BASES DE DATOS EN

BIOINFORMTICA
Nucleotide genbank genome
PARA QUE SE UTILIZAN LAS BASES DE DATOS ?

SE UTILIZAN PARA LA Bsqueda de informacin.

Por palabra clave, nmeros de acceso, autores...

Bsqueda de homologas
Hay secuencias igual o parecidas a la ma ?

Bsqueda de patrones
Mi secuencia contienen patrones conocidos?

Predicciones
Puedo encontrar protenas parecidas a la ma, pero con funcin conocida?

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 PRINCIPALES PROVEEDORES DE RECURSOS

El National Center for Biotechnology Information (NCBI) centraliza

los bancos de datos y aplicacions de EEUU
El European Bioinformatics Institute (EBI) realiza una funcin similar
en Europa
GenomeNet reune bases de datos diversas en Japn

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 BASES DE DATOS EN NCBI
NUCLEOTIDE BROWSER
Esta base de datos nos permite la bsqueda y obtencin de
secuencias nucletidas.

1. Para introducir los trminos de bsqueda

2. Herramientas de bsqueda mas avanzada. (mas exacto)
Imaginemos que queremos buscar la secuencia del gen de la Spidroina en
una especie de araa NephilaClavipes(dicho gen hace de su seda una de
las mas fuertes y elsticas del mundo)

Introduciremos sucesivamente los trminos Nephila Clavipes Spidroin. Y se

hace click en Search.
Debe aparecer lo siguiente:
Recuadrado en celeste aparece la
entrada de Nucleotide correspondiente
a la secuencia buscada. Si pinchamos
en el enlace Fasta, tendremos la
secuencia en un formato utilizable en
distintos programas bioinformticos.

Una secuencia en formato FASTA, bien de nucletidos o

de aminocidos
 GENBANK
BROWSER
GenBankes la base de datos de secuencias genticas del NIH (National
Institutes of Health de Estados Unidos), una coleccin de disponibilidad
pblica de secuencias de ADN.

Es un almacn pblico de secuencias.

No modifican las secuencias sin el consentimiento de los autores.
Es redundante, pueden haber varias secuencias para un gen determinado.
Hay secuencias de muy buena calidad, pero tambin hay algunas no tan
buenas.
 Introduce
Puedes
aqu el
seleccionar
trmino de
otras bases de
la bsqueda
datos Inicia la
bsqued
a
Informacin
sobre el
Documentaci NCBI
n sobre el
NCBI Otras bases de
datos

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide
LOCUS AY182241 1931 bp mRNA linear PLN 04-MAY-2004
DEFINITION Malus x domestica (E,E)-alpha-farnesene synthase (AFS1) mRNA,
complete cds.
ACCESSION AY182241
VERSION AY182241.2 GI:32265057
KEYWORDS .
SOURCE Malus x domestica (cultivated apple)
ORGANISM Malus x domestica
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicots;
rosids; eurosids I; Rosales; Rosaceae; Maloideae; Malus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1931)
AUTHORS Pechous,S.W. and Whitaker,B.D.
TITLE Cloning and functional expression of an (E,E)-alpha-farnesene
synthase cDNA from peel tissue of apple fruit Encabezamiento
JOURNAL Planta 219, 84-94 (2004)
REFERENCE 2 (bases 1 to 1931)
AUTHORS Pechous,S.W. and Whitaker,B.D.
TITLE Direct Submission

Un archivo
JOURNAL Submitted (18-NOV-2002) PSI-Produce Quality and Safety Lab,
USDA-ARS, 10300 Baltimore Ave. Bldg. 002, Rm. 205, Beltsville, MD
20705, USA
REFERENCE 3 (bases 1 to 1931)
AUTHORS Pechous,S.W. and Whitaker,B.D.

tradicional
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (25-JUN-2003) PSI-Produce Quality and Safety Lab,
USDA-ARS, 10300 Baltimore Ave. Bldg. 002, Rm. 205, Beltsville, MD
20705, USA
REMARK Sequence update by submitter

GenBank
COMMENT On Jun 26, 2003 this sequence version replaced gi:27804758.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..1931
/organism="Malus x domestica"
/mol_type="mRNA"
/cultivar="'Law Rome'"
/db_xref="taxon:3750"
/tissue_type="peel"
gene 1..1931

CDS
/gene="AFS1"
54..1784
/gene="AFS1"
Tabla de caractersticas
/note="terpene synthase"
/codon_start=1
/product="(E,E)-alpha-farnesene synthase"
/protein_id="AAO22848.2"
/db_xref="GI:32265058"
/translation="MEFRVHLQADNEQKIFQNQMKPEPEASYLINQRRSANYKPNIWK
NDFLDQSLISKYDGDEYRKLSEKLIEEVKIYISAETMDLVAKLELIDSVRKLGLANLF
EKEIKEALDSIAAIESDNLGTRDDLYGTALHFKILRQHGYKVSQDIFGRFMDEKGTLE
DFLHKNEDLLYNISLIVRLNNDLGTSAAEQERGDSPSSIVCYMREVNASEETARKNIK
GMIDNAWKKVNGKCFTTNQVPFLSSFMNNATNMARVAHSLYKDGDGFGDQEKGPRTHI
LSLLFQPLVN"
ORIGIN
1 ttcttgtatc ccaaacatct cgagcttctt gtacaccaaa ttaggtattc actatggaat
61 tcagagttca cttgcaagct gataatgagc agaaaatttt tcaaaaccag atgaaacccg
121 aacctgaagc ctcttacttg attaatcaaa gacggtctgc aaattacaag ccaaatattt
181 ggaagaacga tttcctagat caatctctta tcagcaaata cgatggagat gagtatcgga Secuencia
241 agctgtctga gaagttaata gaagaagtta agatttatat atctgctgaa acaatggatt
//
 GENOME
BROWSER
Base de datos que proporciona informacin acerca de una variedad
de genomas, aproximadamente 900 organismos.

Tiene genomas de humanos,

microorganimso organellas y
virus