Sunteți pe pagina 1din 111

Cursul 12

Distribuia i dimensiunile ADN


Structura superhelicoidal a ADN
Replicare
Mutaii
Repararea mutaiilor
Distribuia i dimensiunile ADN

ADN are form liniar sau circular

Moleculele ADN dintr-o celul alctuiesc

cromozomii acelei celule.


Ce sunt genele ?

secvene nucleotidice care conin informaia cu


privire la sinteza unui singur lan polipeptidic
sau a unei singure molecule de ARNr sau ARNt

Genom = totalitatea genelor din cromozomii


unei celule.
Dimensiunile ADN
La procariote,
ADN circular = un cromozom cu 4 x 106 p.b.

E. coli
ADN ~ 1,6 mm
diametrul celulei ~ 2 m
La om: cel mai scurt cromozom 34 x 106 p.b.

cel mai lung 263 x 106

Lungimea moleculelor ADN dintr-o singur celul uman


este de ~ 2 m
Structura superhelicoidal a ADN
Suprarsucirea moleculei ADN n jurul
axei proprii

Suprarsuciri Suprarsuciri
spre stnga spre dreapta
(superhelix (superhelix
negativ) pozitiv)

Helix circular normal


Desrsucirea Legare
unei spire capete

ADN circular cu
suprarsucire pozitiv
spre dreapta

ADN normal ADN partial desrsucit


Axa de suprarsucire

Axa de suprarsucire
Topoizomerazele
Topoizomeraza I, nu necesit ATP

Topoizomeraza I Topoizomeraza I Topoizomeraza I

Tyr
Tyr Tyr
5` O
5` O
OH P Enzima P
P P OH
OH 3`
Incizie si legare 3` Rotirea Disocierea
la enzim captului 3` enzimei
Giraza (Topoizomeraza II)
Necesit ATP i face incizii n ambele
catene; introduce suprarsuciri negative

Etapa 1 Etapa 2 Etapa 3


ADN suprarsucit
Topoizomerazele I i II menin n celulele vii un
grad potrivit de superhelicitate negativ.

antibiotice care inhib ADN-giraza suprim


creterea i dezvoltarea bacterian:
acid nalidixic (negram)

derivaii si fluorurai (norfloxacin, ciprofloxacin),


Distribuie ADN
La procariote:
-ADN cromozomial

Plasmide (ADN extracromozomial, circular)


-molecule mici care trec uor prin membrana celulei gazd
-conin o cantitate redus de informaie genetic
-conin gene care specific proteine, ce confer bacteriei
rezistent la antibiotice
-se autoreplic extrem de rapid i autonom fa de ADN
cromozomial.
La eucariote
ADN se afl n nucleu.

1% din ADN celular total se afl n mitocondrii i este


circular

5-10% din ADN este codificator pentru proteine i ARN

Genele sunt formate din exoni i introni (discontinuitatea


genelor); excepie histone i interferon
Dup gradul de repetare al secvenelor nucleotidice:

60% din ADN celular sunt secvene ADN nerepetitive, unice;


codific proteine

20% din ADN sunt secvene cu grad mediu de repetare


(zecisute copii/celul); codific ARNr, ARNt, histone

10% din ADN cu grad foarte mare de repetare (mii de


copii/celul); se afl n centromere i telomere;
au rol structural n cromozomi
Cromozomii eucariotelor
Cromatina (cromozomii interfazici)=material amorf prezent n nucleu n
interfaz; conine ADN, proteine, ARN

Cromozomii sunt complexe ADN-proteine rezultate prin condensarea


cromatinei n timpul mitozei
Fiecare cromozom conine o molecul ADN liniar

Nr. Cromozomilor variaz de la o specie la alta (celulele somatice umane conin


46 cromozomi; 23 perechi)
Histonele = proteine bazice
interacioneaz ionic cu anionii fosfat din
ADN
Sunt 5 tipuri de histone
Histone bogate n lizin: H 2 A i H 2B
Histone bogate n arginin: H 3 i H 4
care intr n structura nucleozomului

Histone de legtur H1 care leag


nucleozomii ntre ei.
Nucleozomii = unitatea de baz a
cromatinei
grad de compactare pentru ADN egal cu 7
Cilindru: 11x11x5,5 nm
140 pb se rsucesc de 2 ori n jurul octamerului histonic

