UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLGICAS

DEPARTAMENTO ACADMICO DE QUMICA BIOLGICA Y FISIOLOGA
ANIMAL

T1. Los enlaces qumicos en bioqumica, el agua en las reacciones

enzimticas. Protenas. Estructura.
T2. Enzimas. Caractersticas generales: Holoenzima, Apoenzima. La energa libre
y la cintica enzimtica Km consideraciones generales.

Ms.C. Patricia Elizabeth Torres Plasencia .

Losenlacesqumicosenbioqumica

Lostomosinteraccionanpormediodeenlacesqumicos:
covalentes(definenlaestructuradelasmolculas)yno
covalentes.

Enlacescovalentes:Msfuertes.Consisteenunpardeelectrones
compartidosentredostomosadyacentes.

Losenlacescovalentesynocovalentessonimportantespara
laestructurayestabilidaddelasmolculasbiolgicas.
 Enlacesnocovalentes

Interacciones electrostticas: Atraccinentrecargasopuestas.

Puente de Hidrgeno: tomo de

H parcialmente compartido entre
dos tomos relativamente
electronegativos (N, O). Grupo
donador del enlace de H: tomo
estrechamenteunidoalHyalt.
de H. Grupo aceptor de H: t. no
unido.

Interacciones de Van der Waals:Base:distribucindecargaselctricasdeun

tomovaraconeltiempo(distribucinasimtricadecargas).

Interacciones hidrofbicas: Algunasmolculas(apolares)nopueden

participarenlospuentesdeHnieninteraccionesinicasconelagua.
Tendenciaaasociarse:efectohidrofbico,Interaccinentremolc.
apolares:interaccinhidrofbica.
 Propiedadesdelagua

Diluyenteenelquetienenlugarlamayoradelasreaccionesbioqumicas.

Elaguaesunamolculapolar

Elaguaesmuycohesiva:Lasmolc.deaguainteraccionanatravsdepuentes
deH.Ejm:Hielo.
Lasmolc.Ensoluc.acuosainteraccionanconelaguaatravsdepuentesdeH
einteracc.Inicas.
 Protenas.Estructura
Protenas:macromolculasmsverstilesdelosseresvivos,participanen
unagamadefuncionesdeacuerdoadiversaspropiedades:

Sonpolmeroslineales:Construidospormonmeros:Aas.
Sonlatransicindesdeelmundounidimensionalaltridimensional(funcin).

Poseengruposfuncionales:alcoholes,tioles,tiosteres,c.Carboxlicos,
carboxiamidasyunaseriedegruposbsicos.

Puedeninteraccionarentresyconotrasmacromolc.paraformarasociaciones
complejas.

Algunassonmuyrgidasyotrasmuyflexibles.
 Lasprotenasseconstruyenapartirde20Aas

Son-aminocidos:tomodeCunidoacuatrogrupos.
Sonquirales:tomodeCunidoacuatrogruposdiferentes.

GrupoCarboxilo

Grupoamino tomodeH.

GrupoRcadenalateral.
IsmeroL

Dosismeros:LyD.L,constituye
lasprotenas.
IsmerosL,configuracinabsolutaR
ApHneutro,losAasseencuentrancomoionesdipolares:zwitteriones
Existen20tiposdiferentesdeGruposRocadenaslaterales:
ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS

Primaria
Secundaria
Terciaria
Cuaternaria
 Estructura Primaria

Eslasecuenciadeaminocidosdeunaprotena(cadenapolipeptdica)

Aasunidosporenlacespeptdicos

Cadaunidadaminoacdicasedenominaresiduo.
Elextremoaminoterminal(Nterminal),eselcomienzodelacadena
polipeptdica,porloquelasecuenciadeAasempiezadesdeah.
 Estructura Secundaria

Lascadenaspolipeptdicassepuedenplegarenestructurasregulares:hlice,
hojaplegada,giros()ybucles().

