 49 49 50 50 50 51 52 53 54 55 55 55 55 56 56
3.7.1 3.7.2
Traitement prventif Traitement curatif
Chapitre 4 :
4.1 4.1.1 4.1.2 4.1.3 4.1.4 4.1.5 4.1.6 4.2 4.3 4.3.1 4.3.2 4.3.3 4.3.4 4.3.5 4.3.6 4.4
Les streptocoques, entrocoques et pneumocoques
Les streptocoques Historique Habitat Pouvoir pathogne Etude bactriologique Diagnostic bactriologique Traitement Les entrocoques Le pneumocoque Dfinition Habitat Pouvoir pathogne naturel Etude bactriologique Diagnoctic bactriologique Traitement Bibliographie
Chapitre 5 :
5.1 5.1.1 5.1.2 5.1.3 5.1.4 5.1.5 5.2 5.2.1 5.2.2 5.2.3 5.2.4 5.2.5 5.3
Les neisseria
Nessria mningitidis Habitat Epidmiologie et pouvoir pathogne Etude bactriologique Diagnostic bactriologique Traitement Neisseria gonorrhoeae Habitat Pouvoir pathogne Etude bactriologique Diagnostic bactriologique Traitement Rferences
Chapitre 6 :
6.1 6.1.1 6.1.2 6.1.3 6.1.4
Les bacilles gram positif non sporules
Corynebactrium diphteriae Historique Habitat Pouvoir pathogne Bactriologie
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Table des matires 57 57 58 58 59 59 60 60 60 61
6.1.5 6.1.6 6.2 6.2.1 6.2.2 6.2.3 6.2.4 6.2.5 6.2.6
Diagnostic bactriologique Traitement Listria monocytognes Habitat Facteurs de virulence et physiopathologie Pouvoir pathogne Caractres bactriologiques et antigniques Diagnostic bactriologique Traitement
Chapitre 7 :
7.1 7.1.1 7.1.2 7.1.3 7.1.4 7.1.5 7.1.6 7.1.7 7.2 7.2.1 7.2.2
Entrobactries et autres bacilles gram ngatif non exigeants
61 61 63 66 67 69 71 72 72 72 73 77 77 77 79 79 80 82 84 85 87 87 87 87 89 90 90 92
Les entrobactries Caractres gnraux et classification des entrobactries Salmonella Shigella Yersinia Escherichia coli Autres entrobactries commensales Entrobactries saprophytes Les autres bacilles gram ngatif aerobies non exigeants Les bacilles gram ngatif des genres pseudomonas et acinetobacter Vibrio cholerae
Chapitre 8 :
8.1 8.1.1 8.2 8.2.1 8.2.2 8.2.3 8.2.4 8.2.5
Les bacilles a gram positif sporules
Bacilles aerobies sporules Bacillus anthracis Bacilles anarobies sporules Caractres gnraux des bactries du genre clostridium Clostridium botulinum Clostridium ttani Clostridia de la gangrne gazeuse Les colites pseudomembraneuses provoques par les clostridia
Chapitre 9 :
9.1 9.1.1 9.1.2 9.1.3 9.2 9.2.1 9.3
Les bacilles gram ngatif hmophiles ou exigeants
Genre gemophilus Caractres gnraux Hamophilus influenzae Autres haemophilus Genre bordetella Bordetella pertussis Genre brucella 5/122
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Table des matires 92 92 92 92 93 95 97 97 97 99 100 101 102 102 103 103 103 103 104 104 106 106 107 108 108 108 109 111 111 111 112 112 113 114 114 114 117
9.3.1 9.3.2 9.3.3 9.3.4 9.3.5
Dfinition Habitat Pouvoir pathogne naturel Diagnostic Traitement
Chapitre 10 : La flore microbienne normale de lorganisme Chapitre 11 : Les spirochetes

11.1 11.1.1 11.1.2 11.1.3 11.1.4 11.2 11.3 Genre treponema La maladie syphilitique Bactriologie Diagnostic biologique Traitement Borrelia Les leptospira
Chapitre 12 : Mycobactries
12.1 12.1.1 12.1.2 12.1.3 12.1.4 12.1.5 12.1.6 12.1.7 12.2 12.3 12.4 12.5 Mycobacterium tuberculosis Historique Habitat Pouvoir pathogne Etude bactriologique Pouvoir pathogne exprimental. Le phnomne de Koch Diagnostic bactriologique Traitement Mycobacterium bovis Mycobacterium africanum Mycobactries atypiques Mycobactrium leprae
Chapitre 13 : Les rickettsia et bactries voisines

13.1 13.2 13.3 13.3.1 13.3.2 13.4 13.4.1 13.4.2 13.5 Dfinition Historique Bactriologie Les rickettsia : classification Les caractres gnraux des rickettsies Pouvoir pathogne chez lhomme Bases du pouvoir pathogne Les diffrentes rickettsioses humaines Diagnostic des rickettsioses
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Table des matires 117 119 119 119 120 120 120 120 121 121 121 121 121 121 122 122 122 122 122
13.6
Traitement des rickettsioses
Chapitre 14 : Les chlamydia

14.1 14.2 14.2.1 14.2.2 14.2.3 14.2.4 14.2.5 14.3 14.3.1 14.3.2 14.3.3 14.3.4 14.4 14.4.1 14.4.2 14.4.3 14.4.4 Caractres gnraux des chlamydia Chlamydia trachomatis Le trachome Les infections gnitales ou sexuellement transmissibles Lymphogranulomatose vnrienne ou maladie de Nicolas et Favre Diagnostic bactriologique Traitement Chlamydia psittaci Le rservoir de germes Le pouvoir pathogne Diagnostique bactriologique Traitement Chlamydia pneumoniae Rservoir de germes Pouvoir pathogne Diagnostic bactriologique Traitement
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Chapitre 1 Anatomie fonctionnelle des bactries

1.1 La dcouverte du monde bactrien
Anton VAN LEEUWENHOEK (1632-1723), drapier hollandais et grand amateur de loupes et instruments d'optique, dcouvre et dcrit entre 1674 et 1687 le monde microbien ( les animalcules ). Mais celui-ci n'est vritablement reconnu qu' partir du milieu du XIXe sicle la suite des travaux de Louis PASTEUR et de ses lves. En 1866, HAECKEL cre le terme de protistes pour dsigner, entre le monde animal et le monde vgtal, les tres unicellulaires et les tres pluricellulaires sans tissus diffrencis. Les protistes sont classs en deux catgories : Les protistes suprieurs ou eucaryotes qui possdent un noyau entour dune membrane, des chromosomes, un appareil de mitose et une structure cellulaire complexe (mitochondries notamment). Les protistes infrieurs ou procaryotes qui ont un chromosome unique sans membrane nuclaire et sans appareil de mitose, et une structure cellulaire lmentaire (pas de mitochondries). Les bactries font partie des protistes procaryotes.
En 1878, SEDILLOT cre le terme de microbes parmi lesquels on distinguera ensuite les bactries proprement dites et les virus. Le terme virus, qui au dbut dsignait tout agent infectieux, est maintenant rserv la catgorie bien particulire de microbes qui ne possdent qu'un seul type d'acide nuclique et qui sont incapables d'assurer eux-seuls la synthse de leurs propres constituants. Seule l'expression rservoir de virus a gard un sens gnral : elle signifie rservoir de germes (de microbes) sans prjuger de la nature exacte du germe (du microbe) en question.
1.2 L'anatomie des bactries

Les bactries sont des tres unicellulaires qui possdent les lments essentiels la vie cellulaire.
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Leur taille varie de 1 10 microns (m). Elles ne sont donc visibles qu'au microscope optique (103) ou au microscope lectronique (106). Elles peuvent tre dsintgres par divers procds physiques et chimiques, ce qui permet d'tudier les constituants bactriens ainsi librs. Quelques chiffres concernant une bactrie-type, Escherichia coli : Poids d'une cellule : 10-12g Eau : 70 % Poids sec d'une cellule : 3 10-13g Proportion du poids sec : protines 55 %, lipides 10 %, lipopolysaccharides (LPS) 3 %, peptidoglycane 3 %, ribosomes 40 %, ARN 20 %, ADN 3 %.
1.2.1 L'appareil nuclaire des bactries

Comme tous les protistes procaryotes, les bactries possdent un appareil nuclaire constitu d'acide desoxyribonuclique (ADN) qui est le support de l'information gntique. L'ADN chromosomique est constitu d'une double hlice d'ADN circulaire. Cette double hlice est pelotonne, surenroule dans le cytoplasme grce l'action des topoisomrases (au nombre de 4 chez les bactries). Dpli, le chromosome bactrien a prs de 1 mm de long (1000 fois la longueur de la bactrie) et 3 5 nanomtres de large. Les deux chanes de nuclotides se rpliquent selon le schma de Watson et Crick, chaque chane assurant la rplication de la chane complmentaire selon un mode semi-conservatif. L'analyse chimique de l'appareil nuclaire indique qu'il est compos 80 % d'ADN (le chromosome), 10 % d'acide ribonuclique ou ARN (rle de structuration) et 10 % de protines. Ces dernires sont reprsentes en particulier par les ADN polymrases qui copient les doubles brins d'ADN, les topoisomrases, surtout les ADN gyrases, qui les droulent pour permettre l'action des polymrases, et des ARN polymrases qui assurent la synthse des divers ARN. Les constituants de l'appareil nuclaire sont la cible d'action de plusieurs antibiotiques : les quinolones inhibent les topoisomrases et les rifamycines inhibent les ARN polymrases, tandis que les nitromidazols entranent la fragmentation de l'ADN chez les anarobies stricts.
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Tableau 1 Cible daction des principaux antibiotiques

Antibiotiques activit principalement bactricide Classe 1. 2. 3. 4. 5. Betalactamines Ex. : pnicillines cphalosporines Aminosides Ex. : streptomycine gentamicine Polymyxines Ex. : colimycine Rifamycines Ex. : rifampicine Quinolones Ex. : A.nalidixique ciprofloxacine Cible bactrienne daction paroi (peptidiglycane) ribosome membrane cytoplasmique ARN polymrase ADN gyrase 1. 2. 3. Antibiotiques activit principalement bactriostatique Classe Phnicols Ex. : chloramphnicol thiophnicol Cyclines Ex. : ttracycline doxycycline Macrolides et apparents Ex. : rythromycine pristinamycine Sulfamides et apparents Ex. : cotrimoxazole Nitroimidazols Ex. mtronidazole Cible bactrienne daction ribosome ribosome ribosome
4. 5.
synthse des acides nucliques Acides nucliques
1.2.2 L'ADN extra-chromosomique

A ct du chromosome, support de l'hrdit, la bactrie peut contenir des lments gntiques (ADN) de petite taille (0,5 5 % du chromosome bactrien), extra-chromosomiques. Ces lments, appels plasmides, ne sont pas indispensables la vie de la bactrie dans les conditions habituelles de croissance. Ils se rpliquent indpendamment et en gnral plus rapidement que le chromosome bactrien. On les dtecte lorsque les gnes qu'ils transportent confrent la bactrie de nouvelles proprits (cf. chapitre Gntique bactrienne page 19). Les plus connus de ces plasmides sont les suivants :
1.2.2.1 Le facteur sexuel ou facteur F

Le facteur sexuel ou facteur F assure le transfert de fragments de chromosome bactrien par conjugaison (appariement de deux bactries).
1.2.2.2 Les plasmides de rsistance aux antibiotiques (ou facteurs R)

Ils portent des gnes qui confrent aux bactries la rsistance divers antibiotiques. Au contraire de la rsistance confre par une mutation chromosomique, la rsistance confre par un plasmide peut concerner des antibiotiques appartenant plusieurs familles si le plasmide porte plusieurs gnes de rsistance. La rsistance code par les gnes plasmidiques est souvent lie la production
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d'enzymes qui inactivent les antibiotiques. Par exemple des plasmides de rsistance trs frquents chez les staphylocoques portent un gne qui code pour la production d'une pnicillinase qui inactive la pnicilline G et les pnicillines du groupe A (ampicilline) ce qui rend la bactrie rsistante ces pnicillines (idem chez E.coli, gonocoque,...). Les gnes peuvent tre organiss dans le plasmide au sein de transposons (cf. chapitre Gntique bactrienne page 19).
1.2.2.3 Les autres plasmides

Certains plasmides sont responsables de la virulence (ex. : production de toxines), de la rsistance aux antiseptiques, du mtabolisme de certains composs (lactose, lysine, etc...), et de la dgradation de substances, par exemple le tolune, l'octane et l'acide salicylique.
1.2.3 Le cytoplasme bactrien

La structure du cytoplasme bactrien est beaucoup plus simple que celle du cytoplasme des cellules eucaryotes. Le cytoplasme ne contient pas en effet de mitochondries : les enzymes transporteurs d'lectrons sont localiss dans la membrane cytoplasmique. En revanche, il est particulirement riche en ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert) et surtout en ARN particulaire ou ribosomal. Les ribosomes, au nombre de 15000 environ par bactrie, reprsentent 40 % du poids sec de la bactrie et 90 % de l'ensemble de l'ARN. Les ribosomes sont la cible d'action de nombreux antibiotiques, aminosides, phnicols, cyclines, macrolides (voir tableau 1 page 11). Ils sont constitus de protines ribosomales et d'ARN (ARNr16S, ARNr23S et ARNr5S). Ils sont classiquement diviss en 2 sous-units : la sous-unit 30S contient de l'ARNr16S et est la cible des aminosides et des cyclines ; la sous-unit 50S est constitue d'ARNr23S et est la cible des macrolides et apparents. L'ensemble des constituants cytoplasmiques sont placs dans un gel collodal, qui contient 80 % d'eau et des substances organiques et minrales, une pression interne considrable (5 20 atmosphres).
1.2.4 La membrane cytoplasmique

1.2.4.1 La membrane cytoplasmique, ou membrane interne
Cette membrane est la limitante externe du cytoplasme. Elle est constitue dune double couche dunits de phospholipides (35 %) et de protines qui lui sont associes (65 %). Certaines de ces protines jouent un rle dans la synthse du peptidoglycane et sont appeles protines de liaison aux pnicillines (PLP) ou penicillin-binding-proteins (PBP) car elles sont galement la cible d'action des bta-lactamines, famille d'antibiotiques laquelle appartient la pnicilline. La membrane cytoplasmique des bactries se distingue de celle des cellules eucaryotes par l'absence de strols. Elle est caractrise par son l'extrme fluidit qui est lie au dplacement et la rotation des groupements lipidiques.
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1.2.4.2 Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

Les fonctions principales de la membrane cytoplasmique sont les suivantes : permabilit slective et transport des substances solubles l'intrieur de la bactrie : la membrane est la fois une barrire osmotique et un lieu de transport actif grce des permases ; fonction respiratoire par transport d'lectrons et phosphorylation oxydative dans les espces bactriennes arobies (rle quivalent celui des mitochondries des eucaryotes) ; excrtion d'enzymes hydrolytiques, qui dgradent les polymres en sous-units suffisamment petites pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et tre imports dans la bactrie ; support d'enzymes et de transporteurs de molcules impliqus dans la biosynthse de l'ADN, des polymres de la paroi et des lipides membranaires.
1.2.4.3 Certaines substances antibactriennes affectent la membrane cytoplasmique

Les dtergents qui contiennent des groupements lipophiles et hydrophiles dtruisent la membrane cytoplasmique et tuent les bactries. Certains antibiotiques, comme les polymyxines, agissent sur la membrane cytoplasmique comme de vritables dtergents (voir tableau 1 page 11).
1.2.5 La paroi bactrienne

Malgr la forte pression osmotique (5 20 atmosphres) qui rgne l'intrieur du cytoplasme bactrien, la bactrie n'clate pas grce l'existence d'une structure rigide, appele paroi, de nature polymrique. Les polymres et leur mode de liaison varient selon les espces bactriennes. Toutefois, une substance de base, spcifique des bactries, est partout prsente : c'est la murine, appele encore peptidoglycane.
1.2.5.1 Structure du peptidoglycane

Le peptidoglycane est un polymre complexe form de 3 lments diffrents : 1. 2. 3. une pine dorsale faite d'une alternance de molcules de N-actylglucosamine et d'acide Nactylmuramique ; un ensemble de chanes latrales peptidiques identiques, composes de 4 acides amins et attaches l'acide N-actylmuramique ; un ensemble de ponts interpeptidiques identiques.
L'pine dorsale est la mme pour toutes les espces bactriennes tandis que les chanes latrales de ttrapeptides et les ponts interpeptidiques varient d'une espce l'autre. La plupart des chanes latrales comportent la L-alanine en position 1 (attache l'acide N-actylmuramique), le D-glutamate en position 2, l'acide diamino-pimlique, la lysine ou un autre acide amin en position 3, et la D-alanine en position 4.
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La figure 1 donne une reprsentation schmatique du peptidoglycane chez Staphylococcus aureus. Il faut noter que les ponts interpeptidiques, qui assurent la fermeture de ce vritable filet qu'est le peptidoglycane, sont constitus chez Staphylococcus aureus d'une chane de 5 molcules de glycine entre la D-alanine terminale et la L-lysine en position 3.
1.2.5.2 Diffrences entre bactries Gram positif et Gram ngatif

Chez les bactries Gram positif, il y a de nombreuses couches de peptidoglycane qui reprsentent jusqu' 90 % des constituants de la paroi bactrienne. Celle-ci contient aussi un feutrage (10 50 % du poids sec de la paroi) d'acides teichoques (polymres du glycrol ou du ribitol phosphate) associs troitement au peptidoglycane et faisant parfois saillie la surface de la bactrie. Certains, les acides lipoteichoques, sont placs transversalement. et s'enfoncent jusqu' la membrane cytoplasmique. En gnral il n'y a pas ou peu de protines dans la paroi des bactries Gram positif. Parmi les exceptions, notons la protine A de Staphylococcus aureus (cf chapitre Staphylocoques page 29). Chez les bactries Gram ngatif, il n'y a qu'une seule ou au plus deux couches de peptidoglycane qui ne reprsente que 5 20 % des constituants de la paroi bactrienne. Mais 3 polymres situs en dehors du peptidoglycane viennent complter la paroi : des lipoprotines, une membrane externe qui contient du lipopolysaccharide. Les lipoprotines sont le lien entre le peptidoglycane et la membrane externe : le composant protine est un polymre de 15 acides amins qui forme une liaison peptidique avec le ttrapeptide des chanes latrales du peptidoglycane ; le composant lipide est reli la membrane externe . La membrane externe est constitue d'une double couche de phospholipides dans laquelle tout ou partie des phospholipides de la couche la plus externe sont remplacs par des molcules de lipopolysaccharide. Au sein de cette membrane externe , qui est une mosaque fluide, se trouvent associs au moins deux types de protines spcifiques : certaines sont dites protines de structure car elles consolident la membrane externe (exemple : OMP-A) ; d'autres, appeles porines permettent le passage des petites molcules hydrophiles et en particulier, sur le plan mdical, des antibiotiques (-lactamines, ttracyclines, quinolones...). Sur le plan immunologique, le lipopolysaccharide constitue l'antigne O des bactries Gram ngatif. Le LPS est un lipide complexe auquel est attach un polysaccharide qui est responsable de la spcificit antignique de l'antigne O. Sur le plan physiopathologique, le LPS, extrmement toxique, reprsente l'endotoxine des bactries Gram ngatif.
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Tableau 2 Schma de la paroi dune bactrie gram ngatif Protines de la membrane externe (Outer Membrane Protein = OMP) : de structure ; ex. : OMP-A porines, ex : OMP-C, OMP-F
Lipoprotines (LP) qui permettent la cohsion du PG et des phospholipides (PL) Protines de la membrane cytoplasmique ou interne : de structure (PS) enzymes membranaires dont celles qui sont impliques dans la synthse du peptidoglycane (PG) et cibles des betalactamines, appeles protines liant la pnicilline (PLP) LPS : lipopolysaccharide (ou antigne 0) qui remplace en tout ou partie les phospholipides de la couche externe de la membrane externe.
1.2.5.3 Rle de la paroi

La paroi confre la bactrie sa morphologie vritable. Elle constitue le squelette externe de la bactrie et reprsente 25 35 % du poids total de la bactrie. La paroi contient la pression osmotique interne. Sans paroi, les bactries prennent une forme sphrique appele protoplaste s'il s'agit d'une bactrie Gram positif, ou sphroplaste s'il s'agit d'une bactrie Gram ngatif. Les bactries peuvent survivre sans paroi et mme se multiplier (on les appelle alors formes L) condition d'tre places dans un milieu dont la pression osmotique est quilibre avec la pression osmotique qui rgne l'intrieur de la bactrie. Elle joue un rle dterminant dans la coloration de Gram. Chez les bactries Gram positif, la paroi bloque l'extraction du violet de gentiane et de l'iodure par l'alcool alors qu'elle ne bloque pas cette extraction chez les bactries Gram ngatif. Elle joue un rle dterminant dans la spcificit antignique des bactries. Elle est le support de l'action de certains enzymes exognes (lysozyme) ou endognes (autolysines) et de certains antibiotiques, notamment les btalactamines (pnicillines) qui inhibent la synthse du peptidoglycane (voir tableau 1 page 11). Le lipopolysaccharide (LPS) et le peptidoglycane sont capables d'activer le complment par la voie alterne ce qui libre, entre autre, les fractions C3a et C5a (effet chimiotactique) et C3b (effet opsonisant par les rcepteurs des phagocytes pour le C3b) qui jouent un rle important dans la dfense non spcifique contre l'infection.
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1.2.6 Structures inconstantes

1.2.6.1 La capsule
La capsule est un enduit excrt par certaines bactries. Elle est habituellement de nature polysaccharidique, quoique dans le cas de Bacillus anthracis (le bacille du charbon) elle consiste en un polypeptide de l'acide D-glutamique. Chez les espces bactriennes capsules, des mutations peuvent affecter la production de capsule : les bactries sauvages capsules donnent des colonies lisses (S pour smooth ) ou muqueuses, tandis que les bactries mutantes non capsules donnent des colonies rugueuses (R pour rough ). Des variations transitoires peuvent galement l'affecter puisque la production de capsule est souvent fonction de la prsence de fortes concentrations de sucres ou de srum (variation phnotypique). La capsule joue un rle important dans le pouvoir pathogne de certaines espces bactriennes (Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Klebsiella, E.coli K1) par son rle protecteur contre la phagocytose.
1.2.6.2 Cils ou flagelles

Les cils, ou flagelles, sont des structures inconstantes chez les bactries. Ce sont des appendices filamenteux, composs entirement de protines, de 6 15 m de long sur 12 30 nanomtres d'paisseur. Les protines flagellaires sont appeles flagellines. Antigniques (elles provoquent la formation d'anticorps que l'on peut mettre en vidence dans certains srodiagnostics, ex. fivre typhode), elles sont diffrentes d'une espce bactrienne une autre. Les flagelles sont attachs dans le cytoplasme bactrien par une structure complexe. Ils constituent les organes de locomotion pour les bactries qui en possdent. Selon la disposition des flagelles, on distingue les bactries monotriches (un seul flagelle polaire), lophotriches (une touffe de flagelles polaires) ou pritriches (flagelles rpartis sur toute la surface de la bactrie).
1.2.6.3 Les pili ou fimbriae

De nombreuses bactries Gram ngatif (exceptionnellement des bactries Gram positif) possdent des appendices de surface plus courts et plus fins que les flagelles et que l'on appelle pili (de pilus = poil), ou fimbriae (frange). On en distingue deux catgories : Les pili communs Les pili communs, sont des structures protiques filamenteuses, de 2 3 m de long, disposs rgulirement la surface de la bactrie. Ils sont constitus par la polymrisation d'une mme sous-unit polypeptidique, la piline, assemble des polypeptides mineurs dont l'adhsine. L'adhsine peut avoir des interactions avec un rcepteur cellulaire hydrocarbon (glycolipides ou glycoprotines) prsent la surface d'une cellule eucaryote. En tant que support d'une adhsine, les pili permettent la fixation de certaines bactries sur les muqueuses, ce qui conditionne leur pouvoir pathogne (ex. fixation de Escherichia coli sur
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la muqueuse vsicale, du gonocoque sur la muqueuse de l'urtre, du vibrion du cholra sur les entrocytes...). Les structures gntiques codant pour les complexes pili-adhsine sont des oprons en situation plasmidique ou chromosomique. Les pili sexuels, plus longs mais en nombre plus restreint (1 4) que les pilis communs sont cods par des plasmides (facteur F). Ils jouent un rle essentiel dans l'attachement des bactries entre elles au cours de la conjugaison. Ces pilis sexuels servent galement de rcepteurs de bactriophages spcifiques. Chez certaines bactries Gram positif, des protines de surface dpassent largement de la paroi et jouent un rle dans l'adhrence bactrienne, comme les fimbriae, auxquels on pourrait les assimiler. Il s'agit de la protine A de Staphylococcus aureus et de la protine M de Streptococcus pyogenes.
1.2.6.4 Les spores

Les bactries appartenant certains genres, notamment le genre Bacillus et le genre Clostridium, sont capables de former des endospores. Les bactries sporules subissent un cycle de diffrentiation en rponse aux conditions d'environnement : en l'absence d'aliments, une spore se forme l'intrieur de chaque bactrie et est libre lorsque la bactrie s'autolyse. La spore est une cellule bactrienne au repos, hautement rsistante la dessication, la chaleur et aux agents chimiques. Replace dans des conditions nutritionnelles favorables, la spore germe et redonne une bactrie identique celle qui lui a donn naissance. La spore est donc une forme de rsistance aux conditions dfavorables de vie, avec conservation de toutes les aptitudes gntiquement dtermines.
1.2.6.5 Le glycocalyx
Le glycocalyx est un feutrage de fibres polysaccharidiques (exopolymre) prsent la surface des bactries dans leur milieu naturel. Chez certaines espces bactriennes des quantits importantes de glycocalyx sont synthtises (cas de Pseudomonas aeruginosa ou de Streptococcus mutans) et engluent les cellules bactriennes. Le glycocalyx est alors appel slime . La production de glycocalyx favorise l'adhsion de la bactrie, par exemple aux matriaux trangers (prothse...). Celui qui est produit par Streptococcus mutans est responsable de la formation de la plaque dentaire, indirectement responsable des caries.
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Chapitre 2 Gntique bactrienne

L'ADN bactrien peut tre l'objet de variations qui se traduisent par l'apparition de diffrences hrditaires dans les structures et/ou les fonctions permanentes des bactries. Les variations gntiques ou gnotypiques (le gnotype est l'ensemble des dterminants gntiques ports par une cellule) rsultent d'une mutation, d'une transformation, d'une conjugaison, de l'acquisition d'un plasmide, d'une transduction,... en somme d'un changement de nature d'un ou plusieurs gnes. Les variations gntiques doivent tre distingues des variations phntiques ou phnotypiques (le phnotype est l'ensemble des proprits observables d'une cellule). Les premires affectent le gnome bactrien dans sa squence nuclotidique alors que les secondes affectent le comportement de la bactrie. Les variations phnotypiques qui rsultent de l'adaptation de l'ensemble d'une population bactrienne ayant le mme gnotype diverses conditions extrieures sont rversibles, non transmissibles la descendance mais spcifiques (non alatoires). Leur mcanisme est en relation avec l'activit des gnes qui peut tre rgule par des systmes plus ou moins complexes : induction comme dans l'opron lactose ; rpression comme dans l'opron tryptophane (Jacob et Monod 1961...).
2.1 Variations gntiques par mutation

La mutation est un changement, spontan ou provoqu par un agent mutagne, hrditaire (stable), brusque (discontinu), rare (10-6 10-9) et indpendant dans les caractres d'une bactrie, et qui est li une modification du gnome bactrien (ADN). Il n'y a pas de diffrence de nature entre la mutation d'une cellule eucaryote et celle d'une cellule procaryote.
2.1.1 Caractres de la mutation bactrienne

