Introducción A La Genética 2007-08 Tema7

7.
Ligamiento y recombinacin
Ligamiento y recombinacin. Acoplamiento y repulsin. Frecuencia de
sobrecruzamiento y fraccin de recombinacin. Estimacin del ligamiento y de la
fraccin de recombinacin. Problema de tres puntos. Nmero de grupos de
ligamiento. Ligamiento al sexo (segmento apareante). Parasexualidad en virus y
bacterias.
7. Ligamiento y recombinacin
Acoplamiento y repulsin.
A principios del siglo 20 Bateson y Punnet encontraron desviaciones
significativas de la segregacin 9:3:3:1, para ciertos caracteres en
guisante dulce
Color de las flores:
P (prpura) > p (rojo)
P
PPLL
ppll
Forma del polen:
L (alargado) > l (redondo)
Exceso de fenotipos doble dom

y doble rec= acoplamiento
PpLl
[PL]
[Pl]
[pL]
[pl]
Total
Observado
284
21
21
55
381
Esperado
(9:3:3:1)
215
71
71
24
381
Para comprender el fenmeno es mejor utilizar cruzamientos ms
simples. Morgan utilizo cruzamientos prueba en Drosophila
P
pr+pr+vg+vg+ x prprvgvg
F1
Color de ojos:
pr+ (rojo) > pr (prpura)
Desarrollo de alas: vg+ (normales) > vg (vestigiales)
pr+prvg+vg X prprvgvg
[pr+vg+] = 1339
[prvg] = 1195
[pr+vg] = 151
[prvg+] = 154
En otro cruzamiento con los mismos caracteres:
P
pr+pr+vgvg x prprvg+vg+
F1
[pr+vg+] = 157
[prvg] = 146
[pr+vg] = 965
[prvg+] = 1067
Frecuencia de sobrecruzamiento y fraccin de recombinacin. Estimacin del
ligamiento y de la fraccin de recombinacin.
Para explicar estos resultados Morgan supuso que los dos genes en
estudio estaban sobre un mismo cromosoma:
pr+
P
F1
vg
pr+
pr+pr+vgvg x prprvg+vg+
vg
pr+
vg
pr
vg+
pr
vg+
pr
vg+
[pr+vg+] = 157
[prvg] = 146
?
?
[pr+vg] = 965
pr+
vg
[prvg+] = 1067
pr
vg+
Atencin, se
muestran
cromosomas
sin replicar
Morgan supuso que

en algunas meiosis
se da el fenmeno
de sobrecruzamiento
entre los loci en
estudio:
pr+
F1
pr
pr+
Existen pruebas visibles del

sobrecruzamiento, los quiasmas
observados en meiosis
pr
vg
X
vg+
vg+
vg
Atencin, se
muestran
cromosomas
sin replicar
Dos genes situados, relativamente cerca, en el mismo

cromosoma no segregan independientemente, incumpliendo
as la segunda ley de Mendel. El dihbrido tiende a producir
mas gametos de dos de las clases y menos de las otras dos.
Este fenmeno se denomina LIGAMIENTO y los genes que lo
presentan GENES LIGADOS
Una vez comprobado el ligamiento, podemos escribir el
genotipo de un di-hbrido pr+prvg+vg como pr+vg+/prvg, en el
caso de acoplamiento, o pr+vg/prvg+, en el caso de repulsin
AB
AB
Parentales
ab
AaBb
Ab
Recombinantes
ab
aB
Cuando los genes no estn ligados, la recombinacin inter-cromosmica en

meiosis explica la aparicin de gametos parentales y recombinantes en
frecuencias iguales
Cuando los genes estn ligados, la recombinacin intra-cromosmica en
meiosis es el nico fenmeno que permite la aparicin de gametos
recombinantes
Considerando todas las meiosis posibles en un caso de ligamiento:

