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Modelado de la estructura de una

protena (I)
Descripcin
Estructura de protenas
Prediccin de estructura secundaria
Plegado de la protena
Prediccin de estructura terciaria
Predicciones ab initio de estructura
Modelado por Homologa
Reconocimiento del plegado
Estructura de Protenas
Las protenas son hetero polmeros lineales de longitud fija;
Un solo tipo de protena siempre tiene el mismo nmero y composicin de monmeros,
Diferentes protenas tienen un intervalo de unidades de monmeros, desde unos cientos hasta miles;
Los monmeros son amino cidos, y has 20 tipos, los cuales tienen una variedad de propiedades
qumicas;
Por lo tanto hay una gran diversidad de posibles secuencias de protena. Las cadenas lineales se
pliegan a conformaciones especficas tri-dimensionales, las cuales estn determinadas por su
secuencia de amino cidos;
Las protenas generalmente se auto pliegan. Las estructuras tri-dimensionales de las protenas son
por lo tanto extremadamente diversas, desde las completamente fibrosas, hasta las globulares.
Las estructuras de las protenas pueden determinarse al nivel atmico por medio de:
Difraccin de neutrones y de Rayos-X sobre protenas cristalizadas,
Por espectroscopia de resonancia magntica nuclear (RMN) cuando las protenas estn en disolucin.
Sin embargo existen muchas protenas cuyas estructuras no se pueden resolver todava,
especficamente protenas de la membrana.
La estructura de una protena esta intrnsecamente relacionada con su funcin.
La determinacin experimental, o prediccin de la estructura, ayuda a la elucidacin del la funcin
de la protena;
Pueden disearse secuencias sintticas de protena para que stas tengan una funcin especfica..
Los veinte amino cidos que se encuentran en los sistemas biolgicos son:

Todos los amino cidos tienen


la misma formula general
Pptido
Los amino cidos estn ligados linealmente a travs de una unin peptdica.
Estas uniones se forman por medio de una reaccin de sntesis deshidratante:
Entre el grupo carboxilo del primer amino cido con el grupo amino del segundo
amino cido.
Estructura de una protena

APRKFFVGGNWKMNGDKKSLG
ELIHTLNGAKLSADTEVVCGA
PSIYLDFARQKLDAKIGVAAQ
NCYKVPKGAFTGEISPAMIKD
IGAAWVILGHSERRHVFGESD
=
ELIGQKVAHALAEGLGVIACI
GEKLDEREAGITEKVVFEQTK
AIADNVKDWSKVVLAYEPVWA
IGTGKTATPQQAQEVHEKLRG
WLKSHVSDAVAQSTRIIYGGS
VTGGNCKELASQHDVDGFLVG
GASLKPEFVDIINAKH
Estructura secundaria en protenas

Alfa hlice:
hlice hacia la derecha
3.6 residuo por giro de la hlice
puentes de hidrogeno entre residuos
n y n+4
Hebra Beta y hoja beta
Giro-Beta
4 residuos en longitud
Permite a la estructura el tener giros de 180 grados
El Mapa de Ramachandran
En un polipptido las uniones N-C y C-C de
la cadena principal son relativamente libres para
rotar. Estas rotaciones son representadas por los
ngulos de torsin phi y psi, respectivamente.
G N Ramachandran (1960) us modelos de
computadora de polipptidos pequeos para
variar sistemticamente los ngulos phi y psi
con el objetivo de encontrar conformaciones
estables. Para cada conformacin, la estructura
fue examinada en los contactos cercanos entre
sus tomos. Los tomos fueron tratados como
esferas duras con dimensiones correspondientes
a sus radios de van der Waals.
Por lo tanto, los ngulos phi y psi que
causan que las esferas colisionen
corresponden a la conformacin
estricamente no permitida del esqueleto
del polipptido.
Las reas blancas corresponden a las conformaciones donde los tomos en el
polipptido estn ms cerca que la suma de sus radios de van der Waals.
Estas regiones no estn permitidas estricamente para todos los amino cidos
excepto para la glicina que es nica ya que carece de una cadena lateral.
Las regiones en rojo corresponden a conformaciones donde no hay colisiones
estricas, i.e. estas son regiones permitidas principalmente las conformaciones
de -hlice y de -plegada.
Las reas amarillas son las regiones permitidas si se emplea en el clculo un
radio de van der Waals ligeramente ms pequeo, i.e. a los tomos se les
permites estr un poco ms cerca. Esto acarrea consigo una regin adicional que
corresponde a la -hlice izquierda.
La hlice 3(10) ocurre cerca de la parte superior derecha de la regin de -hlice y
est en el borde de la regin permitida indicando que tiene una estabilidad menor.
Regiones no permitidas generalmente involucran obstculos estricos entre el C-
del metileno de la cadena lateral y los tomos de la cadena principal. La glicina no
tiene una cadena lateral y por lo tanto puede adoptar ngulos phi y psi en todos los
cuatro cuadrantes del Mapa de Ramachandran. De aqu que sta ocurre
frecuentemente en las regiones de giros en la protenas donde cualquier otro residuo
estara obstaculizado de manera estrica.
Conformacin de la Cadena
Lateral
A los tomos de las cadenas de los
amino cidos se les da el nombre del
alfabeto Griego de acuerdo a este
esquema.

