Datacin filogentica de la familia de la papaya y sus cultivos

ms relacionados revelando su historia biogeogrfica

MATERIAL DE ESTUDIO
-Se evaluaron las 34 especies
reconocidas en la ltima revisin de
Caricaceae.
Se excluy Vasconcellea heilbornii, un
hbrido estril entre V. cundinamarcensis,
V. stipulata y V. werbauueri.
7 de 13 sp. de Moringaceae fueron
elegidos como grupos extremos.

PROCEDIMIENTO REALIZADO
La extraccin se realiz de tejido de hojas.
De 1 a 23 mg . Raramente de hojas secas
en herbarios.
Kit de extraccin NucleoSpin, MachereyNagel, Dren, Germany)
PCR realizado con protocolo estndar,
usando Taq DNA polymerase y 22 primers
diferentes (psbA-trnH, etc.)

 Productos de PCR fueron purificados con

ExoSap clean-up kit.
La secuenciacin se confi en Big Dye
Terminator kits y secuenciador automatizado
ABI 3130.
Se secuenciaron en total 228 secuencias
cloroplastidiale(trnLtrnF,
rpl20rps12,
psbAtrnH intergenic spacers, matK and
rbcL genes)s y 35 nucleares (ITS1 y ITS2).

 Las nuevas secuencias fueron buscadas y luego

subidas a BLAST , y fueron alineadas usando
MAFFT vs. 6 con parmetros por defecto(
http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/).
La estrategia de alineamiento mltiple Q-INS-i fue
elegido para secuencias ITS, ya que considera la
estructura secundaria y se recomienda para
alineaciones de muy divergentes ncRNAs
Errores menores de alineamiento fueron
ajustados manualmente MacClade vs 4,06.
Los alineamientos fueron exportados al servidor
de corrida Gblocks vs. 0.91b con las opciones
menos estrictas seleccionadas.

ANLISIS FILOGENTICO
La base de datos cloroplstico y nuclear se combinaron,
produciendo una matriz de 4711 caracteres alineados.
Arboles filogenticos fueron estimados con anlisis de mxima
verosimilitud (Maximum likelihood ML) en RAxML GUI vs. 0.93, y
optimizacin bayesiana en BEAST vs 1.6.1.
Anlisis ML en modelo GTR+C con 6 rangos de categora,
modelos independientes para cada particin y parmetros
estimados por duracin de corrida especfica.
Anlisis estadstico apoyado tambin por mtodo bootstraping
,bajo 100 repeticiones.
Anlisis Beast basado enuncorrelated lognormal relaxed clock, el
modelo de sustitucin GTR + con 4 categoras y un rbol de
Yule.

 Monte Carlo Markoc chains(MCMC) fueron corridas por 10

millones de generaciones, con parmetros de muestreo
cada 1000 generaciones.
Los archivos Log fueron analizados por Tracer vs. 1.5 para
evaluar la convergencia y confirmar que el tamao de
muestra efectiva era mayor a 200, lo que indica que las
cademas MCMC corrieron lo suficiente para llegar a la
estacionalidad.
Despus se descartaron 10% de los rboles guardados
como burn-in. Y un mximo de credibilidad en los rboles
restantes se produjo utilizando TreeAnnotator(part of the
BEAST package) y FigTree vs. 1.3.1 (http://tree.bio.ed.ac.uk
).
Se recurri a una segunda calibracin del reloj molecular,
estimando el ao del nodo Caricaceae/Moringaceae en la
media de 65 Ma y una desviacin estndar de 2 Ma.

 Dos alineaciones de 26 accesiones de plantas

se utilizaron para la datacin, uno que consiste
genes plastidiales matK y rbcL (lento), que
exhiben bajas tasas de sustitucin de
nucletidos; el otro consiste en seis
marcadores (rpida).La datacin se realizo
utilizando BEAST con modelos de no
correlacin de reloj relajado para los
marcadores rpidos y estricto para los
lentos.

Anlisis biogeogrficos
Las rangos de especies fueron asignados a una de las
tres regiones: (1) frica; (2) Amrica del Sur, incluyendo al
sur de Panam, y (3) Amrica central ,de Costa Rica a
Mxico.
rea de reconstruccin Ancestral (AAR) se bas en el
enfoque ML de dispersalextinction-cladognesis (DEC)
implementado en LAGRANGE.
Usando una herramienta en lnea (http: //www.reelab.net /
lagrange / configurador / index), con el nmero mximo de
reas ancestrales limitados a dos. Sin restricciones de
dispersin definidas fueron generados Phyton input
scripts.

Resultados: