30 de septiembre del 2001 Vol.2 No.

El Misterio de los Intrones

Carlos A. Coello Coello. Roco Reye s Daz . Hctor G. Lugo Guevara . Julio C. Sandria Reynoso.
Palabras Clave : intrones, computacin evolutiva, algoritmos genticos, programacin gentica, .

Resumen Los intrones o segmentos de A DN no codificadores, son igualmente misteriosos en computacin evolutiva que en Biologa, pareciendo desafiar a la teora misma de la evolucin. En este artculo se habla sobre los intrones en computacin evolutiva y su analoga con sus smiles biolgicos, indicando adems algunos de sus posibles efectos positivos y negativos, as como las rutas de investigacin ms promisorias dentro de este intrigante tema.

[English]
Artculo Recientemente ha habido un inters notable por parte de la comunidad de Computacin E volutiva, en torno al estudio de los segmentos de una cadena cromosmica que no contribuyen a su valor de aptitud, pero que estn pres entes durante el proceso evolutivo. A estos segment os se les denomina "intrones" y parecen tener extraordinarias semejanzas con sus smiles naturales, los cuales tampoco han podido ser explicados de manera satisfactoria por los bilogos. Los intrones biolgicos [a] (o ADN de desecho) son "segmentos no codificadores" de ADN (es decir, no se involucran en la codificacin para producir protenas), pero se cree que tienen alguna funcin que permanece desconocida por los bilogos. Los intrones son una consecuencia natural del proceso evolutivo en [1] la programacin gentica , y han sido inducidos artificialmente tambin en los algoritmos [8a] genticos Tanto los estudios tericos, como la experimentacin realizada hasta ahora, parec en sugerir que la presencia de los intrones podra motivar la rec ombinacin y la destruccin de ciert os bloques constructores existentes en los algoritmos evolutivos. La evidencia existente parece indicar que los intrones tienen un efecto estabilizador, mejorando la capacidad de los algoritmos evolutivos para preservar los buenos bloques constructores, lo cual es una caracterstica altamente deseable de tales algoritmos. En este artculo daremos una visin general de este interesante tema, con la explicacin de algunas similitudes entre los intrones biolgicos y los simulados, as como una revisin del trabajo ms relevante al respecto, desde la perspectiva de la computacin evolutiva. Finalmente, se hablar sobre algunas de las rutas promisorias de investigacin en relacin con el tema. Antecedentes Dada la estrecha relacin de esta rea con la biologa, resulta neces ario comenzar por explicar un

poco la terminologa que ser de utilidad para entender mejor el cont enido de este artculo. Comenzaremos por hablar de los dos tipos de clulas que conforman a los seres vivos: euca riotas y procariotas. Las clulas eucariotas tienen organelos y un ncleo, ambos cubiertos por una membrana. El ncleo contiene el material gentico de la clula en este caso. Las clulas procariotas no tienen una membrana alrededor del ncleo, ni alrededo r de s us organelos, y almacenan su material gentico en una s ola molcula grande de A DN. Todos los organismos proc ariotas son unicelulares, mientras [2a] que los eucariot as pueden tener una o varias clulas Las protenas, que se consideran los bloques constructores de la vida, son el tipo de molcula orgnica ms abundante en los seres vivos. Una protena consta de una o ms cadenas polipptidas, es decir, cadenas de amino-cidos. Un amino-cido es una molc ula orgnica que consta de un tomo de carbono, unido a un tomo de hidrgeno, a un grupo carboxilo, a un grupo amino y a un grupo que vara segn el amino-cido de que se trate. Hay 20 diferentes amino -cidos considerados importantes en gentica. El orden de los amino -cidos en las cadenas polipptidas y la estructura de dichas cadenas, son lo que le proporciona a las protenas sus capacidades estructurales o funcionales. Cuando un organismo se reproduce, es imperativo que las instrucciones para construir sus protenas se reproduzcan de manera precisa y completa. Estas instrucciones son mantenidas por un segundo tipo de molcula orgnica, a la que se denomina nucletido. Los nucletidos se unen para formar molculas de mayor tamao a las que se denomina cidos nucleicos. Los dos tipos ms comunes de cidos nucleiclos son el A DN (cido desoxirribonucleico) y el ARN (cido ribonucleico). En los organismos eucariotas, el ADN se combina con las protenas para formar cromosomas, los cuales se localizan en el ncleo de una clula. El conjunto completo de cromosomas de un organismo se denomina genoma. El ADN es el material gentico que se propaga de generacin en generacin y c ontiene las instrucciones sobre cmo construir las protenas necesarias para un organismo en particular. Aunque toda la informacin gentica se almacena en el ordenamiento de los nucletidos en el ADN, ste no est involucrado directamente en la snt esis de protenas. El A DN dirige la sntesis de protenas enviando instrucciones en forma de A RN, el cual es el encargado de llevar a cabo la tarea. Un gene es un segmento de ADN, que se codifica para un producto de A RN. A los diferent es valores de un gene se les llama alelos.

