ACIDES AMINES, PEPTIDES, PROTEINES

- Acides amins

- Peptides

- Protines, relations structure/fonction

LES PROTEINES
Structures, relation structure/fonction

I - Introduction
II Structure secondaire
III Structure tertiaire
IV Structure quaternaire
 I - INTRODUCTION
A Dfinitions :
Protines = enchainement dacides amins
(> 100 aa)
Leur squence est leur structure primaire
Les chanes protiques ne sont pas ramifies.
Il peut y avoir plusieurs chanes associes.

Suivant la composition on distingue :

- Holoprotines : uniquement constitutes
daa.
- Htroprotines : protines constitues
daa mais aussi dune partie non protique
appele partie prosthtique.

Suivant leur forme on dfinit :

Protines fibreuses (ou sclroprotines)
Protines globulaires (ou sphroprotines)
B Importance biologique des
protines :

Importance quantitative :
50% du poids sec des cellules.
Le mtabolisme de lazote celui des
protines (N = 16% de la masse des protines)

Importance fonctionnelle :
Toutes les activits cellulaires impliquent
des protines

Rles physiologiques :
protines de support, enzymes,
transporteurs, protines de stockage,
anticorps, protines contractiles,
hormones..etc..

Rles pathognes :
maladies gntiques, certaines maladies
infectieuses (toxines, prion...)
C Synthse et modifications
post-traductionelles

1 La synthse des protines se

fait au cours de la traduction

- dans le RE, traduction de lARNm;

NB: importance du 2me nuclotide

Hydrophobes Svt Polaires

 2 Exemple de modifications
Post-traductionnelles
Glycosylation: = glycoprotines
fixation de chanes glucidiques ramifies
sur la chane peptidique en cours de
synthse (N-glycosylation sur Asn, O-
glycosylation sur Ser ou Thr). Rle dans
le trafic intracellulaire et les interactions
moldculaires

Phosphorylation (sur Tyr, Ser, Thr); peut

rguler une activit biologique (enzyme)

Clivages
/expl: les protines excrtes
/expl: POMC
Pro-opiomlanocortine (POMC)

Ant-hypophyse
ACTH b-lipotropine
Lobe intermdiaire g-lipotropine b-MSH
de lhypophyse
a-MSH endorphine
ACTH = hormone adrno-corticotrope
MSH = hormone stimulant les mlanocytes
D Dgradation des protines:

- Extracellulaire pour les protines

scrtes (protases plasmatiques)

- Ou intracellulaire.
dgradation prcisment rgule

/ex. la polyubiquitylation des protines

(elle-mme sous le contrle de trois
enzymes) est un signal pour que la
protine soit dgrade (Ub = ubiquitine =
peptide de 76 aa)

Ub
Ub
Ub
Protine Ub

Dgradation par le protsaome

(complexe macromolculaire cytosolique)
I I - Structures secondaires

- Cest le premier degr de

complexit dans lespace dune
chane protique.

- Elle correspond la rptition

dune orientation spcifique
entre 2 aa successifs
dtermine par les angles f et qui sont
constants tout le long de la strucutre
secondaire

- Il existe un nombre limit de

strucures secondaires
diffrentes:
Hlice a, (hlice p)
Feuillet pliss b
Hlices du tropocollagne
 A - Hlice a
Hlice droite

H N C
Stabilisation
C Ca O
N par des
O R liaisons H
R Ca H intrachanes
RH Entre le O dun CO
C dun AA n et le H du
N NH de lAA n+4
O Ca C
H N
O
C Ca
1,5 N R
O
R Ca
H 5,4
H
C R 3,6 aa
N Ca N
O H
R
C Ca
N
O
 Les chanes latrales sont
orientes vers lextrieur

Suivant la nature de la chane latrale, la

formation dhlices a sera favorise ou
dfavorise :

AA stabilisant
Leu, Phe, Trp (interactions hydrophobes)
AA dstabilisant
- diacides ou dibasiques voisins (rpulsion)
- Val, Ile, Thr (substitus en b, gne spatiale)
AA entranant une rupture de lhlice:
Pro
La kratine a = protine de structure trs
riche en hlices a

