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Es un polmero compuesto por nucletidos unidos por enlaces fosfodister Posee azcar ribosa, un hidroxilo libre en el tomo de carbono 2, a Uracilo como base nitrogenada Es de cadena simple (con algunas excepciones en virus) y puede formar estructuras secundarias (lazos en forma de horquillas)

Caracterstica
Compuestos por nucletidos Tipos de azcar Presencia del grupo 2-OH Bases Nucletidos unidos por enlaces fosfodister Cadena

ADN
Si Desoxirribosa No A, G, C, T Si Doble

ARN
Si Ribosa Si A, G, C, U Si Simple

Estructura secundaria
Estabilidad

Doble hlice
Bastante estable

Muchos tipos
Se degrada con facilidad
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la sntesis de molculas de ARN , tomando como molde al ADN

es

TRANSCRIPCIN
tiene Componentes principales

es

El primer paso en la transferencia de informacin gentica del genotipo al fenotipo

Que son

Un molde de ADN

Sustratos (materiales en bruto)

Aparato de transcripcin
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EL MOLDE
en 1970, Oscar Miller Jr., Brbara Hamkalo y Charles Thomas Revelaron unas Estructuras con forma de rbol navideo Que consistian en fibras centrales delgadas de ADN (el tronco del rbol) a la que se unan cadenas de grnulos de ARN(las ramas)

EL MOLDE
Consta de Cadena transcripta Es la Cadena de ARN que se ha transcrito De una Sola cadena de ADN (Cadena molde) que codifica una Molcula de ARN Regin codificante de ARN
Secuencia de nucletidos de ADN que se copia a una molcula de ARN

Unidad de transcripcin

Es un
Tramo de ADN

presenta
Sitios crticos Promotor
Secuencia de ADN a la que se une el aparato de transcripcin. Indica cual ser la cadena molde y la direccin de la transcripcin

Terminador
Secuencia de nucletidos que seala el sitio en que debe finalizar la transcripcion 8

El sustrato para la transcripcin EI RNA se sintetiza a partir de ribonuclesidos trifosfatos (rNTP) Durante la sntesis los nucletidos se aaden uno por vez al grupo 3 -OH de la molcula creciente de RNA. Se cortan dos fosfatos del ribonuclesido trifosfato que ingresa; el fosfato restante participa en un enlace fosfodister que conecta el nucletido a la cadena de RNA creciente
RNA n + rNTP RNA n+1 + PPi

Los nucletidos se aaden siempre al extremo 3' de la molcula de RNA y por consiguiente la direccin de la transcripcin es 5'3'
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El aparato para la transcripcin

La accin de la RNA polimerasa aumenta debido a numerosas protenas accesorias que se unen y abandonan la polimerasa en diferentes etapas del proceso. Cada protena accesoria desempea una funcin especial o la regula. Por ende, la transcripcin, al igual que la replicacin, requiere un conjunto de protenas.

RNA polimerasa bacteriana

RNA polimerasas eucariontes Las clulas eucariontes poseen tres tipos distintos de RNA polimerasa, cada uno de los cuales es responsable de la transcripcin de una clase diferente de RNA: la RNA polimerasa I transcribe rRNA, la RNA polimerasa II transcribe pre-mRNA. snoRNA y algunos snRNA y la RNA polimerasa III transcribe molculas de RNA pequeas, especficamente tRNA. rRNA pequeo y algunos snRNA.
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Las bacterias poseen un solo tipo de RNA polimerasa que cataliza la sntesis de todos los tipos de RNA bacteriano: mRNA, tRNA y rRNA. La RNA polimerasa bacteriana es una enzima grande y multimrica (lo que significa que consiste en varias cadenas polipeptdicas).

La etapa de iniciacin, en la cual el aparato de transcripcin se ensambla sobre el promotor y comienza la sntesis del RNA. La etapa de elongacin, en la cual la RNA polimerasa se mueve a lo largo del DNA, lo desenrolla y aade nuevos nucletidos, uno por vez, al extremo 3' de la cadena creciente de RNA. La etapa de terminacin, en la que se produce el reconocimiento del extremo de la unidad de transcripcin y la separacin de la molcula de RNA del molde de DNA.
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La iniciacin comprende todos los pasos necesarios para comenzar con la sntesis de DNA, lo que incluye 1) el reconocimiento del promotor, 2) la formacin de la burbuja de transcripcin, 3) la creacin de los primeros enlaces entre los rNTP y 4) el escape del aparato de transcripcin desde el promotor. La iniciacin de la transcripcin requiere que el aparato de transcripcin reconozca al promotor y se una a el. En esta etapa la selectividad de la transcripcin se ve reforzada; la unin de la RNA polimerasa al promotor determina cuales sern las partes del molde de DNA que se transcribirn y con que frecuencia.

