Genmica Comparativa

Paulina Leal Acosta A00756134

Jaime Maese Granados A00756785
Luis Hernndez Quiones A00758613
Alfredo Garca Ponce A00758424
Genmica Funcional
M. C. Silvia Lorena Montes Fonseca
Genmica comparativa
Estudia las semejanzas y
diferencias entre genomas de
diferentes organismos.

Es un intento de beneficiarse
de la informacin
proporcionada por las firmas
de la seleccin natural para
entender la funcin y los
procesos evolutivos que
actan sobre los genomas


Genmica comparativa

Aprovecha las
similitudes como las
diferencias en las
protenas, ARN, y
regiones reguladoras
de diferentes
organismos.

Genmica comparativa

Identificacin de los
mecanismos de la
evolucin del
genoma eucariota.

Genomas de procariotas
Las bacterias pueden
generar informacin
gentica nueva
mediante duplicacin
de genes, insercin
de elementos
genticos
transponibles y
transferencia
horizontal de genes.
Genomas de eucariotas
Una caracterstica de
los genomas
eucariontes es la
presencia de desiertos
gnicos, zonas del
genoma libres de
genes o secuencias
funcionales, que llegan
a representar el 25%
de la eucromatina
total.
Aplicaciones
Homologas de protenas
humanas con otros
organismos. 21% con otros
eucariontes y procariontes

Segmentos cromosmicos
conservados entre el ratn
y el hombre

Protenas asociadas a
cromatina y factores de
transcripcin conservados
en evolucin.

Aplicaciones


Premisa de la genmica
comparativa.
Es probable que los genes compartidos por organismos
alejados sean esenciales para la vida.
.
Comparando los conjuntos de genes compartidos por
organismos diferentes sera posible catalogar los
compartidos y desarrollar una lista de genes que se
consideraran indispensables para la vida.

Ejemplo
Los genes que pertenecen a familias multignicas
comparten secuencias de ADN similares pero no
idnticas como resultado de una mutacin en linaje con
un nico gen ancestral.


Comparative genomics provide insights into
evolution of Trichoderma nutrition style (Xie
et al., 2014)

Comparacin entre los genomas de Trichoderma reesei (Tr),
Trichodema longibrachiatum (Tl), Trichoderma atroviride (Ta) y
Trichoderma virens (Tv).
Tr y Tl saprtrofos
Ta y Tv micoparsitos

Nueva estrategia de nutricin:
Saprotrofa en biomasa de plantas.

Secuenciacin de Tl (Illumina Solexa)
Datos genmicos para anlisis comparativo DOE Joint
Genome Institute (JGI) Genome Portal
Gene prediction Fgnesh 2.6
Regiones sin modelos Fgnesh se compararon con los sets
de genes de los genomas de los tres Trichodermas con
BLASTX.
Los top hits se usaron para predecir modelos de genes
con la ayuda de Genewise.


Tl y Tr prdida de genes de micoparasitismo en un
ancestro en comn.
Tl y Tr celulasas y hemicelulasas optimizadas para
aumentar actividad o nivel de expresin.
Tv y Ta mayor nmero de proteasas, CAZimas y
quitinasas.

Desarrollo de cepas
mejoradas para
biocontrol y produccin
de
celulasas/hemicelulasas
rboles Filogenticos
De dnde viene una
especie?

Dimensin histrica

Comparacin de
caracteres
similares/homlogos en
organismos

rboles Filogenticos
Patrn histrico de
ascendencia

Estima la relacin entre
genes, infiriendo la
relacin histrica

Deteccin homologas y
homoplasias
rboles Filogenticos

Herramientas
UCSC Browser
Ensembl

Herramientas
VISTA
Herramientas
MapViewer
Herramientas
Phylogeny.fr

Referencias
http://www.vet.unicen.edu.ar/html/Areas/Mejora_genetica/D
ocumentos/2012/GENOMICA.pdf
http://www.uv.mx/personal/tcarmona/files/2010/08/Lewin-
1981.pdf
Passarge, Eberhard. Gentica Texto y Atlas, 2007; Editorial
Mdica Panamericana
http://genome.ucsc.edu/
http://www.ensembl.org
http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
Salemi, Marco. The Philogenetic Handbook, 2003. UK
Lecointre, Guillaume. The tree of life, a phylogenetic
classification, 2006. Paris