Departamento de Biologia

BIOLOGIA MOLECULAR
Solange Oliveira

Genomas, Genes e DNA

Replicao de Genomas Expresso Gentica Regulao da Expresso Gentica Aplicaes da Biologia Molecular Bioinformtica

OBJECTIVOS:

-Aprofundar os conhecimentos de biologia e gentica molecular, -Abordar as implicaes das descobertas da gentica molecular, relativas nomeadamente ao controlo da expresso gentica e replicao do DNA, na compreenso dos fenmenos celulares, quer em procariotas quer em eucariotas. -Abordagem das tcnicas de biologia molecular e bioinformtica, essenciais quer no estudo de questes genticas fundamentais, quer na engenharia gentica aplicada.

Contedo Programtico
Introduo. Questes, tcnicas experimentais. Aplicaes prticas em Engenharia Gentica e Biotecnologia.

Parte I

PERPETUAO do DNA

1. Genes e Cromossomas -Estrutura e superenrolamento do DNA. Cromatina, nucleossomas e histonas. -Organizao gentica em procariotas, eucariotas e vrus. Tipos de genes; operes; famlias multignicas; pseudogenes; DNA repetitivo. -Genomas: dimenso, organizao e nmero de genes -Genoma de mitocndrias e cloroplastos.

2. Replicao do DNA -Mecanismo geral: cadeia contnua e descontnua; direco de sntese. -Enzimas envolvidos: helicases, primases, topoisomerases, girases, polimerases de DNA e ligases. -Mecanismos de iniciao em molculas lineares e circulares (priming, crculo rolante, etc). Origens de replicao em procariotas, eucariotas e vrus. -Controlo da iniciao da replicao-metilao do DNA -Fidelidade e proofreading -Segregao. -Terminao; replicao de telmeros (telomerase) 3. Recombinao e transposio -Recombinao homloga e no homloga. RecA. -Elementos genticos mveis. Transposes e elementos IS (insertion sequences). Transposase e resolvase. -Retrovirus. 4. Mutao e reparao -Agentes mutagnicos e tipos de mutaes. Taxas de mutao -Reparao por exciso, recombinao e fotoreactivao

Parte II

EXPRESSO GENTICA

5. Transcrio -Incio: Promotores, enhancers e factores de transcrio -Polimerases de RNA de procariotas e eucariotas. -Funo e estrutura dos RNAs (mRNA, tRNA, rRNA e snRNA). -Elongao e terminao. -Processamento dos pr RNAs (splicing de intres, capping e poliadenilao). Splicing alternativo. Auto-splicing-ribozimas. Transporte dos RNAs. -Regulao da transcrio em procariotas e eucariotas: regulao positiva e negativa (opero da lactose, arabinose e triptofano). Regulao por controlo da terminao.
6. Traduo -Cdigo gentico. Cdigos genticos alterados. Wobbling no reconhecimento codoanticodo. -Sintetases de aminoacil-tRNA. -Ribossomas: estrutura e subunidades. -Iniciao, elongao e terminao da sntese proteica. -Proofreading na traduo

7. Regulao da expresso gentica -Iniciao; estabilidade/degradao dos mRNAs. -Modificaes ps-traducionais. Chaperoninas no folding das protenas. -Transporte e direccionamento das protenas. Sequncias leader, sinal e ncora. -Degradao das protenas nos proteasomes

Parte III

TCNICAS E APLICAES

8. Mtodos analticos e preparativos em biologia molecular -Centrifugao - Electroforese (agarose e poliacrilamida) -Cromatografia 9. Engenharia Gentica e aplicaes -Clonagem de genes. Extraco de DNAs. Enzimas de restrio e mapas de restrio. Vectores de clonagem (plasmdeos, fagos, cosmdeos, YACs). Ttransformao de bactrias. Bibliotecas genmicas e de cDNA. PCR. Marcao de sondas de DNA. Seleco de clone especfico. Hibridao-Southern e Northern. -Sequenciao de DNA. Sequnciao automtica e manual. -Bioinformtica Anlise de sequncias: pesquisa de motivos, homologias, alinhamento de sequncias e relaes filogenticas -Expresso de genes. Vectores de expresso. Mutagnese dirigida. Protenas recombinantes. Transcrio e traduo in vitro. -Organismos transgnicos (animais e plantas); mtodos para introduzir DNA em clulas animais e vegetais. -Terapia gentica

