Sunteți pe pagina 1din 81

Variabilitatea genetica

1.

Recombinarea genetica

2.

Variatia (diversitatea) genetica

DEFINITIE: variabilitatea
este

(1) tendinta caracteristicilor genetice


individuale de a fi diferite la nivel
populational

(2) potentialul unui genotip de a se


modifica, atunci cand este supus actiunii
unor factori de mediu sau genetici

Definitie

Variabilitatea genetica variatia genetica


(sau diversitatea genetica).

Daca variabilitatea descrie masura in care


un genotip sau fenotip (caracter) tinde sa
fie diferit (sa varieze), variatia genetica
masoara numarul efectiv de modificari la
nivelul populatiilor.

Desi deseori folosite ca sinonime cele


doua notiuni difera.

DEFINITIE

Variatia genetica a unei populatii este


masurata prin gradul de polimorfism,
respectiv heterozigozitate

Variatia se refera la actualele diferente


prezente la indivizii unei populatii sau
grup studiat si poate fi direct observata ca
o colectie de trasaturi/caracteristice.

DEFINITIE

Variabilitatea descrie potentialul sau


capacitatea de a varia, de a fi diferit.

Comparativ cu variatia, variabilitatea


genetica este mai dificil de masurat.

La nivel molecular, de ex. variabilitatea genetica poate fi


estimata prin determinarea ratei mutatiilor.

Termenul VG poate fi utilizat pentru:

Definitie

1. Observarea, descrierea, analiza


diferentelor dintre genotipurile (Gt)
individuale(si implicit a
fenotipurilor/ caracterelor) dintr-o
populatie si

Definirea conceptului

2. Evidentierea ratei (gradului) la

de variabilitate

care un anumit genotip se poate

genetica (VG)

schimba, ca raspuns la actiunea

presupune

unor factori de mediu sau genetici.

intelegerea
urmatoarelor doua
specificari:

Simplificand, variabilitatea studiaza


genotipurile la nivel de indivizi si populatii, iar
variatia studiaza genotipurile din interiorul

Semnificatia
VG

Cu cat VG este mai


mare, cu atat este mai
apta populatia sa se
adapteze la
modificarile mediului,
deci sa reziste la boli,
modificari ale climei,
specii competitoare,
etc.

Metodele de masurare a VG
3. Experimente de SELECTIE

1. POLIALELISMUL sporeste VG
2. Determinarea RATEI
MUTATIILOR indica in ce masura
(cat de repede /incet) se adapteza
un anumit genotip la stimulii

genetici sau din mediu.


O rata inalta a mutatiilor indica
faptul ca gena ar trebui sa fie
capabila sa raspunda rapid noilor
conditii, ceea ce este specific unei
VG mari.

ARTIFICIALA (raspunsul Gt la
modificarile artificiale ale
mediului)

Surse de
variabilitate

Pentru ca selectia naturala sa poata actiona in


cadrul unei populatii, este nevoie ca indivizii ce o
alcatuiesc sa fie diferiti.

Variabilitatea la eucariote are urmatoarele 5


mecanisme posibile:

1. Aparitia mutatiilor

2. Diploidia

3. Reproducerea sexuata

4. Incrucisarile in afara speciei

5. Polimorfismele fenotipice echilibrate in populatia


studiata

Natura dovedeste ca
legendele isi au
radacinile in realitate.

Mutatiile asigura aparitia unor noi


variante alelice (polialelism sau
polimorfism genic).

Diploidia, adica prezenta celor doi


cromozomi omologi in celule,
contribuie la pastrarea in
genofond (= totalitatea genelor
unei populatii) a alelelor recesive.
In stare de heterozigotie aceste
alele nu sunt supuse selectiei
naturale, raman ascunse si
depozitate pentru generatiile

Reproducerea sexuata creeaza


indivizi cu noi combinatii alelice.
Aceste rearanjamente (sau
aceasta recombinare genetica) isi
au originea in 3 evenimente, care
au loc in timpul reproducerii
sexuate:

1. crossing-overul
2. asortarea independenta a
omologilor
3. cuplarea intamplatoare a gametilor

Recombinarea intracromozomica

1. Crossing - overul sau schimbul de


fragmente egale de ADN intre
cromatidele nesurori ale cromozomilor
omologi din pahitenul si diplotenul
profazei meiozei reductionale/
heterotipice are drept urmare
modificarea continutului informational al
cromozomilor recombinanti. Acesti
cromozomi nu vor mai aduce informatia
de la un singur ascendent/predecesor.

