Curso de Bioquímica y Biología Molecular para la maestría de Bioinformática

Bioenergética, Enzimas, Metabolismo….

Dra. Laura Castro

Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina
Universidad de la República
Metabolismo celular
 Bioenergética

• Leyes de la termodinámica

• Relación entre la energía libre estándar y la constante de equilibrio

• Energía libre y su dependencia con la concentración de reactivos y productos

• Transferencia de grupos fosfato y rol del ATP

• Reacciones de óxido reducción y obtención de energía

 Bioenergética: es el estudio cuantitativo de las transferencias energéticas
que se producen en las células así como la naturaleza y función de los procesos
químicos implicados en estas transferencia de energía.

Leyes de la Termodinámica:

Primera ley o principio de la conservación de la energía: en cualquier cambio físico o

químico, la cantidad total de energía del universo permanece constante.

Segunda ley: en todo los procesos la entropía del universo se incrementa o la

entropía de un sistema aislado tenderá a aumentar hacia un valor máximo.
 Definiciones

SISTEMA: Es la porción de universo que tomamos como objeto de estudio.

Existen tres tipos de sistemas:

SISTEMAS AISLADOS (no intercambia materia ni energía)

SISTEMAS CERRADOS (no intercambia materia si energía)

SISTEMAS ABIERTOS (intercambia materia y energía)

ESTADO DE UN SISTEMA: es el conjunto de

propiedades que permiten definirlo (ej.: P, V, T)

SISTEMA + ENTORNO= UNIVERSO

¿Qué tipo de sistema es una célula?

 Algunas definiciones:
Entalpía
H o entalpía, expresa el contenido de calor en una reacción a presión constante,
se mide como la diferencia entre: H(productos) – H(reactivos) = H

Cuando se libera calor se dice que es una reacción exotérmica y H es negativo

ya que el contenido de calor de los productos es menor que los reactivos; si la
reacción absorbe calor del medio se habla de una reacción endotérmica y
H es positivo. H es equivalente a E cuando no hay cambios de volumen.
Energía Libre
G o energía libre de Gibbs, expresa la cantidad de energía capaz de realizar
trabajo, se mide como la diferencia de energía entre
G(productos) – G(reactivos) = G,

si G es negativo si dice que es una reacción exergónica, si G es positivo la

reacción es endergónica.

Entropía
S o entropía, es una magnitud del desorden en un sistema, cuando los productos
son menos complejos y más desordenados que los reactivos la entropía aumenta,
S(productos) – S(reactivos) = S
Estas magnitudes (bajo condiciones de temperatura y presión constantes)
están relacionadas entre si de acuerdo con la siguiente ecuación:

G = H - T S
energía libre entalpía entropía

donde T es la temperatura absoluta (en grados K).

Todo proceso esta termodinámicamente favorecido cuando G es negativo

o es exergónico, cuando G = 0 el proceso esta en equilibrio.
 Glucosa + 6O2 6CO2 + 6H20 Go = -2823 KJ/mol

¿Por qué la glucosa no reacciona espontáneamente con el oxígeno?

G  O exergónica espontánea
Glucosa +
O2 G* G  O endergónica, no posible

G  O en equilibrio
CO2 + H20
Coordenadas de la reacción

El G representa el máximo de trabajo útil que puede proporcionar

una reacción. Para el caso de la glucosa podríamos obtener hasta 2823
kJ por mol de glucosa oxidada hasta CO2 y H2O.
 G = H - T S

H S G
- + entalpía negativa, reacción exotérmica Negativo
y S positivo, aumenta la entropía.