1-x meiosis sin
sobrecruzamiento
entre Aa y Bb
Frecuencia de
sobrecruzamiento
x meiosis con
sobrecruzamiento
entre Aa y Bb
Todos los
gametos
producidos son
de tipo
parental
x/2 es la
proporcin de
gametos
recombinantes
Llamaremos p (lgicamente = x/2) a la fraccin de recombinacin
El clculo de p es sencillo. p= n de gametos recombinantes/total de gametos.
La fraccin de gametos parentales es 1-p
Lo que no es sencillo es contar gametos, salvo en un cruzamiento prueba
P
AAbb x aaBB
F1
Ab/aB
ab/ab
1 ab
(1-p) Ab
(1-p) [Ab]
(1-p) aB
(1-p) [aB]
p AB
p [AB]
p ab
p [ab]
En caso de no ligamiento, caso Mendeliano,

p vale 0.5, hay de cada tipo de gameto,
los genes no estn ligados (sea cual sea su
posicin cromosmica)
En el extremo contrario, si dos genes estan
en el mismo cromosoma y nunca se produce
sobrecruzamiento entre ellos no apareceran
gametos recombinantes. p=0, es el
ligamiento absoluto
El ligamiento absoluto fue descubierto por Bridges en Drosophila
P
F1
F1
[pr+vg+] = 1339
[pr+vg+] = 519
[prvg] = 1195
[prvg] = 552
[pr+vg] = 151
[pr+vg] = 0
[prvg+] = 154
[prvg+] = 0
Luego se ha comprobado que el macho de Drosophila es aquiasmtico.

Produce gametos recombinates?
Se ha podido comprobar que p es un valor propio de cada par de genes
La probabilidad de sobrecruzamiento determina la distancia gentica (
de distancia fsica), se mide en unidades de recombinacin o cM (=
px100)
La probabilidad de que se produzca un sobrecruzamiento es
aproximadamente homognea a lo largo de los cromosomas
Las distancias genticas son aproximadamente aditivas, es posible
construir mapas genticos (Sturtevant construy el primero en 1911)
pAB =0.2
pAC =0.1
pBC =0.3
20 cM
10 cM
B
C
A
20 cM
30 cM
10 cM
30cM
En ocasiones es difcil determinar si dos genes estn ligados o no,
siempre es posible calcular p, pero este clculo no tiene sentido cuando
dos genes no estn ligados
P
AAbb x aaBB
p=110+115 / 110+115+140+135= 0.45

F1
Ab/aB
ab/ab
Ab
140
aB
135
AB
110
ab
115
Es ste un caso de ligamiento?

La desviacin observada entre 0.45 y
0.5 (caso de no ligamiento), es
estadsticamente significativa?
La prueba estadstica de 2 tiene en cuenta el nmero de individuos que
hemos contado y el nmero de clases en las que se distribuyen, a
continuacin nos indica el nivel de confianza con el que podemos afirmar
que una distribucin observada refleja una distribucin terica
Test de 2 :
1. Determinar cual es la distribucin terica a la que queremos ver si se
ajusta la distribucin observada (hipteis nula).
En el problema que estamos tratando aqu h0= 1/4:1/4:1/4:1/4
2. Determinar el nmero de grados de libertad del problema (= nmero
de clases -1). en nuestro problema 4 -1=3
(Oi-Ei)2
2
3. Calcular el valor de 2 con la frmula
Ei
i=1-n
4. Estimar el valor P, probabilidad de obtener una desviacin igual
o superior a la observada suponiendo que la hiptesis nula es
cierta
5. En nuestro problema
2=
i=1-n
(Oi-Ei)2
Ei
= (140-125)2/125+(135-125)2/125+
+(110-125)2/125+(115-125)2/125=5.2
Con este valor buscamos en la tabla de X2 la probabilidad de

obtener un resultado experimental como el obtenido asumiendo
que la hiptesis nula es correcta
Probabilidad
5.2
La probabilidad de obtener una desviacin igual o mayor que la