Miezul nucleozomului
ADN de (H2A, H2B, H3, H4)2
legtur

ADN
Histona H1
Solenoizii asigur o scurtare de 40
de ori a formei B a ADN
Protein nuclear Cromozom

Fibra de 30 nm

ADN Octamerul histonic


Histone + ADN

Histona H1 ADN
BIOSINTEZA ADN

REPLICAREA
Replicarea este
-semiconservativ
-bidirecional
-semidiscontinu
Caten parental Caten parental

Caten parental Catene fiice Caten parental


Catene parentale

Catene
fiice
Replicarea este
semiconservativ

Prin replicarea unei molecule ADN se formeaz dou


molecule ADN fiice identice cu parentala

replicare diviziune celular


fiecare celul fiic primete
caten parental de ADN

caten nou sintetizat, complementar cu parentala.


Experiena lui Meselson i Stahl

demonstreaz c replicarea este


semiconservativ

Bacterie pe mediu de cultur cu surs de azot


15NH4Cl i
14NH4Cl
Directia de sedimentare
15
ADN parental N
(greu)

ADN greu

14
ADN normal N
(usor)

ADN usor

Dup o generatie pe 14N

Prima generatie
pe 14N
ADN hibrid

14
Dup a 2-a generatie pe N

ADN usor ADN hibrid


14
A doua generatie pe N
Catena parental

Meselson si Stahl

Prima generatie

A doua generatie
Unde ncepe replicarea ADN
bacterian ?
Originea replicrii

n regiuni origine (ori C) care

conin secvene consens bine conservate de-a

lungul evoluiei,

bogate n A=T, uor de denaturat


La E.coli
o molecul unic de ADN, alctuiete un
cromozom

exist o singur regiune Ori C care direcioneaz


nceperea replicrii.
Replicarea poate fi uni sau bi-direcional
Cromozomul circular initial

ORI
ADN initial

1 Bifurcatii de
2
replicare

1 2
Puncte de initiere
replicare

Originea replicrii
ADN dup replicare
Replicarea este bidirecional

n cele mai multe organisme

ADN circular se replic simultan n ambele


direcii.
Cromozomul bacterian are n timpul replicrii
forma literei theta ()

Bucla de replicare formeaz o structur n ADN circular

O singur bifurcatie de replicare Dou bifurcatii de replicare


Ce este Bifurcaia de replicare ?

bifurcaia de replicare reprezint regiunea


activ n replicare care se deplaseaz de-a
lungul duplexului parental
Sensul de deplasare al bifurcatiei 3`
5`
ARN primer
5` Catena leading

3`
Catena lagging

Fragmente Okazaki 3`
5`
ARN primer
Replicarea ADN bacterian este bidirecional

Ori
Cromozomi

Terminarea replicrii
Ori

Bifircatiile de replicare
Ori
Catene fiice

Cromozomul Catene parentale


circular initial
Terminarea replicrii

are loc atunci cnd

cele dou bifurcaii de replicare

se ntlnesc

ntr-o regiune

opus regiunii Ori


Elementele necesare pentru
sinteza de ADN
Substraturi
dATP, dGTP, dCTP, dTTP i
ATP, GTP, UTP, CTP necesari sintezei de ARN
n cursul replicrii.
Matria (template)
ARN iniiator sau primer necesar iniierii
sintezei de ADN
Enzimele implicate n replicare

ADN polimeraze-ADN dependente


Helicaza
Topoizomeraze (giraza)
ADN ligaza
ADN primaza
ADN polimeraze ADN dependente
La procariote sunt 3 polimeraze: I, II i III

Caracteristici comune ale celor 3 polimeraze:


-au activitate polimerazic
-necesit caten ADN matri
-sintetizeaz catene ADN numai cu directia
5` 3`
-ADN polimerazele nu iniiaz catene ADN, necesit
ARN primer
-prezint activitate exonucleazic 3` 5`
Atribute specifice celor 3
polimeraze

ADN polimeraza I
are activitate polimerazic redus
(comparativ cu ADN polimeraza III)

catalizeaz formarea a 20 de legturi fosfodiesterice


nainte de eliberarea matriei
ADN p I (10 nucleotide pe secund)
ADN p III (1000 nucleotide pe secund).
5`
Catena parental 5`
ARN primer
ADN Catena
(10-12 nucleotide) 3`
3` complementar
-
O P O
-
O P O
O
O
CH2 U A
O CH2 U A
O

