Tomografia Computarizada

Tomografa computarizada Generacin y manejo de la imagen digital
Mara Cecilia Rivara Depto. Ciencias de la Computacin Universidad de Chile
CT/M.C.Rivara/Octubre 2007
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Contexto y tcnicas involucradas Computacin grfica estndar TC en espiral Captura y procesamiento de imgenes Transformada de Fourier Teorema de la Proyeccin-Slice Transformada de Radon y Teorema del Slice Rendering de superficie en CT Rendering de volumen en CT Aliasing Procesamiento digital de imgenes Tcnicas de visualizacin de datos: segmentacin, windowing
Tomografa computarizada
Un problema interdisciplinario del rea de Visualizacin Cientfica Relacionado con elementos de La fsica del escaner de rayos X Computacin grfica 3D sobre arquitectura raster Procesamiento de Imgenes Dominio de la aplicacin (medicina) Herramientas matemticas
Computacin Grfica 3D estndar

Objetivo: sintetizar escenas 3D: Se modelan los objetos en base a sus superficies Se visualiza en dispositivo (pantalla) 2D
Rendering: proceso completo que permite visualizar escena 3D en ventana rectangular en pantalla 2D Escena 3D Aplicaciones juegos, cine, CAD/CAM
CT/M.C.Rivara/Octubre 2007 4
Tecnologa Raster
Tubo de rayos catdicos Arquitectura de la pantalla: matriz de pixeles Pixel: elemento mnimo que se puede accesar / pintar Resolucin del dispositivo (ej: 1280 x 1024) Se extiende a resolucin de ventanas / segmentos. Modelo de color RGB: tres colores primarios
pantalla
ventana
Variadas tcnicas matemtico / computacionales involucradas

Modelacin de objetos (ejemplos: en base a polgonos / en base a voxeles)
Transformaciones (traslacin, escalamiento, rotacin, etc.)

Transformaciones de proyeccin Posicin objetos, luces, punto de vista Modelo de iluminacin asocia intensidad a los pixeles Algoritmos (raster, eliminacin de superficies ocultas, etc.) Otros (antialiasing para eliminar defectos, etc)
Tomografa Computarizada CT
Mtodo que produce imgenes mdicas A partir de grandes series de imgenes tomadas con rayos X de un objeto Se usa procesamiento digital de la geometra para generar modelos / imgenes 3D del interior del objeto Se obtienen datos de volumen que pueden ser manipulados, a travs de un procedimiento llamado windowing, para VISUALIZAR distintas estructuras del objeto (basado en las distintas capacidades para bloquear el haz de rayos X de las estructuras que componen los rganos, huesos, etc.)
Invencin escaners para CT

Inventado por Geofrey Newbold Houndsfield en Hayes, Inglaterra 1967 (idea), 1972 Allan McLeod Cormack, USA invent proceso similar 1979 Ambos compartieron el Nobel de Medicina en 1979
Primeros escaners para CT

Secuencia de imgenes axisimtricas (un slice en cada tiempo) Rayo X se mueve en crculo para adquirir un slice (tajada) Los datos se recogen para una posicin dada mediante una serie de rayos paralelos En seguida el escaner cambia de posicin
CT en espiral o helicoidal
Anatoma interna 3D es observable en monitores computacionales a partir de mltiples perspectivas de la anatoma en estudio (tomadas mediante rayos X) y reconstruda en 3D mediante software. El tubo de rayos X rota continuamente en una direccin mientras la mesa con el paciente se desplaza a travs del haz de rayos X a velocidad constante. La radiacin se transmite en forma de hlice o espiral La informacin se adquiere como un volumen continuo de slices. Captura y visualizacin de datos
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CT espiral: Ventajas
CT espiral permite manejar grandes volmenes de datos en una sola retencin de la inspiracin del paciente. Reduce la introduccin de defectos o artefactos causados por el movimiento del paciente.
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Cmo se produce la imagen CT?

Cada slice CT se subdivide en matriz de elementos de volumen (voxeles) 1024 x 1024. Cada voxel es atravesado por numerosos fotones de rayos X. Se mide la intensidad de la radiacin transmitida mediante detectores. A partir de los datos se calcula el valor de atenuacin del tejido con respecto a los rayos X en cada voxel. La imagen observada se reconstruye como matriz de pixeles (transformada de Fourier y Transformada de Radon)
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Voxel (generalizacin de pixel)

Elemento de volumen que representa un valor en una grilla en 3D. Usados en visualizacin y anlisis de imgenes mdicas (y otras aplicaciones) Area de Visualizacin Cientfica en Computacin Grfica
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Atenuacin
La atenuacin de fotones presente en el espectro de rayos X es importante en el campo de la fsica mdica. Se usan materiales de contraste para resaltar estructuras difciles de delinear. Tambin para obtener informacin sobre los tejidos Los pixeles se despliegan en funcin de la radio densidad seleccionada, de acuerdo a la atenuacin media de los tejidos seleccionados en la escala de Houndsfield
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Imgenes 3D
Mediante reconstruccin computacional de los datos se pueden visualizar las estructuras internas y externas de los rganos. Se obtiene modelo 3D que permite visualizar informacin espacial y caractersticas de superficie (rendering de superficie y volumen)
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Transformada de Fourier (FT)