Recombinarea
intercromozomica

2. Asortarea independenta a omologilor in metafaza


primara creeaza celule fiice avand combinatii
intamplatoare de cromozomi materni si paterni
Dispunerea cromozomilor in placa metafazica va
influenta orientarea lor spre un pol sau celalalt al
celulei in anafaza primara.
Daca unii cromozomi vor fi de origine materna, altii
vor fi de origine paterna in ovocitele de ordin II si
spermatocitele de ordin II.

Prin asortarea independenta a cromozomilor se pot


forma 223 tipuri de gameti, adica peste 8,4 milioane
de gameti diferiti, la fiecare dintre cele doua sexe.

Dupa fecundare pot rezulta teoretic 246 combinatii,


valoare ce depaseste de opt mii de ori populatia
actuala a globului.

Aceste cifre sunt insa calculate pentru situatia in


care cromozomii se deosebesc prin alelele unei
singure perechi de gene, ceea ce nu corepunde
realitatii!

In concluzie fiecare individ are o structura genica

Recombinarea
genomica

3. Combinarea intamplatoare a gametilor


in cursul fertilizarii contribuie la
diversificarea combinatiilor genice la
nivelul zigotului.

Desi se considera ca fiind


un eveniment in mare
masura supus intamplarii,
nu toti spermatozoizii au
aceeasi viteza de
deplasare (legat se pare
de forma lor).

Importanta recombinarii

1. mareste rata starii de


heterozigotie
2. determina dinamica evolutiei
biologice, prin amplificarea
diversitatii
3. determina o capacitate de
adaptare (raspuns) diferentiata a
indivizilor la modificarile factorilor
de mediu (de ex. medicamente)
4. intervine in realizarea tipului
genetic constitutional individual

Surse de
variabilitate

la eucariote :

1. Aparitia mutatiilor

2. Diploidia

3. Reproducerea sexuata

4.

5.

Incrucisarile in afara speciei

Polimorfismele fenotipice echilibrate


in populatia studiata

Incrucisari in afara speciei?.....

doar Sci-fi!

Incrucisarile in afara speciei

http://en.wikipedia.org/wiki/Liger

Liger = hibrid intre un leu


(Panthera leo) si o tigroaica
(Panthera tigris), avand parinti
apartinand aceluiasi gen dar unor
specii diferite.
Este diferit de tiglon.
Este cea mai mare felina cunoscuta.
Inoata precum tigrii si este sociabil
precum leii.
Exista doar in captivitate deoarece
habitatele speciilor parentale nu se
suprapun.
De observat, tipic ei cresc atat cat
sunt ambii parinti pusi la un loc.

Polimorfismele fenotipice
echilibrate in populatia
studiata

Deseori un singur fenotip asigura


cea mai buna adaptare, in timp ce
altele sunt mai putin avantajoase
In astfel de cazuri, frecventa alelelor
pentru caracterul avantajos va
creste in populatie in detrimentul
frecventei celorlalte alele

Polimorfismele fenotipice

In general insa, in multe populatii se


observa coexistenta a doua sau mai
multe fenotipuri diferite
Prezenta polimorfismelor in cadrul
populatiilor se explica prin 3
mecanisme:

- heterosis (hibrizi vigurosi)


- avantajul minoritatii
- avantajul heterozigotilor

Polimorfismele fenotipice

Heterosisul consta din selectarea


prin hibridare a unor loci avantajosi desi
heterozigoti ; de ex. porumbul va fi mai rezistent la
imbolnaviri, urmare a reducerii locilor cu alele recesive
homozigote, ce il predispun la boala.

