DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DUNE INFECTION A ESCHERICHIA COLI

Hortense GONSU Mdecin Biologiste FMSB/ CHUY

PLAN
Introduction et historique Taxonomie Epidmiologie Caractres bactriologiques Facteurs de pathognicit Pouvoir pathogne Diagnostic biologique Sensibilit aux antibiotiques Rsistance aux antibiotiques Traitement Mesures dhygine

INTRODUCTION ET HISTORIQUE
Escherichia coli encore appele colibacille (bacille du colon)est un bacille gram ngatif dcouvert en 1885 par le pdiatre allemand Theodor Escherich dans les selles de nourrissons Dans les annes 1950, de nombreuses souches dE. coli ont t incrimines en tant quagents tiologiques de diarrhes infantiles On a dcouvert par la suite que certaines souches spcialises dE. coli sont associes des pathologies trs diverses y compris extra intestinales tant chez lhomme que chez lanimal

TAXONOMIE
Rgne Embranchement Classe Ordre Famille Bacteria Proteobacteria Gamma proteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae

Genre
Espces

Escherichia
E. coli E. fergusonii E. hermannii E. vulneris E. blattae

EPIDEMIOLOGIE
Les E. coli sont des htes normaux du tube digestif, de la partie distale de lilon et du colon de lhomme et de la plupart des animaux sang chaud quils colonisent ds les premires heures aprs la naissance. Ils constituent lespce dominante de la flore arobie (106 108 bactries par gramme de selles chez ladulte = 1000 fois moins importante que la flore anarobie).

Une dizaine de srotypes coexistent normalement chez un mme individu mais cette flore nest pas fixe et subit frquemment des fluctuations dans sa composition.
La plupart des souches sont sans danger mais certains gnes peuvent donner des E. coli commensaux des potentialits pathognes.

EPIDEMIOLOGIE
Les E. coli nexistent pas normalement dans leau et le sol. Leur prsence est un indicateur de contamination fcale. Le dnombrement des coliformes dans leau est appel colimtrie. Les infections E. coli peuvent se transmettre par les aliments souills, les mains sales souilles par le contact avec des animaux porteurs ou leurs djections, par contact avec une personne malade qui excrte des bactries dans ses selles

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
CARACTERES MORPHOLOGIQUES BG 2-3 de long sur 0,7 de large Isol ou group en diplobacille ou en amas (rares)

Mobilit positive rduite

Ciliature pritriche sauf srotypes O:111 qui est immobile

Des formes capsules ont t rencontres (prsence de lAntigne A)

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
CARACTERES CULTURAUX

Aero-anaerobie facultatif
pH optimum : 7,5 Temperature : 37 (pousse entre 15 et 45 )

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
CARACTERES BIOCHIMIQUES
Rouge de mthyle VP Lactose ONPG Mannitol Indole Urase Actoine Citrate H2S Gaz Rduit les nitrates en nitrites Saccharose Salicine LDC (+) (-) (+) (+) (+) (+++) (-) (-) (-) (-) (+) (+) (+) (+)

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
On peut rencontrer des variants ngatifs pour un caractre habituellement positif (par exemple indole). Ceci est conscutif une mutation. A linverse, on peut exceptionnellement rencontrer des variants positifs pour un caractre habituellement ngatif (par exemple la production de H2S). Ce caractre est dans de tels cas souvent code par un plasmide. Les variants immobiles et agazognes dE. coli peuvent causer des problmes de diagnostic diffrentiels avec les Shigella et avaient reu un nom particulier : AlkalescensDispar

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
CARACTERES ANTIGENIQUES Les composants antigniques de E. coli sont varies et appartiennent 3 types de structures. Leur identification permet de dfinir le srotypes cest- -dire lassociation des spcificits des antignes O, H et si possible K. Cette srotypie permet de caractriser une souche, en particulier les souches pathognes et endmiques. Ex:
srotypes O111:K4:H2 de souches enteropathognes Srotypes O157:H7 de souches enterohmorragiques

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Antigne somatique O
Correspond au lipopolysaccharide de surface avec une composition trs complexe 181 types antigniques dtectables par agglutination Des mthodes de srotypage molculaires sont actuellement dveloppes La mthode classique de dtection est limite par :
la prsence dagglutinations croises entre les antignes O des Shigella et de certains Salmonella Le passage de certaines colonies de la forme S la forme R avec pour consquence labsence de synthse de lantigne O Le nombre de plus en plus lev de srum fabriquer

