Universitatea POLITEHNICA Bucureti

Facultatea de Chimie Aplicat i tiina Materialelor

DINAMICA MOLECULAR
CALCUL CU AJUTORUL SERIILOR TAYLOR
ndrumtor, Autor,
GROSU Marta
2010
ABSTRACT
n condiii fiziologice, biomoleculele sufer mai multe micri i modificri.
Aceste micri sunt eseniale pentru funcia biomoleculelor.
Interaciunile electrostatice i interaciunille Van der Waals exercit o for asupra
unui atom dat din molecul.
Pentru a o calcula ,la un anumit timp trebuie s cunoatem viteza,acceleraia i
poziia iniial a fiecrui atom. Toate aceste mrimi le calculm cu ajutorul seriilor
Taylor.
Vom avea ca scop echilibrarea moleculei i ii vom analiza comportamentul in
funcie de schimbrile de temperatur. Exemplificm pe o molecul de ADN.
n practic dinamica moleculara are aplicaie in special in domeniul
medicinei,analiznd modificrile chimice suferite de molecule la diverse boli.
CUVINTE CHEIE
-biomolecule
-dinamic molecular
-interaciuni moleculare
-serii Taylor
-echilibru termodinamic
-femtosecund
-traiectorie molecular
-molecula de ADN
2
Dinamica molecular: Introducere
n condiii fiziologice, biomoleculele sufer mai multe micri i modificri.
Scara de timp a acestor micri este intre femtosecunde i secunde.
Aceste micri sunt eseniale pentru funcia biomoleculelor.
Dinamica molecular se bazeaz pe legea a doua a dinamicii (legea lui Newton):
Micarea atomilor x(t)
Se deduce din energia potenial V(x)
3
Energia potenial V(x) a unei molecule include termenii de legatur:
Deformarea
legturii
ndoirea unghiurilor
Rotaia de torsiune
Diedre improprii
De asemenea include i termeni de nelegatur:
Interaciuni
electrostatice
Interaciuni
Van der Waals
Ecuaia pentru termenii de legatur din energia potenial:
Ecuaia pentru termenii de nelegatur:
4
( )
)] ( cos 1 [ ) (
) ( ) (
0
2
0
2
0
2
0

+ + +
+


n A k
k l l k R V
torsions
n
impropers
angles bonds
l bonded
ij r
j i
ij
ij
ij
ij
j i
nonbonded
r
q q
r
r
r
r
ij
R V
0
6
min
12
min
4
] ) ( 2 ) [( ( ) (

+

<
Fiecare dintre aceste interaciuni exercit o for asupra unui atom dat din
molecul.
Fora rezultant se calculeaz din funcia energiei poteniale.
Dac se cunoate fora asupra unui atom se calculeaz micarea:
La un moment de timp, t, trebuie cunoscute:
-pozitia iniial a fiecarui atom x1
-viteza v1 = dx1/dt
-acceleraia a1 = d2x1/dt2 = m-1F(x1)
Pozitia x2 , a atomului dupa un interval de timp t este
iar viteza v2,
Metoda diferenelor finite
Se bazeaz pe dezvoltare in serie Taylor.
Poziia este:
Viteza (prima derivat):
5
t v x x +
1 1 2
t
dx
dV
m v t x F m v t a v v
x
+ +

1
1
1 1
1
1 1 1 2
) (
... ) ( t
24
1
) ( t
6
1
) ( t
2
1
(t) v t (t) r t) (t r
4 3 2
+ + + + + + t c t b t a

... ) ( t
6
1
) ( t
2
1
(t) a t (t) v t) (t v
3 2
+ + + + + t c t b

Acceleraia (derivata a doua):
Algoritmul Verlet [Verlet 1967]
Prin adunarea celor dou ecuaii vom obine
Viteza se poate calcula din
sau
Avantajul folosirii seriilor Taylor:
Necesar sczut de memorie: dou seturi de coordonate r(t) si r(t-t) i acceleraia
a(t).
Dezavantaje:
Poziiile r(t+t) sunt obinute din adugarea unui termen mic t2a(t) la o diferen
de termeni mult mai mare
6
... ) ( t
2
1
(t) b t (t) a t) (t a
2
+ + + + t c

... ) ( t
2
1
(t) v t (t) r t) (t r
... ) ( t
2
1
(t) v t (t) r t) (t r
2
2
+
+ + + +
t a
t a