Reproducerea sexuata prin


recombinarea genomica asigura atat ereditatea
(continuitatea, pastrarea genelor si respectiv
caracterelor), cat si variabilitatea. Descendentii
indivizilor neinruditi vor prezenta o vitalitate
sporita, calitati noi, o adaptabilitate si o
feritilitate crescute, datorita heterozigotismului.
In cazul consanguinitatii, gradul de VG
se reduce si apare o omogenizare genetica si
respectiv fenotipica (se reduce sau dispare

Polimorfismele fenotipice

Avantajul minoritatii apare cand cel mai


putin obisnuit fenotip reprezinta un
avantaj selectiv; de ex., atunci cand o prada prezentand
caracteristici rareori intalnite este evitata de pradator, acesta avand o
imagine de cautare sau reprezentare standard a vanatului

La om, de ex. in infectia cu HIV (virusul


imunodeficientei umane) sunt prezente o
serie de specii virale mutante, care se
dezvolta independent de restul populatiei
virale si care eludeaza tratamentul
antiviral; initial minoritare acestea pot
deveni insa dominante servind drept un
rezervor de variabilitate si accelerand

Polimorfismele fenotipice

Avantajul heterozigotilor apare atunci cand


starea de heterozigot acorda un avantaj
selectiv superior starii de homozigot, a.i
toate cele 3 genotipuri si implicit
fenotipurile pe care le determina, se vor
pastra in cadrul populatiei.

In cursul evolutiei de obicei la un moment


dat au predominat heterozigotii, adaptati
mai bine conditiilor de mediu.

In alcatuirea unei molecule de hemoglobina intra 4 lanturi de globina

Genele care codifica globina,

in functie de perioada

ontogenetica.

Lanturile de globina sunt codificate de un sistem poligenic:


unele gene sunt pe cromozomul 11, altele pe cromozomul 16

Hemoglobina
A este alcatuita
din lanturi
alpha si doua
lanturi beta de
globina

Bose frontale;
febra
Paloare
(anemie)

Substitutia
punctiforma* (A
T) din codonul 6 al
globinei
determina
inlocuirea acidului
glutamic cu valina.

Hepato- si
splenomegalie
(hemoliza)

Dureri
osoase

Dureri

Edeme palmare si plantare;


Frotiu sanguin: hematii in
secera

* transversie: purina
inlocuita cu pirimidina

Nu toti copii
au tabloul
clinic complet

Electroforeza hemoglobinei unui heterozigot, a unei persoane cu anemie


falciforma si a uneia normale. Petele de culoare arata pozitiile in care au
migrat hemoglobinele in gelul de agaroza fata de punctul de origine

Care este
oare tipul de
transmitere a
acestei boli?

MALARIA este cauzata de un parazit


(Plasmodium falciparum) unicelular,
care se transmite cu ajutorul unui
vector (femela tantarului Anopheles)
de la o persoana infectata la una
sanatoasa.

Hematii normale si una in forma de


secera.
(dg.= drepanocitoza)
Parazitului
Plasmodium
falciparum
nu ii plac nici
In conditii speciale, de

eritrocitele

presiune scazuta a O2

homozigotului/

celulele normale se

persoanei bolnave

deformeaza dovedind

(SS) si nici cele ale

starea de heterozigot!

heterozigotului/
persoanei purtatoare
(AS).

deces
selectati
deces

In imaginea anterioara s-a putut observa


cum in urma cu sute de ani mutatia
producatoare de HbS s-a pastrat in cadrul
populatiei umane.
In acel moment, starea de heterozigot era
avantajoasa, deoarece nu exista un
tratament pentru malarie.
Astazi, populatiile cu risc crescut sunt
consiliate, sa efectueze analize prenuptiale in
vederea cunoasterii posibilei stari de
heterozigozitate.
Daca sotii sunt heterozigoti se recomanda
diagnosticul prenatal. Daca produsul de
conceptie se dovedeste a fi homozigot
pentru mutatia cauzatoare de anemie

Cele 3 boli eritrocitare s-au raspandit in populatia umana datorita malariei.