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Antigne H
Il correspond aux protines flagellaires La diversit des antignes est du aux diffrents types de flagelline (composante essentielle du flagelle) 56 srotypes difficiles mettre en vidence en raison de leur fragilit et de la faible mobilit de la plupart des souches lors de leur isolement Intrt pidmiologique pour la confirmation lappartenance dE. coli la mme souche bactrienne Le typage de lAntigne H peut se faire par sro-agglutination ou encore par des techniques molculaires de srotypage

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Antigne K
93 Antignes K Ce sont des antignes de surface de nature polysaccharidique qui constituent soit:
une enveloppe dimportance variable antigne K de type B . Sa mise en vidence est difficile; cest pourquoi ces antignes napparaissent plus dans les formules antigniques soit une vritable capsuleantigne K de type A de Kaufmann. Dans ce cas, les colonies bactriennes sont alors mucoides et lantigne O est masqu. Il ne peut tre rvl quaprs chauffage

FACTEURS DE PATHOGENICITE
L'tude des facteurs de pathognicit des Escherichia coli a montr que dans l'espce, il existe des facteurs de virulence spcifiques permettant de regrouper les souches dans des varits pathognes : les pathovars. Les facteurs de pathognicit sont : Une capsule qui s'oppose la phagocytose

Des protines de la membrane externe et le LPS donnant aux bactries la capacit d'chapper l'activit bactricide du srum de l'hte en s'opposant la fixation du complment
Des systmes de captation du fer - les sidrophores fournissant aux bactries le fer indispensable leur multiplication, au dtriment de la transferrine.

FACTEURS DE PATHOGENICITE
Des adhsines : confrant aux souches qui les possdent la proprit de se fixer aux cellules pithliales. De nature protique, elles sont portes le plus souvent par des pili communs. L'adhrence constitue une tape essentielle de la pathogense des infections dues aux bactries entriques. Des toxines
l'endotoxine, commune aux entrobactries les entrotoxines : ST (thermostables) et LT (thermolabiles)

Ce sont des toxines cytotoniques qui agissent sur le contrle entrocytaire de la scrtion hydro-lectrolytique. Ces facteurs de virulence sont cods par les plasmides. La toxine LT est proche de la toxine cholrique
les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin)
Ce sont des toxines qui altrent l'intgrit des entrocytes On les appelle encore des Vro-toxines (VT) cause de leur effet toxique sur les cellules Vro en culture

POUVOIR PATHOGENE
LES INFECTIONS DE L'ARBRE URINAIRE : Mcanisme
La migration des germes du tube digestif vers l'arbre urinaire par voie ascendante et externe Contamination par voie lymphatique Urthre fminin plus court que celui de lhomme plus frquent chez la femme Toutes les causes de stase telles que : lithiase, prostatite, compression, grossesse, malformation. En effet, le pH acide et les vidanges priodiques de la vessie jouent un rle important pour empcher la prolifration intra vsicale des bactries

Facteurs favorisants :

E. Coli est impliqus dans 90% des infections communautaires du tractus urinaire survenant sur un arbre urinaire anatomiquement normal. Il sagit essentiellement des cystites, pylites et pylonphrites.

POUVOIR PATHOGENE
Cependant, la contamination vsicale par le colibacille ne donne une infection urinaire et surtout une atteinte du parenchyme rnal, qu'avec certaines souches particulires Souches uro pathognes (UPEC = uropathogenic E. coli) Facteurs de pathogenicite :
adhsion aux cellules uropitheliales grce aux Les adhsines S, M et Afa/Dr Induction de la scrtion de cytokines pro-inflammatoire Synthse des sidrophores Capsule
pili de type P ou pili PAP (pyelonephritis Associated Pili) Pili de type 1 et F1C

Les souches uro-pathognes appartiennent plus frquemment aux :

srotypes O : 1, 2, 4, 6, 7, 16, 18, 25, 50, 75 srotypes K : 1, 2, 3, 5, 12, qui possdent des adhsines

POUVOIR PATHOGENE
LES INFECTIONS ABDOMINALES

Suppurations (pritonales, biliaires, appendiculaires, gnitales) et maladies inflammatoires (maladie de Crohn)