Herramienta importante en captura de datos y procesamiento de imgenes Se usa para descomponer imgenes (funciones) en sus componentes senos y cosenos Imagen sin transformar (input) est en el dominio espacial Imagen transformada mediante TF representa la imagen en el dominio de la frecuencia (output)
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Transformada de Fourier
til para: anlisis de imgenes filtraje de imgenes reconstruccin de imgenes compresin de imgenes Al usar TF se habla de anlisis espectral anlisis de frecuencia
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Anlisis de CT usando Transformada de Fourier

Teorema de la Proyeccin-Slice en 2D f(x, y) funcin en 2D p(x) proyeccin de f(x,y) en eje x
Transformada de Fourier de f
Slice S(kx) es la proyeccin de F en eje kx Se demuestra que S(kx) es la transformada de Fourier de p(x)
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A graphical illustration of the projection slice theorem in two dimensions. f(r) and F(k) are 2-dimensional Fourier transform pairs. The projection of f(r) onto the xaxis is the integral of f(r) along lines of sight parallel to the y-axis and is labelled p(x). The slice through F(k) is on the kx axis, which is parallel to the x axis and labelled s(kx). The projection-slice theorem states that p(x) and s(kx) are 1dimensional Fourier transform pairs.
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Transformada de Fourier en medicina

F(x, y, z): funcin de densidad 3D del rgano interno Proyeccin: imagen de rayos X del rgano Slice: proyeccin de la Transformada de Fourier de la funcin de densidad f Los slices se interpolan para construir la transformada completa La transformada de Fourier inversa se usa para obtener la densidad 3D del objeto.
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Transformada Discreta de Fourier (DFT)

Se usa para imgenes digitales que es un muestreo o discretizacin de objeto real DFT es una transformada de Fourier muestreada No contiene todas las frecuencias que forman la imagen El conjunto muestreado es bastante grande como para describir la imagen completa en el dominio espacial El nmero de frecuencias corresponde al nmero de pixeles en el dominio espacial de la imagen
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Reconstruccin tomogrfica con Transformada de Radon

Transformada de Radon de una distribucin f(x,y)
es la funcin delta de Dirac
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La proyeccin inversa es una versin borrosa de la imagen original

Teorema del Slice con T. De Radon

El valor de la Transformada de Fourier 2D de f(x,y) a lo largo de una lnea con un ngulo de inclinacin est dado por la TF en 1D de p( ), la transformada de Radon adquirida con ngulo .
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Teorema Central del Slice

Si tenemos un nmero infinito de proyecciones tomadas en un nmero infinito de ngulos podemos reconstruir de manera perfecta la funcin original.
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Algoritmo de proyeccin filtrada hacia atrs (FBP)
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Aliasing (fenmeno fsico)

Sinusoides: tipo importante de funciones Seales reales se modelan como sumatorias de sinusoides de diferentes frecuencias y amplitudes Aliasing: fenmeno relacionado con muestreo errneo de una funcin Antialiasing en Computacin Grfica (abuso) Antialiasing en CT
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Sinusoides y muestreo
Two different sinusoids that fit the same set of samples
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Teorema de muestreo de Nyquist-Shannon

Fundamental en teora de la informacin y procesamiento de seales Teorema: La reconstruccin exacta de una seal de ancho de bada limitada a partir de un muestreo, es posible si 1. la seal es de ancho de banda limitada y 2. la frecuencia de muestreo es mayor que dos veces al ancho de bada (o dos veces la frecuencia ms alta que aparece en la seal) Aplicaciones
1. 2. Muestreo correcto: tasa correcta de muestreo. Se filtra la seal original para atenuar las altas frecuencias antes de muestrear
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Filtraje de imgenes en el Dominio de la Frecuencia

1. La imagen se transforma del dominio espacial al dominio de la frecuencia usando Transformada Rpida de Fourier La imagen resultante se multiplica por un filtro. La imagen filtrada se transforma de vuelta al dominio espacial
2. 3.
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Rendering de superficie en CT
Se elige un valor de entrada de densidad (ejemplo: hueso)
Se obtiene la imagen para este valor

Se usan algoritmos de deteccin de bordes en imgenes
1. Se pueden construir mltiples modelos para distintos valores threshold de entrada: diferente colores representan diferentes componente anatmico 2. El interior de la estructura no es visible. Se ve superficie ms cercana al observador
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Rendering de volumen
Tcnica usada para desplegar una proyeccin 2D de datos 3D obtenidos mediante muestreo discreto Datos 3D tpicos: grupo de imgenes slice 2D adquiridos por CT. Cada voxel se representa por un nico valor obtenido muestreando la zona cercana.
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Rendering de volumen: visualizacin de datos

Se usan transparencia y colores para obtener mejor representacin visual del volumen en una sola imagen Alternativamente 1. El volumen puede visualizarse extrayendo isosurperficies (superficies de la funcin de densidad de igual valor) y renderizando como mallas de polgonos (ejemplo Algoritmo Marching Cube) 2. Renderizando el volumen directamente como un bloque de datos (varias maneras distintas)
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Procesamiento digital de imgenes