+ - reacción endotérmica y disminuye la Positivo

entropía (a cualquier temp)

- - reacción favorecida por el H pero no Puede ser + o -

favorecida por el S (favorable a bajas temp)

+ + reacción endotérmica pero se favorece Puede ser + o -

por aumento de la entropía (favorable a altas temp)
Contribución de S y H a las reacciones químicas

Cambios Reacción dirigida Reacción dirigida

favorables de S por H por S
yH
Dependencia de G con la concentración de reactivos y productos

A+B C + D

CH3COOH CH3COO- + H+

[C][D] [CH3COO-][H+]
Keq = Ka =
[A][B] [CH3COOH]

Ka = 1.74 x 10-5

Cuando se alcanza el equilibrio, el valor de G = O

El potencial químico de una sustancia esta determinado por:

GA = GoA + RT ln[A] donde GoA es el potencial químico en condiciones estándar

A+B C + D

G = G productos - G reactivos
(GC + GD) (GA + GB)

[C][D] [Productos]
G = GO + RT ln = GO + RT ln
[A][B] [Reactivos]

Go es la energía libre en condiciones

estándar, 1 M de reactivos y
productos, 25oC
R = 8.314 J/K.mol
T = temperatura absoluta en oK
¿Qué sucede cuando se alcanza el equilibrio?
G = 0  Go = - RT ln Keq

también se puede escribir Keq = e - Go / RT

Un ejemplo sencillo: A B

donde [B]eq = 0.8 y [A]eq = 0.2, por lo tanto Keq = 4,

Go = - RT ln Keq = - 0,00831 x 298 ln 4 = - 3.4 kJ/mol

Go

A 100% 50 20 0%
B 0% 50 80 100%

¿Cuál sería el cambio de Go o G estándar en este gráfico?

 ¿Cómo se aplican estos principios en el metabolismo celular?

La primera reacción de la glucólisis es la formación de glucosa-1-fosfato a

partir de glucosa, esta es una reacción desfavorable desde el punto de vista
termodinámico:

Glucosa + Pi Glucosa-6-fosfato + H2O Go = +13.8 kJ/mol

para hacer esta reacción posible se acopla con la hidrólisis de ATP,

ATP + H2O ADP + Pi Go = -30.5 kJ/mol

Glucosa + Pi Glucosa-6-fosfato + H2O Go = +13.8 kJ/mol

ATP + H2O ADP + Pi Go = -30.5 kJ/mol

Glucosa + ATP Glucosa-6-fosfato + ADP Go = -16.7 kJ/mol

Reacciones acopladas
 Reacciones acopladas

Una cantidad termodinámica (ej: G, H o

S) nos indica que una reacción es
permitida, A  B está “permitida”;

B  A no es espontánea, a menos que se le

acople otra reacción favorecida (ej: ATP 
ADP)
Sin embargo, para que la reacción se
produzca, la energía neta debe descender
(i.e., G total debe ser negativa.)
Reacciones acopladas
 Glucosa + 6O2 6CO2 + 6H20
si Ho = -2816 kJ/mol y So = +0.181 kJ/mol

¿Cuál es el valor de Go a 37oC?

¿Si se aumenta la temperatura, puede TSo igualar a Ho y hacer Go

cero ?

¿Si el Go de hidrólisis de ATP es -31 kJ/mol, cuál es el máximo de

moles de ATP que se podrían generar si se acopla a la oxidación
completa de glucosa la síntesis de ATP a partir de ADP y Pi?

1) Go = Ho - TSo = - 2816 – (310º x 0.181 ) = - 2872 kJ/mol

2) No, es imposible porque So es + 0.181 y - T So siempre será un

valor negativo
3) 2872 kJ/mol / 31 kJ/mol = 92.6 ATP !!
38 ATP o sea 41 %
¿Cuál es el rendimiento a nivel biológico?
Glucosa Glucosa-6-P Fructosa-6-P Piruvato
83 µM 14 µM concentraciones intracelulares
Glucosa-6-P Fructosa-6-P Go = + 1.7 kJ/mol

¿Cuál es la Keq de esta reacción?

Gº’ = -RT ln Keq Keq = e - Gº’ / RT = 0.52

Quiere decir que el equilibrio hay [F6P]/[G6P] = 0.52

o sea hay 34% de F6P y 66% de G6P

¿Qué sucede en la célula?

