MINISTRIO DA EDUCAO UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS INSTITUTO DE BIOLOGIA DEPARTAMENTO DE ZOOLOGIA E GENTICA Maro 2008 Texto Didtico (revisado

em agosto 2008) Dr Judith Vigas, Prof Adjunta BIOLOGIA MOLECULAR Parte IV CDIGO GENTICO E SNTESE PROTICA

1. CDIGO GENTICO O DNA o material gentico, isto , a molcula onde esto codificadas as informaes genticas, que so transmitidas de uma gerao para outra e que possibilitam aos seres vivos assemelharem-se entre si em termos de espcie e diferenciarem-se entre si em termos individuais. A codificao do DNA transmitida ao mRNA (RNA mensageiro) e vai ser traduzida em polipeptdio, durante a sntese protica, com o auxlio essencial dos tRNAs (RNAs de transferncia) e dos ribossomos, que contm os rRNAs (RNAs ribossmicos).

Figura 1: Os passos do DNA at a protena. O fluxo da informao gentica do DNA para o RNA (transcrio) e do RNA para a protena (sntese protica = translao) ocorre em todas as clulas vivas (Alberts et al, 2008) Existe uma relao de colinearidade entre DNA, mRNA e polipeptdeo no que se refere, respectivamente, aos nucleotdeos e aminocidos, ou seja, os aminocidos do polipeptdeo correspondem s bases nitrogenadas do mRNA, as quais correspondem s bases nitrogenadas de um dos filamentos do DNA. Portanto, qualquer modificao em
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nmero ou seqncia de bases do DNA ser copiada no mRNA e, conseqentemente, no polipeptdeo (Figura 2).

Leu-Pro-Leu-Ser-Asp-Met-Tir-Ter-Pro-Val-Fen-Pro-Ser-Glu-Asn-Asp-Leu-Arg-Cis polipep.

Figura 2: Relao de colineariedade entre dna, mrna e polipeptdeo (modificado de Griffiths et al, 2008).

A codificao gentica trplice, isto , cada combinao de 3 nucleotdeos (=3 bases) codifica 1 aminocido. Estes conjuntos de trs nucleotdeos so denominados de trincas, cdons ou triplets (Figura 3). Cdigo Gentico (codificao em mRNA) Segunda Base Primeira Base U U UUU fen UUC fen UUA leu UUG leu CUU leu CUC leu CUA leu CUG leu AUU ile AUC ile AUA ile AUG met GUU val GUC val GUA val GUG val C UCU ser UCC ser UCA ser UCG ser CCU pro CCC pro CCA pro CCG pro ACU tre ACC tre ACA tre ACG tre GCU ala GCC ala GCA ala GCG ala A UAU tir UAC tir UAA fim UAG fim CAU his CAC his CAA gln CAG gln AAU asn AAC asn AAA lis AAG lis GAU asp GAC asp GAA glu GAG glu G UGU cis UGC cis UGA fim UGG tri CGU arg CGC arg CGA arg CGG arg AGU ser AGC ser AGA arg AGG arg GGU gli GGC gli GGA gli GGG gli Terceira Base U C A G U C A G U C A G U C A G

Figura 3: Quadro do cdigo gentico, expresso em mRNA.

Abreviaes para aminocidos: ala = alanina, arg = arginina, asn = asparagina, asp = cido asprtico, cis = cistena, gln = glutamina, glu = cido glutmico, gli = glicina, his = histidina, ile = isoleucina, leu = leucina, lis = lisina, met = metionina, fen = fenilalanina, pro = prolina, ser = serina, tre = treonina, tri = triptofano, tir = tirosina, val = valina, fim = cdigo de finalizao