O OH
O OH
-
O P O
-
O P O
O
A O
CH2 U
O
CH2 U A
O

3` PPa
..OH OH
-
O OH
O O O
-
O P O
-
O P O P O P O
O
- -
O O O
CH2 T A
CH2 T A O
O

OH H
OH H 5` 5`
are activitate exonucleazic:

3`5` i
5`3`

Fragment 36 Kd Fragment 67 Kd

Exonucleaz Exonuclez Polimeraz COOH


H2N 5` 3` 3` 5`
Matrit
5` Centrul cu Matrit
5`
activitate
polimerazic

3` 3`
5` 5`

Centrul cu activitate
a) exonucleazic
b)
5` 3` 3`
5`
T ...... A C A
T ...... A C A
C A
T ...... A
Locul de hidroliz al Locul de hidroliz al
exonucleazei 3` 5` T ......
A T ...... A
exonucleazei 5` 3`
T ...... A
C A
3` HO T ...... A
A
A T ...... A

5` 3` 5`
a) b)

ADN polimeraza I ndeprteaz ARN primer ca urmare a


activitii exonucleazice 5` 3` i l nlocuiete cu ADN ca
urmare a activitii polimerazice.
ADN polimeraza III are rol central n
procesul de replicare n vivo
are o procesivitate mare adic leag strns i
elibereaz catena matri numai dup replicarea
complet a acesteia;

are o eficien catalitic foarte mare n calitate


de polimeraz (polimerizeaz 1000 nucleotide
pe secund);

prin activitatea exonucleazic 3 5 are rol


de corector (proofreading).
Structura de dimer asimetric (cele dou catene ale ADN fiind substraturi
pentru subuniti diferite ale enzimei) permite replicarea n acelai timp i
acelai loc a ambelor catene parentale de ADN.

Miezul enzimei
Complexul

Dimerul
Dimerul

Miezul enzimei
(a) (b)
ADN polimeraza III asigur fidelitatea procesului
de replicare pe dou ci:

respectarea principiului complementaritii


bazelor; (acuratee de 10 4 perechi de baze)

activitatea de corector (proofreading).


Helicazele

Desfac duplexul ADN pe portiuni mici, cu


consum de ATP, introducnd suprarsuciri
pozitive
ADN-giraza
ADN-giraza (topoizomeraza II),

cu consum de ATP,

introduce suprarsuciri negative n ADN


cu scopul de a contracara n avans suprarsucirile
pozitive introduse de helizaz n procesul de
replicare.
Este prezent numai la procariote.
ADN ligaza

ADN ligaza catalizeaz

formarea unei legturi fosfo diesterice ntre

gruparea 3`-OH de la captul unei catene ADN, cu


gruparea 5`-fosfat de la captul altei catene ADN
ADN ADN
A AMP ADN
5` 3` 5` 3` 5` 3`
5` R
O P PP
O P

3`
OH OH
Ligaz
P-R-A
3` 5` Ligaz-AMP 3` 5` AMP 3` 5`
ADN-ligaza necesit AMP

Sursa de AMP este:


ATP pentru eucariote i

NAD pentru E.coli i alte bacterii.

ADN ligaza NU poate cataliza

legarea a dou fragmente


monocatenare de ADN
Enzima are rol n:
-sinteza catenelor de ADN;
-repararea ADN;
-recombinarea genetic.

Unete endergonic fragmentele ADN din


catena lagging (sintetizat discontinuu)
ADN primaza
Sintetizeaz fragmente scurte de ARN,
8-10 nucleotide

Este o ARN polimeraz -ADN dependent

Pentru sinteza catenei leading (continu) este


necesar un singur ARN primer.

n cazul catenei lagging (discontinu), fiecare


fragment Okazaki necesit un ARN primer.
Sensul de deplasare al bifurcatiei 3`
5`
ARN primer
5` Catena leading

3`
Catena lagging

Fragmente Okazaki 3`
5`
ARN primer
Replicarea este semidiscontinu

ADN polimerazele, din orice surs, sintetizeaz


numai catene cu direcia 5` 3`

Cum are loc sinteza catenei avnd ca matri catena


cu direcia 5` 3` ?