Figura 1 : Los genes se encuentran delimitados por un sitio de inicio y un s itio de terminacin.

La snt esis de prot enas, a partir del A DN, ocurre en dos pasos, a los que se denomina transcripcin y traduccin. Durante la transcripcin, el A DN de un gene se copia al A RN. Slo se transcribe un

segment o de A DN en un c romosoma. Un gene es marcado con un sitio de iniciacin y otro de terminacin. Los sitios de iniciacin contienen una o ms regiones reguladoras y una regin promotora (ver figura 1). Las regiones reguladoras inhiben o permiten la ex presin de un gene. Las regiones promotoras son reconocidas por una enzima llamada polimerasa ARN, como puntos de inicio para la transcripcin. La transcripcin del gene contina hasta que la polimerasa A RN encuentra el sitio de terminacin. En este punto, se concluye la transcripcin y se libera el ARN transcrito y la polimerasa A RN. Hay varios tipos de productos de ARN, de los cuales 3 (el ARN mens ajero o ARNm, el ARN de transferencia o A RNt y el ARN ribosomal o A RNr) tienen funciones especficas durante la traduccin de la snt esis de prot enas. Durante el proceso de traduccin, el A RNm, el ARNt y los ribosomas (que estn hechos de ARNr y protenas), trabajan juntos para construir una protena. El A RNm contiene el ordenamiento adecuado de los amino-cidos, tal y como se copi del ADN. Este ordenamiento est almacenado en la forma de codones, que son t ercetos de nucletidos que representan, ya sea a un amino-cido o a una seal de terminacin. El ARNt "lee" el A RNm a razn de 3 nucletidos a la vez, recuperando el amino-cido correcto del citoplasma. El ribosoma se une al A RNm y se mueve secuencialmente hacia la parte inferior de la cadena. Conforme el ARNt recupera amino-cidos en el orden correcto, el ribosoma une cada nuevo amino -cido a la cadena polipptida. Cuando se alcanza el final de la cadena de ARNm, el ribosoma se separa del A RNm y libera una cadena [2b] polipptida completa ADN no codifi cador El trmino ADN no codificador se refiere a todo el ADN que no est involucrado en la codificacin de un producto maduro de A RN. Aunque el ADN no codificador es comn en los sistemas biolgicos, su origen y funciones sigue siendo un misterio. Existen tres tipos de A DN no codificador: las regiones intergenticas, las regiones intragenticas y los pseudogenes Aunque los genes yacen linealmente a lo largo de los cromosomas, no se encuentran en posiciones necesariamente contiguas. Las regiones intragenticas son las porciones de ADN que se encuentran entre los genes. Estas regiones no se transcriben a ARN. Se sabe que algunas porciones de las regiones intragenticas regulan la expresin de los genes adyacentes a ellas, pero otras no tienen ninguna funcin conocida. Las regiones intragenticas, llamadas tambin intrones, son segmentos deADN encontrados dentro de los genes. Los intrones se transcriben a A RN junto con el resto del gene, pero deben ser removidos del ARN antes de que se complete el producto maduro de ARN. El ARN que todava contiene regiones intrnicas es llamado pre-ARN. Despus [b] que s e le remueven los intrones, a los segment os restant es de ARN se les denomina exones o (regiones expresadas), y se les une para transformarse en un producto maduro de ARN. Todo esto debe ocurrir con una precisin asombrosa. Si el corte o la unin del ARN est fuera de lugar una sola posicin, el error producido arruina toda la protena. Un pseudogene es un segmento de ADN que es similar a un gene funcional, pero que contiene cambios de nucletido para prevenir su transcripcin o traduccin. Se cree que los pseudogenes se originan en la duplicacin gentica o en la transcripcin inversa de ARN. Un detalle interesant e es que los pseudogenes producidos de una transcripcin inversa no contienen intrones. Puesto que los pseudogenes no estn expresados, no estn sujetos a la presin de seleccin del ambiente. Por lo tanto, los pseudogenes acumulan mutaciones rpidamente. Cuando los pseudogenes se mut an lo suficiente como para que su similitud con un gene funcional no result e aparente, se vuelve simplement e ADN intergentico no codificador.