Variabilitatea

Transferul ADNului poate sa se faca


si prin alte mecanisme, in afara de
reproducere sexuata, recombinare si
anume prin:
- conjugarea bacteriana
- transductia dintre bacteriofagi si
bacterii
- transformarea bacteriilor prin
plasmide
- transfectia in culturi de celule
eucariote

Recombinarea la
bacterii

In 1946, Lederberg si Tatum au


aratat ca informatia genetica poate
fi schimbata/ transmisa de la o
bacterie la alta sau de la o tulpina
de bacterii la alta.
Aceasta ar corespunde unei asa
numite sexualitati si ar conduce la
recombinarea materialului genetic
la procariote

Recombinarea la procariote

Bacteriile sunt avantajos de studiat


caci:
- sunt organisme haploide
- au un timp de viata redus
- se multiplica rapid (timp redus per
generatie)
- organismele mutante pot fi usor
identificate

Prin urmare, un numar aproape


nelimitat poate fi testat in scurt timp,
ceea ce le face utile in studiul

1.

2.

In 1952 Joshua si Esther Lederberg au folosit o stampila (replica)


acoperita cu catifea pentru a muta coloniile din culturile de origine pe:
1. mediu normal si respectiv
2. mediu cu antibiotic.
In al doilea caz au crescut doar coloniile rezistente la antibiotic.

Experimentul identifica bacteriile mutante


Primul vas Petri contine colonia martor/normala
In al doilea este cultura cu mediu mai putin nutritiv (= minimal), iar in
urmatoarele doua este mediu minimal imbogatit diferentiat.
Bacteriile care lipsesc in al doilea vas sunt fie deficitare in Thr, fie in Arg,
fapt dovedit de prezenta unora in al treilea si a altora in al patrulea vas
Petri, unde s-a adaugat cate unul din acesti aminoacizi.

Recombinarea la
bacterii

In experimentul lor devenit clasic,


Lederberg si Tatum au folosit 2 tulpini
bacteriene diferite, ambele auxotrofe
(mutante, nu pot creste fara anumite
substante din mediul de cultura)
Ce au observat? Cand se amesteca cele 2
tulpini, fara a adauga aminoacizi in mediul
de cultura, vor creste colonii.
Neasteptatul fenomen apare destul de rar
(aprox.1 din 107 celule cultivate in Petri),
dar a fost evident datorita numarului mare
de bacterii puse pe placa.

Tulpina A necesita metionina si biotina, iar cea B treonina si leucina.


Apar insa colonii pe un mediu minimal, fara a.a., cand se cultiva impreuna
cele 2 tulpini.
Interpretare: a avut loc o recombinare intre tulpinile A si B.
Proprietatile genetice ale celulelor din tulpinile parentale s-au completat
reciproc (complementare genetica)

Recombinare
a la bacterii

Schimbul de material genetic intre bacterii


(CONJUGAREA) a fost evidentiat cu microscopul
optic.

Transferul de ADN bacterian decurge numai intr-un


singur sens: materialul cromozomial masculin este
introdus intr-o celula feminina

Bacteriile Escherichia coli difera in functie de


prezenta/absenta factorului de fertilitate F

Cand sunt mixate celule F+ si F-, se formeaza niste


perechi conjugale: un pil(us) sexual al bacteriei
masculine (F+) se ataseaza la suprafata celulei F-.

Recombinarea
la bacterii
Factorul F (de fertilitate)
poate fi integrat (1) in cz.
bacterian printr-un
crossing-over specific.
Cz. nou format se numeste
Hfr (high frequency of
recombination), deoarece are
o frecventa mare de
recombinare cu genele
altor bacterii in urma
procesului de conjugare.

Recombinarea
bacteriana
Bacteriile pot contine factorul F de fertilitate sub
forma unui cz. mic aditional (2), respectiv o molecula
circulara de ADN de aprox. 94 000pb, plasmidul F
Acesta reprezinta cam 1/40
din totalul informatiei
genetice continute in cz.
bacterian.
Intr-o celula apare un singur
plasmid si el poate fi
transferat altei bacterii.

