Curso Propedutico de Bioqumica

Fundamentos de los procesos

bioqumicos

Programa de Maestra en Ciencias Genmicas

Posgrado en Ciencias Genmicas
Universidad Autnoma de la Ciudad de Mxico
Ciudad de Mxico
2017
Tpicos a abordar

1.Definicin y objetivos de la Bioqumica.

2.Desarrollo histrico de la Bioqumica.
3.Bioelementos: estructura y funcin.
4.Enlaces qumicos
4.1.Enlaces inicos.
4.2.Enlaces covalentes.
4.3.Interacciones no covalentes.
5.El agua como disolvente biolgico.
5.1.Propiedades del agua.
5.2.Interaccin hidroflica.
5.3.Efecto hidrofbico.
5.4.Ionizacin del agua.
6.Concepto de pH.
6.1.Escala de pH.
6.2.Conceptos de cido y base.
6.3.Constante de disociacin de un cido.
6.4.Ecuacin de Henderson-Hasselbach y clculo de pK.
6.5.Buffer o amortiguadores.
 La bioqumica es el estudio de las molculas y reacciones
qumicas en la clula: es la disciplina que usa los principios y
el lenguaje de
la qumica para explicar la biologa a nivel molecular
El origen de la bioqumica se remonta a
comienzos del siglo XIX.

En 1828 Friendrich Wler sintentiz urea

por calentamiento de cianato de amonio:

Se demostr por primera vez que compuestos

encontrados exclusivamente en organismos vivos
se podan sintetizar de sustancias comunes
inorgnicas
 A finales del siglo XIX y mediados del XX se realizaron
dos grandes descubrimientos en la historia de la
Bioqumica
- Las enzimas como catalizadoras

- El papel de los cidos nucleicos como molculas portadoras de la informacin

En 1897 Eduard Buchner mostr que extractos de

clulas de levadura podan catalizar la fermentacin
de glucosa a alcohol y CO2

Anteriormente se consideraba que solamente las

clulas vivas podan catalizar tales reacciones
Emil Fisher determin la estructura qumica de diferentes
azcares y estudio la sntesis de purinas

Emil Fisher estudi el efecto

cataltico de las enzimas de
levaduras en una simple
reaccin de hidrlisis de la
sacarosa .

Fisher propuso la teora de

llave cerradura de la accin
de las enzimas (solo una
molcula con una estructura
adecuada puede servir de
sustrato de una enzima)
 Severo Ochoa hizo notables contribuciones al
conocimiento del Ciclo de Krebs y la sntesis de ARN

Contribuy al estudio del ciclo de

Krebs (citrato sintasa y piruvato
deshidrogenasa)

Sintetiz acido ribonucleico en el

laboratorio y aisl la
polinucleotidofosforilasa (1955)

Contribuy a descifrar el cdigo

gentico

1905-1993
 La identificacin de los cidos nucleicos como las
molculas de la informacin

En 1944: Oswald Avery, Colin MacLeod and Mclyn McCarty extrayeron

cido deoxirribonucleico de Strptococcus pneumoniae. Este experimento
aport la primera evidencia concluyente de que el DNA es el material gentico

En 1953 James D. Watson y Francis HC

Crick dedujeron la estructura
tridimensional del DNA
 La transmisin de la informacin biolgica
Watson y Crick
propusieron la
hiptesis de la
replicacin
semiconservativa, la
cual fue comprobada
experimentalmente
por Meselson y Stahl DNA RNA Protenas
en 1958 transcripcin traduccin

Investigaciones posteriores mostraron que la informacin del DNA

es transcrita a RNA y despus traducida a protenas
 El dogma central de la biologa molecular

En 1958 Crick predijo que el flujo normal de la informacin desde el DNA

a protenas es irreversible, de forma unidireccional:

DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGA MOLECULAR

 Las ciencias micas

Grandes avances en el rea de

En la ltima mitad del siglo XX Biologa estructural, particularmente
en las estructuras de las protenas

Desarrollo de la Biologa Molecular,

Finales siglo XX y principios siglo XXI Biotecnologa, Genmica,
Protemica, Bioinformtica
Los bioelementos son claves en los seres vivos

Elementos qumicos de la vida:

Seis elementos no metlicos: oxgeno, carbono, hidrgeno,

nitrgeno, fsforo, y sulfuro

Casi el 97% del peso de la mayora de los organismos

H2O Mayor componente de las clulas

Es mucho ms abundante en los organismos vivos

Carbono
que en el resto del universo
 En los organismos vivos se encuentran
IA
comnmente un total de 29 elementos 0

IIA IIIA IVA VA VIA VIIA

IIIB IVB VB VIB VIIB VIIIB IB IIB

H, C, N, O, P y S: 6 elementos abundantes
Na, Mg, K, Ca y Cl: 5 elementos esenciales
Mn, Fe, Co, Cu y Zn : elementos ms comunes que se encuentran como trazas
V, Cr, Mo, Ni, Ga, Al, Si, B, F, As, Se, Sn e I : los menos comunes
Las reacciones bioqumicas involucran enlaces qumicos
especficos y grupos funcionales

a) Compuestos
orgnicos

b) Grupos funcionales
Los enlaces en los compuestos bioqumicos
 El enlace qumico es la interaccin entre dos o ms
tomos que se unen para formar una molcula estable

