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Biologia Molecular
Ano 2013/2014
Microarrays
Docente Luka Clarke
Ana Rita Janela n 43232
Microarrays
A scientific revolution made possible by
technological revolution Richard S. Schifreen
Tpicos
Uma breve histria
para
investigao
Figure 1 PubMed references found with keyword searches of the title and abstract fields. Red: (DNA microarray) or
(DNA chip) or (expression array). Green: (microarray or chip) and (sequencing or resequencing or genotype).
After 1996 the first search was modified by dropping the DNA in DNA microarray. Before 1996 the second
group in the second search was expanded with or genome to catch two early references. The expression
profiling application quickly became dominant.
Sondas
Alvos
Spots
Paralelismo
Miniaturizao
Multiplexing
Automatizao
Desenho do Array
Fabricao
Suporte
Impresso
Aplicao
Caractersticas
1)
2)
3)
4)
Oligonucltidos
cDNAs
Protenas
Tecidos
1) Industrializado
2) Personalizados
1) Densidade
de
integrao
1) Poroso/no
covalente
2) No
poroso/coval
ente
1) Produo
da sonda
1) Sequenciao
2) Verificao
de alteraes
na expresso
gentica
3) Quantificao
da expresso
gnica
Nome
1)
2)
3)
4)
Gene chips
cDNA array
Protein chip
Tissue chip
1) Cassettes
2) Arrayers
1) Baixa
Densidade
2) Alta
Densidade
1) Membranas
de nylon
2) Lminas de
silica
1) In situ
2) Depositada
s
1) Chips de
hibridizao
2) Chips de
sequenciao
3) Chips de
expresso
Tipos de Microarrays
Microarrays de DNA
Spotted
Microarrays de Protenas
Microarrays de Anticorpos
Oligonucletidos
Microarrays de Tecidos
Spotted Arrays
Sondas
cDNA microarrays (at 5000 bp)
Oligonucletidos longos (20 -100 bp)
Arrays comerciais:
So fabricados pela Agilent
Usam inkjet para depositar o cDNA ou os oligonucletidos
Arrays manufacturados medida:
Deposio atravs de robots
Pins depositam as sondas por aco de capilares
Tipos de Sondas
cDNA ou produtos de PCR
Sntese In Vitro
Microarray Spotter
Oligonucletidos
Sntese In Situ
InkJet Printing (Agilent)
Fotolitografia (Affymetrix)
Sntese Electroqumica (CombiMatrix)
Sondas de cDNA
Patrick Brown desenvolveu os primeiros
microarrays usando este tipo de sonda.
Sondas de Oligonucletidos
Desenvolvida por Stephen e colegas em 1991.
So sintetizadas directamente na lmina do microarray
Podem ser sintetizadas por vrios mtodos:
Fotolitografia
InkJet printing
Sntese Electroqumica
Bubble Jet
Fotolitografia
Patenteada pela Affymetrix.
Origina os GeneChip.
Tcnica de alta densidade.
Fotolitografia
A lmina est revestida com uma
superfcie fotossensvel fazendo uso
de grupos protectores sensveis luz
Manipulao da luz para direcionar
a sntese qumica das sondas
Sntese Electroqumica
Patenteada pela CombiMatrix
Produz os CombiSNP Array
Cada microeltrodo gera
selectivamente reagentes qumicos.
A sonda construida num chip
semiconductor atravs de um software.
Os spots tm 10-20 m de dimetro.
Sntese Electroqumica
um processo controlado por computador.
As reaces redox produzem ies e radicais.
Estes alcanam o Chip de DNA, e removem o
grupo protector da superfcie do chip.
InkJet Printing
Patenteada pela Agilent.
A densidade do array depende da
experiencia.
InkJet Printing
A lmina revestida por uma superfcie
hidrfoba, tendo terminais OH expostos.
So sintetizadas base a base atravs da
sntese qumica de fosforamidite.
Microarray de Oligonucletidos
Vantagens
Baixos custos
No necessita de equipamento especifico
Maior sensibilidade de deteco
Maior especificidade
Reproductibilidade
As sondas so sintetizadas directamente na
lmina no h necessidade de tratamento
prvio de amostras de DNA
No ocorre hibridizao cruzada
Desvantagens
Necessita de isolamento e purificao
prvias
Hibridizao cruzada (Cross-hybridization)
Comparao
Caracterizao do Transcriptoma
O transcriptoma o conjunto de todas as molculas de mRNA (ou
transcriptos) de uma clula dadascondies especificas.
possvel analisar a expresso dos genes numa dada condio fazendo
a anlise do transcriptoma.
Neste caso, as sondas so cpias de todos os genes da clula do
organismo em estudo.
Os alvos so as molculas de cDNA resultantes dos transcriptos.
Design Experimental
Design Experimental
Recursos Bioinformticas
Anlise, armazenamento e
processamento de
sequncias biolgicas em
grande escala
Organizao e manuseamento
das bases de dados biolgicas
Novas Tecnologias
Biologia Molecular
Grandes
quantidades de
informao para
processar
Modelao e simulao de
processos biolgicos
Resoluo de problemas de
Optimizao
Extrao de informao til a
partir das sequncias biolgicas
Bibliografia
http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/
http://www.bio.davidson.edu/genomics/chip/chip.html
http://grf.lshtm.ac.uk/microarrayoverview.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechMicroarray.shtml
http://www.nature.com/jid/journal/v133/n4/full/jid201364a.html
www.affymetrix.com
http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/
Heller, M.J. (2002) DNA Microarrays Techonology: Devices, Systems and Applications. Annu. Ver. Biomed. Eng. 4:129153
Brown, P.O, Botstein, D. (1999) Exploring the new world of the genome with DNA Microarrays; Nature
Ehrencreich, A. (2006) DNA Microarrays for the microbiologists: an overview; Appl. Microbiol Biotechnol; Vol: 73: 255273
Egeland, R.D., Southern E.M. (2005) Electrochemically directer synthesis of oligonucleotides for DNA microarray
fabrication; Nucleic Acids Research, Oxford Journals, Vol:33