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Microarreglos de expresin
RNA

Equipo 3
Mara Fernanda Cervantes Daz A00343597
Karina Vargas Barn A01215233
Silvia Juliet Gallegos Bueno A00368306
Rosa Jarumy Lpez Rivera A01224241

+
Introduccin

De acuerdo con el proyecto Genoma Humano, se sabe

que nuestra secuencia gentica es 99.9% idntica en
todos los humanos.

Un mismo gen puede trabajar de manera correcta para

una persona o puede verse afectado por mutaciones o
influencias ambientales las cuales hacen que los genes
se expresen de manera diferente o no lo hagan.

Los estudios de la expresin de los genes se realizan

midiendo la cantidad de mRNA producidas por un gen.
Para poder llevar a cabo esto, se utiliza como
herramienta los microarrays de expresin.

Al comparar la expresin de un gen con el de una

persona sana, los microarrays ayudan a encontrar que
genes son los que estn fabricando poco o demasiado
RNA en la persona enferma. Es as como se puede
asociar una enfermedad con un gen o un grupo de
genes para despus desarrollar tratamiento o pruebas
para detectar la enfermedad.

+Historia

Protocolos de marcaje flourescente.

Instrumentacin sofisticada. Permita comparar dos
muestras diferentes en el mismo array

1990

Patrick Brown, MD, PhD, profesor de bioqumica

(co-inventor Dari Shalon, PhD, investor in Shalon
Ventures) Laboratorios de Stanford.

1995

1995

Schena et al. desarroll un sistema de alta

capacidad para controlar la expresin de 45 genes de
Arabidopsis en paraleleo mediante la deteccin de
cDNA en portaobjetos por impresin robtica de alta
velocidad.
El formato miniaturizado de alta densidad permite el uso de
volmenes ms pequeos de hibridacin lo que mejor la
sensibilidad del ensayo y habilit la deteccin de trascritos
raros derivados de 3ug de mRNA

1996 Schena et al. Mejora la sensibilidad a travs de los

filtros de colonias y mtodos de sondas marcadas
radiactivamente que podran cuantificar los niveles de
expresin de transcripciones presentes en abundancia
0,005% de la muestra
Comercializacin de arrays por Affymetrix.

2003 prcticas clnicas

2004 todo el genoma humano en un microarreglo

Mark Schena

+
Microarreglos de mRNA

Usan la propiedad de atraccin de los pares de bases

(Hibridacin) para identificar cuales secuencias de
RNA se encuentran presentes en una muestra y su
medida de expresin.

+
Sondas

El primer paso es fijar las sondas (probes), cadenas

cortas de cDNA, en la superficie de cristal del
microarray. Estas sondas son de 25 pb y se
comprueban que no estn presentes en otro gen.

Los chips de Affymetrix: toman

11 cadenas cortas pertenecientes
al mismo gen. Esto para asegurar
que se mide el gen correcto.

+
Sondas

Buscan un alineamiento perfecto con el RNA que se trata

detectar. Por cada una de las sondas, se coloca una
modificada (mismatch), en la cual la base central se
modifica para que no haya un alineamiento total con el
gen objetivo.

Esto se hace con el objetivo de que si el RNA se adhiere al

la sonda modificada, es posible que la medida no sea
fiable. Solamente si se adhiere a la sonda objetivo se
puede decir que el gen se est expresando realmente.

Para cada gen, en total hay 22 sondas

diferentes para as asegurarse que se detecta
el RNA correcto.

Cada uno de los cuadros del microarray contiene un

nico tipo de sonda.

Extraccin de RNA y su preparacin

Despus de diseas las sondas, se extrae el RNA de

una muestra (saliva, sangre). Luego se generan miles
de copias de este RNA, para que sea ms fcil su
deteccin sobre el array.

Se le unen molculas de biotina a cada cadena. stas

actan como pegamento molecular para las molculas
fluorescentes que luego se lavarn sobre el array.

Cuando se pase un scanner lser sobre el array, las

molculas brillarn, es as como se muestra donde se
fijaron las muestras de RNA sobre las sondas de DNA.

+
Lavado de la muestra

Las muestras del RNA se lavan sobre el array por

periodo de 14 16 horas.

Algunas de las molculas de RNA encontrarn a su

complementaria y habr un alineamiento perfecto, la
muestra se pegar a la sonda.

Despus de que el RNA se una a

las sondas, se debe de eliminar
el RNA que no lo hizo.

Para poder saber la cantidad de

RNA que se uni a las sondas,
se utiliza un tinte fluorescente
que se pega a la biotina para as
poderlo ver en la obscuridad.

+
Gen Expresado

Si el gen es altamente
expresado, muchas molculas
de RNA se pegarn a las
sondas y brillarn de manera
intensa.

Si se expresa en un nivel
inferior, se pegarn en menor
cantidad a la sonda y por lo
consiguiente sern menos
brillantes.

+
Ejemplo de expresin
simultnea de genes

+
Microarrays de un color

Expresin absoluta

*Afymetrix
(fotolitografa)
-Probe/25 bases
-Probe cell/40*107
-Probe pairs
-Probe set/11-20
probes pairs

+
Microarrays de dos colores

Expresin relativa

+
Comparacin de expresin

Dos muestras (Enfermos y sanos) Mapas de color

Rojo : El gen esta ms expresado en el tejido patgeno

que en el sano

Verde: El gen esta expresado en el tejido ms sano.

Amarillo: El gen esta expresado en la misma proporcin

en ambos tejidos

+
Video

http://www.youtube.com/watch?v=VNsThMNjKhM

Equipo

+
Aplicaciones

Perfiles de expresin

Actividad transcripcional

Comparacin de niveles de ARNm en distintas condiciones

Cambios ambientales

Respuesta
transcripcional
Global

Fenotipo
molecular

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Estudios de patogenicidad

Clasificacin de tumores en
clases

Interacciones entre rutas

metablicas.

Fases de desarrollo

clustering

Rutas de regulacin de
infeccin.

comportamientos
clnicos terapias

Farmacogenmica

Modo de accin de
frmacos, inhibidores o
compuestos txicos

Cambios en el perfil de
expresin celular

Nuevas dianas
teraputicas

Terapias individualizadas

xito de los tratamientos

segn el perfil del
paciente

+
Bibliografa

Villardn, Jos Luis. Medida de la expresin de genes mediante

microarreglos. Universidad de salamanca.

Descubrimiento y seleccin de herbicidas. (n.d.).Plant and Soil

Sciences eLibrary. Retrieved April 18, 2013, from
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Universidad de Salamanca. (n.d.).Grupo de Estadstica Aplicada.

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Aguado, Mnica. Microarrays en microbiologa. Facultad de

veterinaria UCM

Microarrays y Biochips de ADN. Informe de vigilancia Tecnolgica.

Genoma Espaa. Obtenido el 17 de Abril del 2013 de
http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/BIOTUTOR /Microarrays.pdf