observada en este experimento, asumiendo que la hiptesis nula es
cierta, se sita entre 0.2 y 0.1, por tanto >0.05. La hiptesis nula debe
ser aceptada
Problema n 9 del cuadernillo de Ligamiento y Recombinacin:
Bridges y Morgan realizaron numerosos cruzamientos en Drosophila
melanogaster entre ellos y en cierto experimento cruzaron machos de
patas dachs por hembras de cuerpo black. En la F2 obtuvieron 186
individuos salvajes, 73 dachs, 93 black y ninguno con ambos caracteres.
Qu se deduce de los resultados obtenidos?. Razona la respuesta.
P ddb+b+ x d+d+bb
F1
db+/d+b X
db+/d+b
Esperados sin ligamiento

[++]
186
9/16 [++]
198
[d+]
73
3/16 [d+]
66
[+b]
93
3/16 [+b]
66
[db]
1/16 [db]
22
En este caso el nmero de grados de libertad es 4-1=3
La hiptesis nula es 9:3:3:1
La prueba de X2, que llamaremos total, ser;
2=
i=1-n
(Oi-Ei)2
Ei
= (186-198)2/198+(73-66)2/66+(9366)2/66+(0-22)2/22=34.47
La probabilidad de obtener una desviacin igual o mayor que la

observada en este experimento, asumiendo que la hiptesis nula es
cierta, es P<<<0.05. La desviacin es significativa. La hiptesis nula
debe ser rechazada
Hasta este momento hemos demostrado que la segregacin observada
no es un caso de segregacin 9:3:3:1
Significa esto que estamos ante un caso de ligamiento?
La segregacin fenotpica observada en F2 es el resultado de la
combinacin de dos segregaciones 3:1, combinacin independiente en
el caso de no ligamiento y no independiente en el caso de ligamiento
Pero, y si una de las segregaciones, o las dos, no fuera 3:1?
Podemos comprobar esto utilizando de nuevo el test de X2. Son las
pruebas de X2 parciales.
1. Gen dasch, la hiptesis nula ser 3:1 y el n de grados de libertad 21=1
(Oi-Ei)2
2
= (279-264)2/264+(73-88)2/88=3.4
Ei
i=1-n
P>0.05. Desviacin no significativa. La hiptesis nula debe ser aceptada
2. Gen black, la hiptesis nula ser 3:1 y el n de grados de libertad 2-1=1
2=
i=1-n
(Oi-Ei)2
Ei
= (259-264)2/264+(93-88)2/88=0.38
P>0.05. Desviacin no significativa. La hiptesis nula debe ser aceptada

Por tanto tenemos que dos segregaciones 3:1 no se han combinado
independientemente para dar lugar a una segregacin 9:3:3:1. Todo parece
indicar que debido al ligamiento.
Podemos obtener apoyo estadstico para esta afirmacin?
Las pruebas de X2 son aditivas, una prueba de 3 grados de libertad se
puede descomponer en a suma de tres de un grado de libertad cada una.
La desviacin detectada por la X2 total se debe a la desviacin de cada
parcial y a la desviacin de la combinacin de ambas. Esta desviacin en la
combinacin es la que finalmente mide el ligamiento
Definimos la X2 de ligamiento como:
X2L= X2T - X2gen1 - X2gen2
En nuestro caso:
X2L=34.47-3.4-0.38=30.69
Para 1 grado de libertad esto equivale a P<0.05, desviacin significativa,
continuamos rechazando la hiptesis nula (9:3:3:1). Los genes estn
ligados
Realmente lo que hemos hecho es sustraer del

error total los errores debidos a la segregacin
de cada gen por separado. El resultado indica que
el error residual sigue siendo significativo
Problema de tres puntos
En el estudio del ligamiento, conviene introducir una complicacin
adicional y considerar el caso de tres genes ligados.
La resolucin de este problema ilustra una dificultad importante en el
clculo de distancias genticas
Consideremos el siguiente cruzamiento en Drosophila:
P v+v+cvcvctct X vvcv+cv+ct+ct+
F1 v+cvct /vcv+ct+
Problema de tres puntos
Para analizar el ligamiento realizamos un cruzamiento prueba
v+cvct /vcv+ct+ X vcvct /vcvct
[v+cvct]
[vcv+ct+]
[vcvct+]
[v+cv+ct]
[vcvct]
[v+cv+ct+]
[vcv+ct]
[v+cvct+]
592
580
45
40
89
94
3
5
La segregacin esperada, caso de

no ligamiento, sera 1/8:1/8: 1/8:1/8
Parece un caso claro de ligamiento,
podemos
construir
un
mapa
gentico calculando las distancias
entre los genes tomados de dos en
dos
[v+cvct]
[vcv+ct+]
[vcvct+]
[v+cv+ct]
[vcvct]
[v+cv+ct+]
[vcv+ct]
[v+cvct+]
592
580
45
40
89
94
3
5
pv-cv=45+40+89+94/1448=0.185
pv-ct=89+94+3+5/1448=0.132
pcv-ct=45+40+3+5=0.064
Con esta informacin podemos construir el siguiente mapa:

v+,v
ct+,ct
13.2 cM
18.5 cM
cv+,cv
6.4 cM
[v+cvct]
[vcv+ct+]
[vcvct+]
[v+cv+ct]
[vcvct]
[v+cv+ct+]
[vcv+ct]
[v+cvct+]
592
580
45
40
89
94
3
5
v+,v
ct+,ct
13.2 cM
cv+,cv
6.4 cM
18.5 cM
El orden de los genes no es el dado en el problema

El mapa podra dibujarse invertido
13.2+6.4=19.618.5, por qu se ha subestimado la distancia?
Explicar de que tipo de meiosis ha salido cada gameto parental o
recombinante (usar smbolos a, b, c)
Es evidente que la clase de los dobles recombinantes no se ha
contado al calcular la distancia v-cv. Y debera haberse contado dos
veces!
En ese caso, podramos recalcular pv-cv:
pv-cv=45+40+89+94+(2x3)+(2x5)/1448=0.196
Y el mapa quedara:
v+,v
ct+,ct
13.2 cM
cv+,cv
6.4 cM
19.6 cM
Las distancias genticas que estimamos no son precisas cuando la

probabilidad de ocurrencia de dobles sobrecruzamientos, que no
podemos detectar, es significativa
En otras palabras, la precisin del mapa es mayor cuando los genes
que se estn analizando estn ms prximos
Los mejores mapas son aquellos que tienen muchos marcadores muy
prximos entre si.
Dos consecuencias adicionales de lo anterior:
En un problema de tres puntos es posible, an antes de realizar ningn
clculo, determinar cual es el gen que ocupa el locus central. Basta
comparar los gametos parentales con los menos frecuentes (que
necesariamente provienen de doble sobrecruzamiento).
El fenmeno de la subestimacin de las distancias genticas NO esta
relacionado con el fenmeno de interferencia, interesante desde un
punto de vista terico pero sin relacin con lo que nos ocupa aqu.
Mapas genticos:
Una de las aplicaciones ms importantes del anlisis
gentico es la construccin de mapas en los que los genes (y
en general cualquier tipo de marcador) aparecen ordenados y
separados por distancias genticas. El proceso de
construccin de un mapa implica:
1. Establecimiento de lneas puras y produccin de una
poblacin de mapa (F2)
2. Anotacin del genotipo de cada individuo para cada
uno de los marcadores que se van a emplear en el
mapa
Individuo
F21
F22
F23
F24
F25
A,a
B,b
....
BB
Bb
Bb
Bb
Enfermedad
/no En.
No E E
No E No E E
No E No E
D,d
Dd
DD
Dd
carcter
Dd
Dd
F299
F21000
bb
BB
bb
dd
......
......
Dd
3. Anlisis del ligamiento de dos en dos y luego de tres en