Les souches en cause
Colonisent la muqueuse grce aux pili de type 1, pntrent lintrieur de la cellule pithliales sy multiplient Appartiennent au pathovar AIEC = Adherent-invasive E. coli ont un pouvoir cytotoxique sur les polynuclaires, opposent une rsistance la phagocytose Survivent et se multiplient lintrieur des macrophages possdent des systmes de captation du fer

POUVOIR PATHOGENE
LES BACTRIMIES Les pathovars des Escherichia coli incrimins dans les bactrimies sont caractriss par un fort pouvoir invasif. Ils possdent dans ce cas :
des systmes de captation du fer, des cytotoxines qui, occasionnent des dgts tissulaires en facilitant leur diffusion des facteurs de rsistance la phagocytose (par la capsule) et l'action bactricide du complment (par les chanes latrales du LPS)

LE CHOC ENDOTOXINIQUE Fivre, collapsus et hmorragies sont les symptmes principaux du redoutable choc septique qu'engendre la lyse massive dans l'organisme d'entrobactries (ou de bactries Gram ngatif) qui librent de grandes quantits de LPS.

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LES MNINGITES ET LES BACTRIMIES DU NOUVEAU NE ET DU NOURRISSON

30% environ des mningites nonatales sont dues Escherichia coli. Elles s'accompagnent presque toujours d'un tat bactrimique, voire septicmique.
L'infestation du nouveau-n est certainement d'origine maternelle. Les souches exprimant l'antigne K1 sont largement prpondrantes dans ces infections. Lantigne K1 a une composition chimique et la spcificit immunologique identiques celle de lantigne B de N. meningitidis. Cet antigne augmente la rsistance la phagocytose et au pouvoir bactricide du complment Il existe dautres parents immunologiques entre des antignes K de E. coli et ceux dautres bactries agents des mningites:
K92/mningocoque du groupe C K7/Streptococcus pneumoniae de type capsulaire 3 K100/Haemophilus influenzae de type capsulaire b

Autres facteurs de virulence impliqus:

Systmes de captation du fer Adhsines fimbriale SfaA

POUVOIR PATHOGENE
LES INFECTIONS INTESTINALES Les souches de E. coli responsables dinfections intestinales sont actuellement classes dans 6 pathovars dfinis sur la base des facteurs de pathognicite et des signes cliniques engendrs

Caractristiques des E. coli enterovirulents

Srogroupes O les plus frquents EPEC 18-44-55-86-111-112-114-119-125-126-127128ab -142 6-8-15-20-25-27-63-78-80-85-115-128ac 139-148-153-159-167 28ac -29-124-136-143-144-152-164-167 157-26-91-103-111-128 3-4-7-9ab-15-21-51-55-77-86-91-92-106-111126-127 4-15-28-44-50-55-69-75-86-125-126-127128 Principaux facteurs de pathognicit Facteurs dadhesion: Bfp (adhesion localisee) Attachement effacement : gne eae Facteurs dadhesion CFA/I,CS (plasmide) Enterotoxines LT et ST (plasmide) Pouvoir invasif (plasmide pINV) Cytokines : Stx1 et Stx2 (bacteriophage) Attachement-effacement : gne eae Facteurs dadhesion aggregative Enterotoxine EAST-1 Facteurs dadhesion AIDA/1 et Afa/Dr (adhesion diffuse)

ETEC

ECEI EHEC EAEC DAEC

POUVOIR PATHOGENE
Souches entrotoxinognes
E T E C (EnteroToxinogenic Escherichia Coli) Ces souches sont responsables de la "diarrhe des voyageurs" ou "turista" et de syndromes diarrhiques pidmiques chez les enfants de moins de 2 ans dans les pays du tiers-monde. Linfection se produit apres absorption deau ou daliments contamins et se manifeste par une diarrhe trs aqueuse, cholriforme, des nauses, des crampes abdominales associes ou non avec une lgre fivre Les ETEC se fixent sur la muqueuse par lintermediaire des facteurs dadhesion CFA/1, CS et laborent les entrotoxines thermolabile (LT) et thermostable (ST).