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Promotores bacterianos. Los promotores son secuencias de DNA reconocidas por el aparato de transcripcin y requeridas para que ocurra este proceso. En las bacterias los promotores suelen estar al lado de una secuencia que codifica RNA.

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Sntesis inicial del RNA. Despus de la unin de la holoenzima al promotor la RNA polimerasa se posiciona sobre el sitio de iniciacin de la transcripcin {en la posicin +1) y desenrolla el DNA para producir un molde de cadena simple. La orientacin y la separacin espacial de las secuencias consenso sobre una cadena de DNA determinan que cadena ser el molde de la transcripcin y, por tanto, la direccin de sta. Para comenzar la sntesis de una molcula de RNA la RNA polimerasa aparea la base de un ribonucletido trifosfato con su base complementaria en el sitio de iniciacin de la cadena molde de DNA A menudo durante el curso de la iniciacin y mientras aun esta ligada al promotor la RNA polimerasa genera en forma repetida transcripciones cortas (de 2 a 6 nucletidos de longitud) y las libera. Luego de varios intentos fallidos la polimerasa sintetiza una molcula de RNA de 9 a 12 nucletidos de longitud que le permite transitar hacia la etapa de elongacin.

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Subunidad Ncleo de la enzima

Prokaryotic RNA polymerase structure

RNA polymerase of E. coli is a multisubunit protein Subunit Number Role uncertain forms phosphodiester bonds binds DNA template recognizes promoter and facilitates initiation

a b b s

2 1 1 1

a2bbs
holoenzyme

a2bb

s
sigma factor

core polymerase

La subunidad sigma de la ARN polimerasa es un "factor de iniciacin Existen diferentes factores sigma en E. coli que son: especficos para diferentes conjuntos de genes sigma factor de funciones para asegurar que une la ARN polimerasa de forma estable al ADN slo a los promotores sigma desestabilizante no especfico unido al AND promotor -1) (M sigma estabiliza la uninK especfica al ADN promotor a esto acelera Any la bsqueda de ADN promotor DNA Promoter DNA (nonspecific) (specific)

La funcin del factor sigma

Core
Holo

2 X 1011
1 X 107 1013 to 1015

promoters vary in strength by ~two orders of magnitude

Regin -35 Espaciador Regin -10 Espaciador trp

tRNATyr lac recA araB, A, D

Inicio del RNA A

A A A A

TTGACA
TTTACA TTTACA TTGATA CTGACG TTGACA

N17
N16 N17 N16 N18

TTAACT
TATGAT TATGTT TATAAT TACTGT TATAAT

N7
N7 N6 N7 N6

Mechanism of RNA synthesis

RNA
RNA

A=T

A = T

U=A

U=A

RNA synthesis usually initiated with ATP or GTP (the first nucleotide) RNA chains are synthesized in a 5 to 3 direction Termination of some transcripts makes use of the Rho protein, which is a termination factor that catalyzes the dissociation of the RNA and polymeras

N H

Acridina

Sar L-Pro D-Val L-Thr L-meVal O O C L-Pro D-Val

Sar L-meVal O L-Thr N O CH3 C O NH2 O

Actinomicina D

CH3

Una vez que el proceso de transcripcin ha comenzado la burbuja de transcripcin avanza a medida que el RNA es transcrito y se contina hasta que la polimerasa encuentra una secuencia que induce la disociacin del complejo DNA-RNA y la separacin de la enzima. En eucariontes esta secuencia no ha sido bien estudiada, mientras que para los procariontes como E. coli se han reconocido dos tipos de seales de terminacin que se diferencian por la ausencia o presencia de un factor proteico que parece reconocer dicha seal.

La primera de ellas, conocida como terminacin independiente de rho (r), contiene una secuencia que induce a la formacin de una horquilla en el transcrito de RNA de 10 a 15 nucletidos antes del final, seguida por un tramo de poliA en la cadena molde que facilita la disociacin de los elementos de la transcripcin.

En la terminacin dependiente de r no se presenta el tramo de poliA, aunque s se forma una horquilla en la que la RNA polimerasa hace una pausa y si se encuentra la protena r presente se detiene la transcripcin. No se conoce a detalle el mecanismo de disociacin, pero en este se produce la hidrlisis de ATP por efecto de r.