Hlice:Estructurahelicoidal,seestabilizaporpuentesdeHentrelosgrupos
NHyCOdelacadenaprincipal(puentesdeHintracatenarios).
HojaPlegada:SeestabilizanporpuentesdeHentrelascadenaspolipeptdicas(hebras).

Hojaantiparalela:Hebrasen
sentidosopuestos.Conectacada
Aas con un nico Aa (>
estabilidad).

Hojaparalela:Hebrasenel
mismosentido.

Tambinexistenhojasmixtas.
Girosinversosybucles:Seencuentranenlasuperficieyparticipanenlas
interaccionesentreprotenasymolculas.
 Estructura Terciaria

Elplegamientodelacadenaprincipalescomplejoydesprovistodesimetra.

Laformaglobaldelacadenapolipeptdicadeunaprotenaseconoce
comoestructuraterciaria.

Motivosoestructuras
supersecundarias:Hlice-vuelta-hlice.

Cadenaspolipetdicasquesepliegan
endosmsregiones(dominios),
conestadasporsegmentosflexibles.
 Estructura Cuaternaria

Paraprotenasqueposeenmsdeunacadenapolipeptdica.Serefiereal
ordenamientoespacialdelassubunidadesylanaturalezadesusinteracciones.
Formamssimple:dmero.

Lascadenaspolip.puedenensamblarseenestructurasdemltiplessubunidades.Cada
cadenapolip.esunasubunidad.
 ENZIMAS
Caractersticasgenerales.
Holoenzima.
Apoenzima.
Energalibre.
Cinticaenzimtica,Kmconsideracionesgenerales.
 ENZIMAS.CaractersticasGenerales

1.Composicin:
Casi todos son de naturaleza
proteica,exceptomolculasde
RNA catalticamente activas
(ribosimas).

Enlosviroidesdeplantas,comolosqueproducenla
mancha de los paltos y la mancha de la planta del
tabaco. Estas ribozimas contienen secuencias de
RNA, que tienen esta posibilidad de cortar otras
cadenas RNA, en secuencias de nucletidos bien
determinadas.
 ENZIMAS.CaractersticasGenerales
La actividad cataltica de muchos enzimas depende de la presencia
depequeasmolculasllamadascofactores.

COFACTORES

Molculasorgnicaspequeas
Metales deriv.vitaminas:coenzimas

Uninfuerte Unindbil

GrupoProsttico Cosustrato
 Enzimas que requieren
elementos inorgnicos
Citocromo oxidasa Fe2+, Fe+,
Catalasa, peroxidasa
Citocromo oxidasa Cu2+
DNA polimerasa
Anhdrasa carbnica Zn2+
Alcohol deshidrogensa
Hexoquinasa Mg2+
Glucosa 6-fosfatasa
Arginasa Mn2+
Piruvato quinasa K+, Mg2+
Ureasa Ni2+
Nitrato reductasa Mo2+
ENZIMAS.CaractersticasGenerales
Aumentan las velocidades
de las reacciones hasta
106 veces, sin afectar el
2.Podercataltico equilibriodelareaccin.

El enzima no se
modifica tras su
actuacincataltica.

Radicaenelcentroactivodelenzima
3.Especificidad (responsabledelainteraccin).
 ENZIMAS.CaractersticasGenerales

4. Requieren de condiciones ambientales: pH

Enzima pH ptimo
Pepsina 1.5

Tripsina 7.7

Catalasa 7.6

Arginasa 9.7

Fumarasa 7.8

Ribonucleasa 7.8
5. Requieren de condiciones ambientales: Temperatura

Enzima Temp. pt.

(oC)
Mamferos 37

Bacterias y algas aprx. 100

Bacterias rticas aprx. 0

Bacterias en muestra de hielo antigua

DIVERSAS APLICACIONES:

Medicina Transaminasas

Industria
Qumica Penicilina

Transformacin Fermentaciones
de Alimentos Quesos
Vinos

Agricultura Rhyzobium
 ENZIMAS.Clasificacin
Descubrimiento de ms y
ms enzimas surgieron
ambigedadesinevitables.
Anteriormente,losnombres:tipo
dereaccincatalizada,seguidopor
sufijoasa.Deshidrogenasas,
proteasaseisomerasas.

