GENOMA I

Genomas procaritico e eucaritico

Organizao do DNA nos cromossomas Organizao dos genes nos cromosssomas Estrutura dos genes e ainda: DNA repetitivo DNA extracromossmico

Genomas
(generalidades)
Clula- compartimentos celulares delimitados por membranas

Eucariotas
Genoma- 2 ou mais molculas de DNA lineares - DNA mitocondrial e plastidial . menores dimenses . circular - 1x102 Mb- 1x105 MB (o mais pequeno = 10 Mb) Clula- no compartimentalizao interna

Procariotas
Genoma- 1 molcula DNA circular - haplides - 1- 10 Mb - plasmdios (1 kb-250 kb), profagos e elementos mveis - informao gentica mais compacta - grande diversidade de organizao
Ex: Borrelia burgdorferi cromossoma linear: 911 kb (835 genes) 17 ou 18 molculas lineares e circulares: 533 kb (430 genes)

O que se considera Genoma?

Genoma = DNA cromossmico Genoma = DNA cromossmico + DNA plasmdico
Vibrio cholerae: 2 molculas de DNA circulares - 2, 96 MB (3885 genes); 71% genoma - 1,07 MB (caract. plasmdio)

Genoma = DNA cromossmico + DNA mitocondrial e/ou plastidial

Dimenses de Genomas

Relao complexidade dos organismos com dimenso do genoma

1) Organismos mais complexos

Genoma de maiores dimenses

ex. Homo sapiens (3 Gb) vs Drosophila melanogaster (180 Mb)

2) Paradoxo C Salamandra- 90 Gb

vs Homem- 3 Gb

Relao do nmero de genes com dimenso do genoma

S. cerevisae - 12 Mb

0,004 do genoma humano (3 Gb)

Genoma humano 35 000 genes x 0,004 = 140 genes para S. cerevisae

Genoma de levedura contm aprox. 5 800 genes

ECONOMIA DE ESPAO NO GENOMA DOS ORGANISMOS MENOS COMPLEXOS

Relao de complexidade do organismo com o nmero de genes e com dimenso do genoma

ARROZ

MILHO
Mesmo nmero de genes

0,43 Gb

2,5 Gb

Organismos semelhantes diferem na dimenso do genoma, mantendo o mesmo nmero de genes aproximadamente

DNA supercoiling
DNA within the cells adopts several forms of ordered

tertiary structures begining with the formation of

coiled and supercoiled helical DNA under the control of enzymes known as topoisomerases

Supercoiling
(sobrenrolamento ou subenrolamento)

A dupla hlice do DNA uma hlice o que significa que tem enrolamento right-handed, ie, no sentido dos ponteiros do relgio O supercoliling consequncia de: demasiadas rotaes (superrotao- overwound ) da hlice sob si prpria (positive supercoiling), ou perda de rotaes (subrotao- underrotating) sob si prpria (negative supercoiling)

Neste caso a direco do enrolamento oposta do right-handed da dupla hlice

O supercoling s ocorre quando as duas cadeias de DNA no conseguem rodar livremente uma sobre a outra, ie, quando as extremidades esto fixas e as superrotaes ou subrotaes no podem ser compensadas (como o que acontece no DNA circular)

Supercoiling

Forma relaxada - 10 pb/rotao na conformao B

Alterao da forma relaxada - mais ou menos de 10 pb/rotao na conformao B

Supercoil positivo e negativo

Positive supercoil
Ocorre quando o DNA est overrotated Enrolamento no mesmo sentido do enrolamento da dupla hlice

Negative supercoil
Ocorre quando o DNA est underrotated Enrolamento no sentido contrrio do enrolamento da dupla hlice

DNA coiling

Topoisomerases
Enzimas que adicionam ou removem rotaes da dupla hlice de DNA, quebrando temporariamente a dupla hlice, permitindo a rotao de uma cadeia em volta da outra, e depois ligando-a de novo. Topoisomerase I- quebra de uma cadeia, e reduz o supercoiling devido a remoo de rotaes Topoisomerase II- quebra de ambas as cadeias, adicionando ou removendo rotaes

Tipos de topoisomerases

Modo de aco das topoisomerses

Genomes

Organizao do DNA cromossmico em E. coli

Chromosome is condensed in one part of the cell

Cromossoma de E.coli
- Molcula de DNA circular-fechada, negativamente enrolada - 4 600 kb - 99-100% codificante - aproxi. 4280 genes

-Nucleide (estrutura condensada): . 40-50 domnios independentes ou loops de 10-100 kb . Topoisomerases . Protenas de ligao ao DNA
- HU - H-NS (H1) - Fis - IHF