Figura 2 : Ejemplo de la presencia de intrones en el ADN. I Los intrones biolgicos fueron descubiertos en 1977, poniendo de cabeza a la comunidad cient fica [c] que no pudo predecir su aparicin a partir del paradigma neo -Darwiniano de la evolucin . Los intrones se encuentran solamente en los organismos euc ariticos, en los cuales constituyen una enorme porcin de sus genomas. Por ejemplo, alrededor del 30% del genoma humano est formado por intrones. Slo alrededor del 3% consiste en ADN codificador y el resto del genoma consiste enADN no codificador, secuencias repetitivas y regiones regulatorias. La colocacin [d] inusual de los intrones, interrumpiendo las regiones codificadoras de los genes (ver figura 2), y el hecho de que se requiere energa extra para mantener y procesar estas estructuras que no parecen tener ninguna funcin, ha hecho de los intrones uno de los temas de investigacin ms intrigant es en Biologa. Su mera existencia es un desafo para la teora de la evolucin, ya que si contribuyeran negativament e al proceso gentico, la seleccin natural debi haberlos eliminado des de hace [5] mucho tiempo. Para Richard Dawkins , los intrones son el ms puro ejemplo del "ADN egosta", que est ah simplemente para su propia supervivencia. La investigacin realiz ada hasta ahora en torno a los intrones, se ha centrado en responder a 3 preguntas:

1. Cmo se remueven los intrones del ADN? 2. Qu hacen los intrones? 3. Cul es el origen de los intrones?
De estas 3 preguntas, la primera es la que tiene la respuesta ms satisfactoria. Se s abe que los intrones son removidos del A RN mediante un proces o denominado empalme del ARN, el c ual es una especie de "edicin" del contenido del A RN (es decir, es un proc eso de remocin de intrones ), que ocurre dentro del ncleo de una clula. Existen diferentes mtodos de empalme del ARN, y la mayora requiere de la ayuda de protenas que reconocen secuencias espec ficas en el pre-A RN. La segunda pregunta sigue siendo tema de estudio. La denominada "teora exnica de los [6] genes" sugiere que los exones son los bloques constructores de las protenas y que los genes se crean a partir de las combinaciones de estos bloques constructores. Esta teora nos lleva hacia la [3] "hiptesis de barajeo de exones", la cual afirma que los intrones incrementan el porcentaje de recombinacin de los exones, haciendo ms fcil moverlos y crear nuevos genes. Walter G ilbert [7] afirma que : "...los intrones [estadsticamente hablando] representan puntos de gran propensin a la recombinacin: por su mera presencia y longitud, incrementan el porc entaje de recombinacin, y en consecuencia incrementan el barajeo de exones por factores del orden de 106 a 108". Hay evidencia que parece sugerir que los exones pueden corresponder a sub-unidades estructurales y funcionales de las protenas, incluyendo ej emplos especficos del mismo exn, que existe en diferentes genes donde se requiere la misma estructura o funcionamiento de dos protenas distintas. De acuerdo a esta teora, la estructura intrn -exn de los genes eucariticos, motiva la