Spontanit (hasard) ou induction. Pour rvler la prsence d'un mutant, il est ncessaire d'utiliser un moyen slectif (par exemple milieu de culture avec un antibiotique, ou milieu minimum additionn d'un seul acide amin). De ce fait on ne peut distinguer si la mutation est spontane ou si elle est induite par l'agent slectif. Le caractre spontan de la mutation a t formellement tabli par l'analyse statistique de la distribution des mutants dans des tubes de bouillon de culture ensemencs en parallle avec une mme suspension microbienne (test de fluctuation de Luria et Delbruck, 1943) et par le test des rpliques au tampon de velours, sans contact avec l'agent slecteur (Lederberg et Lederberg, 1952). 19/122
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a.
b.
Le test de fluctuation de Luria et Delbruck (figure 1) concerne la rsistance d'E.coli un bactriophage (virus qui infecte les bactries et entrane leur lyse). Une culture jeune en milieu liquide est divise en deux parties gales de 10 ml. Chaque partie contient 1.000 cellules bactriennes. La premire partie est garde telle quelle dans un flacon, tandis que la seconde est subdivise parties gales (0,2 ml) en 50 petits tubes. Tous les tubes sont mis cultiver 37C. Aprs culture, le contenu des tubes est tal sur des gloses recouvertes de bactriophages : 50 chantillons gaux sont prlevs du flacon et tals sparment ; le contenu de chacun des 50 petits tubes est aussi tal sparement. On observe les faits suivants : le nombre de colonies bactriennes rsistant aux bactriophages est peu prs le mme, entre 3 et 7 colonies rsistantes, sur chacune des cinquante gloses ensemences partir du flacon. En evanche, parmi les gloses ensemences partir des 50 petits tubes, certaines ne montrent pas de colonies rsistantes, d'autres en montrent une centaine. L'explication du phnomne est la suivante : si les bactriophages induisaient la mutation vers la rsistance aprs que les bactries aient t exposes aux bactriophages, toutes les gloses devraient donner le mme nombre de colonies rsistant aux bactriophages. Si au contraire, les mutations se produisaient comme des vnements survenant au hasard dans les cultures bactriennes avant qu'elles ne soient exposes aux bactriophages, quelques-uns des petits tubes pourraient ne pas contenir de mutants, tandis que ceux dans lesquels les mutations seraient survenues tt au cours de la priode de culture devraient en contenir beaucoup. Donc, s'il y avait mutation, le nombre de colonies rsistantes aux phages obtenues partir des cinquante petits tubes devrait prsenter un fort degr de fluctuation compar au nombre de colonies rsistantes provenant du flacon. C'est exactement ce que l'on observe ! Il s'agit donc d'une mutation spontane et non d'une mutation dirige par les bactriophages . La culture par rplique de Lederberg et Lederberg (1952). Un morceau de velours strile est tendu sur un cylindre de mtal ou de bois dont le diamtre est lgrement plus petit qu'une bote de Ptri. En appuyant lgrement le velours sur une glose en bote de Ptri contenant des colonies bactriennes, une fraction de chaque colonie est transfre sur le velours. En appliquant ensuite la surface du velours sur une autre glose vierge, on obtient d'un seul coup un repiquage colonie par colonie de la premire glose, et, en rptant les rpliques , on peut repiquer l'ensemble des colonies d'une bote de Petri sur de multiples botes. On peut dmontrer par cette technique que les mutations surviennent indpendamment du facteur de slection (figure 2). Pour cela on tale un grand nombre d'E.coli sur une glose sans antibiotique. Lorsque la culture a pouss en donnant des colonies confluentes, on fait, partir de cette glose, des rpliques sur d'autres botes contenant un antibiotique. Des colonies de mutants rsistants l'antibiotique apparaissent sur ces botes repiques dont quelques unes occupent une position identique sur chaque bote. On peut prsumer que ceux-ci sont originaires de clones1 de cellules rsistantes qui se trouvaient sur la bote d'origine. Un morceau de la surface de la culture est alors prlev l'emplacement correspondant sur la bote d'origine et ensemenc dans un tube de bouillon. Lorsque la culture en bouillon s'est produite, un chantillon est tal sur une seconde bote de glose sans antibiotique et, ensuite, lorsque cette culture a pouss, on repique par la technique du tampon de velours de nouvelles botes contenant l'antibiotique. On constate qu'il y a maintenant une plus grande proportion
1. Un clone est une population bactrienne descendant dune seule bactrie
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de colonies rsistantes que la premire fois. On constate aussi que des colonies de mutants rsistants occupent une position identique sur chaque boite rplique. Il suffit de prlever nouveau un fragment de la surface de culture l'emplacement correspondant sur la bote d'origine et de porter ce fragment en bouillon. Si on rpte ce processus plusieurs fois, on obtient des cultures de plus en plus riches en colonies rsistantes l'antibiotique. Finalement, en n'ensemenant que 100 cellules bactriennes, on obtient plusieurs colonies rsistantes. On peut, sur la culture d'origine, les prlever sparment et vrifier qu'elles sont toutes composes de cellules bactriennes rsistantes l'antibiotiques. Le fait capital de cette exprience est que, sans aucun contact direct avec l'antibiotique, on a pu augmenter la proportion de mutants, chaque cycle d'talement, ce qui prouve que la mutation originelle confrent la rsistance l'antibiotique est apparue en l'absence de l'antibiotique qui ne joue dans l'exprience que le rle d'agent slecteur. Discontinuit (caractre brusque) La mutation ne s'effectue pas la suite d'une longue priode d'adaptation progressive, avec des formes intermdiaires, mais habituellement en une seule tape (loi du tout ou rien). Dans certains cas, cependant, un comportement extrme (par exemple rsistance de haut niveau aux quinolones chez E.coli) apparat la suite de mutations successives de plusieurs gnes. On oppose cette rsistance par tapes successives ( multiple step resistance) celle qui se produit en une seule tape ( one step rsistance). Stabilit Mme en l'absence de l'agent slecteur, le caractre acquis par la mutation est transmis la descendance et se maintient dans les subcultures. La stabilit n'exclut cependant pas la rversibilit de la mutation ( reverse mutation ). Ex. : E.coli mutabile pour le caractre lactose. Raret La mutation est un phnomne rare qui n'affecte qu'une faible fraction de l'ensemble des cellules bactriennes au sein d'une large population. La proportion des mutants que l'on peut observer dans la population bactrienne d'origine dpend de trois paramtres indpendants : 1. la probabilit qu'une cellule bactrienne mute dans une unit de temps donn, correspondant un certain nombre de gnrations. Cette probabilit s'appelle le taux de mutation ; la distribution dans le temps des vnements mutationnels durant la priode de culture (cf. le test de fluctuation de Luria et Delbruck), des mutations trs prcoces produisant de trs larges clones de descendants du mutant) ; le taux de croissance du mutant compar celui du type parental sauvage ( fitness ).
2.
3.
Bien que rares, les mutants peuvent tre slectionns au sein d'une population bactrienne, soit spontanment (slection relative) parce qu'ils possdent un avantage physiologique (ex : vitesse de croissance, taux de ltalit, pathognnicit...), soit artificiellement (slection absolue) parce qu'ils sont par exemple rsistants un antibiotique qui rvle la mutation (agent slecteur). Indpendance et spcificit La mutation n'affecte habituellement qu'un seul caractre en respectant les autres (ex. :
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M.tuberculosis sensible tous les antibiotiques M.tuberculosis rsistant la streptomycine et sensible tous les autres antibiotiques). Dans certains cas, lorsque les mutations rsultent de la modification d'une squence de gnes fonctionnant ensemble (un opron), elles peuvent affecter plusieurs caractres (mutation pliotrope). La mutation d'un caractre donn ne modifie pas la probabilit de mutation d'un autre caractre. Il y a indpendance des mutations. Il en rsulte que la probabilit de mutation simultane l'gard de deux caractres est gale au produit des probabilits individuelles. Si la probabilit de la rsistance de M.tuberculosis la streptomycine par mutation est de 105 et celle de la rsistance l'isoniazide de 10-6, la probabilit de rsistance double simultane la streptomycine et l'isoniazide est de 10-11 (base de la polychimiothrapie de la tuberculose, du SIDA...).
2.1.2 La mutation lchelon molculaire

Tout changement dans la squence nuclotique d'un gne constitue une mutation. La squence nuclotidique peut changer de deux manires, soit par substitution d'une paire de bases par une autre la suite d'une erreur durant la rplication, soit par cassures de l'ossature sucre-phosphate de l'ADN avec perte, addition ou inversion d'ADN entre les deux cassures. a. Changement de squence conscutif la substitution d'une paire de base : il peut s'agir d'une transition (ex. : AT est remplac par GC), ou d'une inversion ou transversion (ATTA. La plupart des mutations par substitution d'une paire de bases sont rversibles (mutations rverses). Certaines sont silencieuses (inapparentes), en particulier quand la substitution concerne le 3e nuclotide du codon car elles ne modifient pas la squence en acides amins de la protine correspondante (dgnrescence du code gntique. D'autres sont au contraire ltales, par exemple lorsque la mutation introduit un codon non-sens (protine tronque). Changement de squence conscutive une cassure des liaisons sucre-phosphate : la mutation affecte en gnral une squence de bases plutt qu'une simple paire. Il y a dltion (perte) d'une squence (codon) d'ADN, inversion d'une squence, ou encore insertion d'une squence. Dans ces cas, la mutation est souvent ltale ou non rversible.
b.
2.2 Les variations gntiques par transfert de matriel gntique

La bactrie peut tre l'objet de variations gntiques autres que la mutation. Celles-ci peuvent rsulter du transfert de matriel gntique d'une bactrie une autre par des processus aussi diffrents que la transformation, la transduction et la conjugaison.
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2.2.1 La transformation
La transformation est le transfert passif d'ADN d'une bactrie donatrice une bactrie rceptrice, dite en tat de comptence. Le transfert, qui est partiel et limit quelques espces bactriennes, entrane l'acquisition par la bactrie rceptrice de nouveaux caractres gntiques stables et transmissibles. Dcouverte de la transformation. En 1928, Frederick Griffith dmontre que l'inoculation souscutane la souris d'un mlange de pneumocoques capsuls (virulents) tus par la chaleur et de pneumocoques acapsuls (non virulents) vivants, entrane une septicmie mortelle pneumocoques capsuls vivants (figure 3a). Il y a donc eu transformation ou rversion des pneumocoques acapsuls (R) en pneumocoques capsuls (S). La transformation est plus facile lorsque les pneumocoques acapsuls vivants et les pneumocoques capsuls tus sont du mme srotype. En 1944, Avery Mac Leod et McCarty dmontrent que le principe transformant est l'ADN bactrien. Ils russissent reproduire in vitro la transformation en prsence d'ADN fortement polymris. L'activit transformante est perdue en prsence de dsoxyribonuclase. Caractres de la transformation. La transformation naturelle ou physiologique exige l'tat de comptence qui n'apparat qu' certains stades de la division cellulaire et seulement chez une fraction de la population bactrienne. La transformation artificielle est prcde du traitement chimique ou enzymatique de la paroi bactrienne avant sa mise en contact avec l'ADN. La transformation naturelle peut s'observer chez un nombre limit d'espces bactriennes Gram positif (Streptococcus et Bacillus) ou Gram ngatif (Neisseria, Branhamella, Acinetobacter, Haemophilus). Elle se produit selon les phases suivantes (figure 3b) : apparition de l'tat de comptence, fixation puis pntration et intgration de l'ADN donneur dans le gnome de la bactrie rceptrice. Chez les bactries Gram positif, les diffrentes phases mettent en jeu un activateur spcifique d'espce, excrt par la bactrie et qui se fixe la surface de la bactrie. Il y a ensuite synthse d'une protine fixatrice de l'ADN, d'une autolysine et une endonuclase. L'ADN fix est ensuite partiellement hydrolys puis converti en un fragment monocatnaire. Les bactries transformables sont capables de fixer des ADN de multiples sources mais ne sont capables de former des recombinaisons gntiques que si la bactrie donatrice et la bactrie rceptrice sont gntiquement trs proches. Cette relative spcificit est lie au fait que l'appariement qui se produit avant la recombinaison exige une troite homologie des squences nuclotidiques endognes et exognes. Chez les bactries Gram ngatif, l'tat de comptence est aussi en relation avec la synthse d'un activateur de paroi qui est excrt par la bactrie la phase exponentielle de croissance (H. influenzae) ou la phase stationnaire (Acinetobacter). L'ADN donneur se fixe sur la paroi au niveau de sites rcepteurs, dans des conditions strictes de mtabolisme cellulaire, de pH, de temprature et d'osmolarit. Bien que la transformation ne permette que le transfert d'une petite fraction du gnome bactrien (<1 %), soit d'efficacit relative (la frquence de transfert est de l'ordre de 10-4 10-6) et soit limite quelques espces bactriennes, elle est d'un grand intrt thorique et pratique. Elle a permis de comprendre le mcanisme de la synthse de la capsule, le contrle gntique de la rsistance aux antibiotiques, l'tablissement de cartes gntiques, etc... Elle joue un rle important dans l'volution vers la rsistance du pneumocoque (-lactamines). Grce la transfection, qui est la possibilit d'infecter des bactries par des ADN ou des ARN viraux, on a pu dmontrer l'universalit du code gntique en 1961. 23/122
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2.2.2 La conjugaison
La conjugaison est un transfert d'ADN entre une bactrie donatrice et une bactrie rceptrice, qui ncessite le contact et l'appariement entre les bactries, et repose sur la prsence dans la bactrie donatrice ou mle d'une facteur de sexualit ou de fertilit (facteur F). Celui-ci permet la synthse de pili sexuels et donne la polarit au chromosome. Le transfert d'ADN chromosomique qui est sens unique, orient, progressif et quelquefois total, a beaucoup de similitudes avec le transfert d'ADN extrachromosomique (plasmidique) (figure 4).
2.2.2.1 Mise en vidence de la conjugaison

La dcouverte de la transformation chez le pneumocoque et la possibilit d'obtenir des mutants auxotrophes (incapables de faire la synthse d'un mtabolite essentiel) ont suscit des recherches sur la recombinaison gntique chez les bactries. L'exprience princeps de Lederberg et Tatum (1946) est l'origine de la dcouverte de la conjugaison. Dans un milieu de culture liquide, ces auteurs ont mlang deux types de mutants auxotrophes d'E.coli, d'une part des mutants exigeants seulement en thronine (T-) et en leucine (L-) et, d'autre part, des mutants exigeants seulement en mthionine (M-) et biotine (B-). Aprs plusieurs heures de contact entre les mutants T- L- M+ B+ et les mutants T+ L+ M- B-, Lederberg et Tatum ont isol des E.coli T+ L+ M+ B+ (environ 100 pour 108 E.coli). La recombinaison s'tait produite avec une faible frquence (10-6) et exigeait en plus le contact entre les deux types de mutants auxotrophes.
2.2.2.2 Caractres de la conjugaison

Spcificit Le transfert d'ADN chromosomique par conjugaison ne se produit qu'entre bactries d'une mme espce (spcificit), et surtout chez les bactries Gram ngatif telles que les entrobactries (E.coli, Salmonella... et Pseudomonas aeruginosa). Le transfert d'ADN extrachromosomique (plasmide) est en revanche plus rpandu parmi les espces bactriennes et est moins spcifique d'espce. Diffrentiation sexuelle Le transfert, qui est sens unique (bactrie donatrice-bactrie rceptrice) repose sur la prsence chez la bactrie donatrice du facteur sexuel ou facteur de fertilit (F) laquelle il confre la polarit ou le caractre mle (F+). Le facteur sexuel est le premier plasmide connu. L'information gntique qu'il porte code pour la biosynthse de pili sexuels, pour son insertion possible dans le chromosome bactrien et pour la mobilisation (le transfert) de ce dernier vers des bactries rceptrices (F-). Contact ou appariement Le transfert chromosomique n'est possible qu'aprs appariement par couple des bactries donatrice et rceptrice. Il fait d'abord intervenir les pili sexuels (2 3 par bactrie F+) qui reconnaissent par leurs extrmits les zones de contact la surface des bactries F- et s'y fixent puis se rtractent en rapprochant les deux types de bactries. Ils permettent ainsi leur contact et la formation d'un pont cytoplasmique de 100 300 m par lequel va s'oprer le transfert chromosomique (figure 4).
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Transfert de l'ADN Le pont cytoplasmique form, le transfert gntique peut commencer. Il ne porte d'abord que sur un brin d'ADN, ce qui permet de restaurer l'intgrit du gnme de la bactrie donatrice par un processus de rplication asymtrique. Ce processus de rplication asymtrique a lieu tout prs du pont cytoplasmique et met en jeu un site rplicateur spcifique. Le transfert du brin d'ADN est sens unique, orient, progressif, quelquefois total. Il dure alors une centaine de minutes 37C. Son interruption artificielle par agitation mcanique permet de dterminer la squence des gnes transfrs et d'tablir la carte chromosomique. Caractres chromosomiques transfrs Tous les caractres cods par le chromosome (c'est--dire tous les gnes) peuvent tre transfrs. En effet,le facteur F peut tre intgr dans le chromosome bactrien certains sites. Dans cette position il permet le transfert de gnes chromosomiques proches de ces sites d'une bactrie une autre mais ne transfre que rarement le facteur lui-mme. Le facteur F peut rester autonome dans le cytoplasme. Dans cette position il ne transmet la bactrie rceptrice que le facteur F mais pas de gne chromosomique. Lors du passage de l'tat intgr l'tat autonome, le facteur F peut emporter avec lui des gnes bactriens. Le rsultat en est un plasmide F' qui contient ces gnes et capable de les transfrer une bactrie rceptrice de nouveaux gnes : c'est la F-duction ou sex-duction. Si les gnes transfrs par le facteur F' s'intgrent dans le chromosome de la bactrie rceptrice, on dit qu'il y a eu recombinaison lgitime (chromosomique). S'ils ne s'intgrent pas, ils deviennent de vritables gnes mobiles d'une bactrie une autre. Plasmides conjugatifs Certains plasmides sont capables d'assurer tous seuls leur transfert par conjugaison. On les appelle plasmides conjugatifs (cf. section 2.2.3 page 25).
2.2.2.3 Conclusions
Le transfert de gnes par conjugaison est un facteur majeur d'volution du patrimoine gntique bactrien, qui joue un rle essentiel en bactriologie mdicale (rsistance aux antibiotiques...).
2.2.3 Les plasmides

Les plasmides sont des molcules d'ADN bicatnaire, circulaires et cytoplasmiques, de petite taille (5 4000 fois plus petit que le chromosome), se replicant d'une manire autonome et non indispensables au mtabolisme normal de cellule-hte. Leur transmission d'une cellule bactrienne une autre peut s'effectuer par conjugaison (Tra+) ou transduction.
2.2.3.1 Mise en vidence

Le terme de plasmide a t cr en 1952 par Lederberg pour dsigner tout lment gntique cytoplasmique, comme le facteur F. Les plasmides de rsistance aux antibiotiques ont t dcouverts en 1956 au Japon l'occasion d'une pidmie de dysenterie bacillaire (Shigella dysenteriae) bacilles rsistants.
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2.2.3.2 Proprits biologiques portes par les plasmides

Les gnes ports par les plasmides peuvent coder pour la synthse de protines qui confrent des proprits biologiques diverses : rsistance aux antibiotiques (bta-lactamines, aminosides, phnicols, cyclines, macrolides) chez les bactries Gram positif ou ngatif ; rsistance aux antiseptiques mercuriels, aux mtaux lourds (antimoine, argent, bismuth...) ; rsistance aux bactriophages. Les plasmides permettent ainsi aux bactries de s'adapter un environnement hostile. La virulence des bactries peut aussi tre mdiation plasmique : pouvoir pathogne des colibacilles entropathognes (diarrhes des voyageurs), pouvoir pathogne des staphylocoques dans l'imptigo (exfoliatine). Les plasmides peuvent galement coder pour la synthse de bactriocines qui inhibent la croissance d'autres bactries (ex. : colicines ltales pour les entrobactries). Ils peuvent aussi porter les gnes qui codent pour le mtabolisme du lactose ou de la lysine chez les Proteus, la production de H2S chez E.coli, la dgradation du tolune ou de l'octane chez les Pseudomonas... Les plasmides possdent des gnes qui assurent leur rplication autonome. Certains plasmides possdent aussi des gnes qui assurent leur transfert par conjugaison (plasmides conjugatifs). Des classifications de plasmides par classes d'incompatibilit (Inc) ont t tablies. Deux plasmides s'excluant mutuellement, c'est--dire ne pouvant coexister dans la mme bactrie, appartiennent au mme groupe d'incompatibilit.
2.2.3.3 Conclusion
Les plasmides confrent aux bactries qui les hbergent de nombreux caractres gntiques par un mcanisme d'addition et non par un mcanisme de substitution. Ils reprsentent un lment essentiel d'adaptation bactrienne. Ils sont responsables d'pidmies de gnes (notamment de rsistance aux antibiotiques), qui ont fait dcouvrir les transposons, appels encore gnes sauteurs ou mobiles.
2.2.4 La transposition - Les transposons

La transposition est l'intgration directe d'une squence de gnes (de taille limite) au sein d'un gnome (chromosomique ou plasmidique), en l'absence d'homologie de squence nuclotique (recombinaison illgitime). Les gnes qui s'additionnent de cette manire sont dits transposables et s'organisent en structures appeles transposons (Tn) qui portent les dterminants de la transposition (excision, intgration, transposition) et des gnes qui codent pour d'autres fonctions, par exemple la rsistance aux antibiotiques.
2.2.4.1 Mise en vidence de la transposition

La constatation, en 1971, par N. Datta, du passage (saut) d'un gne de rsistance aux bta-lactamines d'un plasmide un autre plasmide appartenant des classes d'incompatiblit diffrentes au sein d'une mme bactrie a fait dcouvrir l'existence de gnes sauteurs ou mobiles. L'acquisition de ces gnes se traduit par une augmentation de taille du plasmide rcepteur et l'acquisition de pro-
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prits nouvelles.
2.2.4.2 Proprits des transposons

Les dterminants gntiques transposables peuvent tre la rsistance des antibiotiques trs divers (bta-lactamines, aminosides, phnicols, cyclines, rythromycine, sulfamides et trimthoprime). D'autres marqueurs peuvent tre ports par des transposons : la rsistance aux sels de mtaux lourds, certains caractres mtaboliques, etc... La majorit des transposons identifis proviennent des plasmides de bacilles Gram ngatif, mais certains proviennent de cocci Gram positif comme le transposon de rsistance l'rythromycine chez Staphylococcus aureus.
2.2.4.3 Structure des transposons

Le transposon (figure 5) est constitu d'un fragment d'ADN limit de part et d'autre par des squences rptitives inverses (IR) appartenant des squences d'insertion (IS). Les squences d'insertion portent les gnes ncessaires la transposition (transposase, lments rgulateurs de la transposition) et le fragment central porte les marqueurs spcifiques (exemple : gnes de rsistance aux antibiotiques).
2.2.4.4 Conclusion
Le transposition est un mcanisme d'adaptation gntique particulirement efficace des bactries leur environnement.
2.2.5 La transduction
La transduction est le tranfert d'ADN bactrien par l'intermdiaire de bactriophages (ou phages). Ceux-ci sont des virus de bactries, qui existent sous la forme virulente ou tempre. Les phages virulents se multiplient dans la bactrie (ou mieux sont rpliqus par la bactrie) et la lysent. Les phages temprs s'intgrent dans le chromosome bactrien sans induire la rplication et sont rpliqus en mme temps que lui. Le bactriophage est alors appel prophage et la bactrie qui en est porteuse, une bactrie lysogne. Dans une population de bactries lysognes, un prophage se libre de temps autre du chromosome bactrien, devient virulent, se multiplie, provoque la lyse de la bactrie et peut infecter de nouvelles bactries. Si, au cours de sa libration, le prophage emporte avec lui plusieurs gnes bactriens, il peut y avoir transfert par le bactriophage de gnes bactriens d'une bactrie (lysogne) une autre (lysogne). C'est la transduction.
2.2.5.1 Caractres de la transduction

Incidence La transduction est lie l'existence de bactries lysognes, Gram positif (staphylocoque, 27/122
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streptocoque, Bacillus) ou Gram ngatif (entrobactries, Pseudomonas). Type de transduction 1. Lorsque les gnes transfrs (pas plus de 1 2 % du gnome de la bactrie lysogne) s'intgrent dans le chromosome de la bactrie rceptrice et que celle-ci les transmet sa descendance, on dit que la transduction est complte ou gnralise (figure 6). Lorsque les gnes transfrs ne sont pas intgrs dans le chromosome, ce qui est frquent, on dit que la transduction est abortive. Dans ce cas, les gnes passent de la cellule mre une seule cellule fille, etc... Il n'y a pas gnralisation du caractre transfr l'ensemble des descendants. La conversion lysognique. Dans certains cas, le gnome du bactriophage apporte par lui-mme un nouveau caractre trs important pour la bactrie rceptrice, par exemple, la scrtion de la toxine diphtrique, la scrtion de la toxine rythogne du streptocoque A (scarlatine) ou la prsence de certains facteurs antigniques. On dit alors qu'il y a eu conversion lysognique. La conversion et la transduction sont des phnomnes qui font tous deux intervenir un bactriophage. Mais, dans le premier cas, c'est le gnome du bactriophage qui est responsable du nouveau caractre acquis par la bactrie ; dans le second cas, le bactriophage a seulement un rle de vecteur et le gnome transfr provient d'une autre bactrie.
2.
3.
2.2.5.2 Conclusions
Le transfert dADN bactrien par transduction a t trs utilis par les gnticiens en raison de sa faible frquence (10-6), de son caractre partiel (1-2 % du gnome bactrien) et de sa relative nonspcificit. On peut concevoir quelle a jou, plus que la trasformation mais moins que la conjugaison, un rle important dans lvolution bactrienne.
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Staphylocoques
Chapitre 3 Staphylocoques
3.1 Dfinition
Les bactries du genre Staphylococcus sont des coques (cocci) Gram positif, groups en amas ayant la forme de grappes de raisin, immobiles, non sporuls, catalase positive et oxydase ngative. Parmi les 27 espces du genre actuellement rpertories, les principales sont Staphyloccus aureus, S.epidermidis et S.saprophyticus. L'espce S.aureus sera prise comme type de description.
3.2 Historique
Observs par Pasteur en 1879 dans un pus de furoncle, les staphylocoques doivent leur nom OGSTON (1881) qui les a mis en vidence dans des abcs aigus et chroniques.
3.3 Habitat
S.aureus est un commensal de la peau et des muqueuses de lhomme et des animaux (rhino-pharynx, intestin). On le trouve sur la muqueuse nasale dun tiers environ des sujets normaux. Elimin dans le milieu extrieur, cette bactrie peut survivre longtemps dans lenvironnement.
3.4 Pouvoir pathogne

3.4.1 Caractres gnraux
Germe pyogne par excellence, S.aureus est le microbe de la suppuration. 29/122
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Staphylocoques
Certaines souches agissent aussi par libration d'une ou de plusieurs toxines (intoxication alimentaire, syndrome de choc toxique, impetigo). La frquence et la gravit des infections staphylocoques sont lies trois principaux facteurs : 1. 2. 3. le caractre ubiquitaire du germe, l'abaissement des dfenses locales et gnrales des malades soumis des soins intensifs, des interventions chirurgicales graves, etc., et la frquente rsistance aux antibiotiques du staphylocoque, notamment du staphylocoque hospitalier.
3.4.2 Infections staphylococciques

Formes cutanes : atteinte plus ou moins svre des follicules pilo-sbacs (folliculite, furoncle, anthrax), atteinte pri-onguale (onyxis, perionyxis, atteinte du tissu sous-cutan (panaris, phlegmons). Certaines formes superficielles (impetigo) peuvent se compliquer de lsions bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice d'exfoliatine. Formes muqueuses : otites, sinusites, mastodites, conjonctivites. Formes gnralises : 1. Septicmie succdant un foyer initial cutano-muqueux : diffusion par atteinte des veines (squence : phlbite, caillot, embol septique en rapport respectivement avec action de la coagulase, de la fibrinolysine et de l'hyaluronidase). On l'observe principalement chez les sujets ayant des dfenses immunitaires affaiblies, traumatiss, sujets soumis une intervention chirurgicale grave, sujets en unit de soins intensifs, diabtiques, etc..., sujets gs, nourrissons. Les septicmies staphylocoques, qui sont de pronostic redoutable (20 30 % de mortalit), se compliquent souvent de localisations viscrales, mme lorsqu'elles sont peu symptomatiques : pleuro-pulmonaires (abcs bulleux), osto-articulaires (ostomylites), uro-gnitales (phlegmon prinphrtique), crbrales (abcs du cerveau), cardiaques (endocardite aigu). Formes intestinales : soit intoxication alimentaire par absorption de toxine prforme dans des aliments contamins par un staphylocoque producteur d'entrotoxines, soit entrocolite aigu pseudo-membraneuse staphylocoque, conscutive une antibiothrapie polyvalente massive et prolonge ayant slectionn une souche entrotoxique. Syndrome de choc toxique dcrit pour la premire fois en 1978 (TODD). Il associe une hypotension artrielle importante avec tat de choc, de la fivre (> 39 C), une rythrodermie diffuse, une desquamation des paumes et des plantes une deux semaines aprs le dbut de la maladie et une atteinte pluriviscrale (digestive, musculaire, muqueuse, rnale, hpatique, neurologique, hmatologique). Fait important, les hmocultures sont ngatives tandis que les prlvements locaux permettent de cultiver S.aureus. La majorit des cas publis sont associs l'usage de tampons vaginaux priodiques particuliers, retirs mamintenant du march. Les signes cliniques sont lis la production d'une exotoxine protique (Toxic Shock Syndrome Toxin 1 ou TSST-1). D'autres toxines (entrotoxine B ou C) seraient impliques dans le syndrome de choc toxique. Des syndromes similaires peuvent s'observer au cours d'infections par d'autres bactries (ex.
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Streptococcus A).
3.5 Etude bactriologique

3.5.1 Microscope
Cocci Gram positif, isols ou groups en diplocoques ou en amas ayant la forme de grappes de raisin, de 0,8 1 de diamtre (figure 1). La grande majorit des souches sont capsules, mais les souches peuvent perdre leur capsule par culture.
3.5.2 Culture
Comme tous les germes trs rpandus dans la nature, S.aureus cultive facilement sur les milieux usuels, des conditions de pH et de temprature variables. Il est mme capable de pousser dans des conditions hostiles, par exemple en prsence de 7 % de ClNa. Ce caractre est mis profit dans le milieu de culture slectif hypersal de CHAPMAN pour isoler le staphylocoque d'un prlvement polymicrobien. En bouillon S.aureus donne un trouble uniforme en quelques heures Sur glose ordinaire les colonies sont lisses, rondes, bombes, brillantes, opaques, de 1 mm de diamtre. Elles se pigmentent habituellement en jaune dor (aureus), parfois en jaune citron, et parfois sont non pigmentes En glose profonde S.aureus pousse dans la zone d'arobiose et dans la zone d'anarobiose. C'est donc une bactrie arobie-anarobie facultative, capable de se multiplier la surface de la peau, en arobiose et dans les tissus mal oxygns, plaie profonde par exemple.
3.5.3 Caractres biochimiques

S.aureus a un mtabolisme arobie prdominant et anarobie facultatif. Il est catalase positive la diffrence des bactries du genre Streptococcus qui n'ont pas de mtabolisme arobie. Il est toutefois capable de fermenter le glucose (mtabolisme anarobie) la diffrence des microcoques. Il est habituellement capable de fermenter le mannitol. Ce caractre est souvent, mais pas obligatoirement, associ la pathognicit. Il est utilis dans le milieu de CHAPMAN. La fermentation se traduit par le virage au jaune du milieu de culture.
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3.5.4 Facteurs de virulence de physiopathologie

3.5.4.1 Les composants de la paroi
Les composants de la paroi comme le peptidoglycane, les acides teichoques et lipoteichoques possdent des effets biologiques dmontrs in vitro, notamment la scrtion de cytokines par les cellules lymphomonocytaires. Alors que le peptidoglycane est peu immunogne, les acides teichoques (polymres linaires du ribitol phosphate) donnent naissance des anticorps que l'on trouve dans le srum de malades atteints d'infection rcente. Ces acides teichoques sont les rcepteurs de bactriophages (lysotypie des staphylocoques). Des polysaccharides capsulaires sont trouvs chez 90 % des souches. Onze types capsulaires ont t dcrits et les types 5 et 8 sont les plus frquents. Cette capsule permet une meilleure rsistance des souches l'opsonisation et la phagocytose. Certaines souches produisent un exopolysaccharide (glycocalix) qui entrane la formation d'un biofilm engluant les bactries et leur permettant d'adhrer aux surfaces extrieures. Certaines protines ou glycoprotines sont responsables de la spcificit de type. Il existe 14 srotypes mis en vidence par raction d'agglutination au moyen d'immunserums.
3.5.4.2 Facteurs d'invasion et d'adhsion