Structure dun cheveu

Microfibrille
Super hlice macrofibrille
gauche

Hlice a
Cheveu
protofilament
 B - Feuillets plisss b
H H Brins b
R O R
ct C C C N
N C N
C-terminal O C
H H R OC
H
H
liaisons H H
interchanes H
O C H RO
R
C N C N C
ct N C H
R O C
N-terminal H H
3,5
7
- Les feuillets b sont stabiliss par des petits
aa hydrophobes = flexibles et insolubles

- Plusieurs feuillets plisss peuvent sempiler

(stabiliss par des interactions hydrophobes)

Expl : la fibrone de la soie

Fibre du vers
soie
(Gly-Ala-Gly...)
C - Hlices du tropocollagne (type I)
hlice gauche forme par
rptition de 3 AA = 3aa par tour
(Gly-Pro-X)n,
X est de nature variable
Pas de liaison H intrachanes

2,9 entre 2 aa

Tropocollagne = triple hlice

droite stabilise par des
liaisons H interchanes (entre
le CO dune Gly et le NH dune
Gly dune autre chane)

Tropocollagne

Ponts covalents entre deux lysines

Fibrille de collagne
 III - Structure tertiaire des protines
= Repliements de la chane protique sur
elle-mme qui caractrisent les protines
globulaires

A Formation de la structure tertiaire :

conditionne par la squence en aa

Cf. exprience de la renaturation spontane
de la ribonuclase

Ribonuclase
fonctionnelle

Renaturation spontane
Dnaturation =les ponts disulfures se
+ ure reforment au mme endroit
+ mercaptoethanol

SH
SH
SH
SH SH Ribonuclase
SH dnature
SH SH
 Ces repliements sont de plus facilits au
cours de la synthse par des protines
chaperons

Chaperons

Ribosome Protine replie

Puis stabilisation par diverses liaisons

Liaison Liaison
ionique hydrogne

Interactions
hydrophobes
Liaison de Pont disulfure
coordination
 B - Notion de domaine
La structure tertiaire des protines dfinit
des units de plicatures qui sont des
modules ou domaines fonctionnels que
lon trouve sur des protines diffrentes
(squence ancestrale commune qui sest duplique et
diversifie)

Exemple 1 :
protines en doigts zinc, facteurs de
transcription de lADN
- 2 brins b et 1 hlice a ( 30 aa)
- Stabilisation par le Zinc (coordination
avec 2 Cys et 2 His)
-Cest lhlice a qui est en contact
avec lADN: liaisons H entre aa et 3
ou 4 pdb.

Zn
 Expl 2 : les anticorps ou immunoglobulines
structure en Y (ventuellement multimrique)

IgG
Site de liaison
Domaine de 110 aa lantigne
VH VH
N-ter
N-ter
N-ter CH1 V

VL
VL
-S-S-
-S-S-
CL CL
-S-S-

-S-S-

glycosylation CH2 CH2

C
-S-S-

-S-S-

CH3 CH3
VH= domaine variable de la chane lourde
VL= domaine variable de la chane lgre
CH= domaine constant de la chane lourde
CL= domaine constant de la chane lgre

- Lextrmit N-ter du Fab est le site de

reconnaissance de lAg = partie variable = la squence
varie en fonction de lAg reconnu

- Le fragment Fc permet llimination de lAg - Par

activation denzymes plasmatiques - Par activation de
cellules tueuses
C - Structure tertiaire et protine prion
Maladie dite de la vache folle: accumulation
d'une protine pathogne (PrPsc) qui diffre
uniquement par sa conformation de la
protine normale (PrP)

PrP PrPsc
hlices a > brins b hlices a < brins b

La fin de la rgle: une squence

primaire dtermine une structure tertiaire
Existence de protines infectieuses

Rle physiologique de protines de

type prion dans lembryognse ?
lapoptose ..?
 IV - Structure quaternaire
= agrgats protiques non covalents
Les sous-units sont souvent homologues
ou identiques (compltement ou 2 2)
Lunit structurale = monomre
(NB: le protomre est la plus petite sous-
unit fonctionnelle)

Stabilisation par des

interactions hydrophobes
liaisons hydrognes
(liaisons ioniques)

Avantages des structures IV pour la cellule

Diminution du risque derreur lors

de la synthse de la protine

Economie de squence dADN

Diversit fonctionnelle, allostrie