formacin de nuevos genes a partir de sub-unidades estructurales y funcionales de los genes existentes, en lo que constituye un proceso ms eficiente que construir los nuevos genes a razn de un nucletido a la vez. Ante esta teora, la pregunta que resulta ms obvia es: si los intrones son tiles para la recombinacin, entonces por qu slo aparecen en los organismos eucariotas y no en los procariotas? Respecto a la tercera pregunta, existen dos teoras comnment e aceptadas: la teora de los "intrones tempranos" y la de los "intrones tardos". Segn la primera, los ancestros de los eucariot as y los procariot as posean intrones, pero stos ltimos los perdieron durant e su proc eso evolutivo. De acuerdo con la segunda teora, estos ancestros no posean intrones y los eucariotas los obtuvieron durante el proceso evolutivo. La teora de los "intrones tempranos" sugiere que el ltimo ancestro comn de los procariotas y los eucariotas, tena intrones en su genoma. Para dar c abida a sus cortos perodos reproductivos y de vida, los procariotas, subsecuentemente, perdieron los intrones de sus genomas debido a la seleccin natural que busc increment ar la eficiencia de la expresin de sus genes, as como una reduccin en el tamao de sus genomas. Segn esta teora, el precio que hubieron de pagar los organismos procariotas por esta mayor eficiencia, fue el dec remento en el potencial para evolucionar ms en el futuro, ya que se perdieron los intrones que podran ayudar al barajeo de exones. Los organismos eucariotas, por su parte, c ontinuaron evolucionando con la asistencia de sus intrones y dieron lugar a formas de vida mucho ms complejas. De ah que haya mucho menos complejidad y variacin en los organismos procariotas que en los eucariotas. La teora de los "intrones tardos" sugiere que stos se desarrollaron en el proceso evolutivo eucaritico. Puesto que los organismos procariotas han sido considerados tradicionalmente ms primitivos que los eucariotas, el genoma an ms primitivo del anc estro comn de estos dos tipos de organismos, se supone que asemejara a un genoma procariota en lo referente a su fuerte organizacin. Segn esta teora, los intrones habran sido insertados en los genomas eucariticos, poco despus de haberse originado la divisin entre los dos tipos de organismos (eucariotas y procariotas). Ambas teoras han sido debatidas y tienen puntos a favor y en c ontra. El paradigma Neo Darwiniano todava no ha llegado a un consenso res pecto a este asunt o, y existe actualmente un acalorado debate en torno a estas dos posturas.

Figura 3 : Ejemplo de una cadena c romosmica (como las usadas en los algoritmos genticos) que contiene intrones. Los intrones se marcan con una l, y no producen nada al decodificarse (es decir, al convertirse a valores decimales), si no que simplemente se ignoran. En este ejemplo, las variables X1 y X2 codificadas en la cadena binaria tienen, ambas, 8 bits. Ntese cmo los intrones pueden aparecer en posiciones aisladas o consecutivas, y que pueden irrumpir o no al conjunto de bits que conforman una variable codificada.

De manera anloga al debate sostenido por la comunidad de bilogos, la comunidad de computacin evolutiva tiene varias posturas respecto a los efectos benficos y negativos que podran tener los intrones en los algoritmos evolutivos. El primer experimento con int rones reportad o [8b] en la literatura especializada, es el de Levenick, quien insert intrones en los cromosomas de un algoritmo gentico (AG) para estudiar su efecto (ver figura 3 para un ejemplo de una cadena [e] cromosmica como las usadas con los AGs, la cual contiene intrones ). Levenick report mejoras en el desempeo de los AGs con intrones, con respecto a los que no los usaron. Sus experiment os [9] fueron despus reproducidos y extendidos por A nnie S. Wu y Robert K. Lindsey, quienes concluyeron que los intrones resultan ms benficos en un A G cuando la aptitud se incrementa notablemente tras descubrirse un nuevo nivel en la etapa de bsqueda, de lo que se concluy que [g] los intrones reducen el efecto de la "correlacin espuria " . Asimismo, dedujeron que los intrones hacen que un A G sea ms estable, pues su presencia hace ms difcil la prdida de "bloques constructores", una vez que stos han sido localizados, si bien tambin dificultan que el AG pueda generar buenos bloques constructores c on el operador de cruza, requiriendo muy probablemente que se efecten corridas ms largas para hacer converger al AG.

Figura 4 : Ejemplo de un rbol (como los usados en programacin gentica) que contiene mat erial intrnico. Si se remueve el segmento de rbol encerrado en un cuadro, la expresin codificada tendra exactament e el mismo valor de aptitud. El primero en notar la presencia de intrones en programacin gentica fue P eter Angeline, quien [10] advirti en 1994 que los rboles que John Koza hac a evolucionar en su libro de [11] 1992, contenan varios segmentos que, de ser removidos, no afectaban en lo ms mnimo el valor de aptitud de esos individuos (ver figura 4 para un ejemplo de un rbol de los usados en programacin gentica que contiene intrones). Tambin en 1994, Tackett advirti que los rboles evolucionados en programacin gentica tienden a " hincharse" (o saturars e), es decir, tienden a crecer desmesuradamente hasta alcanzar la mxima profundidad permisible. Tackett especul que este fenmeno se deba a la pres encia de segment os de cdigo en ciertos individuos que, aunque por s solos no eran muy aptos, s muy similares a segmentos de cdigo que s tenan una aptitud elevada. Estos bloques son tambin un ejemplo de "correlacin espuria", como la que se presenta en los algoritmos genticos. En investigacin posterior se determin que esta "hinchazn" de los rboles usados por la programacin gentica, es producida por los int rones. Tambin se ha es tablecido que, contrario a lo
[14]