Li , C , O ,etc.
(Lewis)
inico
covalente: polar y apolar Cuando se unen dos
metlico elementos
intermoleculares representativos,
tienden ambos a
completar su octeto (8
electrones en su ltima
Los electrones de capa), adquiriendo
valencia son los configuracin
responsables de electrnica de gas
la formacin de noble (s2p6),
enlaces entre los distribucin electrnica
tomos de mxima estabilidad

En un enlace los tomos pierden, ganan o comparten electrones para

alcanzar mayor estabilidad
 El enlace inico se establece por cesin de electrones
(uno o ms) de un tomo metlico a un tomo no
metlico

catin anin
(metlico)
Ley de F= q1 q2/r2D
Coulomb
Se produce entre elementos muy electronegativos y
elementos muy poco electronegativos
 Combinacin de un metal y un no metal: NaCl

Poco Muy
electronegativo electronegativo
e-

Los iones quedan unidos por fuerzas de

atraccin electrosttica
 Aspectos energticos del enlace inico

Hf = -390,4 kJ/mol

Distancia 2.8 A0

proceso exotrmico
Ejemplos
El enlace covalente se establece por comparticin de uno
o mas pares de electrones entre dos tomos de elementos
no metlicos (elevada y similar electronegatividad)

Cada tomo adquiere la configuracin electrnica de gas noble (octeto

completo)
El enlace covalente puede ser sencillo, doble o triple
energa de
enlace 110
Kcal/mol
Propiedades del enlace covalente
Propiedades del enlace covalente (cont.)
 El enlace covalente puede ser polar o apolar

No polares (Apolares): El par o

pares de electrones son compartidos
por tomos iguales (igual
electronegatividad), entonces el par o
pares de electrones compartidos son
igualmente atrados por ambos
tomos y los electrones estn a igual Cl2
distancia de ambos tomos.Existe H-H
una distribucin simtrica de los
electrones.

Polares: El par o pares de electrones son d+ d-

compartidos por tomos diferentes (distinta
electronegatividad), entonces el tomo ms H Cl H Cl
electronegativo atrae hacia s con mayor
intensidad los electrones compartidos,
producindose cierta asimetra en la distribucin
de las cargas en la molcula formada, que
posee un polo + y uno -, constituye un dipolo
HI y H2O
elctrico.
El grado de polaridad de un enlace covalente est relacionado con la
diferencia de electronegatividad de los tomos unidos.
Ejemplos
Ejemplos
El enlace metlico se establece entre tomos metlicos.
Los tomos metlicos dejan libres electrones s y d
adquiriendo estructura de gas noble u otras estructuras
electrnicas especialmente estables
Se forma un conjunto de iones positivos (restos positivos) que se ordenan
en forma de redes, los electrones liberados se deslocalizan, movindose
libremente por una extensa regin entre los iones positivos, formando lo
que se conoce con el nombre de "nube electrnica"
Las fuerzas intermoleculares son las fuerzas de atraccin
existentes entre molculas con enlace covalente

Enlace electrosttico
Enlace por fuerzas de Van der
Waals
Replicacin del ADN
Fuerzas de dispersin Plegamiento de proteinas
Fuerzas dipolo-dipolo. Reconocimiento de los
Fuerzas de orientacin sustratos por las enzimas
Deteccin de molculas
Enlace por puentes de sealizadoras
hidrgeno

son reversibles

Las fuerzas no covalentes dbiles difieren en geometra , fortaleza y

especificidad
El enlace por fuerzas de Van der Waals dipolo-dipolo se
presentan entre molculas covalentes polares

Las molculas polares se atraen entre s

debido a las atracciones entre sus dipolos

aparecen cuando los tomos estn

separados 3-4 Ao, dependen de la
distribucin asimtrica de los e- en
los tomos vecinos

Se deben a la interaccin entre los dipolos que constituyen las molculas

 La energa de las interacciones de Van der Waals es
una funcin de la distancia entre dos tomos

energa de No son
enlace 1 especficas a
Kcal/mol no ser que
exista una
gran cantidad
de estos
enlaces

distancia

repulsin, la nube
electrnica se
sobrelapa

Dependen de la complementariedad estrica

El enlace por fuerzas de Van der Waals de dispersin
ocurre entre molculas covalentes apolares

Se debe a la aparicin de dipolos instantneos que se crean con el

movimiento de los electrones
 El enlace por puentes de hidrgeno ocurre entre molculas
que tienen el hidrgeno unido a un elemento muy
electronegativo: F, N, O (molculas cargadas y no cargadas)

Al estar unido el tomo de hidrgeno con un

elemento muy electronegativo, oxgeno en
Molculas de agua
este caso, el par de electrones del enlace
estar muy atrado por ste ltimo. En la
molcula de agua se forman dos polos, O
polo negativo y H polo positivo.
energa de
O H ---- N enlace 3-7
O H ---- O Kcal/mol

donor aceptor
Entonces el tomo de H forma una unin electrosttica con el tomo de O de una
molcula vecina.

Tambin presentan este tipo de enlace

otras molculas como HF,NH3 y otras
muchas molculas orgnicas.