5-bromo-4-chloro-3indolyl-b-D-galactoside

Muchas protenas bacterias son inducibles, o sea que su sntesis es regulada dependiendo del estado nutricional de la clula. La expresin diferencial de los genes que codifican para esas protenas esta regulada generalmente a nivel de la iniciacin de la transcripcin

 Basados

en el modelo de Jacob y Monod del control transcripcional, la transcripcin del opern lac, que codifica 3 protenas inducibles, es reprimido por unin de la protena represora de lac a la secuencia operadora. En presencia de lactosa o otros inductores, esta represin se levanta y el opern lac se transcribe.

 Las

mutaciones en el promotor, que une a la RNA polimerasa, o en el operador, actan en cis; esto es slo afectan la expresin de los genes en la misma molcula de DNA en que ocurre la mutacin.

 Las

mutaciones en la secuencia de un operador que resulta en la disminucin de la unin del represor, resultan en una transcripcin constitutiva. Las mutaciones en una secuencia promotora, que afectan la afinidad de la unin de la RNA polimerasa pueden disminuir (mutacin a la baja) o incrementar (mutacin a la alta) la transcripcin.

 Los

represores y los activadores actan en trans; esto es, afectan a la expresin de los genes que regulan sin importar en qu molcula de DNA estn localizados en la clula.

DNA

Repressor

Repressor + Inducer

lac operator

2 X 1013

2 X 1010

All other DNA 2 X 106 2 X 106 ___________________________________________________ Specificity1 107 104 ___________________________________________________
1

Specificity is the ratio of (Ka for binding to operator DNA) / (Ka for binding to random DNA)

(a) La molcula seal

Operador DNA

( ) origina la disociacin de la protena reguladora del DNA

Promotor

5'

3' mRNA

(b) La molcula seal

( ) origina la unin de la protena reguladora al DNA 5' 3' mRNA

RNA polimerasa

(a) La molcula seal

( ) origina la disociacin de la protena reguladora del DNA

5'

3' mRNA

(b) La molcula seal

( ) origina la unin de la protena reguladora al DNA

5'

3' mRNA

Sitio de unin del activador

Sitio de unin del represor (operador)

DNA

Promotor

Secuencias reguladoras

Represor

mRNA

PI

DNA

PI

Alolactosa (o IPTG)

PI

mRNA

Sitio CAP

5'-ATTAATGTGAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCA
Regin -35 Regin -10

GGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTG
Sitio de unin a la RNA polimerasa Operador

GAATTGTGAGCGTGATAACAATTTCACAC

Motivo de unin al DNA

DNA

cAMP

Deficiencia de lactosa

Abundancia de lactosa

Deficiencia de glucosa, abundancia de cAMP

RNA polimerasa
P O

mRNA

Abundancia de glucosa, deficiencia de cAMP

P O

Activador

L-Arabinosa

Represor

araC mRNA

Sitio de unin de CAP

araO2 araC

araO1

araI

Genes estructurales araB araA araD

PC

PBAD araBAD mRNA

Sitios de Regulacin

araC

araO2

RNA Sitio de unin de CAP polimerasa araI araBAD araO1 PC PBAD

araC mRNA

Glucosa a niveles altos arabinosa a niveles bajos

araO2 Protenas AraC araO1 araI araC araBAD

PC

PBAD

Sitio de unin de CAP

Glucosa a niveles bajos arabinosa a niveles altos

CAP-cAMP Protena AraC araC

RNA polimerasa
araBAD

araO2
PC arabinosa araI

PBAD araBAD mRNA

Trp

Represor Trp Represor mRNA trpR P O

Gua (trpL)

Atenuador trpE trpD trpC trpB trpA

Regin reguladora
trp mRNA bajos niveles de triptofano

Genes estructurales

mRNA atenuado altos niveles de triptofano

Pptido lider

MKAIFVLKGWWRTS Ribosoma 5' 1 2

Estructura atenuadora

4 UUU 3'

RNA polimerasa

mRNA
Codones Trp

DNA

Pptido lider 2 1 3 Genes estructurales 4 DNA RNA polimerasa

Pptido gua M K A I F V L K G W W R T S - PARO 1 3 4 Polipptido TrpE 2

Par 3:4

Par 2:3

RNA polimerasa
DNA duplex 5' 3' Ribosoma 5' mRNA NH3+ mRNA Direccin de transcripcin 3' 5'