que se crea en un principio, los intrones no son un fenmeno ocasional y espordico, sino que llegan a constituir, en algunos casos, entre el 40% y el 60% de todo el cdigo utilizado en etapas intermedias del proceso evolutivo en la programacin gentica. En etapas ms avanzadas del proceso evolutivo, los intrones tienden a crecer exponencialment e y pasan a constituir la gran [15] mayora del cdigo de casi toda la poblacin . Por alguna razn, los intrones en programacin gentica tienden a ser favorecidos por el proceso de seleccin. El papel que juegan, ent onces, los int rones en la programacin gentica, es tan misterioso como el de sus smiles biolgicos. Mientras que varios investigadores han determinado terica y experimentalmente que los int rones parecen servir para proteger a los buenos bloques constructores de los efectos destructores de la cruza, su crecimiento exponencial puede producir tambin "estancamiento", es decir, hacer que el proces o evolutivo se detenga. De manera genrica, podemos definir a un intrn c omo un segmento de cdigo (o cadena cromosmica) que no contribuye directament e al valor de aptitud de un individuo. Banzhaf et [1] al. distinguen entre diferentes tipos de intrones en programacin gentica, de entre los que destaca la distincin entre los intrones "locales" y los "globales". Los primeros son aquellos que no contribuy en a la aptitud de un individuo, para las entradas dadas en un cierto momento del proceso evolutivo, pero pueden afectar el valor de aptitud para otro conjunt o de entradas vlido. Los segundos son aquellos que no contribuyen a la aptitud de un individuo, sin importar qu valores de entrada se utilicen. Mientras que en las genotipos de longitud variable (como los rboles usados en programacin gentica) los intrones son "emergentes" (aparecen de forma natural durante el proces o evolutivo), en los algoritmos genticos son normalmente "artificiales" (son insertados en la cadena cromosmica). Por qu surgen los introne s? Si por un momento nos concentramos slo en los intrones emergentes de la programacin gentica, la primera pregunta que s e antoja es la misma que se vienen haciendo los bilogos desde hace varios aos: por qu surgen? Debe resultar obvio que la presin de seleccin no debiera dar pie a la generacin de intrones, debido a que stos no tienen un efecto directo sobre la aptit ud de un individuo. Sin embargo, se cree que los int rones tienen un efecto indirecto: deben afectar la probabilidad de que los descendientes de un individuo sobrevivan. B anzhaf et al. [1] llaman a esta definicin modificada de aptitud, en la que se toma en cuenta la capacidad de supervivencia de la descendencia, la "aptitud efectiva", y su valor no ser funcin solament e de la aptitud de un individuo, sino tambin de su capacidad para generar descendientes con elevada aptitud, ant e el uso de los operadores genticos (cruza y mutacin). Se sabe que la cruza en programacin gentica no suele ser mejor que un operador de mutacin. De t al forma, se cree que los int rones contribuyen a aminorar los efectos nocivos de la c ruza en programacin gentica, incrementando la "aptitud efectiva" de los individuos. Crecimiento desmesurado Se sabe que en programacin gentica, los intrones crecen casi siempre ex ponencialmente hacia el final de una corrida La razn parece ser el hecho de que los intrones pueden proporcionar un a proteccin global, muy segura cont ra los efectos destructivos de la cruza. De tal forma, se piensa que los intrones se propagan ms hacia el final de una corrida, porque ah es cuando los individuos alcanzan su mejor desempeo (ya sea ptimo o sub-ptimo). Por lo tanto, la estrat egia de supervivencia cambia, pues en vez de intentar mejorar el desempeo (o aptitud), lo que se hace es