Okazaki a propus un model, conform cruia


replicarea este semidiscontinu
Sensul de deplasare al bifurcatiei 3`
5`
ARN primer
5` Catena leading
3`
Catena lagging

Fragmente Okazaki 3`
5`
ARN primer

catena n avans sau catena leading este sintetizat continuu,


n direcia 5` 3`, de ctre ADN polimeraza III

catena n ntrziere sau catena lagging este sintetizat


discontinuu de ctre ADN polimeraza III.
Enzima sintetizeaz fragmente Okazaki (150-200 nucleotide), n direcia
5` 3` fiecare cu ARN primer.
Replicarea se desfoar in vivo cu viteze
egale pentru ambele catene
5` ADN ligaza

3` ADN polimeraza I
Catena "lagging"
Primaza
Helicaza Primozom

3`

5`
ADN polimeraza III
ADN giraza
Catena "leading"

5`

3`
Replicarea cromozomului bacterian

Iniiere
Elongare
Terminare

Iniierea replicrii presupune formarea replizomului ( enzimele i


factorii replicrii )

In regiunea ori C helicaza + primaza formeaz primozomul.

Primozom + ADN polimeraza III + ADN giraza + proteine replizomul


ADN
Ori C
1

Segment ADN ATP-dnaA responsabil de


corectitudinea iniierii
replicrii
2

dnaB
Helicaza
dnaC-ATP
3

dnaC

dnaB

Replicare
Iniierea

Helicaza denatureaz ADN parental n regiunea OriC

Proteine stabilizatoare mpiedic renaturarea ADN

Primaza iniiaz sinteza unui ARN primer

Primerii, furnizeaz gruparea 3`-OH necesar iniierii sintezei de


ADN de ctre ADN polimeraz
Proteine care se leag
Catena la ADN monocatenar
leading

Catena
lagging Polimeraza
Helicaza
Primaza
Elongarea ARN iniiator

ADN polimeraza III catalizeaz

adugarea dezoxiribonucleozid trifosfailor,

la captul 3` al ARN primer,

n ordinea dictat de matri.

ADN polimeraza III sintetizeaz ADN n direcia


5` 3`

Deoarece catenele ADN sunt antiparalele, polimeraza


funcioneaz asimetric
5`
Catena parental 5`
ARN primer
ADN Catena
(10-12 nucleotide) 3`
3` complementar
-
O P O
-
O P O
O
O
CH2 U A
O CH2 U A
O

O OH
O OH
-
O P O
-
O P O
O
A O
CH2 U
O
CH2 U A
O

3` PPa
..OH OH
-
O OH
O O O
-
O P O
-
O P O P O P O
O
- -
O O O
CH2 T A
CH2 T A O
O

OH H
OH H 5` 5`
Replicarea se desfoar in vivo cu viteze
egale pentru ambele catene
5` ADN ligaza

3` ADN polimeraza I
Catena "lagging"
Primaza
Helicaza Primozom

3`

5`
ADN polimeraza III
ADN giraza
Catena "leading"

5`

3`
Terminarea replicrii
Proteine specifice

se leag la secvena terminatorie


mpiedicnd helicaza

(proteina dna B)

s desfac duplexul ADN


Fidelitatea replicrii ????
Crearea unei catene noi complementare cu
matria
Activitatea de corector a ADNp III
Necesitatea unui primer
Alegerea unui sens unic al replicrii 5`3`
Existena unui sistem reparator constitutiv
post-replicativ
Existena unui sistem inductibil de reparare
Replicarea la eucariote

Replicarea la eucariote:
-este semiconservativ
-se desfoar bidirecional
-din mai multe origini.

Replicarea la eucariote are loc n faza


S, de sintez, a ciclului celular (durata 8
ore)
Diviziunea celular la eucariote are loc n
patru faze distincte

G2
Mitoza
Faza S

G1

G0
Faza S este separat de faza mitotic prin
perioadele de gol sintetic, G1 i G2

Faza G0, de nondiviziune (resting phase).

