Analyse de la diversit gntique partir de donnes molculaires: Module d'enseignement

Glossaire
Adventice: En agriculture, une plante individuelle ou une espce poussant o elle n'est pas souhaite. En cologie, une plante capable de pousser dans des habitats ouverts ou perturbs, par exemple aprs un feu ou des perturbation dues l'homme. ADN microsatellite: Type d'ADN rpt constitu de rptitions de trs courts motifs comme des di, des tri ou des ttranuclotides. Aussi appel simple sequence repeats (SSRs). AFLP: Amplified fragment length polymorphism (polymorphisme de longueur des fragments amplifis). Mthode trs sensible pour dtecter du polymorphisme dans l'ADN. L'ADN subit d'abord une digestion enzymatique et un sous-ensemble des fragments obtenus est alors slectionn pour une amplification par PCR et une visualisation. Allle: L'une des diffrentes formes d'un gne qui peut exister un locus. Allles multiples: Existence de plusieurs allles connus d'un gne. Allogamie: Transfert de pollen (c'est--dire pollinisation) des anthres des fleurs d'une plante aux stigmates des fleurs d'une plante gntiquement diffrente de la premire. Aussi appel hybridation, pollinisation croise ou xnogamie. AMOVA: Analyse de variance molculaire. C'est une mthode pour tudier la variation molculaire au sein d'une espce. Autofcondation: Fertilisation d'une plante partir du pollen de la mme plante. Autogamie: Transfert de pollen (pollinisation) des anthres des fleurs d'une plante aux stigmates des fleurs de la mme plante ou, parfois, ceux d'une plante gntiquement identique. Possibilit pour de nombreuses espces de plantes de s'auto-fertiliser naturellement avec succs. Aussi appel auto-pollinisation.

Auto-pollinisation: Voir Autogamie.

Amlioration des plantes: Multiplication et manipulation gntique par hybridation ou croisement dlibr de plantes dans le but de slectionner des descendances amliores. Biodiversit: Ensemble des gnes, espces et cosystmes d'une rgion donne, que cela soit un micro habitat ou le monde entier. Aussi appel diversit biologique. Caractrisation: Evaluation des caractres des plantes qui sont hautement hritables, faciles voir l'oeil nu, galement exprims dans tous les environnements et utilisables pour distinguer des phnotypes. Collection (de ressources gntiques): Rassemblement d'individus domestiqus (varits traditionnelles, cultivars anciens et modernes, et lignes amliores), et d'espces apparentes sauvages ou adventices. Le matriel rassembl lors de ces collectes est appel collection. Consanguinit: Croisement d'individus apparents. Croisement d'une succession de parents appartenant la mme race. Aussi appel endogamie. (voir Pollinisation croise) Conservation: Gestion de l'utilisation de la biosphre par l'homme de manire ce qu'elle puisse produire le plus grand bnfice durable pour les gnrations actuelles tout en maintenant sa capacit rpondre aux besoins et aspirations des gnrations futures. De cette manire, la conservation est positive, associant la prservation, le maintien, l'utilisation durable, la restauration et l'amlioration de l'environnement naturel. Conservation ex situ: Mthode de conservation qui suppose de retirer les ressources gntiques (semences, pollen, sperme, organismes individuels) de leur habitat d'origine ou de leur environnement naturel. Conservation des composantes de la biodiversit vivantes en dehors de leur habitat d'origine ou de leur environnement naturel. (voir conservation in situ)

Conservation in situ: Mthode de conservation qui essaye de prserver l'intgrit gntique des ressources en gnes en les conservant dans les cosystmes volution dynamique de leur habitat d'origine ou de leur environnement naturel. (voir Conservation ex situ) Drive gntique: Changement imprvisible des frquences allliques qui se produit dans des populations de petite taille. Diplode: Jeu complet de matriel gntique, constitu de paires de chromosomes, avec un chromosome de chaque jeu parental. La plupart des cellules animales, l'exception des gamtes, ont un nombre diplode de chromosomes. (Voir Haplode)

Distance gntique: Degr d'apparentement entre sous-groupes ou populations valu par divers indices. Diversit des espces: Fonction de la distribution et de l'abondance des espces. Sens identique richesse en espces. Dans la littrature plus technique, comprend des considrations sur la rgularit de l'abondance des espces. Un cosystme est considr comme ayant une diversit suprieure, d'aprs la dfinition la plus technique, si les espces prsentes ont des populations de tailles identiques, et une diversit infrieure si de nombreuses espces sont rares et certaines trs communes. Diversit gntique: Variation dans la composition gntique d'individus d'une espce ou d'individus d'espces diffrentes; variation gntique hritable intraou inter-populations. Domestication: Evolution des plantes ou animaux, soit naturellement soit par slection artificielle, en des formes plus utiles l'homme, par exemple au travers de la disparition de l'grenage naturel. Enzyme de restriction: Endonuclase qui reconnat une squence spcifique et qui coupe l'ADN en ce point Equilibre de Hardy-Weinberg: Distribution de frquence stable des gnotypes, AA, Aa, et aa, dans des proportions p, 2pq, et q, (o p et q sont les frquences des allles A et a), qui est la consquence de croisements au hasard en l'absence de mutation, migration, slection naturelle ou drive alatoire. Erosion gntique: Perte de diversit gntique au fil du temps entre ou au sein de populations, ou rduction de la base gntique d'une espce. Espce sauvage apparente: Espce apparente l'espce cultive qui pousse hors des champs et qui n'est pas utilise dans un but agricole. Flux de gnes: Echange de matriel gntique entre populations. Ce terme peut tre utilis dans le sens de la reproduction de la plante (c'est--dire tre d la dispersion des gamtes et des zygotes) ou tre d l'influence humaine, comme l'introduction de nouvelles varits cultives par les paysans. Gne: Unit physique et fonctionnelle de base de l'hrdit, qui transmet l'information d'une gnration une autre. C'est un segment d'ADN qui inclut la partie transcrite et l'lment rgulateur qui permet sa transcription. Gntique des populations: Etude quantitative et mesure de populations en termes statistiques, par exemple tude de phnomnes gntiques en terme de paramtres gntiques standards tels que des tables et distributions de frquence, des moyennes, des variances et des carts-types. Gnome: Ensemble du matriel gntique d'un organisme. Haplode: Jeu unique de chromosome reprsentant la moiti du jeu complet de matriel gntique, prsent dans chaque ovule ou cellule spermatique des animaux et dans chaque ovule et grain de pollen des plantes (du grec haploos, unique).

