ENZIMAS: TEMA 7

Catalizadores especficos para las reacciones bioqumicas. Trmino propuesto por Khne en 1878 (zyme = levadura)

Las enzimas son necesarias para que las reacciones

bioqumicas: Se produzcan a una velocidad adecuada para la clula

Se canalicen hacia rutas que sean tiles en lugar de

hacia reacciones colaterales que despilfarren energa Pueda regularse la produccin de distintas sustancias

segn las necesidades

Hay dos caractersticas importantes en la catlisis 1.- Las enzimas aumentan la velocidad de la reaccin sin verse alteradas en el proceso, no se modifican en su actuacin: E + S ES E+P

2.- Las enzimas no modifican la constante de equilibrio de la reaccin

Todas las enzimas son protenas excepto las ribozimas (formadas por RNA slo o asociado a protenas) Aumentan la velocidad de reaccin hasta por un factor de 1014

CLASIFICACIN INTERNACIONAL DE ENZIMAS 1. Oxidoreductasas: transferencia de electrones

2. Transferasas: reacciones de transferencia de grupo (no

agua) 3. Hidrolasas: reacciones de hidrlisis

4. Liasas: adicin de grupos a dobles enlaces o formacin

de dobles enlaces por eliminacin de grupos 5. Isomerasas: transferencia de grupos dentro de la misma molcula para dar ismeros 6. Ligasas: formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N por reacciones de condensacin acopladas a hidrlisis de ATP

NOMENCLATURA DE LA COMISIN ENZIMTICA El nombre de cada enzima puede ser identificado por: un cdigo numrico, encabezado por las letras EC (enzyme commission) cuatro nmeros separados por puntos. El primer nmero indica a cual de las seis clases pertenece la enzima, el segundo se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo, el tercero y el cuarto se refieren a los grupos qumicos especficos que intervienen en la reaccin.

EL NOMBRE SISTEMTICO DE UN ENZIMA:

Consta actualmente de 3 partes:

el sustrato preferente

el tipo de reaccin realizada

terminacin "asa"

Ejemplo: Identificacin EC 5.3.1.1.

Nombre sistemtico Triosa fosfato isomerasa

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

BASES DE LA ACCIN ENZIMTICA: ENERGA DE ACTIVACIN

Para que se de una reaccin qumica tienen que verificarse 3 condiciones 1.- Los reactivos, llamados sustratos en enzimologa, deben colisionar 2.- La colisin molecular tiene que ocurrir con una orientacin adecuada (las enzimas aumentan la probabilidad) 3.- Los reactivos deben poseer suficiente energa para alcanzar el estado de transicin. Esta energa se llama energa de activacin Las enzimas hacen que la reaccin vaya ms rpida

En las reacciones bioqumicas

1. Energa de activacin: barrera de energa que hay que superar para que se produzca la reaccin. Es la energa necesaria para: Alinear grupos reactivos

Formar cargas inestables transitorias

Reordenar enlaces

2. Superada esta barrera, se llega a un estado activado o

de transicin en el que se produce la orientacin y condiciones adecuadas para la reaccin.

LAS ENZIMAS ACELERAN LAS REACCIONES BAJANDO LA ENERGA DE ACTIVACIN

Diagrama de energa libre Catalizador Enzima

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

La enzima se une a la molcula de sustrato y la hace adoptar un estado intermediario semejante al de transicin pero de menor energa Esta energa de activacin y la conversin del intermediario en producto son menores que la energa de activacin de la reaccin sin catalizar

CMO ACTAN LAS ENZIMAS Una enzima une la molcula de sustrato de forma especfica en una regin denominada CENTRO ACTIVO que suele ser un bolsillo o una hendidura que se forma entre las cadenas laterales de los aminocidos. Estas cadenas: Facilitan la unin del sustrato (especificidad de sustrato) Intervienen en la catlisis (centro cataltico) CENTRO CATALTICO: puede incluir tambin: Coenzimas (molculas orgnicas derivadas de vitaminas) Cofactores (molculas inorgnicas como iones metlicos) Puede coincidir o no con el centro activo