A los ngulos de torsin se le llama chi1,


chi2, chi3, etc., como se muestra abajo
para la lisisna.
Estructura terciara de protenas
Fuerza directriz del plegado:
Efecto hidrofbico
Electrosttico
Puentes de hidrgeno
Puente disulfuro
PDB: protein data bank
Almacn de coordenadas de protenas
Disponible al publico
Se requiere que se depositen las coordenadas
cuando el artculo es publicado
La informacin incluida en los archivos pdb
necesita ser revisada cuidadosamente. Por ejemplo:
la descripcin del sitio activo puede que no sea del
todo correcta.
Formato
SCOP (Structural Classification of Proteins)
Clases:
Protenas todas alfa (126)
Protenas todas beta (81)
Protenas alfa y beta (a/b) (87)
Principalmente hojas plegadas beta paralelas (unidades beta-alfa-beta)
protenas Alfa y beta (a+b) (151)
Principalmente hojas plegadas beta antiparalelas (regiones segregadas alpha y beta)
Protenas Multi-dominio (alpha y beta) (21)
Pliegues consistentes de uno o ms dominios de diferentes clases
Protenas y pptidos de la membrana y la pared celular (10)
No incluye a protenas en el sistema inmune
Protenas pequeas (44)
Generalmente dominadas por ligandos de metal heme, y/o puentes disulfuro
Protenas super enrolladas (4)
Estructura de protenas de baja resolucin (4)
Pptidos (61)
Pptidos y fragmentos
Protenas Diseadas (17)
Estructuras experimentales de protenas esencialmente con secuencias no-naturales
Los niveles 2, 3 y 4 vienen bajo la sombrilla de estructura terciaria, pero la estructura terciaria
tambin puede describir como se empacan los dominios. Los niveles 2 y 3 pueden considerarse
como constituyentes de la estructura super-secundaria.
No todos los dominios de pliegue consisten de ornamentos de estructura super-secundaria; por
ejemplo el pliegue de la globina incluye una unidad -, pero sus seis hlices restantes no
comprenden ningn ornamento clsico de estructura super-secundaria.
Toda-Alfa
La Hlice Solitaria: protenas pequeas (o pptidos) que
consisten de un poco ms que una hlice simple. Ejemplo: el
glucagon, una hormona involucrada en regular el
metabolismo del azcar en los mamferos (como lo hace la
insulina).

Ornamento Hlice-giro-hlice: El arreglo de empacado


ms simple de un domino de dos hlices es que stas lo
hagan de forma antiparalela, conectadas por un giro corto.
eg. La estructura de la pequea (63 residuos) protena
Rop que se une al ARN, la cual se encuentra en ciertos
plsmidos (pequeas molculas circulares de ADN de
doble cadena que existen en bacterias y levaduras) y que
estn involucradas en su replicacin. Tienen un pequeo
giro en su arreglo tri-dimensional
El bulto de Cuatro-Hlices: En muchos casos las hlices son parte de una cadena
polipeptdica simple, conectadas entre si por tres vueltas o giros.
Sin embargo, la molcula Rop es de hecho un dmero de dos unidades de dos
hlices.
Las interfases entre las hlices consisten sobre todo de residuos hidrofbicos
mientras que las cadenas laterales polares en la superficie expuesta interactan con
el ambiente acuoso.
eg. La Ferritina
Protena de Membrana : centro de reaccin fotosinttica. Cinco hlices.