impedir que los efectos destructivos de los operadores genticos hagan que tal des empeo decrezca. Ah es donde entran en juego los intrones, que aminoran los efectos destructivos de la cruza. Los efectos nocivos de los introne s Si bien las hiptesis ms aceptadas sobre el origen de los intrones parecen otorgarles un efecto positivo en el proceso evolutivo, varios investigadores han reportado tambin algunos de sus efectos nocivos. De ellos, el ms comn es el "estancamiento" (es decir, la carencia de mejoras en las aptitudes de los individuos de una poblacin), debido al crecimiento exponencial de los intrones. Este problema, sin embargo, suele ser debatible, debido al hecho de que se presenta en etapas tardas del proceso evolutivo, en las c uales, de cualquier manera, no ocurren mejoras significativas de los individuos. Otro problema que ha sido reportado en la literatura, es el de la convergencia hacia soluciones pobres. Esto parece presentarse, sobre todo, cuando se utilizan int rones artificiales (o sea, inducidos) en programacin gentica. Por ejemplo, Andre y Teller [ 17] han reportado la obtencin de res ultados muy pobres al agregar intrones artificiales en su sistema. Los intrones utilizados, en este caso, eran nodos que fueron diseados deliberadamente para no hacer nada, sino simplement e consumir ms espacio en el cdigo. Algunos investigadores argumentan que el problema con los intrones artificiales es que si se agregan de manera indiscriminada, pueden provoc ar convergencia premat ura, produciendo, en consecuencia, resultados muy pobres. Sin embargo, si su uso es debidament e controlado, pueden [16] conducir a resultados excelent es, como parecen corroborar los experimentos de Angeline El tercer problema suele ser aceptado sin mayor discusin, an por los ms fervientes defensores de los intrones: los intrones ocupan bastant e memoria adicional y requieren un elevado tiempo de cmputo, lo que hace que el proces o evolutivo se torne ms lento y que se cons uman mayores recursos de cmput o de los debidos. Los efectos benficos de los introne s Pero a pes ar de sus efectos negativos, algunos investigadores argumentan que los intrones tienen [1] cuando menos 2 efectos benficos importantes, que bien pueden justificar su uso

1. Tienden a promover la parsimonia (o simpleza) en las soluciones obtenidas con

programacin gentica. Esto puede sonar un tanto irnico, ya que los intrones hacen ver ms complejas a las soluciones, pero dado que no contribuy en a la aptitud de un individuo, pueden removerse sin afectar el resultado. Se argumenta ent onces que los intrones parecen promover el surgimiento de soluciones ms simples (lo c ual es deseable) en programacin gentica, sobre todo cuando existe una alta probabilidad de que la cruza tenga un efecto destructivo. Algunos investigadores argumentan que los intrones proporcionan una especie de proteccin estructural contra los efectos destructivos de la cruza, ya que los intrones se encargaran de "atraer" la cruza, evitando que se rompan los buenos bloques constructores, haciendo que, en consecuencia, el proceso evolutivo result e ms favorable. Es importante hacer ver que esta proteccin es local (se refiere slo a cierta parte de un individuo), mientras que la proteccin global de un individuo completo, contra los efectos destructivos de la cruza, tiene un efecto negativo en el proceso evolutivo, como vimos anteriormente.

2.

Tendencias futura s

El trabajo actual sobre int rones gira en torno a las preguntas fundamentales que se plantean sobre ellos: por qu se originan? y cul es su efecto en el proceso evolutivo? Si los intrones son una consecuencia natural de la programacin gentica, lo que nos debiera interesar entonc es es minimizar sus efectos nocivos y tratar de aprovechar al mximo los posi tivos. Adems, de ser benficos para el proces o evolutivo, los intrones bien pudieran aprovecharse tambin en los algoritmos genticos, aunque hasta ahora es bastant e escaso el trabajo al respecto. Por lo que hemos visto en este art culo, los investigadores todava no se ponen de acuerdo en torno a las respuestas a las incgnitas fundamentales que rodean a los intrones y, por ende, hay mucho campo libre para los investigadores interesados en abordar este tema. Se requieren ms estudios tericos y prcticos que validen las hiptesis existentes o que las desechen. Asimismo, se requieren aplicaciones ms interesantes, en las que pueda demostrarse de manera convincente el efecto positivo de los intrones (si es que ste realmente existe), as como delinear con mayor precisin las situaciones en las cuales el uso de intrones ser inevitablemente daino para el proces o evolutivo. Aunque pocos investigadores lo mencionan, los estudios de los intrones en computacin evolutiva, bien podran traer beneficios (aunque fuesen accidentales) a la biologa, en lo que podra convertirse en un curioso ejemplo de la naturaleza que imita al arte. Recursos en Internet Puede encontrarse informacin adicional sobre los intrones en computacin evolutiva en las siguientes pginas: http://www.aic.nrl.navy.mil/~aswu: Pgina de Annie S. Wu, quien es una de las especialistas ms connotadas en intrones y su papel en comput acin evolutiva (particularment e en los algoritmos genticos). Annie ha publicado varios art culos sobre el tema (varios de los cuales estn disponibles electrnic ament e) y ha edit ado (junto con Wolfgang Banzhaf) un nmero es pecial dedicado a los intrones en la revista internacional "E volutionary Computation" (publicada por el MIT Press), el cual se public en el invierno de 1998. http://ls11-www.informatik.uni-dortmund.de/people/banzhaf/: Pgina de Wolfgang Banzhaf, quien ha publicado varios artculos sobre los intrones y su papel en programacin gentica, adems de ser co-autor de un libro introductorio a la programacin gentica [1], el cual incluye un captulo sobre este tema. http://www.willamette.edu/~levenick: Pgina de James R. Levenick, quien fue el primero en abordar el tema de los intrones y su uso en los algoritmos genticos. Su artculo de 1991 (considerado ahora como un clsico) est disponible electrnicamente desde esta pgina.