NH3+

Direccin de traduccin

Gen de Ovoalbmina
L DNA A 1 B 2 C 3 D 4 E 5 F 6 G 7

Transcrito primario

L A Cap

1 B

2 C

3 D

4 E

5 F

6 G

Edicin, rompimiento y poliadenilacin 7 intrones

12 3 4 5 6 7

RNA extra

RNa maduro

AAAAn
1.872 nucletidos

Las molculas de RNA pueden funcionar como catalizadores biolgicos y muchas de ellas fueron los primeros transportadores de la informacin gentica. El RNA es un polmero formado por nucletidos que se mantienen unidos por enlaces fosfodister. Cada nucletido de RNA consiste en un azcar ribosa, un fosfato y una base. El RNA contiene la base uracilo; suele ser de cadena simple, lo que le permite formar estructuras secundarias. El RNA ribosmico es un componente del ribosoma, el RNA mensajero lleva instrucciones de codificacin para las protenas y el RNA de transferencia ayuda a incorporar los aminocidos a una cadena polipeptdica. Otras molculas de RNA que se encuentran en las clulas eucariontes incluyen el premRNA. (el precursor del mRNA), los snRNA, (que participan en el procesamiento de los pre-mRNA), los snoRNA. (que procesan el rRNA), los scRNA, (que se encuentran en el citoplasma) y los miRNA, (cuyas funciones son la degradacin del RNA y la inhibicin de la traduccin).

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El molde para la sntesis de RNA es una cadena simple de DNA. En la transcripcin la sntesis de RNA es complementaria de la cadena molde de DNA y antiparalela a ella. La unidad de transcripcin consiste en un promotor, una regin que codifica el RNA y un terminador. Los sustratos para la sntesis de RNA son ribonuclesidos trifosfatos. En la transcripcin se cortan dos fosfatos de un ribonuclesido trifosfato y el fosfato remanente participa en el enlace fosfodister con el grupo 3"-OH del extremo creciente de la molcula de RNA. La RNA polimerasa de las bacterias consiste en una enzima "core" que cataliza la adicin de nucletidos a una molcula de RNA y otras subunidades que se unen a la enzima "core" para proporcionarle funciones adicionales. El factor sigma controla la unin de la enzima "core" al promotor: el factor rho proporciona ayuda para la terminacin de la transcripcin.
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Las clulas eucariontes contienen tres RNA polimerasas: la RNA polimerasa I, (que transcribe el rRNA), la RNA polimerasa II, (que transcribe el pre-mRNA y algunos snRNA) y la RNA polimerasa III, (que transcribe los tRNA, el rRNA pequeo y algunos snRNA). El proceso de transcripcin consta de tres etapas: iniciacin, elongacin y terminacin. Los promotores son reconocidos por el aparato de transcripcin y resultan necesarios para el proceso de transcripcin. Contienen secuencias consenso cortas incluidas dentro de tramos ms largos de DNA. La transcripcin comienza en el sitio de iniciacin, el que es determinado por las secuencias consenso. Se desenrolla un tramo corto de DNA cercano al sitio de iniciacin, el RNA se sintetiza a partir de una cadena simple de DNA empleada como molde y el DNA vuelve a enrollarse en el extremo de la burbuja de transcripcin. Los terminadores son secuencias que se encuentran dentro de la regin codificadora del RNA; la sntesis de RNA se detiene despus de la transcripcin del terminador. Las bacterias poseen dos tipos de terminadores: los terminadores independientes de rho. que pueden reconocer la RNA polimerasa por s mismos, y los terminadores dependientes de rho, que solo pueden reconocer la RNA polimerasa con ayuda de la protena rho. En las clulas eucariontes el DNA forma un complejo con las histonas que interfiere en la unin de los factores de transcripcin y la RNA polimerasa. La cromatina puede ser modificada por acetilacin, por protenas que la remodelan y por otros factores, lo que permite que los factores de transcripcin y la RNA polimerasa se unan al DNA.
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Dos clases de secuencias afectan la transcripcin en las clulas eucariontes: los promotores, que se encuentran cerca de los genes, y los intensificadores, que pueden estar lejos de los genes que afectan. Un promotor para la RNA polimerasa II consta de un promotor mnimo, que resulta necesario para que existan niveles mnimos de transcripcin, y un promotor regulativo, Que afecta la velocidad de transcripcin. Los factores de transcripcin general se unen al promotor mnimo y forman parte del aparato de transcripcin basal. Las protenas activadoras de la transcripcin se unen a las secuencias presentes en los promotores regulativos y en los intensificadores e interactan con el aparato de transcripcin basal en el promotor mnimo. En las clulas eucariontes existen tres tipos de RNA polimerasas que reconocen diferentes tipos de promotores, todos los cuales presentan secuencias consenso que sirven como sitios de unin de los factores de transcripcin. Las tres RNA polimerasas que se encuentran en las clulas eucariontes emplean diferentes mecanismos de terminacin. La transcripcin en las arqueobacterias posee muchas semejanzas con la transcripcin en los eucariontes.

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