Estrictamente no es Computacin Grfica Se procesan imgenes: fotos / vistas / secciones 2D. Matemticamente se tratan como seales Se procesan para eliminar ruidos / defectos, resaltar propiedades
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Procesamiento digital de imgenes

Especficamente se usa para Clasificacin Extraction de caractersticas geomtricas Reconocimiento de patrones Anlisis Multi-escala
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Algunas tcnicas usadas en procesamiento digital de imgenes

Anlisis de componentes principales Anlisis de componentes independientes Filtraje y realce (intensificacin) histograma de color filtro espacial filtros de convolucin: Pasa Alto y Pasa Bajo combinacin de imgenes: adicin, sustraccin, mezcla realce de aristas reduccin de ruido Otros
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Tcnicas para seleccionar y/o priorizar estructuras en visualizacin de datos

Segmentacin Windowing
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Segmentacin
Proceso que consiste en particionar una imagen digital en mltiples regiones (conjunto de pixeles) Objetivos: Simplificar y / o cambiar la representacin de una imagen en imagen que sea ms significativa y ms fcil analizar Uso tpico: para encontrar bordes de objetos (lneas, curvas) en imgenes
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En general se usa el concepto de coherencia

Los pixeles de una regin son similares con respecto a alguna caracterstica o propiedad computada tales como color, intensidad, o textura. Regiones adyacentes son significativamente diferentes con respecto a alguna(s) caracterstica(s)
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Aplicaciones: de la segmentacin
Ubicar tumores u otras patologas Medir volumen de tejidos Ciruga guiada por computador Diagnstico Estudio de estructuras anatmicas Planificacin de tratamientos
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Segmentacin
1. 2. Hay varias tcnicas / algoritmos para segmentacin de imgenes Deben ser combinadas con conocimiento del dominio de la aplicacin para ser efectivas Mtodos / tcnicas de segmentacin Mtodos de clustering Basados en histograma Mtodos de crecimiento de regiones Multi-escala Semi-automtica Redes neuronales
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Windowing
Proceso que usa las unidades de Houndsfield (HU) de densidad para construir una imagen Valores de densidad se mapean a 256 tonos de gris Alternativas: amplio rango de valores HU visin global de las estructuras que atenuan el haz de rayos X en grados variables Estrecho rango de valores HU centrado en valor promedio obtenemos imagen de estructura particular COMPRESIN POR CONTRASTE
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Escala de Hounsfield
Escala cuantitativa para describir radiodensidad Definicin Agua destilada a presin y temperatura estndar se define a 0 (cero) HU Aire STP 1000 HU Material x con coeficiente de atenuacin lineal ux
ux u H 2O u H 2O
*1000
Donde u H 2O es coef. de atenuacin lineal del agua para la misma energa
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Introduction to CT physics http://intl.elsevierhealth.com/e-books/pdf/940.pdf Lo ideal seria comprar este librito Transformada de Fourier http://en.wikipedia.org/wiki/Projection-slice_theorem Xiaochuan Pan, Tomographic Image Reconstruction, aapm meeting, 1999 http://www.aapm.org/meetings/99AM/pdf/2806-57576.pdf http://www.aapm.org/ Spiral CT: Single and Multiple Detector Systems - Michael McNitt-Gray , AAPM Refresher Course July 27,1999. X-Ray CT Systems http://www.aapm.org/meetings/99AM/pdf/2766-21646.pdf Fourier Transform http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2/fourier.htm The University of Edinburgh, School of Informatics Frequency Filter http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2/freqfilt.htm The University of Edinburgh, School of Informatics http://en.wikipedia.org/wiki/Coronal_plane
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Computacin Grfica 3D estndar

Variadas tcnicas matemtico / computacionales involucradas

Transformaciones (traslacin, escalamiento, rotacin, etc.)

Invencin escaners para CT

Primeros escaners para CT

Cmo se produce la imagen CT?

Voxel (generalizacin de pixel)

Transformada de Fourier (FT)

Anlisis de CT usando Transformada de Fourier

Transformada de Fourier en medicina

Transformada Discreta de Fourier (DFT)

Reconstruccin tomogrfica con Transformada de Radon

es la funcin delta de Dirac

La proyeccin inversa es una versin borrosa de la imagen original

Teorema del Slice con T. De Radon

Teorema Central del Slice

Algoritmo de proyeccin filtrada hacia atrs (FBP)

Aliasing (fenmeno fsico)

Two different sinusoids that fit the same set of samples

Teorema de muestreo de Nyquist-Shannon

Filtraje de imgenes en el Dominio de la Frecuencia

Se obtiene la imagen para este valor

Rendering de volumen: visualizacin de datos

Procesamiento digital de imgenes

Procesamiento digital de imgenes

Algunas tcnicas usadas en procesamiento digital de imgenes

Tcnicas para seleccionar y/o priorizar estructuras en visualizacin de datos

En general se usa el concepto de coherencia

Donde u H 2O es coef. de atenuacin lineal del agua para la misma energa

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