AULAS PRTICAS Bloco 1-Anlise de artigos cientficos selecionados Tcnicas de biologia molecular-fundamentos e aplicaes

Bloco 2-Prticas Laboratoriais Avaliao de diversidade gentica em bactrias A) Extraco de DNA bacteriano B) Amplificao de gene por PCR C) Anlise do produto amplificado por electroforese em gel de agarose D) Digesto com enzimas de restrio E) Anlise por electroforese

Bloco 3-Prticas de Bioinformtica

Anlise de sequncias de DNA e de aminocidos utilizando software da Internet (programas SRS, BLAST, CLUSTALW, PROSITE e bases de dados): pesquisa de ORFs e homologias, alinhamentos, identificao de regies funcionais em sequncias de aminocidos, pesquisa de promotores e terminadores. Anlise filogentica.

BIBLIOGRAFIA
-Azevedo, C. e Sunkel, C. (2012) Biologia Celular e Molecular 5 edio, Lidel -Lewin, B. (2009) Genes X, 9 edio, Oxford University Press, Oxford -Hartl, D., Jones, E. (2009) Genetics. Analysis of Genes and Genomes 7th Ed., Jones and Bartlett Publishers, Sudbury

-Brown, T.A. (2006) Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. 5 edio, Blackwell Science Inc, London
-Watson J. D. et al (2008) Molecular Biology of the Gene 6th edition Menlo Park, Calif: Benjamin/Cummings -Brown, T. A. (2002) Genomes, 2 edio, Wiley-Liss -Griffiths, A., Gelbart, W., Miller, J., Lewontin, R.C., (2002) Modern Genetic Analysis 2 edio, Ed. W. H. Freeman, New York -Oliveira, S. (2000) Introduo Biologia Molecular- Textos de apoio da disciplina de Gentica, Departamento de Biologia, Universidade de vora -Lodish et al. (2000) Molecular http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21475/ and Cell Biology 4rd edition, W.H. Freeman

Base geral de artigos cientficos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced -Glossrio de Biologia Molecular: http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html -NCBI Bookshelf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/advanced http://www.dnaftb.org/dnaftb/

-DNA from the beginning (CSHL) -Nobel prize

http://nobelprize.org/educational_games/medicine/dna/sitemap.html

BIBLIOGRAFIA Bioinformtica: Acesso a bases de sequncias nucleotdicas e de aminocidos: http://srs.ebi.ac.uk/ Bases de genomas sequenciados:

-http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html
-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/Genome/org.html Programas para anlise de sequncias:

-Traduo de sequncia nucleotdica: http://www.medkem.gu.se/edu/translat.html

-Pesquisa de sequncias homlogas: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ -Alinhamentos de sequncias: http://www2.ebi.ac.uk/clustalw/

-Construo de rvores filogenticas: MEGA

AVALIAO -Duas frequncias (mnimo 8 valores) ou Exame final

PLANEAMENTO DAS AULAS Semana 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 (11-15 Fev) (18-22 Fev) (25 Fev-1 Mar) (4-8 Mar) (11-15 Mar) (18-22 Mar) (25-29 Mar) (2-5 Abr) (8-12 Abr) (15-19 Abr) (22-26 Abr)Qui Tericas Apresentao Genes e Genomas Genes e Genomas Replicao de genomas Replicao de genomas Mutaes e Reparao ----Frias---Transcrio Transcrio Traduo
-----------------

Prticas ----------Inscries---------Introduo Mtodos- Extraco de DNA e RNA Mtodos- Electroforese e Hibridao Mtodos-Clonagem, enzimas Mtodos-Vetores de clonagem/expresso ------Frias------Mtodos-PCR e derivadas Mtodos-Sequenciao Mtodos-Knockout , mutagnese Prtica Prtica Prtica Prtica Prtica-Bioinformtica Prtica-Bioinformtica

AVALIAES 2F/Exame Recurso 19 Jun 2 Jul

Atendimento dos alunos: Quartas 9-11H Lab. Microbiologia do Solo, Mitra Ou contactar ismo@uevora.pt