Aprox. 1/3 din ADNul


factorului F (plasmidului)
consta din gene de transfer,
inclusiv gene pentru
formarea pililor sexuali.
Transferul factorului F incepe dupa ce
se deschide dubla catena. O
monocatena este transferata celulei
acceptoare, se replica si devine dubla.
Si monocatena ramasa in celula
donoare se replica redevenind dubla.
In final ambele celule sunt de tip F+

Recombinarea
bacteriana
Uneori cromozomul se rupe in timpul
transferului.

Astfel, bacteriile F- receptoare mostenesc o


copie incompleta a elementului F.

Celulele F- , care au primit doar o parte din cz.


donor se numesc zigoti partiali sau hemizigoti
si raman de tip F-

Daca transferul este complet, bacteria


receptoare va mosteni un element F complet
si proprietatea Hfr; descendentii sai vor fi tot
celule Hfr, respectiv F+

Cand cromozomii bacterieni contin diferiti

Bacteriofag =
Virus bacterian
Desi initial (1941) s-a
crezut ca s-a identificat o modalitate de
combatere a infectiilor bacteriene, de fapt
acestia au fost utilizati
pt a analiza bacteriile.
Reproducerea bacteriofagilor nu
are loc totdeauna imediat dupa
infectarea celulei.
Ocazional, ADNul fagic este
integrat in cz. bacterian si
replicat odata cu acesta (ciclul
lizogenic)

In acest caz bacteriofagul Lambda s-a inserat prin crossingover in ADNul bacteriei E.coli, dupa formarea unui inel.
Atasarea se face la o secventa cu omologie din cz.bacterian.
Fagul induce ciclul litic si apoi se elibereaza prin
mecanismul invers.

In 1952 Zinder si Lederberg au


descris un nou tip de recombinare intre 2 tulpini de bacterii.
Fagi care au infectat anterior
bacterii, care produceau lactoza,
au transferat aceasta proprietate
noilor gazde.

Transductia = transferul unui mic

fragment de ADN dintr-un cz. bacterian


prin intermediul unui bacteriofag in alta
celula bacteriana.

Transductia poate
fi de 2 feluri:
- T. Generalizata: fagul
se insera oriunde in
genomul gazdei
- T. Specializata: fagul se
insera numai la nivelul
unui segment de ADN
cz. particular

Celulele modificate genetic prin incorporarea de ADN sunt considerate


transformate. Termenul se refera de obicei la rezultat si nu la
mecanism.

Transformarea prin plasmide

Plasmidele = molecule mici, circulare de


ADN, care se replica autonom si care nu
intra in componenta cz. din celula
bacteriana in care se gasesc
Deseori contin gene de rezistenta la
antibiotice (de ex. la ampicilina)
Incorporarea plasmidului transforma
celula bacteriana initial sensibila la
ampicilina in una rezistenta.

Plasmidele sunt
utilizate ca vectori in
transferul de ADN.

Pentru aceasta se utilizeaza


un mediu selectiv a.i vor
creste pe el doar bacteriile
care au incorporat
plasmidul recombinant
continand ADNul
de investigat.

Transfectia = transferul de
ADN intre celule eucariote in
cultura
- Poate fi folosita in analiza
transmiterii unor caracteristici
genetice
In cele 2 cazuri alaturate
fibroblastele normale pierd
contactul de inhibitie si se
transforma asemanator
celulelor cu care vin in contact.
Astfel de studii au fost initial
utilizate pentru a identifica
oncogene (gene cauzatoare de
cancere)

Un alt nivel al variabilitatii genetice

Contrar celor crezute anterior, copia ARN nu este totdeauna


fidela ADN-ului.

Atat la copil, cat si la adult s-au evidentiat niste modificari, ce


intial au parut erori de transcriptie.

Aceste modificari au fost detectate in numar semnificativ in


ARN-ul leucocitelor, celulelor din piele si din creier.

Modificarile fiind mereu aceleasi se presupune, ca au un rol.

De exemplu, in limfocitele B (la un grup de 27 persoane)


peste 10 000 de nucleotide au fost gasite modificate, ceea ce
a insemnat una (sau mai multe) erori in fiecare gena
transcrisa, respectiv in 40% din genele translatate (traduse).