[14x10-3M]
G = +1.7 kJ/mol + 0.0083 kJ//K.mol x 310oK ln = -2.9 kJ/mol
[83x10-3M]
 Definiciones

Metabolismo: actividad celular muy coordinada y

dirigida en la que muchos sistemas multi-enzimáticos
cooperan para cumplir 4 funciones:

• obtener energía química a partir de nutrientes ricos en

energía

• convertir moléculas nutrientes en moléculas características

de la propia célula

• polimerizar precursores monoméricos a proteínas, ácidos

nucleicos, lípidos, polisacáridos y otros

• Sintetizar y degradar biomoléculas requeridas en funciones

celulares especializadas
 Definiciones

Cinco características principales del metabolismo:

1. Las vías metabólicas son irreversibles

2. Las vías anabólicas y catabólicas deben ser
diferentes
3. Cada vía metabólica tiene un primer paso limitante
4. Todas las vías metabólicas están reguladas
finamente
5. En los eucariotas las vías metabólicas transcurren
en localizaciones celulares específicas
COMPUESTOS FOSFATO DE
“ALTA ENERGÍA”
Ciclo del ATP
Factores que influyen en el G de hidrólisis del ATP

1. Repulsión electrostática
2. Estabilización por
resonancia del Pi saliente
3. Ionización del ADP
4. Mayor solvatación de
ADP + Pi que ATP

[ADP][Pi]
G = Go’ + RT ln
[ATP]
[ADP] = 0,25 x 10-3 M
[Pi] = 1,65 x 10-3 M
[ATP] = 2,25 x 10-3 M

G = -51,8 KJ/mol
Flujo de grupos fosfato
 Topografía del metabolismo

Citosol: Glucólisis, ruta de las pentosas,

síntesis de ácidos grasos, síntesis de nucleótidos,
Núcleo: replicación de DNA, síntesis de tRNA, reacciones de gluconeogénesis
mRNA, y de proteínas nucleares

Gránulos de glucógeno: síntesis y degradación

Nucléolo: síntesis de RNA ribosómico de glucógeno

Lisosoma: enzimas hidrolíticas

Mitocondria: Ciclo de Krebs, fosforilación

Oxidativa, oxidación de ácidos grasos,
catabolismo de aminoacidos
Reticulo endoplasmico: síntesis de
lípidos

Ribosomas: síntesis de proteínas

Golgi: Maduración de glucoproteínas,

Formación de membranas
 Oxidaciones y Generación de Energía Celular

Durante el metabolismo celular se producen oxidaciones de los sustratos

metabólicos (con la concomitante reducción de intermediarios) y estas
reacciones se utilizan para obtener energía.

Un compuesto que se oxida cede electrones (reductor)

Un compuesto que se reduce recibe electrones (oxidante)

Ejemplo: Fe2+ + Cu2+ Fe3+ + Cu1+

Hay dos semi reacciones:

Fe2+ Fe3+ + 1e- oxidación

Cu2+ + 1e- Cu1+ reducción

Al igual que los ácidos y las bases, siempre que hay una oxidación (perdida de
electrones) debe haber una reducción (ganancia de electrones).

¿Quién se lleva los electrones?

 Potencial Redox

E0

1MX
1M H+ salt bridge 1 M XH2
1 atm H2 1 M H+

• Condiciones Standard : 1 M
• Comparado al par de referencia: 2H+ + 2e- <--> H2 (arbitrariamente cero).
• Se mide un E0 en voltios
Molécula que participa en las reacciones redox intracelulares

NAD+ + 2e- + H+ NADH

E´o = - 0.320 V
 ¿Quién se lleva los electrones?

A diferencia del G,

cuanto más grande y positivo
el potencial redox (Eo), mayor la
tendencia a aceptar electrones
(actuar como agente oxidante).