(29 Abr-3 Mai)Qua Controlo da Expresso (6-10 Mai) (13-17 Mai) (20-24 Mai) (27-31 Mai) ------1 Frequencia---Aplicaes Aplicaes Bioinformtica

Aplicaes da Biologia Molecular

Clula eucariota

Clula procariota

Alguns Organismos Modelo

Escherichia coli e Bacteriofago l

Neurospora

Arabidopsis

Caenorhabditis elegans

Replicao
-mutao -recombinao

Hereditariedade e variabilidade

DNA (gentipo)

Expresso gentica
1.transcrio DNA->RNA 2.traduo

Fentipo

RNA->protena (enzimas, protenas estruturais, hormonas, factores de regulao,)

Genomas de procariotas e eucariotas

Gene expression in Animal Cells

Biodiversidade

Relaes evolutivas entre os trs domnios da vida

Bactrias fossilizadas com 3.5 - 3.6 bilies de anos Bacteria, Archaea e Eucarya Maior diversidade gentica entre Bacteria e Archaea do que entre organismos multicelulares Plantas e animais so relacionadas mais proximamente do que metanobacteria e green sulfur bacteria

Dogma Central da Biologia Molecular

O Dogma Central O fluxo de informao gentica na direco DNA -> RNA -> Protena "dogma central " porque se julgava comum a todos os organismos. Contudo, nos vrus de RNA o fluxo de informao gentica comea do RNA

DNA o material gentico

Estrutura do DNA A Dupla Hlice

Nucletido: fosfato+aucar+base Nuclesido: aucar+base

Pirimidinas: C e T Purinas: A e G

DNA Nucletidos

DNA Nuclesidos e Nucletidos

Watson e Crick, 1953

R. Franklin e M. Wilkins (raios X)

Dados experimentais que elucidaram a estrutura da molcula de DNA: -dimetro constante (purina-pirimidina) %G=%C %A=%T

- %(A+G)=%(T+C)

Estrutura da molcula de DNA em dupla hlice:

-complementaridade das bases -cadeias antiparalelas 5-3 3-5 -cargas negativas-protenas -ligaes de hidrognio -ligaes fosfodiester

DNA
Estrutura da dupla hlice
James Watson e Francis Crick, 1953

Uma volta de 3.4 nm em 3.4 nm Distncia entre pares de bases 0.34 nm 10 pares por volta
Estrutura normal right-handed da dupla hlice de DNA, conhecida como forma B

Estrutura de DNA pode alterar-se para forma A quando em soluo com maior concentrao salina ou com alcool. (right handed mas tem volta de 2.3 nm e 11 pares de bases por volta) Outra estrutura de DNA a forma Z (left-handed, volta de 4.6 nm e 12 pares de bases por volta)

Genomas
Eucariotas
-Genoma Nuclear-Cromossomas
DNA codificante
Genes e Famlias de Genes

DNA no codificante
Pseudogenes

DNA repetitivo
Repeties em tandem Repeties espalhadas

-Genoma de Organitos
Cloroplastos Mitocndrias

Procariotas
-Cromossoma -Plasmdeos

Vrus

Genomas completos sequenciados

Eucariotas
Arabidopsis thaliana Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Homo sapiens Mus musculus ...

Bacterias 1743, Archaea 100, Eucariotas 1971, Vrus 2498

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome

27 Fev 2008

Dimenso de genomas
Organismo Bos taurus (bovino) Homo sapiens Canis lupus familiaris (co) Mb 3000 3038 2400

Pan troglodytes (chimpanz)

Oryctolagus cuniculus (coelho) Drosophila melanogaster (mosca) Zea mays (milho) Saccharomyces cerevisiae (levedura do po) Escherichia coli (bactria) Protopterus aethiopicus (Marbled lungfish)

3100
3500 180 2365 12 5 ~102 000

Genomas de Eucariotas Genoma Nuclear-Cromossomas

Nmero de Cromossomas de algumas espcies

Tamanho de Genomas (Mb)

Saccharomyces cerevisiae 12,1 Caenorhabditis elegans 100 Drosophila melanogaster 140 Oryza sativa 565 Homo sapiens 3.000 Zea mays 5.000 salamandra 90.000
clula haplide