(voir Diplode) Haplotype: Profil alllique particulier un ensemble de loci appartenant un groupe de liaison bien dfini. Htrozygote: Individu diplode qui a des allles diffrents un ou plusieurs loci (du grec heteros, autre) (voir Homozygote) Homozygote: Individu diplode qui a des allles identiques un ou plusieurs loci (du grec homos, le mme) (voir Htrozygote) Isozyme: Formes multiples d'une enzyme dont la synthse est contrle par plus d'un gne. Locus (pluriel locus ou loci): Position spcifique sur un chromosome o est situ un gne ou un segment particulier d'ADN. Marqueur: Site d'un chromosome identifiable physiquement et dont la transmission peut tre suivie (par exemple gne, site de restriction ou marqueur RFLP). Marqueur gntique: Allle, bande sur un gel ou caractre qui sert de preuve exprimentale pour identifier un individu ou une de ses caractristiques. Migration: Mouvement d'individus entre des populations qui seraient sinon en isolement reproductif. Mutation: Terme dcrivant un changement brutal et hritable du phnotype. Tout changement permanent et hritable de la squence d'ADN. Les types de mutations incluent des mutations ponctuelles, des dltions, des insertions et des changements dans le nombre et la structure des chromosomes. Pollinisation croise: Systme de croisement allogame dans lequel les croisements se font entre individus moins apparents que les paires moyennes choisies au hasard dans la population. Appel aussi exogamie. (Voir Consanguinit) Phylognie: Histoire volutive d'une espce. Diagramme illustrant l'histoire volutive reconstitue de populations d'organismes apparents. Polymorphisme: Existence de formes diffrentes associes des allles diffrents d'un gne ou homologues d'un chromosome. Population: En gntique, groupe d'individus qui partagent un mme fond gntique et qui peuvent s'intercroiser. Purine: Un compos de base contenant de l'azote, double anneau, se rencontrant dans les acides nucliques. Les purines de l'ADN et de l'ARN sont l'adnine et la guanine.

Pyrimidine: Un compos de base contenant de l'azote, simple anneau, se rencontrant dans les acides nucliques. Les pyrimidines de l'ADN sont la cytosine et la thymine. Les pyrimidines de l'ARN sont la cytosine et l'uracile. RAPD: Random amplified polymorphic DNA (ADN polymorphique amplifi au hasard). Technique d'amplification de morceaux d'ADN anonymes, faisant appel une PCR avec des amorces arbitraires. Recombinaison: Production d'une molcule d'ADN avec des morceaux drivs de plus d'une molcule parentale d'ADN. Chez les eucaryotes, ceci s'obtient par l'change rciproque d'ADN entre chromatides non surs au sein d'une paire de chromosomes homologues durant la prophase de la premire division de miose. La recombinaison permet aux chromosomes de rarranger leur matriel gntique, accroissant de ce fait le potentiel de diversit gntique. Egalement appel crossing-over. Rjuvnation ou rgnration (de collections de ressources gntique): Culture d'chantillons de semences d'une accession de manire restaurer la viabilit des semences de l'accession originelle. Ceci est gnralement ralis quand la facult germinative du matriel originel tombe en dessous de 85%. Processus permettant l'obtention d'une plante entire partir de cellules individuelles par culture in vitro.

Reproduction asexue: Formation de nouveau individus partir de cellules d'un seul parent. Il n'y a pas de recombinaison ou de mlange des formes parentales. RFLP: Restriction fragment length polymorphism (polymorphisme de longueur des fragments de restriction). Variations entre individus dtects par des diffrences de longueur des fragments d'ADN aprs une restriction enzymatique. Systme de croisement: Nature des croisements entre individus d'une population, incluant des facteurs tel que degr de consanguinit, association par paires et nombre de croisements simultans. Le systme de croisement est d'une importance essentielle pour dterminer la fois la structure gntique et le potentiel volutif de populations naturelles. Systmes de reproduction: Systme par lequel une espce se reproduit. Il y a plusieurs systmes de reproduction chez les plantes. Voir par exemple allogamie et autogamie. Reproduction sexue: Production de nouveaux individus, suivant le mlange dans une cellule unique des gnes de deux cellules diffrentes -gnralement des gamtes- provenant gnralement de parents diffrents. SSR: Voir ADN microsatellite. Sympatrique: Se rencontrant dans la mme zone gographique.