La UIB: sistema de nomenclaturas sin ambigedad. Cada enzima:

nombreynmerodecdigosingularqueidentificaneltipodereaccin
catalizadaylossustratoscomprendidos.
 De acuerdo al tipo de reaccin catalizada, los enzimas se agrupan
en seis clases:

1. Oxidorreductasas

Catalizan reacciones de oxidorreduccin,

transferencia de hidrgeno (H) o
electrones(e-)deunsustratoaotro.
 EC 1.1.1.2
Accepted alcoholdehydrogenase(NADP+)
name:
Reaction: analcohol+NADP+=analdehyde+NADPH+H+
Othername aldehydereductase(NADPH2);NADP-alcoholdehydrogenase;NADP+-
(s): aldehydereductase;NADP+-dependentaldehydereductase;NADPH-
aldehydereductase;NADPH-dependentaldehydereductase;
nonspecificsuccinicsemialdehydereductase;ALR1;low-Kmaldehyde
reductase;high-Kmaldehydereductase;alcoholdehydrogenase
(NADP+)

Systematicname: alcohol:NADP+oxidoreductase

Comments: Azincprotein.Somemembersofthisgroupoxidizeonlyprimary
alcohols;othersactalsoonsecondaryalcohols.Maybeidentical
withEC1.1.1.19(L-glucuronatereductase),EC1.1.1.33[mevaldate
reductase(NADPH)]andEC1.1.1.55[lactaldehydereductase
(NADPH)].A-specificwithrespecttoNADPH.

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
http://us.expasy.org/enzyme/
http://www.enzyme-database.org/
 2. Transferasas:
Transfieren grupos funcionales entre dadores y
aceptores. Transfieren grupos amino, acilo,
fosfato, glucosilo y los grupos
monocarbonados.
3. Hidrolasas:

La reaccin generalizada implica la

rotura hidroltica de enlaces C-C,
C-O, C-N, O-P y C-S; la rotura del
enlace peptdico es un buen ejemplo
de esta reaccin.
 4. Liasas:

Aaden o eliminan los

elementosdelagua,amoniaco
odixidodecarbono.
Las descarboxilasas eliminan
unidades de CO2 de y -
cetocidosoaminocidos.
 5. Isomerasas:

Catalizan isomerizaciones
de diversos tipos dentro
deunamolcula.
Interconversiones cis
transyaldosacetosa.
 6.
Ligasas:

Catalizan la unin de dos

molculasacopladasalahidrlisis
deATP.
El trmino sintetasa se reserva
paraestetipodeenzimas.
 CATLISIS ENZIMTICA:

Formacin del complejo Enzima - Sustrato

La mayor parte de la capacidad cataltica de los enzimas procede de yuxtaponer sus
sustratos en condiciones favorables dentro de los complejos ES para facilitar la
formacin de los estados de transicin. Los sustratos quedan unidos a una regin
especficadelenzimadenominadocentroactivo.
ElCentro Activo,alserlareginqueseunealsustrato,contienelosresiduos
que participan directamente en la produccin y roturas de enlaces (grupos
catalticos).Lafuncindelcentroactivoes:

Fijarespecficamentealsustrato
Transformarlocatalticamente.

Loscentrosactivosdelasdiversasenzimasposeenciertas
caractersticascomunes:

Centroactivo,porcinpequeadelvolumendelenzima

Esunaentidadtridimensional

Lossustratosseunenporfuerzasdbiles:Interaccion.
Electrostt.,hidrofbicas,VanderWaals,puentesdeH.

