Sunteți pe pagina 1din 40

Cataliza enzimatica Enzime

Caracteristici, clasificare si mod de actiune

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Enzime-definitie
Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti) Enzimele sunt in general proteine cu rol biocatalitic >100 aminoacizi, >10kDa Au structura primara, secundara, tertiara, cuaternara Tehnici: cristalografie cu raze X, spectrometrie de masa, fluorescenta, tehnici imunochimice, etc

ARN nuclear cu masa moleculara mica (ARNsn) =rol catalitic

La eucariote, in urma procesului de transcriere, rezulta un ARNm primar care contine exoni (secvente informationale ce se vor exprima in proteine) si introni (nu vor fi tradusi in proteine). Acest ARNm primar sufera un proces de excizare a intronilor si legare a exonilor numit splicing. Acest proces este catalizat de catre complexe formate din proteine si molecule mici de ARN nuclear (ARNsn) (din engl.small nuclear RNAs (snRNAs)) numite spliceosomes sau structuri ribonucleoproteice cu masa moleculara mica, snSNP (din engl. small nuclear ribonucleoprotein particles). Fiecare complex contine ARN nuclear cu masa mica (ARNsn) format din 100 to 200 nucleotide. In nucleii eucarioti exista 5 tipuri de ARNsn notate cu U1, U2, U4, U5, si U6 implicate in reactiile de excizie a intronilor si legare a exonilor. ARNsn si proteinele din snSNP sunt inalt conservate la eucariote, de la drojdii la oameni.

Excizarea intronilor si legarea exonilor in ARNm la eucariote

Aceasta masinarie enzimatica recunoaste situsurile de excizie a intronilor. Intronii in general incep cu GU si se termina cu AG. Aceste secvente sunt semnale pentru procesul de splicing.

ARNm primar

Gruparea 3OH a guanozinei actioneaza ca o molecula nucleofila atacand fosfatul 5 la nivelul situsului de excizare

ARNm intermediar

Gruparea 3OH a exonului dinspre extremitatea 5 actioneaza ca o molecula nucleofila finalizand excizia intronului

ARNm fara introni

ARNr 23 S sinteza proteica (procesul de traducere)

Faza de formare a legturii peptidice are loc cu participarea unei peptidil-transferaze (numit i peptidil-sintetaz sau peptidilpolimeraz). ARNr 23 S (din subunitatea mare 50S) = peptidil-transferaza are rolul de a transfera formil-metionina (i ulterior formil-di-, -tri-, , formil-(poli)-peptidul) de pe ARNt din locusul peptidil, pe aminoacil-ARNt din locusul aminoacil. Peptidil-transferaza catalizeaz formarea legturii peptidice ntre gruparea carboxil a aminoacidului legat anterior de ARNt din locusul peptidil (P) i gruparea aminic liber a aminoacidului legat de ARNt din locusul aminoacil (A). n locusul peptidil a rmas un ARNt descrcat, iar n locusul aminoacil se gsete acum un formildipeptidil-ARNt1 (i ulterior, n etape mai avansate, un formil-peptidil-ARNt, de fiecare dat mai lung).

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Caracteristici generale ale enzimelor

Diferente dintre enzime si catalizatori chimici:


Enzimele sunt in general proteine Enzimele au specificitate pentru un substrat Specificitatea poate fi ingusta pentru un singur fel de substrat (ex. D-Glucoza) sau poate fi larga pentru o multitudine de substrate (ex. Hexoze)

Au o ToC si pH optim de functionare Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii chimice Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza reactiei chimice Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta de echilibru a reactiei catalizate. Cat timp decurge o reactie catalizata enzimatic?