S.aureus colonise la peau et les muqueuses en adhrant aux cellules et aux composants de la matrice extracellulaire. S.aureus se fixe aux cellules par l'intermdiaire de protines de surface, les adhsines, qui sont ancres dans le peptidoglycane. Cinq protines ont t caractrises : La protine A, labore uniquement par les souches d'origine humaine, se lie au fragment des immunoglobulines. Elle intervient dans l'opsonisation et la phagocytose ; La protine de liaison au collagne permet l'adhsion de S.aureus au cartilage ; La protine de liaison la fibronectine permet l'adnsion de S.aureus aux caillots plasmatiques mais aussi aux biomatriaiux (cathters, prothses) ; La protine de liaison au fibrinogne (clumping factor) qui provoque l'agrgation de bactries en prsence de plasma permettant de transformer directement le fibrinogne en fibrine. La protine de liaison l'lastine. Il existe des rcepteurs pour d'autres protines plasmatiques (plasminognes) ou tissulaires (vitronectine, laminine, sialoprotines de l'os).
3.5.4.3 Substances labores par S.aureus

S.aureus labore des protines diffusibles doues soit d'activit toxique, soit d'activit seulement enzymatique. Les toxines Cinq principales toxines sont dcrites chez S.aureus :
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Les hmolysines ont une action cytotoxique sur de nombreuses cellules eucaryotes, notamment les globules rouges et les plaquettes. L'hmolysine , secrte par la quasi totalit des souches de S.aureus, est mise en vidence avec des hmaties de mouton ; de buf ou de lapin. La permabilisation membranaire entrane une fuite osmotique du contenu cellulaire aboutissant la mort des cellules. La cytolyse de plaquettes et de monocytes libre des cytokines et d'autres mdiateurs de la raction inflammatoire expliquant le choc septique des infections svres S.aureus. La destruction des cellules endothliales favorise la dissmination des bactries et les mtastases infectieuses. La leucocidine est forme de 2 composs, cods par des gnes distincts, agissant en synergie ; elle agit sur les polynuclaires et les macrophages chez lesquels elle provoque la perte de mobilit, la dgranulation, la destruction nuclaire et la lyse cellulaire. Cette protine a rle important dans la formation du pus. L'exfoliatine est une protine thermostable responsable des lsions d'rythrodermie bulleuse que l'on observe parfois au cours des septicmies staphylocoques et au cours de l'impetigo. En se fixant certaines protines intracellulaires cutanes (profilagrine et filagrine) elle provoque une pidermolyse : dcollement intra-pidermique entre le stratum granulosum et le stratum spinosum. Il y a rupture entre les cellules adjacentes suivie de celle des ponts intercytoplasmiques (desmosomes) ce qui entrane des lsions bulleuses. 80 % des sujets adultes ont des anticorps protecteurs. Les entrotoxines, dont il existe 7 srotypes diffrents (A, B, C1, C2, C3, D, E) sont des protines thermostables responsables d'intoxications alimentaires (diarrhe, vomissements, douleurs abdominales, rarement un collapsus cardiaque, qui apparaissent 1 6 heures aprs l'ingestion). De 30 60 % des souches de S.aureus produisent une entrotoxine. Il s'agit d'une protine thermostable, insensible aux enzymes protolytiques du suc digestif. L'entrotoxine A est de loin la plus frquente. La toxine responsable du choc toxique staphylococcique (TSST-1) : cette protine antignique entrane la formation d'anticorps protecteurs prsents chez 85 % des sujets adultes. Cette toxine, comme les entrotoxines, a un effet pyrogne et est un superantigne qui entrane l'activation simultane de plusieurs sous-populations lymphocytaires, ce qui entrane la libratioin de plusieurs mdiateurs (interleukine, interfron gamma, TNF alpha et bta) responsables de la symptomatologie du choc staphylococcique.
Les enzymes non toxiques La coagulase-libre est une exo-enzyme coagulant le plasma d'homme ou de lapin. C'est une protine thermostable, toujours produite par les souches de S.aureus (et non produite par S.epidermidis et S.saprophyticus). Elle active la prothrombine en thrombine. La thrombine ainsi active agit sur le fibrinogne qu'elle tranforme en fibrine.. C'est un facteur primordial dans le pouvoir pathogne en coagulant le plasma autour des coques et en les protgeant de la phagocytose ; elle est l'origine des thrombophlbites suppures. La fibrinolysine est caractristique des souches pathognes humaines. En activant le plasminogne en plasmine, elle provoque la dislocation des caillots endoveineux qui
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libre des micro-embols septiques, facteurs de septicmie et de localisations septiques secondaires. Les dsoxyribonuclases (ou DNAses) sont des facteurs de destruction des noyaux cellulaires. La DNAse thermostable est spcifique de S.aureus. La hyaluronidase est une enzyme thermolabile hydrolysant l'acide hyaluronique, substance fondamentale du tissu conjonctif : elle favorise ainsi la diffusion des staphylocoques dans le tissu conjonctif. La lipase : 80 % des souches produisent cette enzyme qui semble constituer un facteur de virulence dans les abcs o, en modifiant les lipides bactriens, elles favorisent la survie des staphylocoques.
3.6 Diagnostic bactriologique

Le diagnostic bactriologique de l'infection staphylococcique est uniquement direct (mise en vidence de la bactrie). Il n'y a pas de diagnostic indirect par recherche des anticorps circulants. Le diagnostic repose sur les principales tapes suivantes : Le prlvement : aseptique (pour tre certain que le staphylocoque que l'on va isoler n'est pas un simple commensal de la peau ou des muqueuses) et avant le dbut du traitement antibiotique. L'examen microscopique d'orientation la recherche de cocci rguliers, Gram positif, groups en amas. La culture sur glose ordinaire dans la majorit des cas ou sur milieu de culture slectif, type milieu de CHAPMAN (qui contient 7 % de ClNa, du mannitol et un indicateur de pH) si le prlvement est fortement contamin par d'autres bactries.
L'identification de la bactrie repose sur la mise en vidence des caractres suivants : catalase (diffrence avec le streptocoque), fermentation du glucose en anarobiose (diffrence avec le microcoque), coagulase (diffrence avec S.epidermidis et S.saprophyticus), DNase. thermostable (qui signe l'espce S.aureus). Le diagnostic sera toujours complt par la mesure de la sensibilit aux antibiotiques (antibiogramme) tant donn la frquence de la rsistance de S.aureus aux bta-lactamines (ex. : pnicilline), aux aminosides (ex. : gentamicine) et certains macrolides (ex. : rythromycine), notamment chez les souches hospitaliires).
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3.7 Les bases du traitement

3.7.1 Traitement prventif
Il est capital. Mesures d'hygine et d'asepsie individuelle et collective (en particulier dans les hpitaux). Surveillance des denres alimentaires (crmes glaces, ptisseries, viandes haches).
3.7.2 Traitement curatif

Staphylococcies cutano-muqueuses, localises : macrolide ou apparent (par exemple, rythromycine 2 g/jour ou pristinamycine 2 g/jour pendant 10 jours). Staphylococcies graves : association de deux antibiotiques bactricides : bta-lactamine (pnicilline semi-synthtique non hydrolyse par les pnicillinases : ex. oxacilline) + aminoside (ex. : gentamicine, etc) ou fluoroquinolones (ex. : ofloxacine). En cas de rsistance aux pnicillines semi-synthtiques, (souches mthicilline rsistantes isoles en milieu hospitalier) le traitement antibiotique sera un glycopeptide (vancomycine ou teicoplanine) seul ou associ un autre antibiotique actif (aminosides, rifampicine, acide fusidique, fosfomycine). Dans tous les cas, la priorit doit tre donne au drainage des collections purulentes.
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Chapitre 4 Les streptocoques, entrocoques et pneumocoques

Les bactries des genres Streptococcus et Enterococcus sont des cocci Gram positif, catalase ngative, mtabolisme anarobie. Le genre streptococcus rassemble les streptocoques sensu stricto et le pneumocoque. Le genre enterococcus regroupe les streptocoques du groupe D, sauf Streptococcus bovis.
4.1 Les streptocoques

4.1.1 Historique
En 1879, PASTEUR dcrit dans le pus d'un abcs chaud des micro-organismes en chapelet de grains. ROSENBACH leur donne, en 1884, le nom de streptocoques. En 1924, DICK dmontre que la scarlatine est due au streptocoque. En 1928, LANCEFIELD propose la classification antignique qui porte son nom et qui remplace les classifications prcdentes bases uniquement sur les proprits hmolytiques. Avec la mthode de LANCEFIELD on peut classer les streptocoques en srogroupes de A T. Certains streptocoques qui ne possdent pas d'antigne permettant de les classer selon la mthode de LANCEFIELD sont dits non groupables . En 1936, l'avnement des sulfamides entrane une baisse de la mortalit par fivre puerprale, complication post partum souvent cause par les streptocoques.
4.1.2 Habitat
Les streptocoques regroupent de nombreuses espces. Certaines sont des parasites de l'espce humaine (streptocoques des groupes A, C et G de LANCEFIELD), d'autres des commensaux de la muqueuse buccale (streptocoques du groupe B et streptocoques non groupables et non hmolyti-
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ques) ou de la muqueuse gnitale (groupe B) ou de l'intestin (anciens streptocoques du groupe D ou entrocoques considrs maintenant comme faisant partie d'un genre part, le genre enterococcus). D'autres encore sont des commensaux des animaux ou des saprophytes.
4.1.3 Pouvoir pathogne

Les streptocoques sont, aprs les staphylocoques, les bactries pyognes n 2. Le plus pathogne d'entre eux est le streptocoque bta-hmolytique du groupe A de LANCEFIELD, appel Streptococcus pyogenes, qui est responsable de la majorit des affections provoques par les streptocoques. Les ractions immunologiques de l'hte infect par S.pyogenes sont beaucoup plus complexes que celles qui s'observent lorsqu'il est infect par S.aureus et peuvent conduire la formation d'anticorps spcifiques un taux lev et d'auto-anticorps.
4.1.3.1 Maladies provoques par les streptocoques des groupes A, C, G.

Les streptocoques des groupes A, C, G qui sont bta-hmolytiques (large zone d'hmolyse franche autour des colonies cultives sur glose au sang frais), ont un pouvoir pathogne similaire. Ils sont responsables des affections suivantes : L'angine rouge ou rythmato-pultace (de pultis = bouillie, en latin), ou est l'affection streptococcique la plus frquente : elle s'accompagne classiquement de fivre 39-40C, de dysphagie par inflammation amygdalienne et priamygdalienne, d'une adnopathie satellite, de cphales et d'asthnie. D'autres infections aigus : cutanes, muqueuses ou septicmiques. Les unes sont locales, comme l'imptigo (enfant : lsions au niveau du visage et des mains de type vsiculo-pustulaire, puis crouteuses, de contagiosit ++), l'rysiple (placard rouge surlev, limit par un bourrelet + signes gnraux), ou encore sur les infections des plaies et brlures. Les bactrimies sont souvent secondaires une infection locale. C'est le cas de la fivre puerprale qui fait suite une infection gnitale du post-partum. Il faut citer aussi les endocardites aigus, les mningites. La scarlatine associe une angine et la diffusion partir du foyer angineux d'une toxine rythrogne secrte par le streptocoque. La raction de DICK consiste tester la sensibilit du sujet l'inoculation intradermique d'une faible dose de toxine rythrogne. Les sujets chez lesquels l'injection de toxine ne provoque pas une raction rythmateuse sont immuniss contre la scarlatine. Pour l'histoire, la raction de SCHULTZE et CHARLTON, ou raction d'extinction, tait une preuve diagnostique qui consistait injecter par voie intradermique au niveau d'une plaque d'rythme scarlatiniforme un peu de srum de convalescent de scarlatine. Si l'rythme s'teignait au point d'injection, c'est qu'il s'agissait d'une scarlatine. Des syndromes de choc toxique avec dfaillance viscrale multiple, identique celui observ parfois avec S.aureus (cf. chapitre 3 page 29), d'o son nom de TSLS (Toxic shock like syndrom). Des affections auto-immunes, consquences d'infections streptocoque A. C'est le cas du rhumatisme articulaire aigu (R.A.A.), de la nphrite post-streptococcique, de la chore de SYDENHAM (contractions musculaires, involontaires, persistant pendant le repos, gestes
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amples et rapides et incoordination des mouvements volontaires). La parent antignique entre la paroi du streptocoque et certains tissus humains explique le dveloppement d'auto-anticorps. Elle explique galement le traitement des affections auto-immunes : pnicillinothrapie pour liminer le streptocoque et cortisone pour diminuer la raction immunitaire.
4.1.3.2 Maladies provoques par les autres streptocoques

a. Il peut s'agir dinfections aigus : b. gnitales, qui peuvent se compliquer de fivre puerprale, provoques par les streptocoques du groupe B, nonatales svres : septicmies, mningite de au streptocoque du groupe B. de localisations diverses (abcs du cerveau, cholcystites, etc).
Il peut s'agir d'infections subaigus dont la plus classique et la plus grave est l'endocardite lente d'OSLER. Celle-ci est due la greffe, sur un endocarde pralablement ls (anomalie congnitale, squelle de cardite rhumatismale, etc...) d'un streptocoque non groupable comme S.sanguis ou S.mitis frquemment isol de la plaque dentaire et du sillon gingival, d'un streptocoque du groupe D (S.bovis), d'origine intestinale (notamment en cas de cancer colique), ou d'un entrocoque.
4.1.4 Etude bactriologique

4.1.4.1 Microscope
Les streptocoques sont des cocci de taille et de forme irrgulires, Gram positif, groups en chanettes plus ou moins longues et flexueuses, immobiles, acapsuls, asporuls (figure 1).
4.1.4.2 Culture
Les streptocoques sont des germes exigeants qui ne poussent donc pas sur les milieux de culture ordinaires. Ceux-ci doivent tre additionns de srum ou de sang frais. En bouillon les streptocoques poussent en donnant des flocons et un dpt au fond du tube d aux longues chainettes et voquant de la mie de pain. Sur glose au sang ils donnent de petites colonies gristres, translucides, en grain de semoule, entoures d'une zone d'hmolyse totale (hmolyse bta) pour les streptocoques des groupes A, C, G, tandis que les autres streptocoques donnent une hmolyse partielle (hmolyse alpha) ou pas d'hmolyse du tout.
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4.1.4.3 Caractres biochimiques

Les streptocoques sont des bactries mtabolisme anarobie mais arobie tolrants. Ils n'ont pas de catalase (enzyme respiratoire), l'inverse des staphylocoques.
4.1.4.4 Structure antignique

La prsence, dans la paroi des streptocoques, d'un polyoside C spcifique a permis LANCEFIELD la classification en groupes antigniques. Chez le streptocoque du groupe A de Lancefield, la protine M est le principal antigne de la paroi. C'est le facteur majeur de la virulence, par rsistance la phagocytose (dgradation de C3B). Les anticorps anti-M confrent une immunit durable et protectrice. Il existe plus de 60 types diffrents d'antigne M ; le type M12 serait plus souvent rencontr dans les nphrites.
4.1.4.5 Substances labores par streptococcus pyognes

1. La toxine rythrogne, responsable de la scarlatine, est une exo-enzyme. Elle n'est scrte que par les streptocoques des groupes A, C ou G lysognes, c'est--dire qui hbergent un bactriophage tempr (prophage). La raction de DICK et celle de SCHULTZE et CHARLTON sont en relation avec cette toxine et les anticorps spcifiques dont elle induit la formation. Les souches de streptocoques responsables de chocs toxiques et de dfaillances viscrales multiples produisent une toxine trs proche de la toxine rythrogne et appele Spe (Streptococcal pyogenic exotoxin). Le mode d'action de ces deux toxines est proche de celle de TSST, de S.aureus (superantigne, cf. S.aureus). De nombreuses enzymes non toxiques sont scrtes par les streptocoques : Les hmolysines O et S sont appeles streptolysines. Elles sont antigniques et donnent lieu la formation par l'hte infect d'antistreptolysines. L'anti-streptolysine O, ou ASLO, se dose au cours des affections chroniques streptocoques, notamment le R.A.A. Un taux lev d'ASLO tmoigne d'une infection volutive streptocoque (normal = 200 UI/ml). La streptokinase (fibrinolysine) (normale = 80 U/ml), la streptodornase (qui lyse les acides nucliques) sont galement antigniques. Elles peuvent tre doses au cours des infections streptocoques. La streptokinase est utilise dans le traitement mdical des embolies. La hyaluronidase est comme celle du staphylocoque un facteur de diffusion du germe et de ses enzymes dans l'organisme humain (infections cutanes). Une protase capable de dgrader C5A, contribuant l'chapement la phagocytose.
2.
4.1.5 Diagnostic bactriologique

Le diagnostic de l'infection streptococcique peut se faire par la mthode directe (mise en vidence du germe) et par la mthode indirecte (dosage des anticorps).
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4.1.5.1 Diagnostic direct

Aprs prlvement aseptique fait avant le dbut du traitement antibiotique, l'examen microscopique recherche la prsence de cocci Gram positif, de taille irrgulire, groups en chanettes. La culture est faite sur des milieux enrichis type glose au sang. L'origine du prlvement et la nature de l'hmolyse sur glose au sang orientent le diagnostic. Si le prlvement provient d'une cavit close (pus d'abcs, liquides d'panchement, L.C.R., urines) ou s'il s'agit d'une hmoculture, tous les streptocoques isols peuvent tre pathognes mme s'ils ne sont pas bta-hmolytiques S'il s'agit au contraire d'un prlvement de gorge (angine), seuls les streptocoques bta-hmolytiques doivent tre pris en considration. En plus il faut vrifier qu'ils appartiennent bien au groupes A, C ou G car certains streptocoques commensaux (B ou D) peuvent tre bta-hmolytiques. En cas de mningite nonatale, la contre-immunolectrophorse ou l'agglutination de particules de latex portant des anticorps antistreptocoques B permet parfois d'identifier la prsence d'antigne dans le LCR. L'antibiogramme, notamment l'tude de la sensibilit la pnicilline et l'rythromycine, viendra toujours complter le diagnostic direct.
4.1.5.2 Diagnostic indirect

Il repose sur le dosage dans le srum (srodiagnostic) des anticorps contre les enzymes du streptocoque. L'anticorps le plus souvent recherch est l'antistreptolysine O (ASLO) dont le taux normal est infrieur ou gal 200 units/ml.
4.1.6 Traitement
4.1.6.1 Traitement curatif
Les streptocoques des groupes A, C et G sont extrmement sensibles la pnicilline et l'rythromycine qui sont donc les antibiotiques choisir pour le traitement des infections qu'ils provoquent. Les autres streptocoques, notamment les streptocoques non groupables et Streptococcus bovis, sont de sensibilit intermdiaire ou rsistance la pnicilline. Ils posent par consquent des problmes thrapeutiques et obligent souvent associer de fortes doses de pnicilline ou d'amoxicilline un aminoside (par exemple la gentamicine).
4.1.6.2 Traitement prventif

Rle historique d'Ignace Semmelweis qui, la maternit de Vienne entre 1847 et 1849, puis celle de Pest (Budapest), a dmontr le rle de l'hygine des mains des mdecins dans la prvention de la fivre puerprale.
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4.2 Les entrocoques

Les entrocoques sont des cocci Gram positif, disposs en diplocoques, commensaux du tube digestif. Ils sont responsables d'infections urinaires et d'endocardites. Les plus frquemment isols sont Enterococcus faecalis et un moindre degr Enterococcus faecium. Les entrocoques poussent sur milieu ordinaire, sur milieu hostile (NaCl 6,5 %, bile) et appartiennent au groupe D de Lancefield. Ils sont bien moins sensibles aux antibiotiques que les autres streptocoques et en 1986 les premires souches d'entrocoques rsistant aux glycopeptides (vancomycine, ticoplanine) ont t isoles.
4.3 Le pneumocoque
4.3.1 Dfinition
Le pneumocoque, Streptococcus pneumoniae, est un diplocoque Gram positif, encapsul, ayant les proprits mtaboliques des bactries du genre Streptococcus.
4.3.2 Habitat
Le pneumocoque est un hte normal (commensal) de l'arbre respiratoire suprieur (rhino-pharynx) de l'homme. On le trouve d'autant plus souvent que le sujet est jeune (40 % de portage chez les enfants frquentant les crches).
4.3.3 Pouvoir pathogne naturel

A l'occasion d'une baisse de l'immunit gnrale ou locale, provoque par des anomalies du tractus respiratoire, des intoxications (alcool), des troubles circulatoires, la malnutrition, la splnectomie, etc, le pneumocoque peut se multiplier activement dans l'arbre respiratoire. Il va provoquer : Des affections loco-rgionales : bronchites, trachobronchites, sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires aigus (accompagnes dans 15 25 % des cas de bactrimie), pleursies. Les pneumonies pneumocoque reprsentent 60 80 % de toutes les pneumonies bactriennes. Des affections distance : pricardites, mningites, pritonites, arthrites. Un caractre important des infections pneumocoque est retenir : la frquence des ractions fibrineuses gnratrices de cloisonnements (par exemple pleuraux ou mnings) qui, eux-mmes, aggravent le pronostic.
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4.3.4.1 Microscope
Les pneumocoques apparaissent comme des cocci Gram positif, en flamme de bougie, encapsuls, groups par paire (diplocoque), parfois en courtes chanettes (figure 3).
4.3.4.2 Culture
La culture du pneumocoque est aussi difficile que celle des streptocoques. Sur glose au sang en anarobiose ou sous CO2, le pneumocoque donne des colonies lisses, transparentes, en goutte de rose, entoures d'une zone d'hmolyse partielle (alpha). Par repiquages successifs, les colonies deviennent rugueuses et correspondent des pneumocoques ayant perdu leur capsule.

Comme tous les streptocoques, le pneumocoque est un germe mtabolisme anarobie mais arobie tolrant. Il n'a pas de catalase. L'adjonction de tensio-actifs (bile, sels biliaires) une culture de pneumocoque en bouillon entrane la lyse des capsules du pneumocoque et l'claircissement immdiat du bouillon (phnomne de NEUFELD). A l'inverse des streptocoques, le pneumocoque est sensible un sel de cuivre, l'thyl-hydrocuprine (optochine). Cette proprit est utilise pour l'identification du pneumocoque au laboratoire.
4.3.4.4 Construction chimique et antignique

Le pneumocoque est caractris par la prsence d'une capsule de nature polysaccharidique dont il existe 84 types immunologiques. En contact avec un anticorps spcifique, le polysaccharide forme un complexe antigne-anticorps qui se traduit, l'examen microscopique, par le phnomne du gonflement de la capsule. Ce phnomne permet le typage srologique des pneumocoques et a un grand intrt pidmiologique. La capsule du pneumocoque joue un rle capital dans le pouvoir pathogne du germe en empchant la phagocytose. Au cours dune infection pneumocoque, le dveloppement danticorps anti-capsule entrane la gurison de linfection. Les pneumocoques sans capsule ne peuvent plus se distinguer des streptocoques non groupables. Mis en prsence d'ADN extrait de pneumocoques capsuls, ils peuvent tre transforms en pneumocoques capsuls (transformation, GRIFFITH, 1928).
4.3.4.5 Pouvoir pathogne exprimental

Le pneumocoque est pathogne pour la souris. Inject par voie intrapritonale, il entrane la plu-
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part du temps une septicmie mortelle en 24-28 heures. Cette proprit est parfois employe pour isoler le pneumocoque. Actuellement elle est uniquement utilise pour la pathologie exprimentale dans les essais thrapeutiques anti-infectieux.
4.3.5 Diagnoctic bactriologique

Il n'y a pas de diagnostic srologique des infections pneumocoque. Le diagnostic bactriologique repose donc sur la mise en vidence du pneumocoque dans les lsions. Il est relativement ais lorsque l'infection pneumococcique est une mningite, une pleursie ou encore lorsque la pneumonie s'accompagne d'une bactrimie. En raison de la prsence normale de S.pneumoniae dans la flore normale du rhino-pharynx, l'analyse bactriologique des crachats n'est pas un moyen fiable de faire le diagnostic d'une pneumonie pneumocoques. Chez environ 50 % des sujets ayant une pneumonie pneumocoque prouve par hmoculture, les crachats ne permettent pas l'isolement du pneumocoque et, l'inverse, chez 50 % de sujets pour lesquels le pneumocoque est isol des crachats il n'existe pas de pneumonie. Le prelvement des scrtions bronchiques doit tre fait dans de bonnes conditions (brosses protges). Dans tous les cas, les prlvements doivent tre effectus avant tout traitement antibiotique (Sang, L.C.R., liquide pleural, scrtions bronchiques etc). Le diagnostic de pneumocoque repose sur la prsence : l'examen microscopique, de diplocoques Gram positif encapsuls et de nombreux polynuclaires altrs, s'il s'agit d'un liquide de sreuse infecte, d'un abcs, etc... la culture sur glose au sang, de colonies en goutte de rose, alpha-hmolytiques, sensibles l'optochine. L'identification peut, si ncessaire, tre complte par la lyse par la bile ou les sels biliaires d'une culture en bouillon et le srotypage. On compltera l'isolement et l'identification du pneumocoque par un antibiogramme, en raison de l'apparition de souches de pneumocoques rsistantes aux antibiotiques. D'aprs les rsultats publis en 1997 dans le Bulletin Epidmiologique Annuel par l'Institut National de Veille Sanitaire (2), en moyenne 46 % des souches de pneumocoque sont rsistantes l'rythromycine, 40 % au cotrimmoxazole. L'tude de la sensibilit la pnicilline G monte que 40 % des souches sont de sensibilit diminue ou rsistantes la pnicilline G. Il faut noter toutefois que le pourcentage de souches rsistantes varie en fonction de l'ge du patient. Ainsi, chez les jeunes enfants, 60 % des souches sont rsistantes l'rythromycine mais seulement chez 40 % des sujets adultes. L'apparition des souches de pneumocoques rsistantes aux antibiotiques est le rsultat de l'augmentation de la consommation des antibiotiques, en particulier chez les jeunes enfants, et la transmission croise des souches rsistantes, surtout dans les collectivits d'enfants (crches). Des transferts de matriel gntique par transformation ou par transposition peut se faire dans le rhino-pharynx entre les streptocoques commensaux rsistant aux antibiotiques et les pneumocoques En cas de mningite, la contre immunolectrophorse ou l'agglutination de particules de latex portant des anticoprs anticapsulaires permet parfois de mettre en vidence des d'antignes pneumococciques dans le LCR.
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4.3.6 Traitement
Avant l're des antibiotiques, la srothrapie par des srums spcifiques antipolysaccharide capsulaire tait le seul moyen de traiter les sujets infects. L'antibiotique de choix reste la pnicilline, malgr l'apparition de souches fortement rsistantes cet antibiotique. Il existe un vaccin qui contient les polysaccharides des 23 types les plus souvent rencontrs aux U.S.A. L'efficacit de ces vaccins, recommands chez les sujets immunit dficiente, n'est pas pleinement dmontre. Il est indiqu chez les sujets splnectomiss et les personnes ges. Un vaccin contenant les antignes polysaccharidiques de 7 srotypes (vaccin heptavalent) frquents chez l'enfant et souvent associs la rsistance aux antibiotiques a fait l'objet aux USA d'un essai portant sur plus de 37.000 enfants, la moiti des enfants recevant le vaccin anti-pneumococcique heptavalent, l'autre moiti un vaccin anti-mningococcique (4). Parmi les enfants vaccins par le vaccin anti-pneumococcique heptavalent 3 cas d'infections svres sont identifis pendant la priode de surveillance post-vaccinale alors qu'il y en a eu 49 parmi les autres enfants (efficacit protectrice de 93 %). L'efficacit protectrice sur les otites moyennes aigus est de 57 %. Ce dernier vaccin, maintenant disponible en France, est administr avant un an et ncessite trois injections.
4.4 Bibliographie
1. 2. 3. 4. Leclercq R, Derlot E, Duval S et al. Plasmid-mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. New England J. Med. 1988 ; 319 : 157-161. Bulletin Epidmiologique Annuel. Rsistance du pneumocoque aux antibiotiques en France en 1997. 1997 ; 2 : 183-186 Schrag SJ, Beall B, Dowel SF. Limiting the spread of resistant pneumococci : biological and epidemiologic evidence for the effectiveness of alternative interventions. Clin. Microbiol. Rev. 2000 ; 13 : 588-601. Abramson JS et coll. 2000 : Technical Reports : prevention of pneumococcal infections, including the use of pneumococcae conjugate and polysaccharide vaccines and antibiotic prophylaxis. Pediatrics 2000 ; 106 (2) : 367-376.
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Chapitre 5 Les neisseria

Les Neisseria sont des cocci Gram ngatif, en diplocoques, arobies stricts, oxydase positive. Certains sont des commensaux des cavits naturelles, tandis que deux espces Neisseria meningitidis et Neisseria gonorrhoeae sont des pathognes.
5.1 Nessria mningitidis

Le mningocoque, Neisseria meningitidis, est l'agent de la mningite crbro-spinale.
5.1.1 Habitat
Le mningocoque est un parasite strict de lespce humaine. L e rhino-pharynx est la porte dentre du germe dans lorganisme. De nombreux sujets sont porteurs sains et jouent un rle capital dans lpidmiologie de la maladie.
5.1.2 Epidmiologie et pouvoir pathogne

Chez certains sujets, notamment les sujets jeunes vivant en collectivit, le mningocoque se multiplie et provoque une rhino-pharyngite contagieuse, pidmique ou sporadique. Celle-ci survient surtout en priode hivernale et printanire. Dans un pourcentage trs faible des cas (1 %), il peut passer dans le courant sanguin, entraner une bactrimie (mningococcmie) avec fivre et rash hmorragique (ptchies, purpura). La mningite est la complication la plus frquente de la mningococcmie. Elle apparat brutalement et entrane des cphales, des vomissements et une raideur de la nuque, et, non traite, volue vers le coma en quelques heures. La complication maligne de la mningococcmie est la septicmie fulminante avec purpura, coagulation intravasculaire dissmine et collapsus circulatoire (syndrome de WATERHOUSE-FRIDERICHSEN). Exceptionnellement, N.meningitidis peut tre retrouv au niveau des organes gnitaux.
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5.1.3.1 Microscope
Les mningocoques apparaissent comme des cocci rniformes, Gram ngatif, habituellement groups en diplocoques (figure 1). Dans les produits pathologiques (culot de centrifugation du liquide cphalo-rachidien), ils sont souvent peu nombreux et situs l'intrieur ou l'extrieur des polynuclaires (mningite habituellement purulente, avec LCR eau de riz).
5.1.3.2 Culture
Le mningocoque est un germe moins fragile que le gonocoque. Les chantillons de produit pathologique susceptibles de contenir des mningocoques doivent cependant tre ensemencs le plus rapidement possible sur un milieu de culture appropri. Il faut viter les grands carts de temprature lors du transport au laboratoire. Le mningocoque ne pousse pas ou mal sur les milieux de culture usuels et 22 C (diffrence avec les Neisseria commensales). Il pousse bien sur glose au sang cuit (glose chocolat), incube 36 C, en atmosphre enrichie de 5 % de CO2 (le procd de la bougie permet d'obtenir une concentration en CO2 de 3 10 %). L'humidit favorise la croissance (figure 2). Les cultures sont positives en 18 heures et donnent des colonies gristres, opaques, surface lisse et humide. Les formes capsules forment des colonies mucodes.

