Rapport dexpertise sur les mortalits de poissons et les efflorescences de cyanobactries de la Loue

tude du fonctionnement de la Loue et de son Bassin Versant

Rapport final Aurlie Villeneuve ENS UMR Bioemco Jean-Franois Humbert ENS UMR Bioemco Romuald Berrebi Onema Alain Devaux INRA/ENTPE Philippe Gaudin UMR INRA/UPPA Franoise Pozet LDA39 Nicolas Massei UMR CNRS 6143, IRESE A Jacques Mudry Universit Franche-Comt Dominique Trevisan INRA UMR CARRTEL Grard Lacroix ENS UMR Bioemco Gudrun Bornette LEHNA-UMR CNRS 5023 Valrie Verneaux Universit Franche-Comt

9 Mars 2012

Expertise mandate par Mr le Prfet du Doubs

Rsum oprationnel Principales conclusions et recommandations

Un groupe dexperts compos de onze membres (Prsident : J.F. Humbert ; Animatrice : A. Villeneuve), a t cr la demande du Prfet du Doubs et plac sous la responsabilit de lOnema (R. Berrebi). Ce groupe de travail avait pour objectif dexpliquer les mortalits de poissons observes sur la Loue et le Doubs en 2010 et 2011, et leurs liens ventuels avec le dveloppement simultan de cyanobactries toxiques au fond de la rivire. En 2010, ces mortalits ont eu lieu entre Lods et Quingey, de janvier mai 2010, avec un pic estim en avril. Elles ont concern principalement la truite et lombre, et dans une moindre mesure, des espces benthiques comme le chabot. En 2011 ces mortalits ont eu lieu entre Mouthier-Haute-Pierre et Lombard, de fvrier avril, puis de novembre dcembre. Le groupe a travaill pendant un an sur les donnes qui lui ont t communiques par diverses sources (notamment lAgence de lEau RhneMditerrane et Corse). Il a galement chang avec le groupe de travail local ainsi que la Mise largie Loue et a particip un sminaire sur le terrain de deux jours, pour rencontrer une partie des acteurs locaux et mieux apprhender la ralit environnementale de la Loue. De ces travaux, il est tout dabord ressorti que lhypothse initiale de lexistence dun lien direct entre les mortalits de poissons et la prsence de cyanobactries toxiques, ntait ni supporte par les publications scientifiques consacres cette question, ni par les donnes disponibles. Fort de ce constat, le groupe dexperts a alors considr que les deux vnements (mortalit de poissons et dveloppements massifs des cyanobactries) navait pas de lien direct entre eux mais quen revanche, ils traduisaient un mauvais fonctionnement de la Loue. Les experts se sont donc, dans un second temps, attachs caractriser ltat de la rivire et de son bassin versant et rechercher les causes de ces dysfonctionnements. Les principaux rsultats sont les suivants : Les caractristiques gologiques du bassin versant de la Loue rendent cette rivire particulirement vulnrable aux pollutions diverses en raison de la faible paisseur des sols et de sa nature karstique qui favorisent le transfert rapide des polluants de la surface vers les rseaux daquifres puis la rivire. La Loue est une rivire qui comporte de trs nombreux amnagements (barrages et seuils) dont les impacts peuvent concerner la fois la qualit physico-chimique (dbit, temprature) et I biologique (continuit cologique) de la rivire. Si ces amnagements ne sont pas rcents, leur effet ngatif sur le fonctionnement de la rivire a pu samplifier dans les dernires dcennies, en lien avec les changements globaux (rchauffement climatique), mais aussi avec des changements plus locaux comme lvolution de loccupation des sols par exemple. Les donnes disponibles sur la qualit chimique des eaux ne permettent pas de caractriser, de faon satisfaisante, ltat trophique de la rivire et notamment les flux de phosphore et dazote. Par ailleurs, les donnes disponibles sur les polluants toxiques susceptibles dtre prsents dans lcosystme sont incompltes. Notamment, aucune information nest disponible concernant, par exemple, les herbicides ou les micropolluants rsultant des activits de traitement du bois. Trois communauts biologiques majeures (algues, macro-invertbrs benthiques et poissons) prsentent un tat trs dgrad qui se caractrise par une faible diversit et/ou par des abondances limites en regard de ce que ce milieu devrait accueillir. Par ailleurs, la disparition de certaines espces de macro-invertbrs (des insectes pour la plupart), sensibles et exigeantes en termes de qualit du milieu, et leur remplacement par des espces plus tolrantes lgard des dgradations, constitue galement un indicateur fort de perturbation de la rivire. Selon les diffrents rapports analyss, cette dgradation des communauts biologiques sest probablement installe au dbut des annes 80. Elle semble traduire la fois un excs de nutriments dans leau (notamment de phosphore), la prsence probable de polluants dorigines diverses, et une dgradation de lhabitat de la rivire. Compte tenu des donnes disponibles, lhypothse la plus probable expliquant les mortalits exceptionnelles de poissons observes en 2010 et 2011, est le mauvais tat gnral des populations rsultant de la dgradation globale de la qualit de la rivire depuis plusieurs dcennies. Dans un tel contexte, les poissons prsenteraient une vulnrabilit exacerbe, les rendant plus sensibles aux changements de certains paramtres de leur environnement. Ce phnomne serait galement amplifi lpoque du frai, priode critique pour des espces telles que les truites et les ombres. Les paramtres incrimins nont pu tre identifis avec certitude, en raison de la finesse et de la dynamique des processus en jeu et des probables synergies sexprimant entre eux. Cependant, parmi les paramtres susceptibles dtre directement impliqus, on peut voquer la temprature,

loxygne et les pathologies piscicoles comme les Saprolgnes. Le constat est identique pour les dveloppements importants de cyanobactrie dcrits en 2010. On ne dispose daucune donne quantifie permettant den attester le caractre exceptionnel et donc den rechercher les causes bien que les donnes de la littrature laissent penser que les nutriments, la temprature, le dbit et lensoleillement seraient des facteurs cls de leurs dveloppements. Pour comprendre pourquoi les communauts biologiques de la Loue prsentent un tat aussi dgrad, le groupe dexperts a recherch quelles ont t les principales volutions dans la rivire et son bassin versant au cours des dernires dcennies. De ces analyses, il ressort que : Si des modifications tendancielles significatives des dbits ne peuvent tre mises en vidence dans la Loue au cours des 30 dernires annes, en revanche certains paramtres parmi ceux disponibles, tels que la temprature de lair, la conductivit ou encore les concentrations en nitrates montrent des volutions significatives. Si elles nexpliquent pas directement les mortalits de poissons ou le dveloppement des cyanobactries, ces volutions tmoignent certainement dune modification du fonctionnement du bassin versant, en cours depuis plusieurs dcennies, sous leffet de diverses contraintes anthropiques. Le bassin versant a subi des volutions significatives au niveau de son occupation et des activits quil supporte, les plus significatives tant (i) laugmentation de la population humaine avec par exemple, des consquences en termes de circulation routire et de pollutions associes, ainsi que de rejets deaux uses (ii) laugmentation des quantits de lait produites et les changements dans certaines pratiques agricoles (production de lisier par exemple) qui ont probablement un impact sur les flux de nitrates dans la rivire. Par ailleurs, les experts prcisent galement que limpact de certaines pratiques de pche et de gestion piscicole sur ltat sanitaire des peuplements de poissons est encore mconnu. Cela concerne par exemple la pratique du no kill qui est probablement stressante pour les poissons ou le repeuplement de la rivire avec des poissons nayant fait lobjet daucun contrle sanitaire et/ou gntique. Ces pratiques peuvent dans certaines conditions, fragiliser les populations piscicoles et favoriser le dveloppement et la dispersion de pathognes. Considrant lensemble de ces observations, le groupe dexperts a propos trois grands types de recommandations : (i) des recommandations oprationnelles pour tenter de redonner, au plus vite, un meilleur tat la rivire, (ii) des recommandations en terme de suivi pour se donner

les moyens dvaluer lvolution de ltat de la rivire et ainsi de prciser le diagnostic et (iii) des recommandations en termes dtudes et de programmes de recherche pour mieux comprendre le fonctionnement de la rivire et de son bassin versant. Concernant les recommandations oprationnelles, quatre actions prioritaires ont t proposes. La premire se rapporte une meilleure matrise des flux de nutriments dans la rivire (et dans son bassin versant), en particulier de phosphore et dazote, pour limiter la production de biomasse algale et les prolifrations de cyanobactries benthiques. Si linformation et lducation sont sans doute importantes, elles ne seront pas suffisantes et cest pourquoi les experts demande ce que soient identifies au plus vite les principales sources de ces deux lments (P et N) afin de prendre des mesures adaptes pour les matriser. La seconde action consiste redonner de la libert la rivire, en effaant certains seuils et barrages, afin dacclrer son coulement et ainsi de limiter le nombre de zones faible dbit qui favorisent le rchauffement des eaux et les prolifrations dalgues et de cyanobactries. Cette mesure permettra galement damliorer la reproduction de certaines espces comme la truite et lombre en augmentant leurs zones de ponte potentielles et en facilitant leur accessibilit. La troisime action concerne les pratiques de gestion de la pche, y compris la politique de repeuplements. Si lamlioration du fonctionnement de la rivire doit permettre le maintien de la qualit piscicole, sans avoir recours au repeuplement, il est recommand, si cette pratique doit tre maintenue, que soit engage une rflexion, permettant de minimiser les risques sanitaires et gntiques quelle peut entraner. Cela pourrait se traduire par un encadrement et un contrle plus efficaces de ltat sanitaire et de la qualit des souches des poissons dverss. La dernire action propose repose sur la vulnrabilit particulire du bassin versant de la Loue (et galement dune grande partie des cours deau du Jura), du fait de son caractre karstique et de la faible paisseur de son sol. Cette vulnrabilit demande, pour garantir un bon fonctionnement des cours deau, un degr dexigence plus lev concernant les activits humaines polluantes. Globalement, il sagit de minimiser le risque environnemental li toutes les activits humaines polluantes, quelles soient dordre agricole, sylvicole, urbaine ou industrielle. Pour chacune des activits risque, une cartographie des zones du bassin les plus vulnrables devrait tre dresse afin de mieux cibler les actions de gestion, limage de ce qui est pratiqu par les agriculteurs pour les plans dpandage. Cette cartographie pourrait tre

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accompagne de llaboration de guides de bonnes pratiques permettant de minimiser les sources de pollution, notamment sur ces zones vulnrables. Des actions dinformation et dducation cibles seraient galement indispensables pour informer les professionnels mais galement les collectivits et les particuliers, de cette vulnrabilit et des consquences quelle peut avoir pour les rivires. Enfin, le respect des mesures rglementaires et la mise en uvre doprations de contrle orientes sur les pratiques juges les plus risque permettraient de finaliser ce travail. Concernant les recommandations en termes de suivi, la premire recommandation du groupe dexperts est de crer un Conseil Scientifique qui associera des scientifiques, des acteurs locaux et des reprsentants de lEtat pour dfinir et coordonner lensemble des suivis raliss sur la rivire et son bassin versant. Le groupe dexperts a en effet unanimement constat, que sil existe beaucoup de donnes sur la Loue, leur faible qualit (essentiellement lie leur htrognit), a considrablement limit leur exploitation et donc la comprhension des phnomnes. Il sera donc de la responsabilit de ce Conseil Scientifique de centraliser les donnes disponibles et den dfinir les modalits de diffusion. Concernant les suivis, le groupe dexperts recommande : De mieux caractriser la qualit physico-chimique de leau notamment en compltant les mesures ponctuelles par des mesures en continu de certaines substances. Par ailleurs de nombreux contaminants dont la prsence est suspecte du fait des activits humaines en cours sur le bassin, mais encore non documente, devront faire lobjet dun suivi spcifique pour dterminer le risque quils constituent pour les communauts biologiques. De dfinir avec la plus grande attention les stratgies dchantillonnage qui seront mises en place pour le suivi des communauts biologiques. En effet, de la qualit de cet chantillonnage dpendra totalement la qualit des analyses produites et donc la capacit fournir des rponses aux questions poses. De mieux suivre les diffrentes activits humaines et les pressions quelles entranent, afin de caractriser plus prcisment le lien entre ces pratiques et ltat de lcosystme. Ces donnes sont en effet essentielles pour mener bien un diagnostic et pour valuer le rsultat des mesures de gestion prises. Les recommandations sur les travaux de recherche ont comme objectif dobtenir rapidement des lments de rponses des questions prioritaires, relatives au fonctionnement et lvolution de la Loue et de son bassin versant. Cinq domaines cls ont t identifis: Mieux connatre les impacts des toxiques sur les poissons. Il sagit notamment dvaluer la pression

gnotoxique exerce par les toxiques sur les organismes aquatiques; Mieux connatre les impacts de la pollution par lazote sur les organismes aquatiques. Il sagit de mettre en vidence limpact de cette pollution sur les macroinvertbrs benthiques (insectes) et sur le fonctionnement global de la chane alimentaire par traage de la signature isotopique de lazote; Mieux connatre lhistorique de la dgradation de la Loue et de ses affluents. Pour cela, il est possible de travailler sur les sdiments des lacs du plateau du Jura qui constituent de vritables archives concernant les pollutions organiques (azote, phosphore et carbone). Ltude de ces sdiments permettrait de comprendre la dynamique temporelle de la dgradation des cours deau de la rgion. Mieux comprendre le dterminisme des prolifrations de cyanobactries et de leur toxicit. Les conditions environnementales conduisant au dveloppement massif de cyanobactries toxiques pourront tre identifies sur la base des suivis des biomasses de cyanobactries mis en place dans la rivire, coupls des exprimentations spcifiques concernant lexpression des gnes conduisant la production de toxines. Composition du groupe dexperts Responsable Onema de lexpertise : R. Berrebi (Onema Vincennes) Prsident: J.F. Humbert (ENS UMR Bioemco) Animatrice scientifique: A. Villeneuve (ENS UMR Bioemco) Experts : G. Bornette (LEHNA-UMR CNRS 5023 Universit de Lyon 1), A. Devaux (LEHNA-UMR CNRS 5023 USC INRA IGH), P. Gaudin (UMR INRA/UPPA ECOBIOP), G. Lacroix (ENS UMR Bioemco), N. Massei (UMR CNRS 6143, IRESE A Universit de Rouen), J. Mudry (Laboratoire ChronoEnvironnement Universit Franche-comt), F. Pozet (LDA39, Poligny), D. Trevisan (INRA UMR CARRTEL), V. Verneaux (Laboratoire ChronoEnvironnement Universit Franche-comt)

III

Rapport dexpertise sur les mortalits de poissons et les efflorescences de cyanobactries de la Loue
Contexte gnral de lexpertise prsentation de la structure du rapport et
Qu'est-ce que la DCE ?

La Loue est une rivire emblmatique de la Rgion Franche-Comt qui a t caractrise, au sens de la DCE (voir encadr), par un bon tat biologique et une bonne qualit chimique de ses eaux. Ce diagnostic tabli en 2010 par la DREAL et lAgence de lEau sest appuy (i) sur les analyses des peuplements de macroinvertbrs, de macrophytes et de diatomes qui rvlaient la prsence de peuplements stables et quilibrs, caractristique d'une bonne qualit physicochimique de leau et d'une grande qualit d'habitat, et (ii) sur les analyses physico-chimiques de leau qui ne semblaient pas montrer de signes deutrophisation (excs de nutriments) du cours d'eau ou de pollution majeure par des phytosanitaires et/ou des mtaux lourds. Malgr ce bon tat tablie au sens de la Directive Cadre sur lEau, des mortalits de poissons ainsi que des dveloppements importants de cyanobactries benthiques (c'est--dire fixes sur des substrats en fond de rivire) sont signals de faon rcurrente depuis quelques annes sur la Loue, et de faon plus aigu au printemps 2010, sur un tronon allant de la source jusqu la commune de Quingey. Ces mortalits semblent avoir touch aussi bien des Salmonids (truite commune et ombre commun) que des petites espces benthiques (chabot et loche franche). Suite ces phnomnes une tude ralise en 2010 par le bureau dtude Aqua-Gestion la demande de lAgence de leau Rhne-Mditrrane et Corse, concluait que la prsence massive de cyanobactries benthiques productrices d'une neurotoxine tait trs probablement lorigine des mortalits de poissons observes en 2010 dans la Loue. Le lien propos entre les mortalits de poissons et les prolifrations de cyanobactries a suscit une forte raction et une mobilisation trs importante de la population locale et des mdias. De nombreux articles ont paru dans la presse rgionale et nationale et plusieurs manifestations pour sauver la Loue ont t organises. Une plainte contre X, pour destruction de faune aquatique, atteinte au milieu, pollution et toutes autres infractions qui seront mises en vidence dans cette affaire, a mme t dpose par la Commission de Protection des Eaux de FrancheComt qui sest constitue partie civile. Dans ce contexte, le Prfet du Doubs a mandat lOnema pour conduire une expertise afin didentifier les causes des mortalits de poissons et

Face toutes les pressions exerces sur les cosystmes aquatiques continentaux et la ncessit dvaluer leurs impacts, les autorits europennes, ont adopt, en octobre 2000, la Directive Cadre sur lEau (DCE). Cette Directive a comme objectif ambitieux datteindre le bon tat cologique des masses deau superficielles et souterraines lhorizon 2015. Cet tat cologique est valu par rapport une situation de rfrence, partir de trois critres : les paramtres physico-chimiques, la qualit biologique et lhydromorphologie. La qualit physico-chimique est value par rapport la prsence de : - Macro-polluants. Il s'agit de la pollution classique : matires en suspension (MES) ou nutriments (nitrates/nitrites, phosphates...) - Micro-polluants minraux (mtaux lourds tels que mercure, cadmium, plomb...). Ces polluants peuvent tre d'origine naturelle et/ou anthropique. - Micro-polluants organiques dorigine d'origine anthropique : biocides, pesticides, mdicaments... La qualit biologique est estime par rapport la prsence et l'tat de quatre grands groupes biologiques : les poissons, les invertbrs, la flore aquatique et le phytoplancton. Cette estimation est ralise via des indicateurs spcifiques, standardiss et normaliss. Sur ce plan, la DCE laisse chaque Etat membre libre de choisir ses indicateurs. Actuellement la France dispose de trois indices rpondant aux critres de la DCE : l'IBD (Indice Biologique Diatomes), IBGN (Indice Biologique Global Normalis) et IPR (Indice Poisson en Rivire), ceux-ci ayant t conus pour valuer une population par rapport une rfrence. Pour combler les carts entre les diffrents indicateurs utiliss par les Etats membres, des harmonisations sont en cours. Lhydromorphologie consiste tudier le rgime hydrologique, la continuit de la rivire et ses conditions morphologiques (profondeur, largeur, rives...). des prolifrations de cyanobactries, dans le but de proposer des actions pour empcher que de tels vnements ne se reproduisent dans les prochaines annes. Cette expertise centre sur la Loue devait galement intgrer, dans la mesure du possible, le cours deau du Haut Doubs, sur lequel des mortalits avaient galement t constates.

