ENZYMOLOGIE

1. INTRODUCTION:
Partie de la biochimie qui tudie les proprits
structurales et fonctionnelles des enzymes ( la
relation structure - fonction) surtout la
description de la vitesse de catalyse
enzymatique.

Elle est applique au diagnostic mdical par les
dosages enzymatiques.
2 .DEFINITION:

Les enzymes sont des protines globulaires
produits par la cellule, capables de catalyser
des ractions biochimiques ( biocatalyseurs) =
augmentent les vitesses de raction en
diminuant lnergie libre dactivation
ENERGIE LIBRE
SANS CATALYSEUR
AVEC CATALYSEUR
PRODUIT
DEROULEMENT DE
REACTION
Leur action peut tre plus ou moins
spcifique

SPECIFICITE ETROITE : lenzyme
nagit que sur un substrat : la
glucokinase ne phosphoryle que
le glucose.

SPECIFICITE LARGE: elle intervient
sur un groupe de substrats ayant une
communaut de structure :
lhxokinase phosphoryle tous les
hexoses.
A lexception des hydrolases les enzymes
sont constitues de deux lments
une apoenzyme de nature protique
implique dans la reconnaissance du
substrat et sa liaison .
un coenzyme molcule organique de
petite taille de nature non protique .

le complexe fonctionnel apoenzyme-
coenzyme est appel holoenzyme et
sous cette forme que lenzyme acquiert
une spcificit pour son substrat.
Les enzymes se lient un ou plusieurs
ligands (substrat) et les transforment en
produits chimiques modifis, pour se retrouver
la fin de la raction (intacte) la raction se
droule e n solution aqueuse dans les
conditions de temprature et de PH bien
dfinies.
Lactivit catalytique dpend de lintgrit de
la conformation de la protine
enzymatique(structure primaire secondaire
et surtout tertiaire et quaternaire)
Les enzymes sont rgulables: certains
enzymes modifient leur activit catalytique en
rponse des signaux mtaboliques ce qui
permet lajustement de loffre mtabolique la
demande cellulaire.
3 .STRUCTURE DE LENZYME
1. Structure primaire: Enchainement
linaire des acides amins
2. Structure secondaire: relation dans
lespace des acides amins proche
dans la squence linaire(Hlice & et
Feuillet B pliss).
3. Structure tertiaire: volution vers une
structure en peloton (zone interne
hydrophobe ou se situe le site actif et
une zone priphrique polaire .
4. Structure quaternaire: structure
oligomrique(enzymes allostriques).

Lenroulement tridimensionnel
de lenzyme conditionne
totalement la fonction
biologique de la protine :
lintgrit de la structure
tertiaire est ncessaire la
mise en place du substrat
dans le site actif.
LE SITE ACTIF :
Est la rgion de lenzyme ou se fixe le
substrat et ou lieu la raction. Il joue un
double role: - site de fixation du
substrat.
- site catalytique.
il est localis au fond dune poche de la
zone hydrophobe interne de la proteine.la
liaison E-S seffectue par le biais des
liaisons non covalentes qui saccompagne
de la libration dnrgie qui est utilise
par lenzyme
pour catalyse les ractions
La majorit des AA du SA sont des rsidus
polaires(His, Ser, Cys, Lys, Asp, Glu) et
auront plusieurs fonctions:2entits
fonctionnelles
Site de spcificit:
1. AA Contributeurs: assurent le maintien
dune configuration spatiale particulire
du SA.
2. AA Auxiliaires: assurent la mobilit de
la zone de contact avec le substrat et en
mme temps une flexibilit de la
structure tertiaire qui sadapte au
substrat.
Site catalytique:
2AA au maximum 3: AA de contact:
liaison avec le substrat et catalyse.
La spcificit de lenzyme pour son
substrat est lune des caractristiques
de la catalyse enzymatique.
NATURE DES LI AISONS IMPLIQUEES
DANS LA CATALYSE:
Au cour de la catalyse une combinaison E-S
se fait par lintermdiaire des liaisons
chimiques:
1. Les liaisons qui participent la
reconnaissance du substrat par lenzyme
et la constitution de la combinaison E-
S(liaisons hydrognes, hydrophobes ,
forces de van der waals) LIAISONS
FAIBLES.
2. Les liaisons implique dans les
mcanismes catalytiques proprement dits
LIAISONS FORTES (ioniques, de
covalence, de coordinance, transfert de
charge).
4 . CLASSIFICATION:
Etablie par la commission des enzymes
de lunion internationale de biochimie
et de biologie molculaire
Elle est fonde sur les critres de
spcificit E.C.X.X.X.X.
(E.C : enzyme commission)