Le mningocoque est un arobie strict, oxydase positive, capable d'utiliser le glucose et le maltose ( la diffrence du gonocoque). Le mningocoque possde une alpha-glutamyl-transfrase, la diffrence de N.gonorrhoeae qui n'en possde pas.
5.1.3.4 Structure chimique et antignique

La paroi du mningocoque, et des Neisseria en gnral, a une structure voisine de celle des bacilles Gram ngatif. Elle contient un lipo-polysaccharide (LPS) ou endotoxine qui a un pouvoir lthal par injection intraveineuse ou intrapritonale dose leve et un pouvoir dermo-ncrotique par injection intradermique. Des polysaccharides capsulaires permettent de classer par agglutination les mningocoques en groupes srologiques : A, B, C, D, XYZ, 29E et W135. Les mningocoques du groupe A sont le plus frquemment rencontrs au cours des pidmies en Afrique, ceux du groupe B en Europe et C en Amrique. Chaque fois qu'il y a une pidmie, il s'agit de mningocoques des groupes A et C, les groupes B se rencontrant plus frquemment dans les cas sporadiques ou chez les porteurs sains. Au cours des mningococcmies graves, des antignes polysaccharidiques sont librs en grande quantit dans le sang, le liquide cphalo-rachidien et les autres liquides biologiques. On peut les mettre en vidence par contre- immuno-lectrophorse, agglutination de particu48/122
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les de latex ou coagglutination. Seuls les polysaccharides des mningocoques des groupes A et C donnent naissance des anticorps immunisants.

En pratique, le diagnostic de linfection mningococcique est un diagnostic direct. Prlvements Le mningocoque se recherche dans le liquide cphalo-rachidien (ponction lombaire), dans le sang (hmoculture), dans les lsions purpuriques (ponction-aspiration) et dans les prlvements de gorge (chez les sujets contacts). Etant donn la fragilit du germe, les prlvements doivent tre ensemencs le plus rapidement possible. L'examen microscopique notamment celui du L.C.R., permet de noter l'importance de la raction cellulaire (habituellement intense) et de mettre en vidence des diplocoques Gram ngatif, en gnral peu nombreux l'intrieur et l'extrieur des polynuclaires. La culture partir du sang, du L.C.R. et des lsions purpuriques se fait sur des milieux enrichis spcifiques (glose chocolat) ou non spcifiques (bouillon pour hmoculture). La culture partir des prlvements de gorge doit se faire sur des milieux enrichis et slectifs pour inhiber la croissance des bactries commensales de la bouche et ne permettre que la culture des Neisseria. Il faut ensuite procder l'identification biochimique et antignique des colonies de Neisseria isoles. La recherche des Neisseria dans la gorge, qui est longue et relativement difficile, est donc rserve aux enqutes pidmiologiques. L'antibiogramme vient toujours complter l'isolement de Neisseria meningitidis. Il doit comporter le bilan de la sensibilit la pnicilline (rsistance exceptionnelle par scrtion de -lactamase, ou sensibilit diminue par un autre mcanisme)
5.1.5 Traitement
Le traitement curatif des mningococcies repose sur l'administration, le plus prcocment possible, d'antibiotiques : par exemple 30 millions d'units de pnicilline par 24 heures chez l'adulte, en perfusion intraveineuse continue, pendant 10 jours ; ampicilline, phnicol (chloramphnicol ou mieux thiophnicol) peuvent constituer des alternatives tout aussi efficaces que la pnicilline.
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Le traitement prventif repose sur la chimioprophylaxie et/ou la vaccination. Chimioprophylaxie Son but est d'radiquer les mningocoques chez les porteurs sains. La sulfamido-prophylaxie, qui tait autrefois la rgle n'est plus possible en raison de l'apparition de nombreux mningocoques rsistants aux sulfamides. La chimioprophylaxie par la pnicilline n'est pas efficace. On conseille l'administration de rifampicine pendant 2 jours raison de 20 mg/kg/ jour en 2 prises, 12 heures d'intervalle. Quand un cas de mningococcie apparat, la chimioprophylaxie est recommande chez les contacts familiaux, les enfants des crches et des coles maternelles, et chez les sujets vivant dans des communauts closes (pensionnat, colonie de vacances, caserne, etc). Vaccination Les polysaccharides capsulaires purifis extraits des mningocoques des groupes A et C sont vaccinants. Leur injection, qui est d'une innocuit totale, entrane la formation d'anticorps protecteurs qui apparaissent ds le 7e jour qui suit l'injection et ne persistent que pendant 2 3 ans. La vaccination antimningococcique est donc rserve aux populations exposes et doit tre effectue, au dbut d'une vague pidmique.
5.2 Neisseria gonorrhoeae

Le gonocoque ou N. gonorrhoeae, a t dcouvert par NEISSER en 1879 dans le pus de blennorragie. Il diffre du mningocoque par l'absence d'utilisation du maltose, l'absence d'alpha-glutamyl-transfrase et par sa constitution antignique.
5.2.1 Habitat
Le gonocoque est un parasite strict de l'espce humaine.

Le gonocoque est l'agent d'une des maladies vnriennes ou maladies sexuellement transmissibles (M.S.T.) les plus rpandues, la blennorragie ou gonococcie. Depuis 1960, la gonococcie est en augmentation dans presque tous les pays du monde. Toutefois, dans les pays dvelopps, cette augmentation a t stoppe en 1985 et depuis cette date on note mme une diminution sensible du nombre de cas. Sa transmission est principalement le fait des sujets (femmes et hommes) porteurs asymptomatiques de gonocoques.
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Chez l'homme le risque de contamination aprs un rapport sexuel avec une partenaire infecte est de 35 % en moyenne. La maladie apparat brutalement 2 5 jours plus tard et se traduit le plus souvent par une affection aigu : urthrite avec coulement purulent et brlures vives la miction (chaude-pisse). Dans moins de 5 % des cas, l'infection urthrale est pauci ou asymptomatique. En se prolongeant, l'infection urthrale entrane localement une raction sclreuse qui peut conduire au rtrcissement urthral. L'infection peut s'tendre aux glandes urthrales, la prostate, aux vsicules sminales et l'pididyme. Des bactrimies peuvent se produire, entraner la dissmination du gonocoque dans l'organisme et tre responsables de lsions cutanes (papules hmorragiques, pustules), d'arthrites, de tnosynovites (genou, cheville, poignet), etc Les gonocoques responsables d'infections asymptomatiques sont responsables de la plupart des gonococcies dissmines. Chez la femme le risque de contamination aprs un rapport sexuel avec un partenaire infect est de 75 90 %. L'infection est le plus souvent peu ou pas symptomatique. Elle se traduit par une urthrite, une cervicite, une bartholinite, et peut donner lieu un coulement purulent. L'infection peut s'tendre et provoquer une salpingite (avec risque d'oblitration secondaire et de strilit), une pelvi-pritonite. Il n'est pas rare que ces complications locorgionales soient les premires manifestations de l'infection gonococcique chez la femme. Les localisations extragnitales (pharynges, anales et oculaires), les bactrimies, et les localisations distance sont similaires celles qui s'observent chez l'homme. Chez le nouveau-n l'ophtalmie purulente est acquise au moment de la traverse de la filire gnitale lorsque la mre est infecte et non traite. Elle conduit la ccit. Pour la prvenir, il y a obligation lgale d'instiller dans les yeux des nouveaux-ns un collyre antiseptique (nitrate d'argent 0,5-1 % : mthode de Cred) ou antibiotique (ttracycline ou rythromycine).

5.2.3.1 Microscope
Comme les mningocoques, les gonocoques sont des cocci rniformes Gram ngatif, habituellement groups en diplocoques. Dans les produits pathologiques (pus urthral), les gonocoques apparaissent classiquement en amas plus ou moins importants l'intrieur de polynuclaires altrs.
5.2.3.2 Culture
Les gonocoques sont des germes fragiles (trs sensibles la dessication) et exigeants. Au sortir de l'organisme, on les cultive 36C sur glose chocolat, enrichie de supplment vitaminique et additionne d'un mlange d'antibiotiques (vancomycine, colistine et nystatine ou V.C.N.) pour inhiber la croissance des bactries commensales. Une certaine proportion des souches est cependant sensible la vancomycine, d'o l'utilit d'ensemencer aussi sur milieu non inhibiteur en parallle.
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Une atmosphre humide, enrichie de CO2 (5-10 %) est indispensable pour la croissance. Les colonies, plus petites que celles des mningocoques, apparaissent en 18h habituellement mais parfois en 48 h. Elles sont petites, bombes, opaques ou translucides, brillantes, de moins de 1mm de diamtre, bords rguliers, nets (T1) ou d'un diamtre lgrement suprieur (T2). Aprs repiquages multiples, elles changent d'aspect, cessent d'tre virulentes (perte des pili) et sont plates, granuleuses, contours crnels, de 2 3 mm de diamtre (T3 et T4).

Le gonocoque est arobie strict, oxydase positif, glucose positif mais maltose ngatif (diffrence avec le mningocoque). Les souches responsables des gonococcies asymptomatiques et dissmines sont auxotrophes l'gard de l'arginine, l'hypoxanthine et l'uracile.
5.2.3.4 Structure chimique et antignique

Il faut distinguer : L'endotoxine de la paroi, de nature glucido-lipido-polypeptidique, similaire celle de toutes les bactries Gram ngatif (cf. section 5.1 page 47). Des polysaccharides capsulaires partir desquels on n'a pas encore russi prparer un vaccin comme partir des polysaccharides des mningocoques A et C. Des pili qui, avec d'autres substances, permettent aux gonocoques de se fixer sur les cellules du tractus gnito-urinaire et sur les spermatozodes. Facteurs de pathognicit, ils ne sont prsents que chez les souches virulentes. De nature protique trs varie, ils donnent naissance des anticorps anti-pili qui protgent contre la souche autologue seulement. Des antignes protiques de surface, gntiquement indpendants des pili, qui protgeraient les gonocoques virulents de la phagocyctose et de l'action bactricide des IgA scrtoires. Enfin, les gonocoques auxotrophes, responsables d'infections asymptomatiques et dissmines, sont rsistants in vitro certaines immunoglobulines M (IgM) de srum humain. Leur prsence a une troite relation avec un dficit mtaboliser le fer in situ. A l'inverse, les gonocoques qui donnent des infections localises, symptmatiques, sont tus par ces IgM.

5.2.4.1 Diagnoctic direct
a. b. Les prlvements doivent tre faits au laboratoire, le matin avant mission d'urine ou toilette gnito-urinaire. On prlvera le pus et les scrtions partir de l'urthre, col, prostate, muqueuse rectale, pharynx et, ventuellement, le liquide synovial et le sang. L'examen microscopique, aprs coloration de Gram, est fondamental car la mise en vidence de nombreux diplocoques Gram ngatif l'intrieur des polynuclaires altrs permet le diagnostic la phase aigu de la maladie (urtrite purulente). Dans les autres localisations (pha-
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c.
d.
rynx, anus, col), l'examen microscopique est moins vocateur. La culture est faite immdiatement aprs le prlvement, sur milieu riche et slectif : glose chocolat + supplment vitaminique + V.C.N. 36C + 5-10 % CO2 + humidit. Elle seule permet un diagnostic de certitude et de faire ensuite un antibiogramme. Elle est indispensable au diagnostic chez la femme et dans les localisations pharynge, anale, etc L'antibiogramme avec recherche de la production de -lactamase est d'importance capitale depuis qu'en 1976 on a isol des gonocoques rsistants la pnicilline par scrtion d'une btalactamase plasmido-dpendante (PPNG). Le pourcentage de souches PPNG a augment rgulirement depuis cette date. En 1989, il a t isol pour la premire fois des souches rsistantes aux ttracyclines plasmido-dpendantes (TRNG).

Chez les sujets infects il existe des anticorps anti-pili et contre les protines de surface. Ceux-ci peuvent tre mis en vidence par diverses preuves srologiques. Mais aucune d'entre elles (hmagglutination, immunofluorescence indirecte et Elisa) n'est sensible ni spcifique en cas d'infections localises. Elles sont franchement positives en cas de gonococcie complique (dissmine, inflammation pelvienne, etc...).
5.2.5 Traitement
Le traitement de la gonococcie, qui repose sur une antibiothrapie prcoce et strilisante, doit rpondre plusieurs impratifs : Traiter coup sr l'infection pour rendre le malade non contagieux, en une prise unique (traitement minute), seule garantie d'une bonne observance. Traiter une autre ventuelle infection sexuellement transmise (syphilis, chlamydiae, etc) qui a pu tre contracte en mme temps que la gonococcie. S'adresser non seulement aux malades mais aussi leurs partenaires pour viter la rinfection (ping-pong) et la contamination d'autres personnes. En pratique, deux types de traitement sont disponibles, le traitement minute ( dose unique) indiqu en cas d'infections aigus, localises, non compliques, et le traitement standard rserv aux seules formes compliques. Traitement minute : classiquement, dose unique de 4,8 millions d'units (M.U.) de pnicilline-procane (pnicilline moyen retard) en injection intramusculaire ou de 3,5 g d'ampicilline, associe 1 g de probncide (Bnmide) par voie orale (pour ralentir l'excrtion urinaire des pnicillines). Ces traitements sont capables de traiter une syphilis en incubation. Traitement standard : pendant 15 jours, injections quotidiennes de 1 M.U. de pnicilline ou administration orale de 4 g d'ampicilline, ou de 1 g d'amoxycilline (20,5 g), ou de 2 g de t-
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tracycline, etc Dans tous les cas, les partenaires doivent tre traits en mme temps et de la mme manire que le malade. Devant l'augmentation constante du pourcentage de souches rsistantes la pnicilline, il est prfrable d'utiliser une cphalosporine de 3me gnration (ceftriaxone 500 mg en injection IM) ou une fluoroquinolone (norfloxacine, 800 mg per os, ou rosoxacine, 300 mg per os) ou la spectinomycine (2 g en injection IM).
5.2.5.2 Prvention
L'ophtalmie purulente du nouveau-n est prvenue par l'instillation conjonctivale systmatique d'un collyre l'rythromycine 0,5 % ou la ttracycline 1 %. Pour les autres infections gonocoque, en l'absence de vaccin efficace, la seule prvention est la matrise sexuelle : hygine sexuelle et responsabilit l'gard des partenaires, prvention mcanique (prservatifs), emploi de contraceptifs chimiques, ducation sexuelle permettant le traitement prcoce des malades et de leurs partenaires, etc
5.3 Rferences
LAGA M, PLUMMER FA, PIOT P, DATTA P, NAMAARA W, NDINGA-ACHOLA JO, NZANGE H, MAITHA G, RONALD AR, PAMBA HO and BRUNHAM RC. Prophylaxis of gonococcal and chlamydial ophtalmia neonatorum : a comparison of silver nitrate and tetracycline. N Engl J Med 1988 ; 318 : 653-57.
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Chapitre 6 Les bacilles gram positif non sporules

6.1 Corynebactrium diphteriae
Les corynbactries sont des bacilles Gram positif, immobiles et asporuls, souvent granuleux et extrmits largies. Leur groupement en palissades ou en lettres de l'alphabet est souvent caractristique. De nombreuses espces font partie de la flore normale de l'arbre respiratoire, des autres muqueuses et de la peau. Corynebacterium diphteriae scrte une toxine qui est responsable de la diphtrie.
6.1.1 Historique
En 1883, une poque o la diphtrie tuait encore 60 000 personnes par an en France, KLEBS dcouvre le bacille dans les fausses membranes de l'angine diphtrique. En 1884, LOEFFLER le cultive et reproduit la maladie locale et gnrale chez l'animal. Il constate que le bacille reste au point d'inoulation. En 1888, ROUX et YERSIN reproduisent exprimentalement la diphtrie par inoculation d'un filtrat de bouillon de culture. La toxine diphtrique tait dcouverte. En 189O, BEHRING et KITASATO immunisent l'animal avec des doses faibles de toxine et obtiennent un srum antitoxique utilis pour le traitement des malades. En 1913, SCHICK met au point un test d'immunit par injection intradermique de toxine. En 1923, RAMON transforme la toxine en anatoxine et produit le premier vaccin antidiphtrique.
6.1.2 Habitat
Corynebacterium diphteriae est un parasite strict de l'espce humaine. Il se transmet directement d'individu individu par voie respiratoire. Les agents de contamination sont les malades ou les porteurs sains.
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6.1.3.1 Physiopathalogie
Chez les sujets rceptifs, C.diphteriae se multiplie sur les muqueuses respiratoires (habituellement du rhinopharynx, parfois du larynx) et commence secrter de la toxine. Celle-ci est absorbe par les muqueuses, dtruit l'pithelium et provoque une raction inflammatoire. L'epithelium ncros se recouvre d'un exsudat fibrineux riche en hmaties et en globules blancs, la fausse membrane . Celle-ci sige classiquement sur les amygdales, le pharynx ou le larynx (croup asphyxie). Elle est adhrente et toute tentative de prlvement fait saigner. Il y a une importante raction ganglionnaire cervicale. Dans la fausse membrane, C.diphteriae continue produire sa toxine qui diffuse dans tout l'organisme o elle bloque les synthses cellulaires. Elle provoque ainsi une dgnrescence parenchymateuse, une infiltration graisseuse, des lsions ncrotiques, cardiaques, hpatiques, rnales, surrnaliennes, parfois accompagnes d'hmorragies. La toxine peut aussi entrainer des lsions neurologiques qui se traduisent par des paralysies du voile du palais, des muscles oculaires et des extrmits.
6.1.3.2 Clinique
La maladie commence par une angine fbrile fausses membranes situe habituellement sur les piliers du voile avec une importante raction ganglionnaire (dit cou proconsulaire ). Les signes de toxicit apparaissent rapidement et conduisent la prostration. Ils peuvent tre accompagns de dyspne lie l'obstruction des voies ariennes suprieures (larynx et trache) par la fausse membrane (croup). En dehors du croup, les complications cardiaques (myocardite) et nerveuses (dysphagie et paralysie) dominent le pronostic. Chez le sujet vaccin, la diphtrie se manifeste par une angine banale ou fausses membranes mais sans signes gnraux.
6.1.4 Bactriologie
6.1.4.1 Microscope
Bacille Gram positif, immobile, sans spore ni capsule. Il est lgrement incurv, avec des extrmits arrondies, en massue, en haltres, et donne des groupements caractristiques en paquets d'pingles, en palissades, en lettres chinoises. La coloration met en vidence des granulations mtachromatiques, de sige polaire (figure 1).
6.1.4.2 Culture
Corynebacterium diphteriae pousse sur la majorit des milieux de culture usuels. Mais la culture est favorise par la prsence de sang ou de srum. Sur le milieu de LOEFFLER, au srum coagul, il pousse plus rapidement que les autres bactries en donnant de petites colonies gristres granu-
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leuses, bord irrgulier.

C.diphteriae est arobie-anarobie facultatif. Ses caractres biochimiques sont sans intrt dans la mesure o seule la production de toxine a valeur diagnostique.
6.1.4.4 Structure antignique et substances labores

Le seul antigne important de C.diphteriae est la toxine. Celle-ci est commune tous les bacilles diphtriques et donne donc naissance un seul type d'anticorps neutralisants. C'est une exotoxine scrte par C.diphteriae durant sa phase de croissance (figure 2). C'est une protine de 535 acides amins. Sa scrtion est gntiquement lie la lysognie par un prophage et se produit quand il y a une faible concentration en fer. Une partie de la protine se lie la protine rceptrice (Heparin binding epidermal growth factor ou HB-EGF) trs abondante dans les nerfs et le cur. L'autre partie se spare et pntre dans le cytoplasme de la cellule dont le fonctionnement est inhhib par ADP ribosylation. Sous l'action combine du formol (0,3 %) et de la chaleur (37C), la toxine est transforme en un produit stable, non toxique mais ayant gard ses proprits antigniques que l'on appelle anatoxine (cf. traitement prventif, section 6.1.6.2 page 58).

Le diagnostic bactriologique a pour but de confirmer l'impression clinique et a beaucoup d'importance pidmiologique. Mais il ne doit jamais faire retarder le traitement si le tableau clinique est trs vocateur de diphtrie. L'examen microscopique du prlvement de gorge et de la fausse membrane peut montrer des formes bacillaires granuleuses caractristiques. La culture sur srum de buf coagul permettra d'isoler en 18 heures des colonies suspectes dont il faudra montrer qu'elles sont productrices de toxine. L'inoculation au cobaye et l'immuno-diffusion en gel (test d'ELEK) sont les deux mthodes de choix pour rvler la production de toxine.
6.1.6 Traitement
Il repose principalement sur l'injection aussi prcoce que possible de srum antitoxique purifi (de cheval habituellement). Pour limiter les lsions cellulaires, on injecte habituellement par voie intramusculaire 20 000 100 000 units antitoxiques, une ampoule de 10 ml de srum antidiphtrique titre 100 000 units, aprs avoir vrifi (par une injection intradermique) que le sujet n'est pas hypersensible au srum animal. Mais les risques de la srothrapie d'origine animale sont tels (choc 57/122
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anaphylactique, maladie srique) que l'on a de plus en plus souvent recours au srum de sujets humains immuniss ou mieux la fraction gammaglobulinique de ces srums. Un traitement antibiotique complmentaire base de pnicilline ou d'rythromycine est entrepris pour arrter la production de toxine et liminer C.diphteriae. Le repos prolong au lit est ncessaire en raison des risques cardiaques. La vaccination est aussi ralise pour permettre un relais de la srothrapie.

C'est la vaccination obligatoire, par l'anatoxine purifie, durant la premire anne de la vie. Associe la vaccination antittanique et anticoquelucheuse (D.T. Coq.), elle consiste en trois injections sous-cutanes 1 mois d'intervalle avec rappel 1 et 5 ans plus tard. Elle est efficace 100 %. La diphtrie est devenue trs rare en Europe du fait de cette vaccination obligatoire. Cependant, une recrudescence formidable de la diphtrie s'est produite dans l'ex URSS partir de 1991 (moins de 1 000 cas par an en 1988-89 et plus de 20 000 cas en 1993-94 en Russie) par suite de la diminution de la couverture vaccinale. Cette recrudescence a t stoppe par un programme intensif de vaccination.
6.2 Listria monocytognes

Les bactries du genre Listeria sont des petits bacilles Gram positif, extrmits arrondies, asporuls, non acido-alcoolo-rsistant, mobiles 20-25C. Il existe 7 espces, mais seule l'espce L.monocytogenes joue un rle en pathologie humaine.
6.2.1 Habitat
Les Listeria sont des germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur les plantes et dans les eaux (saprophytes). Elles sont trs rsistantes au milieu extrieur (plusieurs annes + 4 C). Elles sont aussi des htes des tres vivants (portage intestinal asymptomatique de Listeria chez les animaux et l'homme). Ce sont enfin des bactries des aliments : Listeria est frquente dans les produits laitiers, lait cru ou fromage (croute). La pasteurisation correctement ralise dtruit les Listeria. On la trouve aussi dans les produits carns, dans les produits de la mer, dans les lgumes. C'est une bactrie psychrophile se dveloppant des tempratures > 4 C, ce qui pose des problmes pour la conservation prolonge des aliments. La listriose peut survenir par pidmies lies des lots d'aliments contamins (pidmie d'environ 300 cas dont 50 mortels en 1992 en France).
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6.2.2 Facteurs de virulence et physiopathologie

La survenue d'une infection L.monocytogenes dpend de plusieurs facteurs : virulence particulire de certaines souches, contamination par un inoculum massif, tat immunitaire de l'hte. Compte-tenu du mode de contamination alimentaire de l'homme, le site principal d'entre de la bactrie est l'intestin (entrocytes et plaques de Peyer). C'est une protine de surface de 80 kD qui dclenche l'adhsion et la pntration dans la cellule en induisant la phagocytose (internaline). Les bactries se multiplient dans le cytoplasme des macrophages et des cellules pithliales grce leur facteur de virulence, la listrolysine O (les mutants sans listrolysine ne sont pas pathognes) qui est active pH acide, dans le phagolysosome. La membrane du phagolysosome est lyse, ce qui permet la libration dans le cytoplasme cellulaire o Listeria se multiplie. Le mouvement intracellulaire et le passage de cellule cellule de L.monocytogenes requirent la polymrisation de l'actine qui est induite par une protine bactrienne de surface et une phospholipase. Par voie sanguine et lymphatique, les bactries atteignent le foie et la rate. Au niveau du foie, elles sont phagocytes par les cellules de Kuppfer et 90 % de l'inoculum est dtruit. Les bactries survivantes infectent les hpatocytes. La lyse des hpatocytes libre les bactries qui peuvent y tre phagocytes par les polynuclaires neutrophiles ou les macrophages. Certains macrophages permettent la multiplication de L.monocytogenes alors que d'autres sont listricides. La suite du processus infectieux dpend de l'tat immunitaire de l'hte : si toutes les bactries n'ont pas t dtruites, les survivants peuvent alors atteindre par voie sanguine le cerveau ou le placenta. La listeriose provoque une rponse immunitaire thymodpendante sans intervention des anticorps dans le processus de dfense.

6.2.3.1 Pouvoir pathogne naturel
L.monocytogenes est une bactrie opportuniste responsable par diffusion hmatogne de trois types d'infections chez l'homme : Listeriose de l'adulte et de l'enfant : mningites, mningo-encphalites, encphalites, septicmie. La grande majorit de ces infections se produisent chez des malades porteurs de tares viscrales (cirrhose, cancers, etc). La listriose de l'adulte atteint essentiellement les personnes ges et immunodprimes. Listriose de la femme enceinte : infection bnigne pour la femme, se traduisant souvent par une simple fivre mais grave pour le ftus, pouvant provoquer un avortement, la mort in utero ou l'accouchement prmatur. Listriose nonatale : septicmie, mningite secondaires la contamination dans les jours qui prcdent l'accouchement ou au moment de l'accouchement.

De nombreuses espces animales sont sensibles l'infection exprimentale (ex. : conjonctivite exprimentale du cobaye ou test d'ANTON). 59/122
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6.2.4 Caractres bactriologiques et antigniques

Petit bacille immobile 37C, mobile 22-25C, L.monocytogenes est arobie-anarobie facultatif. Il pousse bien sur milieux usuels des tempratures allant de +4 45C et des pH de 5,6 9,6. Sa culture et son identification au laboratoire sont faciles (hmolyse sur glose au sang, catalase positive, esculine positive). La prsence de 15 antignes somatiques et 5 antignes flagellaires permet d'individualiser 17 srotypes. La plupart des souches isoles en France appartiennent au srotype 4b et 1/2a. Ces srotypes peuvent tre diviss en lysotypes.