Aplicaes da Engenharia Gentica (cont)

Sequncia completa de genomas

Procariotas, Vrus, Fungos, Plantas, Animais
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/leuks.cgi?p3=12:Mammals&taxgroup=11:|12:Mammals )

-Homo sapiens -Canis lupus familiaris -Bos taurus (bovine) -Cavia porcellus (domestic guinea pig) -Equus caballus (domestic horse) -Felis catus (cat) -Gorilla gorilla -Mus musculus (house mouse) -Oryctolagus cuniculus (European rabbit) - Pan troglodytes (chimpanzee) -Oryza sativa (arroz)

-deteco de genes associados a doenas/defeitos humanos ou animais -polimorfismos-variao gentica em populaes estimada pelas diferenas em padres de restrio herdados (RFLP)

Tipos de DNA em genomas de eucariotas

Cromossomas humanos

Cariograma humano

Cada cromossoma contm uma nica molcula de DNA. 1 Mb = 1 milho de pares de bases

Cromossomas Humanos
Propriedades das bandas com colorao standard Giemsa

Dark bands (G bands)

Pale bands (correspond to R bands see Box 2.4)

Stain strongly with dyes that bind preferentially Stain weakly with Giemsa and to AT-rich regions, such as Giemsa and Quinacrine Quinacrine May be comparatively AT-rich DNase insensitive Condense early during the cell cycle but replicate late Gene poor. Genes may be large because exons are often separated by very large introns LINE rich, but may be poor in Alu repeats May be comparatively GC-rich DNase sensitive Condense late during cell cycle but replicate early Gene rich. Genes are comparatively small because of close clustering of exons LINE poor, but may be enriched in Alu repeats

Cromossoma humano

Cromossomas

Comprimento do DNA dos cromossomas da levedura S. cerevisiae

Cromossomas Estrutura da Cromatina

Cromatina- cromossomas visveis durante diviso celular Unidade - Nucleossoma
Estrutura dinmica da cromatina: -transcrio -metafase mais consensada em cromossomas visveis interfase-menos condensada com algumas regies parecendo contas

a) Fibra de cromatina de 30 nm est associada com protenas (topoisomerase II) para formar loops (75 kb). Protenas associadas ao DNA em regies especficas ricas em A e T (scaffold attachment regions (SARs) b) Fibra de cromatina e protenas associadas enrolam em estrutura helical-cromossoma. Colorao com Giemsa (G-banding) Bandas escuras- ricas em AT Bandas claras -ricas em GC

Histonas: protenas bsicas que formam a

unidade volta da qual o DNA est enrolado nos nucleossomas de cromossomas eucariotas

Scaffold (armao)

Cromossomas Estrutura da Cromatina

The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1910 Albrecht Kossel "in recognition of the contributions to our knowledge of cell chemistry made through his work on proteins, including the nucleic substances"

Forma condensada-nucleossoma tem H1 (ou H5)- estrutura solenoid

H1 e H5 - histonas de ligao (linker) ~ 220 aminocidos

Cromossomas Estrutura da Cromatina

Nveis de empacotamento da cromatina at cromossoma mittico condensado.

Cromossomas Estrutura da Cromatina Nucleossoma

The Nobel Prize in Chemistry 1982

Aaron Klug

"for his development of crystallographic Histonas: H1 (ou H5), H2A, H2B, H3 e H4 electron microscopy and his structural H2A, H2B, H3 e H4 associam-se ao DNA: nucleossomas elucidation of ~ 100-150 resduos de aminocidos. biologically important nucleic acid-protein Nucleossoma =146 bp de DNA e oito histonas complexes" (duas cpias de H2A, H2B, H3 e H4) DNA enrolado volta do ncleo de histonas-quase duas voltas por nucleossoma

Nucleossoma

Histonas
Resduos de lisina no N-terminal->importantes na regulao da transcrio dos genes

Condies normais-grupo R da lisina positivo ->interage com DNA Grupo R pode ser neutralizado (acetilao) ->reduz fora da ligao histonas-DNA
Sequncia da histona H4 de bovino

Tipos de DNA em genomas de eucariotas

Baseado na cintica de reassociao do DNA: Altamente repetitivo
~10-15% do DNA de mamfero reassocia muito rapidamente Inclui repeties em tandem

