ENSEANZA DE LA BIOINFORMTICA UTILIZANDO PROGRAMACIN ESTRUCTURADA PARA EL ANALISIS DE ADN

INTRODUCCIN

A lo largo de la historia se han dado avances en materia de tecnologa y genmica. Da a da se van generando mas y mas datos genmicos que no procesados. La bioinformtica surge como una manera de poder aplicar la tecnologa en la recopilacin, gestin y anlisis de los datos biolgicos.

METODOLOGA

El PE de la carrera de Ingeniera en Biotecnologa a los alumnos del sexto semestre se les imparte la asignatura de Introduccin a la Bioinformtica. Para que a los alumnos les quedara mas claro como funcionan las interfaces de internet se les pidi que realizaran un programa que arrojara resultados y valores si no exactos, los ms semejante posible a los que se obtienen en dichas interfaces. Todo esto se les pidi tomando como base su conocimiento previo de programacin estructurada y el software PseInt.

PORCENTAJE DE CG
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 : : : : : : : : : : : : : DEFINIR sec, x, h como caracter; u, j, sumTotal como entero; sa, sg, st, sc, m como entero; ASIGNAR sec<-'ATCG', h<-'BDEFHIJKLMNOPQRSUVWXYZ', m<-0, SA<-0, SG<-0, ST<-0, SC<-0, u<-0; Ingreso de la secuencia de ADN, x; SI la secuencia de ADN no contiene A, T, C, G ENTONCES secuencia incorrecta; SINO PARA u<-0 HASTA longitud(x)-1 Con Paso 1 HACER SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES sa<-sa+1; SINO j<-j+1; SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES st<-st+1;

14
15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27

:
: : : : : : : : : : : : : FIN-SI

SINO
j<-j+1; SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES sc<-sc+1; SINO j<-j+1; SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES sg<-sg+1; FIN-SI j<-0; FIN-SI j<-0; FIN-SI

28
29 30 31

:
: : : FIN-SI FIN-PARA

j<-0;

ESCRIBIR cantidad de adenina (sa), timina (st), citocina (sc), guanina (sg); porcentaje de sa<-sa*100/longitud(x), porcentaje de st<-st*100/longitud(x), porcentaje de sc<-sc*100/longitud(x),

PORCENTAJE DE CG

CALCULO DE LA TM
1 : 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : DEFINIR secuencia, ta, bases, cg como caracter; i, j, conf, n, sumta, sumcg como entero ASIGNAR n<-0, sumta<-0, sumcg<-0; REPETIR Ingreso de la secuencia del primer, secuencia ASIGNAR bases<-"ACTG", ta<-"AT", cg<-"CG", conf<-0; PARA i<-0 hasta Longitud(secuencia)-1 HACER PARA j<-0 hasta Longitud(bases)-1 HACER SI Subcadena(secuencia,i,i) = Subcadena(bases,j,j) ENTONCES conf<-conf + 1; FIN-SI FIN-PARA FIN-PARA Si conf <> Longitud(secuencia) ENTONCES 'La secuencia contiene errores, corregir e ingresar de nuevo'; FIN-SI HASTA QUE conf=Longitud(secuencia) PARA i<-0 hasta Longitud(secuencia)-1 HACER PARA j<-0 hasta Longitud(ta)-1 HACER SI Subcadena(secuencia,i,i) = Subcadena(ta,j,j) ENTONCES sumta<-sumta + 1; SINO SI Subcadena(secuencia,i,i) = Subcadena(cg,j,j) ENTONCES sumcg<-sumcg + 1; FIN-SI FIN-SI FIN-PARA FIN-PARA ESCRIBIR la TM de esta secuencia es (Tm<-sumta*2+sumcg*4);

CALCULO DE LA TM

1 2 3 4 5 6 7 8 9

: : : : : : : : :

DEFINIR sec, x, h como caracter; u, j, m como entero; ASIGNAR sec<-'ATCG', h<-'BDEFHIJKLMNOPQRSUVWXYZ', m<-0, u<-0, j<-0; Ingresar la secuencia de ADN, x; SI La secuencia de ADN no contiene ATCG ENTONCES corregir la secuencia; SINO ASIGNAR j<-0; PARA u<-0 Hasta longitud(x)-1 Con Paso 1 HACER SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES Escribir Timina, (subcadena(x,u,u)); SINO j<-j+1 SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES ESCRIBIR Adenina, (subcadena(x,u,u); SINO,

10 : 11 : 12 : 13 : 14 : 15 :

16 :
17 : 18 :

j<-j+1;
SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES ESCRIBIR Guanina, (subcadena(x,u,u));

19 :
20 : 21 : 22 : 23 : 24 : 25 : 26 : 27 : 28 : 29 : 30 : 31 :

SINO
j<-j+1; SI subcadena(x,u,u)=subcadena(sec,j,j) ENTONCES ESCRIBIR Citocina, (subcadena(x,u,u)); FIN-SI j<-0; FIN-SI j<-0; FIN-SI j<-0; FIN-SI FIN-PARA FIN-SI

CADENA COMPLEMENTARIA

CONCLUSIONES

El presente trabajo docente logr la meta en el desarrollo de competencias en el rea de programacin para bioinformtica, logrando la enseanza, comprensin y asimilacin del conocimiento en esta nueva disciplina.

Este trabajo docente utiliz exitosamente como herramienta PseInt, que permiti al estudiante desenvolverse en sta nueva ciencia.