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Dr Roch Giorgi
roch.giorgi@ap-hm.fr
Prambule
Lacquisition de la partie Mthodologie et outils statistiques : bases pidmiologiques est un pr-requis avant ltude de ce cours. Ltudiant pourra faire abstraction de certaines formules mathmatiques dans une premire lecture de cette partie. Il cherchera surtout comprendre le sens des indicateurs prsents.
Indicateurs et outils
Ncessit de disposer dindicateurs pour :
mesurer comparer
Doivent tre :
fiables facilement reproductibles
Ncessit de disposer doutils pour quantifier les effets Nous allons maintenant prsenter un certain nombre dindicateurs utiliss dans le domaine mdical. Leur utilisation repose sur certaines hypothses de bases. Elle peut galement dpendre du type denqute.
Incidence
Quantifie la production de nouveaux cas de malades dans une population sur une priode de temps donne (t). Mesure relative qui rapporte un nombre de malades (nouveaux cas) un nombre de sujets. Seuls les non malades peuvent produire des nouveaux cas. Hypothses :
risque de maladie le mme entre les sujets risque instantan de survenue de la maladie constant au cours du temps
Diffrentes mesures :
Incidence cumule Incidence instantane
On va mesurer la survenue de cancers dans du sein dans cette population en calculant lincidence cumule de cancer du sein.
Incidence cumule
Les sujets doivent tre suivis pendant toute la priode de temps.
Ic =
m[t , t + t ] N 0 [t , t + t ]
m = nombre de nouveaux cas N0 = nombre de personnes non malades en dbut de priode t = priode de temps
Utilise pour des maladies dont lexposition au risque est courte, des maladies aigus le plus souvent.
I c (1998) =
Lincidence cumule moyenne annuelle du cancer du sein entre 1995 et 1999 est de :
Anne 1995 1996 1997 1998 1999 Nouveaux cas 22 28 26 28 30 Population 220 335 250 236 244 369 249 875 252 002
Ic =
TI =
m = nombre de nouveaux cas PT = nombre de personnes-temps non malades (somme des dure de suivi des sujets pouvant devenir malade) t = priode de temps
M+ MM M
+ -
M M0 2 4 6 8 10
12
= 0,75 par an
Annes 1975
Calcul de TI1975-80 :
do TI1975-80 =
population moyenne :
et donc TI1975-95 =
Le calcul de TI1975-95 en considrant demble lintervalle 1975-1995 dans son ensemble donne un rsultat diffrent (TI = 148 cas pour 41 510 PA = 3,57) du fait des variations de population. Il faut dcouper en priodes homognes.
Roch Giorgi, LERTIM, Facult de Mdecine, Universit de la Mditerrane
Prvalence
On sintresse non plus la survenue dune maladie mais aux malades prsents dans une population un moment donn. Mesure relative qui rapporte un nombre de malades (anciens et nouveaux cas) un nombre de sujets. Diffrentes mesures :
Prvalence instantane Prvalence au cours du temps
Prvalence instantane
1-1-97
1-5-97
1-9-97
1-1-98
Prvalence au cours du temps : proportion de malades (initialement prsents et nouveaux cas) dans une population sur une priode donne.
1-1-97
1-5-97
1-9-97
1-1-98
Prvalence du 1-1-97 au 1-5-97 = (cas1 + cas2 + cas3 + cas5) / population moyenne au 1er quadrimestre 97
vitesse dapparition des nouveaux cas : plus elle est grande plus P augmente Exemple :
Population A 1-1-90 M+ MTotal P 5 100 37 400 42 500 12 % 1-1-97 15 330 28 470 43 800 35 % Population B 1-1-90 25 160 100 640 125 800 20 % 1-1-97 48 300 89 700 138 000 35 %
volution diffrente entre les 2 populations pour une mme prvalence au 1-1-97
Notations
M E E
+ +
M b d
Total n1 n0 n
a c m1
Total
m0
Cas-tmoins
Frquence de lexposition chez les malades
n1
PE1 = P E + M + = a
m1
R0 = P M + E = c
n0
PE0 = P E + M = b
m0
Voir exercice 1
R1 (t ) R0 (t ) R0 (t )
Voir exercice 2
Risque relatif
Dfinition : mesure laugmentation du risque de maladie chez des sujets exposs par rapport des sujets non exposs
P M + /E + R RR = = 1 P M + /E R0
si RR < 1, effet protecteur si RR = 1, pas deffet si RR > 1, effet nfaste
( (
) )
Remarque :
Lestimation des probabilits de maladies, donc de RR, nest possible que dans les enqutes de cohorte
Voir exercice 3
Odd ratio
Dfinition : mesure la force de lassociation entre la maladie et un facteur de risque. Il est dfini partir des probabilits de maladie chez les exposs et les non exposs, ou par les probabilits dexposition chez les cas et les tmoins.