Un tomo de hidrgeno es compartido por otros dos tomos

 La base de las atracciones hidrofbicas es la capacidad
del agua de competir por los puentes de hidrgeno y las
interacciones electrostticas

Plegamiento de macromolculas
Unin de enzima-sustrato
Formacin de membranas

El agua atena las interacciones

La diferencia de electronegatividad entre los tomos y el
tipo de enlace
Relacin entre el tipo de enlace y sus propiedades
Relacin entre el tipo de enlace y sus propiedades
(cont.)
Sustancias inicas
Sustancias metlicas
Sustancias moleculares
Sustancias atmicas
Los compuestos orgnicos en las clulas vivas existen y
reaccionan en un ambiente acuoso

Constituye el 0.155 % del volumen terrestre

Se encuentra en estado slido, lquido y gas

Es el solvente biolgico por excelencia

Fue el medio ideal para el inicio de la vida

Las 2/3 partes del agua en el cuerpo humano

es fluido intracelular y el resto extracelular

El agua solubiliza y modifica

las propiedades de
carbohidratos y protenas
formando puentes de
hidrgeno con ellos
 El agua posee una estructura tetrahdrica irregular

Complejos
transientes
Forman dipolos
(1s)

Posee una estructura de tipo reticular

mantenida por puentes de hidrgeno
 La homeostasis celular se mantiene debido a la
distribucin del agua corporal, el pH y el
amortiguamiento de los fluidos

El H2O se comporta
como cido y como H2O + H2O H3O+ + OH-
base Kw:
producto
inico del
K =[H+] [OH-]/ [H2O] agua
Probabilidad
H+ exista 1 mol = 18 g Kw =K [H2O] = [H+] [OH-]
como in 1L = 1000 g Kw = 10-14 (mol/l)2
H2O pura 55.56 M
1.8 x 10 -9 para todas las
[H+] = [OH-] = 10-7 disoluciones
acuosas aunque
contengan cido o
K = 1.8 x 10 -16 mol/L base
 El pH es una medida de la
concentracin molar de iones H+ en
una disolucin
pH: Power of
Hydrogen pH = -log [H+]

cidos: donan protones acidos , bases fuertes: se disocian

bases : aceptan protones totalmente

acidos , bases dbiles: se disocian

parcialmente
Los valores de pH pueden variar entre 0 y
14
10 M HCl

Orina
pH: 4.6-8.0

7.35-7.45

10 M NaOH
 Una sustancia es un cido si es capaz de
ionizarse y formar H+ en soluciones
acuosas (concepto cido-base de
Arrhenius)

In
hidronio
Teora de Bronsted-
Lowry: un cido acta
como donante de
protones

Teora de Lewis: un cido fuerte: se ioniza casi completamente en

cido acta como un solucin
aceptor de pares de cido dbil: se ioniza dbilmente en
electrones solucin
 La fuerza de cidos o bases dbiles se expresa
como su constante de disociacin

par conjugado
(difieren en la
cantidad de
protones)

Forma protonada de
un cido: cido

Forma no
protonada de un
R-NH3+ R-NH2 + H+
cido: base
conjugada
K =[R-NH2] [H+] / [R-NH3+]

El pK de un grupo pK = -log K [R-NH2 ] = [R-NH3+]

cido es el valor de
pH cuando la forma K = [H+]
protonada y sin
protonar estn en
-log K = - log [H+]
iguales pK = pH
concentraciones
 El pH de una mezcla amortiguadora y de cidos
dbiles se puede conocer mediante la ecuacin
de Henderson-Hasselbalch
En la disociacin del cido dbil:

la constante de equilibrio es:

Si tomamos logaritmos:

y cambiando de
signos:

o lo que es lo mismo:
 El pH de una disolucin
amortiguadora depende de la naturaleza del
cido dbil que lo integra (de su pK)
cantidades
equimolares de
sal y cido
solucin
amortiguadora: pH = pK
resiste un
cambio de pH
despus de la
adicin de un
cido o base
fuerte o el
mismo volumen
de agua ( pK
2.0 U de pH)
El pK de un cido dbil es el pH del sistema amortiguador que se obtiene
cuando [sal] = [cido]
El pH de un sistema amortiguador depende
de la proporcin relativa entre la sal y el
cido, pero no de las concentraciones
absolutas de estos componentes

Si la dilucin llega a ser muy grande, el equilibrio de

disociacin del cido se desplazara hacia la derecha,
aumentando la [sal] y disminuyendo [cido], con lo cual
el cociente aumenta y el pH tambin, de forma que se
ira acercando gradualmente a la neutralidad (pH 7)

Aadiendo agua al sistema, las concentraciones de sal y cido

disminuyen paralelamente, pero su cociente permanece constante, y el
pH no cambia
 Cuando se aaden cidos o bases fuertes a la
disolucin amortiguadora, el equilibrio se
desplaza en el sentido de eliminar el cido
aadido (hacia la izquierda) o de neutralizar la
base aadida (hacia la derecha)

Se afectan a las
proporciones relativas de
sal y cido en el equilibrio.
Como el pH vara con el
logaritmo de este
cociente, la modificacin
del pH resulta exigua hasta
que uno de los
componentes est prximo
a agotarse
Las macromolculas
Polisacridos
Lpidos
Protenas
cidos nuclicos
Las protenas estn constituidas por aminocidos

Niveles de estructura de las protenas

Los carbohidratos estn compuestos principalmente por:
carbono, oxgeno y hidrgeno

Este grupo de compuestos incluyen azcares

simples (monosacridos) y sus polmeros
(polisacridos)

La estructura de los azcares se pueden representar de diversos modos:

a) Proyeccin de Fisher b) Proyeccin de Fisher c) Proyeccin de Haworth d) Conformacin de sobre

(cadena abierta) (forma de anillo)
La composicin de los carbohidratos

a) Glucosa (proyeccin de Haworth)

b) Celulosa: polmero lineal de

residuos de glucosa. Cada residuo
es unido al siguiente por enlace
Glucosdico (rojo)
Los cidos nuclicos estn compuesto por nucletidos

Nucletidos: compuestos por un azcar de 5 carbonos, base nitrogenada

heterocclica, y al menos un grupo fosfato

En los ribonucletidos el azcar es la ribosa (RNA) en los deoxi-

ribonucletidos el azcar es la deoxi-ribosa (DNA).