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Clasificarea enzimelor

2 criterii majore: Solubilitate Structura

Dupa solubilitatea (localizarea) enzimelor

Enzime hidrosolubile (ex. Enzimele cu localizare citosolica, lumenala sau matriceala) Enzime partial hidrosolubile sau insolubile in apa(ex. cu localizare membranara, periferica sau transmembranara)

Dupa criteriul structural


2 categorii de enzime: Enzime numai de natura proteica: Ex: ribonucleaze, hidrolaze 2) Enzime alcatuite dintr-o parte proteica si una neproteica
1)

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Structura unei enzime

Parte neproteicaParte proteic


(apoenzim, apoferment sau feron) Cofactor (coenzim, coferment, sau agon)

(Holo)enzima (holoferment sau simplex).

Structura unei enzime

Componenta proteic a enzimei


determin caracterul de izoenzim, determin specificitatea de substrat dirijeaz specificitatea de aciune.

Componenta neproteic
micromolecular i termostabil joac rolul de coenzim sau grupare prostetica i este implicat n mecanismul catalitic.

Centrul activ al enzimelor

Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din molecula enzimei care recunosc, leaga specific si transforma molecula de substrat Confera specificitate enzimelor pentru substrat

Centrul activ al enzimelor

Confera specificitate enzimelor pentru substrat Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din molecula enzimei care recunosc, leaga specific si transforma molecula de substrat Are un caracter hidrofob Cum se poate mentine intacta functia enzimei?

Interactiunea centru activ 2 modele:

substrat

Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890 Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958

Interactiunea centru activ

substrat

Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890

Interactiunea centru activ

substrat

Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Specificitate de

Specificitatea enzimelor
actiune

Este determinata de partea proteica a enzimei Piridoxalfosfat-coenzima a transaminazelor, decarboxilazelor, liazelor, sintetazelor
Arg

Specificitate de substrat

Lys

specificitate de legatura: enzimele recunosc un anumit tip de legatura chimica Ex: Esterazele recunosc legaturile de tip esteric Tripsina recunoaste legatura dintre ArgLys Trombina recunoaste legatura dintre ArgGly stereospecificitate Ex: L-aminoacid-oxidazele : numai L-aminoacizi !!!

Specificitatea enzimelor

Specificitate absoluta: enzimele recunosc un anumit


tip de legatura chimica si un anumit component chimic Exemplu: Ureaza degradeaza numai ureea Exemplu: Hexokinaza metabolizeaza D-glucoza dar nu si 218F-dezoxi-D-glucoza utilizare in tehnici de imagistica

Tomografia prin emisie de positroni


(din engl Positron emission tomography (PET) )

aplicatii in diagnosticarea si tratamentul cancerului si a bolilor inflamatorii


Aorta

Izoformele enzimelor

Izoenzime sau izozime Sunt enzime localizate n aceeai celul sau n celule diferite, care ndeplinesc funcii catalitice identice, dar difer prin unele proprieti cum ar fi afinitate pentru substrat, termostabilitate, sarcin electric etc.

Izoformele lactat dehidrogenazei (LDH)


LDH-1 (4H) - in inima LDH-2 (3H1M) - in sistemul reticuloendotelial LDH-3 (2H2M) - in plamani LDH-4 (1H3M) - in rinichi LDH-5 (4M) - in ficat si muschiul striat
(H este tipul de monomer intalnit in inima, iar M este monomerul caracteristic izoenzimei hepatice si musculare)

Rol in diagnosticul medical indicand distrugeri celulare

Enzime cu dubla localizare

n aceeai celul, dar n compartimente diferite, pot exista enzime cu aceeai specificitate de substrat, dar cu proprieti fizice i chimice diferite Enzime biloculare mitocondriale i citosolice: aspartat-aminotransferaza (GOT) malat-dehidrogenaza, izocitrat-dehidrogenaza, -glicerofosfat-dehidrogenaza.