R1 OR = R0
(1-R1 ) = (1-R0 )
PE1 PE0
(1 P ) = ad
E1
(1 P )
E0
cb
Remarque :
OR est estimable quel que soit le type dtude (enqutes cas-tmoins +++)
RA =
M E+ M
ME+ : nb de nouveaux cas dus lexposition M : nb de nouveaux cas pendant la priode tudie
Selon le type denqute : Exemple : enqute de cohorte (enqute cas-tmoins : RR est remplac par OR).
RA =
PE (RR-1) PE (RR-1) + 1
Fraction tiologique
Dfinition : proportion de cas dus lexposition parmi les sujets exposs
RR - 1 RR
FE =
Il sagit donc de la mme expression que pour la fraction de risque attribuable dans le cas o 100 % des sujets sont exposs (PE = 1).
Voir exercice 4
Fraction prventive
Dfinition : proportion de cas de maladie vits par la prsence du FDR
FP = PE (1 RR )
PE : frquence de lexposition dans la population
70 60 50 40 30 20 10 0 10 20 20 30 40 50 60 70 80 90 100
50 40
Intervalle de confiance 20
10 0 1 2 3 4 IC5
95%
30
Pr = 0,95
6 inf 7 8
12
13
RR =
P(M + / E + ) P(M + / E )
b d + = 0,006 n1a n0 c
Le calcul de lIC du RR ncessite destimer la variance du logarithme du RR, de calculer lIC de Log(RR), puis de prendre lexponentielle de lIC de Log(RR)
IC
(RR ) = [1,71;2,32]
Pr = 0,95
R1 (t ) = R 0 (t ) RR 01
R0(t) = risque absolu dans le groupe de base (rfrence) R1(t) = risque absolu dans le groupe risque
RR et OR :
OR =
RR (1-R0 ) 1-RR R0
OR RR si le risque de maladie chez les sujets non exposs (R0) est faible.
RR AB = RR A RRB
Hypothses : modle multiplicatif, pas dinter-action entre les deux facteurs. Idem pour les OR
RR pour un patient ayant une tumeur larynge, grande, avec envahissement ganglionnaire et sans mtastases (en l absence dinter-action entre les diffrents facteurs) : RR = RRLarynxxRRT GrandexRRN OuixRRM Absente RR= 1x2,10x1,34x1 = 2,81 (par rapport une tumeur petite N-).
Roch Giorgi, LERTIM, Facult de Mdecine, Universit de la Mditerrane
Quelques rfrences
Bouyer J, Hmon D, Cordier ,. et al. pidmiologie : principes et mthodes quantitatives. INSERM, Paris, 1995. Rumeau-Rouquette C, Blondel B, Kaminski M, Brart G. Epidmiologie mthodes et pratique, Mdecine-Sciences Flammarion, Paris, 1994.
Probabilit conditionnelle
La notation P(A / B) correspond une probabilit conditionnelle. Il sagit de connatre la probabilit davoir A lorsque lon dispose dj dune information sur B (probabilit davoir A sachant B). Linformation apporte est donc diffrente de la probabilit lmentaire de A. La probabilit de A sachant B est dfinie par : P( A / B ) = do P(A B ) = P(A / B)P(B) = P(B / A)P(A) et
P( A / B ) = P(B / A)P( A) P (B )
P( A B ) P (B )
Thorme de Bayes
P ( Ai / B ) = P(B / Ai )P( Ai ) P(B / A1 )P( A1 ) + ... + P(B / An )P( An )