Deoxi-ribosa (pierde un grupo hidroxilo en el carbono 2)

Las bases nitrogenadas de los nuclotidos pertenecen a
dos familias: purinas y pirimidinas

Purinas: Adenina (A) y guanina (G)

Pirimidinas: Citosina (C), Timina (T) y uracilo (U). En un nuclotido la base

se une al carbono 1 del azcar y el grupo fosfato se une al carbono 5.

Estructura de la adenosn trifosfato (ATP)

 La estructura del ADN
Estructura de un dinuclotido Segmento corto de DNA

El grupo fosfato de un nucltido se une Dos cadenas diferentes

covalentemente al oxgeno del carbono 3 se unen para formar una doble
del azcar del otro nucletido: hlice. La secuencia de los pares
enlace fosfodiester. de bases dentro de la hlice
porta la informacin gentica
 Los lpidos son sustancias insolubles en agua
Molculas ricas en carbono e hidrgeno y contienen algunos tomos de
oxgeno.
Los lpidos ms simples son los cidos grasos: largas cadenas de
hidrocarbonos con un grupo carboxilo en uno de sus extremos.
Se encuentran comnmente como parte de los glicerofosfolpidos (componente
principal de las membranas biolgicas)

a) Glicerol 3-fosfato. El grupo fosfato es

bipolar

b) Glicerofosfolpido. Dos cadenas apolares

del cido graso se unen al glicerol 3-fosfato
mediante enlaces steres. X es un
Sustituyente del grupo fosfato
Estructura de los lpidos de membrana
Cabeza polar, hidroflica que puede interactuar con el medio
acuoso

Cola hidrofbica , las colas hidrofbicas se asocian

para formar la bicapa lipdica de las membranas biolgicas

Estructura general de la membrana biolgica.

 Las actividades de los organismos vivos no dependen
solamente de las macromolculas sino tambin requiere
del consumo de energa

Los organismos vivos estn transformando energa para crecer y reproducirse.

Flujo de energa
 Metabolismo: describe las reacciones en los cuales los
compuestos orgnicos son sintetizados o degradados y la
energa til es extrada, almacenada y usada
El estudio de los cambios de energa durante las reacciones metablicas

Bioenergtica Termodinmica

Velocidades de reaccin y equilibrio

La velocidad depende de las concentraciones [ ] de A y B

A+B C+D a mayor [A] y [B] mayor velocidad de reaccin.

Velocidad es directamente proporcional a [A] y [B]

 Velocidad=k[A][B]

Casi todas las reacciones bioqumicas son reversibles por lo tanto:

k1
A+B C+D
K-1

En el equilibrio de la reaccin:

k1[A][B]=k-1[C][D]