Trecerea G0 G1 S mitoz

este reglat de kinaze activate de

cicline proteine a cror concentraie crete sau


scade dramatic n cursul ciclului celular.
Celulele tumorale tiu s evite faza G 0 a
ciclului celular.
La eucariote s-au identificat cinci
polimeraze
, i.

i sunt implicate n replicarea ADN


nuclear.
pentru sinteza catenei lagging
pentru sinteza catenei leading.
(Are aciune 3` 5` exonucleazic)

i sunt implicate numai n repararea


ADN
La eucariote 100 de bifurcaii de replicare

pe cromozom
la procariote: 1000 perechi de baze/secund

la eucariote: 100 perechi de baze/secund), ca urmare a

interferenelor cu nucleozomii i proteinele cromozomiale.


ADN
La eucariote ADN nuclear este replicat n
ntregime i o singur dat per ciclu celular.

ADN replicat este marcat prin


metilarea, n general a citozinei, la 5-metil-
citozin pentru a se evita o nou replicare
pn la mitoz.

Gradul de metilare este de 3-5% pentru


regnul animal.
Terminarea replicrii la
cromozomii liniari
Indeprtarea primerului din captul 5` al catenei
lagging i degradarea ADN monocatenar rmas
duce la scurtarea cromozomului la fiecare rund de
replicare

i pierderea de informaie genetic de la capetele


cromozomilor.
Cromozomii eucariotelor conin la ambele
capete telomere.

Cromozomii fr telomere sunt instabili:


fuzioneaz cu ali cromozomi
sunt degradai.

Telomerele sunt secvene de cca. 1000


nucleotide bogate n G care se repet n
tandem.

oligonucleotid telomeric (GGGGTTTTGGGG)


quadruplex telomeric, regleaz
activitatea telomerazei
T
T T
G G
T
G G
G G
G G
G G
G G
G G
G G T

T T
T
Telomerazele sunt
ribonucleoproteine

Telomeraza funcioneaz astfel similar


cu o revers transcriptaz
Absena telomerazei, care permite
trunchierea gradual a cromozomilor la
fiecare rund de replicare a ADN, poate
contribui la senescena normal a
celulelor.

Creterea activitii telomerazei poate


permite replicarea i creterea celular
necontrolat, proces care se produce n
cancer.
Reconstituirea cromatinei

In faza S cantitatea de ADN i histone se


dubleaz

n timpul replicrii:
histonele existente se asociaz cu duplexul
care conine catena fiic leading

cele nou sintetizate se asociaz cu duplexul


care conine catena fiic lagging.
Compui care afecteaz replicarea

folosii ca medicamente antibacteriene i antivirale

Antimetaboliii (5-fluorouracilul, metotrexatul, 6-


mercaptopurine) reduc sau inhib producerea de
substrate (dNTP) pentru replicare.

Substratele analoage (azidotimidina, citozin


arabinozidul) pot fi ncorporate n molecula de ADN de
ctre ADN polimeraze inhibnd viitoarea replicare.

Inhibitori ai ADN girazei (acidul nalidixic i


fluorochinolonele), enzim care elimin torsiunile
introduse de giraz n procesul replicrii.
Reverstranscrierea
Sinteza de ADN pe matri de ARN
Revers transcriptaza este prezent n virusurile
oncogene care conin ca material genetic ARN

Enzima este o ADN polimeraz ARN dependent,


care se activeaz numai la ptrunderea n celula gazda.

Primerul folosit de revers transcriptaz est un ARNt


nglobat n particular viral
Enzima prezint
activitate de revers transcriptaz:
activitate ribonucleazic (ribonucleaza H);
activitate ADN polimerazic ADN dependent.
Virus cu 2 molecule ARN
si revers transcriptaz

Ptrundere n calula gazd

ARN legat de revers transcriptaz


Sinteza ADN de ctre
revers transcriptaz
ARN-ADN hibrid
ARN viral Sinteza ADN dublu catenar
ADN dublu catenar
Genom gazd Integrarea ADN n genomul celulei gazd
ADN din celula gazd
Revers transcriptaza nu prezint activitate
exonucleazic 3` 5`, putnd face greeli n
replicare, ceea ce explic numrul mare de
tulpini virale.
HIV este un virus versatil rspunztor de SIDA
(virusul conine genele: pol, env i gag)

Revers transcriptaza poate utiliza ca matri


orice ARN pe care construiete un ADNc
(complementar), aceast posibilitate putnd fi
utilizat n obinerea unor gene sintetice.
MUTAII. REPARAREA ADN

Notiunea de mutatie a fost elaborata in anul1901


de catre Hugo de Vries care este autorul
binecunoscutei teorii mutationiste.