CENTRO ACTIVO

Regin que se une al sustrato y contribuye con los residuos que participan en la formacin y rotura de enlaces (grupos catalticos) 1.- Supone una porcin relativamente pequea del volumen total de la enzima
2.- Es una entidad tridimensional 3.- Se unen a los sustratos por fuerzas relativamente dbiles 4.- Son hoyos o hendiduras de las que suele quedar excluida el agua, salvo que sea un componente de la reaccin 5.- La especificidad del enlace depende de la disposicin de los tomos del centro activo

Especificidad de accin
Las enzimas catalizan reacciones con diferente grado de especificidad

1.- Enzimas muy especficas: Ej. Sacarasa

Sustrato natural: sacarosa Reconoce sustratos anlogos (maltosa) 2.- Enzimas poco especficas: Ej. Proteasas digestivas (quimotripsina)

TEORAS PROPUESTAS PARA EXPLICAR LA ACCIN ENZIMTICA

1894 Fischer propuso la hiptesis de la llave-cerradura

1958 Koshland propuso el modelo del ajuste inducido

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

Cambio conformacional inducido por glucosa en la hexoquinasa

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

MECANISMOS DE REACCIN ENZIMTICA

S+E ES E+P 1.- CATLISIS CIDO-BASE: Triosa fosfato isomerasa Se produce un intercambio de protones

Dmero: dos subunidades idnticas Cilindro b paralelo con hlices a en los bucles de interconvexin Lugar activo: cerca de la parte superior del cilindro. Puede acomodar G3P o DHAP
Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

Catlisis cido-base: triosa fosfato isomerasa His 95

Glu 165
G3P se une al centro activo
Intermediario enediol, se forma por transferencia de un protn de C2 al Glu 165 y un protn de His 95 al carbonilo

DHAP unida al centro activo

E + G3P

E- G3P

E-enediol

E- DHAP

E + DHAP

CATLISIS CIDO-BASE: SERINA PROTEASAS Hidrlisis del enlace peptdico (Quimotripsina, Tripsina) QUIMOTRIPSINA
Bolsillo cerca de la serina del centro activo
Fenilalanina

Residuos hidrfobos

Quimotripsina
Arginina

Carga sobre el carboxilato

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

Tripsina

Residuos del centro activo de quimotripsina

Catlisis por quimotripsina

Lugar de ruptura

3
HNH----------(C)

Intermediario acilo-enzima

Unin no covalente del S con cadenas del bolsillo hidrfobo

Se transfieren H+ desde Ser a His y luego al fragmento C-terminal

6
HOOC----------- (N)

Ser 195-CH2-OH

Una molcula de agua se une a la enzima

El agua transfiere el H+ a la His y el OH al resto de S

Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002

2.- CATLISIS COVALENTE Se forman enlaces covalentes transitorios E-S para facilitar la formacin de producto

A-B + X:

A-X + B

A + X: + B

X: = Ncleo nucleoflico de la enzima

GRUPOS NUCLEFILOS Y ELECTRFILOS DE IMPORTANCIA BIOLGICA

(Voet)

a) Grupos nuclefilos en sus formas bsicas b) Los grupos electrfilos contienen un tomo con deficiencia de electrones (rojo)

3.- CATLISIS POR IONES METLICOS

Los iones metlicos participan de diferentes formas en la

catlisis Orientacin del sustrato para que reaccione

Estabilizando estados de transicin de compuestos

cargados Intervienen en reacciones redox cambiando su propio

estado de oxidacin

SITIO ACTIVO DE LA ANHIDRASA CARBNICA HUMANA

CO2 + H2O

HCO3- + H+

(VOET)

Un tercio de las enzimas requieren algn in metlico para catalizar

Caractersticas de coenzimas comunes

(Voet)