Elle devait aussi sattacher dvelopper une vision comparative avec des cours deau voisin comme le Cusancin ou le Dessoubre, o aucune mortalit de poissons ni aucun dveloppements importants de cyanobactries nont t observs (voir courrier entre la Prfecture et lOnema). Pour rpondre cette demande, lOnema a constitu un Groupe National d'Experts en fvrier 2011, sachant quune telle expertise demandait de dvelopper une vision systmique du fonctionnement de la rivire, intgrant la fois son fonctionnement naturel et les multiples impacts induits par les amnagements et les diffrentes activits humaines du bassin versant. Pour ce faire, onze scientifiques issus de diverses Universits et Instituts ont t runis de manire rassembler lensemble des comptences ncessaires ce travail (hydrologie, hydrogologie, chimie de leau, cotoxicologie, pathologie des poissons, cologie aquatique...). Ce groupe a travaill sous la prsidence de Mr. J.F. Humbert et a bnfici dune animation scientifique et technique assure par Mme A. Villeneuve. Lexpertise, mene durant 1 an (de fvrier 2011 fvrier 2012) a t conduite sur la base des diffrents rapports dtudes et donnes disponibles. Il tait prvu ds le dbut de cette expertise, que le groupe dexperts nengagerait aucune nouvelle tude. En revanche, lorsque la qualit et la quantit des donnes disponibles le permettaient, de nouvelles analyses ont t conduites afin de les exploiter plus en profondeur. Cette expertise a galement bnfici dchanges rguliers avec le groupe dexperts locaux pilot par lAgence Rhne-Mditerrane et Corse et Mr V. Porteret, ainsi qu avec la Mise largie Loue runie sous lgide du Prfet. Un sminaire de travail, organis sur le bassin versant de la Loue en juin 2011, avec laide de lAgence de lEau Rhne-Mditerrane et Corse et de la Direction Dpartementale des Territoires du Doubs a galement permis aux experts de mieux apprhender la ralit du terrain et en premier lieu, la complexit du systme karstique de la Loue, et de questionner sur leurs pratiques, les diffrents acteurs prsents sur le bassin. Le rapport issu de tous ces travaux prsente de manire synthtique sous forme de questions/rponses les principaux rsultats aquis au cours de lexpertise. Ce type de prsentation a t choisi la fois pour sa vertu pdagogique mais galement pour donner un juste reflet de la progression de la rflexion du groupe dexperts. Les premires questions (questions 1-5) sattachent essentiellement, dcrire et comprendre les deux vnements de mortalit de poissons et du dveloppement de cyanobactries et analyser diffrentes hypothses simples pouvant expliquer la survenue de ces deux vnements, sachant quune attention particulire a t porte sur le lien entre les pathologies 2

retrouves sur les poissons, leur mortalit et la prsence de cyanobactries toxiques. Suite cette analyse et pour des raisons qui seront expliques dans le rapport, le groupe d'experts a rapidement considr que les mortalits de poissons et le dveloppement massif des cyanobactries navaient probablement aucun lien direct mais quils traduisaient plutt une dgradation de l'tat de sant de la Loue sans doute trs ancienne. En consquence, les rflexions du groupe se sont axes sur l'identification des facteurs et des processus qui ont pu conduire des modifications du fonctionnement de cet cosystme et ces deux vnements. Dans ce but, nous avons tent, de comprendre le fonctionnement global de lcosystme Loue et de son bassin versant, et didentifier les principales volutions qui sont survenues en leur sein, au cours des dernires dcennies. Cette analyse, synthtise dans la question 6, a t conduite sur les diffrents paramtres physico-chimiques et hydrologiques, ainsi que sur les diffrentes pressions et activits humaines du bassin versant. Elle a t complte par une tude de lvolution des principales communauts dorganismes aquatiques peuplant la Loue (macro-invertbrs benthiques, macrophytes, poissons). Ce diagnostic a permis au groupe dexperts de proposer des scnarios ayant pu conduire aux mortalits de poissons et au dveloppement massif des cyanobactries observs en 2010/2011 (question 7). Il a sembl important au groupe dexperts de proposer des protocoles de suivis et des actions de recherche (questions 8 et 9) pour mieux comprendre le fonctionnement et les volutions de la Loue mais aussi pour mieux cerner les raisons de la survenue des mortalits et des dveloppements de cyanobactries. Enfin, le groupe dexperts propose diverses mesures pour tenter dviter que de tels vnements ne se reproduisent (question 10). 1. Quels sont les vnements ayant conduit cette expertise ? Lvnement ayant dclench cette expertise est celui dun pisode de mortalit de poissons sur la Haute Loue en 2010, sur un secteur compris entre Lods lamont de la rivire, et Quingey laval. Cet vnement a eu lieu de janvier mai 2010, avec un pic estim en avril. Les mortalits ont concern principalement la truite commune (Salmo trutta) et lombre commun (Thymallus thymallus), et dans une moindre mesure, des espces benthiques comme le chabot (Cottus sp.) et la loche franche (Barbatula barbatula). Le constat du caractre massif de ces mortalits de poissons, tait fond sur la base dobservations et de collectes de poissons effectues ponctuellement sur la Loue par les agents de lOnema et de la

Fdration Dpartementale de Pche et de Protection du Milieu Aquatique du Doubs, mais aussi par des pcheurs et des riverains. Il a ensuite t relay par un bilan sanitaire ralis la demande du Syndicat mixte de la Loue (Rapport de synthse mortalits piscicoles sur la Loue , LDA 39, 2010), sans quaucune valuation chiffre de mortalit ou de morbidit ne soit cependant tablie. Un autre pisode important de mortalit a galement t signal en 2011. Contrairement celui de 2010, cet pisode a fait lobjet dobservations rgulires et rigoureuses qui ont t effectues par un agent de lOnema (SD 25) entre la station amont de Mouthier Haute-Pierre et la station aval de Lombard, de fvrier avril, puis de novembre dcembre 2011. Ce suivi se poursuit encore actuellement. Pour rsumer les premiers rsultats acquis, il apparat que, toutes espces de poissons confondues (sur un total denviron 5000 poissons pchs ou observs), le taux de mortalit global est estim comme tant proche de 5%, et le taux de morbidit (calcul comme le rapport entre le nombre de poissons malades, cest dire de poissons prsentant des lsions externes et/ou ayant un comportement anormal, et le nombre total de poissons observs) comme tant proche de 3% (Rapport de synthse, Onema, 2011). Il faut cependant prciser que ces valeurs de mortalit et de morbidit ne sont pas reprsentatives de lensemble de la rivire ou de lanne dtude, faute dun plan dchantillonnage adapt. Il est ncessaire de rappeler que de tels pisodes de mortalit sont observs de faon rcurrente depuis plusieurs annes chez la truite et lombre sur le bassin de la Loue (et sur beaucoup dautres rivires en France et dans le reste du monde (Baudouy et Tuffery, 1973)). Ces pisodes ont eu lieu en hiver et au printemps aprs la priode de frai, car les poissons sont alors plus vulnrables aux agents stressants (biologique, chimique et physique). La particularit de lvnement de 2010 tient sa prcocit, sa dure (plusieurs mois), et au fait quil a concern de nombreux poissons de plusieurs espces (Etude de la qualit piscicole sur quatre stations de la Loue, rapport Onema, 2010). 2. Les vnements de mortalit de poissons et de dveloppement des cyanobactries benthiques observs en 2010-2011 ont-ils rellement un caractre exceptionnel ? Compte tenu de labsence de donnes chiffres sur les mortalits de poissons dans la Loue, en dehors de celles obtenues par l'Onema en 2011, il nest pas possible de dgager de tendance concernant lvolution temporelle de la mortalit de poissons dans cet cosystme et de ce fait de qualifier le caractre de gravit des pisodes de mortalit enregistrs en 2010 et 2011. Il convient de rappeler que le caractre anormal de ces mortalits repose sur des observations non quantifies et 3

Que sont les cyanobactries ? Les cyanobactries sont des microorganismes procaryotes photosynthtiques capables de coloniser tous les types dcosystmes, ds lors que de la lumire est disponible. Dans les milieux aquatiques, elles se dveloppent soit dans la colonne deau (vie planctonique), soit fixes un support (vie benthique). Les cyanobactries possdent des caractristiques physiologiques et cologiques qui leur permettent, quand les conditions leur sont favorables, de prolifrer au sein des cosystmes aquatiques. Dans le cas, de la Loue, et plus gnralement des rivires, les problmes defflorescences de cyanobactries concernent presque toujours des espces ayant une vie benthique. Les prolifrations de cyanobactries induisent des dysfonctionnements dans les cosystmes aquatiques (perte de biodiversit, diminution des concentrations en oxygne dissous en fin de prolifration) et elles en perturbent les usages, en raison notamment de leur capacit produire des toxines dangereuses pour la sant humaine et animale. Cest ainsi par exemple quen 2003, deux chiens ayant bu de leau de la Loue sont morts en raison de la prsence dune cyanobactrie productrice dune neurotoxine (Gugger et al., 2005) et quil en est de mme depuis quelques annes pour la rivire Tarn (Cadel-Six et al., 2007). Des mesures dinterdiction de baignade ou de production deau potable peuvent donc tre prononces lorsque de tels vnements surviennent dans des plans deau ou des rivires utiliss pour ces usages. ralises essentiellement par des riverains, des pcheurs et des agents de lEtat. Cette remarque vaut pour les vnements rcents, mais galement pour ceux, plus anciens, qui ont t dcrits dans la presse locale depuis les annes 70 (dossier de presse fourni par la Dlgation interrgionale n9 de lOnema). Labsence quasi-totale de donnes scientifiques pouvant faire lobjet danalyses statistiques ne permet donc pas de confirmer, sans ambiguit, le caractre exceptionnel des mortalits de poissons observes sur la Loue au cours des annes rcentes. Il en est de mme pour les mortalits de poissons juges anormales en 2010 et 2011 dans un autre hydrosystme franc-comtois, le Doubs dans sa partie franco-suisse laval de Pontarlier, pour lequel nous ne disposons ce jour daucune statistique exploitable (observation GFA, La Chaux de Fonds, mai 2010 ; Surmortalit de truites dans le Doubs frontire : investigations du FIWI effectues sur un chantillon de truites du Doubs en janvier 2011, rapport final, Universit de Berne).

Diversit et toxicit des cyanotoxines Il a t dmontr quau moins 46 espces de cyanobactries, planctoniques et benthiques, ont le potentiel de produire des toxines (Ernst et al., 2005). Ces toxines se caractrisent par une grande varit de structures chimiques (petits peptides, alcalodes) et de mcanismes de toxicit. En fonction de leur mode daction, les cyanotoxines sont classes en hpatotoxines (microcystines par exemple), neurotoxines (anatoxines par exemple), cytotoxines, ou encore en dermatotoxines. En terme de mortalit, les poissons sont considrs comme plus rsistants que les mammifres la prsence de toxine. En effet, les DL50 pour la microcystine (dose de toxine entranant la mort de 50% des organismes) mesures sur la carpe et la perche sont respectivement de 500 g.kg-1 et 1500 g.kg-1 de MC-LR* (Rabergh et al., 1991 ; Ibelings et al., 2005) alors quelles varient entre 50 g.kg-1 300 g.kg-1 de MC-LR* pour les mammifres (effets mesurs aprs injection intrapritonale et dpendant de lespce teste) (Sivonen et Jones, 1999). La toxicit des neurotoxines sur les mammifres, a t largement tudie. Ainsi, les DL50 sur souris sont respectivement de 375 g.kg-1 pour lanatoxine-a, 250 g.kg-1 pour lhomoanatoxine, 20 g.kg-1 pour lanatoxine-a(S) et 10 g.kg-1 pour la saxitoxine (Kuiper-Goodman, 1999). A titre de comparaison, les DL50 sur souris de la toxine botulique est de 1,4 g.kg-1 et de 350-1000 g.kg1 pour les venins de serpents de types cobras (selon lespce considre). Les cyanotoxines sont donc des poisons relativement puissant et on comprend pourquoi, dans lenvironnement, les neurotoxines ont t identifies comme responsables de la mort de chien (Gugger et al., 2005 ; Wood et al., 2007, 2010), de flamants roses (Krietniz et al., 2003) et de btail (Mez et al., 1997). Concernant les effets de ces toxines sur les organismes aquatiques et en particulier sur les poissons, les donnes existantes concernent exclusivement des travaux en laboratoire. Ces tudes permettent dapporter une information importante sur la toxicit potentielle des cyanotoxines, mais elles ne permettent pas dvaluer les risques rels en milieux naturels en raison des protocoles utiliss concernant par exemple ladministration des toxines (injection), les doses ingectes ou la dure dexposition. Parmi ces tudes, il a t par exemple montr (Ernst et al., 2006 et 2007) que les microcystines (toxines hpatiques) produite par une cyanobactrie qui prolifre dans les lacs alpins, pouvaient induire un stress physiologique et des modifications de comportement chez le Corgone. Enfin, il faut signaler que pour les neurotoxines, aucune donne nest disponible sur leur transfert potentiel via les rseaux trophiques. 4

Dautres hydrosystmes franc-comtois comme le Dessoubre et le Cusancin, dont les bassins versants sont gographiquement proches de celui de la Loue et prsentent des caractristiques voisines (gologie et occupation des sols), nont pas fait lobjet de tels signalements de mortalit de poissons. Les seules donnes disponibles se limitent des observations parses manant des agents de lOnema en charge de la surveillance de ces cours deau, lexemple dune mortalit piscicole significative recense sur le Cusancin durant les annes 1986-87, sans que lampleur ne soit cependant scientifiquement atteste (source Onema, aprs enqute auprs des agents concerns). Comme pour les mortalits de poissons, il na pas t possible de confirmer le caractre exceptionnel du dveloppement des cyanobactries dans la Loue en 2010. En effet, en dehors dune tude dbute cette anne-l puis poursuivie en 2011, en rponse aux mortalits de poissons, aucune autre donne quantitative sur limportance des biofilms de cyanobactries dans la Loue nest disponible. Par ailleurs, la trs faible qualit des donnes rcoltes ne nous permet pas de juger rellement de limportance de la biomasse des cyanobactries benthiques et de la nature des espces prsentes. Pour cela, il aurait t ncessaire de mettre en uvre une stratgie dchantillonnage trs rigoureuse, ce qui na pas t le cas dans cette tude. Il faut signaler que des dveloppements importants de biofilms cyanobactries ont dj t observs dans dautres cours deau franais (le Tarn) ou trangers (Nouvelle-Zlande) et que de nombreux auteurs pensent que ces vnements vont se multiplier dans lavenir. Les cyanobactries semblent en effet favorises par le rchauffement des eaux et laugmentation des radiations UV et de la teneur en CO2. De mme, une diminution du dbit des cours deau lie la baisse des prcipitations pourrait galement se traduire par une augmentation de la frquence, de la dure et/ou de lintensit des blooms de cyanobactries benthiques ou planctoniques (Wiedner et al., 2007 ; Paerl et Huisman, 2008). 3. Quelles taient les premires hypothses mises pour expliquer les mortalits de poissons dans la Loue en 2010 ? En 2010, le bureau dtude qui tait en charge du suivi des cyanobactries dans la Loue, avait prsent comme hypothse pour expliquer les mortalits de poissons que ces derniers avaient t intoxiqus par les toxines de cyanobactries. Par ailleurs, un lien direct entre un excs de nutriments (nitrates et phosphates) dans leau et la prolifration de cyanobactries toxiques tait galement propos dans cette mme tude mais galement par certains acteurs locaux. Enfin, laugmentation des concentrations en nitrate et en

phosphate (bien que non quantifie par le rseau de surveillance) avait t relie aux activits agricoles. Ces trois hypothses ont motiv la prsente expertise et elles ont donc t examines prioritairement. La prsence de cyanotoxines associes aux prolifrations de cyanobactries plagiques ou benthiques a t rpertorie partout o des recherches ont t entreprises. Mme si le risque sanitaire li la prsence de ces toxines n'est plus prouver, il a galement t montr que les poissons y sont peu sensibles. Cest ainsi quaucun cas de mortalit de poisson directement li un empoisonnement par les cyanotoxines na t dcrit en milieu naturel dans la littrature (voir encadr). Les seuls cas rapports de mortalit piscicole lis directement aux cyanotoxines concernent des travaux raliss en laboratoire. Par exemple, Osswald et al. (2007) ont rapport la mort de juvniles de carpe aprs 26-29 h dexposition des cellules entires dAnabaena sp. (107 cellules.ml-1 contenant 970 g danatoxine-a g-1 de poids sec). Ces densits cellulaires et concentrations en toxines sont trs lves et mme si elles peuvent parfois sobserver en milieu naturel lors de prolifrations de cyanobactries plagiques formant des accumulations en surface des plans deau, il est extrmement peu probable que ce soit la cas pour les poissons de la Loue. En effet, dans cette rivire, les seules cyanobactries observes sont des espces benthiques qui ne sont a priori pas consommes par les truites et les ombres. Sachant que, lors de prolifrations de cyanobactries benthiques, les concentrations en toxines dans leau sont toujours infrieures aux seuils de dtection, lexposition de poissons tels que lombre ou la truite ces toxines peut donc tre considre comme trs limite, voire nulle. Une autre hypothse permettant de relier les cyanobactries des pisodes de mortalit de poissons serait celle de lanoxie nocturne (concentration en oxygne dissous proche de zro). En effet, de tels phnomnes surviennent dans de nombreux plans deau, en fin de prolifration, lorsque la matire organique est dgrade par les bactries. Aucun lment ne nous permet de dire quun tel processus puisse exister dans la Loue et provoquer des mortalits massives de poissons, mme si on ne peut pas exclure lexistence de variations importantes dans les concentrations en oxygne, certaines priodes de lanne et sur certains tronons de la rivire. Pour toutes ces raisons, lhypothse dun lien direct entre les cyanobactries (et leurs toxines) et les mortalits de poissons observes dans la Loue semble donc peu probable et ne constitue pas une piste prioritaire.