Complexe enzimatice
Enzimele pot fi organizate in complexe enzimatice atunci cand produsul unei reactii este rapid preluat si transformat de o alta enzima Diferite grade de organizare: Exemple: acid-gras sintetaza cu localizare citosolic. Acest sistem enzimatic, descoperit de Lynen n drojdie, apare ca fiind format din 6 enzime diferite, grupate n jurul unei proteine centrale purttoare de radical acil. ntregul sistem enzimatic are masa molecular de 2300 kDa

Complexe multienzimatice: enzime asociate cu ribozomii, enzimele lantului respirator

Catene polipeptidice formate din domenii cu activitati enzimatice diferite

La mamifere, acid gras sintetaza este un dimer cu subunitile identice. Fiecare subunitate este asamblat din trei domenii, unite ntre ele prin regiuni flexibile. Domeniul I, reprezentnd unitatea de intrare a substratului, conine: acetil transferaza, malonil transferaza i -cetoacil sintetaza (enzima de condensare). Domeniul II reprezentnd unitatea de reducere, conine: ACP, -cetoacil reductaza, enzima de deshidratare i enoil reductaza. Domeniul III este unitatea de eliberare a palmitatului i conine tioesteraza.

Subiecte ce vor fi tratate

Ce sunt enzimele? Caracteristici generale ale enzimelor Clasificarea enzimelor Structura enzimelor Specificitatea enzimelor Mecanismul catalizei enzimatice Cinetica enzimatica Cofactori (coenzime, grupari prostetice). Nomenclatura enzimelor

Mecanismul catalizei enzimatice


Caracteristici generale

Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti) Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii chimice Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza reactiei chimice

(Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta de echilibru a reactiei catalizate)

Mecanismul catalizei enzimatice


Energia libera a unei reactii (G) Energia de activare: necesara energizarii unui substrat pentru a atinge o stare de tranzitie in care exista o mare probabilitate ca o legatura chimica sa se formeze sau sa se rupa in substrat Enzimele reduc energia de activare fara sa afecteze energia libera a reactiei (G) Astfel, enzimele cresc viteza de reactie

S + E E-S E + P

Energia de activare a reactiei necatalizate

Energie

Energia de activare a reactiei catalizate

Progresul reactiei
Enzimele reduc energia de activare fara sa afecteze energia libera a reactiei (G). Astfel, enzimele cresc viteza de reactie.

Rolul metalelor in cataliza enzimatica


-

Sunt componente esentiale ale centrului catalitic (activ); Intermediaza formarea complexului ES; Necesar in mentinerea structurii 3D a enzimei; Participa in reactii de transfer de electroni

Mecanismul catalizei enzimatice Metaloenzime: - Fe-enzime: grup prostetic hem (citocromi, catalaze, peroxidaze); - Cu-enzime: citocromoxidaza, superoxiddismutaza, tiroxin-hidroxilaza; - Mn-enzime: peptidaza, arginaza, izocitratdehidrogenaza; - Co-enzime: cobalamin-enzime; - Se-enzime: glutationperoxidaza

Mecanismul catalizei enzimatice

Enzimele nu acioneaz toate dup un singur mecanism de reacie universal valabil Dintre numeroasele mecanisme de aciune propuse, cele mai importante sunt:
acido-bazic, cataliza covalent cataliza prin distorsiune.
cataliza

Cataliza acido-bazica

Este cel mai frecvent mecanism ntlnit n cataliza enzimatic Consta in procese de transfer de protoni intre gruparile acido-bazice ale enzimei si cele ale substratului n calitate de catalizatori acido-bazici generali pot funciona gruprile carboxilice sau aminice libere ale resturilor aminoacizilor acizi sau bazici; gruparea tiol a cisteinei, gruparea imidazol a
histidinei i gruparea hidroxil a tirozinei.

Cataliza covalenta

Formarea complexului enzim-substrat presupune formarea unei legturi puternice, de tip covalent (punere in comun a electronilor), ntre S i E

Cataliza prin deformare (distorsiune)

Se aplic n special la enzimele hidrolitice Accelerarea vitezei de reacie prin acest mecanism s-ar datora inducerii unei tensiuni n molecula substratului, ceea ce ar determina activarea sa. Se presupune astfel c legarea specific a substratului de molecula enzimei induce apariia unei tensiuni sau a unei deformri n legtura ce urmeaz a fi scindat. Deformarea survenit permite complexului enzim-substrat s fie mai reactiv dect substratul singur i s se transforme mai rapid n produii de reacie.