tres (va ordenador)
4. Integracin en un mapa
5. La
unin
secuencial
de
marcadores
al
mapa
va
produciendo
grupos
de
ligamiento
6. En un mapa saturado (un gran
nmero
de
marcadores
separados entre si por pocos
cM, cubriendo todo el genoma)
el nmero de grupos de
ligamiento es igual al nmero de
cromosomas de la especie.
7. Para qu un mapa si hay un
proyecto genoma?
Algodn
Ligamiento al sexo (segmento apareante).
El estudio de este fenmeno se realizar mediante la resolucin de uno
de los problemas del cuaderno de ligamiento y recombinacin.
Parasexualidad en virus y bacterias.
El anlisis gentico no se limita a organismos con meiosis (diploides)
como los estudiados a lo largo de este curso.
Es posible realizar anlisis gentico en organismos como virus o
bacterias. De hecho, en los comienzos de la biologa molecular
algunos conceptos clave sobre la funcin del gen fueron descubiertos
mediante estudios genticos en E. coli y sus bacterifagos.
En general estos estudios pasan por la obtencin de algn tipo de
cigoto y el anlisis de los productos resultantes de esta estructura
transitoria.
Bacterifagos:
El ciclo de infeccin de un bacterifago (T4)
Reconocimiento
Inyeccin del DNA
Periodo latente, el genoma viral

toma el control y el metabolismo
bacteriano se desva hacia la
elaboracin de componentes virales
Empaquetamiento
y lisis
El manejo de bacterifagos requiere trabajar con calvas de lisis en
tapices bacterianos.
Enseguida se observo que era posible identificar fenotipos asociados a
distintas estirpes de bacterifagos, como la morfologa de las calvas y
la especificidad del hospedador
Si dos bacterifagos infectan la misma bacteria es posible que se
produzca recombinacin entre los genomas virales.
Hershey y Rotman realizaron el siguiente experimento en el fago T2
(1949):
h+ (especfico de E. coli cepa B), h (infecta tambin E. coli cepa B-2)
r+ (lisis lenta), r (lisis rpida)
hr+ X h+r
[hr+] 42
[h+r] 34
fr = 24/100 = 0.24
[h+r+] 12
[hr]
12
Hacia 1950, Benzer utilizo el tremendo poder de resolucin del anlisis

gentico en fagos (poda medir fr de 10-8) para detectar recombinacin
intragnica en T4 (locus rII)
En la recombinacin intragnica, es posible la complementacin entre
dos alelos mutantes de un gen:
Segn el test de alelismo es imposible que el cruzamiento de dos
individuos mutantes a1a1 X a2a2 de lugar a un individuo de fenotipo
silvestre (a1a2 = mutante).
Lo que Benzer observo es recombinacin entre dos versiones mutantes
de un gen, para dar lugar a un gen funcional.
*
*
Fago con una mutacin puntual en un gen

Fago con una mutacin puntual distinta
en el mismo gen
Evento (extremadamente improbable) de
recombinacin intragnica
Bacterifago con una versin silvestre del

gen
Los experimentos de Benzer permitieron interpretar los resultados del anlisis
gentico a la luz de los conocimientos sobre la naturaleza molecular del gen
En bacterias, el anlisis gentico implica la obtencin de un merocigoto,
un individuo portador del genoma bacteriano (circular) y un fragmento
lineal de un genoma donante
La informacin contenida en el fragmento lineal se pierde si no se integra
por recombinacin en el genoma husped
El tipo de caracteres analizados incluye resistencias a antibiticos y
auxotrofas.
b+
b-
cc+
DNA donante, con