k1/k-1 = [C][D]/[A][B] = Keq Las concentraciones de los reactantes

deben ser iguales por tanto Keq=1

En muchos casos la Keq est en el rango de 10-3 a 103

Significa que la velocidad de una de las reacciones es mayor que otra

Methods have been developed for the measurement of the concentrations
of various kinds of ions using the cell potentials of special electrochemical
cells. If you form a voltaic cell with two different kinds of metal electrodes,
you get a characteristic cell potential for standard conditions where the
electrolytes are at the standard 1 Molar concentration. If the ion
concentrations are different from 1 M, then there is a change in the cell
potential described by the Nernst equation. Measurement of that change is
in essence a measure of the ion concentration, and can be exploited for
that purpose.
Perhaps best known is the measurement of pH which is a measurement of
the H+ ion concentration. Other ion selective electrodes have been
developed for the measurement of K+, Ca+, Mg+, NH4+, etc. Ebbing cites an
example of a specialized electrode designed for measuring the
concentration of urea, an nonelectrolyte. To do this, an electrode sensitive
to the NH4+ concentration is coated with a gel containing urease, an
enzyme which catalyzes the decomposition of urea, producing ammonium
ions. The measured NH4+ concentration can then be calibrated in terms of
the urea concentration in the solution.
 http://www.madehow.com/Volume-
6/Litmus-Paper.html
In pure water, the molar concentration of H+ ions is 10-7 M and the
concentration of OH- ions is also 10-7 M. Actually, when looked at in
detail, it is more accurate to classify the concentrations as those of
[H3O]+ and [OH]-. The product of the positive and negative ion
concentrations is 10-14in any aqueous solution at 25C.
An important example of pH is that of the blood. Its nominal value of pH
= 7.4 is regulated very accurately by the body. If the pH of the blood
gets outside the range 7.35 to 7.45 the results can be serious and even
fatal.
If you measure the pH of tap water with a pH meter, you may be
surprised at how far from a pH of 7 it is because of dissolved
substances in the water. Distilled water is necessary to get a pH near 7.
Meters for pH measurement can give precise numerical values, but
approximate values can be obtained with various indicators. Red and
blue litmus paper has been one of the common indicators. Red litmus
paper turns blue at a basic pH of about 5, and blue litmus paper turns
red at an acid pH of about 8. Neither changes color if the pH is nearly
neutral. Litmus is an organic compound derived from lichens.
Phenolpthalein is also a common indicator, being colorless in solution at
pH below 8 and turning pink for http://www.quimicas.net/2015/05/calculo-
pH above 8.
de-h3o-y-oh-partir-del-ph.html
A partir de esta frmula se pueden deducir fcilmente laspropiedades
de los amortiguadores:
1.- El pH de una disolucin amortiguadora depende de la naturaleza
del cido dbil que lo integra (de su pK), de modo que para cantidades
equimoleculares de sal y de cido, el pH es justamente el pK de este
cido. Dicho de otra forma, se puede definir el pK de un cido dbil
como el pH del sistema amortiguador que se obtiene cuando [sal] =
[cido] (Figura de la derecha).
2.- El pH del sistema amortiguador depende de la proporcin relativa
entre la sal y el cido, pero no de las concentraciones absolutas de
estos componentes. De aqu se deduce que aadiendo agua al
sistema, las concentraciones de sal y cido disminuyen paralelamente,
pero su cociente permanece constante, y el pH no cambia. Sin
embargo, si la dilucin llega a ser muy grande, el equilibrio de
disociacin del cido se desplazara hacia la derecha, aumentando la
[sal] y disminuyendo [cido], con lo cual el cociente aumenta y el pH
tambin, de forma que se ira acercando gradualmente a la neutralidad
(pH 7).
3.- Cuando se aaden cidos o bases fuertes a la disolucin
amortiguadora, el equilibrio se desplaza en el sentido de eliminar el
cido aadido (hacia la izquierda) o de neutralizar la base aadida
(hacia la derecha). Este desplazamiento afecta a las proporciones
relativas de sal y cido en el equilibrio. Como el pH vara con el
http://www.biologia.arizona.edu/biochemist
ry/problem_sets/ph/HH.html
Teniendo en cuenta que el cido actico es muy dbil y, por
tanto, el equilibrio de disociacin est casi totalmente
desplazado hacia la izquierda (desplazamiento favorecido por
la presencia de cantidades notables de acetato) podremos
sustituir en la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, sin
introducir errores, la concentracin de actico libre por la de
actico total ([AcH]=[cido]).
Anlogamente, como el acetato sdico est completamente
disociado podemos considerar que la concentracin del in
acetato coincide con la concentracin de sal ([Ac-]=[sal]).
Con estas modificaciones podemos expresar la ecuacin de
Henderson-Hasselbalch de una forma vlida para todos los
amortiguadores (no slo para el actico/acetato):
http://www.quimitube.com/videos/ejercicio-
20-calculo-del-ph-de-una-solucion-
amortiguadora-por-henderson-hasselbach
Calcular, a 25C, el pH de una disolucin
obtenida al disolver 0,8 moles de cido
actico y 0,8 moles de acetato de sodio
hasta obtener un litro de disolucin.
The measurement of the pH of a sample can be done by measuring the cell
potential of that sample in reference to a standard hydrogen electrode, as in
the accepted procedure for measuring standard electrode potentials. This
procedure would give a value of zero for a 1 Molar solution of H+ ions, so
that defines the zero of the pH scale. The cell potential for any other value
of H+ concentration can be obtained with the use of the Nernst equation.
For a solution at 25C this gives
Ecell = -0.0592 log10[H+]
or
pH = Ecell/0.0592
For this expression, a base change from the natural log to the base 10
logarithm was made in the Nernst equation.
In practice, the pH is not usually measured in this way because it
requires hydrogen gas at standard pressure, and the platinum
electrode used in the standard hydrogen electrode is easily
fouled by the presence of other substances in the solution
(Ebbing). Fortunately, other practical electrode configurations
can be calibrated to read the H+ion concentration. Laboratory pH
meters are often made with a glass electrode consisting of a
silver wire coated with silver chloride immersed in dilute
hydrochloric acid. The electrode solution is separated from the
solution to be measured by a thin glass membrane. The potential
which develops across that glass membrane can be shown to be
proportional to the hydrogen ion concentrations on the two
surfaces. In the measurement instrument, a cell is made with the
other electrode commonly being a mercury-mercury chloride
electrode. The cell potential is then linearly proportional to the
pH and the meter can then be calibrated to read directly in pH.
 Termodinmica

Si conocemos los cambios de energa asociados a una reaccin o procesos

Podremos predecir las concentraciones del equilibrio y la direccin

de la reaccin .

La cuantificacin termodinmica que nos da esa informacin

es :

La energa libre de Gibbs (G)

Las molculas en solucin tienen cierta energa que depende de:

temperatura, presin, concentracin etc.
 G = H -TS
H: cambio de Entalpa (cambio
en el contenido de calor)

S: cambio en la Entropa (cambio en

el desorden o azar)

T: temperatura en grados Kelvin

Un proceso bioqumico puede generar calor o absorberlo del medio, adems

puede ocurrir con un incremento o decremento en el grado de desorden o del
azar de los reactantes.
 Cuando G < 0 la reaccin es espontnea
G > 0 reaccin no espontnea
(requiere de energa externa)
G = 0 reaccin en equilibrio

G reaccin = G productos - G reactantes

No siempre se conoce la energa libre de Gibbs para cada molcula

Bioqumica.