4. Peut-on identifier des causes aigus permettant dexpliquer les mortalits de poissons ? Lorsque des mortalits de poissons surviennent massivement et subitement dans une rivire, les deux causes qui sont le plus souvent retenues sont soit la prsence dun ou de plusieurs nouveaux agents pathognes, soit la prsence dun ou de plusieurs polluants suffisamment toxiques pour provoquer la mort des poissons. Nous avons donc examin ces deux pistes pour la Loue. Lhypothse dune pidmie due un agent pathogne, soit mergent, soit slectionn par les conditions de lenvironnement se devait dtre examine en profondeur car certaines pratiques de pche ( no kill , une pratique consistant relcher volontairement des poissons pchs) ou de gestion de la communaut piscicole (rempoissonement) sont connues comme pouvant potentiellement favoriser lintroduction et la diffusion de certaines maladies. Au cours des vnements de 2010 et 2011, une premire tude a donc concern la recherche dagents susceptibles de provoquer les lsions caractristiques observes sur les poissons moribonds ou morts. En effet, ces derniers prsentaient quasi systmatiquement des atteintes ulcratives cutanes plus ou moins profondes et prfrentiellement localises sur le dessus de la tte et les flancs (au total, 34 truites fario, six ombres, huit chabots, onze loches et deux lamproies ont t analyss en 2010, et 16 truites fario et onze ombres communs ont t analyss en 2011 (cf encadr sur le bilan des analyses effectues en 2010 et 2011). Ces mycoses peuvent potentiellement traduire des syndromes diffrents qui ont tous t examins.

Figure 1 : Photographies dune truite mycose (La Loue 2011)

Dans un premier temps, un examen histologique a permis dcarter lhypothse dune infection par Aphanomyces invadans qui est lagent responsable de lEpidemic Ulcerative Syndrom (EUS). Ce genre Aphanomyces appartient lordre des Oomyctes (protistes filamenteux qui ressemblent des champignons), et selon les critres de lOIE (Office International des Epizooties), il est associ une maladie, lEUS, qui est classe comme grave. Cette maladie est encore absente du territoire franais mais elle doit faire lobjet dun contrle obligatoire ds les premiers lments de suspicion. 5

Par ailleurs, lUlcerative Dermal Necrosis (UDN) dj dcrite en France et associe des mortalits de salmonids en eau douce avec des lsions similaires (dermites ulcreuses) (Roberts, 1993) celles observs sur les poissons de la Loue, a galement t carte, en partie sur la base des examens histologiques et en partie sur le fait quelle na t observe jusqu prsent que sur des espces migratrices. Enfin, le dernier agent tudi appartient au genre Saprolegnia qui est, comme Aphanomyces, class dans lordre des Oomyctes. Il sagit plus prcisment de lespce Saprolegnia parasitica, qui est considre comme un agent opportuniste plutt que comme un pathogne vritable. Ce champignon ne semble pouvoir se dvelopper qu la faveur dune rupture des dfenses naturelles de lhte, ou suite un tat physiologique conduisant un puisement de ses rserves. Une immunodpression est souvent associe ce type dinfection. Ce pathogne peut cependant revtir un caractre pathogne primaire. Lexemple de S. parasitica montre que si un tel caractre pathogne primaire est probable, la gravit de lexpression clinique est nanmoins largement amplifie par la dgradation des conditions de vie des poissons. A ce jour, les lments de caractrisation du pouvoir pathogne des S. parasitica isoles partir de poissons chantillonns dans la Loue et le Doubs nont pas t finaliss. Cependant, les premiers rsultats obtenus par des collgues suisses sur les gnomes de plusieurs souches de ce champignon isoles dans les rivires du Jura, montrent que ces souches semblent prsenter un caractre monoclonal (mme origine gntique). Il pourrait donc y avoir eu, dans la Loue, ainsi que dans dautres rivires de la rgion, lmergence puis la dispersion dune nouvelle souche ayant un pouvoir pathogne lev. A ce jour, lhypothse de la survenue dune pidmie bactrienne, virale, ou encore mycosique, comme tant elle seule responsable des mortalits de poisson constates, a t rejete par le groupe dexperts sur la base des rsultats danalyses pratiques par le LDA39 (cf encadr). La seconde hypothse concernant le rle ventuel dun pisode aigu de pollution pour expliquer les mortalits de poisson mritait elleaussi dtre tudie. Si lon considre les pisodes de mortalit constats en 2010 et 2011, il nexiste pas, dans la limite des informations portes la connaissance du groupe dexperts, de cas officellement document de pollution aigu de nature physico-chimique (polluants organiques par exemple ou pic danoxie). Cependant, il convient de rester prudent sur cette absence suppose de pollution car la note de la DREAL concernant la qualit physico-chimique de la Loue date de septembre 2010 est base sur les seules analyses disponibles partir du rseau de surveillance DCE (six prlvements raliss en fvrier, avril, juin et 6

Examens vtrinaires des poissons Lobjectif des analyses ralises est de rechercher tous les agents pathognes (bactries, virus et champignons) susceptibles dengendrer une altration de ltat de sant des poissons. Pour cela, on ralise un bilan parasitaire exhaustif externe et interne. En 2010, les examens ont rvl la prsence de parasites varis en quantit parfois massive, signant une probable altration des capacits immunitaires des poissons, notamment : - la prsence de vers du genre Gyrodactylus sp en quantit massive, - des acanthocephales, des trmatodes, des nmatodes soit larvaires enkysts dans les organes (foie, parois digestive) soit adultes et libres dans le tube digestif. - des cestodes lis au tube digestif - et galement des protozoaires du genre Trichodina sp, Apiosoma sp, Chilodonella sp sur la peau des truites fario. La virologie na permis la mise en vidence daucun virus. La bactriologie a permis lisolement de bactries saprophytes de lenvironnement aquatique (Pseudomonas fluorescens, Aeromonas hydrophila, Shewanella putrefaciens , Aeromonas sobria), sans caractre invasif ou septicmique. Les lsions cutanes prsentant un duvet ou velours blanc denchevtrements de mycliums ont conduit lisolement de Saprolegnia parasitica, oomycte dont la confirmation didentification a t ralise ultrieurement par PCR en 2011 par lUniversit de Neuchtel, mais dautres Saprolegniaceae ont galement t isoles de ces lsions (Rapport danalyses LDA 39, 2010). aot 2010, aux stations de Mouthier-Haute-Pierre et de Chamblay). Les conclusions apportes dans cette note taient les suivantes : A la station de Mouthier Haute-Pierre : on ne constate pas, sur les campagnes 2010, de pics pour les nutriments ou de matires organiques ; la Loue dans ce secteur reste de trs bonne qualit vis--vis de ces paramtres et des seuils fixs pour ltat des eaux. Lensemble des paramtres analyss sur la Loue Mouthier HautePierre, que ce soit au niveau des macropolluants, des mtaux, des pesticides ou des micropolluants organiques ne met pas en vidence de dysfonctionnement flagrant lors des campagnes de 2010 . Cependant, il faut noter quune des limites importantes de cette tude repose sur la faiblesse de lchantillonnage (un prlvement tous les deux mois) qui ne permettait pas de prendre en considration les ventuels pics de pollution survenant par exemple, aprs une crue. Par ailleurs, il nexiste aucun suivi rgulier des tempratures et des teneurs en O2 dissous dans leau sur les stations o des mortalits ont t

constates. Or, ces deux paramtres peuvent tre lorigine de tels phnomnes. Ainsi, depuis une trentaine dannes, des crises danoxie provoquant des mortalits de poisson surviennent rgulirement en t au niveau du bouchon vaseux de lestuaire de la Loire, suite aux grands amnagements effectus dans le port de Nantes Saint-Nazaire. Ces mortalits ont provoqu un dclin des populations de poissons migrateurs amphihalins (Chaudon, 2005, Groupement dInteret Public Loire Estuaire).
En conclusion, il na pas t possible didentifier une cause aigu de mortalit (pathogne ou pollution chimique) qui puisse tre considre comme responsable des phnomnes observs sur la Loue en 2010 et 2011. Cependant, si lhypothse de la prsence dun agent pathogne semble pouvoir tre carte sur la base des analyses ralises, lhypothse dune pollution accidentelle est plus difficile liminer dfinitivement en raison de la quasi-absence de donnes.

5. Peut-on identifier des causes permettant dexpliquer les dveloppements importants de biofilms cyanobactries en 2010 ? Mme sil nest pas clairement tabli que les biofilms cyanobactries ont connu un dveloppement exceptionnel en 2010, le groupe dexperts sest interrog sur les facteurs et processus qui pourraient conduire un tel dveloppement. Ces facteurs et processus qui favorisent la cration dune biomasse importante en cyanobactries benthiques dans les rivires sont encore peu connus. Cependant, les premiers lments disponibles ainsi que les connaissances accumules sur les cyanobactries plagiques laissent penser que ces processus de prolifrations benthiques dpendent probablement de la disponibilit en nutriments, en particulier en phosphore, et des conditions physiques du milieu (temprature de leau, turbidit, clairement et turbulence). Les analyses des concentrations en orthophosphates (PO4) dans la Loue se situent toujours sous la limite de quantification, ce qui, par une lecture rapide, pourrait tre interprt comme une quasi-absence de cet lment. Or, cette limite est trs leve (100 g/L), sachant que des concentrations entre 30 et 100 g/L peuvent suffire assurer la production dune biomasse importante. Par ailleurs, ce rsultat doit tre considr avec prcaution sachant quil dpend de la biomasse organique des producteurs primaires prsents dans la rivire et que celle-ci na pas t estime dans la Loue. En effet, en prsence de fortes biomasses, cet lment est utilis par les organismes ds quil est biodisponible et il nest donc jamais dtect, sous sa forme libre dans leau de la rivire. Enfin, il

est connu que le phosphore circule dans les rivires essentiellement pendant les vnements de crues et aussi que des rserves de cet lment peuvent saccumuler dans les sdiments. Pour la Loue, aucune donne nest disponible sur ces deux points. De plus, des apports locaux en phosphore (par exemple par une arrive deau use dune habitation ou dun groupe dhabitations ne bnficiant pas dun traitement collectif des eaux uses permettant dliminer cet lment) peuvent suffire au dveloppement de tapis de cyanobactries sur des zones plus ou moins tendues. Il serait donc ncessaire de raliser une cartographie des zones de dveloppement des cyanobactries benthiques et dtudier les sources de phosphore potentielles expliquant les biomasses importantes gnres en ces lieux. Concernant les conditions physiques de la Loue, lanne 2010 a prsent des tempratures de lair au dessus des moyennes saisonnires (notamment pour les tempratures maximales) au mois davril et une luminosit importante. Le niveau dtiage tait relativement bas cette anne (bien que des niveaux plus faibles aient dj t enregistrs prcdemment et notamment en 2009) et aucune crue na t enregistre sur la Loue partir de la mi-mars. Toute ces conditions ont donc pu favoriser le dveloppement des cyanobactries. 6. Quelles ont t les principales volutions de la rivire et de son bassin versant depuis les annes 1970 ? Sil sest rvl impossible de dmontrer, en raison dun manque de donnes, que les vnements de 2010 et 2011 ont revtu un caractre exceptionnel, il nest absolument pas remis en question par le groupe dexperts (i) que ltat des peuplements piscicoles de la Loue est trs altr, ce qui peut conduire des mortalits exceptionnelles certaines priodes, (ii) et que les cyanobactries forment des biomasses importantes dans certaines parties de la rivire. Il nous a donc sembl important de considrer, dans la suite de nos travaux, quelles ont t les principales volutions de la Loue et de son bassin versant au cours des dernires dcnnies.
6.1. Caractristiques gologiques de la Loue et de son bassin versant

Au sein du massif jurassien, la Loue est le seul cours deau qui draine transversalement les structures gologiques, de la Haute-Chaine aux plateaux externes et la Bresse. La source de la Loue est la troisime source franaise, avec un dbit moyen de 10 m3/s. La source de son principal affluent, le Lison, est la quatrime, avec un dbit moyen de 8,5 m3/s.

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Figure 2: Dcoupage du Bassin

Le Karst Le karst est un paysage caractristique des massifs calcaires, dans lequel la dissolution a largi les fissures dorigine tectonique. Le milieu est donc trs htrogne, avec coexistence de zones trs ouvertes, trs permables (drains) et de zones peu permables (blocs). Les eaux souterraines rencontres et exploites dans ce milieu peuvent tre vulnrables aux activits humaines (pollution), principalement pour les raisons suivantes : linfiltration de cours deau de surface peut tre concentre et brutale (infiltration ponctuelle et massive de la pollution), les sols et terrains de couverture peuvent tre absents ou trs peu pais (absence de rtention des polluants), les vitesses de transfert de leau, qui peuvent atteindre jusqu plusieurs kilomtres par jour, ne permettent pas la mort biologique des microorganismes pathognes, et louverture des drains ne permet pas leur filtration. Le bassin versant de la Loue CheneceyBuillon est connu grce aux rsultats des nombreux traages dessais effectus (encadr et Figure 2). Il a pour particularit dtre gomtrie variable en fonction de la saison, car il comprend la fois la totalit dun bassin propre, aliment dune part par linfiltration diffuse sur les plateaux et plis jurassiens, de lautre par des pertes totales de cours deau (rapparaissant la source du Lison), et une partie variable du bassin du Haut-Doubs Pontarlier. Ces pertes sont totales en basses eaux et partielles en moyennes et hautes eaux. 8

La problmatique des charges anthropiques passe donc par une spatialisation par sous-bassin, avec une contribution partielle (15%) de la haute valle du Doubs, qui inclut la principale agglomration du bassin : Pontarlier. Afin de spatialiser les principales contraintes anthropiques (rejets dassainissement, pandages de sous-produits de llevage) et de leur volution temporelle, le bassin a t dcoup en 15 sousbassins sur la base des rsultats des traages dessais et du compartimentage gologique (par les failles, les curs anticlinaux impermables, les points hauts structuraux).
6.2. Hydrologie/climat/temprature de leau

Les conditions hydrologiques sont contraintes en permanence par des variations, naturelles ou d'origines anthropiques, pouvant conduire des changements significatifs des rgimes des rivires et plus gnralement de toute masse d'eau. Les changements d'origines anthropiques correspondent au changement dans l'occupation des sols (impermabilisation de surface, dboisement/dforestation, dveloppement des terrains agricoles), l'usage des eaux de surface ou souterraines (prlvements pour l'eau potable et pour l'irrigation) et aux divers amnagements associs ces derniers, et enfin la gestion du risque hydrologique ou mme aux activits rcratives (barrages, retenues, bassins tampons et crteurs de crues, moulins...). A ces sources potentielles de changement des rgimes hydrologiques, s'ajoutent les changements naturels environnementaux, lis notamment aux oscillations climatiques. Ces oscillations affectent naturellement le climat global (i.e. l'chelle plantaire). Mais dans

Ha ut Do ub s

la problmatique actuelle du rchauffement climatique, un point particulirement important concerne lidentification de limpact de changements et doscillations climatiques de large chelle, sur les phnomnes climatiques et hydrologiques observs des chelles plus limites (rgionales voire locales). En effet, le climat global est connu pour varier suivant diverses chelles de temps : annuelles, interannuelles ou pluridcennales. Les variations hydrologiques peuvent enregistrer ces fluctuations qui, dans certains cas, expriment une part non ngligeable de la variabilit hydrologique totale. Par exemple, il a pu tre dmontr rcemment que le dbit de la Seine tait affect par une variabilit interannuelle galement caractristique des fluctuations du climat de l'Atlantique Nord (Massei et al., 2010). Ces fluctuations se retrouvent galement dans les variations du niveau des nappes. Cest ainsi que dans l'aquifre de la Craie de Haute-Normandie, certains pizomtres affichent des variations de charge hydraulique expliques plus de 90% par les fluctuations interannuelles (Slimani et al., 2009). Il est bien sr dmontr que les prcipitations sur le bassin versant de la Seine portent galement la marque de ces oscillations climatiques interannuelles (Massei et al., 2010). Il apparat donc capital de dfinir dans quelle mesure les rivires franc-comtoises, dont la Loue, peuvent tre affectes pas des variations hydrologiques interannuelles associes des hauts ou bas niveaux exceptionnels, en lien avec les fluctuations climatiques. L'objectif est donc ici de caractriser les variations hydrologiques sur le long terme (plusieurs dizaines d'annes) sur les diffrentes rivires partir de sries de donnes de dbits moyens journaliers, de manire : (i) replacer les observations faites sur le court terme (les dernires annes) dans un cadre plus large et de (ii) vrifier certaines hypothses fortes sur l'volution du rgime hydrologique (e.g.: les dbits sont de plus en plus faibles, notamment au printemps ). Les rivires ayant fait l'objet de l'analyse sont le Doubs Goumois de 1956 2011, la Loue Chenecey de 1955 2011, la Loue Vuillafans de 1954 2011, le Dessoubre Saint Hippolyte de 1958 2011, le Cusancin Baume-les-Dames de 1969 2011. Les donnes utilises sont des donnes journalires de dbit (dbit moyen journalier) fournies par la DREAL Franche-Comt. Le protocole utilis pour chaque rivire a consist (i) redfinir le rgime hydrologique (modules mensuels interannuels) partir de la priode d'observation disponible de manire clairement identifier les priodes crue/tiage pour chaque rivire; (ii) analyser les tendances dans les dbits des rivires partir des donnes journalires, mais galement pour les donnes aggrges par mois de l'anne, pour les priodes de hautes-eaux (HE) et d'tiage (BE) sur toute la priode; (iii) analyser les variations du signal hydrologique par l'tude du contenu spectral des sries temporelles 9

hydrologiques, de faon caractriser les changements de la variabilit hydrologique dans le temps, et de dtecter l'expression possible de phnomnes climatiques de large chelle. Enfin, une analyse de l'volution de la temprature journalire de l'air (temprature moyenne journalire Besanon) a t ralise afin de fixer le cadre rgional de l'volution climatique dans les dernires dcennies. L'tude de la temprature de l'eau des rivires n'a pas pu tre entreprise en raison du peu de donnes disponibles et de leur mauvaise qualit (frquence d'chantillonnage trop variable pour tre utilis dans une telle analyse). Toutefois, sur le moyen/long terme (chelles annuelles et suprieures), les variations de la temprature de l'eau suivent gnralement des tendances similaires celles de l'air.