Loscentrosactivossonhoyosohendiduras

Laespecificidaddelenlacedependedeladisposicindefinida
delostomosdelcentroactivo.
Modelollave-cerradura

Modelodelajusteinducido
 CATLISIS ENZIMTICA:

LaprimeraleydelaTermodinmicaestablecequelaenerga
Energa libre: totaldeunsistemaysuentornopermanececonstante.

Paracomprenderelfuncionamientodelosenzimas,esnecesarioconocer:

Ladiferenciadelaenergalibre(G) Laenergaqueserequiereparainiciarla
entrelosproductosylosreactantes conversindelosreactantesenproductos
(energadeactivacinG++.).
Si Gesnegativo:Reaccinespontnea.
si Gescero:Equilibrio.
Determinalavelocidaddelareaccin
siGespositivo:Reaccinnoespontnea
A+B
C+D
Intervienenlosenzimas,favoreciendo
Laformacindelestadodetransicin.
 Losenzimasalteranlasvelocidadesdereaccinperonoelequilibrio

DeSaP:estadodetransicinX++que GentreX++yelS:energalibredeGibbs
Por lo tanto: tienemayorenergalibre. oenergadeactivacin:G++.
EnergaliberadaporinteraccionesdbilesentreelEy
Laesenciadelacatlisiseslaestabilizacin
el S (energa de unin) permite que la energa de
especficadelestadodetransicin.
activacindisminuya.
 CINTICA ENZIMTICA

Concentracinde enzima, sustratosy

pH productos(incluyendoinhibidoresy/o
activadores)

La cintica enzimtica estudia la velocidad

de las reacciones catalizadas por los
enzimas,ascomotambinlosfactoresque
intervienen.

Temperatura
Qusignificavelocidadcuandohablamosdeunareaccinqumica?
Sitenemoslasiguientereaccin:

Lavelocidad(V)eslacantidaddeAquedesapareceenunaunidaddetiempo
concreta;esigualalavelocidaddeaparicindeP,esdecir,lacantidaddePque
apareceenunaunidaddetiempocompleto.

Lavelocidaddelareaccinestrelacionadadirectamenteconlaconcentracin
deAmedianteunaconstantedeproporcionalidadk,denominadaconstantede
velocidad:

Primerorden

Muchasreaccionesbioqumicasimportantesincluyendosreactantes:

Segundoorden
V=k[A][B]

Pseudoprimerorden

Ordencero
 La concentracin del sustrato afecta la velocidad de
reaccin catalizada por enzimas

Parainvestigarlavelocidaddereaccinelmtodomssencilloesseguirel
incrementodelproductodelareaccinenfuncindeltiempo.

Sealcanzaunequilibrio,elenzimaes
activoytransformaelPenSyvicev.

Sinembargo,lascinticasenzimticassonmsfcilmentecomprendidas
siseconsiderasolamentelareaccindirecta(conversindelSaP).

Velocidad de catlisis (V0) : nmero de moles de producto formado por

segundocuandolareaccinacabadeempezar(t=0).
 Leonor Michaelis y Maud
Menten propusieron un
modelo sencillo que explica
estas caractersticas
cinticas mediante la
formacindeuncomplejoE-
S intermediario en la
catlisis.

k+1 k+2
E+S ES E+P
k-1 K-2
 Teniendoencuentalavelocidadde
reaccincercanaa0:
k+1 k+2
E+S ES E+P
k-1

Enelestadoestacionariola[ES]permanece
invariableylasconcentracionesdelSyPvan
cambiando. Se obtiene una constante que
relaciona las constantes de velocidad de
destruccinyformacindelcomplejo[ES]

Si K1 >> K2, Km = cte disociacin del complejo

ES,esdeciresunamedidadelaestabilidaddel
complejo ES: una Km baja indica una unin
Baja fuerte.
concentracin Perotambinapartirdelaecuacinde
de sustrato
MichaelisMenten:

ALTA concentracin
de sustrato
SATURACION
Si[S]esigualaKm,Vo=Vmax/2
GRACIASPORSU
ATENCIN