La energa libre de Gibbs para una sustancia A:

(bajo condiciones estndar: T= 25 C (298K), 1 atm presin estndar,
1 M de todos los productos y reactantes, pH=7. Los cambios de energa de
Gibbs bajo estas condiciones se indica como G).
Donde R: constante universal de los gases (8.315 JK-1 mol-1)
T: temperatura en grados kelvin, la energa libre de Gibbs se expresa
en KJ mol-1

El trmino RT ln[A] se da a veces como: 2.303 RT log [A]

Para una reaccin dada

Si la reaccin est en equilibrio,

la relacin de concentraciones es
Keq por definicin y G reaccin = 0
Metabolismo: es la red completa de reacciones qumicas que ocurren en las
clulas vivas.

Metabolitos: molculas pequeas que son intermediarios en la biosntesis o

degradacin de los biopolmeros.

Metabolismo intermediario: reacciones que involucran a los a las molculas

de bajo paso molecular.

Reacciones anablicas

Reacciones catablicas
Los organismos en general muestras los siguientes aspectos comunes:

1. Mantienen concentraciones internas especficas de iones inorgnicos,

metabolitos y enzimas

2. Los organismos extraen energa de fuentes externas para conducir las

reacciones que consumen energa.

3. Las vas metablicas en cada organismo son especificadas por los genes que
contienen en sus genomas.

4. Los organismos y clulas interactan con el medio ambiente, las actividades

de las clulas son operadas por la disponibilidad de energa.

5. Las clulas de los organismos no son ensambles de molculas estticos,

aunque la concentracin de la mayora de las molculas es casi constante.
Muchos componentes celulares son continuamente sintetizados y
degradados, que los lleva al recambio.
 Vas o rutas metablicas

La gran mayora de las reacciones metablicas son catalizadas por enzimas por
lo que la descripcin del metabolismo incluye no solo los reactantes,
intermediarios y productos de las reacciones celulares sino tambin a las
enzimas relevantes.
La sntesis de glucosa a partir
de CO2 y H2O requiere el
consumo de ~2800kJ mol-1 de
energa.
Termodinmicamente es
imposible sintetizar glucosa en
un solo paso.

La oxidacin de la glucosa a
CO2 y H2O, libera ~2800kJ
mol-1
 Regulacin de las vas metablicas
La mayora de las vas metablicas proceden en una direccin bajo condiciones
fisiolgicas.

Cuando un metabolito entra a una va, cada paso de la va ocurre en una

secuencia, sin regresarse ni perder material celular y energa.

Dos patrones comunes de regulacin de las vas metablicas:

1. Retroalimentacin negativa o inhibicin por retroalimentacin

Cuando un producto (generalmente el

ltimo producto) de una va, controla la
velocidad de su propia sntesis a travs de
la inhibicin de un paso temprano
(generalmente el primer paso).
En una ruta de biosntesis cuando hay una
suficiente cantidad de producto, el flujo a
travs de la va es inhibido y solamente se
restaura en ausencia del producto.
 2. Retroalimentacin positiva o activacin por
retroalimentacin

Ocurre cuando un metabolito producido en

la fase temprana de la va, activa a una
enzima que cataliza la reaccin ms debajo
de la va.

Los activadores e inhibidores alostricos, los cuales son metabolitos

generalmente, pueden alterar rpidamente la actividad de muchas enzimas ya
que inducen cambios conformacionales que afectan la actividad cataltica.
3. Modificaciones covalentes

La actividad de las enzimas interconvertibles puede ser tambin alterada reversiblemente por
modificaciones covalentes como por ejemplo la adicin o remocin de grupos fosforilos. La
fosforilacin es catalizada por las cinasas a expensa de ATP y se revierte por la accin de las
fosforilasas.

En las vas catablicas: las enzimas se activan generalmente por fosforilacin y se inactivan por
desfosforilacin.

En las rutas anablicas las enzimas se inactivan por fosforilacin y se reactivan por
desfosforilacin.
 Papel regulador de las proten cinasas

La fosforilacin de diferentes protenas celulares por las cinasas activadas resulta

en la regulacin coordinada de diferentes rutas metablicas, algunas de estas
rutas pueden ser activadas y otras inhibidas.

Varios modos de regulacin pueden operar simultneamente dentro de una va

metablica.
 Principales rutas metablicas en las clulas

Todas las clulas requieren de

Anablicas fuentes externas de: carbono,
hidrgeno, oxgeno, fsforo,
azufre y de otros iones
inorgnicos.
Algunas especies (bacterias y
plantas) pueden crecer y
reproducirse utilizando las
fuentes inorgnicas de estos
elementos: Auttrofas
(fotoauttrofas como bacterias
fotosintticas, algas y plantas
y quimioauttrofas como
algunas bacterias)
Las Hetertrofas: necesitan
molculas orgnicas como la
glucosa (fotohetertrofas
como algunas bacterias y
quimiohetertrofos)

Las rutas de biosntesis

requieren de energa.
 Catabolismo

La produccin de ATP es una de las reacciones ms importantes del metabolismo.

La sntesis de ATP est acoplada al transporte de electrones asociado a membrana.

Citosol: sntesis Compartamentacin del metabolismo
de cidos Retculo
grasos, endoplsmico:
gliclisis, la sntesis de
mayor parte de lpidos de
las reacciones membranas
de la gluconeo-
gnesis y va de
las pentosas
fosfatos.