Uterologina: una protena que se une a los


esteroides
Topologa: Las cuatro hlices pueden ser arregladas en una topologa simple
de arriba-y-abajo, o en arreglos ms complejos.
Los sitios de unin del ligando de estas
protenas ocurren dentro de las hlices alfa:
Citoquinas: Interleuquina-2, Hormona del crecimiento humano,
Granulocito-macrfago factor estimulante de colonias (GM-CSF) e
Interleuquina-4

Protena que se une al ADN: engrailed


homodominio
Todas-Beta

Beta Sndwiches y Barriles Beta : En el plegado


de la inmunoglobulina, las cadenas forman dos
hojas beta empacadas una junto a la otra, formando
un "beta sndwich".
El modulo estructural de la inmunoglobulina
es uno de los ejemplos mejor conocidos de
mezclado y duplicacin de exones. Est
presente en una amplia variedad de protenas
en la superficie de las clulas.
El plegado consiste de 9 cadenas antiparalelas
beta, formando dos hojas plegadas beta en un
'sndwich'.

Beta Sndwiches Alineados y Ortogonales.


La protena intestinal lipocalina que se une a los cidos grasos
Barrriles Beta: Algunos dominios de hoja plegada beta antiparalela se describen mejor
como barriles beta ms que como beta sndwiches
eg. La Porina: hojas beta en una formacin de barril beta hecho de 16 hebras que
forman un poro en la membrana de entre 1.7 - 2.5 nm en dimetro.
Topologa de las Protenas Todo-Beta
Hojas Plegadas Beta arriba-y-abajo: La topologa ms simple para una hoja
beta antiparalela involucra giros que conectan las hebras adyacentes.

La topologa de Llave Griega, nombrado en honor a un patrn que fue comn


en la cermica Griega, que se muestra a continuacin.
Tres cadenas arriba-y-abajo conectadas por vueltas de horquilla que son
seguidas de una conexin ms larga hacia la cuarta cadena, que se ubica
de manera adyacente a la primera.
Plastocianina:

Gamma-cristalina tiene dos dominios donde cada uno es una cadena de ocho cadenas
beta en una estructura de barril beta compuesta de dos Llaves Griegas.
Pliegue enrollado: formado al aadirse un remolino
extra a la Llave Griega
Protenas de la Membrana