-Diviso celular: attachment point

(verso desactualizada)

Enrolamento dinmico do DNA no cromossoma bacteriano

Organizao do DNA cromossmico em eucariotas

Estrutura dos cromossomas eucariticos

23

Nucleossoma- unidade elementar da cromatina

Structure of a nucleosome

H3 and H4 are among the most conserved proteins. H2A and H2B an be recognized in all eukaryotes, but show species-specific variation in sequence. H1, closely related proteins that show appreciable variation between tissues and species (and are absent from yeast)

The nucleosome core particle consists of 146 bp of DNA wrapped 1.65 turns around a histone octamer consisting of two molecules each of H2A, H2B, H3, and H4.
A nucleosome (chromatosome) contains two full turns of DNA locked in place by one molecule of H1.

Octmero de histonas
Dmero: H2A Tetrmero: 2H3, 2H4 Dmero: H2B

Nuclease protection assays of chromatin from human nuclei

Modelo solenide da fibra de cromatina de 30nm

Diferentes nveis de organizao das fibras de cromatina

Estados de condensao do DNA

Outras protenas no-histonas presentes no cromossoma No cinetocro Nos telmeros No scaffold Protena da maquinaria da replicao
DNA polimerases Helicases Primases

HMP (high-mobility-group proteins)

RNA polimerases Acetilases Factores de transcrio
E ainda protenas importantes na alterao do empacotamento e enrolamento da cromatina durante a transcrio

Proteins scaffold
Papel importante na estrutura do cromossoma

MARs (matrix attachment regions) ou SARs (scaffold attachment regions)

Estruturas particulares dos cromossomas lineares

Centrmeros Telmeros

Principais estruturas do cromossoma

Classificao dos cromossomas em funo da localizao do centrmero

Estrutura do centrmero de levedura

Proteins bind to yeast CDE elements

The centromere is identified by a DNA sequence that binds specific proteins. These proteins do not themselves bind to microtubules but establish the site at which the microtubule-binding proteins bind in turn.

Heterocromatina e eucromatina

Heterocromatina- geralmente mantm estado de condensao durante o ciclo celular. Heterocromatina facultativa vs constituitiva

Eucromatina- geralmente sofre condensao e descondensao durante o ciclo celular.

Tcnicas de colorao para produzir padres de bandas cromossmicos

Tcnica G-banding

Padro de bandas Bandas escuras so ricas em AT Bandas claras em GC Bandas escuras so ricas em GC Bandas claras em AT Bandas escuras contm heterocromatina constituitiva

Q-banding

C-banding

Padres citogenticos

Localizao (mapeamento) de algumas sequncias de DNA (repetitivo) no cromossoma 1 humano

Estas sequncias de DNA funcionam como marcadores genticos

Estrutura dos genes e Organizao dos genes

Procariotas Eucariotas

O que um gene?
-Unidade de informao gentica contida num segmento de DNA. O produto final pode ser uma protena ou um transcrito (ex. tRNA) -Pode variar entre 75 pb e 2 300 000 pb - A informao biolgica est contida na sequncia de nucletidos e tornada disponvel atravs da expresso gentica, que altamente REGULADA

Quaisquer 6 nts podem originar 4096 sequncias diferentes (46)

Os genes esto organizados de diferentes modos nos diferentes organismos

Organizao dos genes em procariotas: operes

Alguns genes de procariotas esto organizados linearmente sob o controlo da mesma regio reguladora da transcrio
Regulao da expresso coordenada

Genes com funes relacionadas Ocorre em bactrias

DNA
Regio reguladora

lacZ

lacY

lacA

Estrutura de um gene eucaritico

Organizao geral dos genes

Topografia dos genes em 4 organismos diferentes

Compactamento do genoma em organismos diferentes

Feature

Yeast

Fruit fly

Human

Gene density (average number per Mb) Introns per gene (average) Amount of the genome that is taken up by genome-wide repeats

479 0.04 3.4%

76 3 12%

11 9 44%

Exemplos de organizao, pouco usual, de genes

Genes que se sobrepem
-Alguns vrus (ex, fago X174 de E. coli) -Traduo dos mRNAs em diferentes grelhas abertas de leitura -Muito raro nos organismos superiores, mas h exemplos nos genomas mitocondriais de alguns animais e no Homem

Genes dentro de genes

- Frequente nos genomas nucleares - Genes dentro de intres de genes Ex. no genoma humano o gene da neurofibratose de tipo I, que contm trs pequenos genes (OGMP, EVI2B, EVI2A), dentro do into 27 - Muitos snoRNAs so codificados por genes dentro de intres

Chromosomal rearranjements