Mitocondria: Ncleo. Sntesis

ciclo del cido de cidos
ctrico, nucleicos
fosforilacin
oxidativa y
degradacin de
los cidos
grasos
 El cambio de la energa libre de Gibbs es una medida de la energa
disponible de una reaccin.

La energa libre estndar de Gibbs para una reaccin dada (Go) es el

cambio bajo las condiciones estndar de presin (1atm), temperatura
(250C = 2980K) y concentracin del in hidrgeno pH = 7). La concentracin
de cada reactante es 1 M bajo estas condiciones. Para las reacciones
bioqumicas la concentracin de agua se asume ser 55 M.

Esta reaccin solo aplica bajo condiciones estndar.

Los cambios reales de la energa libre de Gibbs para una reaccin depende de la
concentracin real de los reactantes y los productos:
 Para un proceso fsico o qumico, el cambio de la energa libre es expresado
en trminos de la entalpa (contenido de calor) y la entropa (desorden),
cuando los reactantes son convertidos en productos, a presin y temperatura
constante.

H= cambio de entalpa
S= cambio de entropa
T= temperatura en grados K

Cuando G es negativa la reaccin es espontnea.

Cuando G es positiva la reaccin no es espontnea, para que tal reaccin pueda
ocurrir necesita un suplemento de energa suficiente para que la cambio de energa
libre se convierta en negativa.

Una reaccin con un cambio de energa libre positivo procede espontneamente en

la direccin reversa.

Cuando G=0 la reaccin est en equilibrio y no hay sntesis neta del producto.
 Muchas reacciones metablicas tienen cambios de G positivos. Los cambios
entre G y Go depende de las condiciones celulares.

La condicin ms importante que ms afecta a G en las clulas, es la

concentracin de sustratos y productos en una reaccin.

A+B C +D

En el equilibrio la relacin sustratos y productos es por definicin la constante de

equilibrio (Keq) y el cambio de energa libre de Gibbs bajo estas condiciones es cero.

En el equilibrio

Cuando la reaccin no est en equilibrio la relacin productos/sustratos es diferente

entonces:

Donde Q =

Q es la relacin de masas
 Las reacciones metablicas se pueden dividir en dos tipos:

a) Las reacciones para las cules Q es cercana a Keq son llamadas reacciones
cercanas al equilibrio. Los cambios de energa libre de estas reacciones son
pequeos por los que las reacciones son reversibles.

b) Las reacciones cuando Q est alejada de Keq son llamadas reacciones

metablicas irreversibles (cuando Q se aleja 2 o ms rdenes de magnitud de
Keq).

G es un nmero negativo grande para las reacciones metablicamente

irreversibles.

La mayora de las enzimas en una ruta metablica, catalizan reacciones cercanas

al equilibrio y tienen suficiente actividad para restaurar los niveles de sustratos y
productos al estado cercano al equilibrio, pueden acomodar el flujo en cualquier
direccin.

En contraste la actividad de las enzimas que catalizan reacciones metablicamente

irreversibles, son generalmente insuficientes para llevar las reacciones cerca del
equilibrio.
Las reacciones metablicamente irreversibles, son generalmente los puntos de
control de las va metablicas y las enzimas son reguladas .
Algunas constantes fsicas y unidades que se usan en termodinmica
Relacin entre las constantes de equilibrio y
los cambios de energa libre de las
reacciones qumicas.

Para convertir kJ a kcal se necesita dividir el

nmero de kJ por 4.184
Interrelaciones entre la Keq, Go y la direccin de las reacciones
La energa libre del ATP

La hidrlisis del enlace

ster rinde aprox. 14
kJ/mol en condiciones
estndar mientras que la
hidrlisis de cada enlace
anhidro rinde 30 kJ/mol.
La hidrlisis del ATP juega
un papel termodinmico
importante en la
biosntesis.
Cuando se acopla a una
reaccin con un cambio
positivo de energa libre,
la hidrlisis del ATP
cambia el equilibrio de
todo el proceso a favor de
la formacin de los
productos
Hidrlisis de ATP
Los nuclesidos difosfatos y trifosfatos, tanto en soluciones acuosas como en el sitio activo de
la enzima forman complejos generalmente con iones de magnesio (algunas veces con el
manganeso). Estos cationes se coordinan con los tomos de oxgeno formando anillos de seis
miembros, lo mismo ocurre en los cidos nucleicos.

, complejos de MgATP

, complejos de MgATP
Varios factores contribuyen a la gran cantidad de energa que se libera durante
la hidrlisis de los enlaces fosfoanhidros:

1. La repulsin electrosttica de los tomos de oxgeno negativamente

cargados de los grupos fosfoanhidros del ATP es menor despus de la
hidrlisis.

2. Los productos de la hidrlisis, ADP y fosfato inorgnico, o AMP y pirofosfato

inorgnico, son mejores solvatados que el mismo ATP. Cuando los iones
son solvatados son elctricamente blindados uno de otros, esto disminuye
la repulsin entre los grupos fosfatos que ayuda a la hidrlisis.

3. Los productos de la hidrlisis son ms estables que el ATP.

Debido a los cambios de energa libre asociados a la ruptura de sus fosfoanhidros,

el ATP y los dems nuclesidos trifosfatos (UTP, GTP y CTP) son referidos como
compuestos ricos en energa.
 Papeles metablicos del ATP
La energa producida por una reaccin o proceso biolgico, est generalmente
acoplada a una segunda reaccin tal como la hidrlisis de ATP, sin la cul no
podra ocurrir espontneamente la primera reaccin.