Polimorfismele

- genetice sunt responsabile pentru cea


mai mare parte din diversitatea si
individualitatea observate in cadrul
speciei umane

- proteice au fost studiate primele (ABH,


Rh, etc). Cel mai polimorfic sistem genetic
uman este considerat sistemul HLA

Polimorfisme proteice - exemple

1. Antigene eritrocitare: ABH, Rh, MNS, Xg,


Lutheran, Lewis, etc

2. Proteine serice: Hp, Trf, imunoglobuline, alfa-1antitripsina (A1AT), etc

3. Enzime eritrocitare: PAE, G6PD, etc

4. Enzime plasmatice: pseudocolinesteraza, etc

5. Enzime tisulare: alcool-dehidrogenaza, etc

Variatia individuala in populatia generala a polimorfismelor proteice


poate atinge 20% din totalul proteinelor.

Polimorfisme proteice

Cu cat 2 persoane sunt mai indepartate


dpdv genetic, adica apartin unor grupuri
etnice diferite, cu atat gradul de
diversitate este mai accentuat.
Datorita numarului mare de sisteme
polimorfice (peste 30) si de variante in
fiecare sistem, se poate realiza un numar
imens de combinatii
Fiecare individ poseda o combinatie
specifica a acestor variante, ceea ce il
face unic dpdv biologic.

A1AT produsa in ficat protejeaza plamanul


Polimorfismul
de actiunea elastazei
eliberata de
neutrofile (in inflamatii).
A1AT
A1AT este codificata de gena SERPINA 1
de la nivel 14q32.1. Gena are peste 100
alele mutante (ex. S si Z). Alela normala
este M
Gt: MS, MZ, SS, SZ, si ZZ (forma cea
mai grava); alelele sunt codominante
A1AT = inhibitor de proteaza (PI)
Pi ZZ este fenotipul cel mai grav, al
deficitului de A1AT, cand sunt manifeste
afectarea pulmonara si hepatica.
Activitate enzimatica redusa =>
elastaza poate actiona nestingherita
(afectare pulmonara)
Agregarea moleculelor de A1AT la
nivelul RE al hepatocitelor determina
afectarea ficatului (hepatita, ciroza)
Alte fenotipuri nu prezinta afectare
hepatica.
Se estimeaza, ca 95% din cazuri nu sunt
dg.

Secventa ADN-ului
nuclear este identica in
proportie de 99,9% la
doua persoane alese la
intamplare.
Genomul uman fiind
compus din 3 miliarde de
perechi de baze,
inseamna ca 0,1%
reprezinta aproape 3
milioane de baze
azotate, ceea ce
determina diferentele
fenotipice (uneori
dramatice) dintre doua
persoane!

DIVERSITATEA GENETICA
INDIVIDUALA SI POPULATIONALA

Din cele 0,1% secvente de ADN unele nu au efecte


sau au efecte fenotipice minore, pe cand altele sunt
direct responsabile de producerea unor boli (mutatii
punctiforme).
Intre aceste doua extreme se gasesc variatiile
genetice care au drept urmare variabilitatea
fenotipica, precum:

caracterele anatomice
particularitatile fiziologice
intolerantele alimentare
raspunsul imun si/ sau susceptibilitatea la infectii
reactiile adverse si/sau raspunsul la o anumita terapie
predispozitia pentru dezvoltarea anumitor boli (tumori)
caracteristicile temperamentale si psihologice
talentul artistic
aptitudinile sportive, etc

Un concept important al geneticii


umane si medicale

Boala genetica este doar cea mai evidenta


si deseori cea mai extrema manifestare a
diferentelor genetice, extremitatea unui
continuum format din variatii ce se intind
de la variante rare ce produc boala,
trecand prin variantele mai obisnuite care
pot spori susceptibilitatea pentru a
dezvolta maladia, pana la cea mai
comuna (obisnuita) varianta din cadrul
populatiei, care nu are nici o relevanta
cunoscuta in patologia umana.

