Tema 8. AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS II.

Estructura primaria de las protenas Estructura secundaria de las protenas Estructura terciaria de las protenas Anlisis de polipptidos

Niveles estructurales de las protenas

Estructura primaria de las protenas

La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminocidos

Puentes disulfuro entre dos cadenas peptdicas distintas

Estructura primaria de las protenas

oxidacin reduccin

Polipptido

Polipptido plegado por la accin de los puentes disulfuros

Los puentes de disulfuro en las protenas contribuyen a la forma final de la misma.

Oxitocina: una hormona peptdica

Estructura:
Es un polipptido se libera en grandes cantidades en el gnero femenino de una especie y estimula las contracciones uterinas durante el parto.

Estructura abreviada:

Estructura secundaria de las protenas

La estructura secundaria indica el plegamiento local de la cadena peptdica y viene determinada por: (a) rotacin restringida alrededor del enlace C-N (b) tipo de aminocidos que forman la cadena peptdica (c) posibilidad de formacin de puentes de hidrgeno.

Las estructuras secundarias ms importantes que se observan en una protena o incluso en un pptido, son las que se conocen como -hlice, lminas plegadas beta y giro beta.

Estructura secundaria de las protenas

Hlice

La cadena peptdica forma una espiral dextrgira (gira a la derecha) que

contiene 3,6 aminocidos en cada vuelta de hlice. Cada oxgeno carbonlico se puede unir mediante un enlace de hidrgeno al hidrgeno del grupo N-H de la siguiente vuelta de la hlice. Gran rigidez y estabilidad debido a los enlaces de hidrgeno intramoleculares NH.O=C. Las cadenas laterales de los aminocidos se sitan en la parte externa de la hlice.

Estructura secundaria de las protenas

Hlice

- La prolina interrumpe la red de enlaces de H y divide al pptido en dos

regiones distintas de la hlice - Los aminocidos polares, Lys y Glu, desestabilizan la hlice por repulsiones electrostticas

Estructura secundaria de las protenas

Lminas
La lnea de plegamiento coincide con la lnea que une distintos carbonos

Dos cadenas (o dos fragmentos de la misma cadena) se alinean con los grupos amino de una frente a los grupos carbonilo de la otra de manera que forman enlaces por puente de H entre ellas. Menor estabilidad debido a las repulsiones de Van der Waals entre los sustituyentes de las dos cadenas

Estructura terciaria de las protenas

Es la disposicin tridimensional global de todos los tomos de una protena

Hlice

Lminas Puente disulfuro

Estructura cuaternaria de las protenas

Algunas protenas son agregados de dos o ms cadenas polipeptdicas que se organizan en lo que se llama estructura cuaternaria

Cadenas polipeptdicas

La hemoglobina se compone de 4 cadenas polipeptdicas, cada una de ellas unida a un grupo hemo (grupo prosttico)

Niveles estructurales de las protenas

Estructura primaria Estructura secundaria Estructura terciaria Estructura cuaternaria

Residuos de aminocidos

Hlice

Cadena polipeptdica

Agregado de cadenas polipeptdicas

Clasificacin segn la estructura cuaternaria

Protenas fibrosas: cadenas dispuestas en largas hebras. Presentan un nico tipo de estructura secundaria. Funcin estructural. Protenas globulares: cadenas plegadas en formas esfricas. Presentan varios tipos de estructura secundaria. Actan como protenas reguladoras o enzimas.

Anlisis de polipptidos
La estructura primaria de una protena determina su estructura tridimensional y su funcin. Protenas con funciones diferentes presentan secuencias de aminocidos tambin diferentes (ejemplos: oxitocina y vasopresina).

Oxitocina: polipptido presente en el gnero femenino de una especie. Estimula las contracciones uterinas durante el parto

Anlisis de polipptidos
Vasopresina: polipptido presente tanto en el gnero masculino como en el femenino de una especie. Provoca la contraccin de los vasos sanguneos perifricos y por tanto aumenta la presin sangunea. Gran utilidad como antidiurtico.

Oxitocina y vasopresina son muy parecidas estructuralmente, donde la oxitocina tiene leucina, la vasopresina tiene arginina, y donde la vasopresina tiene fenilalanina, la oxitocina tiene isoleucina. Sin embargo tienen dos funciones muy distintas

Estructura primaria de la hormona peptdica Insulina

Determinacin de la estructura: Sanger, 1953.
Cadena A

Cadena B

Hormona responsable de la regulacin del metabolismo de la glucosa Se compone de dos cadenas peptdicas unidas entre s por puentes disulfuro

Anlisis de polipptidos. Determinacin de la estructura primaria

HIDRLISIS
Aminocidos libres

Cromatografa

Identificacin de aminocidos

Determinacin de la composicin del pptido

Polipptido

Degradacin de Edman

Formacin del derivado en el N-terminal.

Rotura del ltimo enlace peptdico

Purificacin del resto peptdico

La repeticin del proceso permite la secuenciacin del pptido (hasta ms de 50 aas)

Identificacin del ltimo residuo

Anlisis de polipptidos. Determinacin de la estructura primaria

Polipptido

Fenilisotiocianato

Derivado de fenilhidantona del residuo amino terminal

Degradacin de Edman: Identificacin del extremo N-terminal. La repeticin del proceso permite la secuenciacin del pptido (hasta 20-30 aas)

Anlisis de polipptidos
Los polipptidos de gran tamao que se encuentran en las protenas hay que romperlos en trozos ms pequeos para poder secuenciarlos de manera eficiente. 1.- Rotura de los enlaces disulfuro: se realiza mediante oxidacin (con cido perfrmico) o por reduccin (con ditiotreitol).

Anlisis de polipptidos
2.- Hidrlisis parcial de la cadena polipeptdica llevada a cabo por las proteasas

La tripsina hidroliza por la derecha de Arg , Lys

La quimotripsina hidroliza por la derecha de Phe, Trp, Tyr La pepsina hidroliza por la izquierda de Phe, Trp, Tyr La termolisina hidroliza por la izquierda de Val, Leu, Ile

3.- Secuenciacin de los pptidos

Degradacin de Edman: para pptidos de 20-30 aminocidos

Espectrometra de masas en tndem (MS/MS)

Anlisis de polipptidos

HPLC

Separacin de los fragmentos peptdicos

Ionizacin de los fragmentos

Masa de cada pptido

Fragmentacin de cada in molecular

Espectro MS/MS

Anlisis de polipptidos
2.- Hidrlisis parcial de la cadena polipeptdica llevada a cabo por las proteasas

La tripsina hidroliza por la derecha de Arg , Lys

La quimotripsina hidroliza por la derecha de Phe, Trp, Tyr La pepsina hidroliza por la izquierda de Phe, Trp, Tyr La termolisina hidroliza por la izquierda de Val, Leu, Ile

3.- Secuenciacin de los pptidos

Degradacin de Edman: para pptidos de 20-30 aminocidos

Espectrometra de masas en tndem (MS/MS)

4.- Ordenacin de los fragmentos peptdicos

5.- Localizacin de los puentes disulfuro.