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O cdigo gentico expresso em mRNA. Ao verificar o quadro do Cdigo Gentico, v-se, por exemplo, que UUU codifica o aminocido fenilalanina. Observa-se, tambm, que este mesmo aminocido pode ser codificado por UUC. Por esta caracterstica de um aminocido ser codificado por mais de um cdon diz-se que o cdigo gentico degenerado ou redundante. Esta caracterstica uma vantagem em termos de rapidez de sntese protica e uma medida preventiva em relao a mutaes (por exemplo: CUU codifica leucina, se houver mutao da 3a base, de U para C, ou para A ou para G, no haver alterao no polipeptdeo, pois o aminocido codificado por CUC, CUA ou CUG , tambm, a leucina). Cdons que representam um mesmo aminocido so chamados de sinnimos. Observa-se, ainda, no quadro do cdigo gentico, a existncia de trs cdons no codificadores de aminocidos: UAA, UAG e UGA. Estes so cdigos de terminao ou finalizao, isto , codificam o fim da sntese protica na cadeia de mRNA. Como a sntese de qualquer polipeptdeo inicia sempre com o aminocido metionina, codificado por AUG, diz-se que o cdigo polarizado, isto , tem uma nica direo marcada pelos cdons de iniciao e cdons de finalizao. A leitura do cdigo realizada de modo contnuo, tambm chamada de leitura sem vrgulas. Isto significa que, entre os cdons de incio e de fim, no existem cdons de paradas intermedirias, todos os cdons entre estes dois pontos codificam apenas aminocidos, o que refora a relao de colinearidade existente entre o material gentico e seu produto primrio, o polipeptdio, cuja estrutura primria a seqncia e nmero de aminocidos. A leitura , tambm, sem sobreposio, isto , cada base do mRNA s participa de apenas um cdon, no reaproveitada para os cdons seguintes. O cdigo gentico dito universal, pois foi verificado que o mesmo em todas as formas de vida nas quais foi investigado, incluindo os vrus. Excees so encontradas em alguns protozorios ciliados e em mitocndrias. Em Tetrahymena termophila e em Paramecium, UAA e UAG so lidos como glutamina e no como cdigos de terminao. Em mitocndrias de fungos e de humanos, o cdigo de terminao UGA lido como triptofano, j em vegetais possui seu significado usual. O significado usual de AGA arginina, que lido como serina em mitocndria de drosfila e como cdigo de terminao em mitocndria de mamferos. AUA indica comumente a isoleucina, mas em mitocndrias pode ser metionina de iniciao
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(mamferos e drosfila) ou de alongamento (leveduras). Em mitocndrias de leveduras, CUA que codifica usualmente a leucina, indica treonina. Alguns tipos de tRNAs possuem a terceira base de seu anti-cdon com capacidade de reconhecer outra base no complementar, so os chamados pareamentos oscilantes. Assim, nesta terceira posio, a base pode ou no parear com a sua base complementar ou com uma alternativa. As bases que fazem pareamentos oscilantes so G que poder parear com U e U que poder parear com G, alm da base rara I (inosina) encontrada nos tRNA, que pareia com U, C ou A.

2. SNTESE PROTICA Uma cadeia polipeptdica de 300 a 500 aminocidos ser codificada por um mRNA com, no mnimo, 900 a 1.500 nucleotdeos. A sntese de uma cadeia polipeptdica desta dimenso dura, na clula, cerca de 10 a 20 segundos (a durao mdia do mRNA de 1 a 2 minutos). O processo de sntese ocorre no citoplasma em nvel dos ribossomos. Os ribossomos so constitudos de duas subunidades, uma maior e outra menor, que se encontram separadas quando no esto envolvidas na sntese. Os ribossomos possuem trs locais de vital importncia para a sntese protica, o stio A (aminoacil), o stio P (peptidil) e o stio E (exit = sada), conforme Figura 4.

Figura 4: Stios chave do ribossomo durante a sntese protica/translao, mostrados em modelo de computador (a) e modelo esquemtico (b). Observar os stios E, P e A, assim como o mRNA e o polipeptdeo nascente, ver texto para maiores detalhes (Griffiths et al, 2008).
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o stio A recebe o tRNA carregado com o seu aminocido especfico; no stio P fica o tRNA com o seu aminocido especfico, que est ligado ao polipeptdeo em crescimento; ao stio E chega o tRNA que j se desfez de sua carga de aminocidos e, portanto, sair do ribossomo, podendo ser novamente carregado com seu aminocido especfico. O processo de sntese protica envolve a ao dos ribossomos, mRNA e dos

diversos tRNAs, associados a uma srie de protenas especficas (fatores de liberao, alongamento, enzimas, etc..), e compreende trs fases: a iniciao, o alongamento e a terminao.

2.1. Sntese protica em procariotes 2.1.1. Iniciao em procariotes Para que a sntese protica inicie, so necessrias as subunidades ribossmicas, o mRNA, os diversos tRNAs carregados com seus aminocidos especficos e protenas chamadas fatores de iniciao. Em bactrias, o processo inicia com a ligao de trs fatores de iniciao (IF-1, IF-2 e IF-3) subunidade ribossomal menor (30S). O mRNA e o tRNA iniciador (tRNA formilmetionina) ligam-se a esta subunidade ribossmica menor, formando o complexo de iniciao. Mas, para que isto ocorra, antes deve haver o pareamento correto entre a seqncia Shine-Dalgarno do mRNA com suas bases complementares do rRNA 16S da subunidade menor 30S do ribossomo. A seqncia Shine-Dalgarno fica posicionada a dowstream do cdigo de incio AUG.