POUVOIR PATHOGENE
souches entroinvasives
E I E C (EntroInvasive Escherichia Coli)

Ces souches (trs voisines des Shigella par leurs caractres biochimiques et antigniques) sont responsables de syndromes dysentriques avec invasion de la muqueuse intestinale.
Cette pathologie ressemble celle cause par les Shigella, avec fivre leve. Les souches entroinvasives touchent toutes les tranches dge. Invasion de lepithelium colique et reaction inflammatoire intense avec liberation massive dinterleukine

POUVOIR PATHOGENE
souches entrohmorragiques
E H E C (EnteroHaemorragic Escherichia Coli) . Le srogroupe le plus impliqu est le 0157 et le srotype 0157 : H7 Les EHEC, sont capables dadhrer aux entrocytes et secrtent alors des exotoxines la SLT1-1 la SLT2-2. Ces deux toxines appeles : Shiga-like toxins, sont proches de la toxine de Shigella dysenteriae. Ces souches sont responsables de diarrhes sanglantes accompagnes de douleurs abdominales sans fivre. Cette colites hmorragiques dure 2 10 jours et est lies la production de toxines SLT.

Complication= syndromes hmolytiques et urmiques (insuffisance rnale aigue, thrombopnie et anmie hmolytique).

POUVOIR PATHOGENE
souches entropathognes
E P E C (Enteropathogenic Escherichia coli)

Leur mcanisme physiopathologique est du la capacit de ces souches adhrer aux entrocytes et ensuite dentrainer leur destruction sans jamais envahir les entrocytes. Ils crent des lsions dattachement-effacement caractrises par un effacement des microvillosits de la bordure en brosse des entrocytes et par une adhsion intime des bactries la cellule hte
Elles sont proches des souches entrohmorragiques (EHEC) car elles produisent les toxines SLT qui seraient responsable des lsions. Ces souches sont responsables de gastro-entrites souvent sous formes dpidmies chez lenfant de moins de trois ans. Leurs diarrhes sont caractrises par des selles aqueuses avec du mucus et ne comportent ni hmaties ni leucocytes. Elles saccompagnent de fivre, de malaise, de vomissement.

POUVOIR PATHOGENE
Les Escherichia coli entero-aggregatives E A G G E C
Les EAggEC sont des souches qui ne scrtent pas les entrotoxines LT ou ST
Leur pouvoir pathogne se fait par
adhsion aux cellules (adhsion agrgative). Scrtion de mucus par les entrocytesles bactries sont piges la surface de la muqueuse persistance de la colonisation Production de lentrotoxine EAST1 (pour EAggEC ST-like toxin ), qui prsente environ 50 % dhomologie avec la toxine ST des ETEC. La contribution de ces toxines au pouvoir pathogne nest pas encore tablie.

Les EAggEC sont responsables :

De diarrhes persistantes pratiquement dans tous les pays du monde De retard de croissance surtout chez les jeunes enfants.

POUVOIR PATHOGENE
Les Escherichia Coli Adhsion Diffuse E C A D (ou diffuse adhering Escherichia coli =DAEC)
Ces souches, tout d'abord classes avec les Escherichia coli entro-pathognes, forment maintenant un groupe part, du fait de leur phnotype d'adhsion particulier qui n'implique pas d'agrgats microbiens. Responsables de diarrhes chez lenfant
Deux marqueurs caractrisent ces souches :
l'antigne fibrillaire de surface F1845 associ un fimbriae (pilus) la protine adhesin involved in diffuse adhrence, AIDA-1

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
PRELEVEMENT 2eme jet durine chez ladulte Urine dans un collecteur chez le nourrisson LCR Hmoculture Selles dans un flacon strile Pus Liquide d panchement EXAMEN MICROSCOPIQUE Numration des leucocytes par mm la cellule de Malassez Coloration de Gram BG Permet dorienter sur le choix du milieu

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
CULTURE Sur glose ordinaire Milieu non chromogne avec un indicateur de lattaque du lactose permettant une diffrentiation des colonies
Non slectif (CLED, milieu lactose au bromocresol pourpre) Slectif (milieu de Mac Conkey, milieu de Drigalski)

Milieu chromogne dveloppement de bacilles gram ngatif, fermentant le lactose et prsentant les caractres biochimiques qui caractrisent lespce

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Quel que soit le milieu utilis, les colonies sont obtenues aprs 18 heures dincubation 37C. Colonies rondes , lisses, bord rguliers et de 2-3 mm de diamtre. Sur milieux de culture usuels, les mutants dficients en facteurs de croissance produisent des colonies naines trs peu visibles. En milieu liquide, la culture confre un trouble homogne.