Mutaiile sunt modificri permanente ale secvenei


nucleotidice a ADN
Mutaiile punctiforme= modificri ale unei singure
perechi de baze
Mutaiile pot fi produse prin:

Substituia unei baze cu alt baz


tranziia A..T
G.C

transversia AT
CG

Deleia
Inseria
Cauzele care determin apariia
mutaiilor

a.Erori n procesul de replicare care scap


celor 2 sisteme:
-activitate de corector a ADN polimerazei III.
-sistemele specializate de reparare postreplicative
5` 3` 3`
5`
T ...... A C A
T ...... A C A
C A
T ...... A
Locul de hidroliz al Locul de hidroliz al
exonucleazei 3` 5` T ......
A T ...... A
exonucleazei 5` 3`
T ...... A
C A
3` HO T ...... A
A
A T ...... A

5` 3` 5`
a) b)

ADN polimeraza I ndeprteaz ARN primer ca urmare a


activitii exonucleazice 5` 3` i l nlocuiete cu ADN ca
urmare a activitii polimerazice.
b.Factori chimici
Agenii nealchilani:
formaldehida (H2C=O): reacioneaz cu gruprile
amino;
hidroxilamina (NH2-OH) reacioneaz specific cu
citozina;
acidul azotos (HNO2) determin dezaminarea oxidativ
a citozinei, adeninei, guaninei modificnd
mperecherea bazelor deoarece o amin se transform
n ceton.

Agenii alchilani.
etilmetan sulfonatul, adaug o grupare metil la azotul
din nucleul purinic labiliznd legtura N-glicozidic prin a
crei hidroliz apare un loc depurinat;
c.Analogi structurali ai bazelor azotate pot fi
ncorporai n catena de ADN.
5-bromuracilul, se mperecheaz de obicei cu adenina. Forma
enolic se leag cu guanina. Tranziia produs este
AT cu G..C
2-amino purina se mperecheaz de obicei cu timina. Forma sa
tautomer normal (amino), se poate lega cu citozina
producnd mutaia prin tranziie GC la AT.
O

Br N
HN 5 N

O N H2N 2 N NH
H
5-bromo uracil 2-amino purina
d.Factori fizici
Radiaiile ultraviolete (200-400 nm) induc
formarea dimerilor de timin TT

UV

Formarea dimerului de Structura unui dimer


timin ntr-o caten ADN de timin intracatenar
Radiaiile ionizante
Razele X, radiaiile , determin deschiderea
nucleului purinic, depurinarea i ruperea
legturilor fosfo-diesterice.
e.Depurinri-Hidroliza legturilor glicozidice

f.Dezaminri spontane
CU
G Xantin
A Hipoxantin
g.Inserie: Acridin

h.Deleie: pH i temperatur
Repararea ADN
Prin:
a.excizie
-excizia dimerilor de timin
-excizia unei secvene ce conine o
baz dezaminat
b.direct
-fotoreactivare
-dealchilarea guaninei
c.prin recombinare.
Repararea prin excizie

a.Repararea ADN la procariote prin excizia dimerilor


de timin 5` 3`

3` 5`
Excizia unui fragment
de 12 nucleotide

Sinteza de ADN de ctre


ADN polimeraza I

Formarea unei legturi covalente


de ctre ADN ligaz
Repararea ADN n cazul dezaminarii uneia
dintre bazele azotate
prin dezaminarea citozinei uracil

adeninei hipoxantina

guaninei xantina

se face analog reparrii prin excizie


DE ce timin n ADN i nu uracil ?

Prezenta timinei i nu a uracilului n ADN


permite repararea ADN ce conine citozina
dezaminat (uracil).

Folosirea timinei n structura ADN i nu a


uracilului mrete fidelitatea mesajului
genetic.
Repararea direct a ADN
prin fotoreactivare
ADN fotoliaza,
o enzim care se afl n toate organismele i care este activat
de radiaiile din domeniul vizibil ( = 400-600 nm).

cliveaz legtura covalent timin-timin din


dimerii de timin

Absena genetic a fotoliazei duce la creterea


riscului de apariie a cancerului de piele.

S-ar putea să vă placă și