Hay una relación directa entre el

potencial redox y la energía libre:

G0 = -n F E0

Donde
E0 = Eo(aceptor)- Eo(donador)
n = número de electrones
F constante de Faraday
96.5 kJ/mol.V

Un valor de E positivo generará

valores de G negativos
Ejemplo:

Oxidación de NADH por oxígeno

NADH + H+ + 1/2O2 NAD+ + H2O

Las dos semi-reacciones serían:

NAD+ + H+ + 2e- NADH + H+ EO = -0.32 V

1/2O2 + H+ + 2e- H2O EO = +0.82 V

Usando G0 = -n F E0

G0 = - (2).(96.5 kJ/mol.V){0.82 V –(-0.32V)} = - 220 kJ/mol

 Enzimas

A. Propiedades generales de las enzimas

B. Principios fundamentales de su acción catalítica

C. Introducción a la cinética enzimática

D. Enzimas reguladores
A. Propiedades generales de las enzimas (I)

1. Son los catalizadores de las reacciones químicas en

los sistemas biológicos
2. Aceleran muchísimo la velocidad de las reacciones
(106 – 1014 veces).
3. Poseen un elevado grado de especificidad de
sustrato
4. La actividad catalítica depende de la integridad de la
estructura nativa así como del pH y temperatura.
A. Propiedades generales de las enzimas (II)

5. La mayoría de las enzimas son proteínas:

• La función depende de la integridad de la

conformación proteica nativa

• Existen enzimas que son proteínas simples y otras

que requieren componentes químicos adicionales:

- Cofactores: - iones inorgánicos (Fe2+, Mg2+, Mn2+ o Zn2+)

- complejos orgánicos o metaloorgánicos
(coenzimas)
Los cofactores unidos covalentemente: grupos prostéticos

• Holoenzima / Apoenzima
A. Propiedades generales de las enzimas (III)

6. Las enzimas se clasifican según la reacción

catalizada:
• Nomenclatura:
- Número clasificatorio de 4 dígitos (E.C.)
- Nombre sistemático
- Nombre trivial

ATP + D-Glucosa ADP + D-Glucosa-fosfato

Nomenclatura: se adiciona sufijo “asa” al nombre del sustrato o de la reacción que cataliza

Número clasificatorio: E.C. 2.7.1.1.

2. Clase: Transferasa
7. Subclase: Fosfotransferasa
1. Fosfotransferasas con OH como aceptor
1. D-glucosa como aceptor del fosfato
Nombre sistemático: ATP:glucosa fosfotransferasa
Nombre trivial: hexoquinasa
 Enzimas

A. Propiedades generales de las enzimas

B. Principios fundamentales de su acción catalítica

C. Introducción a la cinética enzimática

E. Enzimas reguladores
B. Principios fundamentales de la acción
catalítica de las enzimas
¿ cómo funcionan las enzimas ?

• En condiciones fisiológicas las reacciones sin catalizar

tienden a ser lentas (estabilidad de biomoléculas)

• Muchas reacciones bioquímicas suponen situaciones

poco probables

• Una enzima soluciona estos problemas proporcionando

un ambiente tridimensional favorable a la reacción (sitio
activo)
El rasgo distintivo de una reacción enzimática es
que tiene lugar dentro de un pequeño lugar de
la enzima: el sitio activo

La molécula fijada en el sitio activo, sobre la que

actúa la enzima, se denomina sustrato
 Las enzimas alteran las velocidades de reacción
pero no los equilibrios

(A) S P

(B) E + S ES EP E+P

(A) (B)
Las velocidades de reacción y los equilibrios
tienen definiciones termodinámicas precisas

• Equilibrio de reacción depende ΔG’o

• Velocidad de reacción depende de ΔG‡

[P]
S P Keq’ = G’o = - RT ln Keq’
[S]

KT
V = k [S] k= e - G‡ / RT
h
K = constante de Boltzmann
h = constante de Planck
Las interacciones débiles entre enzima y sustrato
son óptimas en el estado de transición
 La energía de fijación entre enzima y sustrato
proporciona especificidad de reacción y catálisis
Grupos catalíticos específicos contribuyen a la
catálisis
 Enzimas