Cada clula est encerrada por una membrana plasmtica. Adems, el


citoplasma de clulas eucariotas contiene una variedad de organelos, cada uno
encerrado por una membrana interna.
Todas la membranas son ensambles de molculas de lpidosy protenas
que se mantienen unidas por interacciones no-covalentes.
Los lpidos son anfipticos , ie estos tienen una cabeza hidrofilita polar y
una cola hidrofbica no-polar,
Por lo tanto estos forman espontneamente bicapas en disolucin acuosa.
La membrana es fluida, con molculas individuales de lpido capaces de
difundirse libremente dentro de la bicapa.
Por lo tanto se puede considerar como un disolvente bi-dimensional para
las protenas. Las protenas se difunden ente 100 - 100,000 veces ms
lento que los lpidos. Existen tres tipos principales de lpidos en las
membranas: fosfolpidos (los ms abundantes), glicolpidos y el colesterol.
La composicin de las membranas vara dependiendo de su funcin.
Las membranas plasmticas de las clulas animales son aproximadamente
50% protena in trminos de peso.
La membrana interna de las mitocondrias, que estn involucradas en la
transduccin de la energa, son alrededor de 75% protena.
Para la mielina, que funciona como un aislante, es aproximadamente 25%.
Muchas protenas de membrana, llamadas glicoprotenas, tienen grupos de
carbohidratos unidos covalentemente. En las clulas de mamfero tales
cadenas a menudo estn ligadas al grupo amida de la Asparagina.
Las cadenas de carbohidrato se encuentran en el lado extracelular de las
membranas plasmticas, y en el lado luminal de las membranas
intracelulares alrededor de los organelos.
Funcin de la Membrana: Una membrana no es simplemente una barrera
fsica entre el citoplasma de la clula y su ambiente externo, o entre los
diferentes compartimentos de uan clula. Las funciones de las membranas
dependen de las protenas que contienen. Algunas de estas protenas tienen
principalmente un papel estructural, mientras que muchas enzimas estn
asociadas con las membranas.
Algunas protenas de la membrana son ligas estructurales entre el citoesqueleto celular y
la matriz extracelular.
Otras protenas forman montajes donde se unen las clulas vecinas en un tejido.
Algunas protenas de membrana transportan selectivamente molculas especificas y
iones dentro y fuera de la clula u organelo.
Otras son receptores de seales qumicas desde afuera de la clula u organelo.
Algunas protenas catalizan reacciones en membranas especializadas, tales como en la
produccin de energa a partir de la luz solar, y el acoplado del flujo de electrones en la
sntesis de ATP.
Categoras de las protenas de membrana: La manera en la cual una protena se asocia
con una membrana depende de su estructura la que puede ser categorizada como:
1. La protena esta insertada parcialmente en la membrana. Como en los lpidos es de
naturaleza anfiptica: tiene un dominio donde los residuos hidrofbicos estn expuestos
en la superficie, que estn en contacto con la parte interna, hidrofbica de la bicapa
lipdica, y un dominio polar que interactua con el disolvente y con las cabezas polares de
los lpidos.
Algunas de la protenas-G, que se unen a los guanosil nucletidos pertenecen a este
grupo.
Pocos ejemplos se han encontrado en donde una protena se encuentra en el lado
extracelular de la membrana plasmtica, aunque la melitina, una toxina del veneno
de las abejas, puede ser una de stas.
2. Ms comnmente, existe un
dominio hidroflico en cada extremo
de la protena.
Un solo dominio hidrofbico
cruza toda la membrana.
Los dominios trans-
membranales tienden a estar
formados de -hlices, eg. la
Glicoforina (en eritrocitos), y
muchos otros receptores, tales
como los receptores del factor de
crecimiento, el receptor de la
insulina, etc.
3. Algunas son protenas perifricas:
estas no se insertan en la membrana
ya que no tienen una superficie
hidrofbica bien definida.
Estas se unen a la membrana
principalmente por asociaciones
inicas con las cabezas polares
de los fosfolpidos, o con otras
protenas de la membrana.
Ejemplos son la profilina, la
subunidad F1 de la ATP-
sintetasa, y el citocromo c
4. La cadena polipeptdica puede atravesar la membrana varias veces. La protena puede
tener un poro que corre a travs de sta y acta como un canal transmembranal o
como una bomba de iones.
Tale protenas tienen una orientacin particular en la membrana: estas son
funcionalmente asimtricas. Un ejemplo es la Bacteriorodopsina.
5. Otro tipo de protena perifrica se asocia con la membrana por medio de ligas
covalentes a un glicolpido en la bicapa as como con algunas molculas adhesivas
de la sper familia de las inmonuglobulinas, e.g. Thy-1, NCAMV
Las protenas de la membrana son difciles de cristalizar.
Debido a que ellas tienen superficies hidroflicas e hidrofbicas significativas, ellas
no son solubles en disoluciones reguladoras acuosas, y se desnaturalizan en
disolventes orgnicos.
Mtodos tales como la Espectroscopia Infra-roja, Espectroscopia Raman y Dicrosmo
Circular se usan para deducir su estructura secundaria.
Sin embargo, otras tcnicas permiten identificar las regiones transmembranales.
Una secuencia relativamente larga, ininterrumpida de residuos hidrofbicos es
posible que represente a una estructura que atraviesa la membrana.
Un nmero de residuos hidroflicos pueden estar en una estructura empacada tal
como el centro de reaccin fotosinttico. Una medicin cuantitativa de la
hidrofobicidad de una secuencia es requerida.
Varias escalas de hidrofobicidad para los amino cidos basados en, por ejemplo, la
energa libre de transferencia de la cadena lateral de un disolvente inorgnico al agua
han sido compiladas.
Para cada posicin i en la secuencia, un ndice de hidroptia puede ser calculado
como el valor medio de la hidrofobicidad de todos los residuos desde eg i-9 a i+9.
Picos agudos en una grafica del ndice de hidroptia contra cada residuo representa
secuencias que sern inusualmente hidrofbicas para una protena soluble y que por
lo tanto son fuertes candidatos para ocupar una seccin transmembranal.
De hecho tales graficas han sido muy tiles en predecir correctamente las secuencias
que atraviesan la membrana en estructuras que han sido posteriormente elucidadas
por cristalografa de Rayos-X, tales como el centro de reaccin fotosinttico.
Software Grafico
Rasmol, Molmol, ArgusLab
Quanta
VMD
Despliega la estructura
Reproduce la trayectoria de la simulacin
Anlisis de la estructura: longitud de unin, ngulo
Hace pelculas
Muchos grupos escriben su propio software para
tener caractersticas especiales: comparacin de
estructuras, clculo de la energa,