Traitement mathmatique des donnes de dbits Pour l'analyse des tendances des sries de dbit aux pas journalier, mensuel, annuel par et par saison et par crue/tiage, des tests de rgression linaire et des tests de corrlation de rangs de type Mann-Kendall ont t employs. Pour l'tude des tendances mensuelles ou saisonnires, les donnes journalires ont t aggrges par mois ou par saison : des sries au pas annuel pour chaque mois ou pour chaque saison ont donc t produites, et testes statistiquement pour dtecter d'ventuelles tendances dans l'volution des dbits pour l'intgralit de la priode d'observation. Ici, les hautes et basses eaux correspondent respectivement aux mois de Dcembre Mars (DJFM) et Juillet Septembre (JAS). L'objectif recherch est de dfinir si certains mois de l'anne ou certaines saisons sont plus particulirement affects par des volutions gnralises des dbits. L'analyse des variations des signaux hydrologiques a t ralise par des mthodologies issues du traitement numrique du signal (ici, transforme en ondelettes continue) dans le but de dterminer les modalits de l'volution des dbits au cours du temps. Il s'agit ainsi de dtecter l'expression de variations non ncessairement priodiques, ou bien d'oscillations dont l'amplitude est susceptible de changer fortement au cours du temps. Nous recherchons dans ce cas des liens possibles entre les variations hydrologiques et les grandes oscillations du climat dans l'Europe de l'Ouest, en prenant comme tmoin de ces dernires l'indice NAO (Oscillation Nord-Atlantique). Cet indice dcrit un phnomne atmosphrique d'oscillation NordSud entre deux masses d'air dont les centres d'action sont localiss prs de l'Islande et audessus de la zone atlantique sub-tropicale, des Aores la pninsule ibrique (Hurrell, 2003). Il varie de +5 5 selon la diffrence des anomalies de pression entre l'anticyclone des Aores et la dpression d'Islande. Aux phases positives de l'indice NAO sont associes des conditions hydrologiques plus humides que la normale dans le Nord de l'Europe, et plus sches au Sud (et inversement lorsque l'indice est ngatif). D'aprs Hurrell (1995), entre 1899 et 1994, la NAO explique plus de 36% de la variabilit du champ de pression durant les mois d'hiver (dcembre mars) pour la rgion 20N-80N et 90W-40W. D'une manire gnrale, et contrairement l'ide vhicule d'aprs la perception locale, les dbits ne semblent pas connatre de diminution importante sur le long terme. Peu de tendances statistiquement significatives ont pu tre dtectes, que ce soit pour la Loue ou pour les autres rivires tudies, pour les dbits journaliers, mois par mois ou aux chelles saisonnires, sur toute la priode d'tude. On relve ainsi une diminution faiblement 10

significative pour certains mois d't pour le Doubs, le Cusancin, la Loue Chenecey, la Loue Vuillafans. Une augmentation des dbits en hautes eaux et une diminution en tiage sont parfois constates, mais elles ne sont jamais statistiquement significatives. Plus spcifiquement pour la Loue Vuillafans, une analyse de l'volution du nombre de jours de faible dbit ne montre aucune tendance particulire. En revanche, certaines priodes semblent tre associes des tiages plus prononcs : ainsi, depuis les annes 1990, le nombre de jours de dbit infrieur 4.07 m3/s est relativement lev par rapport la moyenne sur 1954-2011 (18,4 jours par an en moyenne sur ces dernires dcennies) ; en 1997, 1998, 2003 et 2009, le nombre de jours de dbit infrieur 4.07 m3/s a respectivement t de 23, 55, 87 et 99 jours. Toutefois, ce mme phnomne a pu galement tre observ par le pass avant les annes 90 o le nombre de jours de faible dbit a ainsi atteint 139, 115, 67 et 59 jours, respectivement en 1962, 1964, 1971 et 1972 (figure 3). L'occurence de priodes de dbit relativement faible souligne ainsi l'intrt de considrer l'existence de fluctuations sur le long terme dans les variations hydrologiques, plutt que d'envisager seulement un aspect tendanciel dans l'volution hydrologique des rivires de la zone d'tude.

Figure 3. En haut : graphique reprsentant le nombre de jours 3 de dbit infrieur 4.07 m /s (dbit moyen en tiage sur la priode tudie) ; en bas : volution des dbits et des oscillations de lindice NAO de 1950 2010.

Grce au recours des techniques d'analyse du signal hydrologique, des oscillations de long terme (interannuelles et suprieures) ont pu tre mises en vidence. Ces fluctuations affectent de la mme manire toutes les rivires, et sont reprsentatives de l'volution des cumuls annuels de dbit. Une

comparaison avec les variations de l'indice climatique NAO (North Atlantic Oscillation) montre que ces mmes oscillations y sont dtectes, comme dans les signaux hydrologiques, ce qui tend dmontrer l'impact assez net des variations climatiques de large chelle sur les variations du dbit moyen annuel des rivires (figure 3bas). Quantitativement, les fluctuations hydrologiques interannuelles forces par les oscillations large chelle du climat provoquent des variations des dbits moyens de +/-10 20 m3/s. Dans la mesure o ces fluctuations apparaissent sur des chelles interannuelles, une observation ralise sur quelques annes successives seulement, peut, si elle nest pas remise en perpective de lvolution long terme, tre interprte tantt comme une augmentation, tantt comme une diminution des dbits moyens, selon que ces annes dobservation se situent au sein de la phase croissante ou dcroissante de cette oscillation de long terme. Par exemple, en 2008, un maximum interannuel de cette oscillation hydroclimatique a t atteint et depuis cette date, les dbits (particulirement ceux d'tiage) tendent diminuer. Il semblerait d'ailleurs que l'observation dun nombre important de jours de faible dbit, comme expos prcdemment, concorde avec ces fluctuations (le nombre de jours faibles dbits semble en effet plus important pendant les priodes de bas niveaux hydroclimatiques/NAO ngative). Notons enfin que sur la base d'une chronique des tempratures journalires moyennes de l'air Besanon de 1931 2005, il apparat sans ambigut que les tempratures augmentent depuis 1931 de manire fortement significative, ce qui traduit un rchauffement notable de la temprature de l'air sur les dernires dcennies et donc probablement de la temprature de leau (Moatar et Gailhard, 2006 ; Benyahya et al., 2008).
6.3. Qualit chimique des eaux et qualit physique du cours deau

avale de Saint-Hippolyte pour le Dessoubre (19862011) et sur celle de Baume-les-Dames laval sur le Cusancin (1975-2011). Si les priodes dobservation sont longues, les sries de donnes sont biaises par une frquence de prlvements trs htrogne. De plus, si certains descripteurs sont relevs frquemment (par exemple la conductivit Chenecey : 465 valeurs), dautres, y compris des lments majeurs, ont t mesurs de manire trop sporadique (exemple, calcium Chenecey : 40 analyses en 35 ans ), ne facilitant pas la construction dune vision globale de la composition et de la qualit de leau.

Les chroniques de donnes physico-chimiques permettent de mettre en vidence des volutions dans le fonctionnement des hydrosystmes, qui peuvent tre lies des phnomnes climatiques et/ou lvolution des pratiques damnagement et dutilisation des bassins versants par exemple. La comparaison des bassins contigus de la Loue, du Dessoubre et du Cusancin, pourrait rvler des similitudes de fonctionnement naturel et anthropique de tout lhydrosystme. Les donnes sont issues du site de lagence de leau RMC et de la station de potabilisation de Chenecey. Sur la Loue deux stations ont t retenues : Chenecey-Buillon car elle correspond la chronique la plus complte (1971-2006) et MouthierHaute-Pierre situe sur le bassin amont de la Loue o les mortalits de poisson ont t rapportes (1982-2011). Pour complter, nous avons galement travaill sur les donnes de la station 11

Figure 4. Evolution de la conductivit (S/cm) et des teneurs en nitrate (mg/L) Chenecey-Buillon de 1971 2006

Lanalyse des chimiogrammes (figure 4) a toutefois permis de mettre en vidence des grandes tendances communes toutes les stations chantillonnes. Ainsi, sur la chronique, on observe (i) une augmentation graduelle des nitrates (de lordre de 0.07 mg/L/an Chenecey), (ii) une diminution de lamplitude des variations (les maxima sont plus faibles) pour le phosphore, lammonium, et la chlorophylle, (iii) une diminution des teneurs en sulfates (iv) et enfin une augmentation significative de la conductivit lectrique (de lordre de 5,7 S/cm/an Chenecey). Plus prcisment, laugmentation annuelle de conductivit est du mme ordre de grandeur sur les quatres stations (4 5,8 uS/cm/an). En revanche, les nitrates augmentent moins sur la Loue que sur les autres rivires. Il est noter que toute ces tendances sont statistiquement significatives. Pour les autres

descripteurs mesurs dans le cadre des rseaux de suivis, aucune tendance na pu tre observe. Afin dexpliquer laugmentation de conductivit, chaque lment majeur a t corrl avec ce paramtre, ce qui a rvl lexistence dune relation positive entre les variations du calcium et celles de la conductivit. En milieu karstique, une telle augmentation de conductivit nest interprtable, en labsence dune augmentation massive par un polluant inorganique identifiable, que par une augmentation des lments majoritaires de la minralisation : calcium et bicarbonates. Une augmentation de minralisation calco-carbonique requiert un changement dans le fonctionnement du processus de karstification, cest--dire une augmentation des pressions partielles de CO2 responsables de la dissolution. Les processus fournissant le CO2 ncessaire la dissolution peuvent tre pour mmoire, (i) les venues profondes de CO2 (inconnues dans le massif jurassien) et latmosphre extrieure, (ii) lactivit biologique du sol (respiration, dcomposition de la matire organique), (iii) la minralisation des acides humiques au cours de linfiltration, (iv) ou la minralisation de la matire organique anthropique (assainissement, pandages agricoles). Il faut donc rechercher les causes de laugmentation de minralisation dans la modification de lun des trois derniers processus. Les deux premiers ont trait loccupation des sols et en particulier aux modifications de pratiques culturales (retournement de prairies ?). Le dernier peut la fois tre li aux rejets urbains (assainissement autonome mal ralis, rejets de STEP ou dversoirs dorage ?) et aux pandages agricoles (cheptel, augmentation des doses dengrais organiques pandues ?). Il faut toutefois prciser que bien que significatif dun changement dans le fonctionnement de lcosystme de la Loue, laugmentation de la conductivit ne peut pas tre directement responsable des deux phnomnes tudis initialement (mortalit des poissons, prolifrations de cyanobactries). Lensemble des activits humaines (industrielles, urbaines et agricoles) sur le bassin de la Loue ainsi que sur celui du bassin du Doubs (apport possible la Loue via les pertes du Doubs) sont galement lorigine de la production de nombreux contaminants susceptibles datteindre la rivire par apport direct, par ruissellement ou encore par transport olien. Dresser une cartographie exacte la fois dans le temps et dans lespace, de la contamination de la Loue est un pari impossible, compte tenu du nombre trs lev de molcules chimiques qui peuvent latteindre et de la frquence des analyses disponibles. Cependant, une tude bibliographique rcente (Vacelet, 2008) permet de rsumer, sur la priode 2000-2008, les analyses chimiques ralises respectivement par les conseils gnraux du Doubs et du Jura, lAgence de lEau RMC et le Groupe 12

rgional pour ltude de la pollution par les phytosanitaires des eaux et des sols (GREPPES), sur leau, les sdiments et les bryophytes de la Loue. Ces analyses ont permis de dtecter pas moins de 123 molcules diffrentes dans ces trois matrices. Si lon interprte les teneurs maximales mesures selon le SEQ-Eau (V2, 2003), on constate que les concentrations maximales en micropolluants organiques (autres que les pesticides) sont qualifies de bonnes moyennes, lexception tant un hydrocarbure aromatique polycyclique (HAP), le benzo-a-pyrne. La situation des pesticides est plus complexe car les classes de qualit peuvent varier de trs bonnes mdicocres. Les donnes sur les mtaux rvlent, quant elles, globalement une qualit bonne moyenne, sauf pour le chrome pour lequel on obtient un indice de qualit mdiocre sur les bryophytes. Il est galement important de rappeler que la Loue est une rivire qui comporte de nombreux ouvrages qui conduisent un ralentissement de lcoulement et une augmentation du nombre de zones lentiques (zones dcoulement peu rapide). Ces ouvrages sont anciens et ne peuvent tre directement dsigns comme responsables des mortalits observes. Ils peuvent cependant contribuer lamplification dun certain nombre de pressions anthropiques comme laccumulation des contaminants dans les zones lentiques et dans leurs sdiments, et lamplitude des variations de temprature et de teneur en O2 dissous. Au bilan lcosystme Loue prsente selon nous, une qualit chimique de son eau que lon peut qualifier de moyenne. Ce rsultat contraste avec ceux issus de lapplication de la Directive Cadre sur lEau, tout dabord en raison de la prise en compte de molcules telles que les insecticides pyrthrinodes de synthse et les fongicides triazols, qui sont utiliss abondamment dans lindustrie du bois et ne font lobjet daucune analyse de routine. Ces molcules ont pourtant t clairement identifies dans les sdiments laval de scieries dans le dpartement du Doubs o elles prsentent une toxicit avre pour les organismes aquatiques (Adam, 2008). Par ailleurs, comme nous lavons signal dans notre analyse sur les concentrations en nutriments, linterprtation de ces donnes sans tenir compte de la biomasse des producteurs primaires, peut conduire considrablement sous estimer les flux de nutriments circulant dans la rivire. En effet, une eau peu charge en phosphore et azote peut rsulter soit dun tat vritablement oligotrophe, soit dune consommation de ces nutriments par la biomasse prsente. Dans le cas de la Loue, si lon prend en compte les biomasses des algues et des cyanobactries prsentes, les faibles concentrations en phosphore ne sont pas la signature dun bon niveau de trophie, comme cela avait t interprt jusqu prsent.

6.4 Evolution de la pression anthropique

Pour essayer de comprendre les volutions observes dans la composition et la qualit chimique de leau de la Loue, il est ncessaire dtudier les pressions exerces sur le bassin versant et sur la rivire en termes de population, dagriculture, dactivits industrielles et rcratives.
6.4.1. Evolution lagriculture globale du bassin versant :

Dans le bassin versant de la Loue en 2011, lagriculture concerne 603 exploitations agricoles reprsentant 539 992 ha de surface agricole utile (SAU) et 44 115 units gros btail (UGB) (Chambre dAgriculture du Doubs, 2011). Ceci correspond au total quelques 3 750 000 units dazote, soit 70 units dazote/ha de SAU produites (50% restitues au pturage et 50 % matrises). Il sagit dune valeur moyenne dans la mesure o une partie de la surface nest pas pandable (protection des captages, bords des cours deau et dolines, etc) et que tous les lots agricoles nont pas la mme vocation. A cette charge organique, il convient dajouter la fertilisation minrale (engrais azots), les lisiers de porcheries et les boues de stations dpuration (pour les lots agricoles concerns par les plans dpandage). La livraison dengrais azots dans le Doubs est passe de 18 uN/ha de SAU dans les 1970 environ 50 uN/ha de SAU au dbut des annes 2000. Depuis 2000, les teneurs livres ont tendance diminuer mais elles restent deux fois plus importantes que dans les annes 1970. Dans le mme temps, les quantits dengrais phosphors livrs ont t divises par six. Si le nombre dUGB lchelle du bassin versant na pas connu de modifications significatives durant la dernire dcennie, la productivit (en litres lait/an/vache laitire) a, quant elle, sensiblement augment. Ainsi, daprs lInstitut de lElevage, les vaches du troupeau national de race Montbliarde produisaient en 2006 6451 kg de lait/an/vache soit prs de 1400 kg de plus que 20 ans auparavant, pour une dure de lactation trs voisine. Cette augmentation de la productivit se rpercute sur la charge produite par un UGB. En ce qui concerne la charge azote, 1 UGB produisait 70 uN/an dans les annes 1980 contre 85 uN/an actuellement (Chambre dAgriculture du Doubs, 2011). Ce gain de productivit sest traduit par une augmentation de la fertilisation (azote minral notamment) pour la production des fourrages, passant de 18 uN/ha SAU en 1973 32 uN/ha SAU en 2009 dans le dpartement du Doubs (Chambre dAgriculture du Doubs, 2011) (figure 5). Toutes ces donnes chiffres concernent uniquement le bassin versant de la Loue. Elles nintgrent pas les donnes agricoles pour le Haut-Doubs qui concernent pourtant en partie la Loue, en raison des pertes de la rivire Doubs en aval de Pontarlier. Une autre volution significative dans le bassin versant se rapporte aux systmes dexploitation. Les systmes exclusivement en fumier reprsentent 13

actuellement 77% des exploitations et 69 % des UGB sur le bassin versant de la Loue contre 23% des exploitations et 31 % des UGB (y compris les ateliers porcins) pour les systmes lisier ou mixtes (lisier-fumier). Les exploitations classiques de type fumier ont volu ces deux dernires dcennies vers des systmes mixtes ou tout lisier pour deux raisons principales : - moins de travail et de pnibilit pour les exploitants en mixte ou tout lisier, - moindre dpendance vis--vis des importations de paille en systme mixte ou tout lisier, sachant que la production du fromage Comt a abouti une monoculture dherbe (90 % de la SAU du bassin de la Loue sont occups par des prairies) qui a conduit un dficit de production locale de paille.
Sorties N R coltes Atmosph re NH3 N2O NOx N2 Atmosph re NH3 N2O NOx N2

Entr es N: Engrais, fixation symbiotique, d p ts atmosph riques Production v g tale

Alimentation Effluents

Sorties N : Production animale Lait, viande, oeufs

NH4+ NO3- DON Npart

NH4+ NO3- DON Npart

Figure 5. Circulation de lazote dans le systme de production agricole

6.4.2. Evolution globale du bassin versant : lindustrie du bois

Une autre activit dimportance en FrancheComt concerne la filire bois qui occupe une place traditionnellement importante dans lconomie rgionale avec 1600 entreprises et 8000 emplois. Environ la moiti des scieries de rsineux ont une activit de traitement de prservation du bois, ce qui reprsente 200 000 m3 de bois traits par an rpartis dans 68 scieries (ADIB, 2002). Sur le bassin versant de la Loue, on note la prsence de 22 tablissements mettant en uvre des produits de prservation du bois relevant de la rubrique 2415 de la nomenclature des installations classes. Aucun de ces tablissements ne doit rejeter d'effluent industriel directement dans la Loue. Ces installations sont soumises en vertu de l'article 65 de l'arrt du 2 fvrier 1998, une surveillance de la qualit des eaux souterraines au droit du site d'exploitation. Cependant des difficults lies la nature karstique du sous-sol, dans la mise en uvre de cet article, ont t rencontres (Mise du Doubs, 2010). Les 55 solutions de traitement du bois recommandes par le Centre Technique du Bois et de lAmeublement contiennent un panel de 13 matires actives diffrentes (CTBA, 2004). Parmi les molcules les plus utilises dans la bassin versant de la Loue pour le traitement du bois, il faut citer trois substances dont lemploi sest gnralis durant les dernires dcennies et dont la toxicit potentielle vis--vis de la faune aquatique est bien tablie dans la littrature scientifique (Adam, 2008). Il sagit de la cypermthrine (insecticide pyrthrinode), du

propiconazole et du tbuconazole (fongicides triazols) pour lesquels une contamination rcurrente de la rivire franc-comtoise Drsine et en particulier de la phase sdimentaire a t mise en vidence jusqu deux kilomtres laval de scieries (Adam, 2008). Cette tude montre que les communauts aquatiques sont susceptibles dtre exposes de faon chronique aux produits de prservation du bois, y compris les organismes vivant plusieurs kilomtres en aval de laire de traitement. Si le cadre juridique et la rglementation franaise concernant les Installations Classes pour la Protection de lEnvironnement, dont relvent les scieries, soumettent ces dernires au rgime de lautorisation prfectorale dexploitation qui fixe les prescriptions techniques appliques aux sites, laspersion des grumes sur leurs aires de stockage, notamment en fort, est moins encadre rglementairement. Labsence dinstallations spcifiquement prvues cet usage, ainsi que laspect facultatif, occasionnel et temporaire de ce type de traitement, font quil est la fois trs difficile dobtenir des donnes relatives ce type de traitement et par l mme de le rglementer efficacement (Adam, 2008). Il faut signaler galement lutilisation massive de Deltamthrine sous forme de traitement insecticide par aspersion sur la peau des bovins et des ovins pour lutter contre les moustiques vecteurs de lagent de la fivre catarrhale ovine qui a svi sur tout le territoire franais partir de lt 2006 et dont la lutte obligatoire par ce produit a t instaure ds 2007. Les consquences en terme dlimination de ce produit nont pas t recherches mais il est craindre que des rsidus non mtaboliss se soient retrouvs dans lenvironnement des exploitations suite des erreurs invitables dans la gestion de ces produits.
6.4.3 Evolution lurbanisme globale du bassin versant :