Moderadamente repetitivo
~ 25-40% do DNA de mamfero reassocia a velocidade intermdia Inclui repeties espalhadas (interspersed)

Cpia nica (ou nmero de cpias muito reduzido)

~50-60% do DNA de mamfero

Cintica de reassociao do DNA: 1-DNA clivado ao acaso at fragmentos ~1000 bp. 2-Aquecido para separar cadeias complementares 3-Temperatura reduzida para ocorrer reassociao de cadeias Fragmento com sequncia repetida muitas vezes no DNA total->reassocia mais rapidamente

Organizao de DNA no genoma humano

Genes e sequncias relacionadas com genes DNA codificante-genes DNA no codificante Pseudogenes Fragmentos de genes Intres DNA extragnico DNA nico e em poucas cpias DNA repetitivo DNA repetido em tandem satlite, microsatlite, minisatlite DNA repetido espalhado
LINEs, SINEs, transposes, retrotransposes

Organizao geral de sequncia de DNA. A regio codificante constitui cerca de 3% do DNA total numa clula humana

Nature 284, 601 - 603 (1980);

Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution

W. Ford Doolittle & Carmen Sapienza

Natural selection operating within genomes will inevitably result in the appearance of DNAs with no phenotypic expression whose only 'function' is survival within genomes. Prokaryotic transposable elements and eukaryotic middle-repetitive sequences can be seen as such DNAs, and thus no phenotypic or evolutionary function need be assigned to them.

Genes Nmero de Cpias

Protenas- pode ser gene nico - vrios mRNA podem ser traduzidos rRNA e tRNA produtos finais do gene Para acelerar produo, todas as espcies tm conjunto de genes de RNA repetidos em tandem (dezenas a ~24000)-famlia multignica

Nmero de genes de RNA

Duplicao de genes

Pode levar formao de gene com nova funo ou de pseudogene

Famlias de Genes
Famlias multignicas
Conjunto de genes com sequncias idnticas resultantes de duplicao Exemplos: -famlia de genes de rRNA (todos excepto bactrias mais simples) -famlia de genes de histonas H2A, H2B, H3 e H4 (eucariotas) -famlia de genes da globina (mamferos)

Famlia de genes da b-globina humana

inclui b, d, Ag, Gg e e Y pseudogene. HS1 a HS4 elementos de regulao

Famlias de Genes

Pseudogenes
Genes no funcionais devido a alteraes no gene original

Convencional
Mutaes (codo stop precoce, desvio de grelha, etc)-protena alterada

Processed
Reintegrao aps transcrio reversa do mRNA em cDNA-no expresso Reintegrao em posio aleatria no genoma Elementos mveis- LINES

Genes truncados Fragmentos de genes

Hemoglobina

Famlia de genes da globina humana

Evoluo de genes da globina

Evoluo dos genes da famlia b-globina de mamferos

Evoluo da superfamlia das globinas

Organizao dos grupos de genes HOX em mamferos e Amphioxus sugere a possibilidade de uma ou duas duplicaes ancestrais no genoma

Amphioxus, o invertebrado considerado mais prximo dos vertebrados. Genes parlogos. O vertebrado ancestral teria 13 genes HOX mas a perda de genes individuais aps duplicao do cluster levou a que cada cluster de mamfero tivesses menos um ou mais dos genes originais

Genomas de eucariotas DNA repetitivo

Sequncia de DNA pode estar repetida vrias vezes no genoma de organismo Repeties directas ou invertidas

Exemplo: Sequncia de pequena parte de telmero localizado nos extremos de cada cromossoma humano

Telmero ~15 kb-> constitudo por milhares de repeties seguidas da sequncia "GGGTTA" Humanos Clula germinal -telmero 15 kb Clula somtica em envelhecimento- telomero menor

DNA repetitivo Repeties em tandem

Repeties em tandem-conjunto de repeties consecutivas -satlites -minisatlites -microsatlites

Centrifugao em gradiente de densidade de fragmentos de DNA com diferenas em composio de bases. Bandas satlite resultam de repeties em tandem.