Il repose sur l'isolement et l'identification de la bactrie. L'intrt du diagnostic srologique par sro-agglutination (taux critique 1/320) est discut. Prlvements : sang, LCR, placenta, lsions diverses. Examen microscopique et techniques de culture habituels. Possibilit d'enrichissement des produits pathologiques polymicrobiens par la mthode de GRAY (culture +4C).
6.2.6 Traitement
Sensibilit de L.monocytogenes pnicilline G, amoxicilline et aminosides, mais rsistance aux cphalosporines et aux fluoroquinolones. Le traitement de base des infections L.monocytogenes repose sur l'association amoxicilline-gentamicine.
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Chapitre 7 Entrobactries et autres bacilles gram ngatif non exigeants

7.1 Les entrobactries
7.1.1 Caractres gnraux et classification des entrobactries
7.1.1.1 Dfinition des entrobactries
La famille des entrobactries se dfinit par les caractres suivants : bacilles Gram ngatif (2 4 microns de long sur 0,4 0,6 microns de large), mobiles avec ciliature pritriche ou immobiles, poussant sur milieux de culture ordinaires, arobies - anarobies facultatifs, fermentant le glucose avec ou sans production de gaz, rduisant les nitrates en nitrites, oxydase ngatif.
Les entrobactries sont une famille trs htrogne pour ce qui est de leur pathognie et de leur cologie. Les espces qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).
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7.1.1.2 Rpartition en genres

Au sein des entrobactries, on distingue de nombreux genres (Shigella, Escherichia, Enterobacter, Serratia, etc). La distinction entre les genres se fait par l'tude des caractres biochimiques dont les plus importants sont : fermentation du lactose, production d'indole, production d'urase, production d'acetone (raction dite VP+), utilisation du citrate, desamination du tryptophane.
7.1.1.3 Caractrisation des espces

Au sein de chaque genre, on individualise des espces, par l'tude des caractres biochimiques ou antigniques. Les entrobactries possdent toutes des antignes de paroi ( somatiques ) ou antignes O. Les entrobactries mobiles possdent en plus des antignes de flagelle ( flagellaires ) ou antignes H. Enfin, certains possdent un antigne d'enveloppe ou antigne K. a. Antigne O L'antigne O est l'endotoxine des bactries Gram ngatif. Il est compos de lipopolysaccharides (LPS) complexes, trs toxiques, capables de provoquer dans l'organisme humain fivre, leucopnie, bradycardie, hypotension et choc, coagulation intra-vasculaire dissmine et mort (la dose ltale pour la souris est de 200 mcg). L'antigne O est constitu d'une mosaque d'antignes dont certains sont des constituants communs toutes les entrobactries et germes apparents, et d'autres, des constituants spcifiques de chaque espce. On peut identifier ces antignes par plusieurs techniques dont la plus courante est l'agglutination sur lame avec des srums spcifiques : la prsence d'une agglutination indique qu'il y a correspondance entre le srum utilis et un antigne de la souche tudie. Au cours des infections systmiques entrobactries, il y a lyse bactrienne et libration d'antigne O. En raison de sa toxicit, celui-ci entrane un certain nombre d'effets physiopathologiques (cf. anatomie fonctionnelle). Etant antignique, il entrane aussi la formation d'anticorps spcifiques anti-O qui peuvent tre doss dans certains cas fournir un moyen indirect de faire le diagnostic de la maladie, comme par exemple le sro-diagnostic de WIDAL et FELIX dans le cas des fivres typhode et paratyphodes. Antigne H L'antigne H n'est pas toxique. De nature protique, il est constitu comme l'antigne O d'une mosaque d'antignes avec des constituants communs toutes les entrobactries mobiles et des constituants spcifiques chaque espce. On peut les mettre en vidence par agglutination sur lame avec des srums spcifiques. Au cours des infections systmiques entrobactries, il y a formation d'anticorps anti H. Ces anticorps qui ne sont pas neutralisants (c'est--dire qui n'ont pas d'effet protecteur) peuvent tre doss et permettre alors, avec les anticorps anti-O, de faire le sro-diagnostic des infections entrobactries. Antigne K L'antigne K qui entoure la paroi de certaines entrobactries peut masquer l'antigne O (ex. antigne Vi, pour virulence, de Salmonella typhi).
b.
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7.1.2 Salmonella
7.1.2.1 Dfinition et habitat
Les Salmonella sont des entrobactries dont les caractres essentiels sont de ne pas fermenter le lactose et de ne pas produire d'urase. Les Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifres (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des animaux sang froid (reptiles). Elles sont responsables, aprs pntration par voie orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des fivres typhode et paratyphodes (maladies dclaration obligatoire n 1), des gastro-entrites et des toxi-infections alimentaires collectives (maladies dclaration obligatoire n 12). Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion partir de l'eau (S.typhi surtout), des aliments (ex. produits laitiers, ufs, viande) ou d'animaux familiers porteurs (tortues).
7.1.2.2 Classification
Les travaux rcents de taxonomie, en particulier par hybridation de l'ADN, ont permis de conclure que le genre Salmonella ne comportait qu'une seule espce, Salmonella enterica. Cette espce comprend 7 sous-espces diffrencies par leurs biotypes. Les sous-espces sont subdivises en prs de 2 000 srovars sur la base de leurs antignes O, H et de capsule. Les srovars taient auparavant considrs comme des espces distinctes.

A. Les fivres typhode et paratyphodes a. Etiologie Les fivres typhode et paratyphodes sont provoques par quatre srovars de Salmonella, strictement humains, antigniquement distincts mais de pouvoir pathogne similaire : S.Typhi, S.Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces salmonella sont dites majeures en raison de la gravit de la pathologie qu'elles provoquent. Physio-pathologie Les Salmonella sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin (coquillages). La dose infectante serait de l'ordre de 105 bactries. Elles traversent sans la lser la paroi intestinale et gagnent les ganglions msentriques satellites o elles vont se multiplier. Une partie des Salmonella se lysent et librent leur endotoxine. Celle-ci provoque des signes cliniques (fivre, tuphos, bradycardie) et biologiques (leucopnie) et une irritation des plaques de PEYER qui peut entraner des hmorragies intestinales et des perforations. A partir des ganglions msentriques, par le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin (hmoculture positive), et dissminent dans tous les organes (reins, foie, vsicule biliaire) et sont excrtes en faible nombre et de manire intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement, l'organisme infect produit des anticorps contre les antignes bactriens (srodiagnostic positif), qui contribuent la gurison spontane de la maladie. Sans traitement, la mortalit est d'environ 20 %.
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Diagnostic biologique Il repose sur la mise en vidence de la Salmonella responsable (diagnostic direct) par hmoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la mise en vidence d'anticorps spcifiques par le srodiagnostic (diagnostic indirect). Mise en vidence de la Salmonella L'hmoculture est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fivre typhode. Comme il y a peu de Salmonella dans le courant sanguin, les hmocultures doivent tre rptes. En l'absence de traitement antibiotique elles sont positives : dans 90 % des cas durant la premire semaine de la maladie (1er septennaire) dans 75 % des cas durant la deuxime semaine de la maladie (2e septennaire) dans 40 % des cas durant la troisime semaine de la maladie (3e septennaire) dans 10 % des cas durant la quatrime semaine de la maladie (4e septennaire). La bactrie isole sera identifie comme Salmonella par ses caractres biochimiques. L'espce en cause sera ensuite prcise par ses caractres antigniques (voir tableau 1). Malgr la raret de la rsistance acquise aux antibiotiques chez ces espces un antibiogramme viendra complter l'examen (sensibilit au chloramphnicol, l'ampicilline, au cotrimoxazole, etc). La coproculture se fait sur milieu slectif, avant et aprs prculture sur milieux d'enrichissement. Etant donn le faible nombre de Salmonella excrtes dans les selles, cet examen doit tre rpt mais cependant reste souvent ngatif. La coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fivre typhode. En revanche, la fin du traitement, elle est un bon moyen de s'assurer que le malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella et donc qu'il ne constitue pas une source de contamination pour son entourage.
Srodiagnostic de la fivre typhode Le srodiagnostic de WIDAL et FELIX permet de dtecter la prsence dans le sang d'anticorps dirigs contre les constituants des Salmonella : Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur maximum vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu' la 4e semaine puis disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux plus lev que 1/200e 1/400e. Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement pour atteindre un maximum de 1/800e 1/1600e vers le 14e jour, restent en plateau jusqu' la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais l'inverse des anticorps anti O, ils ne disparaissent pas compltement. Ils persistent toute la vie un taux
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de l'ordre de 1/200e. L'interprtation des rsultats du srodiagnostic peut tre dlicate : Si un sujet atteint de fivre typhode reoit des antibiotiques trs prcocment, les anticorps anti-O peuvent ne pas apparatre et les anticorps anti-H n'atteindre qu'un taux faible. Parfois, ni les anticorps anti-O ni les anticorps anti-H n'apparaissent. Chez certains sujets atteints de fivre typhode vritable et qui n'ont pas t traits prcocement, les anticorps anti-O et anti-H peuvent ne pas apparatre. Des rcidives de fivre typhode peuvent s'observer mme chez des sujets porteurs de taux levs d'anticorps anti-O et anti-H (la prsence d'anticorps n'assure pas toujours l'immunit). La vaccination par le vaccin TAB (antityphode et antiparatyphode A et B) laisse persister des anticorps anti TH, AH et BH. Cette signature srologique ne doit pas en imposer pour un srodiagnostic positif. Au total, le srodiagnostic de WIDAL et FELIX n'est pas le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de la fivre typhode. d. Traitement Le traitement curatif repose sur l'antibiothrapie. Le chloramphnicol a t longtemps l'antibiotique de choix et a t remplac par les fluoroquinolones et le cotrimoxazole. Le traitement prventif repose surtout sur l'hygine gnrale (qualit de l'eau potable, entretien du rseau d'gout, stations d'puration, hygine alimentaire, etc) et sur la vaccination TAB (S. typhi, paratyphi A et B) des populations spcialement exposes (militaires, personnel hospitalier, etc). Un vaccin acellulaire spcifique de la fivre typhode (TYPHIM) est disponible depuis 1988. Il est constitu de l'antigne capsulaire purifi de S.typhi.
B.
Gastro-entrites Salmonella Les Salmonella dites mineures (Salmonella typhi murium, enteritidis, dublin etc), ubiquitaires, sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin (cas sporadiques) ou aprs contamination fcale-orale, souvent par les mains sales (pidmies de collectivits d'enfants). Il peut s'ensuivre des infections purement digestives, les gastro-entrites. Celles-ci se traduisent par de la diarrhe, des vomissements et de la fivre. Leur volution est en gnral bnigne. Certains sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube digestif et peuvent dans certaines circonstances (profession de l'alimentation) dissminer leur souche. Le diagnostic biologique des gastro-entrites repose sur l'isolement de la Salmonella par coproculture. Les hmocultures et le srodiagnostic sont ngatifs, la Salmonella restant purement digestive. Chez le nouveau-n, le jeune enfant, le sujet g, l'immuno-dprim (ex. SIDA), les Salmonella mineures sont susceptibles de franchir la barrire intestinale et de provoquer un syndrome septicmique de type typhodique avec hmocultures positives. Le traitement des gastroentrites Salmonella repose essentiellement sur la rhydratation. L'antibiothrapie per os (fluoroquinolones, cotrimoxazole) est indique dans les formes svres. Le traitement antibiotique des porteurs sains de Salmonella est dcevant. Le traitement prventif repose sur
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l'hygine gnrale : hygine alimentaire, hygine des collectivits. Toxi-infections alimentaires collectives Salmonella La consommation simultane par plusieurs personnes d'un aliment massivement contamin par des Salmonella mineures entrane un tableau de gastro-entrite, qui, simulant un vritable empoisonnement, est appel toxi-infection alimentaire collective (TIAC). La priode d'incubation est de 10 18 heures. Les troubles durent en gnral 2 5 jours. Les complications sont rares sauf chez les sujets faibles moyens de dfense (cf. gastro-entrites). L'aliment responsable est identifi par enqute pidmiologique (enqute cas-tmoin). Le diagnostic se fait par recherche de la Salmonella dans les selles des malades et dans l'aliment incrimin (s'il est encore accessible). Le traitement est le mme que celui des gastro-entrites. La prvention repose essentiellement sur l'hygine des cuisines collectives (dtection des porteurs sains, techniques de prparation, techniques de conservation : chane du chaud ou chane du froid , etc...).
7.1.3 Shigella
7.1.3.1 Dfinition
Les shigella sont des entrobactries immobiles extrment proches de Escherichia coli mais qui ne fermentent pas le lactose. Elles nont pas durase et ne produisent pas de gaz. Elles sont parasites de lhomme et entrainent une colite infectieuse endmo-pidmique, la dysenterie bacillaire (shigellose).
7.1.3.2 Le pouvoir pathogne

1. Physio-pathologie Aprs pntration par voie orale (la dose infectante serait de l'ordre de 102 bactries) les Shigella envahissent la muqueuse de la partie terminale de l'ilon et du gros intestin. Elles y forment des micro-abcs qui donnent naissance des ulcrations superficielles qui saignent et se recouvrent d'une pseudo-membrane faite de mucus, de dbris cellulaires, de leucocytes et de Shigella. La virulence est lie la prsence de grands plasmides (120 140 MDa) codant pour des protines ncessaires la phagocytose par les cellules M des plaques de Peyer et la multiplication intracellulaire, et au passage de cellule cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine activit entrotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome hmolytique urmique (SHU). Clinique Les sujets atteints de shigellose se plaignent de douleurs intestinales paroxystiques (coliques), de diarrhe et de fivre. Les selles sont liquides et contiennent du mucus, du pus et du sang.
2.
7.1.3.3 Etude bactriologique

Les Shigella sont immobiles. Elles sont classes en 4 espces elles-mmes diviss en srotypes se-
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lon leurs caractres antigniques. Groupe A : S.dysenteriae Il en existe 10 srotypes diffrents, dont le type 1 s'appelle le bacille de Shiga. Celui-ci produit aussi une exotoxine protique qui provoque des troubles paralytiques chez les sujets atteints. Groupe B : S.flexneri Il en existe 6 srotypes qui sont responsables de 20 % des shigelloses observes en France. Groupe C : S. boydii Il en existe 15 srotypes qui sont trs rpandus en Afrique mais ne se rencontrent pas en France sauf s'il s'agit de cas imports. Groupe D : S.sonnei Il existe un seul type, responsable de 80 % des shigelloses observes en France.
7.1.3.4 Diagnostic bactriologique

Dans les infections Shigella il est trs rare qu'il y ait passage de bactries dans le sang ; les hmocultures sont donc le plus souvent ngatives et le diagnostic repose sur l'isolement de Shigella par coproculture. L'examen macroscopique et microscopique des selles fournit souvent des lments de prsomption : prsence de mucus, de sang et de pus. La coproculture se fait selon des techniques et sur des milieux slectifs identiques ceux qui sont employs pour la recherche des Salmonella. L'identification de la Shigella est complte par un antibiogramme en raison de la frquence de la rsistance acquise aux antibiotiques chez ces bactries (les plasmides de rsistance aux antibiotiques ont t dcouverts chez les Shigella).
7.1.3.5 Traitement
1. 2. Traitement curatif Il repose sur l'administration d'antibiotiques (ampicilline, cotrimoxazole, fluoroquinolones) et, si besoin, sur la rhydratation. Traitement prventif C'est le plus important. La dysenterie bacillaire est par excellence une maladie de transmission fcale-orale : mains ( maladie des mains sales ), aliments, eau. Ce sont les mesures d'hygine publique qui sont les plus importantes : contrle de l'eau potable, des aliments ; entretien des rseaux d'gouts ; isolement des malades et dsinfection des excreta ; dtection des porteurs sains, en particulier chez les professionnels de l'alimentation. Il n' y a pas encore de vaccin disponible.
7.1.4 Yersinia
Dfinition : entrobactries immobiles, cultivant lentement, produisant une urase trs active (base de l'identification) mais pas de tryptophane dsaminase, la diffrence des Proteus qui sont aussi urase +.
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7.1.4.1 Yersinia pestis

A. Habitat Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent de la peste animale et humaine. Le rservoir est constitu par les rongeurs sauvages (peste sauvage ou silvatique, endmique). Chez les rats domestiques, la maladie occasionne des pizooties massives qui sont l'origine des pidmies humaines. L'agent vecteur est la puce du rat qui contamine animaux et hommes par piqre. Il peut exister une transmission interhumaine par la puce de l'homme, ou par voie arienne en cas de forme pulmonaire. Pouvoir pathogne naturel Physiopathologie Le bacille se multiplie au point d'inoculation (vsico-pustule), se propage par voie lymphatique et se multiplie dans le ganglion lymphatique satellite (adnopathie suppure : le bubon). L'volution peut se faire vers la septicmie. La forme septicmique peut tre l'origine d'une localisation pulmonaire secondaire qui son tour, par transmission arienne, peut tre l'origine de cas de peste pulmonaire primitive. Le bacille se multiplie dans les macrophages. Maladie La peste bubonique se prsente comme l'association d'un syndrome infectieux svre, d'un syndrome toxique (endotoxine) et du bubon douloureux, dur, de la taille d'une noisette. La peste pulmonaire qui se prsente comme l'association d'un syndrome infectieux svre et de signes respiratoires trs intenses (dyspne, cyanose) est rapidement mortelle. Diagnostic En cas d'pidmie, le diagnostic est essentiellement clinique. En priode d'endmie, le diagnostic repose sur la mise en vidence du bacille par culture du produit de ponction du bubon et par hmoculture. Traitement Prventif Lutte contre les rats, sulfamidoprophylaxie collective en cas de risque pidmique. Curatif Antibiothrapie par streptomycine, ttracycline, chloramphnicol.
B.
C.
D.
7.1.4.2 Yersinia entrocolitica et pseudotuberculosis

A. Habitat Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, trouves chez l'animal (maladie des rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux), sont surtout les agents d'infections animales et rarement d'infections humaines. Pouvoir pathogne naturel Physiopathologie Le bacille pntre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions msentriques. Chez le sujet fragilis, l'volution peut se faire vers la septicmie. Maladie La forme la plus habituelle est l'adnite msentrique Y.pseudotuberculosis du sujet jeune symptomatologie pseudo-appendiculaire. A l'intervention, l'appendice est normal mais on trouve un ou plusieurs ganglions congestifs. L'entrocolite Y.enterocolitica est plus
B.
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particulire : elle est dbut brutal et associe diarrhe intense, vomissements, douleurs abdominales et fivre. Diagnostic Il repose sur la mise en vidence du bacille dans les ganglions msentriques ou les selles en cas de diarrhe. Il existe un srodiagnostic par agglutination. Traitement La streptomycine semble l'antibiotique de choix, avec la ttracycline et le chloramphnicol.
7.1.5 Escherichia coli

7.1.5.1 Dfinition
Escherichia coli (colibacille) est une entrobactrie mobile capable de fermenter le lactose et de produire de l'indole.
7.1.5.2 Habitat
E.coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. Il reprsente lui seul la plus grande partie de la flore bactrienne arobie de l'intestin (espce arobie dominante) raison de 108 par gramme de fcs (flore totale : 1011 1012 bactries par gramme).
7.1.5.3 Pouvoir pathogne

1. Les colibacilles, htes normaux de l'intestin, ne provoquent normalement pas de maladie. Cependant ils possdent un potentiel pathogne qu'ils expriment dans certaines circonstances (pathognes opportunistes) : par pntration par voie urtrale ascendante (contiguit) dans l'arbre urinaire, l'origine de cystite (infection limite la vessie, sans fivre) et de pylonphrite (infection du rein avec fivre et bactrimie). La pntration des colibacilles dans l'arbre urinaire est favorise chez la femme par la brivet de l'urtre. Leur persistance est favorise par (1) la prsence de pili ou fimbriae (adhsine) la surface des bactries pour lesquels il existe des rcepteurs la surface des cellules pithliales urinaires et (2) toute anomalie fonctionnelle de l'arbre urinaire (stase, obstacle, reflux...). E.coli est responsable des trois-quarts des infections urinaires spontanes en pratique de ville. par essaimage point de dpart digestif : cholcystite suppure, pritonite, septicmie.
2.
Certaines souches de colibacilles ont un pouvoir entropathogne intrinsque par acquisition de gnes de pathognicit : a. Par scrtion d'entrotoxine (ETEC), ils peuvent provoquer des diarrhes aigus, cholera-like . La scrtion d'entrotoxine est code par un plasmide. La toxine est le 69/122
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b.
c.
d.
plus souvent une toxine thermolabile ou LT (trs voisine de celle du vibrion cholrique), mais parfois thermostable ou ST. LT entrane la cascade d'vnements suivants, (a) l'activation de l'adnylcyclase, (b) l'augmentation de l'AMP-cyclique, (c) l'activation de kinases AMP-cyclique dpendantes, (d) la phosphorylation de protines membranaires, et enfin (e) une hyperscrtion intestinale d'eau et de chlorures, un hyperpristaltisme intestinal et une diarrhe explosive, qui durent de 1 3 jours. Les plasmides en cause portent ausi des gnes responsables de la production de pili ou fimbriae (adhsines) qui permettent l'attachement des E.coli la muqueuse intestinale. Les ETEC sont une des causes les plus frquentes des diarrhes de l'enfant dans les pays en voie de dveloppement et des voyageurs arrivant dans les zones endmiques ( diarrhe de Mexico ). La moiti des cas de diarrhe du voyageur sont causs par des ETEC. Par fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure en brosse des villosits intestinales et production de cytotoxines (EHEC), les EHEC provoquent une diarrhe aigu, acqueuse, puis hmorragique ( all blood, no stool ), sans pus ni fivre. Le srotype 0157 : H7 est le plus frquent. Les EHEC produisent de puissantes cytotoxines, dites vrotoxines et appeles SLT car elles ressemblent la toxine de S.dysenteriae. Elles sont produites sous le contrle de bactriophages en situation chromosomique (intgrs) convertisseurs. Les SLT dissminent par voie sanguine et inhibent la syhthse protique par hydrolyse de l'ARN ribosomal. Les EHEC hbergent un plasmide codant pour une adhsine. Les EHEC se propagent sous forme pidmique partir d'aliments contamins ( maladie du hamburger ) et provoquent jusqu' plusieurs centaines ou milliers de cas la fois. Ils peuvent aussi provoquer une complication redoutable : le syndrome hmolytique et urmique (SHU), dans 5 10 % des cas. Par invasion de la muqueuse colique, certains colibacilles (EIEC) provoquent des diarrhes aigus, dysenterie-like , avec prsence de mucus, sang et leucocytes dans les selles. Ces E.coli ont t isols dans quelques cas sporadiques de diarrhe aigu. La virulence des EIEC est lie la prsence d'un plasmide trs proche de celui connu chez Shigella (cf. Shigella, section 7.1.3 page 66). Enfin, certaines souches d'E.coli sont associes des diarrhes et sont clairement entropathognes (EPEC) grce des proprits d'adhsion particulires. Elles ne sont ni secrtrices d'entrotoxine, ni entro-invasives. Elles forment des pili, cods par des plasmides, qui forment des faisceaux ( bundle ) qui se fixent sur les villosits des entrocytes. Les villosits sont progressivement dtruites ( attachement-effacement ). Le cytosquelette des entrocytes est altr et il se produit trs rapidement une fuite hydrique dont le mcanisme biochimique n'est pas compltement lucid.

1. Dans les infections urinaires, le diagnostic bactriologique repose sur la mise en vidence l'examen microscopique d'une raction cellulaire de dfense contre l'infection (prsence de polynuclaires) et en culture d'un nombre lev d'E.coli. Une concentration de 103-104/ml est suffisante pour tablir le diagnostic d'infection urinaire basse symptomatique E.coli (il en est de mme pour les autres entrobactries possiblement responsables comme Proteus mirabilis, Klebsiella) en cas de symptomes vocateurs, alors qu'une concentration =105/ml
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2. 3.
permet d'tablir le diagnostic d'infection asymptomatique. Lors d'une pylonphrite des concentrations trs leves (106/ml) sont trouves. Aucun srotype n'est plus particulirement en cause. Dans les infections locales autres qu'urinaires (pritonites...), le diagnostic est fait selon les procds habituels : prlvements aseptiques, examen microscopique la recherche d'une raction inflammatoire et de bacilles Gram ngatif, culture, identification et antibiogramme. Dans les diarrhes aigus, la difficult est d'individualiser les E.coli entropathognes au sein des E.coli commensaux qui provoquent jusqu' plusieurs centaines ou milliers de cas la fois, et peuvent provoquer une complication redoutable : le syndrome hmolytique et urmique (SHU), dans 5 10 % des cas. A l'heure actuelle l'entrotoxine ne peut tre mise en vidence par des mthodes de routine. L'avenir est sans doute aux sondes d'ADN permettant par hybridation de rechercher soit chez les bactries isoles des selles, soit dans les selles elles-mmes, la prsence de gnes codant pour les toxines ou de gnes d'invasivit. L'adhrence se met en vidence par incubation sur culture cellulaire (impraticable en routine). Les srotypes d'E.coli des G.E.I. (EPEC) se mettent en vidence par agglutination sur lame avec des anticorps de collection. Le srotype 0157-H7 (EHEC) se met en vidence par son caractre sorbitol - (milieu spcifique).
4.
Les colibacilles tant excrts en quantit abondante dans les matires fcales, leur prsence dans l'eau ou les aliments est le tmoin d'une contamination fcale (indicateur) et du risque que ceux-ci puissent galement contenir des bactries (salmonella, shigella, vibrions cholriques) ou des virus (poliomylite, hpatite) pathognes d'origine fcale. C'est pourquoi la numration des colibacilles fait partie de toute analyse de bactriologie alimentaire.
7.1.5.5 Traitement
1. Traitement curatif Celui des infections urinaires et biliaires repose sur l'antibiothrapie et la correction des facteurs favorisants (anatomiques, calculs...). Le traitement curatif des diarrhes aigus colibacilles repose surtout sur la rhydratation. Le traitement des infections pritonales repose sur le drainage et l'antibiothrapie. Traitement prventif Le traitement prventif fait surtout appel aux mesures d'hygine gnrale notamment alimentaire et aux mesures d'hygine individuelle.
2.
7.1.6 Autres entrobactries commensales

7.1.6.1 Proteus mirabilis
Ce sont des bactries trs mobiles (pouvant envahir les milieux de culture) qui se distinguent faci71/122
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lement des autres entrobactries par leurs caratres biochimiques (urase +, tryptophane dsaminase +) et leur rsistance naturelle la colistine. C'est un commensal du tube digestif. Proteus mirabilis vient au second rang, aprs E.coli, dans l'tiologie des infections urinaires de ville (10 % des cas). C'est une espce bactrienne habituellement sensible aux antibiotiques.
7.1.6.2 Klebsiella
Ce sont des entrobactries qui ont un mtabolisme fermentaire particulier, c'est--dire qui produisent de l'actone (elles sont dites V.P+, c'est--dire raction de Voges-Proskauer positive). Espce commensales des voies ariennes suprieures et du tube digestif, Klebsiella provoque des infections urinaires (5 % des infections en ville) et des surinfections des bronches chez les bronchitiques chroniques, voire des abcs du poumon. Klebsiella est naturellement rsistante l'ampicilline par production de pnicillinase chromosomique.
7.1.7 Entrobactries saprophytes

Les autres entrobactries sont des bactries occasionnelles et transitoires du tube digestif, mais sont surtout des bactries saprophytes (environnement). Dnues de pouvoir pathogne propre, elles jouent surtout le rle de bactries opportunistes lors d'infections nosocomiales (urologie, ranimation). Ce sont essentiellement Enterobacter et Serratia (qui comme les Klebsiella sont VP +), Citrobacter freundii, Morganella morganii, Providencia. Toutes ces espces sont naturellement rsistantes l'ampicilline et aux cphalosporines de 1re gnration par production de cphalosporinase chromosomique inductible.
7.2 Les autres bacilles gram ngatif aerobies non exigeants

7.2.1 Les bacilles gram ngatif des genres pseudomonas et acinetobacter
Bacilles Gram ngatif des genres Pseudomonas et Acinetobacter ont beaucoup de points communs avec les entrobactries. Ces espces jouent un rle important dans les infections nosocomiales et sont volontiers multirsistantes aux antibiotiques (rsistance naturelle et acquise), ce qui en rend le traitement difficile.
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7.2.1.1 Pseudomonas
Les Pseudomonas sont arobies stricts, oxydase positif, mobiles, produisant souvent des pigments diffusibles et naturellement rsistants de trs nombreux antibiotiques. Saprophytes, on les trouve essentiellement dans l'eau. Ils peuvent contaminer des soluts pour perfusion, des solutions antiseptiques, des prparations mdicamenteuses liquides. L'espce principale, Pseudomonas aeruginosa (ou bacille pyocyanique), a les caractres suivants : protolytique, production de deux pigments : la pyocyanine (pigment bleu), qui est spcifique de Pseudomonas aeruginosa, et la pyoverdine ou fluorescine qui est prsente chez d'autres Pseudomonas. production d'une exotoxine ncrosante par certaines souches.
Pseudomonas aeruginosa exprime son potentiel pathogne lorsqu'il est introduit dans des zones aux dfenses immunitaires diminues. Opportuniste majeur, il est ainsi responsable : des suppurations pus bleu des blessures et des brlures, d'infections locales iatrognes aprs manuvre instrumentale : urinaires aprs cathtrisme, broncho-pulmonaires chez des sujets sous respirateurs, oculaires sur lentille de contact, de septicmies chez les brls, les granulopniques (aplasies toxiques ou thrapeutiques), de surinfection des bronches dans la mucoviscidose, grce la production d'lastase.
7.2.1.2 Acinetobacter
Les Acinetobacter sont des bacilles immobiles, souvent groups en diplobacilles courts, arobies stricts, oxydase ngatif, habituellement saprophytes. Ils jouent un rle d'opportuniste mineur en milieu hospitalier.
7.2.2 Vibrio cholerae

7.2.2.1 Definition
Les vibrions sont des bacilles Gram ngatif, incurvs, arobies-anarobies facultatifs, mobiles par un seul cil polaire. Vibrio cholerae, responsable du cholra, a t dcouvert en 1854 par PACINI Florence et cultiv en 1883 par R. KOCH au Caire.
7.2.2.2 Habitat
Vibrio cholrae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il survit dans les eaux pollues ainsi que sur les objets contamins.
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Physiopathologie : aprs ingestion (dose infectante importante de l'ordre de 108 bactries), Vibrio cholerae se multiplie dans l'intestin grle sans traverser la paroi intestinale. Il libre une exotoxine thermolabile protique (entrotoxine) dont l'action dj dcrite chez E.coli (ETEC) entrane une hyperscrtion d'eau et de chlorures dans la lumire intestinale et inhibe la rabsorption du sodium. Maladie : aprs une incubation de 1 4 jours, le dbut est brutal et marqu par des nauses, des vomissements, une diarrhe profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent de l'eau de riz et contiennent du mucus, des cellules pithliales et beaucoup de vibrions. Les pertes en eau (plusieurs litres d'eau par jour) et en lectrolytes entranent dshydratation, collapsus circulatoire et anurie. En l'absence de traitement, la mort survient en 2 5 jours dans 50 % des cas environ. Le cholra volue souvent sous une forme mineure (simple entrite) et il y a de nombreux porteurs sains de vibrions cholriques en zone endmique.
7.2.2.4 Bactriologie
Microscopie Btonnet en virgule (Vibrio comma de Robert KOCH), fin et trs mobile, Gram ngatif. Culture Se fait sur milieux usuels, elle peut mme s'effectuer sur milieux alcalins (pH 8,5 9,2) et hypersals 30 % de NaCl. Cette proprit est mise profit pour la prparation de milieux slectifs et d'enrichissement (repiquages successifs). Les colonies sont rondes, bleutes, transparentes. Biochimie Vibrio cholerae est arobie-anarobie facultatif, oxydase positive, nitrate positif et indole positif. Structure antignique Vibrio cholerae possde un antigne de paroi de nature lipopolysaccharidique (endotoxine). Au sein de l'espce Vibrio cholerae, on distingue trois srotypes distincts dits INABA, OGAWA et HIKOJIMA, ce qui aide au typage pidmiologique des souches. L'antigne flagellaire H est commun tous les vibrions (vibrions cholriques et vibrions non cholriques). Toxines et enzymes L'entrotoxine majeure, appele cholragne (CT), n'existe que sous un seul type antignique. Elle donne naissance des anticorps dont le rle protecteur n'est pas clairement tabli. CT est active des doses trs faibles, < 1 g sur l'anse ligature de lapin. CT est une holoprotine de 84 kDa (units A1 et A2 + 5 units B). CT agit comme la toxine LT de E.coli. V.cholerae produit aussi une entrotoxine mineure. La ou les mucinases produites par V.cholerae semblent digrer le revtement de mucus intestinal et assurer le contact de la bactrie avec les cellules de la muqueuse.
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7.2.2.5 Diagnostic microbiologique