Une autre volution dun impact anthropique possible sur lcosystme Loue concerne le trafic routier. Les statistiques de comptage de vhicules (source : DDT 25, 2011) indiquent une nette volution du trafic automobile sur les routes situes sur le bassin versant de la Loue et en particulier laxe D67 pour lequel il est relev une augmentation du trafic comprise entre 24 et 94 % sur la priode 1993/94-2000 en fonction de la portion de route considre. Une des consquences prvisibles de cette augmentation de trafic est lapport croissant dans la rivire, par ruissellement et transport olien, de nombreux composs. On peut citer par exemple les hydrocarbures imbrls, les lments traces mtalliques, et les produits organiques issus de labrasion des pneumatiques et de la chausse quil nest malheureusement pas possible de quantifier avec exactitude. Il est par ailleurs ncessaire dvoquer lapport complmentaire la rivire par ruissellement, des sels de dneigement des surfaces routires, bien quil soit nouveau difficile 14

de se faire une ide prcise des quantits utilises sur le linaire concern par cette expertise. Une autre indication de laugmentation dun impact humain possible sur lhydrosystme Loue concerne laugmentation du volume deffluents urbains gnrs sur le bassin versant de la Loue voisin de + 30% (exprim en DBO5) sur la priode 1999-2008. Compte tenu du dysfonctionnement ou du sous-dimensionnement de certaines stations dpuration implantes sur le bassin versant de la Loue, ceci reprsente une source supplmentaire de contaminants susceptibles datteindre la rivire. Un lment important prendre en compte concerne galement lorigine de leau alimentant la Loue, eu gard la structure gomorphologique particulire que reprsente le karst. A ce titre, la contribution des pertes du Doubs lalimentation de la rivire, bien que comprise entre 20 et 30 % au maximum du dbit total, doit tre objectivement considre en gardant lesprit que la densit dmographique (et les pressions anthropiques qui en dcoulent) sur le bassin du Doubs, notamment en amont des pertes du Doubs, est importante (ville de Pontarlier). A titre dexemple, un nombre important de dversoirs dorage installs sur la commune de Pontarlier sont susceptibles dapporter des volumes significatifs deaux contamine (Sandoz, 2009). Une tude rcente a ainsi mis en vidence que lors de ces vnements, les charges polluantes dverses sont bien suprieures ce qui transite normalement dans la rivire. Ltude a ainsi montr que le total des charges dverses durant un pisode pluvieux de 4h pouvait reprsenter quatre fois plus en terme de Matires En Suspension (MES) et deux fois plus en terme de DBO5 que ce qui transite habituellement dans le Doubs laval de lagglomration de Pontarlier en 24h. Ceci reprsente un apport potentiel la Loue via les pertes du Doubs situes ce niveau, quil convient de prendre en compte dans le contexte de cette expertise. Dautre part, la structure gomorphologique du bassin de la Loue rend cet cosystme particulirement vulnrable des sources de contamination lies au dpt de dchets de nature diverses dans les anfractuosits du karst. On peut citer par exemple le gouffre du creux de Rnale qui a servi de dcharge officielle aux communes de Bians-les-Usiers et de Goux-les-Usiers depuis environ 1955. Bien que ce site ait fait lobjet de travaux rcents de rhabilitation visant reprofiler la pente du cne de djection, les dchets maintenant recouverts dune couche de terre remblaye peuvent tre une source dmission de composs toxiques, susceptibles de contaminer de manire chronique une des sources de la Loue (CPEPESC, 2007). Un autre exemple emblmatique est celui du gouffre de Jardel ayant fait lobjet dun dpt important dobus par lautorit militaire en 1923. Bien que des analyses rcentes (Rapport SousPrfecture de Pontarlier, 2011) ne montrent pas de contamination dune des sources de la Loue par des

lments chimiques prsents dans ce type de munitions (notamment lacide picrique et le dinitronaphtalne), il est ncessaire de prendre en compte le risque li une possible volution de la contamination (dtrioration progressive de lenveloppe des obus) et son caractre potentiellement chronique, et au fait que la dilution importante dune mission de ces composs toxiques rend leur dtection difficile dans la colonne deau (concentrations infrieures au seuil de dtection analytique).
6.4.4. Pressions due aux activits rcratives

vhicules par les rejets de ces sites, elles sont probablement nombreuses, mais il nexiste aucune donne chiffre sur ce point. Nanmoins, tout comme pour les virus, la dilution trs forte dans les rivires rend le risque de contamination trs limit.
6.5. Spatialisation des pressions

Concernant la pression halieutique sur la Loue, la confrontation des estimations de prlvements de salmonids partir des carnets de pche et des biomasses en place, signait, la fin des annes 90, une forte exploitation des populations de truites et dombres par la pche (Etude piscicole de la haute et moyenne Loue, Dpartements du Doubs et du Jura, CSP Dlgation Rgionale de Lyon, 1999). Tester lhypothse du lien possible entre le dclin piscicole observ, notamment pour ces populations, et une pression halieutique non supportable par lcosystme Loue est cependant difficilement envisageable. Il est en effet gnralement trs difficile et peu fiable dexploiter a posteriori les carnets de pche pour estimer de faon satisfaisante les prlvements et leur volution temporelle. On ne dispose pas non plus dinformations sur les pratiques de gestion piscicole. Les repeuplements peuvent tre lorigine de lintroduction de maladies ou de souches inadaptes, sachant quil est souvent difficile de connatre les provenances et les origines gographiques des poissons et de disposer des certificats sanitaires pour la totalit des repeuplements effectus. De plus, les repeuplements peuvent conduire des dsquilibres dans les populations, en particulier lorsquil sagit de dversements inappropris (de jeunes stades ou de poissons de maille). Concernant limpact potentiel des sites dlevage piscicole, l encore, de nombreuses inconnues subsistent quant leur niveau de matrise sanitaire, car seules les maladies virales rglementes font lobjet dun suivi par lEtat. Il faut rappeler cependant quaucune maladie rpute contagieuse (NHI ou SHV) na t dclare en Franche-Comt. La seule pisciculture situe la source de la Loue na pas de suivi en virologie. A titre indicatif, les pisodes de NHI en levage piscicole identifis sur le Cusancin en 2004, sur le Dessoubre en 2006, et enfin sur le Doubs en 2007 ( une dizaine de kilomtres en amont de la confluence avec le Dessoubre), nont provoqu aucune mortalit de truites observable dans le milieu naturel (source LDA39). De plus, il est assez rare que ces maladies virales soient lorigine dpidmies catastrophiques en milieu ouvert, en raison des faibles densits de populations de poissons. Quant aux bactries ventuellement 15

En raison de la gologie particulire du bassin versant, les pressions et leurs volutions ne sont pas identiques en tout point. Il tait donc ncessaire didentifier les indicateurs de pressions disponibles, de choisir les plus pertinents et de spatialiser les pressions sur le bassin versant. Deux indicateurs ont t retenus pour tudier plus prsicment lvolution des pressions de pollution lies aux rejets domestiques et celles lies la production fromagre. On a ainsi cherch valuer les pressions de pollution en estimant les rejets de DBO5 (Demande Biologique en Oxyne 5 jours) (Kg/jour) lis lassainissement des communes et au traitement des eaux de fromagerie. Les valeurs de DBO5_habitant et de DBO5_fromageries ont t calcules sur une base communale puis sommes pour chacun des 15 bassins hydrologiques de la Loue. Les donnes mobilises pour ces calculs ont t rassembles auprs de diverses sources et concernent : - la dlimitation des bassins karstiques (cf paragraphe 6.1) ; - la dlimitation des territoires communaux (http://export.openstreetmap.fr/contoursadministratif s/export-communes/); - les tableaux des recensements des populations en 1999 et 2008 (http://www.insee.fr/fr/bases-dedonnees); - les donnes relatives lassainissement des communes, rendant compte des taux de raccordement et des rendements des dispositifs dpuration (fichiers et renseignements fournis par Mr Pierre Loc Gitenait, Agence de lEau RMC) ; - les donnes relatives aux rfrences laitires communales dans le dpartement du Doubs (fichiers et renseignements fournis par Mr Didier Tourenne, Chambre dagriculture du Doubs). Les donnes de 2008 disponibles lAgence de leau sont relatives au taux de raccordement communal des populations, aux rendements dpuration, ainsi qu leur volution au cours des dernires dcennies. Les donnes demeurent assez partielles, ne concernant quun nombre limit de stations dpuration, avec peu de points de suivi. Ces contraintes nous ont amens retenir un certain nombre dhypothses et considrer notamment des valeurs moyennes pour diffrents coefficients (t, rc, ri et rL). En 2008, le taux de raccordement moyen est ainsi estim gal 97% ; le rendement dpuration des dispositifs individuels et collectifs est fix 70%. Selon ltat des lieux effectu par la MISE (2010), linvestissement collectif pour lassainissement des eaux uses a t consquent durant les dix dernires annes, avec en moyenne une

progression de prs de 40% du taux de raccordement. En 1999, le taux de raccordement a en consquence t estim 70%. A lchelle du bassin, la population humaine augmente de plus de 10,5%. Les rfrences laitires voluent de mme, de 9,2%. Les valeurs de pression DBO5_habitant et DBO5_fromageries compares entre 1999 et 2008 pour la population et 1995 et 2008 pour les fromageries sont rcapitules dans le tableau 1. De ce tableau, il apparat que les populations psent dix fois plus que les ateliers de fromagerie. Les valeurs sont assez semblables entre 1995/1999 et 2008 , ce qui sexplique par le fait que les gains lis lamlioration des taux de raccordement sont compenss par laugmentation de la densit de population. Mthodes de calculs DB05_hab et DB05_fro DBO5_habitants = n*t*DH*rc + n*(1-t)*D*ri, avec : n : nombre dhabitants ; DH : charge en Demande Biologique en Oxygne 5j des eaux uses domestiques (0.06 Kg/jour/habitant) ; t : taux de raccordement aux dispositifs dpuration collectifs ; rc : rendement dpuration des dispositifs dpuration collectifs ; ri : rendement dpuration des dispositif dpuration individuels. DBO5_fromageries = RL * DL * rL, avec: RL : rfrence laitire communale journalire ; DL : Charge en Demande Biologique en Oxygne-5j des effluents de fromagerie (0.002 g/litre de lait/jour ; valeur correspondante des eaux blanches, le petit lait tant suppos valoris par lindustrie ou redistribu dans les levages de porcs) ; rL : Rendement du dispositif dpuration des eaux des effluents de fromagerie. Pour les fromageries, les ateliers sont considrs totalement raccords un dispositif de traitement (t=1). Dans lespace, ces pressions ne sont pas distribues de faon homogne, avec des points noirs ds lamont de la rivire, au niveau de la source de la Loue et en position mdiane, vers Chenecey -Buillon (Figure 6).

Tableau 1. Pressions de pollution ponctuelles lies aux populations et aux ateliers de fromagerie
BV n DBO_ha b (Kg/j ) 1 9 99 20 08 DBO_fro (Kg/j ) 19 95 20 08

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 T otal

93 848 18 89 30 28 29 41 371 8 57 6 179 106 1 904

100 789 16 86 32 32 26 43 370 8 59 6 173 89 1829

22 5 6 21 16 8 6 10 50 5 17 2 8 9 1 86

25 6 6 25 17 9 7 11 54 7 18 2 8 9 2 03

Figure 6 : Pressions de pollution ponctuelle lie aux populations et ateliers de fromagerie

Ce travail est une premire observation de la rpartition des pressions sexerant sur le bassin versant mais cet exercice doit tre complt par une tude sur des indicateurs des pressions agricoles (tonnage en engrais, zones dpandage...), de lindustrie du bois (tonnage en pesticides...),, afin de spatialiser lensemble des pressions exerces sur le bassin versant et ainsi didentifier des zones daction prioritaires. Un travail de ce type a t entrepris dans le cadre dun rapport dtude dtudiants de luniversit de Franche-comt, dans le cadre du master de gologie applique, mais ce jour les rsultats ne sont pas officiellement rapports (Bouillier et al., 2012).

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6.6. Populations biologiques 6.6.1 Evolution des peuplements de macroinvertbrs benthiques

Les peuplements de faune vivant sur les fonds des cours deau (macroinvertbrs benthiques) ont t analyss sur certaines stations de la Loue mais galement du Doubs, du Dessoubre et du Cusancin (Encadr Dmarche analytique) Evolution long terme des peuplements de Trichoptres, Ephmroptres et Plcoptres Les analyses ralises sur la Loue concernant les communauts de trois groupes faunistiques comprenant les taxons parmi les plus sensibles aux perturbations (Trichoptres, Ephmroptres et Plcoptres) indiquent une rduction significative de la richesse globale en nombre de genres (except Ornans), mais aussi en abondance entre les annes 1970 et les annes 2007-2010 (Verneaux, 1973, Verneaux et al., 2004).
Tableau 2. Evolution long terme des mtriques caractrisant les peuplements de Trichoptres, Ephmroptres et Plecoptres. Groupe 1 : stations non concernes par les mortalits piscicoles. Groupe 2 : stations concernes par les mortalits piscicoles. ** : stations de rfrence dans les annes 70s. * : stations perturbes dans les annes 70s. (La signification des diffrentes mtriques est dtaille dans lencadr ci-dessous.)
E volutio n typologique G roupe1 Mou thiers** C y** hisse Parc ey** A on* r St Hi polyte** p B e les D aum **. G roupe2 Orn ans* Mo tlebo n n* G oumo is** T de M est ann-Wh itney D ren entre gr1 et 2 iff ce D ren entre stations * et ** iff ce + 2,9 + 1,9 + 1,8 + 2,5 + 1,8 + 2,0 + 1,2 + 1,9 + 1,6 P = 0,11 ns P = 0,77 ns R ichesse gnr ique -3 % 6 -2 % 0 -2 % 1 + 108 % -3 % 7 -5% + 12 % + 22 % -2 % 5 P = 0,7 ns P = 0,02 s A bondanc e Stnoci e

-4 % 8 -4 % 8 -3 % 2 + 161 % -4 % 7 -3 % 2 -4 % + 15 % -3 % 1 P = 0,15 ns P = 0,026 s

- 1,1 - 1,2 - 0,7 - 1,0 - 0,2 - 0,8 0,2 0,0 - 0,8 P = 0,12 ns P = 0,24 ns

Cette altration est dj visible Mouthiers, en amont des zones sur lesquelles des mortalits de poissons ont t observes. Lvolution gnrale des communauts dinvertbrs nest pas spcifique la Loue mais tend se gnraliser (Verneaux et al., 2004). On observe ainsi, depuis la priode de rfrence des annes 1970, un glissement typologique (remplacement des organismes typiques des zones amont par des organismes normalement infods aux zones avales) des communauts de nombreuses rivires de Franche-Comt, concernes ou non par des mortalits de poissons, comme le Doubs, le Dessoubre et le Cusancin. Ce glissement typologique apparait pour toutes les stations. Les donnes disposition ne nous ont pas permis de mettre en vidence de diffrences significatives de lvolution long terme des peuplements entre les stations marques ou non par des pisodes de 17

Dmarche analytique pour lexpertise sur les macroinvertbrs Les donnes utilises pour cette expertise sont les relevs de macroinvertbrs obtenus dans le cadre du Rseau de Contrle et de Surveillance des milieux aquatiques (RCS) par application de la norme exprimentale dchantillonnage AFNOR (XP T90-333). Les stations concernes et les dates des relevs faunistiques sont : - la Loue Mouthiers Hte Pierre (08/2008, 06/2009, 08/2010), Chissey (10/2007, 07/2008, 08/2009, 07/2010), Parcey (10/2007, 07/2008, 06/2009, 07/2010), auxquelles la station dOrnans a t ajoute (donnes laboratoire Chronoenvironnement, suivi IBGN mai 2007-2010) ; - le Doubs Aron (07/2008, 06/2009, 09/2010), Montlebon (09/2008, 05/2009, 09/2010) et Goumois (06/2008, 06/2009, 09/2010) ; - le Cusancin Baume les Dames (09/2007, 06/2008, 07/2009, 09/2010 ;) - le Dessoubre St Hippolyte (09/2007, 06/2008, 07/2009, 08/2010) ; Les peuplements de macroinvertbrs analyss concernent donc 9 stations que lon peut rpartir en deux groupes selon lintensit des mortalits piscicoles observes en 2010 et 2011 : - Groupe 1 : stations d Ornans, Montlebon et Goumois, dans lesquelles des mortlalits ont t releves. - Groupe 2 : stations de Mouthiers, Chissey, Parcey, Aron, Baume les Dames et St Hyppolyte, pour lesquelles nous ne possdons pas dinformations sur dventuelles mortalits. Les donnes disponibles ont t traites afin dtablir une volution long terme (comparaison avec les donnes des annes 1970s) et une volution rcente. Afin dhomogniser le jeu de donnes, les listes faunistiques des annes 70s, tablies au niveau spcifique, ont t agrges au niveau gnrique. Dautre part, les donnes des annes 2008 2010 ont t regroupes afin de limiter leffet dun effort dchantillonnage suprieur dans les annes 70s. Les effectifs totaux de chaque genre ont t exprims en classe dabondance (0 5) selon les limites de classes utilises dans les annes 70s. Les caractristiques des communauts de macroinvertbrs prsentant une variabilit saisonnire assez importante (cycles de dveloppement, mergences dinsectes) seules ont t analyses les stations pour lesquelles des donnes issues du mme mois taient disponibles. Les priodes dchantillonnages tant alors diffrentes selon les stations, seule une comparaison dvolution temporelle entre 2 annes a t ralise. Cette approche a concern les stations de Mouthiers (08/20082010), Ornans (05/2009-2010), Parcey (07/20082010), Montlebon (09/2008-2010), Baume les Dames (09/2007-2010) et St Hippolyte (09/2007/2010).