Figura 5: Em bactrias, as bases complementares entre a extremidade 3 do rRNA 16S da subunidade menor do ribossomo e a seqncia Shine-Dalgarno do mRNA que posicionam corretamente o ribossomo (downstream do cdon AUG) para o incio da sntese de protenas (translao), segundo Griffiths et al, 2008.

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Aps a formao do complexo de iniciao, IF-3 liberado e a subunidade maior do ribossomo (50S) liga-se ao complexo, formando o ribossomo completo (70S), e liberando os fatores de iniciao IF-2 (responsvel pelo reconhecimento do tRNA iniciador) e IF-1. Neste complexo de iniciao, o mRNA posicionou seu cdon AUG no stio P e ocorreu a ligao, atravs da formao de pontes H, entre este cdon AUG e o anti-cdon UAC do tRNA iniciador. Neste momento, o ribossomo completo est com o stio P ocupado pelo tRNA formil-metionina e com o cdon para o prximo aminocido exposto no stio A, terminando assim o processo de iniciao da sntese protica/translao, que est todo esquematizado na Figura 6.

Figura 6: Iniciao do processo de sntese protica em procariotes (Cooper, 2001).

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2.1.2. Alongamento em procariotes Tendo sido formado o complexo de iniciao da sntese protica, reunidas as subunidades ribossmicas e liberados os fatores de iniciao, comea o crescimento da cadeia polipeptdica codificada no mRNA, processo este denominado de alongamento. O tRNA iniciador, ao se localizar no stio P do ribossomo, deixa vazio o stio A, ficando exposto o cdon seguinte do mRNA (cdon 2). O aminoacil-tRNA especfico para este cdon (aminoacil-tRNA 2 = tRNA 2 + acido 2) trazido do citoplasma para o stio A pelo fator de alongamento EF-Tu (EF = elongation factor). Ao chegar ao stio A, ocorre o pareamento entre o aminoacil-tRNA 2 e o mRNA atravs da formao de pontes H entre seus respectivos anticdon e cdon. O EF-Tu liberado e , posteriormente, reciclado sua forma ativa, pelo fator de alongamento EF-Ts, para tornar a ligar-se a aminoacil-tRNAs. Ambos os stios - A e P - do ribossomo esto ocupados por aminoacil-tRNAs, ou seja, tRNAs carregados com seus respectivos aminocidos. Neste momento, uma peptidil transferase (uma enzima integrante da subunidade maior do ribossomo) catalisa a ligao peptdica entre os dois aminocidos, permitindo que a formilmetionina, que est ligada ao tRNA iniciador localizado no stio P, seja ligada ao aminocido 2 do aminoacil-tRNA 2 no stio A (este passar a denominar-se de peptidiltRNA 2, pois transporta, agora, o peptdeo em crescimento, ou seja, os dois aminocidos: metionina + aminocido 2). Simultaneamente ligao peptdica, ocorre o desligamento do aminocido formil-metionina do tRNA iniciador. O ribossomo realiza, ento, um movimento de translocao, com auxlio do fator de alongamento EF-G (uma translocase), e avana trs nucleotdeos no mRNA, expondo o cdon 3 no stio A. Simultaneamente, o tRNA iniciador descarregado translocado para o stio E (saindo do ribossomo e podendo recarregar-se com novo aminocido no citoplasma.) e o peptidil-tRNA 2 translocado do stio A para o stio P. O aminoacil-tRNA 3 (tRNA 3 + acido 3), cujo anticdon complementa o cdon 3 do mRNA, levado ao stio A pelo EF-Tu. realizado o pareamento anticdon-cdon e a peptidil transferase propicia a ligao peptdica entre o aminocido 2 do peptdeo em crescimento e o aminocido 3. O aminocido 2 desliga-se de seu tRNA. O movimento de translocao desloca o peptidil-tRNA 3 do stio A para o stio P e o tRNA 2 para o stio E, de onde liberado para o citoplasma e fica exposto novo cdon no stio A
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(cdon 4). O aminoacil-tRNA 4 (tRNA 4 + aminocido 4), cujo anticdon complementa o cdon 4 do mRNA, levado ao stio A pelo EF-Tu. realizado o pareamento cdonanticdon e a peptidil transferase propicia a ligao peptdica entre o aminocido 3 do peptdeo em crescimento e o aminocido 4. O aminocido 3 desliga-se de seu tRNA. O movimento de translocao desloca o peptidil-tRNA 4 do stio A para o stio P, o tRNA 3 para o stio E. O tRNA 3 liberado do stio E para o citoplasma e fica exposto novo cdon no stio A (cdon 5). O aminoacil-tRNA 5 (tRNA 5 + aminocido 5), cujo anticdon complementa o cdon 5 do mRNA, apresentado no stio A pelo EF-Tu. realizado o pareamento cdon-anticodon ........ e este processo continuar sempre da mesma maneira at o trmino da codificao para a sntese da cadeia polipeptdica, conforme Figura 7.