En zone d'endmie (Inde, Sud-Est Asiatique) ou au cours des pidmies, le diagnostic du cholra ne pose pas de problme (clinique). Toutefois les cas sporadiques ou mineurs sont facilement confondus avec les autres maladies diarrhiques. La coproculture sur milieux slectifs pH 8,5 permet habituellement l'isolement de colonies suspectes qui sont identifies par l'aspect microscopique des bacilles, l'oxydase positive et l'agglutination sur lame avec les srums spcifiques.
7.2.2.6 Traitement
Traitement curatif La rhydratation et le remplacemnt des lectrolytes constituent lessentiel du traitement.Celui-ci est d'autant plus efficace qu'il est plus prcoce. L'administration orale de cyclines raccourcit la priode d'excrtion des vibrions et diminue la diarrhe. Traitement prventif La prophylaxie repose surtout sur l'hygine gnrale : adduction d'eau potable, rseau d'gouts, etc
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Chapitre 8 Les bacilles a gram positif sporules

8.1 Bacilles aerobies sporules
Les bactries du genre Bacillus sont des grands bacilles Gram positif, groups en chanettes. La plupart sont des saprophytes du sol, de l'eau, de l'air et des plantes, comme Bacillus cereus et Bacillus subtilis. Certains sont pathognes pour les insectes. Bacillus cereus peut se multiplier dans les aliments et y produire une entrotoxine qui provoque des diarrhes par un mcanisme similaire celui de l'entrotoxine d'E.coli. Mais ces bactries ne produisent que rarement une infection chez l'homme. Bacillus anthracis (Bactridie charbonneuse de PASTEUR) est le seul pathogne du genre Bacillus.
8.1.1 Bacillus anthracis

8.1.1.1 Pouvoir pathogne naturel de B.anthracis
Le charbon est surtout une maladie des moutons, des bovids, et des chevaux. L'homme n'est que rarement atteint. L'infection est habituellement conscutive la pntration de spores par des blessures de la peau et des muqueuses, plus rarement par inhalation. Chez l'animal, la porte d'entre est la bouche et le tube digestif. La pntration des spores est facilite par l'absorption de vgtaux pineux ou irritants. Chez l'homme, la pntration cutane est facilite par les gratignures. Les spores germent au point d'inoculation. La multiplication des bacilles entrane ensuite une inflammation locale avec dme. Par voie lymphatique, les bacilles gagnent la grande circulation. Leur multiplication dans le sang et les tissus entrane rapidement la mort de l'animal. Chez l'homme, la multiplication du bacille du charbon au niveau de la porte d'entre cutane conduit la formation de la pustule maligne : une papule apparat en 12 36 h, puis une vsicule, ensuite une pustule et finalement une ulcration ncrotique noirtre partir de laquelle l'infection peut essaimer et entraner une septicmie. L'inhalation de spores provenant de poussires de laine, peaux et poils entrane une pneumonie 77/122
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d'volution rapidement fatale.
8.1.1.2 Bactriologie
1. Morphologie Bacillus anthracis est un gros bacille Gram positif de 1 3 4 , extrmits carres, group en longues chanettes. Il est immobile et entour d'une capsule. Sa spore est centrale et non dformante (figure 1). Culture Facile sur les milieux usuels. Sur glose au sang, les colonies sont aplaties, bords irrguliers, surface rugueuse, et habituellement non hmolytiques. L'tude de la fermentation des sucres n'est pas utile. En revanche, l'tude de l'activit protolytique est importante : B.anthracis liqufie la glatine. Structure antignique La capsule de B.anthracis est un polypeptide compos d'acide D-glutamique. C'est un haptne. La paroi contient une protine et un polysaccharide, tous deux antigniques. La toxine charbonneuse, de nature protique, induit la formation d'anticorps neutralisants qui jouent un rle important dans l'immunit anticharbonneuse. Pouvoir pathogne exprimental L'injection sous-cutane d'une culture de B.anthracis entraine la formation d'un dme local typique et tue la souris et le cobaye en deux trois jours.
2. 3. 4.
5.
8.1.1.3 Diagnostic
Il est fait dans un contexte de contact avec un animal malade ou mort, ou professionnel (cf. section 8.1.1.4 page 78). 1. Prlvements Srosit ou pus de la lsion locale, mais aussi sang et ventuellement crachats si signes d'infection pulmonaire. Les prlvements post mortem sont possibles car B.anthracis provoque une hypocoagulabilit du sang. Examen microscopique Il montre des gros bacilles immobiles, Gram positif, extrmits carres, trs vocateurs. Culture sur glose au sang et inoculation l'animal Elles permettent d'affirmer le diagnostic.
2. 3.
8.1.1.4 Traitement
1. Curatif De nombreux antibiotiques, notamment la pnicilline et les cyclines, sont actifs sur B.anthracis mais le traitement doit tre commenc prcocement. Le pronostic des pneumonies par inhalation de spores reste trs mauvais. Prventif Les carcasses d'animaux morts du charbon contaminent le sol. Les spores peuvent rester via-
2.
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bles pendant des dcennies. Les animaux qui pturent dans les zones infestes de spores, dits champs maudits , s'infectent et perptuent la chane d'infection. Le contact avec les animaux infects, leurs peaux, leurs poils et leurs soies est la source d'infection pour l'homme. Le charbon est une maladie professionnelle chez les travailleurs de la fourrure, de la laine, des peaux et des cuirs. C'est pourquoi il faut (1) brler les carcasses d'animaux ou les enterrer profondment dans la chaux vive, (2) dcontaminer par l'autoclave les produits contamins, (3) manipuler les produits animaux potentiellement infects avec des gants et des blouses de protection, (4) vacciner ventuellement les animaux et les personnes exposes. La vaccination contre le charbon a t mise au point par Louis PASTEUR en 1881 : des cultures de B.anthracis en bouillon places l'tuve entre 42 et 52C perdent progressivement leur virulence. Lorsqu'on les injecte l'animal, elles peuvent immuniser l'animal. Malheureusement, l'efficacit de la vaccination est variable et souvent la protection n'est ni complte ni de longue dure, malgr la fameuse dmonstration de Pasteur Pouilly-le-Fort en 1881 qui a assur la rputation de Pasteur !
8.2 Bacilles anarobies sporules

Les bacilles anarobies sporuls appartiennent tous au genre Clostriduim. La plupart dentre eux dcomposent les protines ou produisent des toxines , et certaines font les deux. Leur habitat naturel est le sol ou le tube digestif des animaux et de lhomme. La plupart des espces sont des saprophytes. Parmi les pathognes, les principaux sont les clostridia botulisme, du ttanos et de la gangrne gazeuse.
8.2.1 Caractres gnraux des bactries du genre clostridium

Toutes les bactries du genre Clostridium sont de gros bacilles Gram positif qui peuvent donner des spores plus larges que le diamtre des bacilles. La plupart des espces sont mobiles et possdent des flagelles pritriches. Les bactries du genre Clostridium ne poussent qu'en anarobiose, soit sur botes de Petri places dans des enceintes anarobies (jarres anarobies), soit dans des bouillons contenant des agents rducteurs. Dans ce dernier cas, la culture ne se fait qu'en profondeur. Sur glose au sang, place en anarobiose, certaines espces donnent de grandes, d'autres de petites colonies. La plupart des colonies sont hmolytiques. La caractristique principale des bacilles anarobies est non seulement leur incapacit utiliser l'oxygne comme accepteur final d'hydrogne mais encore leur incapacit se multiplier en prsence d'oxygne. Plusieurs hypothses ont t avances pour expliquer ce phnomne : les bacilles anarobies n'ayant pas de catalase, le peroxyde d'hydrogne, qui est toxique, s'accumule dans leur cytoplasme en prsence d'oxygne ; ou encore, n'ayant pas de superoxyde dismutase, le superoxyde s'accumule et devient toxique. On a suggr aussi que les ractions mtaboliques ne pouvaient avoir lieu qu' un potentiel d'oxydo-rduction ngatif.
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8.2.2 Clostridium botulinum

Clostridium botulinum est l'agent du botulisme.
8.2.2.1 Habitat
Clostridium botulinum est une bactrie tellurique que l'on peut trouver occasionnellement dans l'intestin des animaux. Ses spores peuvent contaminer les lgumes, les fruits et d'autres produits. Actuellement, le principal danger rside dans les conserves familiales, notamment deharicots verts, petits pois, les poissons fums, les poissons frais gards sous vide et le jambon cru. Entre 1971 et 1978 (J.O.), 567 cas de botulisme ont t dclars en France dont 15 mortels. On considre qu'il y a en moyenne 20 50 cas dclars par an.

C.botulinum ne provoque pas habituellement d'infection chez l'homme bien qu'il ait t exceptionnement impliqu dans l'infection de plaies et apparition ultrieure de botulisme. Le botulisme est une intoxication qui rsulte de l'ingestion d'aliments contamins par des spores de C.botulinum qui ont germ et ont produit de la toxine. L'ingestion des aliments entrane l'ingestion d'une quantit plus ou moins importante de toxine. L'incubation de la maladie est courte, 18 96 heures, et d'autant plus courte que la quantit de toxine absorbe est plus importante. Les signes cliniques sont essentiellement neurologiques : ce sont des paralysies flasques bilatrales et symtriques : de l'accomodation (constantes) et des muscles extrinsques de l'il, des muscles bucco-pharyngs, entranant une dysphagie, une paralysie de la dglutition et des difficults d'locution. Les troubles digestifs - nauses, vomissements, constipation - sont frquents mais pas au premier plan. Selon la quantit de toxine ingre, il y a des formes frustres et des formes mortelles. Dans ces dernires, les signes de paralysie bulbaire sont progressifs, le malade restant parfaitement conscient, et la mort survient par paralysie respiratoire et arrt cardiaque. Dans les formes non mortelles, l'volution dure en gnral 4 semaines, la rgression des signes paralytiques se faisant dans l'ordre inverse de leur apparition et ne laissant pas de squelles. Les malades qui gurissent n'ont pas d'anticorps sriques anti-toxine botulinique (maladie non immunisante).
8.2.2.3 Caractres bactriologiques

Bacille mobile, jamais isol chez l'homme (il s'agit d'une intoxication), parfois dans l'aliment. Il est trs protolytique et trs glucidolytique. La spore a une thermo-rsistance leve. Elle rsiste 3 5 heures au chauffage 100C et il
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faut chauffer au moins 15 minutes 120C pour la dtruire (ce qui est fondamental dans l'industrie des conserves alimentaires).
8.2.2.4 La toxine botulinique

Il y a 6 varits antigniquement distinctes de toxines : A, B, C, D, E et F. Les varits A, B et E sont les plus couramment associes la maladie humaine. On devrait dire les toxines botuliniques et non pas la toxine botulinique. Les toxines botuliniques sont parmi les substances les plus toxiques connues : 1 mg contient plus de 20 millions de doses minima mortelles (D.M.M.) pour la souris. Ce sont des neurotoxines qui agissent en inhibant la synthse ou la libration d'actyl-choline au niveau des synapses et des plaques neuro-musculaires, d'o la paralysie flasque. Les toxines botuliniques sont de nature protique. Elles sont antigniques, peuvent tre transformes en anatoxines et tre neutralises par des immunsrums (anti-toxines). Elles sont dtruites par un chauffage de 10 minutes 100C. La toxine botulinique est synthtise par la bactrie au cours de sa croissance sous forme inactive. Lors de la mort bactrienne, elle subit une protolyse qui la met sous forme active.
8.2.2.5 Diagnostic
Le diagnostic clinique repose sur les troubles paralytiques (vision) et la notion de contamination (parfois collective) aprs consommation d'un mme aliment. Le diagnostic biologique repose sur la recherche de la toxine dans l'aliment incrimin (mthode des souris protges avec des immuno-srums spcifiques) et dans le srum des malades. Cette recherche se fait dans des laboratoires spcialiss.
8.2.2.6 Traitement
Curatif Puis que la varit de toxine botulinique responsable n'est habituellement pas connue, du srum bivalent (A + B) ou trivalent (A + B + E) est administr par voie intraveineuse. Le traitement est complte par l'administration sous-cutane d'anatoxine botulinique. Du chlorhydrate de guanidine (anti-cholinestrasique) est souvent utilis comme adjuvant au traitement. Une assistance respiratoire artificielle peut tre ncessaire dans les cas graves. Prventif Il repose surtout sur les mesures lgales concernant la prparation industrielle des conserves alimentaires et l'abattage des animaux ainsi que sur les prcautions prendre pour la prparation familiale des conserves. Toutes les conserves suspectes doivent tre jetes sinon chauffes 100C pendant au moins 10 minutes avant d'tre consommes.
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8.2.3 Clostridium ttani

Clostridium tetani est l'agent du ttanos.
8.2.3.1 Habitat
Clostridium tetani, dcouvert en 1885 par NICOLAIER, se retrouve partout dans le sol o il survit sous sa forme sporule. Commensal du tube digestif de plusieurs espces animales (cheval, bovins, ovins), il est limin par les selles et sporule sur le sol. Il est particulirement abondant dans les zones de pacage des animaux et l'emplacement des anciennes curies.

Clostridium tetani n'est pas un germe invasif. L'infection reste strictement limite dans les tissus dvitaliss (blessure, brlure, cordon ombilical ligatur, suture chirurgicale) o les spores ont t introduites. Le volume de tissu infect est petit, et la maladie est presque uniquement une toxmie. La germination de la spore et la multiplication des formes vgtatives qui vont produire la toxine ttanique ncessitent : des tissus ncross, c'est--dire l'anarobiose, prsence d'un corps tranger, la prsence de bactries pyognes qui doivent vraisemblablement aider maintenir un potentiel d'oxydorduction bas.
L'incubation dure de 4-5 jours plusieurs semaines. La toxine forme pntre dans l'axone et gagne le systme nerveux central par voie rtrograde en suivant le tissu prineural ou bien par voie lymphatique ou sanguine. Elle se fixe sur les gangliosides de la moelle pinire et du cerveau, o elle empche la libration d'un inhibiteur des synapses des neurones moteurs. Il en rsulte des ractions exagres et des spasmes violents des muscles en rponse toute stimulation. La maladie clinique commence souvent par des spasmes musculaires de la zone blesse et par des contractures douloureuses des masseters (trismus) de sorte que le sujet ne peut plus ouvrir la bouche. Progressivement, les autres muscles de la musculature volontaire sont atteints. Des contractures douloureuses plus ou moins gnralises peuvent se produire. Le malade reste conscient, sa temprature est leve. La mort survient souvent par asphyxie aigu au cours d'un spasme laryng.
8.2.3.3 Caractres bactriologiques

Bacille mobile Gram positif. La spore est terminale, dformante et donne au bacille un aspect en clou ou en baguette de tambour (figure 2).
8.2.3.4 La toxine ttanique

Bien qu'il existe plusieurs varits de Clostridium tetani, toutes produisent la mme toxine. Celle-
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ci est produite par le germe durant sa croissance mais est aussi libre par l'autolyse du corps bactrien. La toxine est une protine, antignique, qui contient deux facteurs : (1) la ttanolysine responsable de l'hmolyse, de la ncrose et qui est cardiotoxique, (2) la ttanospasmine (compose du fragment alpha qui est toxique et du fragment beta qui est antignique) qui est le facteur essentiel de la toxicit neurologique. Comme la toxine diphtrique, la toxine ttanique peut tre transforme en anatoxine par l'action combine du formol et de la chaleur (Ramon).
8.2.3.5 Diagnostic
Le diagnostic clinique repose sur la constatation des contractures et la notion de blessure antrieure. On peut ventuellement rechercher Clostridium tetani dans les tissus contamins mais cette recherche n'a aucun intrt diagnostique ou thrapeutique.
8.2.3.6 Traitement
Prventif Le traitement curatif du ttanos tant trs difficile, le plus important est la prvention du ttanos. Celle-ci repose sur 4 moyens : Immunisation active des sujets par la vaccination avec l'anatoxine ttanique (souvent couple avec la vaccination diphtrique et anticoquelucheuse chez les enfants). La vaccination comporte 3 injections sous-cutanes 1 mois d'intervalle avec rappel 1an plus tard. Des injections de rappel doivent tre faites tous les 5 10 ans. Nettoyage minutieux des plaies souilles de terre. Le dbridement chirurgical permet seul d'enlever les tissus ncross. Emploi prventif du srum antittanique ou antitoxine (gammaglobulines humaines ou tetaglobulines qui doit s'accompagner d'une injection de rappel d'anatoxine ttanique. C'est la sro-anatoxine prvention. Administration de pnicilline. Curatif Le traitement du ttanos repose sur des mesures spcifiques et non spcifiques. Les mesures spcifiques comprennent l'administration de srum antittanique, d'anatoxine, et de pnicilline. Malheureusement, le srum antittanique ne neutralise que la toxine non encore fixe. Son efficacit thrapeutique est par consquent mise en doute sauf dans le ttanos nonatal. De toute faon, si du srum antittanique est inject, on s'efforcera d'utiliser du srum humain et non du srum animal (risque de raction d'hypersensibilit). L'intrt d'injecter de l'anatoxine ttanique est de provoquer une immunisation active. Quant la pnicilline, elle inhibe la multiplication de C.tetani et arrte par consquent toute nouvelle production de toxine. Les mesures non spcifiques comprennent l'administration de myorelaxants et de sdatifs ainsi que la respiration assiste. Malgr la vaccination obligatoire, prs de 100 cas de ttanos sont recenss chaque anne en France avec une mortalit encore leve. Ces cas ne devraient pas se produire si la vac-
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cination tait correctement faite et les rappels de vaccination rgulirement effectus.
8.2.4 Clostridia de la gangrne gazeuse

La gangrne gazeuse est une infection grave conscutive l'introduction dans une plaie de terre ou de matires fcales souilles de spores de Clostridium. Le principal Clostridium qui provoque la gangrne gazeuse est C.perfringens.
8.2.4.1 Habitat de Clostridium perfringens

C.perfringens est prsent dans le sol, dans le tube digestif de l'homme et des animaux. On le trouve dans les voies gnitales fminines dans 5 % des cas.
8.2.4.2 Pouvoir pathogne naturel de C.perfringens

A partir d'une plaie contamine (par exemple fracture ouverte ou plaie utrine), l'infection s'tend en 1 3 jours. Elle ralise : la gangrne gazeuse qui se manifeste comme un phlegmon gazeux avec crpitation et ncrose progressive, fivre, hmolyse, syndrome toxique, choc, puis la mort survient rapidement. Avant l'apparition des antibiotiques, l'amputation tait le seul traitement possible ; des appendicites, des entrites gangrneuses ; des syndromes septicmiques d'origine puerprale avec ictre hmolytique et anurie. Par ailleurs, certaines souches de C.perfringens provoquent des intoxications alimentaires avec diarrhe profuse qui durent de 1 3 jours, par un mcanisme similaire celui de l'entrotoxine de E.coli.
8.2.4.3 Caractres bactriologiques de C.perfringens

C.perfringens se distingue des autres Clostridia par son immobilit et l'existence d'une capsule. En culture, il est fortement hmolytique et produit une quantit importante de gaz par fermentation (gangrne gazeuse !). Il secrte une exotoxine protique qui est une phospholipase (lcithinase) qui dsorganise les membranes cellulaires, en particulier musculaires. Cette toxine est aussi une hmolysine. Elle est antignique. C.perfringens secrte galement une dsoxyribonuclase (DNase), une hyaluronidase et une collagnase dont l'action favorise l'extension de l'infection C.perfringens. Enfin, certaines souches, responsables d'intoxication alimentaire, secrtent une entrotoxine, thermolabile, voisine de l'entrotoxine d'E.coli.
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8.2.4.4 Diagnostic
Prlvements de tissu, de pus et de srosits au niveau de la plaie. Hmocultures au cours des syndromes septicmiques. Examen microscopique : la prsence de grands bacilles Gram positif, ventuellement sporuls, est trs vocatrice. Culture sur glose au sang place en atmosphre anarobie et sur bouillon anarobie. L'hmolyse, la production importante de gaz et l'inhibition de l'effet de la lcithinase (observs lors de culture sur glose au jaune d'uf) par le srum spcifique rendent le diagnostic bactriologique ais.
8.2.4.5 Traitement
Le dbridement des plaies souilles, l'excision des tissus dvitaliss et l'administration de pnicilline sont les moyens thrapeutiques spcifiques des infections C.perfringens et aux autres Clostridia des gangrnes gazeuses. Tous les moyens modernes de ranimation (oxygnothrapie hyperbare) peuvent tre ncessaires pour complter le traitement spcifique.
8.2.5 Les colites pseudomembraneuses provoques par les clostridia

Aprs l'administration prolonge de certains antibiotiques (beta-lactamines, lincosamines), certains sujets font des colites pseudomembraneuses. Celles-ci sont conscutives la slection par les antibiotiques de Clostridium difficile qui est naturellement rsistant aux antibiotiques et qui, en prolifrant dans le colon, produit une toxine ncrosante. L'volution peut tre mortelle si on n'arrte pas immdiatement l'antibiothrapie et si on n'administre pas, par voie orale, un antibiotique actif sur C.difficile : soit le mtronidazole, soit la vancomycine (0,5 g toutes les 6 heures). Le diagnostic tiologique est apport par la recherche de la toxine de C.difficile dans les selles. Certaines souches ne produisant pas de toxine, la mise en vidence de C.difficile dans les selles par culture n'est pas suffisante pour faire le diagnostic.
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Chapitre 9 Les bacilles gram ngatif hmophiles ou exigeants

Les bactries hmophiles forment un groupe htrogne de petits bacilles qui ne cultivent que sur des milieux enrichis en sang ou en extraits sanguins. Certaines appartiennent la flore normale des muqueuses ; d'autres, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, sont des pathognes.
9.1 Genre gemophilus

9.1.1 Caractres gnraux
Les Haemophilus sont de petits bacilles Gram ngatif, arobies-anarobies facultatifs, immobiles, non sporuls, qui exigent pour leur croissance un ou deux facteurs prsents dans le sang et dans les tissus animaux : Le facteur V (lettre v majuscule), thermolabile est le coenzyme 1 ou NicotinamideAdnine-Dinuclotide (N.A.D.). Le facteur X (lettre x majuscule) ou hmine, thermostable est une ferroprotoporphyrine. Plusieurs Haemophilus sont pathognes pour l'homme. Le principal est Haemophilus influenzae.
9.1.2 Hamophilus influenzae

9.1.2.1 Habitat
Dcouvert en 1892 par PFEIFFER qui pensait avoir trouv l'agent de la grippe, H.influenzae est un commensal de l'arbre respiratoire suprieur, au moins sous sa forme non capsule. La forme capsule de type b, la plus pathogne, pourrait tre parasite strict de l'espce humaine et transmise par voie respiratoire.
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a. Chez le jeune enfant : H.influenzae provoque des rhinopharyngites qui peuvent se compliquer de sinusites et d'otites (H.influenzae est l'agent le plus frquent des otites moyennes, immdiatement suivi par le pneumocoque). Par voie hmatogne, il peut atteindre les mninges et provoquer une mningite (enfant de moins de 3 ans). Occasionnellement il peut tre responsable de laryngite et de laryngo-trachite et d'piglottite. Chez les sujets moyens de dfense diminus : Il peut tre responsable de bronchites (chez les bronchitiques chroniques), de pneumonies, d'arthrites (plus rarement d'endocardites).
b.

1. Microscope Dans les produits pathologiques, H.influenzae se prsente sous la forme de tout petits bacilles Gram ngatif, d'aspect coccobacillaire, groups en amas, en courtes chanettes. Les souches virulentes sont capsules (comme pour le pneumocoque). Culture H.influenzae exige pour sa croissance les facteurs X et V qui sont prsents dans la glose au sang cuit (glose chocolat) ou dans la glose ordinaire additionne d'extrait globulaire. Les colonies apparaissent en 24-48 heures. Caractres biochimiques L'tude des caractres biochimiques n'a pas d'intrt pour le diagnostic mais un intrt pidmiologique pour diffrencier les biotypes. Celui-ci repose sur l'exigence en facteurs X et V, et sur la mise en vidence des caractres antigniques. Structure antignique Lorsque H.influenzae est capsul, la capsule est de nature polysaccharidique. Il existe, en fonction de la structure antignique de la capsule, 6 types : a, b, c, d, e et f. Comme pour S.pneumoniae, le srotypage de H.influenzae l'aide d'immunserums spcifiques se fait par le phnomne du gonflement de la capsule. Le type b est de loin le plus pathogne.
2.
3.
4.

Le diagnostic est uniquement direct. Les prlvements consistent en scrtions bronchiques prleves par brossage bronchique protg, pus, sang, liquide cphalo-rachidien. 1. L'examen microscopique est souvent trs vocateur. Les bacilles peuvent tre identifis directement sur le frottis par immunofluorescence. En cas de mningite, la contre-immuno-lectrophorse ou l'agglutination de particules de Latex portant des anticorps anticapsulaires de type b permet d'identifier la prsence d'antigne dans le liquide cphalo-rachidien. La culture se fait sur glose chocolat et l'identification ultrieure des colonies, par l'exigence en facteurs X et V, et par la mise en vidence de l'antigne capsulaire. Elle sera toujours complte par une recherche de la sensibilit aux antibiotiques, notamment l'ampicilline (existence ou non d'une betalactamase) et au chloramphnicol.
2.
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9.1.2.5 Traitement
Le problme thrapeutique est surtout celui des mningites car 10 20 % des souches de H.influenzae sont rsistantes l'ampicilline, par production de btalactamase d'origine plasmidique. Le traitement de premire intention, en attendant les rsultats du laboratoire, repose soit sur le chloramphnicol soit sur une cphalosporine non inactive par la btalactamase de la bactrie, par exemple une cphalosporine de 3e gnration comme le cfotaxime. Maintenant, une vaccination anti-Haemophilus efficace est disponible. L'antigne vaccinal est constitu de polysaccharide de H.influenzae de type b. Le but de la vaccination est de protger les enfants de la forme la plus grave de l'infection H.influenzae, la mningite. Il est ncessaire de vacciner les enfants avant 6 mois pour qu'ils aient une protection immunitaire efficace pendant la priode de risque maximal situe entre 6 et 11 mois. Parce qu'avant 6 mois le systme immunitaire n'est pas compltement mature, plusieurs injections sont ncessaires pour obtenir des rponses immunitaires satisfaisantes. Depuis la gnralisation de la vaccination en France, l'incidence annuelle des manifestations invasives (mningites, epiglottites) dues Haemophilus influenzae de srotype b est passe de 21-25 pour 100.000 enfants gs de 0 4 ans moins de 4 pour 100.000. L'incidence annuelle des mningites H.influenzae de srotype b pour l'ensemble de la France est maintenant de 2 pour 100.000 enfants de la mme tranche d'ge (Peltola, Clin. Microbiol. Rev. 2000 ; 13 : 302-317).
9.1.3 Autres haemophilus

H.ducreyi est l'agent du chancre mou, une maladie sexuellement transmise, qui aprs une incubation d'une semaine en moyenne se traduit par une ulcration gnitale, profonde, inflammatoire et douloureuse et des adnopathies satellites galement douloureuses le plus souvent unilatrales (classique bubon). Pour sa culture in vitro, le bacille exige le facteur X seulement. Le chancre mou qui avait presque disparu de France est rapparu en 1973. A Paris, depuis cette date, prs de 2000 cas ont t signals : traitement par l'association sulfamthoxazole-trimthoprime (Bactrim) pendant 3 semaines (MOREL P., CASIN I., GANDIOL C., VALLET C., et CIVATTE J. Epidmie de Chancre mou : traitement de 587 malades. La Nouv. Presse Mdicale 1982, 11,655-656). H.aegyptus ou bacille de KOCH-WEEKS est l'agent de conjonctivite pidmique dans les rgions tropicales. Il exige les facteurs X et V. H.parainfluenzae est un commensal du rhinopharynx. Il peut tre responsable d'endocardite infectieuse. Il exige le facteur V seulement. H.haemolyticus et parahaemolyticus sont des commensaux du rhinopharynx. Ils peuvent tre associs des infections de l'arbre respiratoire suprieur. Comme leur nom l'indique, ils sont hmolytiques sur glose au sang.
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9.2 Genre bordetella

Les Bordetella sont de petits bacilles Gram ngatif, arobies stricts qui comprennent trois espces : d'une part, B.pertussis qui est responsable de la coqueluche, d'autre part, B.parapertussis et B.bronchiseptica qui sont habituellement sans pouvoir pathogne pour l'homme.
9.2.1 Bordetella pertussis

9.2.1.1 Habitat
Dcouvert par BORDET et GENGOU en 1900, B.pertussis est un parasite strict de l'espce humaine. Il se transmet directement d'individu individu par voie arienne. Les malades sont les sources principales de contamination mais il peut y avoir des porteurs sains.

1. Physiopathologie Aprs pntration par voie arienne, B.pertussis adhre la surface de l'pithelium trachobronchique et s'y multiplie rapidement. Il n'y a pas de diffusion sanguine. La lyse bactrienne libre une toxine qui irrite les cellules superficielles (catarrhe) et provoque la lymphocytose. Plus tardivement il y a ncrose de l'pithlium avec infiltration de polynuclaires, inflammation pribronchique et pneumonie interstitielle. La surinfection secondaire par Staphylococcus aureus ou Haemophilus influenzae peut conduire la pneumonie. L'obstruction des petites bronches par des bouchons muqueux est responsable d'atlectasie. Clinique L'incubation silencieuse dure 2 semaines. Elle est suivie d'une priode dite catarrhale qui dure 1 2 semaines. Elle est marque par une fivre modre 37,5-38 C., une toux sche. Le malade est trs contagieux. Vient enfin la priode des quintes qui dure 3 6 semaines. Elle est caractrise par des pisodes de toux spasmodique, suivie d'apne et d'inspiration bruyante (chant du coq). Ces pisodes qui fatiguent considrablement le malade, peuvent tre associs des vomissements, de la cyanose et des convulsions. C'est une infection grave chez le nourrisson et le sujet g. Il y a une hyperlymphocytose (16 000 30000 par mm3). La convalescence est longue.
2.