O varianta genetica (alela) obisnuita, adica cu


o frecventa peste (sau egala cu) 1% in
populatia generala, este considerata un
POLIMORFISM GENETIC (PG).
Alelele cu o frecventa < 1%
sunt numite variante rare.
Nu exista o corelatie directa
intre frecventa cu care apare
o alela mutanta si efectul
sau in patologia umana.

Majoritatea PG sunt
silentioase fenotipic

Motoo Kimura postula teoria neutralista a evolutiei la


sfarsitul anilor 1960: nivelul de evolutie moleculara explica
evolutia speciei prin mutatiile succesive pastrate in genom
si produse cu precadere printr-o deriva aleatorie;
diversitatea specifica fiind in mare parte rezultatul
acumularii substitutiilor neutre, care nu modifica
adaptabilitatea organismului la mediul sau de viata.

Diversitatea genetica este unul din mijloacele prin care


populatiile se adapteaza la mediul mereu schimbator.

Diversitatea este cu atat mai mare cu cat:


- numarul de alele ale unei gene este mai mare
- frecventele alelice sunt apropiate,

adica nu exista una mai

frecventa

- frecventele indivizilor heterozigoti si homozigoti sunt

Se estimeaza ca aprox. 1 din


2500 perechi de baze azotate
sunt heterozigote in regiunile ce
codifica proteine din genom.

Polimorfismele pot fi localizate:

intre gene

in introni
in exoni

in regiunile reglatoare

Variom-ul = totalitatea modificarilor genetice


gasite in populatiile speciilor care au avut o
schimbare evolutiva relativ scurta

De exemplu, la om, aprox. 1 din 1200


nucleotide difera.

Specia umana a aparut acum doar 10.000 de


ani, rata variatiei fiind comparativ mica.

In practica, variomul poate fi suma SNPs (


single nucleotide polymorphisms) de la nivelul

Polimorfismele ADN

1. Polimorfismele unui singur nucleotid


(SNPs)RFLP

2. Polimorfismele fragmentelor mai mici de 1000


perechi de baze (minisateliti, microsateliti,VNTR,
indel)

3. Polimorfismele submicroscopice

4. Polimorfismele microscopice (heteromorfismele


heterocromatinei si ale eucromatinei, situsurile

Polimorfismele unui singur nucleotid: SNP

SNPs reprezinta forma cea mai frecventa a polimorfismelor ADN.


Prin secventierea genomului uman s-au identificat aprox. 18 milioane
de SNPs (1% din genom), 1 SNP la circa 1.000 de nucleotide, dar
frecventa poate fi mai inalta in anumite regiuni, precum insulele CpG
s.a 1 la 100 sau mai redusa in interiorul unor gene s.a 1 la 2.500 pb.

SNPs neutre sunt folosite ca markeri genetici

SNP inlantuit cu gena Y

In prezent SNPs utilizate pentru:

Localizarea genelor de
susceptibilitate in cazul bolilor
multifactoriale (diabet) folosindu-se
studii de dezechilibru al inlantuirii si
de asociere a haplotipurilor

Studii de farmacogenetica

Intelegerea originii si evolutiei

SNPs au fost identificate prin digestia ADN-ului cu endonucleaze de


restrictie; aceste enzime bacteriene recunosc si sectioneaza ADN-ul
la nivelul unei secvente specifice. In acest caz CCTGAGG. Urmare a
mutatiei punctiforme (SNP) dispare un situs de restrictie, iar
fragmentele de ADN vor fi diferite in cazul lantului normal si
respectiv anormal de globina. RFLP (restriction fragment length
polymorphism) a fost folosit in dg. genotipic indirect.
Fragmentele de
restrictie cu lungimi
variate sunt
evidentiate prin
tehnica Southern blot
dupa hibridarea cu o
proba complementara
Vezi
http://science.howstuffworks.com/dnaprofiling1.htm

Variatia cea mai mare la nivelul unui


locus se evidentiaza in interiorul unei
populatii si nu intre
populatii..adevarat/fals?