[a] ADN significa cido desoxirribonucleico [1] Banzhaf, Wolfgang, Nordin, Peter, Keller, Robert E. [8a] Levenick, James R. (1991) Ins erting introns improves genetic algorithm success rate: Taking a clue from biology. In: R. K. Belew [2a] ] Wu, Annie S. [2b] Wu, Annie S. [b] los trminos "intron" (intragenic region) y "exon" (expressed region) fueron acuados por el bilogo Walter Gilbert en 1978 .

[c] Segn en Neo-darwinismo, toda la vida en el planeta puede ser explicada a travs de un puado de procesos estadsticos que actan en y dent ro de las poblaciones y especies: reproduccin, mutacin, competencia y seleccin. [d] Klyce hace una analoga entre los intrones y la aparicin de comerciantes en una lengua extraa justo a la mitad de nuestro programa favorito de televisin. [5] Dawkins, Richard (1976) The Selfish Gene. Ox ford University Press. [6] Blake, C. C. F. (1978) Do genes-in-piec es imply proteins-in-pieces? Nature, 273: p. 267. [3] Gilbert, Walter (1978) Why genes in pieces? Nature, February, 271(9): p. 501. [7] [7Gilbert, Walter, (1987) The Exon Theory of Genes, in Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Vol. LII: E volution of Cat alytic Function, pp. 907 -913.] [8b] Levenick, James R. (1991) Ins erting introns improves genetic algorithm success rate: Taking a clue from biology. In: R. K. Belew [e] Es importante hacer not ar que el uso de intrones en las cadenas cromosmicas usadas en los algoritmos genticos presupone el uso de un esquema de repres entacin que permita el manejo de cadenas de longitud variable, y no de longitud fija como se acostumbra tradicionalmente en los algoritmos genticos. [9] Wu, Annie S. [g] El trmino ms usado en ingls para describir este fenmeno es "hitchhiking". La palabra "hitchhiking" se usa en ingls para denot ar a las personas que piden "aventn" en las carreteras. En computacin evolutiva , ste trmino se utiliza para denotar al fenmeno que hace que ciertos segment os de cadena cromosmica que por s mismos no tienen mayor relevancia, sean propagados debido a su similitud con los segmentos d e cadena que tienen aptitudes elevadas. La correlacin espuria existe tambin en la naturaleza y en computacin evolutiva ha sido detectada desde principios de los 1990s. [10] Angeline, Peter J., (1994) Genetic Programming and Emergent Intelligence. In: K. E. Kinnear, Jr. (editor) Advances in Genetic Programming, The MIT Press. [11] Koza, John R. (1992) Genetic Programming. On the Programming of Computers by Means of Natural Selection, The MIT Press. [14] Tackett, W. A. (1994) Recombination, Selection, and the Genetic Construction of Computer Programs, PhD Thesis, University of Sout hern California, Department of Electrical Engineering Systems. [15] Nordin, Peter, Francone, Frank D. [1] Banzhaf, Wolfgang, Nordin, Peter, Keller, Robert E. [16] Angeline, Peter J. (1996) Two self-adaptive crossover operators for genetic programming. In: Angeline, Peter J. [1] Banzhaf, Wolfgang, Nordin, Peter, Keller, Robert E. Conclusiones En este artculo hemos visto los conceptos bsicos con respecto a los intrones biolgicos y sus anlogos en comput acin evolutiva. Adems de definirlos y de proporcionar ejemplos de ellos en computacin evolutiva, hemos tratado de compendiar, de manera bre ve, algunas de las respuestas que se han dado a las grandes interrogantes que rodean a los intrones en el contexto de la computacin evolutiva. Asimismo, hemos discutido brevemente algunos de sus posibles efectos positivos y negativos y hemos planteado algunas de las rutas de investigacin en esta rea que lucen como ms prometedoras, esperando as motivar a los interes ados a explorar con ms detenimiento este apasionante tema. Agradecimientos El primer autor agradece el apoyo del CONACy T a travs del proyecto I-29870 A. Los tres autores restantes agradecen al CONA CyT por haber recibido becas para cursar la Maestra en Inteligencia