Satlites
Geralmente no centrmero 100 kb - 1 Mb. Humanos Ex. DNA alphoid - centrmero dos cromossomas Unidade repetida-171 bp 3-5% do DNA de cada cromossoma

Minisatlites
1 kb -20 kb. Ex. - Variable number of tandem repeats (VNTR) Unidade 9 bp-80 bp Em regies no codificantes Nmero de repeties pode diferir entre indivduos- Fingerprinting de DNA -Repeties nos telmeros GGGTTA

Microsatlites
Short tandem repeats (STR) Unidade repetida: 1 - 6 bp Regio total <150 bp. Nmero de repeties pode diferir entre indivduos- Fingerprinting de DNA

Agrupamento de ilhas CpG no genoma humano

FISH em cromossomas humanos na metafase. Vermelho-sonda CpG; Verde fluorescein isothiocyanate (FITC) - regies de replicao tardia reconhecidas pela incorporao de bromodeoxyuridine (BrdU).

DNA repetitivo Repeties espalhadas

Interspersed Repeats

Sequncias repetidas localizadas em regies dispersas do genoma (recombinao de DNA)

Elementos mveis ou transposable elements

LINEs

Long Interspersed Nuclear Elements

ORF Open Reading Frame Repeties directas (regio a vermelho) Alguns LINEs resultam de mRNA reconvertido em DNA- sem promotores-no expresso-pseudogenes Alguns LINES codificam transcriptase reversa e/ou integrase.

SINEs

Short Interspersed Nuclear Elements

~300 bp Exemplo: sequncias Alu no genoma humano

LINEs e SINEs Geralmente em regies extragnicas mas algumas em intres

Repeties espalhadas
Transposes
DNA que se move duma regio para outra milho Drosophila bactrias humanos

Retrotransposes
RNA->DNA (transcriptase reversa) DNA inserido em nova regio

Genoma Humano
International Human Genome Sequencing Consortium-Nature, 15 Fevereiro 2001 Celera Genomics-Science, 16 Fevereiro 2001

3 bilies de pares de bases organizados em 23 cromossomas.

Sequncia Incompleta ~90%

Nmero de Genes de protenas: ~30.000-38.000 1-2% DNA total Genesweep (Drosophila ~13.600) (C.elegans ~19.800) Mas =>Muitos genes humanos codificam mais de uma protena Em mdia cada ORF origina 2-3 protenas diferentes PROTEOMA humano (protenas totais) 5-10 vezes maior que Drosophila/C.elegans =>Maior proporo do nosso genoma codifica factores de transcrio e apresenta elementos reguladores

Genoma Humano

Gene humano mdio: 4 exes 1350 bp protena de 450 aminocidos

Gene distrofina 79 exes em 2,4 000 000 bp! Gene Titina 234 ou 178? exes 27 000 aminocidos Densidade de genes nos cromossomas varia cromossoma 19 - 23 genes por Mb (total de 1400 genes) cromossoma 13 - 5 genes por Mb Genes humanos (vertebrados) -anticorpos, protenas da coagulao sangue, etc

Genoma humano
Famlias de genes - duplicao de genes -genes da globina -genes de receptores do olfato
DNA repetitivo ~50% do total -LINES 16-19%
Famlia L1 ~ 60.000 - 100.000 elementos

-SINES ~12%
Famlia Alu ~700.000 - 1.000.000 elementos

-retrotransposes 5-8% -transposes ~3% Genes de bactrias 223 genes sem homlogos noutros animais mas semelhantes a genes de bactrias

Genes Humanos variam em tamanho e contedo de exes

Contedo em exes indicado como percentagem do comprimento dos genes. Geralmente, relao inversa entre comprimento do gene e percentagem de contedo de exes. CFTR, cystic fibrosis transmembrane regulator; HPRT, hypoxanthine phosphoribosyl transferase; NF1, neurofibromatosis type 1.