Figura 7: Processo de alongamento da sntese protica, em procariotes (Cooper, 2001).

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2.1.3. Terminao em procariotes O processo de terminao da sntese protica ocorre quando fica exposto, no stio A, um dos cdons de trmino (UAA, UAG ou UGA), conforme a Figura 8. Estes cdigos de fim so reconhecidos por protenas especficas denominadas de fatores de liberao. Os fatores de liberao marcam o ponto final da sntese protica e fazem com que os elementos da maquinaria de sntese se separem liberando a protena sintetizada. O fator de liberao RF-1 reconhece os cdons UAA e UAG e o RF-2, os cdons UAA e UGA. O trmino da sntese ocorre com a localizao de RF-1 ou RF-2 no stio A, que junto com RF-3 fazem a liberao do polipeptdio completo do ribossomo. O tRNA liberado e ocorre a dissociao das subunidade 30S, 50S e do mRNA. O fator de liberao RF-3 no reconhece cdons de terminao, mas auxilia os fatores RF-1 e RF-2 na liberao do polipeptdeo.

Figura 8: Processo de terminao da sntese protica em eucariotes (Cooper, 2001).

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Uma mesma molcula de mRNA percorrida, simultaneamente, por mais de um ribossomo. Isto determina que diversas cadeias polipeptdicas, em diversas fases de alongamento, possam ser encontradas ao longo de uma mesma molcula de mRNA. A este conjunto de mRNA com vrios ribossomos e as cadeias polipeptdicas em formao, denomina-se de polissomo ou polirribossomo (Figura 9).

Figura 9: Desenho esquemtico (a) e microfotografia eletrnica (b) de uma formao de poliribossomos sobre um mRNA de clula eucariota (Albertes et al, 2008)

2.2. Sntese protica em eucariotes 2.2.1. Iniciao em eucariotes Em eucariotes, o processo de iniciao semelhante ao de bactrias, entretanto, ocorre um nmero maior de fatores de iniciao, os chamados fatores de iniciao de eucariotes (eIF), com funes semelhantes aos IF. Os fatores de iniciao de eucariotes eIF-1, eIF-1A, eIF-3 ligam-se subunidade ribossmica 40S. O tRNA iniciador conduzido ao ribossomo pelo eIF-2. O mRNA ligado ao ribossomo pelo grupo de fatores eIF-4, que se ligam ao cap na extremidade 5

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do mRNA e protena da ligao PABPN (protena de ligao do poli-A), que como diz o nome, liga-se cauda poli-A na extremidade 3 do mRNA. Este complexo percorre o mRNA no sentido 5 3 at identificar o cdon de iniciao AUG. Neste momento, o eIF-5 desencadeia a liberao dos fatores de iniciao e uma subunidade ribossmica 60S une-se subunidade ribossmica 40S, que j tem ligados o mRNA e o tRNA iniciador, para formar o complexo de iniciao 80S dos eucariotes

2.2.2. Alongamento em eucariotes Nos eucariotes, o alongamento da sntese protica muito semelhante ao dos procariotes. Foi isolado um fator de alongamento (eEF 1-) que possui atividades anlogas s de EF-Tu e EF-Ts, ou seja a funo de alongamento propriamente dito. A translocao realizada pelo fator de alongamento eEF 2, semelhante ao EF-G.

2.3.2. Terminao em eucariotes Em eucariotes, foi descrito apenas um fator de liberao, o eRF, que reconhece os trs cdons de terminao.

Bibliografia Alberts, B., Bray, D., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Watson, J.D. Biologia Molecular da Clula, Editora Artes Mdicas, Porto Alegre, 1997, 1.294 p. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P. Molecular Biology of the Cell, Garland Science, New York, 2008, 1.268 p. Borges-Osrio, M.R., Robinson, W.M. Gentica Mdica, Editora Artes Mdicas, Porto Alegre, 2001, 459 p. Cooper, G.M. A Clula: uma abordagem molecular, Editora ARTMED, Porto Alegre, 2001, 712 p. Cooper, G.M.; Hausmann, R.E. The Cell: A Molecular Approach, ASM Press, Washington, 2004, 713 p. Griffiths, A.J.F., Miller, J.H., Suzuki, D.T., Lewontin, R.C., Gelbart, W.M. Introduo Gentica, Editora Guanabara Koogan S.A., Rio de Janeiro, 2002, 794 p. Griffiths, A.J.F., Wessler, S.R., Lewontin, R.C., Carroll, S.B. Introduction to Genetic Analysis, W. H. Freeman and Company, New York, 2008, 838 p.
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