mortalit piscicole. Ce glissement typologique reflte une dgradation progressive de la qualit des rivires de laval vers lamont. Pour les stations considres dans les annes 70s comme trs peu affectes par lanthropisation (indices biotiques Ib 9/10, stations ** du tableau 2), ce glissement typologique saccompagne dun appauvrissement en richesse (nombre despces) et en abondance des communauts de Trichoptres, dEphmroptres et de Plcoptres et dune diminution des exigences cologiques (espces acceptant de vivre dans de moins bonnes conditions) des genres constitutifs des peuplements. Pour les stations prsentant dj dans les annes 70 une perturbation de leurs peuplements (stations* du tableau 2) qui se caractrisait par labsence des genres apicaux les plus exigeants (Aron, Montlebon indice biotiques 3Ib<5, Ornans 5Ib<7), le glissement typologique saccompagne dun enrichissement des communauts par des taxons provenant des secteurs avals et sur certaines stations de prolifrations de genres euryces (espces large amplitude cologique et parfois invasives) (Aron, +168% dabondance et volution de la stnocie de -1). Ce remplacement despces exigeantes par des espces plus tolrantes suggre lexistence dune importante dgradation de la qualit des eaux jusqu lamont des rivires concernes. Evolution rcente des communauts globales de macroinvertbrs Les donnes les plus rcentes, bien que trs peu nombreuses, suggrent que cette dgradation se poursuit avec une rduction marque des effectifs des organismes les plus exigeants sur la plupart des stations chantillonnes. Si certaines stations tudies se caractrisent par une augmentation massive de labondance des organismes les plus tolrants, dautres stations se distinguent par une diminution touchant galement ces organismes considrs comme assez robustes aux pertubations environnementales (Tableau 3). Sur quatre des six stations tudies (Mouthiers, Baume les Dames, St Hippolyte et Ornans), lanne 2010 est marque par une diminution importante des effectifs totaux des peuplements par rapport lanne antrieure considre. Ces mmes stations prsentent en 2010 une nette rgression (voire une quasi disparition Mouthiers et Ornans) des effectifs des taxons les plus stnoces (espces faible amplitude cologique) (GI 9-8-7). Ces diminutions ne saccompagnent pas de prolifrations de taxons euryces mais au contraire galement dun moindre dveloppement des taxons les plus rsistants aux pollutions classiques organiques (GI 3).

Tableau 3. Evolution court terme des caractristiques des peuplements de macroinvertebrs. Les descripteurs (exprims en %-) sont calculs de la manire suivante : ((valeur 2010 valeur 200x) / valeur200X))*100 A : Diffrence deffectifs en %, B : Diffrence de richesse taxonomique en %, C : Diffrence des effectifs en % des taxons les plus stnoces selon lIBGN (GI 9-8-7), D : Diffrence deffectifs en % des taxons moins stnoces (GI 6-5-4), E : Diffrence deffectifsen % des taxons euryces (GI 3-2-1)
A(% ) G roupe1 Mou (2008-2010) thiers Parc (200 ey 8-2010) B e lesD (2008-2010) aum . St Hi polyte (2007 p -2010) G roupe2 Orn ( 00 ans 2 9-2010) Mo tlebo (2008-2010) n n - 45 + 25 - 28 - 39 - 72 + 454 B(% ) + 15 +4 - 19 -6 - 17 -4 C(% ) - 92 + 358 - 66 - 74 - 91 absen ce D(% ) - 33 + 140 - 71 + 125 - 76 - 21 E(% ) - 23 + 20 - 21 - 42 - 83 + 243

Sur la station de Montlebon laugmentation considrable des effectifs totaux par rapport aux relevs de 2008 rsulte de la prolifration (+243%) des taxons euryces et saprophiles comme les Simulidae (+1400 %) et les Asellidae (+338%). Ces taxons prsentent une forte affinit pour les milieux riches en matires organiques. A Parcey, laugmentation des effectifs des peuplements en 2010 est marque par une nette augmentation du nombre des individus stnoces (GI 9-8-7). Cette augmentation globale intgre en fait un dveloppement important des Leuctridae (qui sont les Plcoptres parmi les moins sensibles du groupe taxonomique) et une perte des taxons indicateurs du GI 8. Les dveloppements plus importants dune faune moins stnoce sont dus la prolifration (+1700% !) dun taxon consommateur dalgues filamenteuses (Hydroptilidae). Il semble que lanne 2010 ait t marque, pour toutes les stations tudies, par une augmentation des contraintes sur les peuplements de macroinvertbrs conduisant une diminution des effectifs des taxons ayant les plus fortes exigences cologiques. Cette diminution sest accompagne dune prolifration de taxons euryces et saprophiles sur certains sites comme Montlebon et Parcey, laissant suspecter une augmentation des charges en matires organiques et/ou en nutriments induisant alors des dveloppements importants dalgues filamenteuses. Sur les stations dOrnans, Mouthiers, Baume les Dames et St Hippolyte, la diminution des effectifs des taxons les plus robustes (euryces) suggre lexistence dune pollution additionnelle par des micropolluants toxiques ou dune toxicit induite par certaines formes rduites de lazote minral (ammonium).

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Mtriques sur lvolution des communauts de macro-invertbrs entre les annes 70s et les annes 2008-2010 Quatre mtriques ont t utilises pour caractriser lvolution des peuplements de Trichoptres, Ephmroptres et Plecoptres, qui forment les groupes faunistiques regroupant les taxons les plus sensibles aux perturbations entre les annes 70s et les annes 2007-2010. Une mtrique permet de mesurer lvolution des caractristiques typologiques des genres prsentant des variations importantes entre les deux priodes considres. Elle utilise la notion de prfrendum typologique tp ( Verneaux et al., 2003). La valeur de tp est faible pour les taxons prsentant une affinit forte pour les secteurs amonts et augmente progressivement avec laugmentation de laffinit des taxons pour les secteurs plus en aval des rivires. (1) Evolution typologique = tp moy genres apparus - tp moy genres disparus Les deux mtriques suivantes permettent dvaluer lvolution de la biodiversit des peuplements de Trichoptres, Ephmroptres et Plcoptres (TEP) (2) Evolution de la richesse gnrique = ((nombre de genres 2008-2010 nombre de genres 70s)/nombre de genres 70s ) x 100 (3) Evolution de labondance =((somme classes abondances somme classes 2008-2010 dabondances 70s)/somme classes dabondances 70s) x 100 Une dernire mtrique permet de mesurer lvolution de la sensibilit relative rs des genres apparus et disparus entre les deux priodes. La valeur de rs est leve lorsque les organismes ont des exigences cologiques strictes et une forte sensibilit aux stress environnementaux (organismes stnoces). Elle diminue lorsque les orgnismes deviennent plus tolrants aux facteurs de lenvironnement (organismes euryces). (4) Evolution de la stnocie des peuplements = rs moy genres apparus - rs moy genres disparus Lensemble de ces rsultats suggre donc que de fortes contraintes sexercent sur les communauts de macroinvertbrs benthiques en termes de qualit du milieu. Les volutions long et court termes des peuplements de macroinvertbrs sur les stations de la Loue et dautres cours deau prsentant des caractristiques proches, montrent un phnomne gnralis de dgradation chronique conduisant un dclin des peuplements de consommateurs macrobenthiques. Cette pollution chronique, dj signale de nombreuses reprises (ISTE 1994, Verneaux et al., 2004) est probablement associe une charge excessive en 19

nutriments (azote et phosphore) induisant des prolifrations algales. Les consquences de telles prolifrations sur les macroinvertbrs peuvent impliquer plusieurs processus : une diminution des ressources alimentaires assimilables pour certains macroinvertbrs un colmatage des substrats dont lhospitabilit pour les macroinvertbrs est ainsi diminue des variations nycthmrales importantes de loxygnation linterface eau-substrats un apport important de matire organique en dcomposition en fin de priode de dveloppement algal une consommation importante doxygne au niveau des substrats lors de la dgradation de la matire organique excdentaire une libration dammonium (ionis et non ionis) dans les eaux intersticielles des substrats dont les effets de toxicit chronique sur la faune benthique ne sont que partiellement connus (Kater et al., 2006 ; Alonso et Camargo, 2009) Par ailleurs, un apport excdentaire direct de matires organiques provenant des bassins versants nest pas exclu. Aucun lien na pu tre tabli entre les zones de mortalits de poissons et les caractristiques de leurs peuplements de macroinvertbrs, mais il faut noter que les donnes disponibles offraient peu de chance de pouvoir mettre en vidence un tel lien. Dans ce contexte de pollutions diffuses et chroniques, o les difices trophiques et les rsistances individuelles sont fragiliss, toute dgradation, mme minime, de lenvironnement est susceptible de constituer un pisode aigu de contrainte majeure sur ces populations.
6.6.2 Evolution macrophytiques des peuplements algaux et

Les macrophytes aquatiques sont de bons indicateurs (i) de la disponibilit en nutriments (carbone, azote, phosphore) et (ii) de la thermie des eaux. Les donnes concernant les vgtaux vasculaires et les peuplements de macro-algues sont disponibles sur trois priodes : 1989 (Vergon, 1990), 1998 (Decourcires, 1998) et en 2010-2011. Les mthodes danalyse des peuplements sont diffrentes dune tude lautre. Parfois raliss de manire fine (analyse de biomasse en 1989), elles sont souvent semi-quantitatives (abondance visuelle en 1998 et 2007-2011). Lorsque les prlvements algaux nont t raliss qu une seule date, une forte incertitude persiste vis a vis de la chronicit des patrons observs car lhydraulicit du cours deau et sa thermie (lie aux conditions mtorologiques) peuvent fortement influencer le dveloppement saisonnier de ces peuplements. On peut cependant tirer de ces rapports les lments suivants. En 1989, le rapport ne fait pas tat de peuplement vasculaire, probablement en raison dun choix de lexprimentateur. Les algues essentiellement Vaucheria et Cladophora, sont

abondantes. En termes de distribution spatiale des peuplements, Vergon (1990) note la faible colonisation du secteur de Parcey. Dans ce secteur, ce phnomne est attribu la forte mobilit du granulat et la temprature froide des rsurgences qui alimentent la Loue. Au contraire, les sites dOrnans, Clron, Chenecey et la confluence de la Furieuse apparaissent particulirement coloniss par ces algues filamenteuses. Les biomasses mesures varient entre 100 et 3900 g/m2 de biomasse essore, ce qui est considr par Vergnon (1990) comme important. Ce mme auteur conclue quune prolifration algale survient lorsque sont conjugues une profondeur infrieure 1m, un substrat grossier et stable, et des apports de nutriments (via des effluents identifis). Il souligne leffet positif du rchauffement estival sur ces prolifrations dalgues, et note quelles se dveloppent partir de la troisime semaine de juillet. Cette priode correspond des dbits dtiage, cest dire un moment o se sont conjuguent de faibles apports phratiques froids et des tempratures de lair leves. Sur le secteur amont dOrnans, Vergnon (1990) estime que les biomasses atteignent 2000 g/m2. En 1998, le recouvrement algal est galement important et Decourcires (1998) souligne les effets bnfiques de la profondeur et des arrives deaux phratiques froides vis a vis de la limitation des prolifrations. Les colonies de Vaucheria et de Cladophora dominent, comme en 1989, le peuplement algal. Les biomasses observes peuvent tre trs importantes puisquelles schelonnent entre 400 g/m2 et 5000 g/m2 environ. Sur le secteur amont dOrnans, les biomasses atteignent mme 5000 g/m2. Les facteurs favorisants sont les mmes que ceux identifis par Vergnon. Dans ce rapport, il nest pas fait tat de peuplements vasculaires, qui nont probablement pas t chantillonns. En 2007-2011, les relevs ont t raliss en utilisant lindice Macrophyte, sans quantification de biomasse, mais avec un chantillonnage des vgtaux vasculaires. Sur la Loue, les relevs raliss sur Parcey et Mouthier sont conformes aux relevs effectus antrieurement, et ils font rfrences systmatiquement la dominance des algues filamenteuses (Vaucheria et Cladophora) sur les macrophytes vasculaires, quelle que soient les dates dchantillonage. Les nuances inter-annuelles dans le diagnostic sont probablement non significatives. Les macrophytes prsentes (Ranunculus fluitans, Veronica anagallis-aquatica, Myriophyllum spicatum) sont associes des eaux courantes eutrophes. A titre dexemple, ce sont les peuplements observs dans le lit mineur du Rhne la hauteur de Lyon. La loue est donc trs fortement eutrophise, en regard de son contexte montagnard et karstique, qui laisserait esprer des eaux de meilleure qualit trophique. De fait, un site de la Loue (Chatillon) prsente des espces vgtales typiques de rivires msotrophes 20

alcalines (Ranunculus penicillatus var. calcareus, Potamogeton perfoliatus, Berula erecta, Fontinalis antepyretica) mme si leur abondance est modeste, et si la prsence de Ranunculus fluitans, Myriophyllum spicatum, et des algues filamenteuses Vaucheria et Cladophora soulignent, dans le mme temps, la prsence dapports eutrophisants dans ce secteur. Qualit des tangs agrospiscicoles du Jura Une tude rcente concernant la biodiversit des lacs du Jura dans le secteur des sources de lAin et du Doubs (Bailly et al. 2007) fait tat, dans le secteur, de lacs coloniss par des tapis de Chara, et prsentant des facies de tourbires alcalines (Menyanthes trifoliata). Les auteurs soulignent cependant la tendance la dgradation de ces lacs, lie la diminution des pratiques agricoles extensives (fauches) au profit de pratiques intensives, plus locales, mais plus eutrophisantes, entranant la fois lembrousaillement des zones tourbeuses et leutrophisation des peuplements aquatiques. Sur le lac de Clairvaux, les auteurs note la forte rgression de Menyanthes et des tapis de Chara entre 1905 et 2007, mme si la composition du peuplement reste inchange. La rgression trs forte, voire la disparition, des Chara est galement observe sur le Lac de Vernois, et celui du Fioget. Si lon sintresse plus particulirement aux lacs de Malpas et Saint Point, situs sur le haut cours du Doubs, Le lac de Malpas est un lac tourbeux qui a vu ses peuplements aquatiques trs diversifis et abondants en 1905, quasiment radiqus en 2006. Magnin, en 1905, voque une transparence de 3,8 alors que les eaux brunes sont parfaitement opaques en 2006. Sur le Lac de Saint Point, on note galement la forte progression de leutrophisation, avec comme espce typique Potamogeton pectinatus, et Elodea nuttallii, entre 1988 et 2006, au dtriment en particulier des petits potamots feuilles troites. En rsum, laltration des lacs du plateau est en cours, et repose (i) sur une eutrophisation nette des peuplements, avec la rgression des peuplements de Chara, peu tolrants la pollution phosphore (Krause 1981), et (ii) la progression des espces polluotolrantes, entranant la disparition ou la forte rgression des espces de petite taille, peu comptitives, comme par exemple les petits potamots. Deux phnomnes agissent probablement en synergie dans la dgradation de ces lacs, daprs les auteurs : (i) laugmentation des rejets eutrophisants, et (ii) laugmentation de la pression des captages, diminuant les apports souterrains, alcalins et de bonne qualit. En ce qui concerne le Doubs, les symptmes de forte eutrophisation sont galement marqus : dominance de Vaucheria et Cladophora dans tous

les relevs, parfois accompagns de Myriophyllum spicatum et Potamogeton Pectinatus espces trs polluo-tolrantes. Ces deux espces, titre dexemple, sont les espces dominantes du bas cours du Rhne, en aval de Lyon, associes galement Vaucheria et Cladophora sur le fleuve. Le Doubs est donc galement trs eutrophe dans les diffrents secteurs chantillonns (Araon, Aron, Goumois). Une nouvelle fois, lamlioration affiche par le rdacteur du rapport de la DREAL ne peut pas tre considre comme significative, au vu des abondances constamment fortes observes, et au vu des fluctuations interannuelles et saisonnires qui peuvent tre importantes chez les algues, en fonction de la temprature et du dbit. On note sur le Doubs la prsence sporadique de Groenlandia densa, Ranunculus trichophyllus, espces associes des eaux alcalines fraiches, dont la prsence indique lexistence dalimentations karstiques, mais dont la croissance est probablement fortement limite par les algues filamenteuses. La prsence de ces espces nous informe sur les potentialits de cette rivire en labsence de rejets fortement eutrophisants. Le Dessoubre, et le Cusancin sont dans la mme situation de forte eutrophisation, avec la dominance en continu des algues filamenteuses Vaucheria et Cladophora, et encore une fois, la prsence sporadique de vgtaux vasculaires tmoins dapports phratiques mso-eutrophes (Callitriche sp., Venonica anagallis-aquatica, Nasturtium officinale). En rsum, les peuplements vgtaux rencontrs sur la plupart des cours deau chantillonns dmontrent lexistence dune charge eutrophisante leve trs leve, inattendue sur ces cours deau de montagne qui sont aliments par des apports karstiques et situs dans un contexte prairial. Cette eutrophisation est probablement assez ancienne, mme si les donnes disponibles suggrent une aggravation du phnomne entre 1989 et 1998 (biomasses algales en nette progression). Le conservatoire botanique de Franche Comt a galement ralis une prospection botanique des cours deau du Doubs et de la Loue en 2006 , prospection au cours de laquelle il a effectu le recensement des espces aquatiques du lit mineur des deux cours deau. Les espces dominantes cites dans cette tude sont pour la plupart des espces de milieux plutt eutrophes (Vallisneria spiralis, Spirodela polhyriza, Lemna gibba, Potamogeton nodosus) mme si des espces moins polluo-tolrantes, frquemment associes des sols tourbeux (Hottonia palustris) ou des sites aliments par des eaux souterraines (Hippuris vulgaris, Groenlandia densa, Potamogeton natans) sont galement rencontres. En guise de conclusion, les informations relatives aux peuplements vgtaux dans la 21

Loue et les cosystmes aquatiques environnants sont congruentes, et permettent de conclure une situation trs eutrophise des cours deau du plateau. Les communauts vgtales ressemblent plutt celles de grands cours deau eutrophes et chauds de plaine qu celles de rivires alimentes par des rsurgences karstiques alcalines.
6.6.3 Evolutions des populations Les poissons