Figura obtida do NCBI National Center for Biotechnology Information

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Genes e Doenas
Mapa dos cromossomas humanos http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=gnd.chapter.272&ref=sidebar

Para cada cromossoma individual -nmero de pares de bases -nmero de genes -doenas associadas

Genomas de Organitos
Mitocndrias e Cloroplastos
-Genes extracromossomais-herana materna -Maioria circulares (Paramecium, etc-linear) -Em muitos eucariotas coexistem com verses lineares -cloroplastos podem ter crculo menor=subconjunto -cpias ~10/mitocndria humana ~1000/cloroplasto Clamydomonas Parte das protenas usadas nos organitos so codificadas em genes nucleares

Dimenses genoma Mitocndria (kb)

Mus musculus (ratinho) 16 Homo sapiens 17 (16569 bp) Drosophila melanogaster (mosca) 19 Aspergillus nidulans(fungo) 33 Saccharomyces cerevisiae(levedura) 75 Zea mays (milho) 570 Cucumis melo (melo) 2500

Genomas de Organitos
Mitocndrias e Cloroplastos
Dimenses genoma Cloroplasto (kb)
Pisum sativum (ervilheira) 120 Oryza sativa (arroz) 136 Nicotiana tabacum (tabaco) 156 Chlamydomonas reinhardtii (alga verde)195

Genomas de Organitos

Mitocndria
-nmero de genes: 12 (C.reinhardtii)-92 (protozorio Reclinomonas americana) Genes: -todos tm genes rRNAs mitocondriais -pelo menos genes de algumas protenas cadeia respiratria -genomas mais ricos tm genes tRNAs, protenas ribossomais e protenas transporte

transcrio, traduo e

Genoma de Mitocndrias
n total genes tipos de genes protenas complexo respiratrio ribossomais transporte RNA polimerase factor traduo RNA ribossomal RNA tranferncia Outros genes RNA nmero de intres tamanho (kb)
H. sapiens 37 13 13 0 0 0 0 2 22 0 0 17 S. cerevisiae 35 8 7 1 0 0 0 2 24 1 8 75 A.thaliana 52 27 17 7 3 0 0 3 22 0 23 367

Genoma Mitocondrial Humano

Genoma de organitos

Cloroplastos
-maioria tem ~200 genes Genes: rRNAs, tRNAs, protenas ribossomais, protenas fotossntese

Genomas de Procariotas Cromossomas

Tamanho de Genomas (Mb)
Mycoplasma genitalium Bacillus megaterium Escherichia coli Carsonella ruddii 0,58 30 4,64 0,159

Nucleide-empacotamento do DNA superenrolado com protenas de ligao a DNA (girase, topoisomerase I, quatro protenas de empacotamento como HU)
Circulares (maioria) ou lineares (Borrelia burgdorferi, Streptomyces, etc)

Genoma de E. coli
>crculo 1.6 mm clula 1x2 m >DNA (~60 bp) enrolado em tetramero de HU >~60.000 HU por clula >Origem de replicao (oriC) >Terminao da replicao (TER) >Vrios genes de protenas >DNA no codificante ~11% >Genes em Operes ~600

Archaea: protenas de empacotamento semelhantes histonas e no HU

Organizao de genes em Procariotas Opero

Grupo de genes adjacentes, expressos em conjunto numa molcula nica de mRNA Exemplo: Opero da lactose de E.coli

Genomas de Procariotas

Plasmdeos
-circular (maioria) ou linear -alguns tipos podem integrar-se no cromossoma -muitos podem ser transferidos entre clulas -independentes? Parte do genoma? Tipos de plasmdeos
Resistncia Fertilidade Killer Degradativos Virulncia

funes genes
resistncia a antibiticos Conjugao sntese toxinas matar outras enzimas metabolismo especfico Patogenicidade

exemplos
Rbk de E. coli F de E. coli Col de E. coli (colicina) TOL P. putida (tolueno) Ti A. tumefaciens

Clulas podem ter: 0 a alguns plasmdeos E. coli >17 plasmdeos (533 kb, >430 genes) Borrelia burgdorferi alguns genes essenciais -genes de protenas de membrana -genes envolvidos na biossntese de purinas

Genomas de Vrus
Classificao de Baltimore: 1.vrus dsDNA 2.vrus ssDNA 3.vrus dsRNA 4.vrus (+)-sense ssRNA 5.vrus (-)-sense ssRNA 6.vrus RNA reverse transcribing 7.vrus DNA reverse transcribing ds-double strand

ss-single strand

Exemplos de vrus comuns

Genomas de Vrus

a) Organizao do genoma do HIV-1 b) Organizao geral de DNA retroviral