1. 2. Microscope Petit bacilles Gram ngatif d'aspect coccobacillaire, B.pertussis ressemble H.influenzae. Les souches virulentes sont capsules. Culture L'isolement de B.pertussi ncessite des milieux complexes, trs enrichis. Le milieu de culture
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le plus employ est le milieu de BORDET-GENGOU (pomme de terre-sang-glycrine). Les colonies n'apparaissent qu'en 2 3 jours seulement. Elles sont petites, en gouttes de mercure , entoures d'une petite zone d'hmolyse. Aprs repiquages, les colonies deviennent rugueuses, les bacilles perdent leur capsule et leur virulence. Caractres biochimiques B.pertussis est un arobie strict qui ne ncessite ni facteur X ni facteur V. Les substances labores Deux substances jouent un rle important dans la physiopathologie : La toxine pertussique (Ptx) qui permet la fixation (rle d'adhsine) aux cellules cilies de l'arbre respiratoire et provoque la transformation de l'ADP en AMP cyclique (rle de la toxine), ce qui entrane une hyperscrtion de mucine et la mort cellulaire. L'adnylate cyclase qui renforce l'action de la Ptx.
Deux substances jouent un rle dans l'adhrence aux cellules de l'arbre respiratoire : Ptx (cf. plus haut) et l'hemagglutinine filamenteuse (FHA).

L'isolement de B.pertussis est difficile parce que le diagnostic n'est suspect qu' la priode des quintes o il y a peu de bacilles, et parce que B.pertussis pousse difficilement. Les prlvements consistent (1) en mucosits bronchiques mises au moment de la toux et qui sont recueillies directement sur le milieu de culture devant la bouche du malade, (2) en couvillonnage nasal ou (3) en aspiration des mucosits bronchiques. La culture se fait sur milieu de BORDETGENGOU et les colonies isoles sont identifies par agglutination sur lame. En pratique, le diagnostic est clinique (quintes + lymphocytose) et pidmiologique (notion de contage).
9.2.1.5 Traitement
1. Traitement curatif B.pertussis est sensible de nombreux antibiotiques (rythromycine). Malheureusement, l'antibiothrapie n'influence pas l'volution clinique de la maladie, vraisemblablement parce qu'elle est commence trop tard. Elle pourrait avoir un effet prventif sur les complications infectieuses et sur la transmission du germe l'entourage. Traitement prventif Vaccin germes entiers : Le vaccin anticoquelucheux germes entiers est une suspension tue de B.pertussis capsul virulent. Vaccins acellulaires : contiennent au moins les antignes Ptx et FHA. Le vaccin germes entiers est administr en primo-vaccination ds le 3me mois de la vie en association avec les anatoxines diphtrique et ttanique en 3 injections 1 mois d'intervalle. La vaccination est efficace. Elle donne lieu, dans un faible pourcentage de cas, des ractions neurologiques parfois graves (encphalopathies). Le vaccin acellulaire est administr lors des rappels. 91/122
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9.3 Genre brucella

9.3.1 Dfinition
Les Brucella sont de petits bacilles Gram ngatif, arobies stricts, oxydase positifs qui comprennent trois espces principales Brucella melitensis, Brucella abortus, Brucella suis, qui sont responsables d'une maladie animale transmissible l'homme, la brucellose (Fivre de Malte).
9.3.2 Habitat
Les Brucella sont des parasites des mammifres. Brucella melitensis infecte principalement ovins et caprins, B.abortus, les bovins et B.suis, les porcs. La transmission interanimale se fait par voie digestive, arienne, gnitale. La transmission par voie digestive, cutane, arienne l'homme est accidentelle (maladie rurale et professionnelle).
9.3.3 Pouvoir pathogne naturel

9.3.3.1 Chez lanimal
Les Brucella sont responsables d'infections gnitales avec avortement chez les femelles et lsions testiculaires chez le mle. Il existe de nombreuses formes inapparentes.
9.3.3.2 Chez l'homme

Les Brucella sont responsables de septicmie subaigu (fivre ondulante sudoro-algique) avec localisations viscrales multiples (articulaires, neuro-mninges, etc).
9.3.4 Diagnostic
9.3.4.1 Le diagnostic direct
Il repose sur l'isolement du germe par hmoculture la phase septicmique de la malade, par ponction ganglionnaire etc La culture est souvent trs lente.
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9.3.4.2 Le diagnostic indirect

Il repose sur le srodiagnostic de Wright : recherche danticorps agglutinants dans le srum des malades. Un taux suprieur 1/40 est significatif. Il est galement possible de rechercher l'existence d'une hypersensibilit cutane la mlitine (filtrat de culture de B.melitensis) par intradermoraction. Celle-ci est positive en 24-48 h chez les sujets qui ont t exposs aux Brucella.
9.3.5 Traitement
9.3.5.1 Le traitement prventif
Il consiste en un dpistage srologique par les vtrinaires des animaux infects et l'abattage de ces animaux.
9.3.5.2 Le traitement curatif

(Chez l'homme) repose sur l'administration de ttracycline employe seule ou en association avec soit la streptomycine soit la rifampicine. Le traitement doit tre suffisamment prolong (4 6 semaines) pour radiquer les bacilles persistants intracellulaires.
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La flore microbienne normale de lorganisme
Chapitre 10 La flore microbienne normale de lorganisme

La flore bactrienne commensale
De nombreuses bactries sont normalement prsentes sur la peau et les muqueuses des sujets sains. Elles constituent les flores commensale rsidentes. Celles-ci participent activement au maintien de la sant. Par exemple, la flore intestinale synthtise de la vitamine K, aide l'absorption des aliments, prvient par son quilibre la prolifration de bactries commensales potentiellement dangereuses (Clostridium difficile) et gne la colonisation par des bactries pathognes. Les bactries commensales peuvent tre rparties en 4 flores principales (cutane, respiratoire, gnitale et digestive). 1. La flore cutane est variable en qualit et en quantit (102 106/cm2) selon la topographie. La flore rsidente est forme de germes Gram + potentiellement peu pathognes Staphylocoques coagulase ngative Corynbactries
La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des germes potentiellement pathognes, provenant du tube digestif ou du rhinopharynx : Entrobactries Staphylocoque dor.
2.
Les mains portent souvent une flore transitoire abondante (rle dans la transmission croise). La flore de l'arbre respiratoire suprieur est trs variable et abondante au niveau du rhinopharynx (108/ml de scrtion pharynge). Elle contient de nombreux opportunistes majeurs : Staphylocoque dor (orifices narinaires en particulier) Streptocoques (groupables ou non, dont S.pneumoniae) Haemophilus Neisseria (ventuellement Neisseria meningitidis dont le portage est transitoire) Branhamella catarrhalis Anarobies, corynbactries, lactobacilles. 95/122
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La flore microbienne normale de lorganisme
3.
Au niveau de la trache, la flore est minime et activement combattue par le mucus, les cils, les macrophages, etc L'arbre respiratoire infrieur est strile. La flore gnitale joue un rle de protection, essentiel chez la femme. Les lactobacilles acidophiles ou bacilles de Dderlein, par leur scrtion d'acide lactique entretiennent un pH bas qui limite la flore commensale. Cette flore commensale est rduite : Streptocoque (Streptocoque B essentiellement) Corynbactries Bifidobacterium.
4.
Aprs la mnopause, les anarobies et entrobactries sont plus abondantes. La flore digestive est la plus abondante et la plus importante. Elle varie en fonction des diffrents tages du tube digestif. Au niveau de la bouche peuvent se trouver la plupart des germes prsents dans le rhinopharynx avec comme particularit l'abondance des streptocoques surtout non groupables, la prsence ventuelle d'entrobactries et d'anarobies. Les streptocoques jouent un rle important dans la gense de la plaque dentaire et ,s'ils essaiment, dans le dveloppement des endocardites. On dnombre habituellement 108 109 germes par ml de salive. L'estomac possde une flore trs pauvre du fait de son acidit. L'intestin grle possde aussi une flore pauvre en raison du pristaltisme et de l'abondance des scrtions. Les germes prsents sont essentiellement des streptocoques, staphylocoques et lactobacilles. La flore colique est en revanche extrmement varie et abondante. Elle comprend 1011-1012 bactries/gr avec une nette prdominance des anarobies stricts (99,9 %), surtout Bacterodes (1011 par gramme de selle), Bifidobactrium, Clostridium. Viennent ensuite les Entrobactries (E.coli, 108/gr, Proteus, Klebsielle...), Entrocoques et Staphylocoques. Cette flore est habituellement stable et limite l'implantation d'espces pathognes telles que Salmonelle, Shigelle ou Campylobacter et le dveloppement de bactries commensales potentiellement dangereuses.
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Les spirochetes
Chapitre 11 Les spirochetes

Les spirochtes sont des micro-organismes spirals (hlicodaux), flexibles, parois trs minces. Ils se dplacent par ondulations du filament axial qui est constitu par deux ou trois touffes de flagelles polaires (les fibrilles) situes entre la membrane cytoplasmique et la paroi cellulaire (figure 1). Les spirochtes sont des bactries trs rpandues. Certains sont des commensaux des muqueuses humaines, notamment des muqueuses buccales, digestives et gnitales. D'autres, qui sont pathognes, sont rangs dans les genres Treponema, Borrelia et Leptospira.
11.1 Genre treponema

Quatre types de trponmes sont pathognes pour l'homme. Treponema pallidum est l'agent de la syphilis, probablement introduite en Europe au 15e sicle par les marins de Christophe COLOMB. Il est mis en vidence pour la premire fois en 1905 par SCHAUDINN et HOFFMANN, tandis qu'en 1906 WASSERMANN applique au srodiagnostic de la syphilis, la raction de fixation du complment dcrite par BORDET. Treponema pertenue est l'agent du pian, responsable de lsions cutano-osseuses chez les enfants, dans les rgions tropicales humides (aux Antilles par exemple). Treponema carateum est l'agent de la pinta, ou maladie cutane qui frappe les enfants et adolescents des rgions tropicales d'Amrique Centrale et du Sud. Treponema pallidum, varit endmique, est responsable du Bjel, ou maladie cutano-muqueuse qui touche les enfants et adultes des rgions dsertiques.
11.1.1 La maladie syphilitique

Comme toutes les trponmatoses (pian, pinta, bjel), elle prsente deux stades : Un stade prcoce qui couvre la priode initiale d'volution de deux ans, Un stade tardif qui groupe les accidents survenant aprs deux ans d'volution.
La syphilis est une maladie strictement humaine. L'infection humaine est habituellement transmise par contact sexuel et, dans la plupart des cas, la lsion infectante sige sur la peau ou la muqueuse des organes gnitaux. Toutefois, dans 10 % des cas, la lsion primaire est extragnitale (buccale, rectale).
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Les spirochetes
11.1.1.1 L'incubation
Elle est de 3 semaines en moyenne (2 10 semaines). Les trponmes se multiplient au point d'inoculation mais certains d'entre eux essaiment jusqu'aux ganglions lymphatiques, d'o ils gagnent ensuite la grande circulation.
11.1.1.2 La lsion primaire

Elle est appele chancre syphilitique. C'est une papule qui donne rapidement naissance une ulcration superficielle, indolore, reposant sur une base indure. Elle s'accompagne d'adnopathies satellites. Le chancre et les adnopathies satellites sont riches en trponmes. Non trait le chancre gurit spontanment en 3 6 semaines, les adnopathies un peu plus tard.
11.1.1.3 Lsions secondaires

Elles apparaissent 2 10 semaines plus tard (en moyenne 2 mois aprs le contage). Elles consistent surtout en une ruption maculopapuleuse rose qui peut siger n'importe o sur le corps (rosole, syphilides papuleuses) et l'apparition de papules plus ples sigeant dans la rgion ano-gnitale, le creux axillaire et la bouche (plaques muqueuses). On peut aussi observer des signes de mningite, chorio-rtinite, hpatite, nphrite et priostite. Toutes les lsions secondaires sont riches en trponmes, donc contagieuses. Elles accompagnent une importante septicmie trponmique. Elles gurissent spontanment mais des rechutes peuvent se produire pendant 3 5 ans. Les phases primaire, secondaire et de latence constituent la phase prcoce ou bactriologique de la maladie.
11.1.1.4 Evolution
Dans environ 30 % des cas, la syphilis gurit spontanment. Dans 30 %, malgr l'absence de traitement, elle va rester latente et se traduire uniquement par une srologie positive. Dans les autres cas, la maladie va voluer d'une manire asymptomatique vers un stade tertiaire caractris par le dveloppement de lsions granulomateuses - les gommes - de la peau, des os et du foie, et des lsions dgnratives du systme nerveux central (paralysie gnrale, tabs) ou du systme cardiovasculaire (aortite avec parfois formation d'anvrysme, insuffisance aortique). Une splnomgalie est possible. Dans toutes les lsions tertiaires, les trponmes sont rares. Les lsions tissulaires sont attribues un tat d'hypersensibilit l'gard du trponme. Il s'agit de la phase tardive de l'infection syphilitique.
11.1.1.5 La syphilis congnitale

C'est la syphilis acquise intra-utero. Elle peut entraner l'avortement, la mort du ftus, ou encore, si l'enfant est vivant, des lsions de syphilis congnitale qui peuvent tre du type prcoce (bulles, ragades, floraison) ou d'emble de type tardif : kratite, malformations dentaire et nasale, priostite et des anomalies du systme nerveux central. Des IgM antitrponmiques apparaissent dans son
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Les spirochetes
srum.
11.1.2 Bactriologie
11.1.2.1 Morphologie
Treponema pallidum a de 5 15 microns de long sur 0,2 micron de large. Ses spires sont rgulirement espaces les une des autres de 1 micron. Sa mobilit est caractristique : rotation et flexion sinusodales. Treponema pallidum ne se colore pas bien par les colorants habituels. On l'observe habituellement l'tat frais au microscope fond noir, ou aprs coloration spciale (immunofluorescence, imprgnation argentique).
11.1.2.2 Culture
Treponema pallidum, comme tous les trponmes pathognes, n'a pas encore t cultiv sur milieu artificiel. Seuls existent actuellement des milieux de survie. Considrs longtemps comme anarobies stricts, il est prouv qu'ils peuvent fixer l'oxygne grce une chaine de transport d'lectrons. Ce sont des microarophiles.

En l'absence de culture, la structure antignique de Treponema pallidum est peu connue. Toutefois, Treponema pallidum stimule le dveloppement, chez l'homme, d'anticorps capables de colorer Treponema pallidum par immunofluorescence indirecte, d'immobiliser et de tuer Treponema pallidum vivant, et de fixer le complment en prsence de suspension de Treponema pallidum ou de spirochtes voisins. Treponema pallidum dclenche aussi la formation d'un anticorps - appel ragine - qui positive des ractions de fixation du complment et des ractions de micro-agglutination avec des suspensions aqueuses de lipides extraits de tissus animaux (cardiolipide) fixs sur des cristaux de cholestrol.

Le lapin peut tre exprimentalement inocul par voie cutane, oculaire et testiculaire avec Treponema pallidum. L'animal fait un chancre riche en trponmes. Les trponmes vont persister pendant toute la vie de l'animal dans les ganglions lymphatiques, la rate et la moelle osseuse. Le singe fait exprimentalement des lsions primaires et secondaires trs semblables celles de l'homme ; il est le seul animal sensible l'infection par Treponema carateum.
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11.1.3 Diagnostic biologique

11.1.3.1 Les prlvements
Les prlvements faire sont des frottis de la srosit dermique du chancre et des lsions secondaires provoques par grattage des lsions avec un vaccinostyle pour recherche microscopique du germe, et des prlvements de sang pour recherche des anticorps (srodiagnostic).
11.1.3.2 La recherche du trponme

La recherche du trponme se fait soit par examen au microscope fond noir, soit par immunofluorescence. Dans le premier cas, une goutte de srosit dermique est place sur une lame puis recouverte d'une lamelle. Examine l'objectif immersion, la prparation permet de mettre en vidence des trponmes typiques, mobiles. Cette observation doit re faite immdiatement aprs le prlvement qui doit tre effectu au laboratoire. Dans le deuxime cas, la srosit dermique est tale sur une lame, sche, fixe et colore par un srum antitrponmique marqu par la fluorescine. Examine au microscope fluorescence, la prparation permet de mettre en vidence des trponmes colors en vert, non dforms mais bien entendu immobiles. Il faut noter que les trpomnes disparaissent des lsions quelques heures aprs le dbut du traitement antibiotique. Au total, l'examen microscopique est peu sensible mais trs spcifique.
11.1.3.3 Le srodiagnostic
Pour le diagnostic srologique de la syphilis on emploie des antignes non trponmiques et des antignes trponmiques. a. Les antignes non trponmiques sont des lipides extraits de tissus normaux de mammifres. On utilise le cardiolipide qui est un extrait de cur de buf. Il ragit avec une substance prsente dans le srum des sujets atteints de syphilis et que l'on appelle pour cela la ragine . La ragine est un mlange d'IgM et d'IgA dirigs contre des antignes prsents dans des tissus normaux. Elle apparat dans le srum des syphilitiques 1 2 semaines aprs le dbut du chancre et dans le L.C.R., 4 8 semaines aprs le dbut du chancre. Deux types de ractions srologiques sont couramment employes pour mettre en vidence la ragine : Des ractions dites de floculation ou d'agglutination, type KAHN, VDRL, KLINE ; Des ractions de fixation du complment ou de BORDET-WASSERMANN (B.W.).
b.
Toutes les ractions utilisant des antignes non trponmiques peuvent donner des rsultats faussement positifs. Les faux-positifs sont ds la prsence de ragine dans de nombreuses infections (paludisme, lpre, rougeole, mononuclose infectieuse, etc), des vaccinations, des maladies du collagne, etc Les antignes trponmiques sont des suspensions ou des extraits de T. pallidum. Ils permet-
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tent de mettre en vidence des anticorps spcifiques anti-trponmes. Trois ractions srologiques peuvent tre employes : La raction d'immunofluorescence (FTA-abs) est une raction d'immunofluorescence indirecte (des T.pallidum tus + le srum du malade + des gammaglobulines antihumaines marques la fluorescine). Cette raction est spcifique et sensible condition que le srum du malade ait t absorb (Abs) au pralable par un sonicat de trponmes (suspension de trponmes soumis aux ultrasons) cultivables. La raction d'immunofluorescence est la premire devenir positive dans la syphilis. Elle est positive dans les jours qui suivent l'apparition du chancre syphilitique et le reste durant de nombreuses annes, malgr des traitements antibiotiques efficaces. Cette raction ne peut donc tre utilise pour juger de l'efficacit du traitement. La prsence d'IgM-FTA dans le sang de nouveaux-ns est un bon signe d'infection in utero (syphilis congnitale). La raction d'hmagglutination passive des trponmes (TPHA) utilise comme antigne des globules rouges de mouton, tanns et formols, sur lesquels a t fix un sonicat de Treponema pallidum. Cette raction est aussi sensible et spcifique que le FTA mais devient positive un peu plus tardivement. La raction d'immobilisation des trponmes (ou TPI ou encore test de NELSON) utilise comme antigne Treponema pallidum vivant mis en suspension dans un milieu de survie, 37C, en prsence de 95 % d'Azote, 5 % de CO2 et du complment. Si le srum mis en contact avec la suspension de trponme contient des anticorps spcifiques, les trponmes sont immobiliss , sinon ils restent normalement mobiles. Parce que cette raction ncessite des trponmes vivants entretenus chez l'animal, elle est difficile raliser en routine. Elle est toutefois trs spcifique, mais ne devient positive que 2 mois aprs le dbut de la maladie (figure 2).
11.1.4 Traitement
La syphilis est une maladie dclaration obligatoire (n33) et traitement obligatoire. Le traitement repose sur l'administration de 2,4 MU de benzathine-pnicilline en injection I.M. unique au stade prcoce de la maladie (primo-secondaire), ou 1 injection hebdomadaire pendant 3 semaines conscutives de 2,4 MU de benzathine-pnicilline (soit une dose totale de 7,2 millions d'units) pour les stades tardifs. Ce traitement doit s'adresser simultanment aux malades et leurs partenaires sexuels (alternative en cas d'allergie : rythromycine). La raction de Jarisch-Herxheimer peut s'observer lors du traitement de la syphilis par la pnicilline G. Elle rsulte de la libration d'une exotoxine (LPS) par les trponmes lyss. Elle survient 6 8 h aprs l'administration et se manifeste pendant 12 24 h sous forme de frissons, malaise, fivre, yalgies et exacerbation des lsions syphilitiques existantes. La prophylaxie de la syphilis repose sur (1) le dpistage systmatique obligatoire (mariage, grossesse), (2) le traitement adquat et prcoce des malades connus et de leur(s) partenaire(s), (3) l'hygine sexuelle individuelle (le vagabondage sexuel est bien videmment une source de risque) et (4) la prophylaxie mcanique (prservatif) au moment de l'exposition. Aucun vaccin n'est actuellement disponible. Il faut enfin souligner que plusieurs maladies vnriennes peuvent tre acquises simultanment. Par exemple un sujet atteint de gonococcie peut avoir contract en mme temps la syphilis ou avoir 101/122
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t infect par le VIH et ne pas encore en avoir les signes. Le traitement de la premire maladie risque de dcapiter la syphilis (absence de lsions primaires ou secondaires) sans la gurir compltement. Il faut donc traiter la premire maladie soit par des antibiotiques actifs sur T. pallidum et capables de gurir une syphilis en incubation, soit alors par des antibiotiques inactifs sur T. pallidum. Une personne atteinte de syphilis a une immunit de surinfection contre T.pallidum. Toutefois, si la syphilis est traite prcocement et gurie, cette personne peut nouveau contracter la syphilis.
11.2 Borrelia
1. Les Borrelia sont des bactries irrgulirement spirales responsables des Fivres rcurrentes (ou borrlioses). Les rongeurs sauvages sont les rservoirs de virus et les pous ou les tiques, les agents de transmission. La maladie se traduit par une septicmie rechutes avec tuphos, arthralgies, signes mninges et parfois hpato-splniques et rnaux. La courbe thermique traduit un tat fbrile brutal et intense, faisant se succder des phases fbriles et des phases d'apyrxie. Le diagnostic de la maladie se fait par la mise en vidence du germe l'examen microscopique du sang (centrifugation, goutte paisse). Pas de srodiagnostic. Le traitement est bas sur l'administration d'ampicilline, de ttracycline ou de chloramphnicol. La prophylaxie repose sur la lutte contre les vecteurs (hygine corporelle, vestimentaire et de l'habitat, insecticides). Une forme rcemment reconnue (1983) de borreliose, due B.burgdorferi, transmise par une tique et dont le rservoir du germe est constitu de mammifres sauvages ou domestiques, est la maladie de LYME. Cette maladie est caractrise par des manifestations cutanes (erythema chronicum migrans), articulaires (oligoarthrites touchant les grosses articulations), neurologiques (mningite lymphocytaire) et cardiaques (troubles de la conduction) voluant par pousses successives. Le diagnostic biologique repose sur le srodiagnostic et le traitement sur l'administration de ttracyclineou de -lactamine (ceftriaxone pour les formes mninges).
2.
11.3 Les leptospira

Le leptospires sont de fins spirochtes responsables de la leptospirose ictro-hmorragique (Maladie dclaration obligatoire n 18). Les rservoirs de germes sont les rongeurs (rat, souris), mais aussi les chiens, les porcs et les bovids qui liminent le germe dans leurs urines. La contamination humaine se fait par absorption d'eau ou d'aliments contamins, ou par voie muqueuse ou cutane (maladie des goutiers). La maladie se traduit par une hpato-nphrite avec atteinte mninge. Son diagnostic biologique est surtout srologique (srodiagnostic de Martin et Petit). Son traitement curatif repose sur l'administration de pnicilline.
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Mycobactries
Chapitre 12 Mycobactries
Les bactries du genre Mycobacterium sont des bacilles qui ne se colorent pas facilement mais qui, une fois colors, rsistent la dcoloration par l'acide et l'alcool et sont de ce fait dits acido-alcoolo-rsistants . Le genre comprend de nombreuses espces saprophytes ou commensales et des espces pathognes dont les deux principales sont : Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose, et Mycobacterium leprae, agent de la lpre.
12.1 Mycobacterium tuberculosis

12.1.1 Historique
Au dbut du XIXe sicle, LAENNEC individualise la tuberculose. En 1865, VILLEMIN montre qu'il s'agit d'une maladie inoculable l'animal et transmissible d'un animal l'autre. Robert KOCH dcouvre et cultive en 1882 le bacille responsable. Entre 1908 1920, CALMETTE et GUERIN prparent le B.C.G., la premire vaccination ayant lieu en 1921. WAKSMAN dcouvre en 1944 la streptomycine, premier antibiotique actif sur M.tuberculosis. En 1952 arrive l'isoniazide et, en 1967, la rifampicine. Malgr ces dcouvertes, la tuberculose est encore un des plus grands flaux de l'humanit qui entraine en l'an 2000 prs de de10 millions de nouveaux cas et plus de trois millions de morts chaque anne dans le monde. L'pidmiologie et la gravit de la maladie sont aggraves par l'pidmie de SIDA.
12.1.2 Habitat
M.tuberculosis est un parasite strict de l'espce humaine. La transmission interhumaine est habituellement directe et se fait par voie arienne. Les animaux familiers de l'homme peuvent occasionnellement tre contamins.
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12.1.3.1 Physiopathologie
Emis par une source d'infection, le plus souvent un tuberculeux pulmonaire, dans les gouttelettes de FLUGGE, M.tuberculosis est inhal et atteint l'alvole pulmonaire. La maladie rsulte de la multiplication du bacille et de ses intractions avec l'hte infect (immunit mdiation cellulaire, activation des lymphocytes T et des macrophages). M.tuberculosis ne produit pas de toxine.
12.1.3.2 Clinique
La pntration du bacille dans l'organisme ne conduit la maladie que dans 10 % des cas en moyenne. Dans 90 % des cas, la multiplication des bacilles s'arrte rapidement. C'est la primo- infection simple qui se traduit par le dveloppement de l'hypersensibilit tuberculinique et de l'immunit de surinfection. Le sujet n'est pas malade, il est simplement infect. La maladie tuberculeuse est habituellement provoque par la multiplication des bacilles de la primo-infection soit immdiatement soit aprs un temps de latence, les bacilles ayant survcu dans les lsions primaires (rinfection endogne). Plus rarement, elle l'est par de nouveaux bacilles inhals d'une nouvelle source de contamination (rinfection exogne). Deux types de localisation peuvent s'observer. Les localisations pulmonaires sont les plus frquentes (90 % des cas environ) et les plus dangereuses pidmiologiquement car ce sont elles (notamment les cavernes) qui permettent la transmission du bacille. Les localisations extra-pulmonaires sont gnralement pauvres en bacilles mais invalidantes (osto-arthrite) ou gravissimes (mningite). Le substratum anatomique des lsions est le mme ; c'est le granulome et surtout la casification. Chez les sujets infects par le virus du SIDA (VIH), l'infection par le BK mne trs frquemment la tuberculose qui est souvent gnralise et se traduit dans prs de 50 % des cas par des localisations multiples, pulmonaires et extrapulmonaires.

12.1.4.1 Microscope
M.tuberculosis est un bacille immobile sans capsule et sans spore. Aprs coloration de ZIEHLNEELSEN (fuchsine phnique chaud, dcoloration par acide-alcool, recoloration par le bleu de mthylne), il apparat comme un bacille rouge de 0,2 0,3 micron de large sur 3 5 microns de long, lgrement incurv, extrmits arrondies.
12.1.4.2 Culture
M.tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il ncessite des milieux trs enrichis. Le plus
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employ est un milieu l'uf, le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN. Sur ce milieu il donne des colonies de teinte crme-beige, sches, surface rugueuse, en chou-fleur, tout fait caractristiques. Fait important, les colonies n'apparaissent qu'en 21 jours en moyenne (temps de division de M.tuberculosis = 20 heures).