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Identification de lespce
Elle repose sur l tude de lensemble des caractres biochimiques (galeries classiques, Api 20E)

Identification des srotypes ou des srogroupes

Ralisable par agglutination dune colonie sur lame Intrt pidmiologique

Identification des pathovars

Par des test gntiques, PCR, tude de lexpression phnotypique

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Recherche de l'antigne K1 dans le srum, le L.C.R ou les urines du malade par agglutination de particules de latex sensibilises mais raction croise avec l'antigne du groupe B des mningocoques. Rvlation de la prsence d'adhsines grce leur pouvoir hmagglutinant sur les globules rouges humains ou animaux. Mise en evidence du pouvoir invasif par :
le test de Sereny (l'instillation de la souche sur l'il d'un cobaye provoque une krato-conjonctivite) leur pouvoir envahissant sur cellule HeLa en culture.

Recherche sur les souches isoles d'infections urinaires des anticorps fixs sur les bactries dont la prsence signerait une infection haute, rnale ou pylo-calicielle.

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

Escherichia coli possde une sensibilit naturelle aux antibiotiques actifs sur les BG -lactamines : pnicillines A (ampicilline, amoxicilline), C1G, C2G, C3G, les carboxypnicillines, les acylurido-pnicillines, les carbapnems et les monobactams. Les aminosides et les polypeptides sont galement actifs

Autres : sulfamides, aminosides, quinolones

RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

On note actuellement un dveloppement inquitant des rsistances des Escherichia coli. 50% de rsistance lampicilline, lamoxicilline par production de pnicillinases plasmidique 15 - 20% de rsistance lamoxicilline + lacide clavulanique 2-4% de rsistance aux C3G par production de -lactamases spectre tendu 5 - 10% de rsistance aux fluoroquinolones (acide nalidixique, ofloxacine) Nombreuses souches Rsistantes aux ttracyclines et aux sulfamides. Origine plasmidique par acquisition de rplicons par transfert horizontal

TRAITEMENT
Il est fonction de la localisation de linfection et de lantibiogramme INFECTIONS URINAIRES antibiotiques ayant une bonne diffusion urinaire et non nphrotoxiques Cystites
Traitements courts
dose unique pour pefloxacine, ciprofloxacine, ofloxacinefosfomycine-trometadol 3 jours pour cotrimoxazole 7 10 jours pour C3G, Amoxiciline-Acide clavulanique

Cystites rcidivantes
Mesures dhygiene gnrale Antibioprvention continue ou discontinue au long cours (nitrofurantoine, cotrimoxazole, acide nalidixique, acide pipemidique, norfloxacine)

Pylonphrites aigues
Traitement de 10 20 jours avec C3G orale, fluoroquinolone, association G3G parentrale-aminoside

TRAITEMENT
INFECTIONS EXTRA-INTESTINALES LOCALISEES
Monothrapie choisie en fonction de lantibiogramme

MENINGITES ET BACTERIEMIES
INFECTIONS INTESTINALES

Association -lactamine aminoside ou fluoroquinolone Rhydratation hydrolectrolytique Antibiotique dans les cas graves : prise orale dun seul antiseptique ou antibiotique non rsorbable par la muqueuse intestinale La voie gnrale peut tre utilise dans le cas des souches invasives Utilisation des antibiotiques controverse car ils auraient un effet ngatif en augmentant la quantit de toxines libres

MESURES DHYGIENE
Toute viande hache doit tre bien cuite (temprature intrieure de la viande doit atteindre 70 80C) Les jus doivent tre pasteuriss Les laits frais manant directement de lanimal sont proscrire surtout chez les jeunes enfants Les fruits et surtout les lgumes doivent tre lavs et ce avant consommation Le lavage des mains doit tre trs soigneux et doit se faire: avant de prparer les aliments aprs tre alls aux toilettes ou toutes manipulations douteuses et surtout celle des animaux domestiques Les surfaces de travail au niveau de la cuisine doivent tre laves et ainsi que les ustensiles qui ont t en contact avec la viande crue ou surtout celle de la volaille. Les aliments doivent tre conservs une temprature de 4C au moins. Attention la consommation deau provenant de certains cours deau, ou de certaines sources