) ( t t) (t r - (t) r 2 t) (t r
2
t a

+ +
t 2
t) (t r - t) (t r
(t) v
+

t
(t) r - t) (t r
t)
2
1
(t v

+
+
Vitezele sunt disponibile numai dup calcularea poziiilor din iteraia urmtoare.
Nu este un algoritm self-starting: poziiile sunt obinute din poziiile actuale r(t)
i poziiile din iteraia precedent r(t-t)
La t=0 exist doar un set de poziii si este necesar o ipotez pentru poziiile la t-t.
Se poate folosi seria Taylor
Algoritmul Verlet al vitezelor [Swope et a. 1982]
Algoritmul leap-frog [Hockney 1970]
Pentru a calcula vitezele iniiale folosim distribuia Maxwell-Boltzmann


sau distribuia Gauss (normal)
7
) ( t t) (t r - (t) r 2 t) (t r
2
t a

+ +
) ( t t) (t r - (t) r 2 t) (t r
2
t a

+ +
(0) v t - (0) r t) ( r


[ ] t) (t a (t) a t
2
1
(t) v t) (t v
(t) a t
2
1
(t) v t (t) r t) (t r
2
+ + + +
+ + +


1
]
1

+ +
+ +
+ + +
t)
2
1
(t v t)
2
1
(t v
2
1
(t) v
(t) a t t)
2
1
- (t v t)
2
1
(t v
t)
2
1
(t v t (t) r t) (t r

,
_

,
_

T k
v m
T k
m
v
B
ix
i
B
i
ix
2
1/2
2
1
- exp
2
) p(

<x> este media i 2 varianta: 2 =<(x-<x>)2>

Echilibrare
Scop: aducerea sistemului din starea iniial la echilibru termodinamic.
Se monitorizeaz diveri parametri (energia cinetic, potenial, total, viteze,
temperatur, presiune).
Producie
Calcularea temperaturii:
Nc: numarul de constrangeri
3N-Nc: numarul gradelor de libertate
Proprieti dependente de timp:
Funcii de corelaie. Coeficieni de corelaie. M valori ale seturilor de date xi i yi
sau normalizate (-1 ..+1)
Cxy= 0: nu exist corelaie
Cxy= 1: grad inalt de corelaie
8

,
_

> <

2
2
2
2
) (
- exp
2
1
) p(

x x
x
( )
c
B
N
i
i
N N
T k
m
p

3
2 2
| |
E
1
2
cinetica

> <

i i
M
i
i i xy
y x y x
M
C
1
1
( ) ( )> <
> <

,
_

,
_

i
2
i
2
i i
M
1 i
i
2
M
1 i
i
2
M
1 i
i i
y x
y x
y
M
1
x
M
1
y x
M
1
xy
c
Intervalul de timp t pentru integrarea ecuaiilor de micare: 1 femtosecund.
Limitarea este datorat celei mai rapide fore.
Scala de timp accesibil: 101-103 ns.
Ipoteza ergodic:
9
A A
timp ansamblu
> < > <
Cum se modific o molecul in timpul MD
n general, dac se cunosc valorile x1, v1 si energia potenial V(x), traiectoria
molecular x(t) poate fi calculat din
Parametrii eseniali pentru dinamica molecular (setati de utilizator) sunt:
-Temperatura
-Presiune
-Pasul de integrare
-Constanta dielectric
-Duratele echilibrrilor i ale produciei
10
t
dx
x dV
m v v
t v x x
i
x i i
i i i

+

1
) (
1
1
1
1
Studiul comportrii sistemului la schimbrile de temperatur (tranziii de faz,
folding si unfolding, simulated annealing):
Temperatura este legat de energia cinetic prin relaia:
Scalarea vitezelor [Woodcock, 1971]: dac temperatura la timpul t este T(t) i
vitezele sunt multiplicate cu factorul , schimbarea de temperatur poate fi
calculat:
n practic dinamica moleculara are aplicaie in special in domeniul
medicinei,analiznd modificrile chimice suferite de molecule la diverse boli.
Model iniial de ADN Model de ADN cu ioni

11
( )
c
B
N
i
i
N N
T k
m
p

3
2 2
| |
E
1
2
cinetica

) ( /
) ( ) 1 (
3
2
2
1 ) (
3
2
2
1
2
2
1
2
1
t T T
t T T
Nk
v m
Nk
v m
T
new
B
i i
N
i
B
i i
N
i

ADN intr-o cutie de ap

Instantanee
12
Canal ionic
Bistrat lipidic
13
14