Por ej:

La suma de los cambios de la energa libre de

Gibbs de las reacciones acopladas debe ser
negativa, para que ocurra la reaccin, esto no
significa que cada una de las reacciones tenga un
G < 0. la ventaja de las reacciones acopladas es
que la energa liberada por una reaccin dirige la
segunda an cuando sta sea desfavorable G>0

El flujo de la energa en el metabolismo depende de muchas reacciones acopladas que

involucran al ATP. En muchos casos estas reacciones acopladas estn enlazadas por un
intermediario compartido tales como las formas fosforiladas derivadas de los reactantes.
Transferencia de los grupos fosforilos
 Produccin de ATP por transferencia de grupos fosforilos

La habilidad de los compuestos fosforilados de transferir grupos fosforilos es llamada

potencial de transferencia de grupos fosforilos.

Los metabolitos con alto potencial de transferencia de grupos fosforilos, pueden donar un
grupo fosforilo al ADP para formar ATP. Algunos de estos compuestos ricos en energa, son
intermediarios de las vas catablicas, otros son compuestos almacenadores de energa.

Compuestos de alta energa

Compuestos de baja energa

El fosfoenolpiruvato, un intermediario de la gliclisis, tiene el mayor potencial de
transferencia de grupos fosforilos.

Los fosfgenos, que incluyen a la fosfocreatina y fosfoarginina, son molculas

fosfatos ricas en energa que sirven de almacenamiento. Los fosfgenos son
fosfoamidas (ms que fosfoanhidridos) y tienen un potencial de transferencia de
grupos mayor que el ATP.
 Estas molculas de almacenamiento de energa
se encuentran principalmente en las clulas de los
msculos de los animales.
En el msculo en reposo las concentraciones de
fosfocreatina son 5 veces ms altas que el ATP,
cuando los niveles de ATP bajan, la creatin cinasa
cataliza rpidamente la formacin de ATP a travs
de la transferencia de grupos fosforilos activados
desde la fosfocreatina al ADP

La fosfoarginina es la fuente de grupos fosforilos

activados en los invertebrados, notablemente en
moluscos y artrpodos.
 Transferencia de grupos nucleotidilos

Adems de las reacciones de transferencia de los grupos fosforilos, donde

participa el ATP, estn las reacciones de transferencia de los grupos
nucelotdilos.

Un ejemplo es la sntesis del acetil CoA, catalizado por la acetil CoA sintasa
En esta reaccin la fraccin AMP del ATP es transferida al grupo nucleoflico del
acetato para formar un intermediario acetil adenilato, se libera PPi. La reaccin es
completada por la transferencia del grupo acetilo del tomo de azufre nucleoflico
de la Coenzima A dando lugar a la formacin de acetil CoA y AMP.
 Los enlaces tiosteres son compuestos ricos en energa

La acetil CoA es un ejemplo

La alta energa de los tiosteres puede ser usada para generar equivalentes
de ATP o transferir los grupos acilos a molculas receptoras.

La alta energa del tioster

CoA es usado en el 5to paso
del ciclo del cido ctrico
cuando reacciona con GDP
(a veces con ADP) y Pi para
formar GTP (ATP). La
energa de los enlaces
tiosteres tambin dirige la
sntesis de los cidos grasos
Coenzimas reducidas: conservan la energa de las oxidaciones biolgicas.

Las coenzimas reducidas son otra clase de compuestos ricos en energa. Su

alta energa (o poder reductor) puede ser donada en reacciones de xido-
reduccin.
La energa de las coenzimas reducidas puede ser representadas como
equivalentes de ATP ya que la oxidacin de ellas est acoplada a la sntesis de
ATP.

Molcula que acepta electrones y es reducida Agente oxidante

Molcula que pierde electrones y es oxidada Agente reductor

Los electrones que se liberan en una oxidacin biolgica son transferidos

enzimticamente a agentes oxidantes, generalmente a: un nucletido de pirimidina
(NAD+) y algunas veces NADP+, a coenzimas Flavinas (FMN o FAD) o ubiquinona
(Q).
Cuando el NAD y NADP son reducidos en reacciones catalizadas por
deshidrogenasas, el anillo nicotinamdico acepta un in hidrido.
Las deshidrogenasas son miembros de las enzimas xidoreductasas .

NADH y NADPH junto a QH2 aportan el poder reductor. FMNH2 y FADH2 son intermediarios
reducidos unidos a las enzimas en algunas reacciones de oxidacin. Las coenzimas reducidas
NADH y NAPH tienen estructuras similares y juegan funciones similares en las reacciones de
xido-reduccin.
El potencial de reduccin de un agente reductor puede ser medido por su
reactividad termodinmica en celdas electroqumicas.

El potencial estndar de reduccin para la transferencia de electrones de una

especie de molcula a otra se relaciona con los cambios de energa libre
estndar para la reaccin de xido-reduccin en la siguiente frmula:

Donde n = nmero de electrones transferidos

F = constante de Faraday (96.48 kJ V-1 mol-1)
Eo es definido como la diferencia en volts entre el potencial de reduccin
estndar del sistema aceptor de electrones y el donador.

Si combinamos la ecuacin: Con la ecuacin:

Tendremos:
Flavoprotenas.