85% este variatia genetica in interiorul raselor


continentale si numai 15% intre ele.
Concret, pentru un locus dat X in populatia 1 frecventa
alelei A poate fi 40%, iar in populatia 2 poate fi 45%.
Adica mica diferenta nu este informativa.
Dar existaloci informativi: o mare parte a variatiei culorii
tegumentului la doua populatii poate fi anticipata
analizand gena SLC24A5, care codifica o proteina intracelulara
membranara (Na, K, Ca)

SNP, o substitutie, are un efect fenotipic major. O varianta


este aproape fixata in populatia Europei si alta aproape
fixata in cea din Africa.
Altfel spus variatia genetica in cazul acesta este de
aproape 100%, (si nu 15%) INTRE POPULATII

Variatiile identificate in genomul


uman

Variatii de secventa- prin modificarea unui


singur nucleotid:

prin substitutie

SNV (single nucleotid variation)< 1% in pop.


SNP >1%

prin insertie/deletie = DIP (deletion-insertion


polymorphism of one base pair)

Variante structurale fragmente de ADN


modificate:

Variatiile fragmentelor avand intre 2 1.000


nucleotide
Variatiile submicroscopice ( 1kb cateva Mb)
Variatiile microscopice cromozomiale sau genomice
(heteromorfisme cz., inversii, situsuri fragile, unii cz.

Variatiile fragmentelor ADN cu lungime intre 2 1.000


pb:

1. SSR (short sequence repeats), numite mai intai


VNTR (variable number tandem repeats) sunt de 2
feluri:

Microsateliti (sau STR): repetitii foarte scurte (1-15pb),


frecvent dinucleotidice (CA/TA) sau trinucleotidice, ce
formeaza fragmente de 100pb foarte numeroase, polimorfe
(cu circa 10 alele/locus)si cu o distributie uniforma: un
microsatelit la 1.000pb

Minisateliti: repetitii de secvente scurte (15-500pb), ce


formeaza fragmente de 1-20 kb, dispersate in structura
autozomilor si ocupand situsuri specifice (peste 1.000 de
localizari)

Ambele tipuri utile in medicina legala pentru realizarea profi-

Locusul Aeste o repetitie in tandem GC: 4alele posibile, cu


cate 2,3,4 sau 5 repetitii (A2,A3,A4, andA5).
Locusul Bcu motivulAGCT : 2 alele, cu 2 sau 3 repetitii
(B2andB3).
AMPRENTA GENETICA include simultan ambii loci.

Cele 2 persoane
se diferentiaza
prin ambii loci.
AMPRENTELE
GENETICE
includ de obicei
peste 10 loci
polimorfi
Individ 1: Heterozigot A si homozigot B

Individ 2: heterozigot A si B

http://www.mun.ca/biology/scarr/VNTR_fin
gerprinting.html
vezi homework

Genotipuri hTERT MNS16 A

MNS16A minisateliti ai genei umane pentru telomeraza :


un factor de risc pentru cancerul colorectal

S-au identificat 5 VNTR (2 Scurte si 3 Lungi) in 10


combinatii
alelice
Hofer P et al. Carcinogenesis
2011;32:866-871
The Author 2011. Published by Oxford University Press. All rights reserved. For Permissions,
please email: journals.permissions@oup.com

heterocromatina

Variatiile fragmentelor ADN cu lungime


intre 2 1.000 pb:

1. SSR (short sequence repeats) =


VNTR
2. INDELS = insertion + deletion

- secventele nucleotidice sunt scurte


- 1/3 din ele sunt intre 200 400 pb si
reflecta polimorfismul secventelor Alu
din genomul uman
- utilizate in studiul evolutiei genomului
uman si pentru intelegerea structurii
sale dinamice

Polimorfismele submiscroscopice
(1kb cateva Mb)

1. Variatiile numarului de copii (CNV)


reprezinta principala sursa de variatie
genetica intre indivizi

CNP = polimorfismul numarului de copii,


cand CNV au o frecventa peste 1% in
populatie

33% din genomul uman

2. Polimorfismul inversiilor sau


translocatiilor

Orice clasificare este


relativa, prin ea
incercam doar sa
intelegem putin mai mult
lumea

Incercam sa intuim viitorul presupunand ca intelegem trecutul