variacin gentica
Doble sobrecruzamiento
a
Individuo recombinante
b+
c+
Estudiaremos dos de los mtodos de obtencin de merocigotos,
transformacin gentica y conjugacin.
El descubrimiento de la transformacin bacteriana est en el origen del
descubrimiento del DNA como material hereditario. El mtodo consiste en
tratar las bacterias con DNA, stas tienen la propiedad (facilitada por
tratamientos qumicos, electroporacin...) de captar DNA del ambiente e
incorporarlo al genoma por recombinacin.
El DNA transformante puede ser un plsmido con capacidad replicativa,
en ese caso no es necesaria la integracin en el genoma. Esto no permite
realizar anlisis gentico pero resulta de gran utilidad en ingeniera
gentica
La conjugacin, el factor F.
La conjugacin es un mecanismo comn de
transferencia gnica en bacterias.
En E. coli, se descubri un plsmido, el factor F (de
fertilidad) capaz de replicarse y pasar a clulas F-,
transformndolas en F+.
Ocasionalmente, el factor F puede integrarse en el
genoma bacteriano, dando lugar a una cepa Hfr (alta
frecuencia de recombinacin).
La transferencia de F desde cepas Hfr a cepas Fimplica transferencia de DNA bacteriano (distinto al
factor F), de hecho F es el ltimo DNA que entrara en
la cepa receptora
El proceso de transferencia completo (unos
4400 genes) llevara unos 100 minutos,
normalmente se interrumpe antes de
completarse.
La presencia de marcadores en las cepas
Hfr y F- permite monitorizar el proceso de
entrada de genes.
Es necesario que se de recombinacin para que
los genes que han entrado se incorporen de
forma estable en el genoma receptor, es posible
medir la frecuencia de sobrecruzamiento y
estimar as distancias genticas.
La cepa receptora continuar siendo F- salvo
que se haya completado la transferencia del
cromosoma bacteriano.
La insercin de F en el genoma bacteriano, para dar una cepa Hfr, se
produce al azar.
Cada cepa Hfr transmite los genes bacterianos en un orden determinado
(que depende de la posicin de F en el genoma).
Cuando se examinan los resultantes de la conjugacin con una cepa
determinada Hfr, se observa un gradiente en la frecuencia de transferencia
de los genes, que refleja su distancia relativa respecto del origen de
transferencia en esa cepa particular.
La conjugacin puede ser interrumpida experimentalmente (con una
batidora) para monitorizar que genes han entrado en el receptor en un
tiempo determinado, a partir de una Hfr concreta. En este caso no es
necesario preocuparse de los eventos de sobrecruzamiento que,
necesariamente, se han producido para dar lugar a la integracin de cada
marcador.
Los experimentos de conjugacin interrumpida permitieron construir el
primer mapa gentico de E.coli, un mapa en el que los genes no estan
separados por unidades de recombinacin sino por minutos.

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7.

Forma del polen:

L (alargado) > l (redondo)

Exceso de fenotipos doble dom

Morgan supuso que

Existen pruebas visibles del

Dos genes situados, relativamente cerca, en el mismo

Cuando los genes no estn ligados, la recombinacin inter-cromosmica en

Considerando todas las meiosis posibles en un caso de ligamiento:

En caso de no ligamiento, caso Mendeliano,

Luego se ha comprobado que el macho de Drosophila es aquiasmtico.

p=110+115 / 110+115+140+135= 0.45

Es ste un caso de ligamiento?

Con este valor buscamos en la tabla de X2 la probabilidad de

La probabilidad de obtener una desviacin igual o mayor que la

Esperados sin ligamiento

La probabilidad de obtener una desviacin igual o mayor que la

P>0.05. Desviacin no significativa. La hiptesis nula debe ser aceptada

P>0.05. Desviacin no significativa. La hiptesis nula debe ser aceptada

Realmente lo que hemos hecho es sustraer del

La segregacin esperada, caso de

Con esta informacin podemos construir el siguiente mapa:

El orden de los genes no es el dado en el problema

Las distancias genticas que estimamos no son precisas cuando la

3. Anlisis del ligamiento de dos en dos y luego de tres en

Inyeccin del DNA

Periodo latente, el genoma viral

Hacia 1950, Benzer utilizo el tremendo poder de resolucin del anlisis

Fago con una mutacin puntual en un gen

Bacterifago con una versin silvestre del

DNA donante, con

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