Le premier chiffre X signe
lappartenance lune des 6 classes
denzymes
Premier X Raction
catalyse
Exemple de
coenzyme
impliqu
X= 1
:Oxydorductase
(E.C.1.X.X.X.)
Oxydorduction
(Transfert
dlctrons)
NAD(P)+
X= 2 :Transfrases
(E.C.2.X.X.X.)
Transfert de
groupe
Phosphate de
pyridoxal
X= 3 :Hydrolases
(E.C.3.X.X.X.)
Hydrolyse Aucun
X= 4 :Lyases
(E.C.4.X.X.X.)
Addition de groupe
des atomes
engags dans des
doubles liaisons
Phosphate de
thiamine
X= 5 :Isomrases
(E.C.5.X.X.X.)
Isomrisation (de
position de groupe
ou de fonction)
Phosphate de
thiamine
X= 6 :Ligases
(E.C.6.X.X.X.)
Condensation de
deux molcules
ATP
Le second chiffre signe lappartenance
une sous classe.
La classe 1: la sous classe indique la
nature du donneur dlctron.
La classe 11: elle indique la nature du
groupement transfr.
La classe 111: elle indique la nature de la
liaison hydrolyse.
la classe 1V: la sous classe indique la
nature de la liaison coupe.
La classe V: elle indique le type
disomrisation
La classe V1: elle indique la nature de la
liaison cre.

Considrons le groupe1des
oxydorductases
Deuxime X
Lenzyme agit sur
X = 1 : E.C.1.1.X.X Le groupe CH-OH du donneur
dlctron
X = 2 :E.C.1.2.X.X La fct aldhyde ou ctone du
donneur dlctron
X = 3: E.C.1.3.X.X. Le groupe CH-CH du donneur
dlctron
X = 4 : E.C .1.4.X.X . Le groupe CH-NH2 du donneur
dlctron

Etc
X = 19 :E.C.1.19.X.X. La flavodoxine rduite
X = 97 : E.C.1.97.X.X. Autres oxydorductases
Le 3em chiffre signe lappartenance la
sous-sous classe
Considrons le groupe1.4 des
oxydorductases qui agissent sur le
groupe CH-NH2 du donneur dlectrons
: le 3em x permet un classement
supplmentaire en fonction de nature du
groupe accepteur dlectrons sur lequel
lenzyme agit .


Troisime x Laccepteur dletron
est :
X=1 :E.C.1.4.1.X. NAD+ ou NADP+
X=2 :E.C.1.4.2.X. Un cytochrome
X=3 E.C.1.4.3.X. L oxygne
X=4 E.C.1.4.4.X. Un groupe disulfure
X=7 E.C.1.4.7.X. Une protine fer-
soufre
X=99 E.C.1.4.99.X. Autres accepteurs
Remarque : il nya pas de classe EC.1.4.5X et E.C.1.4.6. X.
Considrons le groupe1.4. 1 des
oxydorductases qui utilisent le NAD+ou
le NADP+ comme accepteur d
lectrons: le quatrime X permet un
classement supplmentaire en fonction
du substrat sur lequel lenzyme agit
Lexemple de la Glutamate
dshydrognasses (E.C. 1.4.1.2
,E.C.1.4.1.3etE.C.1.4.1.4) met en
vidence la notion disoenzymes de la
mme enzyme :Les isoenzymes sont
qui ont mme proprit catalytique mais
qui diffrent par leur proprits physico-
chimiques( leur squence en acides ne
sont pas identiques)
Quatrime X Nom de lenzyme
X=1 : E.C.1.4.1.1.
Alanine dshydrognasses
X=2 :E.C.1.4.1.2.
Glutamate
dshydrognasses
X=3 :E.C.1.4.1.3
Glutamate
dshydrognasses
(NAD(P)+)

X=4 :E.C.1.4.1.4.
Glutamate
dshydrognasses
(NAD(P)+)
Etc.....
X=19 : E.C.1.4.1.19.
Tryptophane
dshydrognasses
X=20 : E.C.1.4.1.20.
Phnylalanine
dshydrognasses