Si trs peu de donnes relatives des statistiques de mortalit sont disponibles sur le bassin de la Loue, un nombre significatif dtudes permet de dcrire lvolution temporelle de la qualit de la rivire Loue en terme de capacit daccueil et donc de niveau dabondance des populations, quil sagisse de poissons mais galement dinvertbrs. Le recoupement des diffrentes sources dinformation permet ainsi de mettre en vidence une dgradation univoque de ltat des populations aquatiques de lcosystme Loue depuis le dbut des annes 70. Ainsi, les rapports raliss durant la dernire dcennie par le CSP puis lOnema (Etude piscicole de la basse valle de la Loue, CSP Dlgation Rgionale de Lyon, 1998 ; Etude piscicole de la haute et moyenne Loue, Dpartements du Doubs et du Jura, CSP Dlgation Rgionale de Lyon, 1999 ; Etude de la qualit piscicole sur quatre stations de la Loue, Onema, 2010) concluent un dclin des peuplements piscicoles qui sest aggrav de manire progressive depuis les premires analyses dans les annes 70, indiquant explicitement le caractre chronique du phnomne observ (Verneaux, 1973, 1976). De manire synthtique, on assiste la fois au plan quantitatif une diminution drastique des stocks en place qui se situent pour certains taxons trs en dessous des capacits de production du milieu, et au plan qualitatif un dplacement taxonomique aval-amont de certaines espces ne trouvant probablement plus, dans les zones aval, les conditions environnementales respectant leurs exigences biologiques. Ce dclin piscicole concerne les diffrents taxons endmiques de la Loue et il importe de souligner ici que ce phnomne est particulirement marqu sur le linaire Mouthier Haute-Pierre (amont) Quingey (aval) sur lequel les mortalits de poissons en 2010 et 2011 ont t recenses. A titre dillustration, une espce emblmatique telle que la truite commune a fortement rgress sur les diffrentes stations dtude inscrites dans ce linaire. Rcemment, un faible succs de reproduction a t constat pour cette espce, avec des densits dalevins de lanne bien en de de ce que pourrait produire ce type de milieu. Ce phnomne peut tre mis en lien avec la dgradation de l'tat gnral de la rivire. En effet, l'eutrophisation favorise le colmatage du substrat dans les zones de reproduction des salmonids et nuit fortement la croissance et la survie des larves (phase de vie sous graviers) et des alevins

aprs leur mergence en eau libre (Bolliet et al., 2005 ; Dumas et al., 2007 ; Massa, 2000). Concernant le dclin des populations piscicoles, il convient de rappeler que ce phnomne a galement t dcrit dans le Cusancin et le Dessoubre, autres hydrosystmes franc-comtois dj voqus dans ce document. Ainsi, un rapport rcent (Etude de ltat des peuplements piscicoles du rseau hydrographique du Dessoubre Dfinition dun tat initial, Bureau dtude Tlos et FDDAAPMA 25, 2009) conclut sans ambigit lexistence dun glissement typologique sur le Dessoubre, qui se traduit sur les peuplements piscicoles davantage par un dplacement quantitatif des espces historiques vers lamont que par lapparition de nouveaux taxons affinits potamiques (qui se rapportent la zone infrieure des cours deau). Ce rapport insiste sur le fait que la majorit des linaires prospects prsentent de profondes altrations, notamment en termes de production piscicole, avec des dficits rgulirement suprieurs 50% de loptimum envisageable, mme si les espces historiques sont en encore prsentes sur tout ou partie du rseau. Un constat similaire a t fait sur le Cusancin et en particulier sur ses principaux affluents (Paris, 2010) notamment une forte dgradation des communauts piscicoles et macrobenthiques par rapport au potentiel de ces rivires. Au bilan, il apparat que la Loue et les hydrosystmes proches prsentent un dclin marqu des peuplements de poissons et dinvertbrs quils hbergent, notamment dans les zones o des mortalits de poissons ont t observes. Ces rsultats sur les communauts biotiques sont globalement en accord avec ceux observs sur la qualit chimique de leau et ils traduisent un tat gnral dgrad de ces rivires. 7. En partant de ces changements, est-il possible de construire un ou plusieurs scenarios (hypothses) expliquant la dgradation de lcosystme et de son BV ? Le bilan de lvolution des pressions naturelles ou anthropiques sexerant lchelle du bassin versant est rsum dans le tableau 4. Le bilan des rponses observes au niveau de la rivire est rsum dans le tableau 5. La dgradation progressive de la Loue au cours des dernires dcennies sest manifeste historiquement depuis les annes 70 par (i) des mortalits dorganismes aquatiques (poissons et invertbrs benthiques), (ii) des glissements taxonomiques de ces deux groupes voire la disparition totale de certaines espces exigeantes (exemple des perlids) contemporains dune dtrioration de la qualit du milieu au sens physique et chimique, (iii) un dveloppement anormal des organismes chlorophylliens benthiques et de la colonne deau, (iv) un rchauffement de la colonne deau, et (v) une augmentation de la 22

pression anthropique sur cet cosystme dorigine urbaine, agricole et industrielle potentiellement accentue par la contribution des pertes du Doubs au rgime de la Loue.
Tableau 4. Rsum de lvolution des pressions anthropique lchelle du bassin versant (+ : augmentation ; - : diminution ; = : stabilit ; ? : rponse inconnue).

Catgorie
Changements climatiques - temprature Exploitations agricoles - Apports en azote - Apports en phosphore - Autres molcules (pesticides) Urbanisme - Densit urbaine - Eaux uses raccordes aux STEPS - Rejets des STEPS en P - Rejets dautres molcules Industries - Bilan des rejets de fromageries - Pesticides lis lindustrie du bois Trafic routier - Intensit du trafic - HAP - Autres molcules Barrages Repeuplements en poissons - Maladies - Etats sanitaire des poissons

Rponse + + + + + + ? (=) ? + ? ? ? ? ?

Face ces pressions multifactorielles qui se sont accumules dans le temps et qui peuvent dans le pire des cas agir en synergie, cet cosystme apparat dgrad (moins rsistant et rsilient) dans son fonctionnement. Il ne peut donc plus tamponner une augmentation, mme minime, des atteintes physiques et chimiques.

Tableau 5. Rsum de lvolution des indicateurs de qualit physico-chimique et biologique lchelle de la rivire (+ : augmentation ; - : diminution ; = : stabilit ; ? : reponse inconnue).

Catgorie
Priodes de bas dbit Temprature de leau Teneur en nitrates de leau Teneur en phosphore - de leau libre - du sdiment - des compartiments biologiques Teneur en autres lments Conductivit Molcules toxiques - HAP dans leau - HAP dans le sdiment - Pesticides recherchs - Autres molcules Diatomes (IBD) Cyanobactries - Biomasse - Espces toxiques Algues /macrophytes Macroinvertbrs - Abondance - Diversit Poissons - Densit - Diversit - Parasitisme - Mortalit

Rponse + ( ?) + + + ? ? ? + = + = ?

disciplines concernes par un tel suivi, mais aussi des acteurs locaux de la gestion et de la surveillance de la Loue et des reprsentants de lEtat. Sil appartiendra au conseil scientifique de dfinir prcisemment le protocole de suivi et ses modalits dapplication, le groupe dexperts formule cependant les recommandations suivantes : (I) Mieux caractriser la qualit physicochimique de leau et pour ce faire, les suivis devront associer la fois des mesures en continu de quelques paramtres et des mesures discrtes. Cest ainsi que loxygne dissous (qui est un bon indicateur du fonctionnement de la rivire) et la temprature (qui a une influence considrable sur ce fonctionnement) peuvent subir des variations diverses chelles temporelles qui demandent un suivi en continu. Pour les nutriments, des mesures discrtes sont gnralement suffisantes mais le groupe dexperts recommande de bien caractriser les vnements de crues qui sont peu documents actuellement alors quils peuvent contribuer, de faon majeure, aux flux de nutriments et de polluants. Concernant ces derniers et plus particulirement concernant les micropolluants, il a t not que les informations disponibles sur leurs concentrations dans leau, les sdiments ou les poissons sont absentes alors quil existe des doutes sur leur impact ventuel sur les communauts biotiques. La multiplicit des pressions chimiques sur le bassin versant de la Loue laquelle sajoutent celles apportes par les pertes du Doubs, exige de cibler les analyses chimiques sur des contaminants considrs comme prioritaires au sens des volumes utiliss et de leur toxicit intrinsque vis--vis de la faune aquatique. Le groupe dexperts prconise ainsi de mettre en place un rseau de surveillance micro-polluants de la qualit chimique sur le linaire de la rivire Loue entre la station Mouthier lamont et Quingey laval sur une priode minimale de cinq ans et en sappuyant sur les informations fournies par les secteurs dactivit concerns. Cette dmarche sadresse en priorit aux lments chimiques suivants (en complment des analyses ralises rgulirement sur leau par diffrents oprateurs (Agence de lEau, Conseil gnral du Doubs et GREPPES) : Produits de traitement du bois ou usage agricole rechercher dans la phase sdimentaire : insecticides pyrthrinodes de synthse (alphamthrine, cypermthrine, deltamthrine), fongicide /bactricide carbamate (3-iodo-2propynylbutylcarbamate, IPBC), fongicides triazols (propiconazole et tbuconazole) Autres pesticides rechercher dans la phase sdimentaire : herbicides glyphosate et AMPA (un de ses mtabolites principaux), isoproturon et diuron

+ ?

= ? ?

8. Quel suivis doivent tre mis en place sur la Loue pour les prochaines annes et comment ces suivis doivent-il tre organiss ? Le travail ralis au cours de cette expertise a permis de montrer que si il existe parfois, pour certains lments du dossier, beaucoup de donnes sur la Loue, la qualit globale de ces donnes ne permet pas de bien comprendre quelles ont t les principales volutions de la rivire aux cours des dernires dcnnies. Ce constat unanime des experts sur la pauvre qualit des donnes disponibles repose essentiellement sur le fait quil y a une trs grande htrognt dans le choix, les lieux et la frquence de suivi des nombreux paramtres et sur les difficults daccession ces donnes. Une rflexion doit donc tre engage pour redfinir les finalits et les modalits dun protocole de suivi de la rivire Loue. Sur le modle de ce qui existe pour dautres cosystmes naturels forte valeur patrimoniale faisant lobjet dun suivi rgulier (grands lacs alpins par exemple), le groupe dexperts propose que la dfinition puis la mise en oeuvre de ce suivi soient ralises dans le cadre dun Conseil Scientifique (CS) qui pourrait tre plac sous la responsabilit du Syndicat Mixte gestionnaire de la rivire. Un tel conseil comprendra des scientifiques reprsentant les diverses 23

(II) Mieux connaitre la diversit, les effectifs et/ou les biomasses, et ltat de sant des peuplements biologiques. Pour complter et/ou prciser les donnes actuelles et permettre une interprtation de ces donnes en termes dvolution temporelle et spatiale, il faut rflchir la mise en place de protocoles dchantillonnage prcis et rpondant bien aux objectifs fixs. Ainsi, concernant les peuplements de macroinvertbrs, macrophytes et diatomes ainsi que les indices issus de ltude ces communauts (IBGN, IBMR et IBD), les chantillonnages devront tre raliss de faon plus frquente dans lanne (un prlvement par saison) et surtout aux mmes priodes dune anne sur lautre. En effet, les experts ont rencontr une grande difficult dinterprtation des listes faunistiques des macroinvertbrs car elles ont t tablies, pour une mme station, diffrentes priodes selon les annes. Or, pour juger de lamplitude dune volution sur le long terme, il est ncessaire de pouvoir restituer lamplitude de cette volution dans le cadre dune variabilit interannuelle. Les suivis temporels devront donc tre raliss dans des conditions hydrologiques et thermiques les plus similaires possibles et en tenant compte de la saisonnalit des cycles de dveloppement des organismes. Par ailleurs, une nouvelle tude approfondie des peuplements de Trichoptres, Ephmroptres et Plcoptres avec des chantillonnages similaires ceux effectus dans les annes 70s et une identification des espces, apparait trs pertinente pour les experts. Concernant les macrophytes, une nouvelle tude ralise selon le protocole utilis par Vergon en 1990 devra tre mene. Cette tude permettra de faire une valuation de la biomasse des macrophytes aux diffrentes saisons. Elle devra saccompagner dune cartographie prcise de la vgtation vasculaire (relevs systmatiques sur des transects de 2 m distribus tout le long du cours deau), en prenant bien en compte les arrives deau, de manire disposer dun patron longitudinal des communauts vgtales pour identifier clairement les ruptures fonctionnelles le long du cours deau. Les experts ont galement soulign les apparentes contradictions entre linterprtation des donnes chimiques (par exemple les concentrations en nutriments) et des donnes biologiques plus intgratives (macrophytes et algues, macroinvertbrs, peuplements piscicoles). Ces observations mettent laccent sur la ncessit (i) de redonner aux mtriques biologiques une valeur informative prpondrante sur ltat de sant global des systmes (alors que cest la dmarche inverse qui semble primer actuellement avec une minimisation, voire un dtournement, des interprtations des indices biologiques en fonction des rsultats des analyses chimiques) et (ii) de dvelopper dautres approches plus intgratives (voir propositions de recherche). 24

Une prconisation du groupe dexperts concerne galement la ncessit de mettre en place des observations rigoureuses la fois de la mortalit et de la morbit des espces piscicoles sur la Loue, une fois encore en sappuyant sur un protocole dchantillonnage prcis, linstar de celui mis en place en 2011 par lOnema. La frquence de ces observations doit tre au minimum mensuelle entre mai et octobre, et bimensuelle de novembre avril. Le choix des stations investiguer devra se faire en troite collaboration avec les agents de lOnema qui sont en charge de ce secteur. Ces informations permettront (i) de quantifier les mortalits recenses une priode donne, et (ii) de dcrire une volution possible du phnomne afin dapporter des lments de dcision quant la gestion environnementale du bassin versant de la Loue. Il faudra aussi profiter de ces chantillonnages pour tudier certains biomarqueurs permettant de caractriser ltat de sant des poissons, mais galement pour mesurer des variables intgratives concernant la pression parasitaire, la croissance et lindice de conditions des poissons. Un bilan plus complet annuel incluant des examens bactriologiques et histologiques du foie et des gonades, hmatologiques avec une formule leucocytaire, permettrait de complter lvaluation de la pression gnotoxique globale. Un suivi de la qualit des frayres peut galement tre envisag. Un protocole standardis a t mis en place dans le cadre de l'ORE Petits Fleuves Ctiers. Il consiste en l'utilisation de capsules d'incubation des ufs introduites l'intrieur des graviers des frayres (Dumas & Marty, 2006) et son utilisation est en train de se gnraliser en France (contacts en cours en Suisse). Enfin, une reflexion, dj engage par les acteurs locaux (agence de leau RMC) et par lOnema concerne lchantillonage des cyanobactries benthiques et lvaluation des risques toxiques lis leur dveloppement. Le suivi ralis en 2010 et 2011, na pas permis dexploiter les donnes disponibles en raison dune mauvaise stratgie dchantillonage et de traitement des chantillons. Il faudra donc laborer un protocole dchantillonnage solide de ces microorganismes, qui puisse prendre en compte lhtrognit spatiale et temporelle de ces communauts en terme de diversit mais galement de biomasse. Par ailleurs, un suivi des toxines permettra galement dvaluer les risques sanitaires potentiels associs ces biofilms. (III) Organiser et coordonner les suivis et les tudes raliss sur La Loue et son BV. La finalit des suivis prconis ci-dessus est de fournir des donnes scientifiques de qualit, pour mieux comprendre le fonctionnement et lvolution de cette rivire et pour fournir une aide la dcision pour sa gestion. Outre la qualit des donnes, il est galement ncessaire dengager une reflexion sur leur disponiblit et leur accessibilit. En effet, une

des grandes difficults du groupe dexperts a t de disposer des nombreuses donnes existantes car elles sont actuellement disperses auprs des nombreux acteurs impliqus dans le suivi de la Loue et de son bassin versant. La cration dune base de donnes devrait permettent de rsoudre ce problme en assurant un contrle de la qualit des donnes mais galement leur centralisation. Ce projet pourrait tre men sur la base de ce qui est propos dans le cadre des ORE (Observatoire de Rechercher de lEnvironnement) ou des zones ateliers en se basant, par exemple, sur ce qui a t dvelopp dans le cadre de lORE PFC (Petits Fleuves Ctiers) ou de la zone atelier Bassin du Rhne (ZABR). En effet, les objectifs des OREs ou des zones ateliers, qui convergent avec ceux exprims pour la surveillance de la Loue, sont (i) dune part, lacquisition des donnes de natures diverses (physiques, chimiques, biologiques) sur le long terme, pour le suivi des processus environnementaux et cologiques et (ii) dautre part, la mise en place dexprimentations, galement sur le long terme, qui compltent et valorisent les tches de la simple observation de lenvironnement (cf. question 9 dans les propositions daxes de recherche). 9. Quelles sont les principales actions de recherche qui semblent ncessaires pour amliorer les connaissances sur le fonctionnement de la rivire ? Outre la mise en place dun suivi sur le long terme de nombreux descripteurs de la qualit de lcosystme Loue, le groupe dexperts prconise galement la ralisation de travaux de recherche ponctuels qui permettraient de rpondre un certain nombre dinterrogations souleves au cours de lexpertise. Plusieurs domaines de recherche cls ont t identifis. (I) Mieux connatre les expositions et les impacts des polluants sur les poissons. Afin de mieux connatre les niveaux dexposition des poissons et des autres communauts biologiques (macroinvertbrs) aux polluants prsents dans la Loue ou sur dautres cosystmes proches, il est propos dvaluer la pression gnotoxique globale de contaminants prsents dans cet cosystme sur les populations de poissons, par des techniques complmentaires de mise en vidence de dommages primaires lADN (test des comtes en conditions alcalines) et de mutations chromosomiques (test des micronoyaux) sur le tissu sanguin. Les mesures devront tre ralises lors de deux trois campagnes annuelles afin de prendre en compte un possible diffrentiel de contamination dans le temps li lvolution des activits humaines sur le bassin versant et/ou la mise en place de mesures de gestion dfinies lissue de cette expertise. En effet, un certain nombre de biomarqueurs gnralistes permettent dvaluer le 25