M.tuberculosis est arobie strict. Il est catalase positive, nitrate positif. Au cours de sa croissance il synthtise une quantit importante d'acide nicotinique ou niacine qui peut tre mise en vidence par une preuve biochimique, le test de KONNO ou niacine-test. La positivit de cette preuve est spcifique de M.tuberculosis.
12.1.4.4 Constitution chimique et antignique

M.tuberculosis est trs riche en lipides. Ceux-ci reprsentent 20 45 % de l'ensemble de la bactrie. Surtout concentrs dans la paroi qu'ils rendent peu permable aux substances hydrophiles, ce sont des acides gras complexes. Parmi ceux-ci les acides mycoliques jouent un rle important dans l'acido-alcoolo-rsistance et dans la structure trs particulire de la paroi des mycobactries, caractrise par trois couches successives de constituants lis par des lsions covalentes : le peptidoglycane, l'arabinogalactane et les acides mycoliques. Les constituants protiniques sont les lments importants de l'activit de la tuberculine qui est un mlange complexe. Les techniques de gnie gntique ont permis d'obtenir plusieurs protines purifies partir de la paroi. Les constituants de M.tuberculosis provoquent la formation de nombreux anticorps qui n'ont pas de rle protecteur et sont de mdiocres outils diagnostiques de la tuberculose.. Dans la tuberculose, l'immunit est mdiation cellulaire et non humorale.
12.1.4.5 Gntique
Jusqu' prsent aucun plasmide n'a t mis en vidence chez M.tuberculosis et la rsistance aux antibiotiques antituberculeux est le rsultat de la slection de mutants rsistants. Le support gntique de la rsistance a t rcemment identifi pour la plupart des antituberculeux et ouvre des perspectives prometteuses pour un diagnostic rapide de la rsistance. Des squences d'ADN spcifiques et rptes en plusieurs endroits du chromosome (IS6110...) ont t isoles. Leur hybridation avec des sondes d'ADN permet de caractriser les souches isoles et fournit ainsi un outil prcieux l'tude pidmiologique de la tuberculose (empreinte digitale gnomique).
12.1.4.6 Rsistance aux agents physiques et chimiques

M.tuberculosis est trs sensible la chaleur, aux rayons ultra-violets et aux rayons X. En revanche, il rsiste au froid et la dessication. La lyophilisation est d'ailleurs un excellent moyen de conservation.
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Dtruit par l'alcool en 5 minutes, M.tuberculosis rsiste plus que les autres bactries aux acides dilus, aux antiseptiques et aux dtergents.
12.1.5 Pouvoir pathogne exprimental. Le phnomne de Koch

1. M.tuberculosis est pathogne pour de nombreux animaux de laboratoire mais il n'est pas pathogne pour les bovids. L'animal le plus sensible est le cobaye. Quelle que soit la voie d'inoculation et le nombre de bacilles inoculs, il fait une tuberculose progressivement mortelle : 15 jours 3 semaines aprs l'inoculation d'un million de bacilles, un nodule se forme au point d'inoculation. Ce nodule s'ulcre et laisse sourdre un pus blanchtre, homogne, que l'on appelle caseum, caractristique des ncroses caseuses. L'ulcration va persister jusqu' la mort de l'animal. Celle-ci survient par essaimage lymphatique des bacilles et atteinte des principaux viscres (rate, foie, poumons). En 1890, Robert KOCH constate que la rinoculation de bacilles un cobaye dj inocul n'est pas suivie des mmes lsions que la primo-inoculation. C'est le phnomne de KOCH qui se traduit de la manire suivante : d'abord une ulcration ncrotique se forme en 2 3 jours au point d'inoculation alors qu'elle se forme en 3 4 semaines aprs la primoinoculation ; ensuite, l'ulcration ncrotique gurit spontanment alors que l'ulcration de la primo-inoculation persiste jusqu' la mort de l'animal. Du phnomne de KOCH on peut tirer les dductions suivantes : Parce qu'il ragit plus vite la rinoculation qu' la primo-inoculation, le cobaye dj inocul est hypersensible aux constituants du bacille de KOCH : c'est l'hypersensibilit ou l'allergie tuberculeuse qui signe la primo-infection. Pour mettre en vidence l'tat d'hypersensibilit il n'est pas ncessaire d'injecter des bacilles entiers vivants ou morts. Il suffit d'injecter un extrait protinique de bacille, la tuberculine. Chez l'homme, l'hypersensibilit la tuberculine se recherche par intradermoraction de Mantoux, seule mthode satisfaisante, ou par cuti-raction, timbre et bague tuberculinique. Parce que la lsion de rinoculation gurit spontanment alors que la lsion de primoinfection persiste jusqu' la mort, le cobaye dj inocul a une immunit de surinfection. On peut reproduire artificiellement l'tat d'immunit de surinfection en inoculant au cobaye et l'homme une mycobactrie vivante et attnue, le B.C.G.
2.

12.1.6.1 Diagnostic direct
Le diagnostic de certitude de la tuberculose repose sur la mise en vidence de Mycobacterium tuberculosis dans les prlvements pathologiques : crachats et tubages gastriques pour la tuberculose pulmonaire ; urines, liquides de ponction des sreuses, etc pour les autres localisations tuberculeuses.
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L'examen microscopique des frottis colors par la mthode de ZIEHL-NEELSEN permet de mettre en vidence des bacilles acido-alcoolo-rsistants (b.a.a.r.). Lorsqu'il est positif il permet un diagnostic de forte prsomption de tuberculose. La culture permet l'identification biochimique et l'antibiogramme des bacilles isols. Elle seule permet le diagnostic de certitude de la tuberculose. Etant donn la lenteur de multiplication du bacille de la tuberculose et la pousse rapide des autres germes sur le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN, les produits pathologiques contenant une flore associe doivent tre dcontamins avant d'tre ensemencs. La dcontamination se fait par des antiseptiques (soude ou acide) auxquels le bacille de la tuberculose est moins sensible que les autres germes. Une sonde ADN correspondant une squence ribonuclotidique spcifique (ARN ribosomal) du complexe tuberculosis est aujourd'hui disponible. Elle permet d'identifier en quelques heures les bacilles de la tuberculose isols en culture. L'amplification gnique ( PCR ) qui devait thoriquement permettre de dtecter dans un produit pathologique quelques bacilles en quelques heures seulement est pour l'instant plutt dcevante.

L'intradermoraction 10 units de tuberculine injectes par voie intradermique sous le volume de 0,1 ml, lue la 72e heure, permet uniquement de savoir si le sujet a ou non dj t infect soit d'une manire spontane (primo-infection par M.tuberculosis), soit d'une manire artificielle (vaccination par le B.C.G.). Il n'y a pas actuellement de srodiagnostic fiable de la tuberculose.
12.1.7 Traitement
Le traitement curatif de la tuberculose repose presque uniquement sur l'administration quotidienne pendant 6 mois d'une association antibiotique (2 mois d'isoniazide + rifampicine + pyrazinamide et thambutol suivi de 4 mois d'isoniazide + rifampicine). L'association d'antibiotiques est indispensable pour viter la slection de mutants rsistants (cf chapitre Gntique bactrienne page 19) et la prolongation du traitement pendant 6 mois pour viter les rechutes.

Le traitement prventif repose (1) sur la vaccination B.C.G. (souche de M.bovis ayant perdu sa virulence par repiquages successifs) qui donne 80 % de protection et (2) sur la chimioprophylaxie par l'isoniazide de certains groupes de sujets infects (nourrissons, adolescents, immuno-dprims).
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12.2 Mycobacterium bovis

Agent de la tuberculose bovine, M.bovis est aussi pathogne pour l'homme que M.tuberculosis. La contamination se fait par voie arienne au contact des animaux malades ou par absorption de lait de vache contamin. Agent rare en France, il est plus frquent dans les pays o la surveillance du btail est insuffisante (Maghreb...). M.bovis se distingue aisment de M.tuberculosis par ses caractres culturaux (colonies minuscules, blanches, surface lisse, qui apparaissent en plus d'un mois l'isolement) et ses caractres biochimiques (micro-arophile, niacine ngative, nitrate ngatif). Le diagnostic et le traitement des infections M.bovis sont similaires ceux des infections M.tuberculosis. La prvention contre l'infection par M.bovis repose sur la pasteurisation obligatoire du lait et l'abattage obligatoire des bovids ragissant positivement la tuberculine.
12.3 Mycobacterium africanum

En Afrique de l'Ouest et en Afrique Centrale, on trouve dans une proportion importante de cas (20 50 %) une varit de bacilles de la tuberculose dont les caractres culturaux et biochimiques sont intermdiaires entre ceux de M.tuberculosis et ceux de M.bovis. Cette varit d'intrt pidmiologique a t dnomme M.africanum.
12.4 Mycobactries atypiques

Il existe dans la nature de nombreuses mycobactries autres que celles de la tuberculose humaine ou bovine et dont les caractres culturaux et biochimiques sont tout fait particuliers. Ces mycobactries ont t appeles mycobactries atypiques. Certaines sont parasites des animaux (M.avium, M.marinum...), d'autres sont saprophytes (M.gordonae, M.chelonae, M.flavescens...). Elles sont habituellement isoles en tant que contaminant des cultures mais, des degrs divers, toutes sont susceptibles de se multiplier chez l'homme et de provoquer des maladies simulant la tuberculose que l'on appelle mycobactrioses. Celles-ci apparaissent essentiellement chez les sujets prsentant un dficit immunitaire local (lsions cavitaires pulmonaires rsiduelles) ou gnral de nature thrapeutique (greffs) ou pathologique (cancer, SIDA). Leur diagnostic est purement bactriologique. M.avium est la mycobactrie atypique la plus souvent isole chez les malades atteints de Sida chez lesquels elle est l'origine d'infections gnralises septicmiques. L'hmoculture est alors le meilleur moyen de faire le diagnostic. Le traitement des mycobactrioses est trs difficile en raison de l'habituelle rsistance naturelle des mycobactries atypiques aux antibiotiques antituberculeux. La clarithromycine, un nouveau macrolide proche de l'rythromycine, est cependant actif sur M.avium.
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12.5 Mycobactrium leprae

Considre souvent comme une maladie du Moyen-Age qui aurait maintenant disparu, la lpre est une maladie d'actualit dans les pays en dveloppement avec 600 000 800 000 nouveaux-cas chaque anne. L'agent responsable de la lpre, M.leprae, est une mycobactrie non cultivable sur les milieux de culture artificiels mais seulement in vivo dans le coussinet plantaire de la souris. Le diagnostic de la lpre est clinique et le rle du laboratoire est de mettre en vidence le bacille aprs l'examen microscopique des prlvements cutans, de la cultiver et de mesurer sa sensibilit aux antibiotiques chez la souris. Il n'y a pas de srodiagnostic fiable de la lpre.
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Les rickettsia et bactries voisines
Chapitre 13 Les rickettsia et bactries voisines

13.1 Dfinition
Les rickettsia sont un ensemble de bactries de petite taille, non cultivables sur milieux inertes, responsables des rickettsioses qui se traduisent par un syndrome infectieux voquant la typhode (tuphos = typhus ; typhode) s'accompagnant d'un exanthme, sont transmises par un insecte vecteur, et ont comme rservoirs des rongeurs sauvages.
13.2 Historique
1900, transmissibilit du typhus d'homme homme. 1909, NICOLLE transmission du typhus par le pou. 1910, RICKETTS aux USA dcouvre les rickettsies dans le sang d'un malade atteint de fivre pourpre. 1913, VON PROWAZEK dcouvre les rickettsies dans les poux.
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13.3 Bactriologie
13.3.1 Les rickettsia : classification
Tableau 3 Les principales rickettsies
Maladies I. Groupe des typhus Typhus pidmique Typhus murin II. Groupe des fivres pourpres Fivre boutonneuse Fivre pourpre des montagnes rocheuses Fivre varicelliforme (trs bnigne) III.Groupe des typhus : tropicaux (Scrub typhus) Typhus oriental (tsutsugamushi IV.Groupe des Fivres : des tranches (ou fivre des 5 jours) V. Fivre Q (Query-Fever) VI. Infections Ehrlichia Espces R. prowazeki R. typhi Vecteur pou puce Hte naturel homme rat Lieu Afrique Asie Amrique Afrique du Nord
R.conori R. rickettsi R.akari
tique tique acarien
chien rongeurs souris
Cte mditerranenne U.S.A Villes USA-URSS
R.rochalimae R.orientalis Bartonella ex. Rochalimaea quintana Cox. burneti Coxiella E.sennetsu E.canis aotats pou rongeurs pou
Extrme Orient
Guerre de 1914-1918
arosol tique
btail rongeurs
Monde Entier Japon Malaisie Etats-Unis
Plusieurs espces voisines bien qu'antigniquement diffrentes. R. prowazeki = typhus pidmique R. typhi = typhus murin R. conori, R. rickettsi, R. akari = groupe des fivres pourpres. R. orientalis = typhus oriental (ou Scrub typhus) Bartonella (Rochalimaea) quintana = Fivre des tranches ou Fivre des cinq jours. Coxiella burneti = Fivre Q (Query Fever).
A ct des Rickettsia, il y a un autre groupe de bactries multiplication intraleucocytaire qui infectent l'homme et les animaux domestiques et sauvages. Ces bactries appartiennent au genre EHRLICHIA au sein de la famille des Rickettsiaceae. E.Sennetsu (Japon 1954) et E.canis (Etats-
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Unis 1987) sont pathognes pour l'homme.
13.3.2 Les caractres gnraux des rickettsies

13.3.2.1 Ce sont des bactries
En effet : division par scissiparit, paroi qui contient de l'acide muramique, DNA et RNA, sensibilit aux antibiotiques. Cependant, ces bactries sont incapables de se multiplier en dehors des cellules vivantes, comme les virus.
13.3.2.2 Morphologie
On peut observer la morphologie des rickettsies dans les cellules des animaux infects (rongeurs), dans les cellules du sac vitellin des ufs infects, dans les cellules intestinales des arthropodes vecteurs (poux). Coloration : bactries Gram ngatif, mais coloration non utilise. Les colorations usuelles sont la coloration de Giemsa et surtout celle de Macchiavello et Stamp (coloration par la fuchsine 5 mn, dcoloration par l'acide citrique 0,5 % quelques secondes, recoloration par le bleu de mthylne 30 secondes). Forme : bacilles de 0,5 de long, parfois des formes enrubannes, sphriques. (grand polymorphisme). Microscopie lectronique : pas de flagelle, ni de capsule ni de spore.
13.3.2.3 Constitution chimique

Pas de particularit notable.
13.3.2.4 Vitalit, rsistance

Sensibilit chaleur - antiseptiques. Rsistance conglation et dessication (crottes de poux dessches, poussire).

Antigne thermostable, somatique, spcifique anticorps qui sont : sro neutralisants agglutinant fixant le complment +++
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immunofluorescents+++
Antigne thermosensible, peu spcifique.
13.3.2.6 Culture
Sur animal : endothelium pulmonaire des petits rongeurs et du lapin par inondation de l'arbre respiratoire sous anesthsie. En 4-5 jours, pneumonie rickettsienne. in ovo : embryon de poulet de 6 8 jours, 36C : multiplication dans la paroi du sac vitellin avec rcolte au 3e jour. Sur cultures cellulaires. Dans tous les cas, contrairement aux virus, la cellule ne participe pas directement la biosynthse des rickettsies mais fournit les lments indispensables, de nature pour l'instant inconnue.
13.4 Pouvoir pathogne chez lhomme

13.4.1 Bases du pouvoir pathogne
Toxine(s) rickettsienne(s) : par injection intraveineuse, toxicit par atteinte de l'endothelium des capillaires. Par voie intradermique, elles sont dermo-ncrotiques. Virulence : les rickettsies se multiplient dans les cellules endothliales des capillaires et des artrioles et entrainent des priartriolites qui constituent les nodules de FRAENKEL (polynuclaires, macrophages, lymphocytes) caractristiques des typhus. Les priartriolites sont gnralises mais prdominent dans le derme et le cerveau. Les lsions capillaires expliquent le purpura ; les privascularites expliquent les atteintes viscrales, nerveuses en particulier.
13.4.2 Les diffrentes rickettsioses humaines

13.4.2.1 Groupe du typhus pidmique
Typhus historique. Rservoir : l'homme ; agent vecteur : le pou du corps par ses djections et non par sa piqre (inoculation par les lsions de grattage). Aux Etats-Unis une petite pidmie de typhus R.prowazeki en rapport avec des cureuils volants a t rapporte. L'homme pourrait donc ne pas tre le rservoir unique de R.prowazeki. Clinique incubation : 15 jours, dbut brutal, pseudogrippal, fivre 40C, tuphos sans dissociation du pouls et de la temprature.
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Au 5e jour = ruption : exanthme maculeux ros du tronc et des membres mais respectant le visage, la paume des mains et la plante des pieds ; nanthme pharyng. Biologie : dshydratation, hyperurmie, protinurie, discrte leucopnie. Parfois discrte raction mninge de type lymphocytaire. Mortalit 30 %. Complications cardio-vasculaires (myocardites), nerveuses (encphalites), rnales, pulmonaires, etc. Typhus murin. Agent vecteur : puce du rat (piqre). Rservoir : rongeurs sauvages (rats, mulots, etc). Etat endmique en Afrique du Nord et dans de nombreux autres Pays du Monde. Tableau plus bnin : incubation plus courte 8-12 jours. ruption peut atteindre plante et paumes. volution habituellement favorable.
13.4.2.2 Groupe des fivres pourpres

Fivre boutonneuse mditerranenne. Agent vecteur et rservoir = tique du chien. Rservoir : chien Maladie frquente ( 50 cas/100.000 habitants chaque anne) au pourtour du bassin mditerranen, saisonnire (estivale : 90 % des cas entre Juillet et Septembre), connatre. Incubation : 4-15 ours (moyenne 6 jours). Dbut brutal : fivre 40C sans dissociation du pouls et de la temprature (? typhode), manifestations douloureuses (cphales, myalgies). Eruption au 4e jour voluant par vagues successives atteignant le tronc, la face, les membres, la paume des mains et la plante des pieds : macules roses non confluentes, qui deviennent des papules brunes et cuivres avant de disparatre. L'escarre d'inoculation (au dbut de la maladie), typique, est une petite tache noire (crote) recouvrant une petite ulcration indolore entoure d'une aurole rouge avec parfois adnopathie satellite : le bouton . Sans traitement, gurison en 12 jours avec asthnie. Diagnostic : srologique. Fivre pourpre des montagnes rocheuses (Etats-Unis seulement). Agent vecteur = tique (rservoir = rongeurs sauvages) Incubation : 3-12 jours. Dbut brutal : syndrome grippal svre avec fivre en plateau, dshydratation, signes neurologiques. L'exanthme apparat au 4e jour et est constitu de taches roses qui apparaissent aux extrmits et sur le tronc : extensif, maculo-papuleux, purpurique (placard ecchymotique). L'escarre d'inoculation est inconstante. Pronostic svre (50 % de mortalit). Fivre vsiculeuse ou varicelliforme (R.akari) Se caractrise par son vecteur (acarien), par son ruption vsiculeuse, la prsence constante de l'escarre d'inoculation et son volution favorable. Svit dans les villes USA-URSS
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13.4.2.3 Groupe des typhus tropicaux

Le groupe des typhus tropicaux est reprsent par la fivre fluviale du Japon et le typhus des broussailles. Agent vecteur : larve hexapode de moustiques. Rservoirs : rongeurs sauvages. Le tableau infectieux associe une fivre oscillant entre 38 et 40C, des troubles cardiaques (myocardite) et des signes pulmonaires. Exanthme gnralis, maculeux, escarre noirtre, maladie grave.
13.4.2.4 Autres infections proches des rickettsioses

Fivre des 5 jours ou fivre des tranches (Fivre de Volkynee) Individualise durant la premire guerre mondiale, la fivre des tranches a touch prs d'un million de soldats. Elle s'est ausi manifeste sur une moindre chelle durant la deuxime guerre mondiale. Transmise par les djections du pou du corps, elle se caractrise par un dbut brutal avec fivre, malaise, cphales, douleurs osseuses et frquemment un rash maculaire transitoire. Parfois pisode fbrile unique, parfois fivre en plateau pendant 5-7 jours, parfois fivre rcurrente tous les 5 jours (Quintana). La priode d'incubation irait de 5 20 jours et serait fonction de la taille de l'inoculum. Rcemment, aussi bien en France qu'aux Etats-Unis, des cas de fivre des tranches viennent d'tre dcrits, notamment chez des sujets HIV positifs et d'autres sujets immunodprims, alcooliques, sans-abris. L'agent responsable, Bartonella quintana, a t isol par hmoculture et identifi par biologie molculaire (squenage du gne de l'ARN 16S). Il a provoqu des endocardites chez un certain pourcentage de malades. Fivre Q ou Query Fever L'agent responsable est Coxiella burneti. L'infection est principalement bronchopulmonaire, sans ruption. Infection frquente, rpandue dans tous les pays. Transmission facultative par arthropode, la contamination se faisant principalement par voie respiratoire partir d'un rservoir animal (bovids, moutons) : population rurale expose. Incubation (10 jours), pneumopathie atypique avec troubles respiratoires, fivre, arthralgies, cphales, faisant penser une virose. Diagnostic srologique.
13.4.2.5 Les infections humaines Ehrlichia

La particularit des bactries du genre Ehrlichia est de se multiplier dans les leucocytes. Celle du syndrome clinique qu'elles provoquent est de ne pas comporter d'ruption. Infection Ehrlichia sennetsu Isole pour la premire fois au Japon en 1954, E.sennetsu provoque un syndrome infectieux simulant la mononuclose infectieuse. Depuis la maladie a t observe au Japon et en Malaisie. Infection Ehrlichia canis
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Dcrite pour la premire fois aux Etats-Unis en 1987 (KOICHI MAEDA et al. Human Infection with Ehrlichia canis, a leucocytic rickettsia. N. Engl. J. Med. 1987 ; 316 : 853-856), chez un homme avec un syndrome infectieux grave simultant la fivre pourpre des Montagnes Rocheuses mais sans ruption, E.canis avait t jusque l isole uniquement des canids. Chez le malade atteint, prsence d'une 4 inclusions intracytoplasmiques dans 1 2 % des lymphocytes, polynuclaires neutrophiles et monocytes. Les inclusions correspondent l'examen au microscope lectronique environ 40 micro-organisms. La srologie anti-rickettsienne est ngative.
13.5 Diagnostic des rickettsioses

1. 2. Donnes cliniques et surtout pidmiologiques (saison, sjour en zone d'endmie, chien, profession). Isolement et identification du germe sont difficiles, ne se font pas en routine. Pourraient se faire avant l'ruption par l'inoculation du sang sur : cultures cellulaires, sac vitellin de l'uf embryonn, cobaye, souris, milieu de culture riche (Bartonella quintana).
3.
Possibilit de mise en vidence des rickettsies par immunofluorescence directe d'une biopsie cutane ou chez un insecte vecteur. Anticorps +++ apparaissent vers le 10e jour, antignes spcifiques de chaque forme de typhus qui permettent par consquent le srodiagnostic des rickettsioses.
Mthodes : fixation du complment immunofluorescence-IgM plus prcoce
A faire sur 2 srums prlevs 10 jours d'intervalle. Se mfier des srologies positives sur un seul srum en zone d'endmie, qui peuvent traduire une cicatrice srologique.
13.6 Traitement des rickettsioses

Prventif : chimioprophylaxie : doxycycline 100 mg/1 j sur 7, pouillage. Rle favorisant de l'immunodpression, l'alcoolisme, l'exclusion sociale. Curatif : doxycycline 200 mg/jour jusqu' deux jours aprs la gurison clinique (en moyenne 117/122
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une semaine). Ce traitement s'applique aux infections Rickettsia et Ehrlichia.
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Les chlamydia
Chapitre 14 Les chlamydia

Les bactries du genre chlamydia sont des bactries de petite taille incapables de faire la synthse de leurs propres constituants et, de ce fait, parasites intracellulaires obligatoires. Elles sont reprsentes par trois espces principales : C.trachomatis qui est responsable du trachome pidmique, d'infections gnitales et oculo-gnitales, et de la maladie de Nicolas et Favre ou lymphogranulomatose vnrienne ; C.psittaci, agent de l'ornithose-psittacose, dont les rservoirs de germes sont les oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et certains mammifres (ovins, bovins, chat), qui est responsable d'infections respiratoires chez l'homme, et C.pneumoniae, dont le rservoir de germe est l'homme, qui est responsable d'infections respiratoires chez l'homme.
14.1 Caractres gnraux des chlamydia

Petite bactrie arrondie de 0,3 de diamtre, la forme virulente des chlamydia est le corps lmentaire. Celui-ci est adapt la survie dans le milieu extrieur, sans possibilit de multiplication mais avec l'aptitude de pntrer par phagocytose l'intrieur de la cellule-hte. Dans la vacuole de phagocytose, le corps lmentaire se transforme en 6 8 heures en corps rticul, lment plus grand dont l'ADN est rticul, qui est responsable de la multiplication des Chlamydia. En 18 24 h, le corps rticul augmente de volume, se transforme en inclusion intracytoplasmique contenant de nombreux corps rticuls qui vont ensuite voluer en corps lmentaires. La cellule-hte va ensuite clater et librer les corps lmentaires qui, leur tour, vont recommencer un nouveau cycle de multiplication intracellulaire. Les Chlamydia possdent des antignes de genre communs toutes les espces, des antignes d'espce diffrents chez C.trachomatis, C.psittaci et C.pneumoniae, et des antignes de type permettant de distinguer parmi l'espce C.trachomatis les types A, B, C du trachome, D K des infections gnitales et le type L de la lymphogranulomatose vnrienne. L'tude des anticorps spcifiques est intressant pour le diagnostic srologique de l'infection par chlamydia, quoique la positivit du srodiagnostic puisse traduire l'infection passe et non pas l'activit actuelle du processus infectieux.
14.2 Chlamydia trachomatis

Le rservoir de germe de C.trachomatis est l'homme. La transmission d'homme homme est as-
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Les chlamydia
sure par contact direct (sexuel, main, linge souill) ou indirect (mouche trachome).
14.2.1 Le trachome
Maladie endmique largement rpandue dans les zones intertropicales, le trachome touche 500 millions de personnes. Dues aux sous-types A, B et C de C.trachomatis il se traduit par une kratoconjonctivite franche avec altration conjonctivale (papilles rouges et follicules translucides, pathognomoniques) et cornenne (pannus = novascularisation) qui volue vers la ccit par surinfection bactrienne, complications mcaniques et ulcration cornenne.
14.2.2 Les infections gnitales ou sexuellement transmissibles

D'incidence croissante, les infections gnitales Chlamydia trachomatis des sous-types D K provoquent chez l'homme des urtrites mucopurulentes trainantes, et chez la femme, des cervicites souvent latentes pouvant se compliquer de salpingite et de strilit. Le nouveau-n peut se contaminer au passage de la filire gnitale et peut faire une conjonctivite gnralement bnigne et plus tardivement une pneumonie interstitielle. Le syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter (arthrite + conjonctivite + urtrite) pourrait tre d C.trachomatis.
14.2.3 Lymphogranulomatose vnrienne ou maladie de Nicolas et Favre

De aux sous-types srologiques L, la maladie de Nicolas et Favre est une maladie sexuellement transmise. Aprs 3 30 jours d'incubation, un micro-chancre apparat au point d'inoculation (gland, vagin, anus) qui s'accompagne quelques jours plus tard d'une polyadnopathie inguinale. Celle-ci va ensuite donner lieu de multiples fistules en pomme d'arrosoir. Des localisations extragnitales peuvent survenir (neurologiques, articulaires, oculaires).

a. Examen microscopique des cellules lsionnelles prleves par grattage : Coloration de Giemsa : inclusions. Mthode peu sensible pour les formes gnitales. Immunofluorescence avec anticorps monoclonaux : met en vidence les corps lmentaires. C'est une mthode sensible (90 % de positivit dans les cas culture +) et spcifique mais sujette des variations individuelles (difficult habituelle de l'interprtation microscopique de la fluorescence !). Hybridation avec des sondes spcifiques : mthode sensible, spcifique et robuste.
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Les chlamydia
b. c.
Culture sensible et spcifique sur culture cellulaire (cellules McCoy ou Hela) dont la positivit est rvle par immunofluorescence. Srologie : micro-immunofluorescente (titre significatif > 64) intressante pour le diagnostic de la maladie de Nicolas et Favre.
14.2.5 Traitement
Prventif : hygine +++ pour le trachome Ciuratif : antibiotiques : cyclines, macrolides, fluoroquinolones.
14.3 Chlamydia psittaci

14.3.1 Le rservoir de germes
Oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et mammifres. Distribution mondiale.
14.3.2 Le pouvoir pathogne

Aprs une priode d'incubation de 1 2 semaines, les Chlamydia se multiplient dans le poumon et entrainent une pneumonie la localisation radiologique atypique, fbrile qui peut se compliquer de myocardite, glomrulonphrite et mningo-encphalite.
14.3.3 Diagnostique bactriologique

Surtout indirect, par raction de fixation du complment, spcifique de genre, ou par immunofluorescence, ou technique ELISA, spcifiques d'espce (titre significatif > 64).
14.3.4 Traitement
Rglements d'hygine publique (pigeons) et d'importation des oiseaux d'agrment. Antibiotiques : cyclines et macrolides.
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Les chlamydia
14.4 Chlamydia pneumoniae

14.4.1 Rservoir de germes
Homme avec transmission exclusivement interhumaine.

Pneumonie atypique, bronchite, sinusite, pharyngite. Rle dans la gense de l'athrosclrose en cours d'claircissement.

Direct : immunofluorescence directe sur frottis d'couvillonnage pharyng avec anticorps monoclonal. La culture est difficile Indirect : par micro-immunofluorescence, les anticorps spcifiques apparaissent 3 semaines aprs la primoinfection (titre significatif > 512).
14.4.4 Traitement
Cyclines, macrolides.
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Bacterio

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Mise jour : 24 mars 2003

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Table des matires

Table des matires

Table des matires Chapitre 1 :

Anatomie fonctionnelle des bactries

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Table des matires 35 35 37 37 37 37 38 39 40 41 42 42 42 42 42 43 44 45 45 47 47 47 47 48 49 49 50 50 50 51 52 53 54 55 55 55 55 56 56

Traitement prventif Traitement curatif

Les streptocoques, entrocoques et pneumocoques

Les bacilles gram positif non sporules

Corynebactrium diphteriae Historique Habitat Pouvoir pathogne Bactriologie

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Table des matires 57 57 58 58 59 59 60 60 60 61

6.1.5 6.1.6 6.2 6.2.1 6.2.2 6.2.3 6.2.4 6.2.5 6.2.6

Entrobactries et autres bacilles gram ngatif non exigeants

Les bacilles a gram positif sporules

Les bacilles gram ngatif hmophiles ou exigeants

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9.3.1 9.3.2 9.3.3 9.3.4 9.3.5

Dfinition Habitat Pouvoir pathogne naturel Diagnostic Traitement

Chapitre 10 : La flore microbienne normale de lorganisme Chapitre 11 : Les spirochetes

Chapitre 13 : Les rickettsia et bactries voisines

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Traitement des rickettsioses

Chapitre 14 : Les chlamydia

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Table des matires

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Anatomie fonctionnelle des bactries

Chapitre 1 Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2 L'anatomie des bactries

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.1 L'appareil nuclaire des bactries

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Anatomie fonctionnelle des bactries

Tableau 1 Cible daction des principaux antibiotiques

synthse des acides nucliques Acides nucliques

1.2.2 L'ADN extra-chromosomique

1.2.2.1 Le facteur sexuel ou facteur F

1.2.2.2 Les plasmides de rsistance aux antibiotiques (ou facteurs R)

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.2.3 Les autres plasmides

1.2.3 Le cytoplasme bactrien

1.2.4 La membrane cytoplasmique

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.4.2 Fonctions principales de la membrane cytoplasmique

1.2.4.3 Certaines substances antibactriennes affectent la membrane cytoplasmique

1.2.5 La paroi bactrienne

1.2.5.1 Structure du peptidoglycane

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.5.2 Diffrences entre bactries Gram positif et Gram ngatif

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.5.3 Rle de la paroi

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Anatomie fonctionnelle des bactries

1.2.6 Structures inconstantes