A. Propiedades generales de las enzimas

B. Principios fundamentales de su acción catalítica

C. Introducción a la cinética enzimática

D. Enzimas reguladores
 El modelo de Michaelis-Menten (1913)

Leonor Michaelis Maud Menten

Postularon que la enzima se combina en primer lugar

con el sustrato, de forma reversible
El complejo se descompone en una reacción más
lenta, dando lugar al producto y enzima libre
Cinética del estado estacionario
Cinética del estado estacionario
 Cinética del estado estacionario

E+S ↔
k1
ES → E + P
k2
k -1

d[ES] = k1 [E][S]
dt

- d[ES] = k-1 [ES] + k2[ES]

dt
 E+S ↔ ES → E + P

Formación de ES: k1[EL][S]

Descomposición de ES: k-1 [ES] + k2 [ES]

k1[EL][S] = k-1 [ES] + k2 [ES]

k-1+ k2 = [EL][S]
k1 [ES]
ET = EL + ES
EL = ET - ES
Constante de Michaelis:

k-1+ k2 = [ET - ES][S]

KM =
k1 [ES]

Constante de disociación del complejo ES:

k-1 = [EL][S]
Ks =
k1 [ES]
 Relación entre concentración de sustrato y
velocidad de reacción enzimática

La velocidad inicial de la reacción siempre

corresponde a la ecuación:

vo = k2 [ES]

Cuando toda la enzima se encuentra formando

complejo ES:

vmax = k2 [ET]
 Relación entre concentración de sustrato y
velocidad de reacción enzimática

k1[EL][S] = k-1 [ES] + k2 [ES]

k1[ET - ES][S] = k-1 [ES] + k2 [ES]

k1[ET][S] – k1[ES][S] = k-1 [ES] + k2 [ES]

k1[ET] [S] = k-1 [ES] + k2 [ES] + k1[ES][S]

k1[ET] [S] = [ES] (k-1 + k2 + k1[S])

Dividimos por k1: [ET] [S] = [ES] ((k-1 + k2 ) + [S])

k1
 [ET] [S] = [ES] (KM +[S])

[ET] [S] vmax

[ES] = y k2 =
(KM +[S]) [ET]

 como vo = k2 [ES]

vmax [S]
Ecuación de vo =
Michaelis-Menten KM + [S]
La concentración de sustrato afecta la velocidad
de reacción catalizada por enzimas
Km y Vmax son característicos para cada pareja
enzima-sustrato
 Gráfico de dobles recíprocos

1 KM 1 1
= +
vo Vmax [S] Vmax

y= ax + b

Ecuación de Lineweaver -Burk

 Si k2 es la constante del paso limitante de
reacción entonces:
k2 = kcat o Número de recambio

El Nº de recambio es el número de moléculas

de sustrato convertidas en producto por una
molécula de enzima, cuando la enzima está
saturada.

1/kcat es el tiempo que dura un ciclo catalítico.

Muchas enzimas catalizan reacciones con dos
o más sustratos
 Inhibición competitiva

KM aparente es mayor que KM real

Vmáx no se modifica
Inhibición no-competitiva
Inhibición acompetitiva
Efecto del pH sobre la actividad enzimática
 Enzimas

A. Propiedades generales de las enzimas

B. Principios fundamentales de su acción catalítica

C. Introducción a la cinética enzimática

D. Enzimas reguladoras
 Enzimas reguladoras

1. Enzimas alostéricas

• Son reguladas por unión no-covalente de

moduladores

• Constituyen excepciones a muchas reglas

generales
- efecto homotrópico (positivo o negativo)
- efecto heterotrópico (positivo o negativo)

• Hay dos modelos que explican el comportamiento

cinético de las enzimas alostéricas
- modelo simétrico (Monod)
- Modelo secuencial (Koshland)
 Enzimas reguladoras

2. Modulación covalente reversible

• Fosforilación

• Adenililación

• Uridililación

• ADP-ribosilación

• Metilación
Fosforilación / defosforilación
Activación de zimógenos