niveau dexposition des organismes aquatiques des stress dorigine chimique. Parmi ceux-ci, la mesure de lintgrit de lADN cellulaire la fois au niveau somatique et germinal peut renseigner sur les risques encourus au niveau individuel et populationnel comme cela a t dmontr en particulier chez les poissons et les macroinvertbrs benthiques (Devaux et al., 1998 ; Jha, 2004 et 2008 ; Bony et al., 2008 ; Devaux et al., 2011 ; Lacaze et al., 2011). (II) Mieux connatre le fonctionnement des communauts biologiques de la Loue et les impacts des pressions anthropiques. Il est apparu que le compartiment des macroinvertbrs avait subi de profondes modifications au cours des dernires dcnnies. Afin de mieux comprendre les origines et les impacts de ces modifications, il est tout dabord propos de raliser un suivi de la signature isotopique de lazote minral (15N/14N not 15N) dans la Loue. Un tel suivi permettra dtudier la rpartition spatiale et la priodicit des apports respectifs en intrants potentiels (engrais azots appauvris en 15N, lisiers, fumiers enrichis en 15N ; Mayer et al., 2002; Cole et al., 2004). Il sera galement ncessaire de dterminer la signature isotopique en azote des organismes consommateurs, ce descripteur tant considr comme un bon indicateur dun excs dazote dorigine anthropique (Anderson and Cabana, 2006). En plus de son caractre indicateur dune pollution azote, lanalyse 15N au sein des communauts de macroinvertbrs benthiques permet dtudier les modifications induites par diffrents types de pollutions sur la structure des rseaux trophiques. A partir de la signature 15N des producteurs primaires (ou dorganismes strictement phytophages), il est possible de dterminer la position trophique de tout autre consommateur sachant qu chaque niveau trophique supplmentaire il y a un enrichissement en azote lourd. Ainsi, il a t montr que la pente de la rgression taille des macroinvertbrs/15N augmentait sous leffet dune pollution azote par allongement de la chane trophique (Anderson and Cabana, 2009). Le phnomne dallongement des chanes trophiques pourrait en partie intervenir dans la toxicit de diffrents polluants pour la faune piscicole puisquil favorise les phnomnes de bioaccumulation. De plus, les apports suspects dazote excessifs dans la Loue sont susceptibles dinduire dans les eaux interstitielles des substrats fins (des graviers aux sdiments), lapparition dammonium (ionis ou non selon les conditions de pH) pouvant induire une toxicit chronique (Alonso et al., 2009, Kater et al., 2006). Lexistence dun tel processus dans la Loue pourrait tre recherche par analyse conjointe des communauts de macroinvertbrs dans les zones de sdimentation et lanalyse des formes azotes et de leur concentration dans les eaux interstitielles. Des tests

de toxicit in situ pourraient galement tre envisags sur diffrents organismes (chironomides, amphipodes). Plus globalement, il parat indispensable aux experts de mieux connaitre les impacts des pressions anthropiques sur lorganisation gnrale des communauts dorganismes vivant dans la rivire (quilibres entre les diffrentes catgories de producteurs primaires, modifications potentielles des interactions de comptition ou de consommation entre les organismes, modifications du degr du parasitisme, etc.), et les consquences de ces modifications sur les processus fonctionnels soprant lchelle de la Loue (cycle des nutriments, flux de matire, etc). (III) Mieux connatre lhistorique de la dgradation de la Loue et de ses affluents, et identifier les phases cls dans cette dgradation. Pour cela, il serait ncessaire de raliser des tudes sur les archives sdimentaires des lacs du plateau (ceux dont les sdiments nont pas t remanis, et si possible un lac prserv, et un lac plus altr). Les carottages de sdiments permettraient de dcrire la dynamique temporelle de plusieurs paramtres potentiellement impliqus dans les altrations observes, comme le phosphore qui est essentiellement dorigine anthropique, mais aussi le carbone et lazote. En parallle, les altrations de biodiversit pourraient tre mesures via lanalyse de la densit doogones de Charophytes, mais galement par une analyse des macro-restes de vgtaux et du pollen. Ces diffrent lments devront tre replacs dans le temps grce des outils de type isotopique, lexemple du Csium 137 ou le plomb 210, qui permettent de replacer des dates clef rcentes et donc de dater les diffrentes strates de la carotte. (IV) Mieux connatre le dterminisme des prolifrations de cyanobactries et de leur toxicit. Outre les suivis qui permettront de mieux valuer labondance de ces microorganismes et les risques toxiques potentiels associs, il semble en effet ncessaire de mieux comprendre le dterminisme des prolifrations de ces cyanobactries benthiques mais aussi de la production de toxines, si lon veut tre capable, dans un second temps, de prendre des mesures pour limiter ces phnomnes. Lidentification des principaux facteurs et processus intervenant dans le dterminisme de ces phnomnes pourra se faire sur la base dun couplage entre les suivis raliss et des tudes complmentaires sur la diversit gntique des espces qui prolifrent et sur leur potentiel toxique en terme de prsence/absence des gnes impliqus dans la synthse des toxines, lexemple de travaux semblables qui ont t raliss pour les cyanobactries plagiques. Par ailleurs, des approches exprimentales pourraient galement permettre de mieux comprendre la dynamique de production des toxines, sous diverses contraintes 26

environnementales. Enfin, sachant que limpact des toxines produites par les cyanobactries benthiques, sur les poissons est encore mal connu, des tudes complmentaires devront galement tre ralises sur cette question, en tenant compte des diffrences de comportement et donc dexposition ces toxines, existant entre les espces de poissons prsentes dans la Loue. 10. En ltat actuel des connaissances, quelles prconisations oprationnelles peuvent tre proposes ? Suite lanalyse de ltat physico-chimique et des peuplements biologiques de la Loue, les experts proposent quatre recommandations oprationnelles : (I) Mise en place de mesures pour limiter les apports en nutriments (en particulier en phosphore et azote) dans la rivire. En effet, plusieurs indicateurs biologiques ont permis de montrer que la Loue est dans un tat eutrophe, ce qui explique les prolifrations dalgues et de cyanobactries, mais galement les atteintes aux peuplements des macroinvertbrs benthiques et probablement aussi, aux peuplements des poissons. La limitation des nutriments peut reposer tout dabord sur des missions dinformation et dducation (voir proposition 3) mais cela ne sera sans doute pas suffisant. Pour esprer vritablement diminuer les concentrations en phosphore et azote, il sera ncessaire, dans un premier temps, didentifier les sources principales de ces lments, puis dans un second temps de prendre les mesures pour les limiter. Parmi les hypothses qui peuvent tre avances, il est probable que lassainissement collectif et individuel joue un rle non ngligeable dans les flux de phosphore. Malgr linterdiction rcente de lutilisation des phosphates dans les lessives textiles, ceux-ci continuent toujours dtre prsents dans les lessives vaisselles, ce qui reprsente potentiellement des quantits importantes. Sachant que la dphosphatation des eaux uses nest pas une pratique rpandue et que mme dans les stations o ce process est appliqu, il existe des priodes o il est inefficace (crues par exemple), des quantits importantes de phosphore peuvent continuer parvenir dans les eaux de la Loue. Par ailleurs, comme des visites ralises sur les bords de la rivire lont montr, il semble que des apports trs localiss en provenance dhabitations individuelles par exemple, existent et permettent localement le dveloppement de biomasses importantes. Le recensement de tels apports pourrait permettre damliorer ltat de la rivire. Enfin, mme si la vente dengrais phosphors a diminu lors de ces dernires annes, il est trs probable quun apport agricole existe toujours et quil conviendrait de le quantifier pour pouvoir proposer des solutions permettant de le limiter. En

ce qui concerne lazote, il est connu que cet lment est essentiellement dorigine agricole, mme si les populations humaines contribuent galement sa production. Les augmentations constates dans la Loue ne sont pas ce jour clairement expliques, faute dtudes consacres cette question. Cependant, il apparat probable aux yeux des experts que laugmentation de la production de lait, qui gnre plus de dchets azots, couple lpandage sur prairies de ces dchets, notamment sous la forme de lisiers, jouent probablement un rle dans laugmentation constate de cet lment dans la Loue. De plus, linverse des engrais phosphors, la quantit dengrais azots livrs a augment dans le dpartement du Doubs. Il est donc ncessaire de mieux connatre lorigine de lazote et de prendre les mesures pour en limiter ses apports la rivire, en continuant, par exemple, de poursuivre les efforts entrepris sur les pratiques dpandage, mais aussi en valuant les consquences de changements de pratiques agricoles, telle que laugmentation des systmes lisiers. Les experts sinterrogent galement sur les effets de la leve des quotas laitiers,qui pourraient se traduire par une augmentation de la production laitire et donc par des contraintes sur lenvironnement encore plus forte. (II) Redonner de la libert la rivire en faisant disparatre certains des ouvrages qui fragmentent et ralentissent actuellement son coulement. Sachant que la Loue comporte une cinquantaine de seuils et de barrages dont dix sont infranchissables, leurs impacts conjugus peuvent savrer majeurs sur le fonctionnement du cours deau. Ces impacts sont en effet bien souvent cumulatifs, et ils peuvent concerner aussi bien la qualit physico-chimique que la qualit biologique de la rivire. Les barrages et seuils jouent tout dabord un rle sur la temprature des eaux en favorisant leur rchauffement. Ils modifient galement, de manire sensible, les conditions dhabitat en augmentant les zones deaux calmes et profondes au dtriment des zones deaux courantes. Dune manire gnrale, ce type damgagement induit des transformations profondes des communauts aquatiques en favorisant la croissance des macrophytes et des algues et le remplacement des espces exigentes de poissons (ombre et truite par exemple) et de macro-invertbrs par des espces plus tolrantes (glissement typologique). Ces nouvelles conditions dhabitat peuvent participer galement aux dveloppements massifs de cyanobactries. Concernant les poissons, le dclin de certaines espces, comme la truite et lombre, peut tre dautant plus marqu que les barrages et seuils, en empchant laccessibilit des poissons aux zones de frayre au sein du cours deau, limitent leur reproduction. 27

Les barrages et seuils impactent galement de manire importante le flux des sdiments en entranant des dpts de sdiments fins sur le fond du lit mineur. Ces dpts fins qui provoquent le colmatage des substrats, participent au dclin des organismes sensibles (macro-invertbrs et poissons), par la dgradation de la capacit daccueil de la rivire, et notamment les zones de frai pour les poissons comme la truite et lombre. Ces sdiments fins, favorisent galement le stockage des nutriments et des polluants et participent de cette manire au maintien de leur teneur dans la rivire par des phnomnes de relargage. Il est noter que ces impacts sont dautant plus dommageables que la plupart se retrouvent amplifis par le contexte actuel de changement climatique (rchauffement des eaux). Leffacement de certains barrages sur la Loue pemettrait donc damliorer la qualit globale de la rivire en jouant la fois sur de nombreux paramtres physico-chimiques comme, la temprature et les nutriments, la qualit de lhabitat et sur des paramtres biologiques tels que la continuit cologique de lhabitat ou la limitation du dveloppement des producteurs primaires. (III) Evaluer les impacts des pratiques de repeuplements de poissons et plus gnralement de gestion de la pche, sur ltat des populations de poissons. Dune manire gnrale, la qualit sanitaire et lorigine des souches des poissons dverss lors des oprations de repeuplements jouent un rle essentiel dans leur capacit supporter les conditions imposes par le milieu naturel. Compte tenu de la richesse piscicole attendue dans la Loue, il est ncessaire dexiger une qualit sanitaire et une origine gntique optimale avant tout autre critre de choix des poissons de repeuplement, notamment conomique. Un certain nombre dexigences existent dj dans la rglementation, concernant ltat sanitaire des individus et la qualit des piscicultures (code de lenvironnement sa section 4 - Contrle des peuplements, article R432-14 et la Directive 2006 /88/CE du 24 octobre 2006), mais ceux-ci ne sont pas toujours respects et ne prennent pas en compte lensemble des risques sanitaires. Le plus sr serait de prtendre une garantie sanitaire assure par un organisme du type Groupement de dfense sanitaire aquacole (GDSA) comme cela se fait dj dans certains bassins, sachant que ce Groupement pourrait par exemple tablir une liste de maladies contrler sur la base dexamens rguliers. Une autre garantie existe concernant les bonnes pratiques de repeuplement sous la forme du club de la Charte des salmonids de repeuplements (CCSR), qui se fonde sur le respect de lorigine gntique des souches. Plus globalement, les experts voudraient insister sur le fait quil est toujours prfrable dagir sur la qualit du milieu afin

de permettre le dveloppement optimal des populations plutt que de pratiquer le repeuplement. Concernant la pratique du No-Kill (les poissons capturs sont relachs), sur laquelle aucune information nest disponible, les experts indiquent quil serait intressant dvaluer ses consquences sur ltat de sant des poissons, sachant que potentiellement, une telle pratique peut favoriser la transmission de pathologies entre individus et une dgradation de leur tat sanitaire. La littrature scientifique rapporte actuellement peu dinformations sur cette question. Une premire tape consisterait tout dabord quantifier lampleur de cette pratique au regard de la population en place, sachant que son impact est certainement proportionnel son intensit. (IV) Mettre en uvre des missions dinformation, dducation et de respect de la Loi pour continuer amliorer et/ou pour modifier certaines pratiques ayant cours dans le bassin versant de la rivire. Cette recommandation repose tout dabord sur le constat que le karst et la fine paisseur du sol rendent ce bassin versant particulirement vulnrable aux activits humaines polluantes. Outre les recommandations dj formules sur les pratiques agricoles, sur lassainissement, et sur la gestion des populations piscicoles, ces missions dinformation, dducation et de respect de la Loi pourraient concerner plus particulirement : - les pratiques de traitement du bois, que ce soit sur les grumes en fort ou dans les scieries, sachant que les produits utiliss sont trs nocifs pour les organismes aquatiques et quil existe une rglementation qui se doit dtre respecte - les pratiques dutilisation de pesticides (herbicides notamment) par les particuliers, les collectivits locales et les agriculteurs car ces produits peuvent tre des sources de pollution non ngligeables pour les cours deau notamment dans un contexte karstique prsentant une faible paisseur de sol. Globalement, les experts recommandent de mieux adapter lensemble des pratiques (agricoles, sylvicoles, urbaines et industrielles) la vulnrabilit du bassin versant aux transferts des diffrents polluants. Cette adaptation pourrait passer dans un premier temps par une cartographie globale de la vulnrabilit des sols en fonction des diffrentes pratiques pour ensuite les limiter et les encadrer sur les zones les plus sensibles, limage de ce qui est fait pour les pandages.

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Remerciements : Mrs Bouchard, Compagnat, Gindre, Mouget, Poichet, Poulet et Prochazka de lOnema Mr Creutin du Syndicat Mixte de la Loue Mr Tourenne de la Chambre dAgriculture du Doubs Mr Tournier du Conseil Gnral du Doubs Mr Rossignon de la Fdration Dpartementale de Pche et de Protection du Milieu aquatique du Doubs Mr Porteret de lAgence de lEau RM&C Mme Genin de la DREAL Liste et affiliation des experts Gudrun Bornette LEHNA-UMR CNRS 5023 "Laboratoire d'cologie des hydrosystmes naturels et anthropiss" Universit C. Bernard Lyon 1 Btiment Forel, 2me tage, 43, Boulevard du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tel : 0472431294 Courriel : gudrun.bornette@univ-lyon1.fr Alain Devaux LEHNA-UMR CNRS 5023 USC INRA IGH Ecole Nationale des Travaux Publics de l'tat Rue Maurice Audin F- 69518 Vaulx-en-Velin Cedex FRANCE Tl : +33 (0)4 72 04 71 78 Courriel : devaux@entpe.fr Philippe Gaudin UMR INRA/UPPA ECOBIOP , Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons Quartier Ibarron 64310 St Pe-sur-Nivelle France Tl : +33 (0)5 59 51 59 70 Courriel : gaudin@st-pee.inra.fr Jean-Franois Humbert UMR Bioemco, Site de lENS 46 rue d'Ulm 75005 Paris Courriel : humbert@biologie.ens.fr Grard Lacroix UMR Bioemco, Site de lENS 46 rue d'Ulm 75005 Paris Tel : 0144323852 Courriel : lacroix@biologie.ens.fr

Nicolas Massei UMR CNRS 6143, IRESE A Universit de Rouen 76 821 Mont Saint Aignan cedex Tel : +33 (0)2 32 76 94 43 Courriel : nicolas.massei@univ-rouen.fr Jacques Mudry Laboratoire Chrono-Environnement 16 route de Gray 25030 Besanon cedex Tel : 0381666432 Courriel : jacques.mudry@univ-fcomte.fr Franoise Pozet Laboratoire Dpartemental dAnalyses du Jura (LDA39) 59 rue du Vieil Hpital - BP 40135 39802 Poligny Cedex 2 Tl : +33 (0)3 84 73 73 40 Courriel : fpozet@cg39.fr Dominique Trevisan INRA UMR CARRTEL 75 avenue de Corzent 74200 Thonon-les-Bains Tel : 0450267830 Courriel : trevisan@thonon.inra.fr Valrie Verneaux Laboratoire Chrono-Environnement 16 route de Gray 25030 Besanon cedex Tel : 0381665771 Courriel : valerie.verneaux@univ-fcomte.fr

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PRFET DU DOUBS

Besanon, le

Le Prfet

Monsieur le Directeur Gnral, Vous m'avez fait parvenir vos propositions concernant l'expertise que vous allez conduire sur la comprhension du phnomne de mortalit piscicole survenu sur la Loue et d'autres rivires comtoises cette anne 2010 et les moyens de prvenir ce type de phnomne. Je vous en remercie. Ces propositions rpondent bien mon attente oprationnelle et reoivent mon accord. Je souhaite cependant attirer votre attention sur deux points :

l'importance que j'attache une analyse comparative englobant les autres cours d'eau de Franche-Comt ayant subi un pisode de mortalit piscicole en 2010 (Ain et Doubs Franco-suisse) et un cours d'eau (Dessoubre) plac dans les mmes conditions, mais n'ayant pas subi de mortalits anormales. la question du calendrier : je suis soucieux de disposer de prconisations oprationnelles ds le printemps prochain. Cependant, compte-tenu de la priode dj avance laquelle nous nous trouvons, le calendrier initial mrite d'tre un peu assoupli afin de prserver la qualit de la dmarche scientifique que vous allez conduire, qualit laquelle j'attache une grande importance. Je vous propose donc de dcaler sur la fin mars le sminaire de travail prvu initialement en fvrier. Ce sminaire pourra ainsi dboucher sur un premier niveau de prconisations en avril.

Je vous prie dagrer, Monsieur le Directeur Gnral, lexpression de ma considration trs distingue.

Monsieur le Directeur Gnral de lOffice National de lEau et des Milieux Aquatiques Le Nadar Hall C 5, Square Flix Nadar 94300 VINCENNES

Nacer MEDDAH,

Adresse postale : 8 bis rue Charles Nodier 25035 BESANON Cdex Standard tel : 03 81 25 10 00 Fax : 03 81 83 21 82