Artificial del LA NIA y la Universidad Veracruz ana. Bibliografa , Banzhaf, Wolfgang, Nordin, Peter, Keller, Robert E. & Francone, Frank D. . (1998) Genetic Programming. An Introduction. Morgan Kaufmann Publi shers. . , Wu, Annie S. & Lindsay, Robert K. (1996) . A Survey of Intron Re search in Genetics, in Proceedings of the 4th Conference on Parallel Problem Solving from Nature, Berlin, Alemania, Springer-Verlag, pp. 101-110.. , Gilbert, Walter (1978) . Why genes in pieces? Nature, February, 271(9): p. 501. . Klyce, Brig, "Introns: A Mistery" [en lnea]. http://www.panspermia.org/introns. htm . , Dawkins, Richard (1976) . The Selfish Gene. Oxford University Pre ss.. , Blake, C. C. F. (1978) . Do gene s-in-piece s imply proteins-in-pieces? Nature, 273: p. 267.. , Gilbert, Walter, (1987) . The Exon Theory of Genes, in Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Vol. LII: Evolution of Catalytic Function, pp. 907-913.. . , Levenick, James R. (1991) . Inserting introns improves genetic algorithm succe ss rate: Taking a clue from biology. In: R. K. Belew & L. B. Booker (editors). Proceedings of the Fourth International Conference on Genetic Algorithm s, pp. 123 -127, Morgan Kaufmann.. , Wu, Annie S. & Lindsey, Robert K. (1995) . Empirical studies of the genetic algorithm with noncoding segments. Evolutionary Computation, 3(2): 121-147.. , Angeline, Peter J., (1994) Genetic Programming and Emergent Int elligence. In: K. E. Kinnear, Jr. (editor) Advances in Genetic Programming, The MIT Press. . Genetic Programming and Emergent Intelligence. In: K. E. Kinnear, Jr. (editor) Advance s in Genetic P rogramming, The MIT Press.. , Koza, John R. (1992) . Genetic Programming. On the Programming of Computers by Means of Natural Selection, The MIT Press.. , Das, Rajars hi & Whitley, Darrell (1991) . The Only Challenging Problems are Deceptive: Global Search by Solving Order-1 Hyperplanes. In: Richard K. Belew & Lashoon B. Booker (editors) Proceedings of the Fourth International Conference on Genetic Algorithm s, pp. 166-173, Morgan Kaufmann Publishers.. , Schaffer, J. David, Eshelman, Larry J. & Offutt, Daniel (1991) . Spurious Correlations and Premature Convergence in Genetic Algorithm s". In: Gregory J. E. Rawlins (editor) Foundations of Genetic Algori thm s, pp. 102 -112, Morgan Kaufmann Publishers.. , Tackett, W. A. (1994) . Recombination, Selection, and the Ge netic Construction of Computer Programs, PhD The si s, University of Southern California, Department of Electrical Engineering System s.. , Nordin, Peter, Francone, Frank D. & Banzhaf, Wolfgang (1995) . Explicitly defined introns and destructive crossover in genetic programming. In: Justinian P. Rosca (editor) Proceedings of the Workshop on Genetic Programming: From Theory to Real -World Applications, Tahoe

City, California, pp. 6-22.. , Angeline, Peter J. (1996) . Two self-adaptive crossover operators for gene tic programming. In: Angeline, Peter J. & Kinnear, Jr. Kenneth E. (editors) Advance s in Genetic Programming 2, Chapter 5, pp. 89-110, MIT Press.. , Andre, David & Teller, Astro (1996) A study in program response and the negative effects of introns in genetic programming. In: Koza, John R., Goldberg, David E., Fogel, David B. & Riolo, Rick L. (editors) Genetic Programming 1996: Proceedings of the First Annual Conference, pp. 12 -20, MIT Press. . A study in program response and the negative effects of introns in genetic programming. In: Koza, John R., Goldberg, David E., Fogel, David B. & Riolo, Rick L. (editors) Genetic Programming 1996: Proceedings of the First Annual Conference, pp. 12-20, MIT Press..